[승소] 학교용 부동산 취득세 유예기간은 정당한 사유가 사라진 날부터 다시 계산하지 않는다 (2021두58059)

이 글의 [승소]는 대법원이 피고인 과세관청의 상고를 기각해 납세자에게 일부 유리한 항소심 결론을 유지했다는 뜻이다. 원고 청구 전부가 받아들여졌다는 뜻이 아니며, [확정 승소]를 뜻하지도 않는다. 공개된 판결문만으로 판결 확정 여부를 확인하지 못했다.

대법원은 네 가지를 분명히 했다. 첫째, 비과세되거나 면제된 부동산의 추징 납세의무는 부동산을 취득한 때가 아니라 추징사유가 생긴 때 성립한다. 둘째, 사실상 취득일은 대금 지급의 실질을 따져야 한다. 셋째, 3년의 유예기간은 취득일 또는 등기일부터 계산하며 정당한 사유가 사라진 날부터 다시 계산하지 않는다. 넷째, 제출된 자료로 정당한 세액을 계산할 수 없다면 감액경정거부 취소소송에서도 해당 처분 부분 전부를 취소할 수 있다.

다만 정당한 사유가 한 번 인정되면 모든 필지와 모든 사용 상태가 자동으로 보호되는 것은 아니다. 항소심은 학교부지 편입 여부, 실제 수익사업 사용 여부, 사업 추진 노력과 외부 장애, 필지별 과세자료를 나누어 살폈다. 그 결과 1심의 넓은 취소 범위를 줄이고 일부 취소·일부 각하·나머지 기각이라는 혼합 결론을 냈다.

사건 개요

이 사건은 학교법인이 교육용으로 쓰려 취득한 부동산에 대한 취득세·등록세 등의 비과세 또는 면제와 사후 추징을 다룬다. 핵심은 단순히 3년 안에 직접 사용했는지가 아니다. 추징 납세의무가 언제 성립하는지, 경정청구권이 있는지, 부동산의 사실상 취득일이 언제인지, 3년 안에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지, 적법한 세액을 구분해 계산할 자료가 있는지가 함께 문제 됐다.

심급별 주문

1심 주문 요지는 다음과 같다.

1. 이 사건 소 중 별지 2 목록 기재 각 부동산 부분 취득세 48,488,610원, 농어촌특별세 4,848,850원, 등록세 48,488,610원, 지방교육세 9,697,720원, 합계 111,523,790원에 대한 경정거부처분 취소청구 부분을 각하한다.
2. 피고가 2014. 8. 18. 원고에게 한 취득세 1,389,152,490원, 농어촌특별세 138,845,890원, 등록세 1,387,765,160원, 지방교육세 277,691,760원, 합계 3,193,455,300원에 대한 경정청구 거부처분 중 취득세 12,096,000원, 농어촌특별세 1,209,600원, 등록세 6,048,000원, 지방교육세 1,209,600원, 합계 20,563,200원을 각 초과하는 부분을 취소한다.
3. 소송비용의 20%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

항소심 주문 요지는 다음과 같다. 항소심 주문에는 취소된 원금액이 적혀 있지 않으므로 별지별 세액을 추정할 수 없다.

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다. 가. 이 사건 소 중 별지 2 목록 각 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액에 대한 경정거부처분 취소청구 부분을 각하한다. 나. 피고가 2014. 8. 18. 원고에게 한 별지 1 목록 각 부동산 중 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 및 별지 2 목록 각 부동산을 제외한 나머지 부분에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액에 대한 경정거부처분 중 별지 3, 4 목록 기재 각 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액 해당 금액 부분을 취소한다. 다. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

상고심 주문 요지는 다음과 같다.

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

사실관계 구조

2009. 3.부터 2011. 4.까지 교육용 부동산 279,895㎡ 취득
  → 취득세·등록세·지방교육세·농어촌특별세 비과세 또는 면제
  → 취득일·등기일부터 3년 경과
  → 2012. 10.경 피고가 직접 사용 실패를 이유로 추징 신고·납부 통보
  → 2012. 11.부터 2014. 4.까지 합계 3,602,876,460원 자진신고 또는 직권고지 납부
  → 2014. 7. 16. 경정청구
  → 2014. 8. 18. 경정거부
  → 2018. 4. 26. 조세심판원 일부 각하·재조사 결정
  → 2018. 6. 25. 도로부지 22,522.74㎡ 감액·환급
  → 2020. 7. 22. 1심 일부 각하·경정거부 대부분 취소
  → 2021. 10. 28. 항소심이 1심 변경, 일부 취소·일부 각하·나머지 기각
  → 2024. 5. 30. 대법원이 피고 상고 기각

원고 학교법인은 2009. 3.부터 2011. 4.까지 천안 소재 대학의 교육사업에 쓰려 부동산 279,895㎡를 취득했다. 원고는 교육사업에 직접 사용할 목적이라고 밝혔고, 피고는 취득세·등록세·지방교육세·농어촌특별세를 비과세하거나 면제했다.

피고는 2012. 10.경 원고가 취득일부터 3년 안에 해당 사업에 직접 사용하지 않았다는 이유로 취득세 등을 신고·납부하라고 통보했다. 원고는 2012. 11.부터 2014. 4.까지 취득세 1,571,248,030원, 농어촌특별세 156,646,800원, 등록세 1,561,688,030원, 지방교육세 313,293,600원, 합계 3,602,876,460원을 자진신고 또는 피고의 직권고지에 따라 납부했다.

원고는 2014. 7. 16. 3년 안에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다며 경정을 청구했다. 피고는 2014. 8. 18. 이를 거부했다. 원고는 2014. 11. 14. 조세심판을 청구했고, 조세심판원은 2018. 4. 26. 일부 청구를 각하하는 한편 부지조성공사 완료 여부와 사용계획 등을 재조사해 과세표준과 세액을 고치라는 결정을 했다. 공개된 판결문에는 조세심판 결정번호가 적혀 있지 않다.

피고는 재조사를 거쳐 2018. 6. 25. 도로부지 22,522.74㎡를 학교 교육용으로 직접 사용하는 부동산으로 인정하고 일부 세액을 감액·환급했다. 다만 심급별 판결문 사이에 금액 차이가 난다.

• 1심은 가산세를 뺀 환급액을 297,897,370원, 가산세를 포함한 금액을 335,985,250원으로 적었다. 환급되지 않은 잔여 거부액은 3,304,979,090원으로 적었다.
• 항소심은 가산세를 뺀 환급액을 297,897,510원, 가산세를 포함한 금액을 335,985,250원으로 적었다. 잔여 거부액은 3,304,978,850원으로 적었다.

어느 금액이 오기인지 판결문만으로 단정할 수 없다. 이 글은 두 수치를 함께 밝히고, 최종 소송 효과는 항소심 주문에 따라 설명한다.

핵심 쟁점

1. 2011. 1. 1. 전에 취득한 부동산에도 경정청구권이 인정되는가

지방세 경정청구 제도는 2011. 1. 1.부터 시행됐다. 피고는 그 전에 취득한 부동산에는 경정청구 제도가 적용되지 않는다고 다퉜다. 이에 대해 법원은 비과세 부동산의 취득 시점과 추징 납세의무의 성립 시점을 구분했다. 비과세 상태에서는 취득 당시 추징세액의 납세의무가 성립하지 않고, 법이 정한 추징사유가 생길 때 비로소 성립한다는 구조다.

2. 일부 부동산의 신고가 기한 후 신고인가

피고는 1차 잔금지급일이나 근저당권설정등기의 원인일을 사실상 취득일로 보면 신고기한이 지났다고 주장했다. 쟁점은 형식적인 날짜가 아니라 그때 사회통념상 매매대금의 거의 전부가 지급됐다고 평가할 수 있는지였다.

대법원에서 직접 다룬 대상은 원심 별지 4 목록 순번 4, 25, 32, 33, 34다. 공개 원문에서 별지 목록과 표가 생략됐으므로 이 글은 각 필지의 면적이나 세액을 추정하지 않는다.

3. 정당한 사유가 사라지면 그날부터 3년을 다시 계산하는가

법문은 취득일 또는 등기일부터 3년 안에 정당한 사유 없이 직접 사용하지 않은 경우를 추징사유로 정했다. 피고는 관련 소송이 끝나 장애가 사라진 2014. 10. 15.부터 다시 3년을 주더라도 원고가 직접 사용하지 않았으므로 추징할 수 있다고 주장했다. 이 해석이 법문에 없는 새 유예기간과 새 추징사유를 만들 수 있는지가 문제 됐다.

4. 위법한 부분과 적법한 부분의 세액을 나눌 자료가 없을 때 어디까지 취소하는가

항소심은 일부 면적은 학교부지 안에, 일부 면적은 학교부지 밖에 있는 별지 3 부동산을 구분했다. 학교부지 밖 부분에는 처분사유가 있었지만, 제출 자료로 안과 밖의 정당한 세액을 나누어 계산할 수 없었다. 별지 4의 일부 부동산도 함께 과세돼 부분별 세액을 확인할 수 없었다. 이런 경우 법원이 세액을 새로 찾아 계산해야 하는지가 쟁점이었다.

5. 정당한 사유는 어느 부동산에 인정되는가

정당한 사유는 학교법인이 3년 안에 직접 사용하지 못했다는 결과만 보고 자동으로 인정하거나 부정할 수 없다. 법인의 성격, 취득 목적, 사업 준비에 필요한 기간, 법령상·사실상 장애, 장애의 정도, 실제 추진 노력, 행정관청 쪽 사정 등을 개별적으로 살펴야 한다. 수익사업에 사용한 부동산, 학교부지 밖 부동산, 학교부지 안 부동산을 같은 기준으로 한꺼번에 처리할 수 없다.

원고 주장

원고는 부동산을 취득한 뒤 3년 안에 교육사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 주장했다.

또 원고는 일부 토지에 농지 세율을 적용해야 한다고 주장했다.

피고 주장

피고는 2011. 1. 1. 전에 취득한 부동산은 지방세 경정청구 제도 시행 전에 납세의무가 성립했으므로 경정청구 대상이 아니라고 주장했다. 또한 일부 부동산은 1차 잔금지급일이나 근저당권설정등기의 원인일에 사실상 취득이 끝났으므로 그 날짜를 기준으로 하면 신고기한이 지났다고 주장했다. 일부 납부는 원고의 적법한 신고가 아니라 수시 부과 또는 직권고지에 따른 것이어서 경정청구권이 없다는 주장도 했다.

본안에서는 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29 부동산이 취득한 때부터 현재까지도 임대된 상태에서 일반음식점 및 주차장으로 사용되고 있으므로 정당한 사유와 무관하게 추징해야 한다고 주장했다. 도시관리계획상 학교부지 밖에 있거나 일부 면적만 학교부지에 들어간 부동산에도 정당한 사유를 인정할 수 없다고 다퉜다.

피고는 소유권 취득 관련 분쟁이 일부 필지에 그쳤고, 그 분쟁에 원고의 귀책이 섞여 있으며, 다른 부동산의 직접 사용을 막는 중대한 장애도 아니었다고 주장했다. 도시관리계획 변경 취소소송 역시 정당한 사유로 볼 수 없다는 입장이었다.

마지막으로 피고는 관련 소송이 끝나 장애가 사라진 2014. 10. 15.부터 다시 3년을 계산하더라도 원고가 진입로 등 일부를 제외하고 현재까지 토목 또는 건축 공사 등을 지속적으로 진행한 사실이 없으므로 취득세 등을 추징할 수 있다고 주장했다.

관련 법령

아래 문언은 이 사건 각 심급 판결이 인용한 구법을 바탕으로 정리한 것이다. 법령 역사본을 따로 조회해 대조하지 않았으므로, 독립된 법령 원문 인용이 아니라 판결 인용 문언 또는 그 요지다. 축약한 부분은 요지라고 표시했다.

구 지방세기본법

구 지방세기본법은 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정됐다. 제51조 제1항은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자가 신고한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 청구할 수 있도록 정했다. 부칙 제1조는 시행일을 2011. 1. 1.로 정했고, 부칙 제2조와 제3조는 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 지방세부터 경정청구 규정을 적용하도록 정했다. 이는 판결 인용 문언의 요지다.

1심은 추징사유가 생긴 때부터 30일 안에 신고·납부한 경우 당시 시행된 구 지방세기본법 제51조에 따른 경정청구권이 인정된다고 봤다. 항소심과 대법원은 더 앞 단계에서 비과세 부동산의 추징 납세의무가 추징사유 발생 때 성립한다고 판단했다.

구 지방세법

행위시법 표시는 항소심과 상고심의 정정 문언을 따른다. 구 지방세법은 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것이다. 1심 판결은 같은 대목을 2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것으로 적었으나, 항소심이 이를 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것으로 고쳐 썼다. 이 글은 그 충돌을 숨기지 않고 항소심·상고심 표시를 따른다.

• 제29조 제1항 제1호: 취득세는 취득세 과세물건을 취득할 때 납세의무가 성립한다고 정했다.
• 제105조 제2항: 등기 등 형식적 절차를 마치지 않았더라도 사실상 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 정했다.
• 제107조 본문 제1호: 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 취득하는 부동산을 취득세 비과세 대상으로 정했다.
• 제107조 단서: 취득일부터 3년 안에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않은 경우 등에는 해당 부분의 취득세를 부과하도록 정했다.
• 제127조 제1항 본문 제1호 및 단서: 같은 구조로 등록세 비과세와 등기·등록일부터 3년 안의 직접 사용 요건을 정했다.

위 내용은 판결 인용 문언의 요지다. 구 지방세법 시행령은 2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것 제79조 제1항 제2호에서 학교를 비영리사업자 가운데 하나로 정했다는 것이 항소심 판결의 인용 내용이다.

구 지방세특례제한법

항소심은 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 구 지방세특례제한법 제41조 제1항을 들었다. 대법원은 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 구 지방세특례제한법 제41조 제1항을 인용했다.

제41조 제1항 본문은 학교 등이 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 부동산의 취득세를 면제하고, 단서는 취득일부터 3년 안에 정당한 사유 없이 해당 용도에 직접 사용하지 않은 경우 등을 추징사유로 정했다. 이는 판결 인용 문언의 요지다.

법령 적용에서 중요한 구분

취득 당시 바로 과세된 일반 취득세와 비과세·면제 뒤 추징사유가 발생해 부과되는 취득세는 납세의무 성립 구조가 다르다. 이 사건에서 경정청구 제도의 적용 여부는 부동산을 산 날짜만으로 정해지지 않았다. 추징사유가 발생해 비로소 납세의무가 성립한 날짜가 2011. 1. 1. 이후인지가 기준이 됐다.

또 법문은 유예기간의 시작점을 취득일 또는 등기일로 정했다. 정당한 사유는 그 3년 동안 직접 사용하지 못한 것을 정당화하는 조건이지, 장애가 사라진 날을 새로운 기산일로 바꾸는 문구가 아니다.

법원 판단

1. 비과세·면제 부동산의 추징 납세의무는 추징사유가 생길 때 성립한다

항소심은 구 지방세법의 문언과 형식을 근거로, 공익사업용 부동산을 취득하거나 등기한 때에는 취득세·등록세를 부과하지 않다가 단서의 부과사유가 생길 때 해당 부분의 납세의무가 비로소 성립한다고 봤다. 이 사건에서 가장 이른 취득일을 기준으로 3년이 지난 때도 2011. 1. 1. 이후였다. 따라서 2011. 1. 1. 전에 취득한 부동산이라는 이유만으로 경정청구권을 부정할 수 없다고 판단했다.

대법원도 이 판단을 받아들였다. 비과세 부동산의 추징 납세의무 성립일이 모두 2011. 1. 1. 이후이므로 지방세기본법상 경정청구권이 인정된다는 원심 판단에 법리 오해가 없다고 봤다.

실무상 취득일, 최초 비과세 또는 면제일, 추징사유 발생일, 신고기한을 한 줄로 섞으면 안 된다. 경정청구 제도의 적용시기를 검토할 때는 추징 납세의무의 성립 원인이 무엇인지부터 분리해야 한다.

2. 1차 잔금일이나 근저당 원인일만으로 사실상 취득일을 앞당길 수 없다

사실상 취득은 등기 없이도 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 뜻한다. 매매에서는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급됐다고 볼 정도여야 한다. 남은 잔금의 액수, 전체 대금에서 차지하는 비율, 잔금이 남은 경위 등 여러 사정을 함께 봐야 한다.

대법원은 별지 4 목록 순번 4, 25, 32, 33, 34에 관해 피고가 든 1차 잔금지급일 또는 근저당권설정등기의 원인일에 대금의 거의 전부가 지급됐다고 보기 어렵다는 원심 판단을 유지했다. 따라서 이들 부동산의 신고가 기한 후 신고라는 피고 주장을 배척하고 원고의 경정청구권을 인정한 판단도 유지했다.

항소심에서는 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34를 더 넓게 살폈다. 그러나 대법원 판단 대상으로 명시된 것은 별지 4 순번 4, 25, 32, 33, 34다. 심급별 범위를 섞어 대법원이 모든 항소심 대상 필지를 직접 판단했다고 쓰면 안 된다.

반대로 별지 2 목록 부동산은 신고기한이 지난 뒤 신고한 것으로 판단돼 경정청구권이 인정되지 않았다. 이 부분 경정거부는 항고소송의 대상인 처분으로 볼 수 없어 청구가 각하됐다. 기한 후 신고인지 여부는 필지별 취득시점과 신고일을 따로 확인해야 한다.

3. 3년은 취득일·등기일부터 계산하고 다시 시작하지 않는다

대법원은 구 지방세법 제107조·제127조 제1항과 구 지방세특례제한법 제41조 제1항의 문언을 기준으로 판단했다. 해당 부동산을 취득일·등기일부터 3년 안에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지를 따져야 하며, 3년의 시작점을 정당한 사유가 사라진 날로 바꿀 수 없다고 했다.

따라서 취득일·등기일부터 3년 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 것으로 인정되는 부동산에 대하여는, 이후 정당한 사유가 소멸하였더라도 이미 그 취득일·등기일부터 3년의 유예기간이 경과한 이상 쟁점 추징사유에 근거하여 취득세 등을 부과할 수 없다. 관련 소송이 끝난 날부터 새 3년이 진행된다고 보는 것은 법문에 없는 과세요건을 더하는 해석이 된다.

이 판단은 정당한 사유가 인정된 부동산에 관한 것이다. 직접 사용하지 못했다는 사실 하나만으로 정당한 사유가 당연히 인정되는 것은 아니다. 반대로 3년 안에 실제 사용하지 못했다는 사실 하나만으로 정당한 사유가 당연히 부정되는 것도 아니다. 먼저 해당 3년 동안의 장애와 노력을 구체적으로 판단하고, 정당한 사유가 인정된 다음에야 유예기간 재진행 불허 법리가 적용된다.

4. 정당한 사유의 인정 범위는 심급과 부동산별로 달랐다

1심은 학교법인이 장기간 학교부지 확장계획을 추진했고, 도시관리계획 변경과 실시계획 인가에 여러 기관의 검토가 필요했으며, 보완 요구에 응하고 설계·인가·공사를 계속 추진했다고 봤다. 사업 관련 소송이 확장 부지 전체에 영향을 미칠 수 있었던 점도 고려했다. 이를 바탕으로 각하 부분을 제외한 나머지에 정당한 사유를 넓게 인정해 경정거부 대부분을 취소했다.

항소심은 범위를 나눴다.

• 별지 4 목록 중 순번 18을 제외한 나머지에는 1심이 든 사업 추진 경위와 장애를 바탕으로 정당한 사유를 인정했다.
• 별지 3 목록 가운데 도시관리계획상 학교부지에 들어간 부분은 교육사업에 사용하기 위해 취득했고 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 봤다.
• 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29는 공익사업에 직접 쓰지 않고 임대해 수익사업에 사용한 것으로 판단했다. 이 부분은 정당한 사유와 관계없이 추징할 수 있다고 봤다.
• 순번 7, 11, 18 내지 21, 26 내지 29는 도시관리계획상 학교부지 밖에 있고 교육사업에 직접 사용하기 위해 취득한 것이 아니어서 처음부터 비과세·면제 대상이 아니라고 판단했다.
• 별지 3 목록 중 학교부지 밖 부분은 교육사업에 필요불가결하다고 인정할 자료가 부족해 처분사유가 있다고 봤다.
• 농지 세율 주장은 취득 당시 실제 농지였음을 인정할 증거가 부족하다는 이유로 배척했다.

그 결과 항소심은 1심의 광범위한 취소 결론을 그대로 두지 않았다. 별지 3·4 목록 관련 부분만 취소하고 나머지 청구를 기각했다. 따라서 최종 납세자 효과를 설명할 때는 1심 취소액을 최종 취소액처럼 쓰면 안 된다.

또 항소심은 원고가 소유권이전등기소송을 늦게 제기했거나 부동산 취득 과정에서 법 위반 의심이 있다는 사정만으로 그 소송이 원고의 귀책으로 제기됐다고 볼 수 없다고 했다. 도시관리계획 변경 취소소송도 토지 소유자가 제기했고 원고의 귀책으로 길어진 것이 아니라고 봤다. 다만 이런 사정을 고려한다는 것과 모든 부동산에 정당한 사유를 인정한다는 것은 별개다.

5. 정당한 세액을 계산할 자료가 없으면 해당 부분 전부를 취소할 수 있다

항소심은 별지 3 목록 부동산 일부가 학교부지 안에, 일부가 밖에 있다고 봤다. 밖 부분에 처분사유가 있더라도 제출된 자료로 안과 밖을 나누어 정당한 세액을 계산할 수 없었다. 별지 4 목록 순번 17과 18도 함께 과세돼 부분별 세액을 확인할 수 없었다. 항소심은 이런 경우 관련 세액 부분을 전부 취소했다.

대법원은 당사자가 사실심 변론종결 때까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 내지 않아 정당한 세액을 계산할 수 없다면 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다고 했다. 법원이 직권으로 납세자에게 귀속될 세액을 찾아 새로 계산할 의무는 없으며, 감액경정청구 거부처분 취소소송도 같다고 판시했다.

여기서 전부 취소란 사건 전체의 경정거부를 모두 취소했다는 뜻이 아니다. 정당한 세액을 나누어 계산할 수 없었던 별지 3 목록 관련 세액 등 해당 처분 부분의 전부를 뜻한다. 항소심은 다른 부분의 청구를 각하하거나 기각했다.

6. 대법원은 과세관청의 네 갈래 상고이유를 받아들이지 않았다

대법원의 핵심 결론은 다음과 같이 정리된다.

1. 추징 납세의무는 추징사유 발생 때 성립하므로, 성립일이 2011. 1. 1. 이후라면 지방세기본법상 경정청구 제도가 적용된다.
2. 별지 4 순번 4, 25, 32, 33, 34는 1차 잔금일 또는 근저당 원인일에 대금의 거의 전부가 지급됐다고 보기 어려워 기한 후 신고라는 주장이 배척됐다.
3. 3년의 유예기간은 취득일·등기일부터 계산한다. 정당한 사유가 사라진 날부터 다시 3년이 진행된다고 볼 수 없다.
4. 정당한 세액을 계산할 자료가 없다면 감액경정거부 취소소송에서도 해당 부분 거부처분 전부를 취소할 수 있다.

대법원은 이 네 판단에 법리 오해나 필요한 심리를 다하지 않은 잘못이 없다고 보고 피고의 상고를 기각했다. 소송비용 부담에 관한 불복도 본안 상고가 이유 없다는 이유로 받아들이지 않았다.

확정 여부

이 사건은 대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059 판결에서 피고의 상고가 기각됐다. 그러나 제공된 판결문에는 확정증명원이나 송달일 자료가 없고, 이후 절차도 확인되지 않았다. 따라서 현재 상태는 확정 여부 미확인 (확인일 2026-09-02)이다.

제목의 [승소]는 납세자에게 일부 유리한 항소심 결론에 대한 과세관청의 상고가 기각됐다는 분류다. 항소심은 원고 청구 일부를 취소하고 일부를 각하하며 나머지를 기각했다. 그러므로 이 사건을 원고 전부 승소 또는 [확정 승소]로 표현하면 판결 결과를 지나치게 넓히게 된다.

실무 체크리스트

경정청구권과 신고 절차

• 부동산의 취득일과 추징 납세의무 성립일을 구분했는가
• 비과세·면제의 법적 구조가 처음부터 납세의무가 성립한 뒤 감면되는 구조인지, 추징사유가 생길 때 비로소 납세의무가 성립하는 구조인지 확인했는가
• 각 부동산별 취득일·등기일, 3년 만료일, 추징사유 발생일, 신고기한, 실제 신고일을 한 표로 정리했는가
• 기한 내 신고, 기한 후 신고, 직권고지를 증명하는 신고서·접수증·고지서를 확보했는가
• 과세 전산자료의 입력값과 실제 신고서·접수증·고지서가 일치하는지 대조했는가
• 2011. 1. 1. 전후 적용 문제를 취득일 하나만으로 결론 내리지 않았는가

사실상 취득일

• 계약금·중도금·1차 잔금·최종 잔금의 지급일과 액수를 확인했는가
• 미지급 잔금의 절대액과 전체 대금에서 차지하는 비율을 함께 검토했는가
• 잔금이 남은 경위와 거래 구조를 확인했는가
• 근저당권 설정이 소유권 취득의 실질을 뜻하는지, 단순한 권리 보전인지 구분했는가
• 여러 필지가 한 거래나 공동담보로 묶였다면 개별 필지만 떼어 평가해도 되는지 검토했는가

정당한 사유

• 취득일부터 3년 동안 법령상·사실상 장애가 무엇이었는지 시기별로 정리했는가
• 도시관리계획, 환경·교통 검토, 실시계획 인가, 설계, 공사 등 실제 추진 자료가 이어지는가
• 보완 요구에 대한 회신과 후속 조치를 남겼는가
• 관련 소송을 누가 제기했고 누구의 귀책으로 길어졌는지 확인했는가
• 학교법인이 정상적이고 진지한 노력을 계속했는지 객관적 자료로 뒷받침되는가
• 직접 사용 실패만으로 정당한 사유를 자동 인정하거나 자동 부정하지 않았는가
• 정당한 사유가 인정된 부동산과 인정되지 않은 부동산을 분리했는가

부동산별 사용과 과세자료

• 학교부지 안, 학교부지 밖, 일부 편입 필지를 구분했는가
• 실제 사용관계가 교육사업인지 임대 등 수익사업인지 확인했는가
• 처음부터 교육사업에 쓰려고 취득한 부동산인지 검토했는가
• 한 필지 일부만 위법한 경우 면적별 과세표준과 세액을 나눌 자료가 있는가
• 여러 필지가 함께 과세됐다면 필지별 세액 배분 근거가 있는가
• 정당한 세액을 계산할 자료를 사실심 변론종결 전까지 제출했는가
• 공개 원문에서 생략된 별지의 필지·면적·세액을 추정하지 않았는가

결과 표시

• 1심의 취소 범위를 항소심 최종 결론으로 잘못 쓰지 않았는가
• 항소심 주문에 없는 취소 원금액을 계산해 넣지 않았는가
• 조세심판 결정번호가 판결문에 없다는 점을 지켰는가
• 2018. 6. 25. 환급액과 잔여 거부액의 심급별 차이를 함께 밝혔는가
• [승소]가 일부 유리라는 뜻이며 [확정 승소]가 아니라는 점을 밝혔는가

참고 자료

공식 판결문

• 대전지방법원 2020. 7. 22. 선고 2018구합104824: https://www.law.go.kr/LSW/precInfoP.do?precSeq=601839
• 대전고등법원 2021. 10. 28. 선고 2020누12207: https://www.law.go.kr/LSW/precInfoP.do?precSeq=601863
• 대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059: https://www.law.go.kr/LSW/precInfoP.do?precSeq=601497

판결문이 인용한 비교 판례

아래 사건번호는 제공된 판결문이 인용한 범위에서만 정리했다. 별도의 참조결정 또는 따른결정 목록은 확인되지 않았다.

• 대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781: 비과세·면제 뒤 추징과 유예기간 경과에 따른 과세기준일
• 대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253: 납세의무 성립 당시 법령 적용
• 대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608: 경정청구권이 없을 때 거부 회신의 처분성
• 대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469: 거부처분 성립에 필요한 신청권
• 대법원 2001. 2. 9. 선고 2000두2204: 사실상 취득의 뜻
• 대법원 1993. 4. 27. 선고 92누8934: 매매대금 거의 전부 지급과 사실상 취득
• 대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147: 미지급 잔금 등 사실상 취득의 구체적 판단
• 대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972: 조세법규의 엄격한 문언 해석
• 대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두44084: 정당한 세액을 산출할 수 없을 때 처분 취소 범위

공개 판결문에서는 별지 1～4 목록과 일부 표가 생략됐다. 따라서 이 글도 별지의 필지, 면적, 세액을 복원하거나 합산하지 않았다.