완전자회사 간 무증자합병, 소멸 주식 장부가액 손금 인정 (조심2024서3654)

사건 개요

청구법인은 식품 제조 및 판매업을 영위하는 내국법인이다. 청구법인은 합병 전 (주)B와 (주)C의 발행주식을 모두 보유하고 있었다. 2021.11.1. 청구법인의 완전자회사인 (주)B가 다른 완전자회사인 (주)C를 흡수합병했고, 이 합병은 합병신주를 발행하지 않는 무증자합병으로 진행되었다.

합병 후 청구법인은 회계상으로는 소멸한 (주)C 주식의 장부가액을 차감하고 같은 금액을 존속회사인 (주)B 주식 장부가액에 더했다. 다만 2021사업연도 법인세 신고 때에는 이 회계처리에 대응하는 별도 세무조정을 하지 않았다. 이후 청구법인은 소멸한 (주)C 주식의 세무상 장부가액이 합병일이 속하는 사업연도 손금이라고 보아 2023.3.31. 법인세 환급을 구하는 경정청구를 했다.

처분청은 2024.3.25. 경정청구를 거부했다. 처분청의 기본 입장은 완전자회사 간 무증자합병은 같은 주주가 들고 있던 두 자회사를 하나로 합친 것에 불과하므로 모회사에게 실질적인 손실이 없고, 따라서 소멸한 피합병법인 주식 장부가액을 손금으로 볼 수 없다는 것이었다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.14. 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 거부처분을 취소했다.

사실관계 구조

이 사건의 흐름은 다음과 같이 정리할 수 있다.

[합병 전]

        청구법인
       /        \
  지분 100%    지분 100%
     /            \
  (주)B          (주)C
  합병법인       피합병법인

[2021.11.1. 무증자 흡수합병]

  (주)B  +  (주)C  ──합병신주 없음──>  (주)B 존속
                     (주)C 소멸

[청구법인 보유 주식의 세무상 쟁점]

  (주)C 주식 장부가액은 어디로 가는가?

  청구법인 주장: 합병으로 주식이 소멸했으므로 2021사업연도 손금
  처분청 의견: 경제적 손실이 없으므로 (주)B 주식 장부가액에 가산
  심판원 판단: 2021년 당시 가산 근거가 없으므로 손금 인정

핵심은 합병법인인 (주)B가 피합병법인 (주)C의 자산과 부채를 승계했다는 점이 아니라, 피합병법인 주주인 청구법인의 손에 있던 (주)C 주식이 합병신주로 대체되지 않고 소멸했다는 점이다. 같은 모회사가 양쪽 자회사를 모두 보유했다는 경제적 관찰과, 모회사 장부에서 특정 주식 자산이 법률상 사라졌다는 세무상 관찰이 충돌한 사건이다.

핵심 쟁점

이 사건의 쟁점은 하나로 압축된다.

완전자회사 간 무증자 흡수합병에서 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 세무상 장부가액을 합병일이 속하는 사업연도에 완전모회사의 손금으로 인정할 수 있는가.

이를 실무적으로 풀면 다음 세 가지 질문이 된다.

1. 주식 소멸 자체가 손금 발생 사유인가
   피합병법인 주식은 합병으로 소멸했고, 모회사는 그 주식에 대응하는 합병신주를 받지 않았다. 이때 소멸 주식의 장부가액만큼 순자산 감소가 확정된 것으로 볼 수 있는지가 문제된다.

2. 합병법인 주식 장부가액에 더할 수 있는가
   처분청은 전체 경제가치가 변하지 않았으므로 소멸한 피합병법인 주식 장부가액을 존속하는 합병법인 주식 장부가액에 더해야 한다고 보았다. 그러나 2021년 당시 법령에 그런 세무조정 근거가 있었는지가 별도 쟁점이다.

3. 2024.2.29. 신설된 시행령 규정의 성격은 무엇인가
   개정 법인세법 시행령 제72조 제5항 제1호의3은 완전자회사 간 합병으로 합병대가 주식이 없는 경우 피합병법인 주식 취득가액을 가산하도록 규정했다. 이 규정이 기존 법리를 확인한 것인지, 아니면 종전의 공백을 메우는 새 규정인지에 따라 2021년 합병에 대한 결론이 달라진다.

청구인 주장

청구인 주장은 피합병법인 주식이 합병으로 소멸했고 합병신주가 없었으므로, 그 세무상 장부가액은 합병일이 속하는 사업연도에 손금으로 확정되었다는 것이다.

첫째, 법인세법 제19조는 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 발생하는 손실 또는 비용을 손금으로 본다. 무증자합병에서는 피합병법인 주식이 신주로 대체되지 않는다. 따라서 모회사 입장에서는 보유하던 특정 주식 자산이 없어지고, 그 장부가액만큼 순자산 감소가 발생한다. 청구법인은 이 손실이 법인세법 제40조의 권리의무확정주의에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도에 귀속된다고 보았다.

둘째, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제5호는 합병에 따라 새로 취득하는 주식의 취득가액 산정 규정이다. 그런데 무증자합병에서는 새로 취득하는 합병법인 주식이 없다. 청구법인은 새 주식이 없는데도 기존 합병법인 주식 장부가액을 임의로 증액하는 것은 법인세법상 허용되지 않는 자산 평가라고 주장했다. 법인세법 제42조는 원칙적으로 보유 주식의 장부가액 평가증을 허용하지 않기 때문이다.

셋째, 청구법인은 과거 기획재정부와 국세청 해석이 무증자합병으로 피합병법인 주식이 소멸하는 경우 손금 산입을 인정해 왔다고 보았다. 특히 결손 누적 등으로 자본이 잠식된 피합병법인 사례에서 합병등기일 손금 산입을 인정한 해석은, 주식이 법률상 소멸할 때 손익이 확정된다는 관점을 전제로 한다는 것이다.

넷째, 2024.2.29. 신설된 법인세법 시행령 제72조 제5항 제1호의3은 종전 법령에 없던 취득가액 가산 근거를 새로 둔 것이다. 청구법인은 이 규정이 시행되기 전인 2021년 합병에 소급 적용될 수 없고, 오히려 이 신설 규정의 존재 자체가 종전에는 합병법인 주식 장부가액을 늘릴 명문 근거가 없었다는 점을 보여 준다고 주장했다.

처분청 의견

처분청 의견은 완전자회사 간 무증자합병은 모회사에게 경제적 손실을 발생시키지 않으므로 손금 요건을 충족하지 못한다는 데 있다.

첫째, 합병으로 피합병법인인 (주)C의 자산과 부채는 합병법인인 (주)B에 이전되었다. 청구법인은 합병 전에도 (주)B와 (주)C를 모두 전부 보유했고, 합병 후에도 존속법인인 (주)B를 전부 보유했다. 처분청은 이 구조에서 모회사의 지배권과 전체 경제가치가 달라지지 않았다고 보았다.

둘째, 처분청은 청구법인이 실제로 한 회계처리도 중요하게 보았다. 청구법인은 회계상 (주)C 주식 장부가액을 차감하면서 같은 금액을 (주)B 주식 장부가액에 더했다. 처분청은 세법에 특별한 규정이 없는 한 기업회계기준과 관행을 존중해야 하므로, 이러한 회계처리를 세무상으로도 존중하는 것이 맞다고 보았다.

셋째, 처분청은 자본잠식 회사가 피합병법인인 경우와 이 사건을 구별했다. 자본잠식 피합병법인의 주식은 이미 경제적 가치가 없어져 있었고, 합병은 그 손실을 장부 밖으로 드러내는 계기일 수 있다. 반면 이 사건 피합병법인은 처분청 주장에 따르면 자본잠식 상태가 아니었다. 따라서 과거 손금 산입 해석은 이 사건에 그대로 적용할 수 없다는 것이다.

넷째, 처분청은 완전자회사 간 합병을 두 개의 자산 보유 수단을 하나로 합친 것에 비유했다. 같은 주인이 들고 있던 두 개의 가방을 하나로 합쳤을 뿐 내용물이 사라진 것은 아니라는 논리다. 이 관점에서는 소멸한 (주)C 주식의 장부가액을 손금 처리하면, 실제 손실이 없는데도 세무상 손실만 만들어지는 결과가 된다.

다섯째, 처분청은 2024년 시행령 개정은 기존 취지를 명확히 한 확인적 규정이라고 보았다. 개정 전에도 기존 자산 취득가액 규정과 실질과세 원칙을 통해 피합병법인 주식 장부가액을 합병법인 주식 장부가액에 가산할 수 있었고, 개정 시행령은 이를 명문화했을 뿐이라는 것이다.

관련 법령

법인세법 제19조 제1항, 제2항 (손금의 범위)

손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다.

손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

이 조문은 손금 판단의 출발점이다. 이 사건에서는 피합병법인 주식이 합병으로 소멸한 것이 청구법인 순자산 감소로 볼 수 있는지가 문제 되었다.

법인세법 제40조 제1항 (손익의 귀속사업연도)

내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

청구법인은 피합병법인 주식이 소멸한 합병등기일에 손실이 확정되었다고 보았다. 따라서 손금 귀속시기는 합병법인 주식 처분시점이 아니라 2021사업연도라는 주장이다.

법인세법 제41조 제1항 (자산의 취득가액)

내국법인이 매입, 제작, 교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 더한 금액, 제작원가에 부대비용을 더한 금액, 그 밖의 대통령령으로 정하는 금액으로 한다.

이 조문은 자산 취득가액의 일반 규정이다. 다만 이 사건의 핵심은 청구법인이 합병으로 새 주식을 취득했는지가 아니라, 이미 보유하던 피합병법인 주식이 소멸했고 기존 합병법인 주식의 장부가액을 늘릴 수 있는지에 있었다.

법인세법 제42조 제1항 (자산과 부채의 평가)

내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만 법령상 예외가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

심판원은 피합병법인 주식 장부가액을 기존 합병법인 주식 장부가액에 더하는 것이 단순한 자산 대체인지, 아니면 보유 주식 장부가액의 평가증인지에 주목했다.

법인세법 제44조 제3항 제2호 (완전자회사 간 합병 특례)

동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우에는 일정 요건을 갖춘 합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

이 규정은 합병 당사 법인 단계의 과세특례와 관련된다. 그러나 모회사 단계에서 소멸한 피합병법인 주식 장부가액을 어떻게 처리할지는 별도 문제다.

2021년 당시 법인세법 시행령 제72조 제2항 제5호 (합병으로 취득한 주식의 취득가액)

합병 또는 분할에 따라 취득한 주식등의 취득가액은 종전 장부가액에 의제배당 금액 및 자본거래로 분여받은 이익을 더한 금액에서 금전 등 합병대가를 뺀 금액으로 한다.

이 규정은 합병으로 새 주식을 취득하는 경우를 전제로 한다. 무증자합병처럼 합병신주가 발행되지 않는 경우에도 이 조문을 근거로 기존 합병법인 주식 장부가액을 늘릴 수 있는지가 이 사건의 핵심 해석 문제였다.

2024.2.29. 개정 법인세법 시행령 제72조 제5항 제1호의3

법인세법 제44조 제3항 제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한다.

이 신설 규정은 이 사건 결론의 중요한 반대해석 근거가 되었다. 심판원은 신설 규정이 생긴 이유를, 종전 법령만으로는 무증자합병 시 합병법인 주식 장부가액에 피합병법인 주식 장부가액을 더할 근거가 부족했기 때문으로 보았다.

심판원 판단

조세심판원은 처분청의 경정청구 거부처분을 취소했다. 판단 구조는 다음과 같이 단계별로 정리할 수 있다.

1단계: 판단 기준은 전체 경제효과가 아니라 법인세법상 자산별 규정이다

심판원은 먼저 완전자회사 간 합병이라는 경제적 구조만으로 결론을 낼 수 없다고 보았다. 같은 모회사가 양쪽 자회사를 전부 보유하고 있었다는 사정은 중요하지만, 법인세는 각 법인과 각 자산의 취득, 보유, 처분에 관한 규정에 따라 과세표준을 계산한다.

따라서 피합병법인 주식의 세무처리는 합병법인 단계의 자산 승계, 피합병법인 단계의 양도손익, 모회사 단계의 주식 소멸을 구분하여 보아야 한다. 처분청처럼 전체 그룹의 경제가치가 유지되었다는 이유만으로 특정 주식의 소멸 효과를 배제하기는 어렵다고 본 것이다.

2단계: 무증자합병에서는 피합병법인 주식이 신주로 대체되지 않는다

일반적인 합병에서는 피합병법인 주주가 합병법인 주식 또는 다른 대가를 받는다. 그 경우 종전 주식의 장부가액이 새로 받은 주식의 취득가액 계산으로 이어질 수 있다.

그러나 이 사건은 무증자합병이다. 청구법인은 합병법인으로부터 새 주식을 받지 않았다. 피합병법인 주식은 합병으로 소멸했고, 그 자리를 대체하는 합병신주가 없었다. 심판원은 이 점을 근거로 모회사 입장에서는 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하고 손익이 확정된 것으로 볼 수 있다고 판단했다.

3단계: 기존 합병법인 주식에 장부가액을 더할 명문 근거가 없었다

처분청은 소멸한 (주)C 주식 장부가액을 기존 (주)B 주식 장부가액에 더해야 한다고 보았다. 하지만 심판원은 2021년 당시 법령에서 그러한 가산 근거를 찾기 어렵다고 보았다.

법인세법 시행령 제72조 제2항 제5호는 합병에 따라 취득한 주식의 취득가액을 정하는 규정이다. 그런데 이 사건에서는 합병에 따라 취득한 주식이 없다. 기존에 보유하던 (주)B 주식의 수가 변동되지 않았고, 합병신주도 발행되지 않았다. 이런 상황에서 (주)B 주식 장부가액을 늘리는 것은 단순한 자산 대체라기보다 보유 주식의 장부가액을 증액하는 평가에 가깝다.

법인세법 제42조는 법령상 예외가 없는 자산 평가증을 원칙적으로 인정하지 않는다. 따라서 신주 발행이 없는 합병에서 기존 합병법인 주식 장부가액을 늘리려면 별도의 명문 규정이 필요하다는 것이 심판원의 시각이다.

4단계: 회계처리 존중 원칙만으로 과세 근거를 만들 수 없다

청구법인이 회계상 (주)C 주식 장부가액을 (주)B 주식 장부가액에 대체한 사실은 분명하다. 그러나 기업회계 존중 원칙은 세법에 특별한 규정이 없을 때 회계처리를 참고한다는 의미이지, 세법상 손금 또는 취득가액 조정 근거가 없는 경우까지 과세상 불이익을 만드는 규정은 아니다.

특히 이 사건은 손금 해당 여부와 취득가액 조정 여부가 법인세법상 명시 규정의 해석 문제로 다투어진 사안이다. 심판원은 회계상 자산 대체가 있었다는 사정만으로 세법상 손금 발생을 부정하거나 기존 주식 장부가액을 늘릴 수는 없다고 본 것이다.

5단계: 2024년 시행령 신설은 종전 공백을 메운 규정으로 보았다

2024.2.29. 개정 시행령은 동일한 내국법인이 전부 보유한 서로 다른 법인 간 합병으로서 합병대가 주식이 없는 경우, 피합병법인 주식 취득가액을 가산하도록 명시했다. 처분청은 이 규정을 확인적 규정이라고 주장했지만, 심판원은 반대로 보았다.

심판원의 논리는 간명하다. 종전에도 당연히 가산할 수 있었다면 굳이 별도 조항을 둘 필요가 작다. 신주 발행이 없어 기존 시행령 제72조 제2항 제5호를 적용하기 어려운 문제가 있었고, 그 결과 피합병법인 주식 장부가액이 손금으로 처리되는 것을 정책적으로 방지하기 위해 새 규정을 둔 것으로 보인다는 것이다.

이 판단은 소급과세 금지 원칙과도 연결된다. 2021년에 이미 성립한 납세의무에 대해 2024년에 신설된 취득가액 가산 규정을 소급 적용할 수는 없다.

6단계: 결론적으로 경정청구 거부처분은 잘못이다

위 사정을 종합하여 심판원은 완전자회사 간 무증자 흡수합병으로 소멸한 피합병법인 주식 장부가액은 2021사업연도 손금에 해당한다고 보았다. 따라서 해당 금액이 손금이 아니라고 보아 법인세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단했다.

결정문은 같은 취지의 조세심판관합동회의 결정이 2026.4.9. 있었다는 점도 언급했다. 이 사건은 단순한 개별 경정청구 사건을 넘어, 무증자합병 세무처리에 관한 심판원 차원의 정리된 입장이 반영된 사례로 볼 수 있다.

과거 결정례 및 판례 비교

이 사건의 참조결정은 무증자합병 자체를 직접 다룬 결정례라기보다, 나중에 신설된 시행령 규정을 과거 과세기간에 적용할 수 있는지, 그리고 개정 규정이 확인적 규정인지 창설적 규정인지를 판단할 때 참고할 수 있는 사례들이다.

비교의 핵심은 다음과 같다. 조세심판원은 개정 법령의 제목이나 정부 설명자료에 “명확화"라는 표현이 있다는 이유만으로 과거 과세기간에 바로 적용하지 않는다. 종전 법령 문언, 관련 조항의 구조, 부칙의 적용시기, 과거 과세실무에서 해당 결론이 당연히 도출되었는지를 따져 본다. 이 사건에서 2024년 시행령 신설은 오히려 종전 규정의 미비를 보완하는 성격으로 평가되었다.

이번 결정의 의미

1. 무증자합병의 세무상 공백을 납세자에게 유리하게 해석했다

이 사건은 완전자회사 간 합병이라는 경제적 실질만 보면 처분청 주장에 직관적 설득력이 있다. 모회사는 합병 전에도 두 자회사를 전부 보유했고, 합병 후에도 존속 자회사를 전부 보유한다. 피합병법인의 자산이 외부로 유출된 것도 아니다.

그러나 법인세는 직관만으로 과세표준을 계산하지 않는다. 주식이라는 자산이 소멸했고 그 주식이 신주나 금전으로 대체되지 않았다면, 소멸 주식의 세무상 장부가액이 어떻게 처리되는지를 법령에서 찾아야 한다. 심판원은 2021년 당시 법령에는 합병법인 주식 장부가액에 이를 더할 직접 근거가 없었다고 보았다.

2. 회계상 자산 대체와 세무상 취득가액 조정을 구분했다

실무에서는 회계상 처리와 세무상 처리를 같은 방향으로 이해하려는 경향이 있다. 이 사건에서도 청구법인이 회계상 (주)C 주식 장부가액을 (주)B 주식 장부가액으로 대체했기 때문에, 처분청은 이를 세무상으로도 존중해야 한다고 보았다.

하지만 심판원은 회계처리가 세법상 취득가액 조정 근거를 대신할 수 없다고 보았다. 세법상 주식 장부가액을 증가시키는 것은 향후 처분손익 계산에 직접 영향을 주는 중요한 세무조정이다. 따라서 명문 규정 없이 회계처리를 그대로 세무상 취득가액 증가로 받아들이는 데에는 한계가 있다.

3. 2024년 시행령 신설 전후의 세무처리가 갈릴 수 있음을 보여 준다

이 결정은 2024.2.29. 개정 전 합병에 관한 판단이다. 개정 후에는 동일한 내국법인이 전부 보유한 서로 다른 법인 간 합병에서 합병대가 주식이 없는 경우, 피합병법인 주식 취득가액을 가산하는 규정이 명문화되었다. 따라서 개정 후의 무증자합병은 이 사건과 같은 방식으로 손금 주장을 하기 어렵다.

반대로 개정 전 합병, 특히 2024.2.29. 전 합병등기일이 있는 사안에서는 이 결정의 의미가 크다. 이미 합병법인 주식 장부가액에 가산하여 신고했거나, 손금 산입을 누락한 경우에는 경정청구 가능성을 검토할 수 있다.

4. 자본잠식 여부가 절대적 기준은 아니라고 보았다

처분청은 자본잠식 상태의 피합병법인과 정상 영업 중인 피합병법인을 구별했다. 자본잠식 상태라면 이미 가치가 훼손된 주식 손실을 합병 시점에 정리하는 것으로 볼 수 있지만, 그렇지 않은 경우에는 전체 경제가치가 유지된다는 논리다.

심판원은 이 구별을 최종 판단 기준으로 삼지 않았다. 이 사건의 직접 쟁점은 피합병법인이 자본잠식인지 여부가 아니라, 신주 없는 합병에서 피합병법인 주식이 소멸했을 때 기존 합병법인 주식 취득가액을 늘릴 법령상 근거가 있었는지였다. 이 점에서 자본잠식 여부보다 법령의 문언과 적용시기가 더 중요하게 작용했다.

실무 시사점

1. 합병일 기준 시행령을 먼저 확인해야 한다

무증자합병 세무검토에서 가장 먼저 확인할 것은 합병등기일이다. 2024.2.29. 전인지 후인지에 따라 적용 법령이 달라진다. 개정 전 합병은 이 결정과 같은 손금 산입 논리가 가능하지만, 개정 후 합병은 법인세법 시행령 제72조 제5항 제1호의3의 직접 적용을 검토해야 한다.

2. 회계분개만으로 세무 결론을 확정하지 말아야 한다

회계상으로는 소멸한 피합병법인 주식 장부가액을 존속 합병법인 주식 장부가액에 대체하는 처리가 자연스러울 수 있다. 그러나 세무상으로는 손금 산입, 취득가액 가산, 유보 추인, 기타 처분 등 여러 결론이 갈릴 수 있다. 회계분개는 출발점일 뿐이고, 세무조정은 별도 법령 근거로 판단해야 한다.

3. 경정청구 검토 대상이 될 수 있다

2024.2.29. 전 완전자회사 간 무증자합병을 했고, 소멸한 피합병법인 주식 장부가액을 손금으로 반영하지 않았다면 경정청구 가능성을 검토할 필요가 있다. 다만 경정청구 기한, 합병의 구체적 구조, 합병대가 유무, 피합병법인 주식의 세무상 장부가액, 과거 세무조정 이력에 따라 결론은 달라질 수 있다.

4. 처분청은 향후 신설 시행령과 실질과세 논리를 함께 주장할 가능성이 크다

이 결정이 있더라도 모든 사안이 자동으로 인용되는 것은 아니다. 처분청은 합병 전후 경제가치 불변, 회계상 자산 대체, 자본잠식 여부, 조세회피 가능성, 개정 시행령의 확인적 성격 등을 계속 주장할 수 있다. 따라서 불복 단계에서는 단순히 “무증자합병이므로 손금"이라고 주장하기보다, 종전 법령 문언상 취득가액 가산 근거가 없었다는 점을 체계적으로 제시해야 한다.

5. 합병법인 주식의 향후 처분손익까지 함께 검토해야 한다

피합병법인 주식 장부가액을 합병 시점에 손금으로 인정받으면, 그 금액은 합병법인 주식의 취득가액에 포함되지 않는다. 향후 합병법인 주식을 처분할 때 처분손익 계산이 달라진다. 당장의 법인세 환급 효과만 볼 것이 아니라, 장래 처분 가능성과 세무상 장부가액 관리까지 같이 검토해야 한다.

실무 체크리스트

무증자합병 관련 경정청구 또는 세무조사 대응 시에는 다음 항목을 순서대로 확인하는 것이 좋다.

• 합병등기일 확인: 2024.2.29. 전 합병인지, 개정 시행령 시행 후 합병인지 구분한다.
• 지분 구조 확인: 동일한 내국법인이 합병법인과 피합병법인의 발행주식 전부를 보유했는지 확인한다.
• 합병대가 확인: 합병신주, 금전, 그 밖의 재산이 교부되었는지, 완전한 무증자합병인지 검토한다.
• 피합병법인 주식 세무상 장부가액 산정: 취득가액, 과거 감액, 유보, 손금불산입 이력, 감자 또는 출자전환 이력을 확인한다.
• 회계처리와 세무조정 대사: 회계상 소멸 주식 장부가액을 합병법인 주식에 더했는지, 법인세 신고 때 별도 세무조정을 했는지 대사한다.
• 법령 적용시기 검토: 합병일 당시 법인세법 제19조, 제40조, 제41조, 제42조, 시행령 제72조의 문언을 기준으로 판단한다.
• 2024년 신설 규정의 적용 가능성 검토: 개정 시행령 제72조 제5항 제1호의3이 직접 적용되는 기간인지, 과거 합병에 소급 적용될 여지가 있는지 검토한다.
• 경정청구 기한 점검: 해당 사업연도 법인세 신고기한과 국세기본법상 경정청구 가능기간을 확인한다.
• 향후 처분손익 영향 분석: 손금 산입을 선택하거나 인정받을 경우 합병법인 주식의 세무상 장부가액과 장래 처분손익이 어떻게 달라지는지 계산한다.
• 유권해석 및 참조결정 정리: 2022년 손금 산입 취지 해석, 2023년 가산 취지 해석, 2024년 시행령 개정, 조심2024서3654의 판단을 비교표로 정리한다.
• 불복 논리 구성: 전체 경제가치 불변 주장을 반박하기 위해 자산별 세무처리, 신주 부존재, 명문 가산 규정 부재, 소급과세 금지 원칙을 중심으로 주장 구조를 세운다.

참고 자료

• 조세심판원 2026.05.28. 결정, 조심2024서3654
• 법인세법 제19조 (손금의 범위)
• 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도)
• 법인세법 제41조 (자산의 취득가액)
• 법인세법 제42조 (자산과 부채의 평가)
• 법인세법 제44조 제3항 제2호 (동일 내국법인이 전부 보유한 서로 다른 법인 간 합병)
• 2021년 당시 법인세법 시행령 제72조 제2항 제5호 (합병으로 취득한 주식등의 취득가액)
• 2024.2.29. 개정 법인세법 시행령 제72조 제5항 제1호의3 (무증자합병 시 피합병법인 주식 취득가액 가산)
• 참조결정: 조심2022중5112, 조심2020서7836, 조심2019부1051
• 국세청 사전-2021-법규법인-1653, 2022.9.6. (무증자합병 시 피합병법인 주식 취득가액의 세무처리)
• 국세청 사전-2022-법규법인-1013, 2023.1.27. (자본잠식 상태가 아닌 완전자회사 간 무증자합병의 세무상 처리)
• 국세청 기준-2024-법규법인-0095, 2025.5.21. (완전자회사 간 무증자합병의 경우 피합병법인 주식가액의 세무처리 방법)

본 글은 공개된 조세심판원 결정문과 관련 법령, 공개 유권해석을 기준으로 작성한 실무 분석 초안이다.