[재조사] 실비 수련비를 받은 종교 수련원의 재산세 면제 범위 (조심2025지1531)

사건 개요

이 사건은 폐교한 학교 부동산을 종교 수련원으로 바꾸어 사용한 경우 재산세 면제를 어디까지 인정할 것인지가 문제 된 사안이다. 청구법인은 2020년도부터 2024년도까지 쟁점부동산을 종교 목적 수련원으로 사용했다고 주장했다. 처분청은 참가자에게 수련비, 숙박비와 식비 등을 받았으므로 수익사업 또는 유료 사용에 해당하고, 숙소동과 편의동도 종교활동에 직접 쓰이는 시설이 아니라고 보았다.

조세심판원은 청구법인의 주장을 수련원 관련 면적에 한해 받아들였다. 본관의 예배실·기도실뿐 아니라 숙소동과 편의동도 수련 프로그램에 참여하기 위한 시설의 일부로 보았다. 참가비도 통상 숙박요금보다 낮은 실비 성격이고 청구법인이 연간 운영비의 약 90%를 부담하므로, 확인된 사정만으로 수익사업이나 유료 사용이라고 보기 어렵다고 판단했다.

그러나 쟁점부동산 전체를 면제하지는 않았다. 수련원 관련 본관·숙소동·편의동과 그 부속토지 외에 종교활동과 무관한 잔디광장 등이 있는 것으로 보인다는 이유에서다. 주문은 처분청이 수련원 관련 면적을 다시 조사한 뒤 그 면적에 한해서만 재산세를 면제하여 과세표준과 세액을 고치라는 내용이다.

이 결정에서 가장 주의할 점은 결정유형인 ‘재조사’를 전부 면제로 읽지 않는 것이다. 심판원은 쟁점부동산 전체가 종교 목적에 직접 사용됐다고 확정하지 않았다. 수련원 시설과 종교활동 사이의 관련성, 참가비의 실비 성격은 청구법인에게 유리하게 판단했지만, 실제 면제 면적은 처분청의 재조사를 거쳐 정해진다.

사실관계 구조

[1973년 8월]
청구법인이 쟁점부동산에 학교 설립·개교
        │
        ├─ 2012년경 학교 폐교
        │
        └─ 2015년경부터 종교 목적 수련원 운영
                    │
                    ├─ 본관
                    │   예배실·기도실 등 종교활동 공간
                    │
                    ├─ 숙소동
                    │   숙소·식당
                    │   침구와 탁상 외 TV·조리시설 없음
                    │
                    ├─ 편의동
                    │   참가자용 간단한 샤워시설·창고
                    │
                    ├─ 위 시설의 부속토지
                    │   수련원 관련 면적은 면제 검토 대상
                    │
                    └─ 종교활동과 무관한 잔디광장 등
                        면제 대상에서 제외할 면적을 재조사

쟁점부동산의 공부상 용도는 신학교, 학교, 기숙사와 식당으로 남아 있었다. 2015.1.7. 대수선이 이루어졌고, 2020년도부터 2024년도까지 각 과세기준일 현재 청구법인이 소유하고 있었다. 학교가 2012년경 폐교됐고 이 기간 학교 사업에 직접 사용되지 않았다는 점에는 당사자 사이에 다툼이 없었다.

처분청은 처음에는 쟁점부동산이 학교 등이 해당 목적에 직접 사용하는 부동산이라고 보아 「지방세특례제한법」 제41조 제2항에 따라 재산세를 면제했다. 이후 폐교 사실을 확인하고 종전 학교 면제를 부인하여 2025.5.9. 이미 감면한 2020년도부터 2024년도까지의 재산세 등 OOO원을 부과·고지했다.

청구법인은 학교 면제 대신 종교단체 면제 규정인 같은 법 제50조 제2항을 적용해야 한다고 요청했다. 처분청은 쟁점부동산이 유료로 사용된다는 이유로 과세를 유지했다. 따라서 심판 단계의 질문은 학교 면제가 유지되는지가 아니라, 폐교 뒤 수련원으로 쓰인 부분이 종교단체의 해당 사업에 직접 사용된 부동산인지, 참가비가 수익사업 또는 유료 사용에 해당하는지, 면제 범위를 어느 면적까지 볼 것인지였다.

시설별로 확인된 사정

공개 결정문에서는 표와 사진의 세부 내용이 OOO 또는 빈 표 형태로 가려져 있다. 따라서 본관·숙소동·편의동과 잔디광장의 정확한 면적, 필지별 배치, 건축물별 연면적을 추정할 수 없다. 주문도 특정 수치를 제시하지 않고 처분청에 관련 면적을 다시 조사하도록 했다.

핵심 쟁점

1. 수련원이 종교단체의 해당 사업에 직접 사용됐는가

「지방세특례제한법」 제50조 제2항은 종교단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산의 재산세 등을 면제한다. 이 사건에서는 수련원의 운영 내용이 예배, 기도, 영성수련 등 종교사업 자체와 직접 연결되는지가 먼저 문제 됐다.

청구법인이 제출한 자료에 따르면 목회자와 직원이 상주했고, 하루 세 번 이상 기도회와 매주 한 번 이상 예배활동이 이루어졌으며, 연간 100회 이상의 수련 프로그램이 진행됐다. 심판원은 예배실과 기도실을 갖춘 운영 형태를 종교단체의 종교활동 중 하나인 수련을 위한 시설로 보았다.

2. 숙소동과 편의동도 직접 사용 시설에 포함되는가

처분청은 예배나 기도 자체가 이루어지는 본관과 달리 숙소·식당, 샤워시설·창고는 부수 시설일 뿐 종교활동에 꼭 필요한 시설이 아니라고 보았다. 청구법인은 숙박과 청결 유지도 며칠 동안 이어지는 영성수련에 필요한 과정이라고 맞섰다.

심판원은 시설의 명칭만 보지 않았다. 숙소동에 침구와 탁상 외 TV나 조리시설이 없고, 편의동도 참가자를 위한 간단한 샤워시설을 갖춘 정도라는 실제 상태를 보았다. 이를 근거로 숙소동과 편의동을 통상의 숙박·편의시설이 아니라 주된 종교활동에 참여하기 위한 수련시설의 일부로 판단했다.

3. 참가비를 받았다는 사실만으로 수익사업 또는 유료 사용이 되는가

청구법인이 숙식 참가자에게 숙박비와 식비로 구성된 참가비를 받은 사실에는 다툼이 없었다. 쟁점은 돈을 받았다는 외형만으로 법 제50조 제2항 단서의 ‘수익사업에 사용하는 경우’ 또는 ‘해당 재산이 유료로 사용되는 경우’가 되는지였다.

처분청은 사용자가 대가를 냈다면 유료 사용이고, 법에 금액이나 운영비 대비 비율에 관한 예외가 없다고 주장했다. 반면 청구법인은 참가자가 전체 수련 비용의 9.87% 정도만 부담하고 자신이 90.13%를 부담하므로, 참가비가 숙식 실비의 일부에 불과하다고 주장했다.

심판원은 참가비가 통상 숙박요금보다 낮은 실비 성격이고 청구법인이 연간 운영비의 약 90%를 부담한다는 점을 함께 보았다. 또 「법인세법」상 열거된 수익사업을 영위한다고 볼 사정이 제시되지 않았다는 점도 판단 근거로 들었다. 그 결과 이 수련원이 수익사업에 사용되거나 유료로 사용되는 경우에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했다.

4. 면제 대상은 쟁점부동산 전체인가, 실제 수련원 관련 면적인가

직접 사용과 유료 사용 판단에서 청구법인에게 유리한 결론이 나왔다고 해서 쟁점부동산 전체가 면제되는 것은 아니다. 법 제50조 제2항 단서는 부동산의 일부가 목적에 직접 사용되지 않으면 그 일부 재산을 면제하지 않는다.

처분청 제출 현황에는 본관·숙소동·편의동과 그 부속토지 외에 종교활동과 무관한 잔디광장 등이 있는 것으로 나타났다. 심판원은 면제 범위를 직접 계산하지 않고, 처분청이 수련원 관련 면적을 재조사하여 해당 면적만 면제하도록 했다.

청구인 주장

1. 학교 폐교 뒤에도 종교 목적 수련원으로 직접 사용했다

청구법인은 1973년 8월 쟁점부동산에 학교를 세웠다가 2012년에 폐교했고, 2015년경부터 말씀, 묵상, 기도와 노동을 통한 영성수련 및 교인의 회복과 성장을 위한 수련원을 운영했다고 주장했다.

수련원은 본관, 숙소, 예배실, 기도실과 식당으로 구성됐고, 성도와 가족, 교회 내부 부서, 기독교 단체, 목회자와 사모 등의 영성수련에 사용됐다고 설명했다. 화요일 오전과 목요일 저녁의 정기 예배, 매일 아침 6시·오전 11시·오후 5시의 기도회도 제시했다. 유급 교역자와 직원 6명, 무급 자원봉사자 32명이 쟁점부동산에서 근무한다는 주장도 했다.

2. 외부 대관이 아니라 수련 프로그램을 직접 운영했다

청구법인은 목사와 직원이 참가자의 영성수련을 직접 돕고 외부에 시설을 대관하지 않는다고 주장했다. 참가자 대부분이 교회의 교인이고, 외부단체에 장소를 빌려주며 대관료를 받는 다른 기도원이나 수양관과 운영 방식이 다르다고 설명했다.

이는 청구법인의 주장이다. 처분청은 불특정 다수의 다른 교회 교인도 비용을 내고 이용하며, 수련비와 대실료 및 식대가 이용료라고 보았다. 심판원은 최종 판단에서 목회자와 직원의 상주, 실제 예배·기도·수련 프로그램 운영을 확인했지만, ‘외부 대관이 전혀 없다’는 청구법인 진술을 별도의 확정 사실로 판시하지는 않았다.

3. 참가비는 실비 일부일 뿐 수익을 위한 대가가 아니다

청구법인은 5년 동안 1박당 수련에 드는 비용 가운데 90.13%를 자신이 부담했고, 참가자는 9.87%만 부담했다고 주장했다. 연간 운영비에서 식비와 숙박비 실비 등이 차지하는 비율도 10% 정도라고 제시했다.

식사는 선택 사항이어서 참가자가 직접 재료를 준비해 식당 셀프바에서 요리하거나 인근 식당에서 사 먹으면 식비를 내지 않았다고 설명했다. 당일 취소 때 선입금한 수련비를 돌려주지 않은 것은 무단 취소를 막고 미리 준비한 식재료, 프로그램, 숙소 청소와 세탁 비용의 낭비를 피하기 위한 것이라고 주장했다.

청구법인은 이러한 사정에 비추어 참가비가 시설 사용의 대가나 영리 목적 수입이 아니라 최소한의 비용 분담이라고 보았다. 대법원 2025.4.3. 선고 2024두66372 판결, 조심2018지1200, 감사원 감심2016-605를 자신의 논거로 들었다.

4. 숙소동과 편의동도 영성수련에 직접 쓰였다

숙소동은 일반 숙박시설과 달리 TV와 조리기구 없이 침구와 성경공부용 소탁자만 둔 곳이고, 참가자가 개인 기도와 성경공부를 계속하는 공간이라고 주장했다. 편의동의 샤워와 세탁 시설도 수련자가 청결을 유지하기 위해 쓰는 공간이므로 종교활동에 직접 사용된다고 보았다.

처분청 의견

1. 사용자가 대가를 냈다면 유료 사용이다

처분청은 법 제50조 제2항 단서의 ‘유료로 사용되는 경우’란 부동산 사용자가 사용 대가를 지급하는 경우라고 해석했다. 청구법인이 수련비, 대실료와 식대를 받았으므로 이용자가 유료로 쟁점부동산을 사용한 것이 분명하다고 보았다.

비용이 전체 운영비의 10%에 불과하더라도 법은 유료 사용 비율에 따른 예외를 두고 있지 않다는 입장이었다. 조세 감면 규정은 엄격하게 해석해야 하므로, 실비 또는 낮은 비율이라는 이유만으로 면제할 수 없다고 주장했다.

2. 본관의 활동도 상시 종교활동으로 보기 어렵다

처분청은 2025.3.21. 현장을 확인했다. 본관동에 예배실과 기도실이 갖추어져 있다는 점은 인정했다. 다만 정기 예배는 봄인 3월부터 6월까지와 가을인 9월부터 11월까지 열리는 화요예배뿐이고, 그 밖의 활동은 외부 방문객의 비정기적 신청이 있을 때 간헐적으로 이루어진다고 보았다. 이 때문에 본관도 사회통념상 교회활동에 꼭 필요한 건축물이라고 보기 어렵다고 주장했다.

심판원은 이 의견과 달리 하루 세 번 이상 기도회, 매주 한 번 이상 예배활동, 연간 100회 이상의 수련 프로그램이 진행되는 것으로 보았다. 다만 처분청의 현장 확인은 2025년에 이루어졌고 과세연도는 2020년도부터 2024년도까지라는 시간 차이도 있다. 결정문은 이 차이를 별도의 쟁점으로 풀기보다 당사자가 제출한 자료를 종합하여 수련원 관련 부분의 직접 사용을 인정했다.

3. 숙소동과 편의동은 종교활동의 부수 시설이다

처분청은 숙소동의 숙소·식당과 편의동의 샤워시설·창고가 종교의식, 예배, 종교교육이나 선교에 직접 사용되는 시설이 아니라고 보았다. 수련에 편의를 제공할 뿐 종교 목적 사업에 꼭 필요한 시설이 아니므로 일반 과세해야 한다는 의견이었다.

4. 당일 취소 때 환불하지 않은 점도 유료 사용을 뒷받침한다

처분청은 참가자가 성경, 찬송가, 필기구, 수건과 세면도구 등 기본 준비물을 직접 가져오고, 당일 취소하면 수련 관련 비용이 들지 않는데도 선입금한 수련비를 환불하지 않는다고 지적했다. 이를 참가비가 순수한 실비 정산이 아니라 시설 이용 대가라는 근거로 보았다.

심판원은 최종 판단에서 환불 기준을 독립된 판단 요소로 들지 않았다. 대신 통상 숙박요금과 비교한 참가비 수준, 청구법인의 운영비 부담 비율, 법인세법상 수익사업을 영위한다고 볼 자료가 없는 점을 종합했다.

관련 법령

결정문 별지에 실린 조문을 기준으로 이 사건 판단에 필요한 내용을 정리하면 다음과 같다. 원문에 없는 시행시점이나 개정 경과는 덧붙이지 않는다.

1. 지방세특례제한법 제50조 제2항

종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세와 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만 수익사업에 사용하는 경우, 해당 재산이 유료로 사용되는 경우, 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 않는 경우에는 해당 재산 또는 그 일부를 면제하지 않는다.

이 조문에는 세 갈래 판단이 함께 들어 있다.

1. 과세기준일 현재 종교사업 자체에 직접 사용되는가.
2. 직접 사용되더라도 수익사업 또는 유료 사용이라는 제외 사유가 있는가.
3. 한 부동산 안에서 직접 사용되는 부분과 그렇지 않은 부분을 나눌 수 있는가.

이번 결정은 첫째와 둘째 질문에서는 청구법인에게 유리했고, 셋째 질문 때문에 전체 취소가 아닌 재조사 결론이 났다.

2. 지방세특례제한법 제2조 제1항 제2호

“수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

참가비를 받았다는 사실만으로 지방세 감면 규정의 수익사업이 자동으로 성립하는 것은 아니다. 법이 끌어오는 「법인세법」상 수익사업 범위에 해당하는지 별도로 보아야 한다. 심판원은 기록상 청구법인이 그 조항에 열거된 수익사업을 영위한다고 볼 사정이 제시되지 않았다고 판단했다.

3. 법인세법 제4조 제3항

비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 제조업, 건설업, 도매·소매업 등 대통령령으로 정하는 사업, 이자소득, 배당소득, 주식 등의 양도수입, 일정한 자산 처분수입, 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입 등에서 생기는 소득으로 한정한다.

결정문은 법인세법상 각 유형을 세부적으로 대입해 어느 사업에도 해당하지 않는다고 확정한 것이 아니다. 기록상 청구법인의 수련원 운영을 열거된 수익사업으로 볼 구체적 사정이 제시되지 않았다는 점을 판단 요소로 삼았다. 따라서 “실비 참가비는 언제나 수익사업이 아니다”라는 일반 명제로 넓혀서는 안 된다.

4. 법인세법 시행령 제3조 제3항

결정문 별지는 법 제4조 제3항 제7호의 대통령령으로 정하는 수입에 관한 범위를 제시한다. 심판원은 이 조문을 포함한 수익사업 규정과 제출 자료를 함께 보아, 청구법인이 법령에 열거된 수익사업을 영위한다고 볼 사정이 제시되지 않았다고 판단했다.

5. 지방세특례제한법 제41조 제2항

학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산의 재산세 등을 면제하되, 수익사업·유료 사용·일부 비직접 사용 부분은 제외하는 규정이다. 처분청은 처음에 이 규정으로 2020년도부터 2024년도까지 면제했지만, 학교가 2012년경 이미 폐교됐다는 사실을 확인한 뒤 학교 목적 직접 사용을 부인했다.

이번 심판에서 학교 면제가 되살아난 것은 아니다. 심판원은 폐교 뒤 실제 운영된 종교 수련원에 대해 제50조 제2항의 별도 면제 요건을 판단했다.

심판원 판단 단계별 분석

1단계: 학교 목적 직접 사용은 더 이상 다툴 대상이 아니라고 보았다

학교는 2012년경 폐교됐고, 2020년도부터 2024년도까지 각 과세기준일 현재 쟁점부동산이 학교 사업에 직접 쓰이지 않았다는 점에 당사자 사이의 다툼이 없었다. 따라서 심판원은 종전 학교 면제가 맞았는지를 다시 판단하지 않고, 같은 기간의 실제 사용인 종교 수련원 운영이 제50조 제2항에 들어가는지를 살폈다.

2단계: 수련원의 실제 종교활동을 확인했다

심판원은 수련원이 청구법인 소속 교인뿐 아니라 다른 교회 소속 목회자와 교인 등이 참여하는 곳이라는 점을 확인했다. 목회자와 직원이 상주하고 하루 세 번 이상 기도회, 매주 한 번 이상 예배활동, 연간 100회 이상의 수련 프로그램을 진행하는 것으로 보았다.

예배실과 기도실도 갖추고 있었다. 이러한 활동과 시설을 종합해 수련원을 종교단체의 종교활동 중 하나인 수련을 위한 시설로 판단했다. 참가자가 다른 교회 소속일 수 있다는 사실만으로 종교 목적 직접 사용이 부정되지는 않았다.

3단계: 숙소동과 편의동은 명칭이 아니라 실제 시설 상태로 판단했다

숙소동은 숙소와 식당이라는 공부상·기능상 이름만 보면 숙박시설처럼 보일 수 있다. 그러나 내부에 침구와 탁상 외 TV나 조리시설이 비치되지 않았다는 점이 확인됐다. 편의동도 참가자가 쓰는 간단한 샤워시설을 갖춘 정도였다.

심판원은 이 시설들이 독립된 숙박·편의 영업을 위한 공간이라기보다 수련 프로그램의 주된 종교활동에 참여하기 위한 수련시설의 일부라고 보았다. 직접 사용 여부는 예배가 이루어지는 방만 떼어 판단하는 것이 아니라, 수련 프로그램의 내용과 체류 방식 안에서 각 공간이 맡는 기능을 보아야 한다는 접근이다.

4단계: 참가비의 이름보다 금액 성격과 비용 부담 구조를 보았다

청구법인이 숙식 참가자에게 숙박비와 식비로 구성된 참가비를 받은 사실은 확인됐다. 그러나 심판원은 수입 발생 자체에서 판단을 끝내지 않았다. 참가비가 통상 숙박요금보다 낮은 실비 성격으로 보이고, 청구법인이 프로그램 연간 운영비의 약 90%를 부담한다는 점을 함께 확인했다.

이는 청구법인이 주장한 90.13%와 9.87%라는 수치 구조와 대체로 같은 방향이지만, 심판원 판단은 ‘약 90% 상당’이라는 수준으로 표현됐다. 공개 글에서도 더 정밀한 원가나 1인당 손익을 추정할 수 없다. OOO 처리된 참가비, 숙박비와 식비 금액을 임의로 채워서는 안 된다.

5단계: 수익사업과 유료 사용을 구분해 제외 사유가 없다고 보았다

심판원은 참가비의 실비 성격을 근거로 쟁점부동산이 유료로 사용되는 경우에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했다. 이와 별도로 지방세특례제한법이 수익사업을 법인세법상 수익사업으로 정의한다는 점을 확인했다.

기록상 청구법인이 법인세법과 시행령에 열거된 수익사업을 영위한다고 볼 사정이 제시되지 않았다는 점까지 더해, 수련원 관련 부분은 수익사업에 사용된 것도 아니라고 보았다. 따라서 이 결정의 논리는 “돈을 적게 받으면 무조건 무료”가 아니다. 낮은 참가비, 단체의 높은 비용 부담, 실제 종교 프로그램, 독립된 수익사업 자료의 부재를 함께 본 결과다.

6단계: 본관·숙소동·편의동과 부속토지를 수련원 관련 부분으로 보았다

심판원은 본관의 예배실·기도실, 숙소동과 편의동의 시설 상태를 근거로 이 건 수련원 관련 부분이 종교단체의 해당 사업에 직접 사용된다고 보았다. 결정요지와 판단 문구를 함께 보면 수련원으로 사용되는 본관·숙소동·편의동 및 그 부속토지가 재조사의 출발점이다.

다만 이 표현이 곧 해당 건축물과 토지 전부의 면제를 확정한 것은 아니다. 주문은 OOO 처리된 두 곳의 건축물과 관련된 면적을 재조사하라고 했다. 실제 경계와 면적은 처분청이 다시 확인해야 한다.

7단계: 종교활동과 무관한 잔디광장 등을 분리했다

처분청 제출 현황에는 수련원 관련 시설과 부속토지 외에도 종교활동과 무관한 잔디광장 등이 있는 것으로 보였다. 법 제50조 제2항 단서는 일부가 목적에 직접 사용되지 않으면 그 일부 재산을 면제하지 않는다.

따라서 심판원은 전체 부동산을 하나로 묶어 전부 면제하지 않았다. 본관·숙소동·편의동 및 그 부속토지 가운데 수련원과 관련된 실제 면적과, 잔디광장 등 관련 없는 면적을 나누도록 했다.

8단계: 전부 취소가 아닌 면적 재조사 뒤 일부 경정을 명했다

최종 주문의 구조는 다음과 같다.

쟁점부동산 전체에 대한 기존 부과처분
                │
                ▼
본관·숙소동·편의동 및 부속토지의 실제 이용 확인
                │
                ├─ 수련원 종교활동 관련 면적
                │   → 지방세특례제한법 제50조 제2항 면제
                │
                └─ 잔디광장 등 종교활동 무관 면적
                    → 면제 대상에서 제외
                │
                ▼
과세표준과 세액 경정

즉 청구법인의 주장이 일부 이유 있다고 보았지만, 재산세 등 OOO원의 부과처분을 전부 취소하지 않았다. 처분청이 관련 면적을 다시 조사하고 그 면적에 한해 면제한 뒤 세액을 고쳐야 한다.

원문에 나온 참조결정 비교

원문의 [참조결정]에는 조심2018지1200, 조심2021지2604, 조심2022지0088이 기재되어 있고 [따른결정]은 비어 있다. 아래 비교는 이번 결정문에 적힌 인용 취지 안에서만 정리한 것이다. 각 참조결정의 원문에 없는 세부 사실이나 결론을 덧붙이지 않는다.

세 결정은 서로 다른 질문을 나눠 맡는다. 조심2022지0088은 먼저 해당 공간이 종교사업 자체에 직접 사용됐는지를 묻는 기준이다. 조심2021지2604는 직접 사용되는 시설에서 참가비 등을 받은 경우 그 금액이 수익사업 또는 유료 사용이라는 제외 사유가 되는지를 살피는 비교 기준이다. 조심2018지1200은 청구법인이 실비 수준의 대관료와 공익적 이용을 근거로 든 결정이다.

이번 사건의 독자적인 부분은 면적 분리다. 본관·숙소동·편의동의 수련 기능과 실비 참가비는 인정했지만, 종교활동과 무관한 잔디광장 등이 함께 있어 전체 면제를 인정할 수 없었다. 그래서 참조결정의 법리를 적용한 끝에 전부 취소가 아니라 재조사 후 일부 면제라는 주문이 나왔다.

원문에는 참조결정 외에도 청구법인이 대법원 2025.4.3. 선고 2024두66372 판결과 감사원 감심2016-605를 주장 근거로 들었다. 이번 결정문은 대법원 판결을 종교 목적 직접 사용의 의미에 관한 청구법인 논거로, 감사원 결정을 실비 수준 참가비가 영리활동으로 평가되기 어렵다는 청구법인 논거로 소개했다. 심판원 최종 판단과 당사자의 인용 주장을 섞지 않기 위해, 이 자료들의 결론을 이번 사건의 확정 법리처럼 확대하지 않는다.

실무 시사점

1. 종교시설 감면은 건물 이름보다 실제 프로그램과 공간 기능이 중요하다

공부상 신학교, 기숙사와 식당으로 남아 있어도 실제 학교가 폐교됐다면 학교 면제를 그대로 적용하기 어렵다. 반대로 공부상 숙소나 식당이라는 이름만으로 종교 목적 직접 사용을 배제할 수도 없다. 과세기준일 현재 어떤 프로그램이 열렸는지, 누가 상주했는지, 참가자가 각 공간에서 무엇을 했는지를 확인해야 한다.

수련원 사건에서는 예배 일정, 하루 기도회 횟수, 연간 프로그램 수, 운영 인력, 시설 내부 비품과 이용규정이 직접 사용을 입증하는 핵심 자료가 된다. 숙소동과 편의동도 주된 종교활동과 기능적으로 이어진다는 점을 보여야 한다.

2. 참가비가 있으면 수익사업과 유료 사용을 따로 검토해야 한다

지방세특례제한법 제50조 제2항 단서는 수익사업과 유료 사용을 각각 적고 있다. 따라서 참가비를 받는다는 한 사실만으로 두 제외 사유가 모두 성립한다고 처리하면 안 된다.

수익사업은 법 제2조가 끌어오는 법인세법상 범위에 해당하는지 보아야 한다. 유료 사용은 참가비가 시설 사용의 대가인지, 숙식 원가 일부를 나눈 실비인지 검토해야 한다. 이번 결정은 통상 숙박요금보다 낮은 수준, 단체의 약 90% 운영비 부담, 종교 프로그램의 실제 운영, 열거된 수익사업 자료의 부재를 함께 보았다.

3. ‘실비’ 주장은 비율만이 아니라 계산 근거로 입증해야 한다

이번 사건에서 청구법인은 5년 동안 전체 비용의 90.13%를 부담했다고 주장했고, 수련참가비 수입 내역을 제출했다. 심판원은 기록을 토대로 단체가 연간 운영비의 약 90%를 부담한 것으로 확인했다. 단순히 안내문에 ‘실비’라고 쓰는 것만으로는 부족하다.

연도별 전체 운영비, 인건비, 식재료비, 세탁·청소비, 전기·수도비, 시설 유지비, 참가자 수, 숙박일 수, 참가비 수입을 서로 맞춰야 한다. 일반 숙박시설의 요금과 비교할 때도 객실 수준, 식사 포함 여부와 이용 목적이 다른 점을 함께 설명해야 한다.

4. 환불 제한은 그 목적과 실제 비용 발생을 문서화해야 한다

처분청은 당일 취소 때 참가비를 돌려주지 않는 점을 유료 사용의 근거로 들었다. 청구법인은 무단 취소 방지와 사전 식재료·프로그램·청소·세탁 비용 때문이라고 설명했다. 심판원이 환불 기준만으로 유료 사용을 인정하지는 않았지만, 다른 사건에서는 환불 불가 수입이 실비 주장의 약점이 될 수 있다.

취소 시점별 환불 기준, 미리 발생하는 비용, 취소 뒤 실제 지출, 남은 금액의 처리 방식을 운영규정과 회계자료에 남기는 것이 안전하다. 당일 취소가 발생해도 비용이 전혀 들지 않는 구조라면 실비라는 설명이 약해질 수 있다.

5. 시설별 면적과 부속토지 경계를 미리 나눠야 한다

이번 사건의 결과를 가른 마지막 쟁점은 참가비가 아니라 면적이었다. 본관·숙소동·편의동이 수련시설로 인정됐지만 종교활동과 무관한 잔디광장 등이 함께 있어 전부 면제가 되지 않았다.

건축물대장상 동별 면적, 층별 평면도, 토지이용 현황도, 항공사진, 현장 사진, 프로그램별 동선과 부속토지 산정표를 준비해야 한다. 여러 필지에 걸친 시설이라면 필지별로 직접 사용 면적과 비직접 사용 면적을 표시해야 한다. 정원, 주차장, 진입로, 운동장과 잔디광장은 수련 프로그램과의 실제 관련성을 따로 설명해야 한다.

6. 현장 확인일과 과세기준일의 차이를 관리해야 한다

이 사건의 과세기준일은 2020년도부터 2024년도까지 매년 6월 1일이고, 처분청의 현장 출장은 2025.3.21.이었다. 현장 확인은 중요한 자료지만 과거 각 과세기준일의 사용 상태를 그대로 보여 주지는 않는다.

연도별 예배 일정표, 참가 신청서, 프로그램 자료, 직원 근무표, 비용 장부, 사진의 촬영일, 시설 보수 기록을 보관해야 한다. 재조사에서는 현재 상태뿐 아니라 각 과세연도 6월 1일에 어느 면적이 어떤 용도로 쓰였는지를 복원해야 한다.

7. 재조사 결정 뒤에는 면제 세액이 자동 확정되지 않는다

재조사 결정은 청구법인의 법리를 일부 받아들인 것이지만 환급액이나 최종 면제 면적을 확정한 결정은 아니다. 처분청이 수련원 관련 면적을 다시 조사하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정해야 한다.

따라서 결정서를 받은 뒤에는 건축물별·필지별 면적표와 연도별 이용 자료를 재조사 담당자에게 제출하고, 경정 결과가 주문의 범위와 맞는지 확인해야 한다. 본관·숙소동·편의동과 부속토지를 누락하거나 잔디광장 등 비관련 면적을 과도하게 포함하면 다시 다툼이 생길 수 있다.

실무 체크리스트

종교 목적 직접 사용

• 각 과세연도 6월 1일 현재 시설별 실제 용도를 정리했는가
• 예배, 기도회, 영성수련의 일정과 연간 진행 횟수를 입증할 자료가 있는가
• 목회자·직원·자원봉사자의 상주 또는 근무 내역을 확인했는가
• 참가자 범위와 수련 프로그램의 종교적 내용을 자료로 남겼는가
• 외부 대관과 단체가 직접 운영한 프로그램을 구분했는가
• 공부상 용도와 실제 사용이 다르면 변경 경위와 현재 상태를 설명할 수 있는가

본관·숙소동·편의동

• 본관의 예배실·기도실 등 공간별 면적과 이용 내역을 표시했는가
• 숙소동에 비치된 물품과 일반 숙박시설과의 차이를 사진으로 남겼는가
• 숙소에서 개인 기도·성경공부 등 수련이 이어지는 운영 구조를 설명했는가
• 식당 이용이 수련 참가자에게 한정되는지 확인했는가
• 편의동의 샤워·세탁 시설이 수련 참가자를 위해 쓰였는지 확인했는가
• 창고에 보관된 물품이 수련 프로그램과 관련되는지 목록화했는가

참가비·수익사업·유료 사용

• 참가비를 수련비, 숙박비, 식비 등 항목별로 나눴는가
• OOO 처리된 금액이 아닌 실제 회계자료로 연도별 수입을 확인했는가
• 전체 운영비와 청구법인 부담액, 참가자 부담액을 같은 기준으로 계산했는가
• 참가자 부담 비율의 분모에 어떤 비용을 넣었는지 설명할 수 있는가
• 통상 숙박요금과 비교할 때 시설 수준과 제공 서비스를 함께 비교했는가
• 식사 선택 여부와 식비 미납 조건을 운영자료로 확인했는가
• 당일 취소 환불 제한의 목적과 사전 발생 비용을 문서화했는가
• 참가비 수입이 법인세법상 어느 수익사업에 해당하는지 별도로 검토했는가
• 대관료, 후원금, 헌금과 참가비를 회계에서 구분했는가

면적 재조사

• 쟁점부동산 19필지와 두 건축물의 공부 자료를 모두 확보했는가
• 본관·숙소동·편의동의 동별·층별 면적표를 만들었는가
• 각 건축물에 연결되는 부속토지 산정 근거가 있는가
• 필지별 현황도에 수련원 관련 면적을 표시했는가
• 잔디광장 등 종교활동과 무관한 공간을 별도로 구획했는가
• 주차장, 진입로, 정원 등 공용 공간의 수련 관련성을 개별 검토했는가
• 2020년도부터 2024년도까지 연도별 이용 변화가 있었는지 확인했는가
• 처분청의 2025년 출장 결과와 과거 과세기준일 자료의 차이를 정리했는가
• 재조사 경정 세액이 수련원 관련 면적에 한정됐는지 검산했는가

불복 결과 확인

• 재조사 결정을 전부 취소나 전부 면제로 오해하지 않았는가
• 재산세와 함께 부과된 세목의 경정 결과도 확인했는가
• 과세표준에서 면제 면적이 정확히 빠졌는지 확인했는가
• 처분청이 주문에 적힌 건축물 관련 면적을 모두 조사했는가
• 재조사 결과 통지와 경정 고지의 불복기한을 따로 관리했는가

참고 자료

1. 조세심판원, 조심2025지1531 결정문, 2026.5.14. — 사건의 주문, 당사자 주장, 사실관계, 관련 법령과 판단
2. 조세심판원, 조심2018지1200, 2019.6.27. — 원문 [참조결정] 및 청구법인 주장에 기재된 실비 수준 대관료 관련 결정
3. 조세심판원, 조심2021지2604, 2022.8.23. — 원문 [참조결정] 및 심판원 판단에서 같은 뜻으로 든 실비 성격 참가비 관련 결정
4. 조세심판원, 조심2022지0088, 2022.12.13. — 원문 [참조결정] 및 심판원 판단에서 같은 뜻으로 든 종교 목적 직접 사용 관련 결정
5. 국가법령정보센터, 지방세특례제한법 제2조, 제41조, 제50조 — 수익사업의 뜻, 학교와 종교단체의 재산세 면제
6. 국가법령정보센터, 법인세법 제4조 — 비영리내국법인의 수익사업 범위
7. 국가법령정보센터, 법인세법 시행령 제3조 — 수익사업의 범위

※ 공개 결정문에서 OOO 처리된 금액·주소·단체명과 표의 세부 내용은 추정하지 않았다. 청구법인의 설명, 처분청 의견과 심판원의 최종 판단을 구분했으며, 면제 범위는 본관·숙소동·편의동 및 부속토지 전체가 자동 확정된 것이 아니라 수련원 관련 면적을 재조사한 뒤 정해진다.