[일부승소] 연구소 감면은 부인됐지만 건축 중 토지는 별도합산이다 (2021두32620)

결론부터 보기

이 사건의 결과는 세목과 처분별로 갈린다. 취득세 부분은 납세자에게 불리하다. 기업부설연구소용으로 쓰려는 의사로 토지를 취득했더라도 정해진 기간 안에 기업부설연구소를 실제로 설치하지 못했다면 취득세 면제를 받을 수 없다고 보았다. 처음부터 연구소가 설치되지 않은 사안에는 연구소 설치 후 폐쇄·용도변경에 관한 ‘정당한 사유’ 예외도 적용되지 않았다. 경제자유구역 외국인투자 감면 역시 연구시설을 새로 설치하거나 증설하지 못했다는 이유로 인정되지 않았다.

반면 2014년·2015년 재산세 부분은 납세자에게 유리하다. 서울고등법원은 각 과세기준일인 6월 1일 전에 진행된 규준틀 설치, 터파기, 흙막이 공사의 내용과 후속 공정을 종합해 204토지를 ‘건축 중인 건축물의 부속토지’로 보았다. 따라서 이 토지를 종합합산과세대상으로 분류한 것은 위법하다고 판단했다. 해당 부과처분에는 별도합산이 인정되지 않은 205토지도 함께 들어 있었지만, 법원이 205토지 부분의 정당세액을 특정할 수 없어 2014년·2015년 재산세 및 지방교육세 부과처분 전부를 취소했다.

제1심은 원고의 청구를 모두 기각했으나, 항소심은 위 재산세 부분만 뒤집고 나머지 항소를 기각했다. 피고 과세관청이 상고했지만 대법원은 2021년 5월 13일 상고를 기각했다. 이에 따라 취득세 감면 부인과 2013년 재산세 부과는 유지되고, 2014년·2015년 재산세 부과처분은 취소되는 혼합 결과가 확정됐다.

사건 개요

처분일 표기의 차이

수록 판결문 안에서도 재산세 부과일 표기가 일치하지 않는다. 제1심의 처분 경위에는 피고가 2018년 2월 12일 재산세 감면을 배제하고 각 재산세를 부과했다고 적혀 있는 반면, 항소심 주문은 취소 대상 처분을 2018년 2월 13일자 처분으로 특정한다. 이 글은 취소 범위를 설명할 때 재판의 효력을 직접 정한 항소심 주문의 2018년 2월 13일 표기를 따르되, 처분 경위에 하루 차이가 있음을 함께 밝힌다.

사실관계 구조

인천경제자유구역청장
        │
        ├─ BRC 조성사업 기본협약 및 단계별 토지매매계약
        │   └─ 일정 내 착공·준공 불이행 시 해제·환매 가능
        │
        ▼
원고 외국인투자기업
        │
        ├─ 206토지 취득·등기: 2012. 4. 16.
        │   └─ 연구시설 미설치 상태에서 2014. 4. 8. 환매
        │
        ├─ 204·205토지 취득·등기: 2013. 5. 15.
        │   ├─ 204토지: 연구소 제4동 건축공정 진행
        │   └─ 205토지: 나대지로 분류
        │
        ├─ 204토지 공정
        │   ├─ 2014. 3. 26. 건축허가
        │   ├─ 2014. 5. 21. 착공신고
        │   ├─ 2014. 5. 26.부터 5. 30.까지 규준틀 설치
        │   ├─ 2014. 6. 16.부터 9. 6.까지 터파기·토공사
        │   ├─ 2015. 5. 12.부터 5. 19.까지 추가 터파기
        │   └─ 2015. 5. 22.부터 6. 12.까지 흙막이 공사
        │
        └─ 204·205토지: 2015. 11. 17. 환매

재산세 판단 시점
  ├─ 2014. 6. 1.: 규준틀 설치 완료, 이후 터파기·토공사 정상 완료
  └─ 2015. 6. 1.: 터파기 완료, 흙막이 공사 진행 중

주요 경과

세액과 처분 범위

취득세 관련 금액

원고는 206토지가 환매된 뒤 외국인투자비율 4.68%에 해당하는 취득세 등을 감면받고, 나머지 취득세·농어촌특별세·지방교육세 합계 805,883,480원을 신고·납부했다. 204토지에는 합계 660,180,060원, 205토지에는 합계 427,756,360원을 신고·납부했다. 이후 피고는 206토지의 외국인투자 감면을 다시 배제해 2018년 1월 11일 가산세를 포함한 합계 55,422,100원을 부과했다.

수록 판결문은 원고가 2018년 6월 13일 환급을 구한 신고·납부 취득세 등의 합계를 1,893,819,920원으로 적고 있다. 그러나 같은 판결문에 나온 토지별 신고·납부액 805,883,480원, 660,180,060원, 427,756,360원을 더하면 1,893,819,900원으로, 기재된 합계보다 20원 적다. 어느 수치가 잘못됐는지는 판결문만으로 확인할 수 없으므로 두 값을 그대로 구분한다. 조세심판원이 환매 관련 특례세율을 적용해 일부 경정한 뒤의 최종 취득세액도 판결문에 제시되지 않는다.

재산세 관련 금액

2014년·2015년 부과처분 전부가 취소됐다고 해서 205토지까지 건축 중 토지로 인정된 것은 아니다. 항소심은 204토지만 별도합산과세대상이라고 판단했다. 다만 하나의 부과처분에 204토지와 205토지가 함께 포함됐고, 205토지에 해당하는 정당세액만 따로 특정할 수 없었기 때문에 해당 연도 처분 전부를 취소했다.

핵심 쟁점

1. 취득 당시 직접 사용 의사만으로 기업부설연구소 감면을 받을 수 있는가

원고가 토지를 기업부설연구소용으로 사용할 목적으로 취득한 사실과, 시행령이 정한 기업부설연구소를 실제로 설치·신고·인정받았는지는 별개의 문제다. 쟁점은 연구소 설치가 단순한 사후 사정인지, 아니면 취득세 면제를 완성하는 사후적 요건인지에 있었다.

2. 연구소를 처음부터 설치하지 못한 경우에도 ‘정당한 사유’를 따질 수 있는가

구 지방세특례제한법 제46조 단서는 연구소 설치 후 4년 안에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 전제로 한다. 이 사건처럼 연구소가 한 번도 설치되지 않은 경우에도 사업 지연과 환매 사정이 정당한 사유로 고려될 수 있는지가 문제됐다.

3. 외국인투자비율을 유지하면 연구시설 미설치에도 감면을 유지할 수 있는가

원고는 외국인투자비율 4.68%를 계속 유지했고 법에 열거된 추징사유가 발생하지 않았다고 주장했다. 반면 관련 시행령은 경제자유구역에서 연구시설을 새로 설치하거나 증설하고, 투자금액과 연구인력 요건을 갖춘 외국인투자를 감면 대상으로 정했다. 연구시설 설치·증설이 감면의 사후적 요건인지가 핵심이었다.

4. 과세기준일 전 규준틀·터파기·흙막이 공사가 ‘건축 중’에 해당하는가

착공신고나 현장 준비만으로는 건축 중이라고 보기 어렵다. 그러나 건물 신축에 필수적으로 전제되는 작업이 실제 공정으로 이어져 신축공사를 실질적으로 실행한 상태라면 과세기준일 전에 착공한 것으로 볼 수 있다. 204토지의 구체적 공정이 어느 쪽에 해당하는지를 두고 제1심과 항소심 판단이 갈렸다.

원고 주장

원고 주장은 크게 다섯 갈래였다.

1. 기업부설연구소 감면은 취득 시점의 직접 사용 의사로 성립한다. 기업부설연구소에 직접 사용할 의사를 갖고 토지를 취득했으므로 취득세 면제 요건을 갖췄고, 이후 연구소를 설치하지 못한 사정으로 처음의 면제를 부인할 수 없다고 주장했다.
2. 연구소 미설치에는 정당한 사유가 있다. 글로벌 경기침체와 경기불황, 길재단의 투자 지연, 인천도시공사의 출자지분 매수 요청 등 외부 요인으로 사업이 지연됐고, 사업을 포기하지 않았는데도 인천경제자유구역청장이 토지를 환매했다고 주장했다.
3. 외국인투자 감면의 추징사유가 없다. 신고한 의학·약학 연구개발업을 위해 토지를 취득했고 외국인투자비율 4.68%도 유지했으므로 취득세 감면 대상이며, 구 조세특례제한법 제121조의5 제3항의 추징사유도 발생하지 않았다고 주장했다.
4. 재산세 외국인투자 감면도 유지돼야 한다. 같은 이유로 각 토지에 대한 재산세 감면을 배제할 수 없다고 주장했다.
5. 204토지는 건축 중인 건축물의 부속토지다. 2014년 과세기준일 전 착공신고와 규준틀 설치가 있었고, 2015년 과세기준일 전에는 추가 터파기를 마치고 흙막이 공사를 진행했으므로 2014년·2015년 모두 별도합산과세대상이라고 주장했다.

피고 주장

수록 판결문은 원고 주장을 번호별로 정리하지만 피고 주장을 별도 항목으로 싣지는 않는다. 다만 처분 경위와 피고 제출증거를 다룬 판단에서 다음과 같은 과세 논거가 확인된다.

1. 기업부설연구소가 실제로 설치되지 않았다. 토지를 직접 사용할 계획만 있었을 뿐 시행령상 기준을 갖춘 기업부설연구소를 설치·신고·인정받지 못했으므로 취득세 면제를 완성하지 못했다는 입장이다.
2. 206토지는 신고한 외국인투자 사업에 사용되지 않았다. 원고가 Bio 분야 연구개발 시설을 설치하거나 해당 사업을 영위하지 않은 채 토지가 환매됐으므로 경제자유구역 외국인투자 감면을 배제해야 한다는 입장이다.
3. 204토지 공사는 실질적 건축공사가 아니다. 착공신고 후에도 지하공사나 골조공사가 진행되지 않았고, 일부 터파기·흙막이 작업은 단순 부지 조성에 불과하며, 공사도 2014년 9월경부터 2015년 5월경까지 중단됐다는 사정을 들었다. 2016년 5월 24일 건축허가가 취소된 사정도 이러한 평가를 뒷받침하는 자료로 제시됐다.

관련 법령

아래는 판결문이 이 사건에 적용한 구법의 핵심 문언이다. 206토지는 2012년 취득이어서 구 지방세특례제한법 제46조의 더 이른 개정 전 규정이 적용되지만, 판결문은 실질 내용이 같고 면제기한만 연장됐다며 별도로 나누지 않았다.

구 지방세특례제한법 제46조와 같은 법 시행령 제23조

대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세를 추징한다.

시행령상 기업부설연구소는 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 법정 기준을 갖춘 연구소로서 관계 장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

취득 목적만으로 끝나는 감면이 아니라, 취득 후 4년 이내 실제 연구소 설치·신고·인정이라는 사후적 요건을 요구하는 구조다. 단서의 정당한 사유는 일단 연구소를 설치한 뒤 4년 이내에 폐쇄하거나 다른 용도로 사용한 경우의 추징 예외다.

구 조세특례제한법 제121조의2·제121조의5와 같은 법 시행령 제116조의2

경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업을 위한 일정한 외국인투자에 대해서는 취득세와 재산세 등을 감면한다. 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산의 취득세·재산세는 외국인투자비율에 따라 감면한다.

연구개발 활동을 수행하기 위해 연구시설을 새로 설치하거나 증설하는 경우에는 외국인투자금액 100만 달러 이상, 관련 분야 석사 이상 학위와 3년 이상 연구경력이 있는 상시 연구인력 10명 이상 등의 요건을 갖춰야 한다.

판결문은 연구시설의 설치·증설을 감면을 완성하는 사후적 요건으로 이해했다. 법에 열거된 추징사유가 없다는 주장만으로, 애초 감면 요건인 연구시설 설치·증설의 흠결을 보완할 수는 없다고 보았다.

구 지방세법 제106조와 같은 법 시행령 제103조

토지에 대한 재산세 과세대상 중 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지는 별도합산과세대상으로 구분한다.

건축물의 범위에는 건축 중인 건축물을 포함한다. 다만 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.

판결문이 인용한 법리는 착공신고의 형식보다 실제 공정의 내용을 본다. 단순한 준비작업만으로는 부족하지만, 터파기나 구조물 공사에 들어갔거나 그보다 앞선 작업이라도 건물 신축에 필수적이고 후속 공정과 연결돼 신축공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있다면 착공으로 인정할 수 있다.

법원 판단

1. 제1심: 모든 처분을 적법하다고 판단

인천지방법원은 원고의 각 청구를 모두 기각했다.

기업부설연구소 감면에 관해서는 연구소 설치가 취득세 면제를 위한 사후적 요건이라고 보았다. 토지를 연구소용으로 사용할 목적이 있었더라도 시행령상 연구소를 실제로 설치하지 못했다면 처음부터 감면 대상에서 제외된다고 판단했다. 제1심은 더 나아가 연구소 미설치에 정당한 사유를 고려할 수 있다고 가정하더라도, 원고가 든 경기침체·투자 지연 등의 사정은 원고의 내부 사정이고 정상적인 노력을 다했음에도 기간을 넘긴 경우라고 보기 부족하다고 판단했다.

외국인투자 감면에 관해서도 연구시설의 설치 또는 증설이 필수적인 사후적 요건인데, 원고가 이를 갖추지 않은 채 206토지를 환매당했으므로 처음부터 감면 대상에서 제외됐다고 보았다. 외국인투자비율이 유지됐고 열거된 추징사유가 없다는 주장도 받아들이지 않았다.

재산세에 관해서는 204토지에서 일부 터파기와 흙막이 작업이 있었음을 인정하면서도, 지하공사나 골조공사 없이 단순 부지 조성 성격의 공사만 진행됐고 장기간 공사가 중단됐으며 나중에 건축허가도 취소된 점을 들어 건축 중인 건축물의 부속토지로 보기 어렵다고 판단했다. 이에 따라 2013년부터 2015년까지 재산세 부과처분도 모두 유지했다.

2. 항소심: 취득세는 유지하고 2014년·2015년 재산세만 취소

서울고등법원은 제1심 판단을 대부분 인용하면서 두 부분을 고쳤다.

첫째, 기업부설연구소 감면의 정당한 사유 논리를 좁혔다. 구 지방세특례제한법 제46조 단서는 기업부설연구소가 먼저 설치된 뒤 4년 이내에 폐쇄되거나 다른 용도로 사용된 경우를 전제로 한다. 원고처럼 당초부터 연구소를 설치하지 못한 경우에는 단서가 적용되지 않으므로, 설치하지 못한 데 정당한 이유가 있었는지를 따질 필요 없이 본문의 면제대상에서 제외된다고 판단했다. 따라서 취득세 부분에서 원고가 든 외부 사정은 결론을 바꾸지 못했다.

둘째, 204토지의 공사 실질에 관한 판단을 뒤집었다. 항소심이 인정한 공정은 다음과 같다.

• 2014년 3월 26일 BRC 연구소 제4동 건축허가를 받았다.
• 2014년 5월 21일 착공신고를 마치고, 5월 22일 대지경계측량을 했다.
• 2014년 5월 26일부터 30일까지 규준틀 설치를 마쳤다.
• 2014년 6월 10일 장비를 반입하고, 6월 16일부터 9월 6일까지 터파기와 토공사를 마쳤다.
• 설계변경과 공사 중단 뒤 2015년 5월 12일부터 19일까지 터파기를 다시 마쳤다.
• 2015년 5월 22일부터 6월 12일까지 흙막이 공사를 마쳤다.
• 원고는 2015년 9월 15일과 12월 15일 공사업체에 2015년 공사대금 합계 953,000,000원을 지급했다.

2014년에는 과세기준일 전에 규준틀 설치가 완료됐다. 규준틀은 건물의 위치·높이와 터파기의 너비·깊이를 현장에 표시하고, 이를 토대로 터파기가 순차 진행되는 작업이다. 실제로 과세기준일 뒤 터파기와 토공사가 정상적으로 완료됐으므로 항소심은 규준틀 설치를 단순한 준비가 아니라 신축공사 착수에 필수적인 전제로 평가했다.

2015년에는 과세기준일 전에 터파기가 완료됐고 흙막이 공사가 이미 시작됐다. 흙막이 공사도 과세기준일 뒤 정상적으로 완료됐다. 항소심은 이 상태라면 신축공사가 이미 착수됐다고 보아 204토지를 건축 중인 건축물의 부속토지로 인정했다.

다만 항소심이 별도합산으로 인정한 토지는 204토지다. 205토지 부분까지 별도합산이라는 판단은 하지 않았다. 그럼에도 2014년·2015년 각 부과처분은 204토지와 205토지를 함께 대상으로 삼았고, 법원이 205토지 부분의 정당세액을 특정할 수 없었다. 항소심은 이 때문에 해당 연도의 재산세 및 지방교육세 부과처분 전부를 취소했다. 원고의 나머지 항소는 기각했다.

3. 대법원: 과세관청 상고 기각

항소심에서 재산세 부분에 패소한 피고 과세관청이 상고했다. 대법원은 기록, 원심판결과 상고이유를 살핀 뒤 상고이유에 관한 주장이 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조에 해당해 이유 없다고 보아 상고를 기각했다. 상고비용은 피고가 부담하도록 했다.

대법원 판결은 새로운 사실인정이나 상세한 법리를 별도로 전개하지 않은 짧은 상고기각 판결이다. 따라서 기업부설연구소 감면과 204토지의 건축공사 실질에 관한 구체적 이유는 항소심이 제1심 이유를 인용·수정한 내용에서 확인해야 한다. 대법원의 상고기각으로 그 혼합 결론이 그대로 유지됐다.

판례 비교와 판단 기준

수록 판결문이 판단 근거로 언급한 대법원 판례의 역할은 서로 다르다.

이 사건에서 중요한 비교점은 같은 사실을 보더라도 ‘형식’과 ‘실질’의 평가축이 세목별로 달랐다는 점이다. 취득세 감면에서는 실제 기업부설연구소 또는 연구시설이 설치됐는지가 결정적이었다. 재산세 구분에서는 건물이 완성됐는지가 아니라 각 과세기준일 현재 신축공사가 실질적으로 시작됐는지, 선행 작업이 후속 공정으로 정상 연결됐는지가 결정적이었다.

주문과 세액 효과

제1심 주문

• 원고의 각 청구를 모두 기각했다.
• 소송비용은 원고가 부담하도록 했다.

항소심 주문

• 제1심판결 중 2014년·2015년 재산세 및 지방교육세 부과처분 취소 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소했다.
• 항소심 주문에 2018년 2월 13일자로 표시된 2014년 재산세 61,491,950원과 지방교육세 12,298,390원, 2015년 재산세 61,640,250원과 지방교육세 12,328,050원의 각 부과처분을 취소했다.
• 원고의 나머지 항소를 기각했다.
• 소송 총비용의 90%는 원고가, 나머지 10%는 피고가 부담하도록 했다.

대법원 주문

• 피고의 상고를 기각했다.
• 상고비용은 피고가 부담하도록 했다.

최종 효과

따라서 사건 전체를 전부승소나 전부패소로 부르면 정확하지 않다. 원고가 다툰 취득세 감면과 외국인투자 감면, 2013년 재산세는 받아들여지지 않았다. 다만 204토지의 건축공사 착수가 인정되면서 2014년·2015년 재산세 부과처분이 취소됐고, 과세관청의 상고도 기각됐다. 최종 분류는 일부승소다.

실무 시사점

1. ‘직접 사용할 목적’과 ‘감면 요건의 완성’을 구분해야 한다

기업부설연구소 감면은 취득 당시의 사업계획이나 사용 의사만 확인해서 끝낼 사안이 아니다. 취득 후 4년 이내 법정 기준을 갖춘 연구소를 설치하고 신고·인정을 받는 과정까지 관리해야 한다. 토지 취득 단계에서는 감면 신청서뿐 아니라 연구소 설치 일정, 인력·시설 기준, 신고·인정 예정일과 실패 시 세액을 함께 관리할 필요가 있다.

2. 정당한 사유 예외가 적용되는 법률관계를 먼저 특정해야 한다

항소심은 원고가 주장한 사정이 충분히 외부적인지부터 판단하지 않았다. 연구소 설치 후 폐쇄·용도변경이라는 단서의 전제가 없으므로 정당한 사유 예외 자체가 적용되지 않는다고 보았다. 감면 추징 사건에서는 ‘사유가 정당한가’에 앞서 그 예외조항이 현재 사실관계에 적용되는지를 먼저 검토해야 한다.

3. 다른 법률의 열거된 추징사유가 없다는 사실만으로 감면이 유지되지는 않는다

외국인투자비율을 유지하고 등록말소·폐업 등의 추징사유가 없더라도, 애초 연구시설 설치·증설이라는 감면 요건을 충족하지 못했다면 감면 대상이 되기 어렵다. 최초 요건의 미충족과 사후 추징사유의 발생은 서로 다른 판단 단계다.

4. 재산세는 매년 6월 1일 현재의 공사 상태를 증거화해야 한다

건축 중 토지 여부는 착공신고일 하나로 결정되지 않는다. 과세기준일 전에 어떤 작업이 완료됐고, 그 작업이 건물 신축에 왜 필수적인지, 이후 터파기·흙막이·구조물 공사로 실제 이어졌는지를 입증해야 한다. 이 사건에서는 측량일, 규준틀 설치기간, 장비 반입일, 터파기와 흙막이 기간, 설계변경, 공사대금 지급자료와 현장 영상이 함께 고려됐다.

5. 과세기준일 후 공정도 과세기준일 전 작업의 실질을 설명할 수 있다

2014년 6월 1일 전에는 규준틀 설치가 핵심 작업이었다. 항소심은 그 뒤 터파기와 토공사가 정상 완료된 사실을 함께 보아, 앞선 규준틀 설치가 형식적 준비가 아니라 실제 신축공정의 필수 전제였다고 평가했다. 과세기준일 후의 사실이 과세기준일을 바꾸는 것은 아니지만, 기준일 당시 작업의 성격과 진정성을 뒷받침하는 증거가 될 수 있다.

6. 여러 필지를 한 처분에 묶은 경우 취소 범위가 넓어질 수 있다

204토지는 별도합산, 205토지는 종합합산이라는 구분이 가능했지만 부과처분은 두 토지를 함께 계산했다. 법원이 위법한 204토지 부분을 제외한 정당세액을 특정하지 못해 해당 연도 처분 전부를 취소했다. 그렇다고 205토지의 법적 성격까지 바뀐 것은 아니다. 불복 단계에서는 필지별 면적, 과세표준, 세율, 감면액과 정당세액을 재계산할 수 있는 자료를 별도로 정리해야 한다.

7. 상고기각 판결의 의미를 과장하면 안 된다

대법원은 상고심절차 특례법에 따라 피고의 상고를 기각했을 뿐, 항소심보다 상세한 별도 법리를 제시하지 않았다. 실무에서 인용할 때는 대법원 주문으로 항소심 결과가 유지됐다는 점과, 구체적 판단 논리는 항소심 판결에 담겨 있다는 점을 나눠 적는 것이 정확하다.

실무 체크리스트

기업부설연구소 취득세 감면

• 취득 부동산이 기업부설연구소에 직접 사용될 범위인지 확인했는가
• 부속토지의 면적 제한을 검토했는가
• 취득 후 4년 이내 연구소 설치 일정을 확정했는가
• 법정 인적·물적 시설 기준을 충족할 계획과 증빙이 있는가
• 관계 장관에 대한 신고와 인정 절차를 완료했는가
• 처음부터 미설치한 경우와 설치 후 폐쇄·용도변경한 경우를 구분했는가
• 정당한 사유 예외가 적용되는 전제사실부터 확인했는가
• 환매·계약해제 가능성과 감면세액 환입 위험을 계약 단계에서 계산했는가

외국인투자 감면

• 감면 대상 사업과 실제 설치·운영한 시설이 일치하는가
• 연구시설의 신규 설치 또는 증설 사실을 입증할 수 있는가
• 투자금액과 연구인력 요건을 충족했는가
• 외국인투자비율 유지 여부와 최초 감면요건 충족 여부를 별도로 검토했는가
• 열거된 추징사유가 없다는 이유만으로 최초 요건 검토를 생략하지 않았는가

건축 중 토지의 재산세 구분

• 매년 6월 1일 현재 공사 상태를 날짜별로 정리했는가
• 착공신고 외에 측량, 규준틀, 장비 반입, 터파기, 흙막이, 구조물 공사 자료가 있는가
• 과세기준일 전 작업이 건물 신축에 필수적인 이유를 설명할 수 있는가
• 과세기준일 후 후속 공정이 정상적으로 이어졌는가
• 공사 중단 기간과 정당한 사유를 확인했는가
• 공사계약서, 작업일보, 기성내역, 세금계산서, 송금자료, 현장사진·영상을 확보했는가
• 필지별로 별도합산·종합합산 면적과 세액을 재계산할 수 있는가
• 하나의 고지서에 여러 필지가 포함된 경우 정당세액 산출자료를 준비했는가

소송과 불복 범위

• 취득세 부과처분, 경정청구 거부처분, 재산세 부과처분을 각각 구분했는가
• 심판 단계의 일부 경정 뒤 남은 세액을 확인했는가
• 항소심 주문에서 실제 취소된 연도와 세액을 확인했는가
• 상고인이 누구인지와 상고기각으로 유지된 원심 범위를 확인했는가
• 일부 필지에 관한 법적 판단과 전체 처분의 취소 효과를 혼동하지 않았는가

참고 자료

대상 판결

• 대법원 2021. 5. 13. 선고 2021두32620 판결
• 서울고등법원 2021. 1. 7. 선고 2020누33505 판결
• 인천지방법원 2020. 1. 10. 선고 2019구합52519 판결
• 국가법령정보센터 수록 판결문: https://www.law.go.kr/LSW/precInfoP.do?precSeq=420632

위 세 심급의 주문과 이유는 국가법령정보센터에 하나의 통합 판결문으로 수록된 내용을 기준으로 정리했다. 이를 서로 독립된 세 개의 전문에서 교차 확인한 것으로 보아서는 안 된다.

판결문에 인용된 판례

• 대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551 판결
• 대법원 1995. 11. 10. 선고 95누7482 판결
• 대법원 2017. 3. 15. 선고 2016두58406 판결

적용 법령

• 구 지방세특례제한법 제46조
• 구 지방세특례제한법 시행령 제23조
• 구 조세특례제한법 제121조의2, 제121조의5
• 구 조세특례제한법 시행령 제116조의2
• 구 지방세법 제106조
• 구 지방세법 시행령 제103조
• 「상고심절차에 관한 특례법」 제4조, 제5조