[항소심 승소] 재산세 경감비율 부분을 분리과세로 보아 종합부동산세에서 제외한 판결 (2025나209112)

서울고등법원은 구 지방세법상 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 부분을 분리과세대상으로 보고 종합부동산세 과세대상에서 제외해야 한다는 제1심 판단을 유지했다. 대한민국의 항소는 모두 기각됐다. 다만 2026년 8월 6일 현재 상고 여부와 판결의 형식적 확정 여부는 확인하지 못했다. 국세법령정보시스템에 표시된 완료 상태는 문서 처리 상태일 뿐, 판결 확정이나 상고 부존재를 뜻하는 자료로 볼 수 없다.

이 사건의 핵심은 재산세 경감액을 얼마로 볼 것인가보다 먼저, 경감비율에 해당하는 토지를 어떤 과세대상으로 구분할 것인가에 있다. 당시 구 지방세법 제106조 제1항은 재산세 경감비율 부분을 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 정했다. 법원은 재산세 과세대상 토지가 종합합산·별도합산·분리과세 중 하나에는 들어가야 하므로 그 부분을 분리과세대상으로 보았다. 종합부동산세법 제11조가 종합합산과 별도합산 토지만 토지분 종합부동산세 과세대상으로 삼으므로, 분리과세로 분류된 경감비율 부분은 종합부동산세에서도 빠진다.

제1심은 경감비율 부분을 합산과세대상에 넣은 처분이 단순히 취소할 수 있는 위법에 그치지 않고 중대하고 명백한 하자가 있어 무효라고 판단했다. 이에 따라 이미 낸 세금 가운데 정당세액을 넘는 종합부동산세와 농어촌특별세를 부당이득으로 반환하도록 했다. 항소심은 제1심의 사실인정과 판단을 인용하고, 대한민국이 항소심에서 강조하거나 추가한 두 주장까지 배척했다.

사건 개요

여기서 분리·확정은 지방자치단체 상대 부분에 관한 항소심 판결문 자체의 설명이다. 대한민국 상대 부분까지 상고 없이 확정됐다는 뜻이 아니다. 항소심이 직접 심리한 것은 제1심판결 가운데 대한민국이 패소한 부분이고, 이 글의 대표 결과도 그 범위에 한정된다.

사실관계 구조

원고들은 같은 기업집단 계열사들이다. 일부 원고는 컨소시엄을 구성해 산업단지 안 토지의 분양계약을 체결했고, 한 원고는 다른 원고의 회사분할로 신설되면서 관련 토지 일부를 이전받았다. 사건 토지에는 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하기 위한 부동산 경감규정과 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산 경감규정이 적용됐다.

판결문은 토지 전체를 하나의 덩어리로 보지 않고 두 부분으로 나눴다.

• 경감 부분: 경감규정에 따른 재산세 경감비율에 해당하는 부분
• 비경감 부분: 사건 토지 가운데 경감 부분을 뺀 나머지 부분

문제의 과세는 경감 부분을 분리과세로 구분하지 않았다. 과세관청은 경감 부분을 종합합산 또는 별도합산에 포함한 뒤 경감 효과를 계산하거나, 경감 부분에 별도의 과세대상 구분을 하지 않는 방식으로 재산세와 종합부동산세를 산정했다. 원고들은 그 방식이 구 지방세법 제106조 제1항의 문언과 맞지 않는다고 다퉜다.

문자 흐름도

산업단지 토지와 기업부설연구소 직접 사용 토지
                    │
                    ▼
구 지방세특례제한법상 재산세 경감규정 적용
                    │
          ┌─────────┴─────────┐
          ▼                   ▼
재산세 경감비율 부분       나머지 비경감 부분
          │                   │
          ▼                   ▼
구 지방세법 제106조       원래 성격에 따른
제1항상 종합합산·          종합합산 또는
별도합산에서 제외          별도합산 구분
          │
          ▼
분리과세대상으로 봄
          │
          ▼
종합부동산세법 제11조상
토지분 종합부동산세 과세대상에서 제외
          │
          ▼
정당세액은 과세대상 구분 뒤
감면 전 과세표준에 경감비율을 적용해 공제하고
마지막으로 각 구분에 맞는 세율을 적용
          │
          ▼
판결문상 유형2 계산방식

과세와 소송의 흐름

원고들이 산업단지 안 토지를 취득·보유
                    │
                    ▼
경감규정에 따라 재산세가 경감되는 토지 발생
                    │
                    ▼
20**년부터 20**년까지 재산세 등 부과·납부
                    │
                    ▼
경감비율 부분을 합산과세에 넣은 계산의 효력 다툼
                    │
                    ▼
2021가합568721 부당이득반환 소송
                    │
                    ▼
2025. 7. 11. 제1심 원고 승소
                    │
          ┌─────────┴─────────┐
          ▼                   ▼
대한민국만 항소           지방자치단체 부분
          │                분리·확정
          ▼
항소심 심판범위는
제1심 중 대한민국 패소 부분
          │
          ▼
2026. 3. 6. 대한민국 항소 모두 기각

공개 판결문은 원고별 토지, 연도별 부과액, 정당세액과 초과납부액을 표로 다뤘지만 주요 수치와 날짜를 가렸다. 따라서 이 사건의 법리 구조는 확인할 수 있어도 특정 원고의 환급액이나 특정 과세연도의 정당세액을 공개 자료만으로 다시 만들 수는 없다.

두 심급의 주문

제1심 주문

제1심 공개 전문은 제1항 앞부분과 금액·날짜를 가린 상태이며, 공개된 문장도 원고에게,다.처럼 이어져 있다. 이를 임의로 고치거나 빠진 원고별 주문을 보충하지 않고 대한민국 관련 주문을 그대로 옮기면 다음과 같다.

1. 원고에게,다. 피고 대한민국은 **,***,***원 및 그 중 *,***,***원에 대하여 20**. *. **부

터 20**. *. **까지는 연 1.8%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 1.6%, 그 다음날부터

20**. *. **까지는 연 1.8%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 2.1%, 그 다음날부터 20**.

*. **까지는 연 1.8%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 1.2%, **,***,***원에 대하여 20**.

*. **부터 20**. *. **까지는 연 1.6%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 1.8%, 그 다음날부

터 20**. *. **까지는 연 2.1%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 1.8%, 그 다음날부터

20**. *. **까지는 연 1.2%, **,***,***원에 대하여 20**. *. **부터 20**. *. **까지는 연

1.8%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 2.1%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 1.8%,

그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 1.2%, **,***,***원에 대하여 20**. *. **부터 20**. *.

**까지는 연 2.1%, 그 다음날부터 20**. *. **까지는 연 1.8%, 그 다음날부터 20**. *. **까지

는 연 1.2%, 각 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 각 지급하라

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

3. 제1항은 가집행할 수 있다.

이 주문은 마스킹된 돈과 날짜를 그대로 둔 것이다. 별표 수나 이자율을 이용해 원금, 과세 연도, 납부일 또는 반환액을 추정해서는 안 된다.

항소심 주문

항소심 공개 원문의 주문은 다음과 같다.

1. 피고의 원고들에 대한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

항소심에서 피고는 대한민국이다. 지방자치단체들은 항소심 당사자 범위에서 분리돼 있었으므로 이 주문을 지방자치단체 부분에 대한 새 항소심 판단으로 읽으면 안 된다.

핵심 쟁점

1. 구 지방세법 제106조 제1항이 재산세 경감비율 부분을 종합합산과 별도합산에서 제외했을 때, 그 부분을 분리과세대상으로 보아야 하는가.
2. 분리과세대상인 경감비율 부분을 토지분 종합부동산세 과세대상에 포함할 수 있는가.
3. 경감비율 부분을 합산과세대상에 넣은 과세처분의 하자가 중대하고 명백해 당연무효에 이르는가.
4. 정당세액을 유형1부터 유형6 가운데 어떤 계산방식으로 산정해야 하는가.
5. 경감비율은 최종 세액 경감의 최대한도이므로 그 비율을 넘는 효과를 허용할 수 없다는 대한민국의 항소심 주장이 타당한가.
6. 지방세특례제한법의 감면규정이 특별법으로서 지방세법보다 우선한다는 대한민국의 항소심 주장이 타당한가.

원고 주장

원고들은 사건 토지의 경감 부분이 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목과 제2호 단서에 따라 종합합산과 별도합산에서 제외되므로 분리과세대상에 해당한다고 주장했다. 그런데 지방세 과세관청은 그 부분을 종합합산 또는 별도합산으로 분류해 재산세와 지방교육세를 산정했고, 세무서장은 그 부분을 종합부동산세 과세대상에 넣어 종합부동산세와 농어촌특별세를 산정했다는 것이다.

원고들은 이런 과세가 구 지방세법의 명확한 문언에 반해 중대하고 명백한 하자가 있으므로 당연무효라고 주장했다. 불복기간이 지났더라도 무효인 과세처분으로 납부한 세금은 법률상 원인 없이 보유한 부당이득이므로, 각 세금의 귀속주체가 정당세액을 넘는 금액과 환급가산금 또는 지연손해금을 돌려줘야 한다고 보았다.

정당세액 계산에서는 유형2 계산방식을 주장했다. 먼저 경감 부분을 분리과세로, 비경감 부분을 별도합산 등 원래 구분으로 나눈다. 이어 각 부분의 감면 전 과세표준에 경감비율을 적용해 과세표준을 공제한다. 마지막으로 공제 뒤 과세표준에 각 과세대상 구분에 맞는 세율을 적용한다는 순서다.

피고 주장

제1심에서의 주장

피고들은 구 지방세법 제106조 제1항이 경감비율 부분을 종합합산과 별도합산으로 보지 않는다고만 했을 뿐, 이를 분리과세로 간주한다는 문언은 두지 않았다고 주장했다. 세 가지 과세대상은 열거적이고 한정적인 구분이므로 명시적인 분리과세 항목에 해당하지 않는 경감 부분을 분리과세로 볼 수 없다는 논리였다.

또한 단서의 목적은 경감비율만큼 과세표준에서 빼기 위한 것이며, 경감 부분을 분리과세로 바꾸면 낮은 세율과 종합부동산세 제외 효과가 더해져 이중감면이 생긴다고 주장했다. 이미 지방세특례제한법에 따른 경감을 받는 토지에 추가 혜택을 주는 결과는 중복 특례 배제와 종합부동산세 도입 취지에 반한다고 보았다.

당연무효 여부에 대해서는 당시 조문의 해석이 하나로 통일되지 않았고 여러 사건에서 다퉈졌으므로, 과세 방식이 위법하더라도 하자가 객관적으로 명백하지 않다고 주장했다. 원고들이 불복기간 안에 처분을 다투지 않았으므로 확정된 처분에 따른 세금을 부당이득으로 돌려달라고 할 수 없다는 주장도 했다.

유형2 계산방식에 대해서는 과세대상 구분전환 자체가 지방세 특례이므로 경감규정과 함께 적용하면 중복감면이 된다고 주장했다. 경감 뒤 남는 비경감 부분에 다시 경감규정을 적용하는 순환반복도 생길 수 있으므로, 실제 부과 때 사용한 계산을 유지해야 한다고 보았다.

항소심에서 강조하거나 추가한 주장

대한민국은 법률이 재산세 경감비율을 정했다면 그 수치는 최종 세액 경감의 최대한도라고 주장했다. 과세대상 구분에서 한 번 유리해지고 과세표준에서 다시 경감돼 정해진 비율을 넘는 효과가 생기면 과세요건법정주의에 어긋난다는 논리였다.

또 지방세법과 지방세특례제한법이 모두 감면규정이라는 전제에서, 일반법과 특별법 관계상 지방세특례제한법의 계산방식이 먼저 적용돼야 한다고 주장했다. 곧 과세표준에 경감비율을 곱한 금액을 감경하는 방식만 우선해야 한다는 취지였다.

관련 법령

이 사건은 판결문이 묶어 적은 여러 구법을 전제로 한다. 다음 내용은 판결문이 다룬 조문 구조를 사건에 필요한 범위에서 정리한 것이다.

구 지방세법 제106조 제1항의 구조는 토지의 과세대상을 세 종류로 나누는 규정이었다. 제1호 단서 나목은 다른 법령 등에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 부분을 종합합산과세대상으로 보지 않았고, 제2호 단서는 같은 부분을 별도합산과세대상으로도 보지 않았다. 법원은 이 두 제외 규정을 과세표준 공제 규정이 아니라 과세대상 구분 규정으로 읽었다.

행위시법 경계

공개 판결문은 과세 연도를 20**년부터 20**년까지로 가리고, 2016년·2017년·2019년 개정 전 지방세법과 여러 시기의 구 지방세특례제한법을 묶어 적용한다. 따라서 정확한 과세 연도별 조문을 공개 원문만으로 일대일 대응시키기는 어렵다.

판결문에서 확인되는 법령 시점에 따르면 2016년 지방세법과 2019년 지방세법에는 재산세 경감비율 부분을 종합합산·별도합산으로 보지 않는 문제의 단서가 존재했다. 반면 2020년 지방세법은 그 단서를 삭제하고 세율 적용 단계에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율을 곱한 금액을 공제하는 구조로 달라졌다. 이 판결은 구법 문언을 적용한 사건이므로 2020년 이후 구조나 현재 사건에 그대로 일반화하면 안 된다. 적용 여부는 각 과세기준일 당시 법률과 부칙을 다시 확인해야 한다.

판결문 안에는 지방세특례제한법 부칙의 개정일에 관한 내부 불일치도 있다. 같은 법률번호인 법률 제12955호에 대해 한 곳은 2014. 12. 31.로, 다른 곳은 2024. 12. 31.로 적혀 있다. 앞뒤 내용만으로 어느 하나를 임의로 오기라고 고쳐서는 안 된다. 이 글은 두 날짜가 판결문 안에 함께 존재한다는 사실만 밝히고, 가려진 과세 연도에 적용할 부칙을 독자적으로 확정하지 않는다.

법원 판단 단계별 분석

1단계: 재산세 과세대상은 세 구분 중 하나에 들어가야 한다

제1심은 구 지방세법이 재산세 과세대상 토지를 종합합산·별도합산·분리과세로 나눴다는 데서 출발했다. 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 부분도 재산세 과세대상인 이상 세 구분 가운데 하나에는 포섭돼야 한다고 보았다.

이 출발점은 경감 부분을 단순히 계산에서 지워 버리는 것과 다르다. 먼저 과세대상 성격을 정하고, 그 구분에 맞춰 다음 단계인 과세표준과 세율을 연결해야 한다는 뜻이다.

2단계: 경감비율 부분은 분리과세대상으로 본다

구 지방세법은 경감비율 부분을 종합합산으로 보지 않고 별도합산으로도 보지 않았다. 세 구분 가운데 두 구분이 법문으로 배제되므로, 법원은 명시적인 분리과세 세부 항목에 따로 적혀 있지 않더라도 그 부분을 분리과세대상으로 간주해야 한다고 판단했다.

피고들은 이 결론이 경감 부분을 다른 구분에서 분리과세로 전환해 주는 특례라고 주장했다. 그러나 제1심은 제106조 제1항에 따라 처음부터 과세대상을 분류한 결과가 분리과세인 것이지, 이미 정해진 구분을 감면을 위해 바꾸는 규정이 아니라고 보았다.

3단계: 분리과세 부분은 종합부동산세 과세대상에서 제외된다

종합부동산세법 제11조는 토지분 종합부동산세를 지방세법상 종합합산과 별도합산 과세대상으로 나눠 과세한다. 분리과세대상은 이 연결 범위에 들어가지 않는다. 따라서 사건 토지의 경감비율 부분을 분리과세로 분류하면 그 부분은 종합부동산세 과세대상에서도 제외된다.

그 결과 경감 부분을 종합부동산세 과세대상에 포함해 산정한 처분은 위법하다. 종합부동산세를 과세표준으로 삼는 농어촌특별세도 함께 영향을 받는다. 제1심의 더 넓은 심판범위에서는 재산세를 바탕으로 계산한 지방교육세 역시 같은 구조로 판단했다.

4단계: 문언에 반한 과세는 중대하고 명백한 하자다

과세처분이 무효가 되려면 위법하다는 사실만으로는 부족하다. 하자가 법규의 중요한 부분을 위반해 중대하고 객관적으로도 명백해야 한다. 법률관계나 사실관계에 어떤 법을 적용할 수 없는지가 당시 명확하지 않고 해석상 다툼이 있었다면 일반적으로 명백성이 부정될 수 있다.

제1심은 이 사건을 그런 해석상 난점이 있는 경우로 보지 않았다. 제106조 제1항이 경감비율 부분을 종합합산과 별도합산으로 보지 않는다고 명확히 적었고, 과세대상과 과세표준도 서로 다른 개념이라고 보았다. 과세관청 실무가 반대 방식으로 이어졌거나 당시 같은 조문을 직접 해석한 법원 판단이 없었다는 사정은, 분명한 문언을 합리적 근거 없이 달리 읽은 하자를 명백하지 않게 만들지 못한다고 판단했다.

또 입법 목적이 종전 종합토지세의 과세표준 경감 방식을 재산세와 종합부동산세에도 이어가려는 데 있었다거나, 뒤의 법 개정이 그런 뜻을 더 분명히 했다는 사정만으로 당시 문언의 범위를 넘는 해석을 할 수 없다고 보았다. 조세법률주의 아래에서는 입법 취지를 고려한 해석도 가능한 문언 범위 안에서 이뤄져야 한다는 이유다.

따라서 경감 부분을 합산과세대상에 넣은 재산세와 종합부동산세 부과처분은 하자가 중대하고 명백해 무효이고, 그 세액을 바탕으로 한 지방교육세와 농어촌특별세의 하자도 중대하고 명백하다고 판단했다.

5단계: 정당세액은 유형2 계산방식으로 산정한다

판결문에는 여섯 가지 계산방식이 소개됐다. 법원이 채택한 방식은 유형2다. 계산 순서는 다음과 같다.

1. 먼저 대상 토지를 종합합산·별도합산·분리과세 가운데 하나로 구분한다.
2. 사건 경감 부분은 분리과세로, 비경감 부분은 그 성격에 맞는 합산과세 구분으로 나눈다.
3. 각 부분의 감면 전 과세표준을 산출한다.
4. 감면 전 과세표준에 해당 경감비율을 적용한 금액을 과세표준에서 공제한다.
5. 공제 뒤 과세표준에 각 과세대상 구분에 맞는 세율을 적용한다.
6. 이렇게 계산한 정당세액과 실제 납부세액을 비교해 초과납부 여부를 판단한다.

식의 순서만 간단히 표시하면 다음과 같다.

과세대상 구분
→ 구분별 감면 전 과세표준 산출
→ 감면 전 과세표준에 경감비율 적용
→ 해당 금액을 과세표준에서 공제
→ 공제 뒤 과세표준에 해당 세율 적용
→ 정당세액 산출

분리과세 분류는 과세대상 구분 단계에서 일어난다. 경감비율을 곱한 금액을 과세표준에서 빼는 일은 그다음 과세표준 산출 단계다. 과세표준이 정해지면 세율을 적용하므로 다시 과세대상 구분으로 돌아가는 순환은 생기지 않는다고 보았다.

또 제106조 제1항에 따른 분류는 감면규정이 아니라 과세대상 구분규정이다. 따라서 경감규정과 함께 적용해도 같은 과세대상에 둘 이상의 감면규정을 적용하는 중복 특례가 아니라고 판단했다.

공개 판결문은 정당세액표와 초과납부액을 가렸다. 이 글은 유형2의 계산 순서만 설명하며, 마스킹된 금액이나 날짜를 채우지 않는다. 경감률이나 이자율만을 이용해 환급액을 만들지도 않는다.

6단계: 항소심은 경감비율 최대한도 주장을 배척했다

대한민국은 정해진 경감비율이 최종 세액 경감의 최대한도라고 주장했다. 그러나 항소심은 지방세법이 과세대상을 먼저 구분하고 그 구분에 따라 과세표준과 세율을 정하도록 했다고 보았다. 다른 법령이 세율 경감을 정한 경우 특별한 규정이 없다면 구분된 과세대상에 경감비율을 적용할 뿐, 분리과세대상인데도 최종 경감 효과를 일정 비율에 억지로 맞춰 계산할 근거는 없다고 판단했다.

항소심은 제1심 이유 중 한 대목에 결과적으로 위 토지를 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 본 경우보다 지방세액이 경감된다고 하더라도라는 문구를 더했다. 결과적인 세부담 감소만으로 법률상 과세대상 구분을 바꿀 수 없다는 점을 분명히 한 것이다.

7단계: 지방세특례제한법 우선 주장도 배척했다

대한민국은 지방세특례제한법이 특별법이므로 그 감면 계산방식을 우선해야 한다고 주장했다. 항소심은 전제부터 받아들이지 않았다. 구 지방세법 제106조 제1항은 재산세 감면규정이 아니라 재산세 과세대상을 구분하는 규정이다. 감면규정끼리 일반법과 특별법이 충돌하는 구조가 아니므로 지방세특례제한법을 우선 적용해야 한다는 주장은 이유 없다고 판단했다.

8단계: 항소심은 제1심을 인용하고 대한민국의 항소를 기각했다

항소심은 대한민국의 항소이유가 제1심 주장과 크게 다르지 않고, 항소심까지 제출된 증거를 다시 살펴봐도 제1심의 사실인정과 판단이 정당하다고 보았다. 일부 당사자 표기와 문단을 고치고 추가 판단을 덧붙인 나머지 부분은 민사소송법 제420조에 따라 제1심 이유를 그대로 인용했다.

이에 따라 제1심 중 대한민국 패소 부분은 유지됐고, 대한민국의 원고들에 대한 항소는 모두 기각됐다. 다만 이 결론은 항소심 결과다. 상고 여부와 항소심판결의 형식적 확정 여부는 별도 확인이 필요하다.

제1심과 항소심 비교

항소심은 제1심을 전면 새로 쓰지 않았다. 제1심 이유를 인용하면서 필요한 당사자 표기를 고치고 일부 문단을 삭제했으며, 항소심에서 강조되거나 추가된 두 주장을 별도로 판단했다. 따라서 사건의 상세한 사실관계, 무효 법리와 유형2 계산방식은 제1심 전문을 함께 읽어야 온전히 파악된다.

판결문 안의 선행 법리 비교

이 절은 공개 판결문에서 실제 확인되는 네 판결만 비교한다.

2018두45725는 경감비율 부분의 분리과세 구분에 관한 직접 법리다. 나머지 세 판결은 조세법규 문언 해석과 당연무효 판단의 틀을 제공한다. 제1심은 이 법리들을 결합해, 경감 부분을 합산과세에 넣은 처분이 위법할 뿐 아니라 무효라고 판단했다.

확정 여부와 해석 범위

2026년 8월 6일 현재 대한민국이 상고했는지, 상고심 사건이 접수됐는지, 서울고등법원 2025나209112 판결이 형식적으로 확정됐는지는 확인하지 못했다. 국세법령정보시스템 화면의 완료 상태와 재판경과에 제1심·항소심만 표시된다는 사정은 국세청 문서 흐름이 끝났다는 뜻일 수 있을 뿐, 확정증명이나 상고기록을 대신하지 않는다. 따라서 이 사건을 확정 승소라고 부르지 않는다.

다만 항소심 판결문은 대한민국만 항소했으므로 원고들과 제1심 공동피고 지방자치단체들 사이 부분이 분리·확정됐다고 명시한다. 이 절차상 확정 범위와 대한민국 상대 항소심판결 전체의 형식적 확정 여부를 구별해야 한다.

법리의 시간 범위도 좁게 잡아야 한다. 공개 판결문이 적용한 것은 문제의 단서가 있던 구 지방세법이다. 2016년과 2019년 구조에는 경감비율 부분을 종합합산·별도합산으로 보지 않는 단서가 있었지만 2020년 구조는 달라졌다. 과세 연도까지 가려져 있으므로 이 판결의 문장을 현행 지방세법 사건에 그대로 옮기지 말고, 과세기준일 당시 제106조·제113조와 지방세특례제한법 및 부칙을 함께 대조해야 한다.

실무 시사점

1. 감면율보다 과세대상 구분을 먼저 확인해야 한다

재산세 경감 사건에서는 흔히 몇 퍼센트를 감면할지만 본다. 이 판결은 그보다 앞선 질문을 요구한다. 과세기준일 당시 법이 경감비율 부분을 종합합산, 별도합산 또는 분리과세 가운데 어디에 두는지를 먼저 판단해야 한다. 과세대상 구분이 달라지면 재산세율뿐 아니라 종합부동산세 과세대상 포함 여부까지 달라질 수 있다.

2. 과세대상과 과세표준을 섞지 않아야 한다

구 지방세법 제106조는 과세대상을 구분했고, 지방세특례제한법 제179조는 과세표준 경감 계산을 다뤘다. 법원은 두 단계를 분리했다. 실무 검토서도 구분 단계, 과세표준 단계, 세율 단계를 별도 칸으로 작성하는 편이 안전하다.

3. 종합부동산세는 지방세법상 토지 구분을 따라간다

종합부동산세법 제11조는 지방세법상 종합합산과 별도합산 구분을 끌어온다. 재산세 계산에서 경감비율 부분을 어떤 구분으로 봤는지가 종합부동산세 과세대상에도 연결된다. 재산세 고지서만 보고 감면액을 검산하는 데서 끝내지 말고, 종합부동산세 과세명세에 같은 토지가 포함됐는지도 확인해야 한다.

4. 무효 주장은 문언과 처분 당시 구조를 함께 입증해야 한다

불복기간이 지난 사건에서 부당이득반환을 구하려면 단순 위법보다 높은 문턱을 넘어야 한다. 이 판결에서는 경감 부분을 두 합산과세 구분에서 제외하는 문언, 세 종류로 닫힌 과세대상 체계, 과세대상과 과세표준의 구별이 하자의 중대성과 명백성을 뒷받침했다. 반면 모든 감면 계산 오류가 곧바로 당연무효가 되는 것은 아니다.

5. 과세관청의 오랜 실무가 명확한 문언을 바꾸지는 못한다

과세관청이 같은 방식으로 계속 계산했고 직접적인 선행 판결이 없었다는 사실만으로 하자가 명백하지 않게 되는 것은 아니라는 판단이다. 다만 실제 사건에서는 처분 당시 문언, 판례 축적 정도, 사실관계의 복잡성까지 함께 검토해야 한다.

6. 법 개정 전후를 섞으면 결론이 뒤집힐 수 있다

이 사건에서 중요했던 단서는 2020년 구조에서 달라졌다. 같은 산업단지 토지나 연구소 토지라도 과세기준일이 다르면 적용 조문과 계산 순서가 다를 수 있다. 판결문의 결과만 가져오지 말고 행위시법부터 고정해야 한다.

7. 공개 판결의 마스킹은 계산의 한계다

판결문상 유형2가 정당한 방식이라는 점은 확인된다. 그러나 원고별 토지 면적, 정확한 과세 연도, 감면 전 과세표준, 납부세액과 정당세액이 모두 공개된 것은 아니다. 공개 자료만으로 특정 납세자의 환급액을 산출하거나 이 사건 원고들의 반환액을 복원하면 안 된다.

실무 체크리스트

• 대상 토지의 과세기준일을 확정했는가
• 과세기준일 당시 시행된 지방세법 제106조와 제113조를 확인했는가
• 적용되는 지방세특례제한법 본문과 부칙을 함께 확인했는가
• 산업단지용 부동산과 기업부설연구소 직접 사용 요건을 각각 검토했는가
• 토지를 경감 부분과 비경감 부분으로 나눌 근거 자료가 있는가
• 경감비율 부분의 과세대상 구분을 종합합산·별도합산·분리과세 가운데 확정했는가
• 과세대상 구분과 과세표준 공제 단계를 섞지 않았는가
• 구분별 감면 전 과세표준을 먼저 산출했는가
• 감면 전 과세표준에 경감비율을 적용해 공제했는가
• 공제 뒤 과세표준에 해당 구분의 세율을 적용했는가
• 종합부동산세 과세명세에 분리과세 부분이 포함됐는지 확인했는가
• 농어촌특별세와 지방교육세의 연동 효과를 구분했는가
• 실제 부과액과 유형2 방식의 정당세액을 같은 세목·같은 연도·같은 토지 범위로 비교했는가
• 불복기간이 지났다면 단순 위법과 당연무효의 요건을 구별했는가
• 문언의 명확성, 처분 당시 법리, 과세 실무와 사실관계의 특수성을 따로 정리했는가
• 2020년 전후 법 구조 차이를 반영했는가
• 판결문 안 법률 제12955호의 두 날짜를 임의로 정정하지 않았는가
• 가려진 금액·날짜·과세 연도를 추정하지 않았는가
• 지방자치단체 부분의 분리·확정과 대한민국 상대 항소심판결의 확정 여부를 구별했는가
• 상고 여부와 형식적 확정을 별도 자료로 확인하기 전 확정 승소라고 쓰지 않았는가

참고 자료

• 서울중앙지방법원 2025. 7. 11. 선고 2021가합568721 판결｜국가법령정보센터
• 서울중앙지방법원 2025. 7. 11. 선고 2021가합568721 판결｜국세법령정보시스템
• 서울고등법원 2026. 3. 6. 선고 2025나209112 판결｜국가법령정보센터
• 서울고등법원 2026. 3. 6. 선고 2025나209112 판결｜국세법령정보시스템