산업단지 윤전설비 증설투자, 통합투자세액공제 배제대상이 아니다 (조심2025서1308)

이번 결정은 수도권과밀억제권역 안 투자라고 해서 곧바로 통합투자세액공제를 포기해서는 안 된다는 점을 보여 준다. 특히 1989년 말 이전부터 수도권에서 계속 사업을 해 온 법인이 산업단지나 공업지역에 설비를 늘리는 경우에는, 조세특례제한법 제130조의 본문만 볼 것이 아니라 제1항 단서의 예외까지 함께 보아야 한다.

심판원은 청구법인이 새 윤전공장을 마련했다는 형식보다, 청구법인이 오래전부터 수도권과밀억제권역에서 계속 사업을 해 온 내국인이라는 점, 투자 장소가 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지라는 점, 그리고 조세특례제한법 제130조 제2항이 이 사건처럼 증설투자를 위해 공장을 신설한 경우까지 포섭한다고 보기 어렵다는 점을 더 중요하게 보았다.

사건 개요

청구법인은 1962.8.24. 신문 발행, 출판, 정기간행물 발간 등을 목적으로 설립된 법인이다. 1978년 12월 서울특별시 중구로 본사를 이전한 뒤 계속 사업을 해 왔다.

청구법인은 종전 윤전설비가 노후화되자 신문 인쇄를 위한 새 윤전공장을 마련하기로 했다. 이를 위해 수도권과밀억제권역인 인천광역시 부평구 소재 토지를 매입하고, 2022.8.19.부터 2023.11.17.까지 신문 인쇄용 윤전기 등 설비를 취득했다. 결정문에서는 해당 금액과 구체적 지번이 비식별 처리되어 있다.

청구법인은 2024.5.10. 이 설비 투자에 대한 통합투자세액공제를 법인세 신고 때 누락했다며 2022∼2023사업연도 법인세 환급과 2023사업연도 이월세액 증액을 구하는 경정청구를 했다. 처분청은 쟁점설비가 수도권과밀억제권역 안에 새 사업장을 설치하고 그 사업장에서 쓰기 위해 취득한 사업용 고정자산이라고 보아, 조세특례제한법 제130조 제2항에 따라 조세감면 배제대상이라고 판단했다. 그 결과 2024.12.16. 경정청구를 거부했다.

청구법인은 2025.2.12. 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 경정청구 거부처분을 취소했다.

사실관계 구조 및 흐름도

[오래된 사업 기반]

1962.8.24.  청구법인 설립
1978.12.    서울특별시 중구로 본사 이전
             └─ 신문 발행, 출판 등 계속 영위

[새 설비 투자]

종전 윤전설비 노후화
        │
        ▼
인천광역시 부평구 소재 토지 매입
수도권과밀억제권역 안이지만 산업단지 소재라는 점은 다툼 없음
        │
        ▼
2022.8.19.∼2023.11.17.
신문 인쇄용 윤전기 등 쟁점설비 취득
        │
        ▼
쟁점공장에서 신문 인쇄 → 포장 → 각 영업소 발송

[세무 절차]

2024.5.10.   통합투자세액공제 누락을 이유로 경정청구
        │
        ├─ 청구법인: 산업단지 증설투자이므로 제130조 제1항 단서 적용
        │
        └─ 처분청: 1990년 이후 새 사업장 설치이므로 제130조 제2항 적용
        │
        ▼
2024.12.16.  경정청구 거부
        │
        ▼
2026.5.27.   조세심판원: 거부처분 취소

이 흐름에서 핵심은 쟁점공장이 수도권과밀억제권역 안에 있다는 사실 자체가 아니다. 그 장소가 조세특례제한법 시행령 제124조 제2항이 말하는 산업단지 또는 공업지역에 해당하는지, 그리고 청구법인을 제130조 제1항의 오래된 계속 사업 내국인으로 볼 것인지, 제130조 제2항의 1990년 이후 새 사업장 설치 법인으로 볼 것인지가 결론을 갈랐다.

핵심 쟁점

이 사건의 쟁점은 다음 한 문장으로 정리할 수 있다.

1989년 말 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속 사업을 해 온 법인이 수도권과밀억제권역 안 산업단지에 새 윤전공장을 마련하고 설비를 취득한 경우, 그 투자를 조세특례제한법 제130조 제2항의 통합투자세액공제 배제대상으로 볼 수 있는가.

실무적으로는 세 가지 질문으로 나누어 보아야 한다.

1. 청구법인은 제130조 제1항의 내국인인가 제130조 제1항은 1989.12.31. 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속 사업을 경영한 내국인을 대상으로 한다. 이때 내국인은 중소기업만이 아니라 대기업과 중견기업을 포함한다.

2. 쟁점설비 투자는 산업단지 또는 공업지역의 증설투자인가 제130조 제1항 본문은 일정한 증설투자에 대해 제24조 통합투자세액공제를 배제하지만, 단서는 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우에는 배제하지 않는다고 정한다.

3. 제130조 제2항을 우선 적용할 수 있는가 처분청은 청구법인이 새 윤전공장을 설치했으므로 중소기업이 아닌 자가 1990년 이후 수도권과밀억제권역에서 새 사업장을 설치한 경우라고 보았다. 반면 청구법인은 제2항은 1990년 이후 새로 사업을 시작하거나 사업장을 이전한 중소기업 아닌 자를 겨냥한 규정이지, 오래전부터 사업을 해 온 내국인의 산업단지 증설투자에 적용될 규정이 아니라고 보았다.

처분청 주장

처분청의 주장은 제130조 제2항 적용에 초점이 맞추어져 있다. 요지는 쟁점공장이 별도의 사업장이고, 그 사업장이 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역 안에 새로 설치되었거나 종전 사업장을 이전하여 설치한 곳이므로 통합투자세액공제가 배제된다는 것이다. 처분청은 여기에 조세감면 규정의 엄격해석 원칙, 쟁점공장의 부가가치세법상 사업장성, 대구인쇄공장 등록 사례, 대체투자 주장에 대한 반박을 함께 붙였다.

1. 쟁점공장은 새 사업장 설치 또는 이전에 해당한다는 주장

처분청은 청구법인이 1989년 말 이전부터 수도권과밀억제권역에서 사업을 해 왔다는 점 자체는 다투지 않았다. 다만 쟁점설비는 서울 본사에서 쓰는 설비가 아니라 인천 부평구의 쟁점공장에서 쓰는 설비라고 보았다. 따라서 “해당 사업장”이 1989년 말 이전부터 있던 사업장이 아니므로 제130조 제1항 단서를 적용할 수 없다는 논리이다.

처분청은 제130조 제1항의 “1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인”이라는 문구를, 1989년 말 이전부터 수도권과밀억제권역에 위치한 사업장에서 사업하던 사업자가 이후에도 같은 장소에서 사업을 계속하는 경우로 좁게 읽었다. 쟁점설비가 서울 본사 사업장의 설비였다면 제1항 단서 검토 여지가 있을 수 있으나, 실제로는 새로 설치하거나 이전한 쟁점공장의 설비이므로 제1항의 “해당 사업장” 투자로 볼 수 없다는 것이다.

2. 중소기업 아닌 자의 1990년 이후 사업장 설치에 해당한다는 주장

처분청은 청구법인이 중소기업이 아닌 법인이고, 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역 안에 새 사업장을 설치했다고 보았다. 이 경우 제130조 제2항은 해당 사업장에서 쓰기 위해 취득하는 사업용 고정자산에 대해 제24조 통합투자세액공제를 적용하지 않는다고 정하고 있으므로, 쟁점설비는 감면 배제대상이라는 것이다.

이 논리에서는 산업단지 여부가 결정적이지 않는다. 제130조 제2항에도 일부 예외가 있지만, 제1항 단서의 산업단지 또는 공업지역 증설투자 예외를 그대로 끌어올 수 없다고 보았기 때문이다.

3. 조세감면 규정은 엄격하게 해석해야 한다는 주장

처분청은 조세법률주의 원칙을 전면에 세웠다. 과세요건뿐 아니라 비과세요건과 조세감면요건도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석해서는 안 된다는 것이다. 특히 투자세액공제처럼 납세자에게 혜택을 주는 감면 규정은 조세공평의 관점에서 엄격하게 보아야 한다고 주장했다.

이 관점에서 처분청은 청구법인이 1989년 이전 설립 법인이라는 사정만으로 1990년 이후 새로 마련한 쟁점공장 투자까지 제130조 제1항 단서에 넣는 것은, 감면 예외를 법문보다 넓히는 해석이라고 보았다. 즉 “오래된 내국인”이라는 법인 단위 요건만으로 모든 새 사업장 투자를 감면 대상으로 볼 수 없고, 실제 투자 자산이 어느 사업장에서 사용되는지까지 보아야 한다는 논리이다.

4. 쟁점공장은 부가가치세법상 사업장이고, 대구인쇄공장 등록과도 모순된다는 주장

처분청은 신문 발행업을 기사 작성과 편집, 인쇄, 배포와 판매의 흐름으로 보았다. 그중 쟁점공장은 신문 인쇄라는 필수 기능을 수행하는 고정된 장소이다. 처분청은 이를 부가가치세법상 사업자가 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소, 곧 사업장으로 보아야 한다고 주장했다.

또한 처분청은 청구법인의 다른 인쇄공장 처리도 문제 삼았다. 청구법인이 쟁점공장과 같은 인쇄 기능을 수행하는 대구인쇄공장을 2024년 4월경부터 종된사업장으로 등록하여 사업단위과세를 적용하고 있다면, 쟁점공장만 사업장이 아니라고 볼 수 없다는 것이다. 같은 기능의 인쇄공장을 한쪽에서는 종된사업장으로 등록하면서, 이 사건에서는 쟁점공장이 별도 사업장이 아니라고 주장하는 것은 청구법인의 실제 세무 처리와도 맞지 않는다고 반박했다.

5. 산업단지 판단 기준도 본사 기준이어야 한다는 주장

처분청은 예비적으로, 설령 청구법인 주장처럼 쟁점설비를 본사 사업을 위해 취득한 자산이라고 보더라도 본사 사업장은 산업단지나 공업지역 안에 있지 않다고 보았다. 따라서 제130조 제1항 단서를 적용하려면 설비 자체의 소재지만 볼 것이 아니라 해당 고정자산을 사용하는 사업장이 산업단지 또는 공업지역 안에 있는지 보아야 하고, 그 기준으로 보아도 청구법인 주장은 받아들이기 어렵다는 의견을 냈다.

6. 선행 결정례와 대체투자 주장은 그대로 받아들이기 어렵다는 주장

청구법인은 조심2024서2756 결정을 근거로 들었다. 처분청은 그 결정의 구체적 사실관계가 이 사건과 같다고 단정할 수 없고, 각 법인의 사업 형태와 투자 내용이 다르므로 결과를 기계적으로 따라서는 안 된다고 주장했다.

처분청은 청구법인의 대체투자 주장도 배척했다. 청구법인이 이 사건 투자를 대체투자라고 부르며 투자세액공제가 유지되어야 한다고 주장하더라도, 법적 근거 없이 대체투자라는 성격을 부여해 감면을 인정할 수는 없다는 것이다. 처분청 관점에서는 이 사건의 직접 쟁점은 쟁점공장이라는 새 사업장 설치와 제130조 제2항 적용 여부이지, 노후 설비 교체라는 경제적 필요성만으로 감면 배제 규정을 우회할 수 있는지가 아니었다.

청구인 주장

청구법인의 주장은 제130조 제1항 단서가 바로 이 사건과 같은 산업단지 증설투자를 살리기 위한 규정이라는 데 있다.

1. 1989년 말 이전부터 계속 사업을 해 온 내국인이라는 주장

청구법인은 1960년대에 설립되어 1978년부터 서울특별시 중구 본사에서 계속 사업을 해 왔다. 따라서 제130조 제1항이 말하는 “1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인”에 해당한다고 보았다.

청구법인은 이 규정의 내국인이 중소기업만을 뜻하지 않는다고 보았다. 제130조 제1항 문언은 오래된 계속 사업 내국인과 1990년 이후 새로 사업장을 설치하거나 이전한 중소기업을 함께 규정한다. 오래된 계속 사업 내국인 부분은 중소기업으로 한정되어 있지 않으므로, 청구법인과 같은 중견기업도 포함된다는 것이다.

2. 산업단지 증설투자 예외가 적용된다는 주장

청구법인은 쟁점공장이 한국수출국가산업단지로 지정된 지역에 있고, 쟁점설비가 신문 인쇄를 위한 증설투자라고 주장했다. 제130조 제1항 본문만 보면 수도권과밀억제권역 안 증설투자에 통합투자세액공제가 배제될 수 있지만, 단서는 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다고 정하고 있다.

따라서 청구법인은 쟁점설비 투자가 원칙적으로 제130조 제1항의 검토 대상이라 하더라도, 단서에 따라 배제대상에서 빠진다고 보았다.

3. 쟁점설비는 기존 본사 사업과 연결된 투자라는 주장

청구법인은 쟁점설비가 독립적인 새 사업을 위한 설비가 아니라 본사에서 제작한 기사와 정보를 독자에게 전달하기 위한 설비라고 설명했다. 신문 인쇄는 신문 발행 사업의 필수 과정이므로, 쟁점공장은 본사 사업과 단절된 별도 사업이 아니라 기존 신문 발행 사업의 물리적 수행 장소라는 취지이다.

이 주장은 두 가지 의미를 가진다. 하나는 청구법인이 완전히 새 사업을 시작한 것이 아니라 기존 사업을 계속하면서 설비를 바꾼 것이라는 점이다. 다른 하나는 제130조 제2항의 “새로 사업장을 설치하여 사업을 개시”했다는 문구를 너무 넓게 해석해서는 안 된다는 점이다.

4. 제130조 제2항은 이 사건에 적용될 규정이 아니라는 주장

청구법인은 2003년 개정 연혁을 근거로 들었다. 조세특례제한법 제130조는 2003년 개정으로 1990년 이후 수도권과밀억제권역에서 사업을 시작하거나 사업장을 이전한 자를 중소기업과 중소기업 아닌 자로 나누었다. 청구법인은 이 개정이 1989년 말 이전부터 계속 사업을 해 온 내국인을 제2항으로 옮긴 것이 아니라고 보았다.

즉, 오래된 계속 사업 내국인은 제1항에서 다루고, 1990년 이후 새로 사업을 시작하거나 이전한 중소기업 아닌 자는 제2항에서 다룬다는 구조이다. 청구법인처럼 오래전부터 사업을 해 온 법인이 기존 사업의 증설투자를 위해 공장을 마련한 경우까지 제2항으로 넘기는 것은 문언과 개정 취지에 맞지 않는다는 주장이다.

관련 법령

이번 사건에서 직접 문제 된 조문은 조세특례제한법 제24조, 제130조와 같은 법 시행령 제124조이다. 투자 당시 시행 법령을 확인하면, 쟁점설비 최종 취득일로 제시된 2023.11.17. 기준 제130조는 현재의 기본 구조와 실질적으로 같은 내용이다. 다만 제24조는 2023년 임시 투자 세액공제 구조가 포함되어 있어 현행과 일부 차이가 있으므로, 투자연도별 적용 조문을 따로 확인해야 한다. 시행령 제124조 제1항의 위임 부령 명칭은 투자 당시 조문 기준으로 “기획재정부령”이다.

조세특례제한법 제24조 제1항, 제2항 요지

대통령령으로 정하는 내국인이 기계장치 등 사업용 유형자산이나 대통령령으로 정하는 자산에 투자하는 경우에는 일정한 기본공제 금액과 추가공제 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 투자가 둘 이상의 과세연도에 걸쳐 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 적용한다.

제24조는 통합투자세액공제의 기본 조문이다. 이 사건에서는 쟁점설비가 제24조의 공제 대상 자산인지보다, 제130조 때문에 제24조 적용이 배제되는지가 중심 쟁점이었다. 다만 실제 경정 실무에서는 투자금액, 공제율, 추가공제, 이월공제, 중복공제 제한 등을 별도로 검토해야 한다.

조세특례제한법 제130조 제1항

1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 중소기업이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제24조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우 및 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제1항은 원칙적으로 수도권과밀억제권역 안 증설투자에 대한 투자세액공제 배제를 정한다. 하지만 단서가 매우 중요하다. 산업단지 또는 공업지역에서 하는 증설투자는 배제대상에서 제외된다. 이 사건 결론은 바로 이 단서의 적용 여부에서 갈렸다.

조세특례제한법 제130조 제2항

중소기업이 아닌 자가 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우, 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 제24조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제2항은 중소기업이 아닌 자의 1990년 이후 새 사업장 설치 또는 이전을 다룹니다. 처분청은 쟁점공장을 이 규정의 새 사업장으로 보았다. 그러나 심판원은 이 사건처럼 1989년 말 이전부터 사업을 해 온 내국인이 산업단지에서 증설투자를 위해 공장을 신설한 경우까지 제2항으로 볼 수 없다고 판단했다.

조세특례제한법 시행령 제124조 제1항, 제2항

법 제130조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 증설투자”란 다음 각 호의 구분에 따른 투자를 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 공장인 사업장의 경우: 사업용 고정자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 해당 공장의 연면적이 증가되는 투자
2. 제1호의 공장 외의 사업장인 경우: 사업용 고정자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업용 고정자산의 수량 또는 해당 사업장의 연면적이 증가되는 투자 법 제130조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역”이란 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 공업지역 등을 말한다.

시행령 제124조는 제130조의 문을 여는 열쇠이다. 증설투자인지, 그리고 투자 장소가 산업단지 또는 공업지역인지가 확인되어야 제1항 단서가 작동한다. 이 사건에서는 쟁점공장이 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지 안에 있다는 점에 대해 양쪽 다툼이 없었다.

심판원 판단

조세심판원은 처분청의 경정청구 거부처분을 취소했다. 판단 구조는 다음과 같이 단계별로 정리할 수 있다.

1단계: 제130조 제1항의 “내국인”은 중소기업만을 뜻하지 않는다

심판원은 제130조 제1항이 1989.12.31. 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속 사업을 경영한 내국인을 적용 대상으로 삼고 있다고 보았다. 여기서 내국인은 대기업과 중소기업을 모두 포함하는 개념이다. 청구법인이 중견기업 또는 중소기업 아닌 자라는 사정만으로 제1항 적용이 배제되는 것은 아니다.

이 지점은 실무상 중요하다. 제130조 제1항은 문장 안에 “1990년 이후 중소기업 등”이라는 표현을 포함하고 있어, 읽는 사람에 따라 중소기업 중심 규정처럼 보일 수 있다. 그러나 앞부분의 오래된 계속 사업 내국인과 뒤쪽의 1990년 이후 중소기업은 서로 다른 묶음이다.

2단계: 제1항 단서는 산업단지 안 증설투자를 살리는 규정이다

심판원은 제130조 제1항 단서가 산업단지 또는 공업지역에서 이루어지는 증설투자를 통합투자세액공제 배제대상에서 제외하는 규정이라고 보았다. 이는 수도권과밀억제권역 안 투자라 하더라도 산업단지 안에서의 일정한 설비 증설은 조세감면 대상으로 인정하겠다는 취지이다.

처분청은 새 공장을 만들었다는 점에 무게를 두었지만, 심판원은 단서의 존재를 더 중시했다. 만약 오래된 계속 사업 내국인의 본점이 원래부터 산업단지 안에 있는 경우에만 단서가 적용된다면, 산업단지 증설투자를 예외로 둔 법문이 지나치게 좁아진다.

3단계: 제2항은 모든 1990년 이후 공장 신설을 포괄하지 않는다

심판원은 제130조 제2항을 “중소기업이 아닌 자가 1990.1.1. 이후 사업을 개시하거나 종전 사업장을 이전하여 설치하는 경우”를 규율하는 조항으로 이해했다. 청구법인처럼 이미 오래전부터 사업을 해 온 법인이 증설투자를 위해 공장을 신설한 경우까지 제2항에 포함된다고 보기는 어렵다고 판단했다.

이 판단은 2003년 개정 연혁과도 맞닿아 있다. 그 개정은 1990년 이후 수도권과밀억제권역에서 사업을 시작하거나 이전한 자를 중소기업과 중소기업 아닌 자로 나누어 규율한 것이지, 1989년 이전부터 계속 사업한 내국인의 산업단지 증설투자를 제2항으로 모두 밀어낸 것으로 보기 어렵다.

4단계: 쟁점공장이 산업단지 안에 있다는 점은 다툼이 없었다

심판원은 쟁점공장이 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지 안에 있다는 사실에 대해 양쪽 다툼이 없다는 점을 확인했다. 이 사실은 제130조 제1항 단서 적용의 핵심 요건이다.

실무적으로는 이 부분이 단순해 보이지만, 실제 불복에서는 가장 먼저 증빙되어야 한다. 산업단지 관리기관 확인자료, 토지이용계획확인서, 공장등록 자료, 토지대장, 지적도 등이 모두 중요할 수 있다.

5단계: 경정청구 거부처분은 잘못이다

위 요소를 종합해 심판원은 쟁점설비 투자를 제130조 제2항의 조세감면 배제대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단했다. 주문은 남대문세무서장이 2024.12.16. 청구법인에게 한 2022∼2023사업연도 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다는 내용이다.

다만 이 결정은 제130조 배제 사유에 관한 판단이다. 실제 환급액 계산에서는 통합투자세액공제의 대상 자산, 투자금액 귀속시기, 공제율, 추가공제, 이월세액, 최저한세와 다른 세액공제와의 관계가 별도로 확인되어야 한다.

과거 결정례 및 판례 비교

비교하면, 이 사건은 단순히 “수도권 안 투자라서 공제 배제” 또는 “산업단지라서 무조건 공제 가능”이라는 식으로 정리할 수 없다. 투자자 유형, 사업 개시 시점, 사업장 설치 또는 이전인지 여부, 증설투자인지 여부, 산업단지 또는 공업지역 해당 여부를 순서대로 확인해야 한다.

특히 조심2024서2756과 이 사건은 같은 방향의 흐름을 보인다. 1989년 말 이전부터 수도권에서 계속 사업한 내국인에게 제130조 제1항 단서가 실제 의미를 가진다는 점, 그리고 산업단지나 공업지역에 대한 증빙이 갖추어지면 투자세액공제 배제 처분을 다툴 수 있다는 점이 공통된다.

실무 시사점

1. 수도권과밀억제권역 안 투자도 “장소의 세부 지위”를 끝까지 확인해야 한다

세무 검토에서 수도권과밀억제권역이라는 말이 나오면 공제 배제 결론으로 곧바로 가는 경우가 많다. 그러나 제130조 제1항 단서는 산업단지 또는 공업지역에서의 증설투자를 예외로 둔다. 같은 수도권과밀억제권역 안이라도 산업단지, 일반공업지역, 준공업지역 등 세부 지위에 따라 결론이 달라질 수 있다.

따라서 투자 검토 단계에서 주소지만 확인해서는 부족하다. 토지이용계획확인서, 산업단지 지정 고시, 산업단지 관리기관 확인서, 공장등록증, 임대차계약서 또는 등기부상 소재지와 실제 설비 설치 장소를 함께 맞추어 보아야 한다.

2. 제130조 제1항과 제2항의 적용 순서를 분리해서 검토해야 한다

이 사건의 실무적 핵심은 제130조 제1항과 제2항을 어떻게 나누어 읽을 것인지이다. 오래된 계속 사업 내국인이 산업단지에서 증설투자를 한 경우에는 제1항 단서가 먼저 검토되어야 한다. 반면 중소기업 아닌 자가 1990년 이후 수도권과밀억제권역에서 새 사업을 시작하거나 종전 사업장을 이전한 경우에는 제2항의 감면 배제 가능성이 커진다.

둘은 비슷해 보이지만 적용 대상과 예외 구조가 다르다. 특히 제1항 단서에는 산업단지 또는 공업지역 증설투자 예외가 명시되어 있고, 제2항 단서는 별도 유형의 사업용 고정자산 예외를 두고 있다. 처분청이 제2항을 적용하려 한다면, 납세자는 먼저 “사업 개시 또는 이전”인지, 아니면 기존 사업의 증설투자인지를 사실관계로 나누어 반박해야 한다.

3. “새 공장”이라는 사실만으로 “새 사업 개시”가 되는 것은 아니다

현장에서는 공장을 새로 짓거나 지점을 새로 등록하면 곧바로 제130조 제2항의 새 사업장 설치로 볼 수 있다고 판단하기 쉽다. 그러나 이 사건은 새 공장이 기존 사업의 증설투자를 위한 장소인지, 완전히 새 사업을 시작하거나 종전 사업장을 이전한 것인지 구분해야 한다는 점을 보여 준다.

신문 발행업에서 인쇄 설비는 기사와 정보를 지면 형태로 독자에게 전달하기 위한 과정이다. 청구법인은 기존 신문 발행 사업을 계속하면서 노후 윤전설비를 바꾸고 인쇄 기능을 수행할 공장을 마련했다. 심판원은 이러한 사안을 제2항의 사업 개시 또는 이전으로까지 넓게 보지는 않았다.

4. 경정청구 사건에서는 “누락한 공제”와 “배제 사유”를 나누어 써야 한다

이 사건은 신고 당시 통합투자세액공제를 누락한 뒤 경정청구로 다툰 사례이다. 경정청구서에는 단순히 “공제 대상 자산이므로 환급해 달라”는 말만으로는 부족하다. 제24조의 공제 요건과 제130조의 배제 여부를 분리해 적어야 한다.

특히 처분청이 제130조 제2항을 이유로 거부할 가능성이 있는 경우, 경정청구 단계부터 다음 내용을 정리해 두는 것이 좋다.

• 법인의 설립일, 본점 이전일, 1989.12.31. 이전 계속 사업 사실
• 투자 장소가 산업단지 또는 공업지역이라는 점
• 투자가 새 사업 개시 또는 이전이 아니라 기존 사업의 증설이라는 점
• 취득한 설비가 실제로 어느 사업 과정에서 쓰이는지
• 투자연도별 취득일, 지급일, 세금계산서, 고정자산대장

5. 과거 결정례는 사실관계 표로 정리해야 설득력이 생긴다

청구법인은 조심2024서2756 결정과 이 사건을 비교하는 표를 제시했다. 사업 개시 연도, 사업 개시 장소, 법인 형태, 쟁점설비 소재지와 설치 시점, 공업지역 해당 여부를 나란히 정리한 것이다.

불복 실무에서 유사 결정례를 단순히 사건번호만 적는 것은 설득력이 약하다. 처분청은 “사실관계가 다르다”고 반박하기 쉽다. 따라서 유사 사건을 원용할 때에는 공통점과 차이점을 표로 정리하고, 이 사건의 결론에 영향을 주는 사실이 무엇인지 분명히 해야 한다.

6. 이 결정은 제130조 배제 판단에 관한 것이며, 최종 세액계산은 별도이다

경정청구 거부처분이 취소되었다고 해서 모든 금액이 그대로 환급된다는 뜻은 아니다. 처분청은 결정 취지에 따라 다시 공제 요건과 금액을 확인해야 한다. 투자금액의 귀속연도, 공제율, 추가공제, 이월세액, 최저한세, 농어촌특별세, 다른 공제와의 중복 여부가 남아 있을 수 있다.

실무자는 심판 결정의 취지를 과도하게 넓히지 말고, “제130조 제2항을 이유로 전면 배제한 것은 잘못”이라는 범위를 정확히 잡아야 한다.

실무 체크리스트

1. 투자 전 검토

• 투자 예정지가 수도권과밀억제권역인지 확인한다.
• 동시에 해당 지번이 산업입지 및 개발에 관한 법률상 산업단지인지, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 공업지역인지 확인한다.
• 토지이용계획확인서, 산업단지 지정 자료, 관리기관 확인서, 공장등록 가능 여부를 미리 확보한다.
• 새 설비가 기존 사업의 증설인지, 사업장 이전인지, 새 사업 개시인지 구분한다.
• 기존 설비 대체와 순수 증설이 섞여 있으면 자산별로 나누어 투자 목적과 기능을 문서화한다.

2. 법인 지위와 사업 계속성 증빙

• 법인등기사항전부증명서로 설립일과 본점 이전 이력을 확인한다.
• 사업자등록 이력, 법인세 신고서, 감사보고서, 사업보고서 등으로 1989.12.31. 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속 사업을 했다는 점을 입증한다.
• 중소기업, 중견기업, 일반기업 여부를 투자연도별로 확인한다.
• 제130조 제1항의 오래된 계속 사업 내국인에 해당하는지, 제2항의 1990년 이후 새 사업 개시 또는 이전에 해당하는지 별도 메모를 남깁니다.

3. 설비 취득 증빙

• 자산별 계약서, 발주서, 검수서, 세금계산서, 대금 지급 증빙을 보관한다.
• 고정자산대장에 취득일, 사용개시일, 설치 장소, 자산 번호를 일관되게 반영한다.
• 둘 이상의 과세연도에 걸친 투자는 연도별 투자금액을 분리한다.
• 설비 사진, 배치도, 공정 흐름도, 생산 또는 인쇄 흐름도를 확보한다.
• 기존 설비 폐기 또는 이전이 있으면 폐기확인서, 매각계약서, 감가상각 내역을 함께 정리한다.

4. 신고와 경정청구

• 조세특례제한법 제24조의 통합투자세액공제 신청서와 계산명세서를 작성한다.
• 제130조 검토 메모를 별첨하여 공제 배제 사유가 없다는 점을 설명한다.
• 2023년 투자분은 당시 제24조의 임시 투자 세액공제 구조와 공제율을 별도로 확인한다.
• 최저한세 적용 여부, 이월공제 가능성, 다른 세액공제와의 중복 제한을 검토한다.
• 신고 때 누락했다면 법정 경정청구 기간과 이월세액 조정 가능성을 확인한다.

5. 세무조사와 불복 대응

• 처분청이 제130조 제2항을 적용하려는 경우, 새 사업 개시 또는 이전인지 기존 사업의 증설인지 사실관계 표를 만듭니다.
• 쟁점 사업장의 역할이 기존 사업과 어떻게 연결되는지 업무 흐름도로 설명한다.
• 산업단지 또는 공업지역 해당 사실은 공적 서류 중심으로 제출한다.
• 조심2024서2756, 조심2025서1308 등 유사 결정례와의 공통점, 차이점을 비교표로 제시한다.
• 처분청이 “사업장” 개념을 문제 삼을 때에는 조심2017중0174처럼 주된 사업활동, 의사결정, 수입금액 발생지, 고정된 장소의 기능을 종합해 대응한다.
• 심판청구서에는 조문 문언, 2003년 개정 연혁, 산업단지 예외 취지, 증빙 목록을 순서대로 배치한다.

참고 자료

• 조세심판원 2026.05.27. 결정, 조심2025서1308, 법인, 취소
• 조세특례제한법 제24조, 통합투자세액공제
• 조세특례제한법 제130조, 수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제
• 조세특례제한법 시행령 제124조, 수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제 등
• 조세심판원 2025.08.19. 결정, 조심2024서2756, 청구법인이 쟁점사업장에 투자한 금액이 조세특례제한법 제130조 제1항 단서의 공업지역 증설투자에 해당하는지 여부
• 조세심판원 2018.04.06. 결정, 조심2017중0174, 건설기계가 수도권과밀억제권역 안 사업장에서 사용하기 위한 사업용 고정자산인지 여부
• 조세심판원 2021.05.20. 결정, 조심2021서0623, 수도권과밀억제권역 밖 지점 선박 투자와 사업장 판단 관련 사건
• 대법원 2015.12.23. 선고 2013두22475 판결, 법인세부과처분취소
• 서울고등법원 2013.09.27. 선고 2013누10504 판결, 법인세부과처분취소