용도폐지 정비기반시설이 다시 신설 기반시설로 들어간 경우 취득세 비과세를 인정한 결정 (조심2025지0760)

사건 개요

이번 결정은 정비사업 과정에서 흔히 생기는 “용도폐지 정비기반시설의 무상양여”와 “신설 정비기반시설의 무상귀속”이 겹친 사건이다. 재개발조합이 기존 도로 등 정비기반시설을 무상으로 넘겨받았지만, 그중 일부 토지는 조합이 자유롭게 쓰는 대지가 아니라 곧바로 새 도로와 공원 등 신설 정비기반시설에 다시 들어갔다. 조합은 이 부분을 국가 등에 귀속시키는 조건으로 잠시 취득한 것에 불과하므로 취득세를 물릴 수 없다고 주장했다.

처분청은 반대로 보았다. 조합이 신설 정비기반시설을 기부채납하는 대신 용도폐지 정비기반시설과 대지를 무상으로 받은 구조이므로, 지방세법 제9조 제2항 단서의 “반대급부가 있는 경우”에 해당한다고 본 것이다. 조합은 처음 신고할 때 쟁점정비기반시설에는 지방세특례제한법상 감면을 적용했고, 쟁점대지에는 도시정비사업 대지 조성 관련 감면을 적용했다. 이후 경정청구 단계에서 쟁점정비기반시설은 애초에 취득세 비과세 대상이고, 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지 부분은 농어촌특별세 비과세 대상이라고 다투었다.

조세심판원은 조합의 손을 들어 주었다. 핵심은 “조합이 쟁점정비기반시설을 취득하면서 실제 이익을 얻었는지”였다. 심판원은 사업시행계획과 관리처분계획에서 용도폐지 정비기반시설과 새로 설치할 정비기반시설의 조서와 도면, 면적이 이미 확인되었고, 쟁점정비기반시설은 다시 신설 정비기반시설에 편입되었다고 보았다. 따라서 조합은 기존 시설을 새 시설로 바꾸어 국가 등에 넘기는 역할을 했을 뿐, 그 부분 토지를 대가로 받은 것이라고 보기 어렵다고 판단했다.

사실관계 구조도

사실관계 흐름은 다음과 같다.

2013.5.13.
정비사업 조합 설립
인천광역시 미추홀구 일원 정비사업 시행 목적
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        v
2018.3.12.
사업시행 인가
- 용도폐지 정비기반시설 조서와 도면
- 새로 설치할 정비기반시설 조서와 도면
- 설치비용 계산 자료
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        v
2019.5.7.
관리처분계획 인가
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        v
2024.6.5.
부분 준공인가 고시
조합이 용도폐지 정비기반시설 6,179.9제곱미터 취득
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쟁점정비기반시설 1,097.7제곱미터     쟁점대지 5,082.2제곱미터
신설 정비기반시설에 다시 편입        주택 부속토지, 대지로 편입
도로와 공원 등으로 국가 등에 귀속    국민주택 규모 이하 주택 부속토지 쟁점
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2024.8.1.
조합 취득세 등 신고 납부
- 쟁점정비기반시설: 감면 규정 적용 후 신고
- 쟁점대지: 대지 조성 관련 감면 적용 후 신고
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                        v
2024.11.29.
경정청구
- 쟁점정비기반시설은 지방세법 제9조 제2항 비과세
- 쟁점대지 중 국민주택 규모 이하 주택 부속토지는 농어촌특별세 비과세
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                        v
2025.1.14.
처분청 경정청구 거부
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                        v
2025.2.13.
심판청구
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                        v
2026.5.26.
조세심판원 결정
경정청구 거부처분 취소

이 흐름에서 눈여겨볼 지점은 취득과 귀속이 사실상 같은 준공 국면에서 맞물려 있다는 점이다. 조합이 용도폐지 정비기반시설 전체를 취득한 것은 맞지만, 그 내부를 나누어 보면 일부는 조합 사업의 대지로 남고, 일부는 새 정비기반시설로 다시 빠져나간다. 이번 결정은 이 둘을 한 덩어리로 보지 않고, “다시 공공시설로 들어가는 부분”을 따로 보아 취득세 비과세 여부를 판단했다.

핵심 쟁점

이 사건의 쟁점은 두 가지다.

첫째, 용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설에 다시 편입된 토지가 지방세법 제9조 제2항의 취득세 비과세 대상인지 여부다.
지방세법은 국가나 지방자치단체 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에는 취득세를 부과하지 않는다고 정한다. 다만, 그 귀속의 대가로 국가 등이 가진 부동산이나 사회기반시설을 무상으로 넘겨받는 경우에는 과세한다. 따라서 이 사건의 핵심은 쟁점정비기반시설이 “국가 등에 귀속시키기 위한 일시적 취득”인지, 아니면 “기부채납의 대가로 받은 재산”인지에 있었다.

둘째, 쟁점대지 중 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지에 해당하는 부분에 농어촌특별세를 비과세할 수 있는지 여부다.
농어촌특별세법은 일정한 서민주택, 곧 국민주택 규모 이하 주거용 건물과 그 부속토지에 대한 취득세에 농어촌특별세를 부과하지 않는 구조를 두고 있다. 처분청은 조합이 쟁점대지를 대지 조성을 위해 취득한 부동산으로 신고했다는 점을 들어 비과세를 부정했지만, 조합은 부분 준공인가 시점에 이미 국민주택 규모 주택의 부속토지로 특정할 수 있다고 보았다.

두 쟁점은 모두 “명칭보다 실제 귀속과 사용관계”가 중요하다. 같은 용도폐지 정비기반시설이라도 어느 부분은 새 공공시설로 돌아가고, 어느 부분은 주택 부속토지로 남는다. 취득세와 농어촌특별세 판단도 그 세부 구분을 따라가야 한다.

처분청 주장

처분청은 쟁점정비기반시설을 단순한 비과세 대상이 아니라 반대급부가 있는 취득으로 보았다.

처분청 논리의 출발점은 정비사업 전체의 교환 구조다. 조합은 부분 준공인가에 따라 용도폐지 정비기반시설을 무상양여 받았다. 그중 쟁점정비기반시설은 도로와 공원 등으로 대체되어 신설 정비기반시설에 편입되었고, 나머지 쟁점대지는 대지에 편입되었다. 처분청은 이 구조를 보면 조합이 쟁점정비기반시설을 국가 등에 넘기는 대신 쟁점대지를 포함한 용도폐지 정비기반시설을 무상으로 받은 것과 실질이 같다고 보았다.

이 관점에서는 지방세법 제9조 제2항 본문만 볼 수 없다. 같은 항 단서 제2호는 국가 등에 귀속하는 것의 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산이나 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우에는 취득세를 부과한다고 정한다. 처분청은 조합이 신설 정비기반시설을 기부채납하고 그 대가로 용도폐지 정비기반시설을 얻은 것이므로, 단서 제2호에 해당한다고 주장했다.

농어촌특별세 부분에서도 처분청은 조합의 신고 내용과 사업 진행 과정을 강조했다. 조합은 쟁점대지에 대하여 지방세특례제한법 제74조 제3항 제1호에 따른 재개발사업 대지 조성 부동산 감면을 적용하여 신고했다. 처분청은 조합이 사업시행인가일부터 부분 준공인가일까지 도로 등 정비기반시설 설치와 대지 조성공사를 함께 진행했으므로, 뒤늦게 준공인가 통지 시점을 기준으로 쟁점대지 일부를 국민주택 규모 주택의 부속토지라고 보아 농어촌특별세를 비과세할 수는 없다고 보았다.

정리하면 처분청 주장은 다음과 같다.

• 조합은 신설 정비기반시설을 국가 등에 귀속시키는 대신 용도폐지 정비기반시설과 대지를 무상으로 받았다.
• 쟁점정비기반시설만 따로 떼어 “반대급부 없는 기부채납”으로 볼 수 없다.
• 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에 따라 취득세 비과세 대상에서 제외된다.
• 쟁점대지는 조합이 대지 조성을 위해 취득한 부동산으로 신고한 것이므로 국민주택 규모 주택 부속토지에 대한 농어촌특별세 비과세를 적용하기 어렵다.

청구인 주장

청구법인은 쟁점정비기반시설의 성격을 정비사업 전체가 아니라 해당 토지의 이동 경로로 보아야 한다고 주장했다.

먼저 쟁점정비기반시설은 용도폐지 정비기반시설 가운데 신설 정비기반시설에 다시 편입된 1,097.7제곱미터다. 청구법인은 도시 및 주거환경정비법 제97조 제5항에 따라 신설 정비기반시설과 용도폐지 정비기반시설은 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가 통지를 한 때 각각 국가 또는 지방자치단체와 사업시행자에게 귀속되거나 양도된 것으로 본다고 지적했다. 따라서 2024.6.5. 부분 준공인가 시점에 청구법인이 용도폐지 정비기반시설을 취득하는 것과 동시에, 신설 정비기반시설로 편입되는 부분은 국가 등에 귀속되는 구조라는 것이다.

또한 최초 사업시행인가 고시 당시부터 새로 설치할 정비기반시설의 위치와 면적, 시작점과 종점, 도면이 구체적으로 확인되었다는 점을 강조했다. 쟁점정비기반시설은 취득 뒤 조합이 마음대로 처분하거나 사용할 수 있는 토지가 아니라, 애초부터 새 정비기반시설로 편입되어 국가 등에 귀속될 것이 정해져 있었다. 이 경우 조합은 그 토지를 잠시 거쳐 가는 주체일 뿐, 그 취득으로 이익을 얻었다고 보기 어렵다는 논리다.

농어촌특별세 부분에서는 쟁점대지의 실제 사용관계를 내세웠다. 청구법인은 2024.6.5. 부분 준공인가를 받아 건물 신축분에 대한 취득세를 납부했고, 이후 용도폐지 정비기반시설을 무상양여 받아 취득했다. 그 시점에는 국민주택 규모 이하 주택의 위치와 면적을 특정할 수 있었으므로, 용도폐지 정비기반시설 중 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지에 해당하는 부분은 농어촌특별세가 비과세되어야 한다고 보았다.

청구법인 주장을 실무 언어로 바꾸면 다음과 같다.

• 쟁점정비기반시설은 조합이 취득해 보유하거나 수익화한 토지가 아니다.
• 사업시행인가와 관리처분계획 단계에서 이미 새 공공시설로 들어갈 위치와 면적이 특정되었다.
• 준공인가 통지 시점에 용도폐지 시설의 양여와 신설 시설의 귀속이 맞물려 이루어졌다.
• 따라서 쟁점정비기반시설은 지방세법 제9조 제2항 본문의 비과세 대상이다.
• 쟁점대지 중 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지로 특정되는 부분은 농어촌특별세법상 비과세 대상이다.

관련 법령

이 사건은 취득일인 2024.6.5. 당시 시행되던 법령을 기준으로 보아야 한다. 조세심판원 결정문과 법령 확인 결과를 바탕으로 핵심 조문을 정리하면 다음과 같다.

지방세법 제9조 제2항 — 국가 등에 귀속 또는 기부채납 조건 취득의 비과세

국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 않는다. 다만 다음의 경우에는 그 해당 부분에 취득세를 부과한다.

1. 귀속 또는 기부채납 조건을 이행하지 않고 타인에게 매각하거나 증여하거나, 귀속 또는 기부채납을 이행하지 않는 것으로 조건이 바뀐 경우
2. 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나, 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

이 조문은 본문과 단서의 구분이 중요하다. 본문은 국가 등에 넘길 것을 조건으로 잠시 취득하는 부동산에 취득세를 매기지 않는 규정이다. 단서는 그 귀속의 대가로 별도 이익을 받는 경우에는 과세하겠다는 규정이다. 이번 사건에서는 “쟁점정비기반시설 자체를 놓고 볼 때 조합이 별도 이익을 얻었는지”가 판단의 중심이 되었다.

도시 및 주거환경정비법 제97조 — 정비기반시설의 귀속

시장, 군수 등 또는 토지주택공사 등이 정비사업으로 새 정비기반시설을 설치하거나 기존 정비기반시설을 대체하는 정비기반시설을 설치한 경우, 종래의 정비기반시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고 새로 설치된 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

시장, 군수 등 또는 토지주택공사 등이 아닌 사업시행자가 정비사업으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.

사업시행자는 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가 통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

도시정비법은 정비기반시설의 귀속 시점을 준공인가 통지와 연결한다. 이 규정 때문에 조합이 용도폐지 정비기반시설을 취득하는 시점과 새 정비기반시설이 국가 등에 귀속되는 시점이 실무상 밀접하게 맞물린다. 이번 결정도 이 법적 구조를 전제로 판단했다.

농어촌특별세법 제4조와 시행령 제4조 제5항 — 국민주택 규모 이하 주택과 부속토지

농어촌특별세법 제4조는 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세에는 농어촌특별세를 부과하지 않는다고 정한다.

농어촌특별세법 시행령 제4조 제5항은 여기서 말하는 서민주택을 주택법상 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로 정한다. 공동주택의 경우에는 한 세대가 독립하여 구분하여 사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 기준으로 하고, 부속토지는 주택바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱해 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.

결정문은 주택법 제2조 제6호의 국민주택 규모, 곧 주거전용면적 85제곱미터 이하 주택을 함께 언급했다. 따라서 농어촌특별세 비과세를 주장하려면 단순히 “아파트 부속토지”라는 수준을 넘어서, 국민주택 규모 이하 세대와 연결되는 토지 면적을 산정해 제시해야 한다.

지방세특례제한법 제73조의2 — 반대급부가 있는 기부채납용 부동산 감면

지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중 국가 등에 귀속되거나 기부채납한 것의 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 일정 기간과 요건에 따라 취득세를 감면한다.

이 조문은 “비과세가 아니면 바로 전액 과세”라는 구조가 아니라, 반대급부가 있는 기부채납용 취득에는 별도 감면 체계가 있음을 보여 준다. 하지만 이번 사건에서 심판원은 쟁점정비기반시설을 반대급부 있는 취득으로 보지 않았다. 따라서 감면 규정을 적용할 대상이 아니라 지방세법 제9조 제2항 본문의 비과세 대상으로 본 것이다.

심판원 판단

조세심판원은 두 쟁점을 각각 판단했지만, 실무적으로는 다음 일곱 단계로 이해할 수 있다.

1단계: 지방세법 제9조 제2항의 입법 취지를 먼저 확인했다

심판원은 대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결의 법리를 전제로 삼았다. 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 넘기기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 그치는 경우가 있다. 이런 경우는 국가 등이 직접 취득하는 경우와 실질적으로 같으므로 취득세를 부과하지 않는다는 취지다.

다만 이 법리는 무조건 넓게 적용되는 것이 아니다. 취득 당시 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있어야 하고, 취득자가 별도의 경제적 이익을 얻은 것으로 볼 수 있으면 단서의 과세 사유가 문제될 수 있다. 그래서 심판원은 사업 인가 자료와 도면, 면적, 귀속 구조를 보았다.

2단계: 쟁점정비기반시설의 위치와 면적이 사전에 특정되어 있었는지 보았다

이 사건에서 사업시행계획 및 관리처분계획 인가 당시 정비사업으로 용도폐지되는 정비기반시설의 조서와 도면, 새로 설치할 정비기반시설의 조서와 도면, 설치비용 계산서가 제출되어 있었다. 심판원은 이 자료들을 통해 용도폐지 정비기반시설 중 쟁점정비기반시설이 새 정비기반시설에 들어가는 사실과 면적이 확인된다고 보았다.

이 부분이 중요하다. 단순히 “나중에 기부채납할 생각이었다”는 정도라면 비과세 인정이 어렵다. 반대로 사업시행인가와 관리처분계획 자료에서 위치와 면적이 구체적으로 드러나고, 준공인가와 함께 귀속 절차가 진행되면 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되었다는 판단에 가까워진다.

3단계: 조합이 쟁점정비기반시설로 별도 이익을 얻었는지 살폈다

처분청은 조합이 쟁점정비기반시설을 기부채납하는 대신 쟁점대지를 무상양여 받았다고 보았다. 그러나 심판원은 쟁점정비기반시설만 놓고 보면 조합이 그 토지를 취득해 사업 수익을 얻거나 처분한 것이 아니라고 보았다. 해당 부분은 곧바로 신설 정비기반시설에 편입되어 국가 등에 돌아가는 토지였다.

결국 조합은 종전의 정비기반시설을 자기 부담으로 새 정비기반시설로 바꾸어 다시 기부채납하는 역할을 한 것이다. 이 과정에서 쟁점정비기반시설 자체의 귀속에 대응하는 이익이나 반대급부가 있었다고 보기 어렵다는 점이 결정의 핵심이다.

4단계: 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호 적용을 배척했다

단서 제2호가 적용되려면 국가 등에 귀속 또는 기부채납하는 것의 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산이나 사회기반시설을 무상으로 양여받은 경우여야 한다. 심판원은 쟁점정비기반시설에 관해서는 이러한 반대급부 관계가 인정되지 않는다고 판단했다.

이 판단은 “정비사업 전체에서 무상양여와 무상귀속이 맞물린다”는 사정만으로는 부족하다는 뜻이다. 어느 토지가 새 공공시설로 다시 들어가는지, 어느 토지가 조합의 대지로 남는지, 그 면적과 위치가 인가 자료에서 어떻게 확인되는지를 나누어 보아야 한다.

5단계: 쟁점정비기반시설은 취득세 비과세 대상이라고 결론 내렸다

심판원은 청구법인이 취득한 쟁점정비기반시설을 지방세법 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상으로 보았다. 따라서 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단했다.

이 결론은 조심 2024지0638, 조심 2023지4988 등에서 이어진 흐름과 같다. 특히 조심 2024지0638도 용도폐지로 무상양여 받은 도로가 다시 신설도로에 편입되어 기부채납된 사안에서, 조합이 종전 도로를 자기 부담으로 새 도로로 대체해 다시 기부채납한 것일 뿐 별도 이익을 얻었다고 보기 어렵다고 보았다.

6단계: 국민주택 규모 이하 주택 부속토지의 농어촌특별세 비과세도 인정했다

쟁점대지 부분에 관해서도 심판원은 청구법인 주장을 받아들였다. 농어촌특별세법과 그 시행령은 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지에 대한 취득세에는 농어촌특별세를 부과하지 않는다고 정한다. 결정문상 청구법인은 2024.6.5. 부분 준공인가로 85제곱미터 이하 주택의 부속토지인 쟁점대지를 취득한 것으로 보았다.

심판원은 조심 2025지1401 등 같은 취지의 결정을 들어, 쟁점대지는 국민주택의 부속토지로서 농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다고 판단했다. 이 부분도 처분청의 경정청구 거부는 잘못이라고 보았다.

7단계: 주문은 경정청구 거부처분의 취소다

최종 주문은 “인천광역시 미추홀구청장이 2025.1.14. 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구 거부처분을 취소한다”는 것이다. 금액은 결정문에서 비공개 처리되어 구체적으로 확인되지 않지만, 실무적으로는 처분청이 취득세 비과세와 농어촌특별세 비과세 판단을 반영해 환급세액을 다시 계산해야 하는 구조다.

과거 결정례 및 판례 비교

비교표에서 보듯, 조세심판원은 최근 정비사업에서 “용도폐지 시설을 무상양여 받았다”는 형식만으로 곧바로 과세하지 않고 있다. 새 정비기반시설로 다시 편입되는 부분이 구체적으로 확인되면, 사업시행자는 해당 토지를 실질적으로 취득해 이익을 누린 것이 아니라 공공시설 귀속을 위한 중간 단계에 있었다고 보는 흐름이 형성되어 있다.

반대로 대법원 2010두6977 판결은 비과세 범위를 무제한 넓히지 않는다. 취득 당시 귀속이 사실상 확정되어 있어야 한다는 기준은 여전히 유효하다. 실제로 해당 대법원 판례는 이후에도 계속 인용되고 있으며, 이번 결정도 그 법리를 전제로 쟁점정비기반시설의 구체적 사실관계가 기준을 충족한다고 본 것이다.

실무 시사점

1. 용도폐지 정비기반시설은 전체가 아니라 사용처별로 나누어 보아야 한다

정비사업에서 사업시행자가 용도폐지 정비기반시설을 무상으로 넘겨받으면 실무자는 흔히 전체 면적을 하나의 취득으로 처리한다. 그러나 이번 결정은 세무 판단에서 전체 면적을 다시 쪼개야 함을 보여 준다. 새 정비기반시설로 다시 들어가는 부분, 조합의 대지로 남는 부분, 일반분양 또는 조합원분 부속토지로 연결되는 부분은 세목별 판단이 달라질 수 있다.

특히 취득세 비과세를 검토할 때는 “용도폐지 정비기반시설 전체를 무상양여 받았다”는 문장만으로는 부족하다. 그중 어느 필지 또는 어느 면적이 새 도로, 공원, 공공공지 등으로 국가나 지방자치단체에 귀속되는지를 도면과 면적표로 특정해야 한다.

2. 비과세와 감면은 출발점이 다르다

조합이 처음 신고 단계에서 감면 규정을 적용했다는 사정이 곧 비과세 주장을 막는 것은 아니다. 비과세는 애초에 과세대상으로 삼지 않는 구조이고, 감면은 과세대상임을 전제로 세액을 줄이는 구조다. 이번 사건에서 조합은 신고 당시 감면을 적용했지만, 경정청구에서 지방세법 제9조 제2항 본문의 비과세를 주장했고 심판원은 이를 받아들였다.

다만 모든 사안에서 사후 경정청구가 받아들여진다는 뜻은 아니다. 경정청구 단계에서 인가 고시문, 관리처분계획, 준공인가 자료, 귀속 조서, 지적확정측량 성과도 등으로 비과세 요건을 입증해야 한다. 단순히 “기부채납이 있었다”는 주장만으로는 부족하다.

3. 단서 제2호의 반대급부 논리는 구체적 대응 관계가 있어야 한다

처분청은 정비사업 전체를 보면 조합이 공공시설을 기부채납하고 용도폐지 시설을 받은 구조라고 보았다. 그러나 심판원은 쟁점정비기반시설 자체가 다시 공공시설로 편입되는 점을 중시했다. 이 판단은 반대급부 관계를 너무 넓게 잡아서는 안 된다는 메시지를 준다.

실무상 처분청이 “무상양여를 받았으니 반대급부가 있다”고 주장할 가능성은 여전히 높다. 납세자 측은 무상양여 받은 재산 중 실제 사업시행자에게 남아 수익에 기여한 부분과, 다시 국가 등에 귀속되어 사업시행자에게 남지 않은 부분을 명확히 나누어 대응해야 한다.

4. 농어촌특별세 비과세는 국민주택 규모와 부속토지 산정이 핵심이다

이번 사건의 두 번째 쟁점은 취득세 비과세만큼 눈에 띄지는 않지만 실무상 중요하다. 정비사업에서 국민주택 규모 이하 세대가 포함되어 있다면, 그 주택의 부속토지에 해당하는 면적은 농어촌특별세 비과세 검토 대상이 될 수 있다.

다만 이 부분은 면적 산정이 매우 중요하다. 주거전용면적 85제곱미터 이하 세대, 해당 세대의 바닥면적, 용도지역별 적용배율, 전체 대지 중 배분 방식 등을 정리해야 한다. 처분청이 “대지 조성을 위해 취득한 부동산”이라고 보더라도, 부분 준공인가 시점에 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지로 특정할 수 있다는 자료가 있으면 불복 여지가 있다.

5. 부분 준공인가 사건은 시점을 정교하게 잡아야 한다

이 사건은 전체 정비사업 준공이 아니라 건축시설 공동주택에 대한 부분 준공인가가 문제되었다. 부분 준공인가가 있는 경우 취득 시기, 정비기반시설 귀속 시점, 주택 부속토지 특정 시점이 서로 다투어질 수 있다. 신고 전에는 준공인가 고시문과 관리청 통지 자료를 함께 검토해 어떤 재산이 어느 시점에 누구에게 귀속되는지 표로 정리하는 것이 좋다.

실무 체크리스트

정비사업 조합이나 세무대리인이 유사한 취득세 비과세 및 농어촌특별세 비과세를 검토할 때는 다음 자료를 먼저 확보해야 한다.

취득세 비과세 검토 자료

• 사업시행인가 고시문과 첨부된 정비기반시설 조서
• 관리처분계획 인가서 및 변경인가 자료
• 용도폐지 정비기반시설의 필지별 면적표
• 새로 설치할 정비기반시설의 조서, 도면, 설치비용 계산서
• 용도폐지 시설과 신설 시설의 중첩 또는 재편입 면적을 보여 주는 신구대조도
• 지적확정측량 성과도와 면적 산출표
• 관리청에 통지한 귀속 재산 목록과 세목 자료
• 준공인가 고시문, 부분 준공인가 고시문, 준공인가 통지 자료
• 국가 또는 지방자치단체 명의로 귀속되는 등기 또는 귀속 절차 관련 서류

신고 단계 체크포인트

• 용도폐지 정비기반시설 전체 면적을 한 번에 감면 대상으로 처리하지 않았는지 확인한다.
• 신설 정비기반시설에 다시 편입되는 면적을 별도로 분리한다.
• 그 면적이 사업시행인가 또는 관리처분계획 자료에서 사전에 특정되어 있는지 확인한다.
• 지방세법 제9조 제2항 본문의 비과세 대상인지, 단서 제2호의 반대급부 있는 취득인지 먼저 판단한다.
• 비과세 판단이 불명확할 때는 감면 신고와 함께 경정청구 가능성을 염두에 두고 자료를 보관한다.
• 취득세 신고서의 과세표준, 감면 조항, 비과세 면적, 농어촌특별세 과세 여부를 면적 단위로 맞춘다.

농어촌특별세 비과세 체크포인트

• 국민주택 규모 이하 세대의 목록과 주거전용면적을 확인한다.
• 해당 세대의 주택바닥면적과 부속토지 산정 방식을 정리한다.
• 쟁점대지 중 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지로 볼 면적을 계산한다.
• 용도지역별 적용배율을 적용한 면적 한도를 확인한다.
• 일반분양, 조합원분, 상가, 국민주택 규모 초과 세대가 섞여 있으면 배분 기준을 별도로 만든다.
• 취득세 감면과 농어촌특별세 비과세를 혼동하지 말고 별도 표로 정리한다.

불복 대응 체크포인트

• 경정청구서에는 “무상양여를 받았다”는 사실보다 “다시 국가 등에 귀속되는 면적”을 중심으로 쓴다.
• 처분청이 반대급부를 주장할 경우, 해당 면적이 조합에 남지 않는다는 점을 도면과 면적표로 반박한다.
• 조심 2023지4988, 조심 2024지0638, 조심 2024지0724, 조심 2018지0526 등 유사 결정을 함께 제시한다.
• 대법원 2010두6977 판결의 “취득 당시 사실상 확정” 기준을 충족한다는 자료를 앞부분에 배치한다.
• 원문 금액이 비공개 처리되는 사건이 많으므로, 내부 검토용 계산표에는 과세표준, 감면세액, 환급 예상액을 별도로 보관한다.
• 부분 준공인가 사건에서는 전체 준공일, 부분 준공일, 관리청 통지일, 취득 신고일, 경정청구일을 시간순으로 정리한다.

참고 자료

법령

• 지방세법 제9조 제2항: 국가 등에 귀속 또는 기부채납 조건 취득의 취득세 비과세와 단서 과세 사유
• 도시 및 주거환경정비법 제97조: 정비기반시설 및 토지 등의 귀속, 준공인가 통지 시점의 귀속 효과
• 농어촌특별세법 제4조 제11호: 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세의 농어촌특별세 비과세
• 농어촌특별세법 시행령 제4조 제5항: 국민주택 규모 이하 주거용 건물과 그 부속토지의 범위
• 지방세특례제한법 제73조의2: 반대급부가 있는 기부채납용 부동산 등에 대한 취득세 감면
• 지방세특례제한법 제74조 제3항 제1호: 재개발사업 시행자가 대지 조성을 위해 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면
• 주택법 제2조 제6호: 국민주택 규모의 기준

판례 및 결정례

• 대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결: 국가 등에 귀속 조건 취득의 비과세 취지와 취득 당시 사실상 확정 기준
• 조심 2023지4988, 2024.1.29.: 종전 기반시설을 새 기반시설로 대체해 기부채납한 부분의 취득세 비과세를 인정한 취지
• 조심 2024지0638, 2024.8.21.: 용도폐지로 무상양여 받은 도로가 다시 신설도로에 편입된 경우 취득세 비과세 인정
• 조심 2024지0724, 2025.11.13.: 용도폐지 정비기반시설 중 신설 정비기반시설로 편입되어 기부채납된 토지의 경정청구 거부처분 취소
• 조심 2018지0526, 2018.8.1.: 도시환경정비사업에서 무상양수 토지 일부가 신설 정비기반시설에 재편입된 경우 취득세 비과세 인정
• 조심 2025지1401, 2026.3.31.: 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지에 대한 농어촌특별세 비과세 판단
• 조심 2025지0760, 2026.5.26.: 이번 결정. 쟁점정비기반시설의 취득세 비과세와 쟁점대지의 농어촌특별세 비과세를 인정하고 경정청구 거부처분을 취소