공사비 취득가액 인정, 적격증빙이 전부는 아니다 (조심2025중4374)

사건 개요

이 사건은 건물을 새로 지을 때 실제로 들어간 공사비를 양도소득세 계산상 취득가액으로 얼마나 인정할 수 있는지가 문제 된 사건이다. 청구인은 서울 강남 소재 토지와 기존 건물을 보유하다가, 2015년에 기존 건물을 철거하고 지상 2층, 연면적 888.63㎡ 규모의 주택 겸용 건물을 신축했다. 이후 2015.10.22. 배우자에게 쟁점건물 지분 20%를 증여했고, 2024.10.31. 용도변경된 건물과 토지를 양도했다.

청구인은 2024년 귀속 양도소득세를 신고하면서 건물 취득가액에 신축공사비를 반영했다. 그런데 처분청은 2025.5.1.부터 2025.5.19.까지 양도소득세 조사를 실시한 뒤, 신고한 취득가액 중 일부는 세금계산서 등 이른바 적격증빙이 없고 공사비 관련성이 확인되지 않는다고 보아 부인했다. 그 결과 2025.8.1. 양도소득세가 경정·고지되었고, 청구인은 2025.10.24. 심판청구를 제기했다.

분쟁의 핵심은 단순했다. 당초 도급계약서상 공사금액은 일정 금액으로 적혀 있었지만, 청구인은 실제 공사 과정에서 설계가 바뀌고 추가공사가 발생해 그보다 많은 공사비가 들어갔다고 주장했다. 그 추가 공사비는 청구인의 배우자 계좌에서 공사책임자 b에게 송금되었고, b가 시공법인 c에게 지급했다는 것이다. 반면 처분청은 b가 시공법인의 임직원이나 대표자가 아니고, 청구인 측과 사적인 관계가 있었으며, b 계좌에서 실제 공사비로 나갔다는 객관 자료가 부족하다고 보았다.

사실관계 구조

청구인 및 배우자 a
        │
        │ 2015.2.4. ~ 2015.9.25.
        │ 공사대금 명목 계좌이체
        ▼
공사책임자 b
        │
        │ 도급계약 체결 때 청구인 대리인으로 기재
        │ 현장 관리 및 공사대금 집행 주장
        ▼
시공법인 c
        │
        │ 표준도급계약서, 세금계산서,
        │ 수령금액 현황, 월별 계산서 자료
        ▼
쟁점건물 신축
        │
        │ 4세대 계획에서 6세대 주택으로 설계 변경,
        │ 계단 철거, 목공사, 금속창호 등 추가공사 가능성
        ▼
2024년 양도소득세 신고
        │
        │ 건물 취득가액에 일부 공사비 반영
        ▼
처분청 조사 및 경정고지
        │
        │ 적격증빙 없는 취득가액 부인
        ▼
조세심판원 재조사 결정

이 구조에서 중요한 연결고리는 세 가지다. 첫째, b가 단순한 지인이 아니라 도급계약서에 청구인의 대리인으로 나타나는 사람인지 여부다. 둘째, 청구인 측 계좌에서 b에게 실제로 돈이 나갔는지 여부다. 셋째, 그 돈이 다시 시공법인 c로 흘러갔는지 여부다. 심판원은 첫째와 둘째에 대해서는 상당한 자료가 있다고 보았고, 셋째에 대해서는 처분청이 b 계좌 사용 내역을 다시 확인해야 한다고 판단했다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 청구인이 제출한 계좌이체 내역과 시공법인 정산자료를 근거로, 당초 도급계약서 금액을 초과하는 공사비를 건물 취득가액으로 인정할 수 있는지이다.

조금 더 나누어 보면 다음과 같다.

1. 취득가액의 증명 방법
   건물을 직접 신축한 경우 취득가액은 실제로 들어간 공사원가와 부대비용이다. 문제는 그 실제 지출액을 세금계산서, 계산서만으로 입증해야 하는지, 아니면 금융거래 내역과 정산자료, 관련인 진술 등으로도 입증할 수 있는지이다.

2. 공사책임자 b의 지위
   b가 단순한 지인인지, 아니면 청구인을 대신해 도급계약을 체결하고 공사를 관리한 실질적인 공사책임자인지가 쟁점이다. b의 지위가 인정되면 청구인 측이 b에게 지급한 돈은 사적 대여금보다 공사비일 가능성이 커진다.

3. 도급계약서 금액을 넘는 공사비의 신빙성
   도급계약서에는 일정 금액이 적혀 있었지만, 청구인은 설계변경과 추가공사로 실제 공사비가 늘었다고 주장했다. 따라서 설계변경, 표준건축비와의 비교, 시공법인의 수령금액 현황이 실제 추가 공사비를 뒷받침하는지가 문제 되었다.

4. 처분청 조사 범위
   처분청은 청구인에게 b 계좌거래내역을 제출하라고 요구했다. 그러나 제삼자의 금융자료는 청구인이 임의로 확보하기 어렵다. 세무조사 단계에서 처분청이 b 계좌를 확인했어야 하는지, 또는 청구인이 입증하지 못한 것으로 보아야 하는지가 쟁점이 되었다.

5. 재조사의 범위
   심판원은 청구인이 주장한 모든 금액을 바로 인정하지 않았다. 대신 2015.2.4.부터 2015.9.25.까지 배우자 a 계좌에서 b 계좌로 입금된 금액을 한도로, 이에 대응하여 b가 시공법인 c에게 지급한 내역을 재조사하라고 결정했다. 이 점에서 이 사건은 전부 취소가 아니라 증거 연결성을 확인하라는 재조사 결정이다.

청구인 주장

청구인 주장은 크게 세 갈래로 정리된다.

첫째, b는 쟁점건물 신축공사의 실질적인 공사책임자라는 주장이다. 청구인은 장기간 해외에서 생활하다가 국내 거주와 임대수입 확보를 위해 노후 주택을 철거하고 쟁점건물을 신축했다. 건축 경험이 부족했기 때문에 건설회사 임원 경력이 있는 b에게 공사 관리를 맡겼고, 도급계약도 b가 청구인을 대리하여 체결했다는 것이다. 실제 도급계약서상에도 b가 청구인의 대리인으로 기재되어 있었고, b는 조사 과정에서 공사 전반을 책임관리했다는 진술서를 제출했다.

둘째, 청구인 측 계좌에서 b에게 송금된 금액은 공사비로 실제 집행된 돈이라는 주장이다. 청구인은 배우자 a의 계좌에서 b 계좌로 공사대금을 송금했고, b가 이를 시공법인과 하도급업체 등에 지급했다고 보았다. 청구인은 양도소득세 신고 때 현금 지급분까지 모두 반영하지 않고, 계좌이체분만 보수적으로 취득가액에 넣었다고 설명했다. 즉, 신고한 금액은 최대 청구액이 아니라 금융자료로 확인되는 최소 금액이라는 취지다.

셋째, 적격증빙이 없다는 이유만으로 취득가액을 부인할 수 없다는 주장이다. 청구인은 소득세법상 자기가 건설한 자산의 취득가액은 원재료비, 노무비, 운임, 설치비, 기타 부대비용의 합계액이고, 세금계산서가 없더라도 대금 지급자료와 공사 관련성이 확인되면 실지 취득가액으로 보아야 한다고 주장했다. 특히 이 사안은 사업자가 사업소득 필요경비를 계산하는 경우의 지출증명 수취 의무와는 성격이 다르므로, 양도자산 취득가액 자체를 무조건 적격증빙으로만 판단해서는 안 된다는 것이다.

청구인은 추가로 시공법인 c의 수령금액 현황, 도급세금계산서 발행현황, 월별 계산서 발행현황을 제출했다. 그 자료에는 쟁점건물 사용승인일에 가까운 시점까지 시공법인이 일정 금액을 지급받은 것으로 되어 있고, 청구인이 b에게 지급했다고 주장하는 금액과 일자가 상당 부분 맞아떨어진다고 보았다. 따라서 처분청이 b 계좌를 확인하면, 청구인이 b에게 송금한 돈이 실제 공사비로 사용되었는지 충분히 검증할 수 있었다는 입장이다.

처분청 의견

처분청 의견은 공사비 관련성이 객관적으로 확인되는 금액만 취득가액으로 인정할 수 있다는 데 있다.

처분청은 쟁점건물 신축공사와 관련하여 신뢰할 수 있는 자료를 세 가지로 보았다. 첫째, 2015년 당시 작성되어 구청에 제출된 도급계약서다. 둘째, 시공법인이 청구인에게 발급한 세금계산서와 계산서다. 셋째, 청구인이 나중에 제출한 시공법인의 정산자료 중 실제 발급 사실이 전산으로 확인되는 자료다. 처분청은 이들 자료에 의해 확인되는 금액은 공사원가 또는 취득가액으로 인정할 수 있지만, 그 외 금액은 공사비로 인정하기 어렵다고 보았다.

처분청이 특히 문제 삼은 부분은 b의 지위와 진술의 신뢰성이다. 도급계약서상 b는 수급인이 아니라 청구인의 대리인으로 기재되어 있을 뿐이고, 시공법인의 주주, 대표이사, 직원도 아니었다. 처분청은 청구인 배우자와 b 배우자가 지인 관계라는 사정까지 고려하면, b에게 돈이 갔다는 사실만으로 그 돈이 모두 공사비라고 볼 수 없다고 보았다. 또한 조사 과정에서 b가 처음에는 오래전 일이라 기억이 분명하지 않다고 하다가, 진술서에는 추가공사비를 비교적 구체적으로 적은 점도 신뢰성을 낮추는 요소로 평가했다.

또 처분청은 표준건축비와의 비교만으로 실제 취득가액을 산정할 수 없다고 보았다. 표준건축비보다 도급계약 금액이 낮다는 사정은 참고자료일 수는 있어도, 양도소득세에서 인정되는 취득가액은 실제 지출액이어야 한다는 것이다. 처분청은 사용승인일과 세금계산서 발급일이 모두 2015.9.17.인 점을 들어, 그 이후 자금흐름이나 추가 지급 주장은 더욱 엄격히 보아야 한다고 주장했다.

마지막으로 처분청은 b 계좌에 대한 금융조회 요구도 받아들이기 어렵다고 했다. 세무공무원이 제삼자 금융거래 정보를 요구하려면 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료와 필요한 최소 범위라는 요건이 필요하고, b는 시공법인과 직접적인 인적 관계가 확인되지 않는 제삼자라는 이유다. 결국 처분청은 청구인이 b에게 송금한 사실과 그 돈이 공사비로 쓰였다는 사실은 별개의 문제이며, 후자를 청구인이 입증하지 못했다고 보았다.

관련 법령

소득세법 제97조 제1항, 제2항 — 양도소득의 필요경비

거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 취득가액, 자본적지출액 등, 양도비 등으로 한다. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액에 자본적지출액 등과 양도비 등을 더하여 필요경비를 계산한다.

이 조항은 양도소득세 계산의 출발점이다. 양도가액에서 무엇을 뺄 수 있는지를 정하고, 그중 가장 큰 비중을 차지하는 항목이 취득가액이다. 이 사건에서는 쟁점건물을 직접 신축했으므로, 도급계약서상 금액만 취득가액인지, 실제 신축에 들어간 추가 공사비까지 취득가액인지가 문제 되었다.

소득세법 시행령 제89조 제1항 제2호 — 자기가 건설한 자산의 취득가액

자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액을 취득가액으로 한다.

이 조항은 이 사건에서 가장 중요한 실무 기준이다. 건물을 사 온 것이 아니라 직접 지은 경우에는 단순한 매매대금이 없다. 따라서 공사에 투입된 원재료비, 노무비, 설치비, 수수료, 공과금 등 실제 비용을 모아 취득가액을 구성한다. 결국 쟁점은 형식상 도급계약서 금액이 아니라, 실제 신축을 위해 얼마가 들어갔는지다.

소득세법 시행령 제163조 제1항 — 취득에 든 실지거래가액

소득세법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 소득세법 시행령 제89조를 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액 등을 합한 것으로 한다.

시행령 제163조는 양도자산 필요경비에서 말하는 취득가액의 범위를 구체화한다. 이 조항을 통해 제89조의 자산 취득가액 계산 방식이 양도소득세 필요경비 계산에도 연결된다. 그래서 직접 신축한 건물의 공사비는 단순한 사후 수선비가 아니라, 취득원가 자체로 다루어질 수 있다.

소득세법 제160조의2 제2항 — 지출증명 수취 및 보관

사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 계산서, 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등 증명서류를 받아야 한다.

처분청은 이 사건에서 적격증빙이 부족하다는 점을 주요 근거로 삼았다. 그러나 심판원은 적격증빙이 없다는 사정만으로 판단을 끝내지 않았다. 청구인이 b에게 지급한 돈이 다시 시공법인으로 흘러간 사실이 객관적으로 확인된다면, 특별한 사정이 없는 한 신축 공사비로 추정할 수 있다고 보았다. 이 부분이 이 사건의 핵심이다.

금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제4조 제1항 — 금융거래 비밀보장과 예외

금융회사 등에 종사하는 자는 명의인의 요구나 동의 없이 금융거래 정보 등을 타인에게 제공하거나 누설해서는 안 된다. 다만 법원의 명령, 조세에 관한 법률에 따른 과세자료 제공, 조세탈루 혐의 확인 등 법에서 정한 경우에는 필요한 최소 범위에서 거래정보 제공을 요구할 수 있다.

청구인이 b 계좌거래내역을 직접 확보하기 어려웠다는 점은 이 사건의 현실적인 난점이었다. 심판원은 이 사정을 전제로, 처분청이 b 계좌 사용 내역을 확인하여 a에서 b로 간 돈과 b에서 시공법인으로 간 돈의 대응관계를 살피라고 했다. 즉, 금융자료 접근 가능성도 재조사 결정의 중요한 배경이 되었다.

심판원 판단

심판원은 청구인의 주장을 전부 그대로 받아들인 것은 아니다. 다만 처분청이 적격증빙이 없다는 이유로 추가 공사비 가능성을 일괄 배척한 것은 부족하다고 보았다. 판단 흐름은 다음과 같이 정리할 수 있다.

1단계: 쟁점 금액의 성격을 취득가액 문제로 보았다

심판원은 먼저 쟁점이 도급계약서상 금액을 넘는 돈이 쟁점건물 신축공사에 실제로 들어갔는지에 있다고 보았다. 이는 양도 후 발생한 단순 수선비나 임의 비용이 아니라, 건물을 새로 짓는 과정에서 발생한 취득가액 문제다. 따라서 판단의 초점은 적격증빙의 존재 자체보다 실제 신축공사와의 관련성에 놓였다.

2단계: b가 공사책임자로 볼 여지가 크다고 보았다

도급계약서에는 b가 청구인의 대리인으로 참여한 사실이 나타난다. 또한 b는 도급계약 이후 상당한 금액을 청구인 측으로부터 받았다. 심판원은 이러한 사정을 종합해 b가 쟁점건물 신축을 총괄하거나 중개한 공사책임자로 보인다고 판단했다. 이는 단순 지인에게 돈을 보낸 사안과 구별되는 출발점이다.

실무적으로도 이 부분은 중요하다. 공사대금이 건축주에서 시공사로 바로 가면 가장 깔끔하지만, 현장관리자나 공사책임자를 거쳐 지급되는 경우도 있다. 이때 그 사람의 역할이 계약서, 확인서, 현장자료, 대금흐름으로 확인되면 자금의 중간 경유만으로 공사비성을 부인하기는 어렵다.

3단계: 설계변경과 추가공사 가능성을 인정했다

쟁점건물은 신축 당시 당초 4세대에서 6세대 주택으로 설계가 변경되었다. 청구인은 그 과정에서 이미 진행한 계단을 철거하고, 목공사와 금속창호 공사 등이 추가되었다고 주장했다. 심판원은 이러한 사정상 상당한 추가 비용이 발생했을 가능성이 있다고 보았다.

또한 도급계약서상 금액은 청구인이 제시한 국토교통부 표준건축비와 비교할 때 지나치게 낮은 수준으로 나타났다. 물론 표준건축비가 곧 실제 취득가액은 아니다. 그러나 도급계약서 금액이 현저히 낮다면, 실제 공사 과정에서 추가 비용이 있었는지를 확인할 필요가 커진다. 심판원은 이 비교를 취득가액 산정의 직접 근거가 아니라, 추가 공사비 가능성을 뒷받침하는 간접 정황으로 사용했다.

4단계: 시공법인 정산자료와 계좌이체 내역의 맞물림을 중시했다

청구인이 제출한 시공법인 c의 수령금액 현황에는 쟁점건물 사용승인일인 2015.9.17.에 가까운 2015.9.25.까지 일정 금액을 지급받은 것으로 기록되어 있었다. 심판원은 이 자료가 청구인이 주장하는 최소 공사금액을 넘고, 청구인이 계좌이체 및 현금으로 b에게 지급했다고 주장하는 금액과 일자까지 일치하는 점에 주목했다.

이 대목은 단순한 진술보다 강한 의미를 갖는다. 계좌이체 내역 하나만 놓고 보면 b에게 돈이 간 사실만 말해 줄 뿐이다. 정산자료 하나만 놓고 보면 시공법인이 돈을 받았다는 내부 기록일 수 있다. 그러나 두 자료의 금액과 일자가 맞물리면, b가 공사대금을 받아 시공법인에 전달했다는 설명이 훨씬 설득력을 갖는다.

5단계: 적격증빙 부재를 결정적 사유로 보지 않았다

심판원은 비록 소득세법 제160조의2 제2항에서 말하는 세금계산서 등 관련 증명서류가 존재하지 않는다고 하더라도, 그것만으로 공사비성을 배척할 수 없다고 보았다. 특히 청구인이 b에게 계좌이체한 금액이 시공법인으로 이체되었다면, 특별한 사정이 없는 이상 이를 쟁점건물 신축 공사비로 일응 추정할 수 있다고 판단했다.

여기서 핵심 표현은 “일응 추정”이다. 이는 곧바로 전액 인정한다는 뜻이 아니다. 다만 처분청이 더 확인하지 않고 부인하기에는 청구인이 제출한 자료의 연결성이 상당하다는 뜻이다.

6단계: 처분청이 b 계좌 사용 내역을 확인해야 한다고 보았다

심판원은 청구인이 제삼자인 b의 금융자료를 스스로 확보하기 어려운 현실도 함께 고려한 것으로 보인다. 주문은 처분청이 b의 계좌 사용 내역을 확인하라는 방식으로 정리되었다. 구체적으로 2015.2.4.부터 2015.9.25.까지 a 계좌에서 b 계좌로 입금된 금액을 한도로, 같은 기간 또는 이에 대응하여 b가 시공법인 c에게 입금한 사실이 객관적이고 구체적으로 확인되는 금액을 취득가액으로 보라고 했다.

즉, 재조사의 대상은 모든 주장 금액이 아니다. 기간, 지급자, 수령자, 최종 지급처가 모두 제한되어 있다. 이 제한은 심판원이 청구인의 주장을 신뢰할 만한 여지가 있다고 보면서도, 무증빙 현금 지급분이나 대응관계가 약한 금액까지 바로 인정하지는 않았다는 점을 보여준다.

7단계: 결론은 취소가 아니라 재조사였다

최종 결론은 재조사다. 처분청의 당초 처분은 그대로 유지될 수 없지만, 청구인이 주장한 취득가액을 즉시 전액 인정하라는 결정도 아니다. 처분청은 b 계좌와 시공법인 입금 내역을 다시 대사해야 하고, 확인되는 금액만 쟁점건물 취득가액에 반영해야 한다. 이 점에서 이 결정은 납세자에게 유리하지만, 재조사 단계에서 자료 대사 결과가 매우 중요하다.

과거 결정례 또는 판례 비교

양도소득세에서 공사비를 필요경비 또는 취득가액으로 인정받는 사안은 과거에도 자주 다투어졌다. 비교해 보면, 조세심판원과 법원은 공사비의 필요성을 추상적으로 인정하는 데 그치지 않고, 실제 지급과 자산 관련성을 함께 요구한다. 이번 결정은 그 흐름 안에 있으면서도, 계좌흐름과 정산자료가 서로 맞물릴 때 재조사를 명했다는 점에서 의미가 있다.

이 비교에서 보듯, 과거 결정례와 판례는 “공사했을 가능성”만으로는 부족하다고 본다. 공사계약서, 견적서, 확인서, 감정평가서만으로도 충분하지 않을 수 있다. 반대로 실제 지급흐름과 공사자료가 서로 맞으면, 세금계산서가 일부 부족하더라도 무조건 배척할 수는 없다. 이번 사건은 바로 그 경계에 있는 사례다.

청구인은 대법원 판례의 입증책임 법리도 원용했다. 필요경비와 관련해서는 원칙적으로 과세관청의 처분 근거가 필요하지만, 비용 발생 사실에 가까운 자료는 납세자가 더 쉽게 확보할 수 있는 경우가 많다. 이번 결정은 어느 한쪽에 모든 책임을 몰아주기보다, 청구인이 제출한 자료로 합리적 의심이 생긴 부분에 대해 처분청이 접근 가능한 금융자료를 확인하라는 방식으로 균형을 잡았다고 볼 수 있다.

이번 결정의 의미

1. “적격증빙 없음”과 “실제 지출 없음”은 같지 않다

이 사건의 가장 큰 의미는 적격증빙이 없다는 사정만으로 실제 취득가액을 바로 부인할 수 없다는 점이다. 물론 세금계산서와 계산서는 가장 좋은 증빙이다. 그러나 오래된 건축공사에서는 시공사 폐업, 현장관리자 경유 지급, 일부 현금성 비용, 정산자료 분실 등으로 증빙이 완벽하지 않은 경우가 많다. 심판원은 그런 현실 속에서도 계좌흐름과 정산자료가 맞물리면 재조사를 통해 실체를 확인해야 한다고 보았다.

2. 공사책임자를 통한 지급도 입증 구조를 만들 수 있다

건축주가 시공사에 직접 송금하지 않고 공사책임자에게 송금한 경우, 세무조사에서 사적 자금거래로 의심받기 쉽다. 이번 결정은 공사책임자가 계약서상 대리인으로 나타나고, 공사 전반을 관리했다는 정황이 있으며, 그가 받은 돈이 시공사로 전달된 흔적이 있다면 공사비로 볼 가능성을 열었다.

다만 여기에는 전제가 있다. 중간 수령자인 b에게 지급했다는 사실만으로 끝나지 않는다. b가 다시 시공법인이나 하도급업체에 지급한 내역까지 연결되어야 한다. 이 연결이 끊기면 재조사 후에도 취득가액 인정은 제한될 수 있다.

3. 표준건축비는 보조 정황일 뿐이다

청구인은 도급계약서상 금액이 국토교통부 표준건축비보다 지나치게 낮다고 주장했고, 심판원도 이를 추가공사 가능성을 뒷받침하는 요소로 보았다. 그러나 표준건축비가 곧 취득가액이 되는 것은 아니다. 양도소득세에서 취득가액은 실제 거래가액 또는 실제 지출액이어야 한다. 따라서 표준건축비는 “도급계약서 금액만으로는 이상하다”는 의심을 만들 수는 있지만, 최종 인정액은 계좌와 지급증빙으로 정해진다.

4. 재조사 결정은 납세자에게 기회이자 부담이다

재조사 결정은 당초 처분이 충분하지 않았다는 뜻이지만, 납세자가 최종 승소했다는 뜻은 아니다. 처분청이 b 계좌를 확인했는데 시공법인으로의 대응 지급이 확인되지 않으면, 추가 취득가액 인정은 제한될 수 있다. 반대로 대응 지급이 뚜렷하게 확인되면, 도급계약서 금액을 초과하는 공사비도 취득가액으로 반영될 수 있다.

실무 시사점

1. 신축공사비는 “계약서 금액”보다 “자금흐름 대사”가 중요하다

실무에서 건물 신축비를 취득가액으로 정리할 때는 도급계약서, 세금계산서, 계좌이체, 준공정산서가 서로 맞아야 한다. 도급계약서 금액이 낮고 실제 지급액이 높다면, 그 차이가 왜 발생했는지를 설계변경서, 추가공사 내역서, 견적서, 현장사진, 준공정산서로 설명해야 한다.

특히 중간관리자에게 송금한 구조라면 다음과 같은 표를 만들어야 한다.

이런 대사표가 있으면 조사관도 판단하기 쉽고, 심판 단계에서도 쟁점이 선명해진다.

2. 공사책임자 역할은 문서로 남겨야 한다

가족 지인이나 업계 지인을 공사관리자로 쓰는 경우가 많다. 그러나 세무상으로는 “왜 그 사람에게 돈을 보냈는가”가 항상 문제 된다. 공사책임자에게 지급할 경우에는 최소한 위임계약서, 공사관리 용역계약서, 도급계약 체결 권한 위임장, 공사대금 집행내역 보고서, 정산확인서를 남겨야 한다. 이번 사건에서 b가 도급계약서상 대리인으로 기재되어 있었던 점은 청구인에게 큰 도움이 되었다.

3. 적격증빙이 부족할수록 다른 증빙의 밀도를 높여야 한다

세금계산서가 부족한 공사비를 인정받으려면, 다른 증빙이 훨씬 촘촘해야 한다. 예를 들어 금융거래내역, 통장 메모, 현장사진, 설계변경 도면, 사용승인 자료, 견적서, 공정표, 하도급업체 확인서, 자재 반입내역, 감리일지 등이 서로 같은 이야기를 해야 한다. 하나의 자료만으로 부족해도, 여러 자료가 같은 방향을 가리키면 재조사 또는 일부 인정을 이끌어낼 수 있다.

4. 현금 지급분은 가장 약하다

이번 사건에서 청구인은 현금 지급도 있었다고 주장했지만, 심판원 주문은 계좌이체분을 한도로 정리되었다. 이는 실무상 매우 중요한 신호다. 현금 지급은 실제로 있었더라도 사후 입증이 어렵다. 부득이하게 현금이 쓰였다면 수령자의 신분, 지급일, 지급 사유, 자금 출처, 현금 인출 내역, 수령확인서, 현장 사용처까지 연결해야 한다. 그렇지 않으면 취득가액으로 인정받기 어렵다.

5. 재조사 단계에서는 “자료 제출”보다 “대사 방식”이 중요하다

재조사에서는 자료를 많이 내는 것보다, 자료 간 연결을 어떻게 보여 주는지가 중요하다. a 계좌 출금일, b 계좌 입금일, b 계좌 출금일, c 계좌 입금일, 시공법인 수령금액 현황의 기재일, 월별 공정 내역을 하나의 표로 묶어야 한다. 금액이 완전히 일치하지 않으면 차액 사유도 설명해야 한다. 예를 들어 부가가치세 포함 여부, 공급가액과 합계액 차이, 관리비 또는 공사관리 수수료, 일부 하도급 직불 여부 등을 구분해야 한다.

실무 체크리스트

건물 신축비를 양도소득세 취득가액으로 인정받기 위해 다음 항목을 점검해야 한다.

• 도급계약서 원본 확보: 계약금액, 공사범위, 착공일, 준공예정일, 대리인 또는 현장관리자 기재 여부를 확인한다.
• 설계변경 자료 정리: 당초 도면과 변경 도면, 세대수 변경, 구조 변경, 추가공사 사유를 비교표로 만든다.
• 계좌흐름 대사표 작성: 건축주 계좌에서 공사책임자 계좌로 간 돈, 다시 시공사나 하도급업체로 간 돈을 일자별로 연결한다.
• 시공사 정산자료 확보: 수령금액 현황, 월별 계산서 발행현황, 공정표, 준공정산서, 세금계산서 발행내역을 함께 보관한다.
• 공사책임자 지위 입증: 위임장, 공사관리계약서, 도급계약서상 대리인 표시, 진술서, 현장관리 기록을 준비한다.
• 세금계산서 누락분 사유 설명: 공급가액과 실제 지급액 차이, 부가가치세 포함 여부, 노무비나 운반비 등 증빙 취약 항목을 구분한다.
• 현금 지급분 최소화: 현금 지급은 원칙적으로 피하고, 불가피한 경우 인출 내역과 수령확인서, 사용처 자료를 같은 날 기준으로 맞춘다.
• 사용승인일 전후 비용 구분: 사용승인 전 신축공사비인지, 사용승인 후 수선비 또는 자본적 지출인지 구분한다.
• 취득세 신고가액과 양도세 취득가액 차이 검토: 취득세 신고 당시 금액과 양도소득세 신고 취득가액이 다르면 차이 사유를 미리 설명한다.
• 표준건축비는 보조자료로 사용: 실제 취득가액 산정 근거가 아니라 도급계약서 금액의 비정상성을 설명하는 보조자료로 둔다.
• 재조사 대응자료 묶음 준비: 조사관이 바로 확인할 수 있도록 계약서, 계좌내역, 정산서, 도면, 사진, 진술서를 순서대로 편철한다.

참고 자료

• 조세심판원 2026.05.27. 결정, 조심2025중4374, 양도소득세, 재조사
• 소득세법 제97조, 양도소득의 필요경비 계산
• 소득세법 제160조의2, 경비 등의 지출증명 수취 및 보관
• 소득세법 시행령 제89조, 자산의 취득가액 등
• 소득세법 시행령 제163조, 양도자산의 필요경비
• 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제4조, 금융거래의 비밀보장
• 조세심판원 조심2016서0739, 2016.04.20., 감정가액으로 산정한 공사비의 필요경비 인정 여부
• 조세심판원 조심2009중4314, 2010.02.16., 주택수리 공사비의 양도소득 필요경비 인정 여부
• 조세심판원 조심2010중2874, 2011.06.09., 개발비용산정보고서와 공사비 증빙에 대한 재조사 결정
• 인천지방법원 2022구단52413, 2023.09.22., 금융거래내역으로 확인되는 취득가액 판단
• 서울행정법원 2021구단66886, 2023.02.01., 취득세 과세표준액과 실지 취득가액 판단