[일부승소] 철거 예정 주택의 건물과 부속토지는 종부세에서 다르게 본다 (2024두55235)

이 사건은 원고와 피고의 상고가 모두 기각된 일부승소·일부패소의 혼합 확정 사건이다. 납세자인 재개발정비사업조합은 철거 예정 주택의 건물 부분에 부과된 종합부동산세와 그에 연동된 농어촌특별세가 줄어드는 범위에서는 이겼다. 그러나 실제 멸실 전인 주택 부속토지의 주택분 종합부동산세는 유지됐고, 근린생활시설 부속 별도합산과세대상 토지도 과세 및 합산배제 불인정이 유지됐다.

결론은 세 갈래로 구분해야 한다.

원고는 이 사건 부동산에 부과된 재산세 처분에는 별도로 불복하지 않고 모두 납부했다. 이 소송 주문의 직접 대상은 2020년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세다. 법원이 재산세 비과세 규정을 해석한 것은 그 재산세 처분 자체를 취소하기 위해서가 아니라, 종합부동산세의 과세대상에 포함되는지를 판단하기 위해서다.

사건 개요

제1심 공개 판결은 당초 종합부동산세 801,496,480원과 농어촌특별세 160,299,290원을 적고, 종합부동산세 24,061,549원 및 농어촌특별세 4,812,309원을 초과하는 부분을 취소했다. 그러나 원심은 부속토지를 다시 과세대상에 포함해 정당세액을 새로 계산하면서 제1심 주문을 변경했다. 공개된 원심 주문과 정당세액 표의 금액 및 소송비용 부담비율은 xxx 또는 xx로 익명 처리되어 있다. 따라서 제1심 주문의 수치를 이용해 최종 취소액을 역산하거나 추정해서는 안 된다.

사실관계 구조

재개발사업과 과세의 시간축

2011.8.31. 원고 조합설립인가
        │
        ▼
2015.8.13.경 사업시행계획인가
        │
        ▼
2018.3.12.경 관리처분계획인가
2018.5.24.경 사업시행계획변경인가
2019.5.7. 관리처분계획변경인가
  └─ 2019.5.9. 고시에는 2020.3.부터 일부 철거 예정으로 기재
        │
        ▼
현금청산대상자의 주택과 토지를 협의 또는 수용으로 취득
  ├─ 수용재결: 2019.4.26. / 2019.9.25. / 2020.2.28.
  ├─ 수용개시: 2019.6.14. / 2019.11.15. / 2020.4.17.
  └─ 각 수용개시일 전 보상금 지급, 과세기준일 전 소유권 취득
        │
        ▼
2020.6.1. 종합부동산세 과세기준일
  ├─ 철거 계획 확정
  ├─ 건물: 철거보상계약이 적어도 묵시적으로 체결된 상태
  ├─ 부속토지: 건물이 아직 실제 멸실되기 전
  └─ 근린생활시설 부속토지: 별도합산과세대상
        │
        ▼
2020.11.20. 종합부동산세·농어촌특별세 부과
        │
        ▼
2021.2.15. 이의신청 → 기각
2021.6.18. 조세심판청구 → 2022.2.14. 기각
        │
        ▼
2022.4.29. 취소소송 제기
        │
        ▼
2023.7.21. 제1심 원고 일부승소
        │
        ▼
2024.8.23. 원심이 제1심 변경
        │
        ▼
2024.12.24. 양쪽 상고 모두 기각 → 혼합 결과 확정

원심은 제1심의 사실관계 기재 중 일부 날짜를 고쳐 썼다. 이 글은 관리처분계획인가를 2018.3.12.경, 관리처분계획변경인가를 2019.5.7.로 적은 원심의 정정 내용을 따른다. 철거 시점도 제1심의 2022.2.22.경이 아니라, 원심이 고쳐 쓴 2022.3.7.경부터 2022.4.25.경까지를 따른다. 2021.4.14. 건물해체신고 후 해체허가서를 받은 시점 역시 원심에 따라 2021.5.14. 내지 2021.5.17.경으로 본다.

부동산을 세 묶음으로 나눈 이유

원고는 현금청산 절차를 거쳐 주택 266호와 토지 40필지를 취득했다. 제1심 공개 전문은 주택의 규모를 건물 15,966.65㎡, 부속토지 10,946.48㎡, 별도 토지의 규모를 5,270.68㎡로 적었다. 원심 공개 전문은 관련 숫자를 익명 처리했지만, 과세 성격은 다음과 같이 분명히 구분했다.

이 사건 부동산
├─ 이 사건 주택
│  ├─ 건물 부분
│  │   └─ 철거보상계약이 체결된 철거 예정 건축물
│  │       → 재산세 비과세 성격
│  │       → 주택분 종합부동산세 과세대상 제외
│  └─ 부속토지 부분
│      └─ 과세기준일 현재 건물이 실제 멸실되기 전
│          → 주택분 재산세 과세대상
│          → 주택분 종합부동산세 과세 유지
└─ 이 사건 토지
   └─ 근린생활시설 부속토지
       → 별도합산과세대상
       → 토지분 종합부동산세 과세 유지
       → 제104조의19 제1항 합산배제 불인정

건물과 부속토지는 통상 하나의 주택 공시가격 안에서 다뤄지지만, 비과세 문언과 종합부동산세 납세의무 구조가 언제나 두 부분을 같은 결론으로 이끄는 것은 아니다. 이 사건의 핵심은 철거 예정이라는 사실 자체보다 비과세 규정이 어느 물적 범위까지 적용되는지, 그리고 과세기준일에 건물이 실제로 멸실됐는지에 있었다.

핵심 쟁점

1. 수용으로 취득한 철거 예정 주택에도 철거보상계약이 있다고 볼 수 있는가

원고는 현금청산대상자의 주택을 협의 또는 수용으로 취득했다. 구 지방세법 시행령 제108조 제3항은 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되고 과세기준일 현재 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택을 재산세 비과세대상으로 정했다. 쟁점은 사법상 협의취득 계약뿐 아니라 수용보상금 지급과 소유권 원시취득의 구조에서도 철거보상계약을 인정할 수 있는지였다.

2. 건물 부분이 비과세이면 주택 부속토지도 함께 빠지는가

구 지방세법 제109조 제3항 제5호와 같은 법 시행령 제108조 제3항은 주택을 언급하면서도 비과세 범위를 건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물 부분으로 한정한다. 따라서 주택의 건물 부분에 재산세 비과세 성격이 인정되더라도 부속토지까지 자동으로 같은 결론이 되는지가 문제됐다.

3. 철거 계획이 확정됐지만 실제 멸실 전인 부속토지는 무엇으로 과세하는가

과세기준일인 2020.6.1.에는 철거 계획과 보상이 존재했지만 건물은 실제로 멸실되지 않았다. 멸실 전 부속토지를 주택분으로 계속 과세할지, 멸실된 주택의 부속토지에 관한 별도합산 규정을 적용할지가 다퉈졌다.

4. 근린생활시설 부속 별도합산토지에 합산배제 특례가 적용되는가

구 조세특례제한법 제104조의19 제1항은 일정한 주택건설사업자가 주택 건설을 위해 취득한 토지 중 요건을 갖춘 토지를 구 종합부동산세법 제13조 제1항의 과세표준 합산 대상에서 제외하도록 했다. 이 조항이 제13조 제2항의 별도합산과세대상 토지에도 적용되는지가 문제됐다.

5. 법정기간 내 보유현황 신고가 없었어도 소송 제기로 합산배제를 받을 수 있는가

원고는 2020.9.16.부터 2020.9.30.까지의 법정신고기간에 토지 보유현황을 신고하지 않았다. 이후 취소소송에서 특례를 주장한 것을 신고나 경정청구에 준해 볼 수 있는지도 다퉈졌다.

6. 정비사업조합 소유 부동산을 조합원별 신탁재산으로 나눠 계산할 수 있는가

원고는 사업목적상 조합원을 위해 보유한 재산이므로 신탁관계를 인정해 위탁자별로 과세표준을 나눠야 한다고 주장했다. 그러나 과세기준일 현재 신탁등기·등록이 없었고 현금청산대상자와 조합 사이의 신임관계도 확인되지 않았다.

원고 주장

1. 주택 전체가 철거 예정 재산이므로 종합부동산세에서 제외돼야 한다

원고는 과세기준일 전에 철거보상계약이 이루어졌고, 상당수 주택의 단전·단수와 이주가 끝났으며, 이후 모두 철거됐다고 주장했다. 재개발사업을 위해 취득한 종전 주택은 주거용으로 다시 사용할 가능성이 없고 재산적 가치도 유지되지 않았으므로 건물과 부속토지를 포함한 주택 전체를 과세대상에서 빼야 한다는 입장이었다.

원고는 예비적으로 과세기준일 현재 이주를 마치고 단전·단수된 161호만이라도 주택 기능을 상실했으므로 해당 부분에 대한 과세를 취소해야 한다고 주장했다.

2. 부속토지와 별도 토지는 합산배제 대상이다

원고는 이 사건 부속토지를 철거·멸실된 주택의 부속토지로 보아 별도합산과세대상 토지로 취급해야 하고, 근린생활시설 부속토지와 함께 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항의 합산배제를 적용해야 한다고 주장했다. 원고가 도시정비법상 사업시행자이고 주택 건설을 위해 토지를 취득했으며 취득 후 5년 이내에 사업시행계획변경인가를 받았다는 점을 근거로 들었다.

3. 합산배제 신고가 단순 협력의무라면 소송 중 주장으로도 보완할 수 있다

원고는 같은 조 제2항의 신고가 과세 편의를 위한 정보제공의무에 불과하므로 기간 내 신고를 하지 않았다는 사정만으로 실체적 특례를 박탈해서는 안 된다고 주장했다. 경정청구기간 안에 소를 제기해 특례 적용을 주장했으므로 신고를 이행한 것으로 보거나, 적어도 소장 제출로 그 내용이 과세관청에 알려졌다고 봐야 한다는 논리였다.

4. 조합원별 신탁재산으로 나눠 과세표준을 계산해야 한다

원고는 정비사업조합이 사업목적으로 취득한 재산은 조합원을 위해 소유하는 것이므로 당연한 신탁관계가 있다고 주장했다. 이 사건 부동산을 위탁자별로 구분해 공시가격을 합산하면 각각의 과세기준금액을 적용할 수 있으므로, 원고 명의 재산을 모두 단순 합산한 처분은 위법하다고 보았다. 항소심에서는 수용재결로 취득한 뒤 자기신탁을 했다는 취지의 주장도 추가했다.

피고 주장

1. 철거보상계약의 주체와 2022년 시행령 개정을 근거로 건물 비과세도 부정했다

피고는 철거명령 또는 철거보상계약의 주체가 행정관청이나 그 지위를 의제받는 자인 경우에만 구 지방세법 시행령 제108조 제3항을 적용할 수 있는데, 원고 조합은 그 주체가 아니라고 주장했다. 2022년 종합부동산세법 시행령에 멸실 목적 취득 주택의 합산배제 규정이 신설되면서 소급적용 규정을 두지 않았으므로 2020년 과세에 그 취지를 가져와서는 안 된다는 주장도 했다.

2. 건물 비과세가 인정돼도 부속토지는 별도로 과세해야 한다

피고는 항소심에서 예비적으로, 비과세 규정이 명시적으로 건축물 부분에 한정되므로 주택 부속토지는 주택분 재산세 및 주택분 종합부동산세 과세대상이라고 주장했다. 과세기준일 현재 건물이 실제 철거·멸실된 것은 아니므로 부속토지를 철거·멸실된 주택의 부속토지로 보아 별도합산할 수도 없다고 보았다.

3. 근린생활시설 부속토지는 별도합산과세대상이고 특례 적용 범위 밖이다

피고는 이 사건 토지의 과세 내역에는 근린생활시설 부속 별도합산과세대상 토지만 포함됐고 종합합산과세대상 토지는 없다고 주장했다. 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항은 구 종합부동산세법 제13조 제1항의 종합합산과세대상 토지에 대한 특례이므로 별도합산토지에는 적용되지 않는다는 입장이었다.

4. 법정 신고와 신탁등기가 없었다

피고는 원고가 2020년 법정신고기간에 토지 보유현황을 신고하지 않았으므로, 설령 토지의 객관적 성격이 특례 조항과 관련되더라도 합산배제를 받을 수 없다고 주장했다. 과세기준일 뒤인 2021.6.25.에 일부 토지의 신탁등기가 접수됐을 뿐이므로 2020.6.1. 현재 조합원별 신탁재산으로 나눌 수도 없다고 보았다.

관련 법령

이 사건은 2020년 귀속 과세이므로 판결이 적시한 당시 법령을 기준으로 읽어야 한다.

구 종합부동산세법 제7조 제1항

과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억 원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

주택분 종합부동산세는 재산세 과세대상인 주택을 전제로 한다. 그래서 건물 부분이 재산세 비과세대상 성격을 갖는다는 판단이 그 건물 부분의 종합부동산세 과세 여부에 연결됐다.

구 지방세법 제109조 제3항 제5호

행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과하는 것이 적절하지 아니한 건축물 또는 주택으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 주택의 경우 건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물 부분으로 한정한다.

핵심은 마지막 한정 문구다. 주택이라는 표현만 떼어 부속토지까지 비과세된다고 읽을 수 없고, 비과세 범위는 건축물 부분에 한정된다.

구 지방세법 시행령 제108조 제3항

재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택을 말한다. 주택은 건축법상 건축물 부분으로 한정한다.

원심은 철거보상계약이 명시적 계약에만 한정되지 않고 묵시적으로도 성립할 수 있으며, 수용보상금이 관련 법령에 따라 지급 또는 공탁된 경우에도 특별한 사정이 없으면 철거보상계약이 적어도 묵시적으로 체결된 것으로 볼 수 있다고 판단했다.

구 종합부동산세법 제12조 제1항과 제13조

구 종합부동산세법은 토지를 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 나눴다. 별도합산과세대상은 국내 해당 토지의 공시가격 합계가 80억 원을 초과하는 경우 토지분 종합부동산세 납세의무가 성립한다. 제13조 제1항은 종합합산과세대상 토지, 제2항은 별도합산과세대상 토지의 과세표준 계산을 각각 규정했다.

이 구분 때문에 제13조 제1항만을 가리킨 합산배제 특례를 제13조 제2항의 별도합산과세대상 토지까지 넓힐 수 있는지가 중요했다.

구 조세특례제한법 제104조의19 제1항·제2항

일정한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산 대상 토지의 범위에 포함하지 아니하는 것으로 본다.

이 특례를 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고해야 한다.

원심은 제1항을 종합합산과세대상 토지에 관한 특례로 해석했다. 별도합산과세대상인 근린생활시설 부속토지는 조항의 물적 범위에 들지 않고, 실제 멸실 전인 주택 부속토지는 주택분 과세대상이어서 역시 적용되지 않는다고 판단했다. 나아가 적용대상이라고 가정해도 법정 신고가 없었다는 독립된 문제가 남았다.

구 지방세법 제106조 제1항 제2호와 같은 법 시행령 제103조의2

철거·멸실된 주택의 부속토지는 실제 철거·멸실일부터 6개월이 지나지 않은 경우 별도합산과세대상으로 분류될 수 있다. 원심은 이 규정의 출발점이 실제 철거·멸실이라고 보았다. 계획 확정이나 건물 부분 비과세를 실제 멸실과 동일하게 볼 수는 없다고 판단했다.

구 지방세법 제107조 제1항 제2호·제3호

주택 건물과 부속토지 소유자가 다른 경우 주택 산출세액을 건물과 부속토지의 시가표준액 비율로 안분해 각 소유자를 납세의무자로 본다. 신탁재산은 신탁법에 따라 수탁자 명의로 등기·등록되고 위탁자별로 구분된 경우에 수탁자를 납세의무자로 보면서 위탁자별 재산을 각각 다른 납세의무자의 재산으로 취급한다.

농어촌특별세법 제5조

종합부동산세법에 따라 납부해야 할 종합부동산세액의 20%가 농어촌특별세 과세표준과 세율 구조에 연결된다. 따라서 건물 부분의 종합부동산세 정당세액이 줄면 농어촌특별세도 함께 조정되지만, 이 사건 원심 공개 주문은 최종 금액을 익명 처리했다.

법원 판단

1. 제1심: 주택 전체를 과세대상에서 제외하고 토지 청구는 배척했다

서울행정법원은 재개발사업에서 조합이 현금청산대상자의 주택을 협의 또는 수용으로 취득하면 그 주택은 사업 목적상 당연히 철거될 예정이라고 보았다. 취득대금에는 예정된 철거에 대한 보상 성격도 포함되고, 과세기준일 당시 철거보상계약이 체결된 재산세 비과세대상에 해당하므로 주택 전체가 구 종합부동산세법 제7조 제1항의 과세대상에서도 제외된다고 판단했다.

제1심은 과세기준일 당시 상당수 주택이 단전·단수되고 거주자가 퇴거한 상태였으며, 관리처분계획변경인가 고시상 2020.3.부터 철거가 예정돼 있었다는 점도 고려했다. 2022년에 신설된 멸실 목적 취득 주택의 합산배제 규정은 과세대상 제외 범위를 더 명확히 한 것이라고 보았다.

반면 별도 토지에 관한 합산배제 주장은 받아들이지 않았다. 원고가 법정기간에 토지 보유현황을 신고하지 않았고, 소송 제기를 신고 이행으로 볼 수 없다고 판단했다. 신탁 주장도 과세기준일 현재 신탁등기와 신탁 설정 합의를 뒷받침할 자료가 없다는 이유로 배척했다.

그 결과 제1심은 종합부동산세 801,496,480원 중 24,061,549원을 초과하는 부분과 농어촌특별세 160,299,290원 중 4,812,309원을 초과하는 부분을 취소하고 나머지 청구를 기각했다. 소송비용은 원고 5%, 피고 95% 부담으로 정했다. 이 수치는 제1심 주문일 뿐 최종 확정 세액이 아니다.

2. 원심: 건물 비과세는 유지하되 부속토지 과세를 되살렸다

원고는 제1심 패소 부분의 취소를 구했고, 피고도 제1심에서 취소된 부분의 청구를 기각해 달라고 항소했다. 서울고등법원은 건물 부분에 관한 제1심 판단은 유지했지만, 부속토지까지 과세대상에서 제외한 범위는 좁혔다. 결국 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 변경했다.

건물 부분: 철거보상계약과 재산세 비과세 성격 인정

원심은 철거보상계약의 주체를 반드시 행정관청으로 제한하는 해석을 받아들이지 않았다. 시행령 문언상 행정관청으로부터는 철거명령에 붙는 표현이고, 철거보상계약의 상대방까지 행정관청으로 한정한다고 읽는 것은 자연스럽지 않다고 보았다.

수용의 경우에도 결론은 같았다. 사업시행자가 수용개시일까지 보상금을 지급하거나 공탁하고 소유권을 원시취득하는 구조, 건축물 보상과 철거비용 부담 규정을 종합하면, 특별한 사정이 없는 한 수용보상금 지급에는 예정된 철거에 관한 보상과 합의의 성격이 포함된다고 보았다. 원고가 과세기준일 전 보상금 지급을 완료하고 소유권을 취득했으므로 철거보상계약이 적어도 묵시적으로 체결됐다고 판단했다.

또한 2020년에 철거하기로 계획이 확정됐고, 과세기준일 현재 상당수 주택의 단전·단수와 퇴거가 진행된 사정을 확인했다. 이에 따라 건물 부분은 구 지방세법 제109조 제3항 제5호와 시행령 제108조 제3항의 재산세 비과세대상 성격을 갖고, 구 종합부동산세법 제7조 제1항의 주택분 종합부동산세 과세대상에서 제외된다고 판단했다.

2022년 종합부동산세법 시행령 신설 규정은 2020년 과세에 직접 소급 적용된 것이 아니다. 원심은 그 개정 취지를 참고했을 뿐, 건물 부분의 비과세 결론은 2020년 당시 구 지방세법과 시행령의 철거보상계약 규정에서 도출했다. 이를 소급과세 또는 소급감면의 문제로 설명해서는 안 된다.

주택 부속토지: 건물 비과세와 별개로 과세 유지

원심은 구 지방세법과 시행령이 철거 예정 주택의 비과세 범위를 명시적으로 건축물 부분에 한정한다고 보았다. 따라서 건물 부분이 비과세라고 해도 부속토지는 자동으로 빠지지 않는다.

주택 건물과 부속토지의 소유자가 다를 때도 부속토지 소유자는 안분된 공시가격을 기준으로 주택분 재산세와 주택분 종합부동산세 납세의무자가 될 수 있다. 원심이 인용한 대법원 2013.2.28. 선고 2011두27896 판결의 취지도 주택의 부속토지만 보유한 경우라도 그 가액을 합산해 과세기준금액을 초과하면 주택분 종합부동산세 납세의무가 성립할 수 있다는 것이다.

과세기준일에는 철거 계획만 확정됐을 뿐 건물이 실제로 멸실되지 않았다. 따라서 부속토지는 철거·멸실된 주택의 부속토지가 아니라 여전히 주택분 과세대상이었다. 실제 멸실 전에는 주택분, 멸실 후 6개월까지는 별도합산 토지분, 그 뒤에는 다른 요건에 따라 종합합산 토지분으로 넘어갈 수 있다는 시간 구분이 제시됐다.

근린생활시설 부속 별도 토지: 과세 및 합산배제 불인정

과세 내역에 포함된 별도 토지는 근린생활시설인 건축물의 부속토지였다. 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목에 따른 별도합산과세대상이고, 구 종합부동산세법 제12조 제1항 제2호에 따른 토지분 종합부동산세 과세대상이라고 판단했다.

구 조세특례제한법 제104조의19 제1항은 구 종합부동산세법 제13조 제1항의 종합합산과세대상 토지에 관한 합산배제 규정이다. 제13조 제2항의 별도합산과세대상 토지인 이 사건 토지에는 적용되지 않는다. 이 이유만으로도 원고의 합산배제 주장은 받아들여지지 않았다.

합산배제 신고: 적용대상이라고 가정해도 법정 신고가 없어 배제

원심은 가정적으로 이 사건 부속토지나 별도 토지가 특례의 물적 적용대상이라고 보더라도 결론은 달라지지 않는다고 판단했다. 원고는 2020.9.16.부터 2020.9.30.까지 법정신고기간에 보유현황을 신고하지 않았다.

합산배제 신고는 단순한 임의적 협력에 그치지 않는다. 과세관청이 토지의 취득 목적과 특례 해당 여부를 파악해 정당세액을 계산하는 데 필요한 절차다. 정해진 신고서에 따른 신고 없이 취소소송의 소장에 특례 주장을 적은 것만으로 법정 신고를 대신할 수 없다. 2023.1.1. 이후 적용되는 개정 국세기본법상 경정청구 제도를 원고가 이용한 사실도 없었다.

신탁 주장: 과세기준일 현재 등기·등록이 없어 배척

구 지방세법은 수탁자 명의로 등기·등록된 신탁재산에 한해 위탁자별 구분과세 구조를 인정했다. 일부 토지의 신탁등기는 과세기준일 뒤인 2021.6.25.에 이루어졌고, 다른 부동산의 신탁등기 여부도 확인되지 않았다.

원고가 수용절차를 통해 현금청산대상자의 소유권을 취득한 점에 비춰 조합원과 원고 사이에 신임관계에 기초한 실질적 위탁관계가 성립했다고 볼 자료도 없었다. 따라서 2020.6.1. 현재 원고 명의 부동산을 조합원별 신탁재산으로 나눠 계산할 수 없다고 판단했다.

취소 범위: 건물 부분만 제외해 정당세액을 다시 산정

원심은 건물 부분만 종합부동산세 과세대상에서 제외하고, 주택 부속토지와 근린생활시설 부속 별도 토지를 과세대상에 남겨 정당세액을 다시 계산했다. 피고가 원심의 석명에 따라 주택분 과세물건 수를 줄이고, 건물과 부속토지의 소유자가 다른 주택은 시가표준액 비율로 안분해 산출한 자료도 정당하다고 보았다.

다만 공개 원심 주문에는 당초세액, 정당세액, 취소되는 초과분과 소송 총비용 부담비율이 익명 처리돼 있다. 확인 가능한 결론은 건물 부분에 대응하는 종합부동산세·농어촌특별세의 정당세액 초과분이 취소됐고, 부속토지와 별도 토지에 관한 나머지 청구는 기각됐다는 데까지다.

3. 대법원: 양쪽 상고를 모두 기각했다

원고는 원심에서 과세가 유지된 부분에 관해 상고했고, 피고는 건물 부분 감액이 인정된 부분에 관해 상고했다. 대법원 판결의 당사자 표시는 원고를 상고인 겸 피상고인, 피고를 피상고인 겸 상고인으로 적었다.

대법원은 상고이유 주장이 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호의 사유를 포함하지 않거나 받아들일 수 없다고 보아 심리불속행으로 상고를 모두 기각했다. 별도의 장문 법리를 새로 제시한 것이 아니라 원심의 혼합 결론을 그대로 확정한 판결이다.

상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가 부담하고, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 부담하도록 했다. 어느 한쪽이 전부 이긴 사건으로 요약해서는 안 된다.

심급별 판단 비교

이 비교에서 가장 중요한 변화는 제1심이 주택을 하나의 과세단위처럼 넓게 제외한 데 비해, 원심이 법문에 따라 건물과 부속토지를 분리했다는 점이다. 대법원이 양쪽 상고를 기각하면서 바로 그 분리가 최종 결과로 남았다.

원심이 인용한 관련 판례와의 연결

이 표는 원심 판결문이 직접 인용한 범위에서만 정리한 것이다. 각 판례를 이 사건과 동일한 사실관계로 일반화한 것이 아니다.

주문과 효과

대법원 주문

상고를 모두 기각한다.

상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 각 부담한다.

확정된 혼합 효과

1. 납세자에게 유리한 확정 부분

   과세기준일 현재 철거 계획이 확정되고 철거보상계약이 적어도 묵시적으로 체결된 주택의 건물 부분은 재산세 비과세대상 성격을 갖는다. 그 결과 그 건물 부분은 구 종합부동산세법 제7조 제1항의 주택분 종합부동산세 과세대상에서 제외된다. 이에 대응하는 종합부동산세 정당세액 초과분과 연동 농어촌특별세 초과분은 취소된다.

2. 납세자에게 불리한 확정 부분

   비과세 특례는 건축물 부분에 한정된다. 과세기준일에 건물이 실제로 멸실되지 않은 이상 주택 부속토지는 주택분 종합부동산세 과세대상으로 남는다. 철거 계획이 확정됐다는 사정만으로 부속토지까지 비과세하거나 멸실 후 토지로 분류할 수 없다.

3. 별도 토지에 관한 불리한 확정 부분

   근린생활시설 부속토지는 별도합산과세대상으로 과세가 유지된다. 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항은 종합합산과세대상 토지의 합산배제 특례이므로 적용되지 않고, 법정기간 내 보유현황 신고도 없었다.

4. 재산세 처분에는 직접적인 취소 주문이 없다

   원고는 재산세 부과처분에 별도로 불복하지 않고 이를 모두 납부했다. 재산세 비과세 법리는 종합부동산세의 과세요건을 판단하는 전제가 됐을 뿐이다. 이 판결을 근거로 이미 납부한 재산세 처분까지 이 소송 주문으로 취소됐다고 표현해서는 안 된다.

5. 최종 취소액은 공개 자료로 확정할 수 없다

   원심은 제1심보다 부속토지 과세 범위를 넓혀 정당세액을 다시 계산했으나, 공개 주문의 금액과 소송비용 비율이 익명 처리됐다. 제1심 금액과 원심의 결론을 결합해 최종 취소액을 계산하는 것은 추정에 불과하다. 실제 환급·충당·장부 반영에는 원심 별지 정당세액표, 원처분 세액명세, 경정결의서가 필요하다.

실무 시사점

1. 철거 예정 주택이라는 한 문장으로 건물과 토지를 함께 처리하면 안 된다

정비사업 현장에서는 주택을 한 개의 물건으로 관리하기 쉽지만, 이 판결의 과세 판단은 건물과 부속토지를 분리한다. 건물은 철거보상계약과 해당 연도 철거계획을 근거로 비과세 성격을 인정받을 수 있다. 반면 부속토지는 건물의 실제 멸실 전까지 주택분 과세대상으로 남을 수 있다.

과세 검토표도 주택 수, 공시가격, 취득일만으로는 부족하다. 최소한 건물 공시가격, 부속토지 공시가격, 소유자, 실제 멸실일, 멸실 후 경과기간을 별도 열로 관리해야 한다.

2. 철거보상계약은 계약서 제목보다 취득·보상 구조가 중요하다

원심은 명시적인 철거보상계약서만을 요구하지 않았다. 관리처분계획과 철거 예정, 수용재결, 수용개시일, 보상금 지급 또는 공탁, 건축물 보상 내역, 소유권 취득을 함께 보고 묵시적 철거보상계약을 인정했다.

따라서 정비사업조합은 과세기준일 전에 다음 자료를 묶어 보존할 필요가 있다.

• 사업시행계획 및 관리처분계획 인가·고시
• 철거 예정 연도와 철거 일정이 적힌 고시·공정표
• 현금청산 협의서 또는 수용재결서
• 수용보상금 지급·공탁 증명
• 건축물과 토지의 보상평가 내역
• 소유권 취득일과 수용개시일 자료
• 단전·단수, 이주, 출입통제 등 사용 중단 자료

다만 단전·단수나 이주만으로 건물 비과세가 자동 확정되는 것은 아니다. 이 사건에서는 해당 연도 철거계획과 과세기준일 현재 철거보상계약이라는 법정 요건이 중심이고, 사용 중단 자료는 이를 보강했다.

3. 실제 멸실일은 부속토지의 세목 분류가 바뀌는 경계다

철거계획 확정일, 해체신고일, 해체허가일, 철거공사 착수일, 실제 멸실일, 건축물대장 말소일은 서로 다르다. 원심은 실제 철거·멸실 전까지 부속토지를 주택분으로 봤다. 실제 멸실 후에는 6개월이라는 별도합산 규정의 시간축이 문제될 수 있다.

과세기준일마다 그날 현재 어느 단계였는지를 확인해야 한다. 전년도에 철거 계획이 확정됐다는 사실이나 다음 연도에 실제 철거됐다는 사실만으로 과세기준일의 분류를 바꿀 수 없다.

4. 합산배제는 물적 요건과 절차 요건을 따로 점검해야 한다

이 사건에서 원고는 사업시행자이고 주택을 건설하기 위해 토지를 취득했지만, 그것만으로 합산배제가 인정되지 않았다. 먼저 대상 토지가 구 종합부동산세법 제13조 제1항의 종합합산과세대상인지, 제2항의 별도합산과세대상인지 구분해야 한다. 그다음 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항의 신고기간과 서식을 지켰는지 확인해야 한다.

실체 요건을 충족한다고 생각해도 신고를 놓치면 소송에서 뒤늦게 주장하는 것으로 보완되지 않을 수 있다. 합산배제 검토는 취득 단계가 아니라 매년 9월 신고 일정과 연결해 관리해야 한다.

5. 재산세 과세자료를 그대로 사용한 종합부동산세도 별도로 다툴 수 있다

원고가 재산세를 납부하고 불복하지 않았다는 사실만으로 종합부동산세 취소소송이 막히지는 않았다. 두 세금은 과세기준일과 과세대상에서 연결되지만 부과주체·과세요건·절차가 다른 별개의 조세이기 때문이다.

다만 이 결론은 재산세 처분의 효력이 소급해 사라졌다는 뜻이 아니다. 재산세 불복기한과 종합부동산세 불복기한, 각 처분의 주문 범위를 별도로 관리해야 한다.

6. 후속 시행령 신설을 과거 과세연도에 직접 적용했다고 쓰면 안 된다

원심은 2022년 신설된 멸실 목적 취득 주택의 합산배제 규정을 2020년에 직접 적용하지 않았다. 신설 규정은 당시 법령 해석이 지향한 과세대상 범위를 확인하는 보조 사정으로 언급됐을 뿐이다. 과거 연도 검토에서는 당시 시행 법령에서 먼저 결론을 도출하고, 후속 개정은 입법 취지 확인 자료로 제한해 사용해야 한다.

7. 혼합 판결은 쟁점별 세액 원장을 만들어야 한다

이 사건처럼 건물은 취소, 부속토지와 별도 토지는 유지되는 경우 승소라는 한 단어만으로 후속 업무를 처리하기 어렵다. 과세물건별로 다음 항목을 매핑해야 한다.

특히 공개 원심 주문처럼 금액이 가려진 경우 법률 결론과 실제 경정세액을 분리해 기록해야 한다.

실무 체크리스트

과세기준일과 물건 분류

• 해당 연도 종합부동산세 과세기준일인 6월 1일 현재 상태를 기준으로 검토했는가
• 주택을 건물 부분과 부속토지 부분으로 나눠 공시가격과 소유자를 확인했는가
• 근린생활시설 등 주택이 아닌 건축물의 부속토지를 별도 묶음으로 분리했는가
• 부속토지가 주택분, 종합합산 토지분, 별도합산 토지분 중 어디에 속하는지 확인했는가
• 주택의 실제 철거·멸실일과 건축물대장 말소일을 각각 확인했는가
• 실제 멸실 후 6개월 경과 여부를 과세기준일 기준으로 계산했는가

철거계획과 보상 자료

• 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정됐음을 보여주는 인가·고시가 있는가
• 관리처분계획과 변경계획에 철거 예정 시기가 적혀 있는가
• 협의취득 계약서, 수용재결서, 협의성립 확인 또는 공탁서가 있는가
• 과세기준일 전에 보상금 지급 또는 공탁이 완료됐는가
• 건축물 보상액과 토지 보상액을 구분할 수 있는가
• 수용개시일과 소유권 취득일을 물건별로 확인했는가
• 단전·단수, 이주 완료, 출입통제 자료는 법정 요건을 보강하는 자료로 정리했는가

합산배제와 신고

• 적용하려는 특례가 종합합산과세대상과 별도합산과세대상 중 어느 범위를 가리키는지 법문을 확인했는가
• 구 조세특례제한법 제104조의19의 사업자·취득 목적·승인 기한 요건을 각각 확인했는가
• 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 보유현황 신고를 했는가
• 최초 신고 이후 변동 유무와 다음 연도 신고 필요성을 확인했는가
• 신고서 접수증과 과세물건별 명세를 보존했는가
• 신고 누락 후 소송 주장만으로 보완될 것이라고 전제하지 않았는가

신탁과 납세의무자

• 과세기준일 현재 신탁등기·등록이 완료돼 있었는가
• 위탁자별 재산 구분이 등기와 과세자료에 반영돼 있는가
• 조합의 사업목적상 보유라는 사정만으로 당연한 신탁관계를 전제하지 않았는가
• 현금청산대상자와 조합 사이에 신임관계와 신탁 설정 합의를 뒷받침할 자료가 있는가

불복과 판결 집행

• 재산세와 종합부동산세를 별개의 처분으로 나눠 불복기한을 관리했는가
• 이 사건처럼 재산세 처분을 다투지 않은 경우 종합부동산세 판결의 주문이 재산세까지 취소한다고 오해하지 않았는가
• 판결의 취소 대상에 농어촌특별세가 포함되는지 확인했는가
• 제1심 금액과 원심 확정 금액을 혼동하지 않았는가
• 공개 주문의 익명 처리 금액을 임의로 역산하지 않았는가
• 원심 정당세액표, 경정결의서, 환급통지서와 충당 내역을 확보했는가
• 양쪽 상고 기각과 각자의 상고비용 부담을 사건 종결 기록에 반영했는가

참고 자료

대상 사건과 심급별 공식 자료

• 대법원 2024.12.24. 선고 2024두55235 판결, 종합부동산세등부과처분취소
  • 국가법령정보센터 판례: https://www.law.go.kr/LSW/precInfoP.do?precSeq=417826
• 서울고등법원 2024.8.23. 선고 2023누55483 판결
  • 국가법령정보센터 판례: https://www.law.go.kr/LSW/precInfoP.do?precSeq=349166
• 서울행정법원 2023.7.21. 선고 2022구합65115 판결
  • 국가법령정보센터 판례: https://www.law.go.kr/LSW/precInfoP.do?precSeq=349910

판결문이 인용한 주요 법령

• 구 종합부동산세법 제2조, 제3조, 제7조, 제11조, 제12조, 제13조, 제17조, 제21조
• 구 지방세법 제104조, 제105조, 제106조, 제107조, 제109조
• 구 지방세법 시행령 제101조, 제103조의2, 제108조
• 구 조세특례제한법 제104조의19 및 구 조세특례제한법 시행령 제104조의18
• 구 도시 및 주거환경정비법 제25조, 제63조, 제65조, 제73조, 제81조
• 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제40조, 제42조, 제43조, 제75조
• 국세기본법 제45조의2 및 2022.12.31. 개정 부칙
• 농어촌특별세법 제5조
• 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항

판결문이 인용한 비교 판례

• 대법원 2013.2.28. 선고 2011두27896 판결: 주택 부속토지만 소유한 경우의 주택분 종합부동산세 납세의무
• 대법원 2014.11.27. 선고 2012두26852 판결: 신탁재산의 소유와 위탁자별 구분과세
• 대법원 2018.6.15. 선고 2017두73068 판결: 합산배제 신고의 과세정보 제공 기능

공개 자료를 통해 확정할 수 있는 것은 건물 부분의 과세 제외, 부속토지와 별도 토지의 과세 유지, 양쪽 상고 기각 및 비용 부담 방식이다. 공개 원심 주문에 가려진 최종 정당세액과 정확한 취소액은 별도의 비공개 소송기록이나 과세관청의 경정자료 없이 확정할 수 없다.