특허권 이전가격 평가액과 배터리 선급금, 입증 부족이면 재조사 (조심2025서3181)

사건 개요

이 사건은 하나의 법인세 처분 안에 세 가지 쟁점이 함께 들어 있다. 첫째는 파산법인으로부터 싸게 산 특허권을 국외 특수관계법인에게 양도하면서 정상가격을 얼마로 볼 것인지다. 둘째는 중국 관계법인에게 지급한 리튬인산철 배터리 구매 선급금이 실제 구매 선급금인지, 사실상 대여금인지다. 셋째는 사채 차입 과정에서 지급한 선이자가 채권자불분명 사채이자인지다.

조세심판원은 세 쟁점을 모두 납세자 승소로 본 것은 아니다. 특허권 정상가격과 선급금 부분은 처분청의 입증과 사실 확인이 부족하다고 보아 재조사를 명했다. 반면 선이자 부분은 실제 채권자가 확인되었다고 보기 어렵다며 처분청 손을 들어 주었다.

청구법인은 2018년 설립되어 화학제품 도소매업을 영위한 법인이다. 2020년 1월 파산법인이 보유하던 배터리 관련 특허권 27종을 공개 매각 절차에서 단독으로 낙찰받았다. 결정문에는 경매가격이 20백만원으로 나타난다. 이후 청구법인은 25종 특허권에 대해 특허법인 A의 기술가치 평가보고서를 받았고, 2020년 9월 청구법인의 지분을 100퍼센트 보유한 홍콩법인 D에 쟁점특허권을 양도했다.

문제는 특허법인 A가 산정한 기술가치 평가액과 청구법인이 D에 양도한 금액 사이에 큰 차이가 있었다는 점이다. 조사청은 평가액을 정상가격으로 보고 양도가액과의 차액을 익금산입했다. 이어 2023년에 청구법인이 중국법인 B에 지급한 리튬인산철 배터리 구매 선급금도 사실상 대여금으로 보아 정상이자를 익금산입했고, 사채 차입 관련 선이자는 채권자불분명 사채이자로 보아 손금불산입했다.

사실관계 구조와 거래 구조

1. 특허권 취득·평가·국외 이전 흐름

파산법인 C 보유 특허권
  └─ 2020.1.21. 공개 매각 5차 입찰
      └─ 청구법인 단독 낙찰: 특허권 27종 취득
          └─ 2020.2.5. 권리이전등록
              └─ 2020.3. 특허법인 A에 25종 특허권 가치평가 의뢰
                  └─ 로열티 공제법, 미래 현금흐름 할인 방식으로 평가액 산정
                      └─ 2020.9. 청구법인 → 홍콩법인 D에 쟁점특허권 양도
                          └─ 2020.10. D → 중국법인 E에 현물출자 또는 사용권 부여
                              └─ 2020.12. E → 중국법인 B에 다시 현물출자 또는 사용권 부여

쟁점특허권은 배터리 관련 특허권이었다. 결정문에 따르면 특허법인 A의 평가보고서는 삼원계 배터리 사업을 전제로 한 예상매출액을 기초로 작성된 것으로 보인다. 그러나 이후 실제 중국 시장에서는 리튬인산철 배터리가 주력이 되었고, 쟁점특허권을 활용한 삼원계 배터리 사업은 제대로 실현되지 않았다. 2026년 4월 기준으로는 25개 쟁점특허권 중 23개가 등록료 불납 또는 존속기간 만료로 소멸된 것으로 확인되었다.

2. 선급금과 배터리 공급 흐름

B Co., Ltd. (중국 배터리 제조 관련 법인)
  ↑
  │ 2023.5.22. 및 2023.6.13. 선급금 지급
  │ 리튬인산철 배터리 원재료 확보, 생산, 선적 목적이라는 청구법인 주장
  │
청구법인
  ├─ 2023.3.27. B와 제품판매협약 체결
  ├─ 2023.4.14. I와 배터리 판권 및 공급계약 양수도계약 체결
  ├─ 2023.5.19. 및 2023.6.9. B와 배터리 구매계약 체결
  └─ 이후 B 경영악화 등으로 선급금 반환청구 소송 진행

처분청은 청구법인이 2023년 4월 이미 I에게 배터리 판권과 공급계약을 넘겼으므로, 그 뒤 B에 선급금을 지급할 이유가 없었다고 보았다. 반면 청구법인은 I와 양수도계약을 체결했더라도 최종 대금 정산 전까지 판권이 여전히 청구법인에게 있었고, 실제 배터리 발주와 공급사업을 위해 선급금을 지급했다고 주장했다.

3. 사채 차입과 선이자 흐름

사채업자 측 자금
  └─ F 명의로 청구법인에 차입금 입금
      └─ 청구법인
          ├─ 일부 금액을 F에게 반환
          ├─ 일부 금액을 G 계좌로 송금
          └─ 일부 금액은 수표로 인출하여 H를 통해 실제 대주에게 전달했다는 주장

청구법인은 F와 G의 주민등록번호와 주소가 확인되므로 채권자가 불분명하지 않다고 주장했다. 그러나 조세심판원은 입금 계좌와 일부 인적사항만으로는 실질 채권자가 확정되었다고 보기 어렵고, 금전소비대차계약서 등 구체적 증빙도 부족하다고 보았다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심은 다음 세 가지다.

1. 쟁점특허권의 정상가격
   공개 매각에서 20백만원에 취득한 특허권을 국외 특수관계법인에게 양도한 경우, 파산 매각 가격을 비교가능 제3자 가격으로 볼 수 있는가. 반대로 특허법인 A의 기술가치 평가액을 정상가격으로 보려면 평가 전제와 예상매출액의 합리성이 어느 정도 입증되어야 하는가.

2. 쟁점선급금의 실질
   청구법인이 중국법인 B에 지급한 배터리 구매 선급금이 실제 물품 구매를 위한 선급금인지, 아니면 B에 운영자금을 빌려준 사실상 대여금인지가 문제 되었다. 이는 국외 특수관계인에 대한 정상이자 익금산입 여부와 연결된다.

3. 쟁점선이자의 손금 인정 여부
   사채 차입 과정에서 지급한 선이자가 실제 채권자에게 지급된 이자인지, 아니면 채권자의 주소·성명 또는 거래내용이 불분명한 사채이자인지가 문제 되었다.

이 중 실무적으로 가장 큰 의미가 있는 부분은 첫 번째 쟁점이다. 조세심판원은 파산 매각 가격을 곧바로 정상가격으로 확정하지는 않았다. 하지만 처분청이 특허법인의 미래 현금흐름 평가액을 정상가격으로 쓰려면, 평가보고서가 형식적으로 존재한다는 점만으로는 부족하고 예상매출액, 사업계획, 경제적 편익 발생 가능성, 실제 사업 진행 여부를 더 엄격하게 확인해야 한다고 보았다.

청구인 주장

1. 특허권 정상가격은 경매가격을 기초로 보아야 한다

청구법인은 쟁점특허권을 파산법인 C의 공개 매각 절차에서 취득했다. 청구법인은 이 가격이 특수관계 없는 제3자 사이의 공개시장 거래가격이라고 보았다. 특히 2020년 당시 국제조세조정에 관한 법률과 시행령은 무형자산 거래의 정상가격 산출방법으로 비교가능 제3자 가격방법 또는 이익분할방법을 우선 적용하도록 정하고 있었으므로, 공개 매각 가격이 존재하는 이상 후순위 방법인 미래 현금흐름 할인 방식의 평가액을 정상가격으로 삼을 수 없다고 주장했다.

청구법인은 파산 매각이라는 사정만으로 거래가격의 시장성이 부정되는 것은 아니라고 보았다. 특허권은 법원 허가를 거쳐 공개적으로 매각되었고, 권리이전등록까지 이루어졌다. 청구법인에 따르면 매매 목적물의 사용, 수익, 처분 권한도 취득과 함께 이전되었으므로, 처분청이 말하는 권리 제한은 실질과 맞지 않는다.

또한 청구법인은 대법원 2009두15357 판결을 들어 국내거래도 비교가능 제3자 거래가 될 수 있다고 주장했다. 쟁점특허권은 한국 등록 특허권이므로 효력이 미치는 시장은 국내이고, 경매와 양도거래 사이의 시간 차이도 크지 않다는 점을 강조했다.

2. 특허법인 평가액은 정상가격으로 쓰기 어렵다

청구법인은 특허법인 A가 감정평가법인이 아니고, 평가보고서 역시 내부 의사결정을 지원하기 위한 목적으로 작성된 기술가치 평가보고서일 뿐이라고 주장했다. 더 중요한 점은 평가의 입력값이다. 청구법인에 따르면 특허법인 A는 청구법인이 제공한 사업계획과 예상매출액을 기초로 현재가치할인 방식의 평가를 수행했다. 그런데 그 예상매출액은 삼원계 배터리 사업이 중국에서 실현된다는 전제를 깔고 있었다.

실제 시장 상황은 달랐다. 결정문에 따르면 중국에서는 리튬인산철 배터리가 주력이 되었고, 쟁점특허권을 활용한 사업은 이루어지지 않았다. 청구법인은 사후 외부회계법인 평가에서 쟁점특허권 가치가 0원으로 산정되었다고 주장했다. 따라서 쟁점평가액은 미래 현금흐름을 합리적으로 반영한 가격이 아니라, 실현 가능성이 낮은 사업계획에 기대어 산정된 금액이라는 것이다.

3. 선급금은 배터리 공급사업을 위한 정상적인 선급금이다

청구법인은 B로부터 리튬인산철 배터리를 공급받기 위해 선급금을 지급했다고 주장했다. 배터리 제조는 원재료 확보, 생산, 선적, 납품까지 상당한 시간이 걸리고, B가 원자재 구입과 임금 지급 등 운영자금을 먼저 확보해야 했으므로 선급금 지급이 필요했다는 것이다.

또한 청구법인은 해외 현지법인에 운영자금이나 선급금을 지급한 경우에도 그것이 납세자의 수출, 원재료 확보, 제품 생산 등 영업활동과 직접 관련되어 있으면 업무와 무관한 대여금으로 단정할 수 없다고 보았다. 결정문에는 조심2017서4241, 국심2007서4134, 조심2008서0664 등이 청구법인의 근거로 제시되어 있다.

4. 선이자는 실제 채권자가 확인되는 이자다

청구법인은 차입원금이 F 명의로 입금되었고, 선이자 중 일부는 G 계좌로 송금되었으며 나머지는 수표로 인출되어 H를 통해 실제 대주에게 전달되었다고 주장했다. 또 F와 G를 피고로 한 민사소송을 진행 중이고, 금융거래정보확인서상 F와 G의 주민등록번호와 주소가 확인되므로 채권자불분명 사채이자로 볼 수 없다고 주장했다.

처분청 주장

1. 파산 매각 가격은 비교가능 제3자 가격이 아니다

처분청은 파산 매각 절차에서 형성된 가격을 정상가격으로 보기 어렵다고 보았다. 파산관재인은 파산재단 재산을 신속하게 환가하여 채권자에게 배분하는 지위에 있을 뿐, 통상적인 시장 매도자처럼 무형자산을 활용하거나 장래 수익을 극대화하는 가격 협상을 하는 주체가 아니라는 것이다.

처분청은 쟁점특허권 양도거래와 파산 매각 거래가 여러 면에서 다르다고 보았다. 예를 들어 파산 매각은 특허권 27종 전체를 대상으로 했지만 양도거래는 그중 25종을 대상으로 했다. 경매는 국내 거래였고, 양도거래는 홍콩법인과의 국제거래였다. 또 쟁점양도거래 이후 D, E, B 사이에서 훨씬 높은 금액의 현물출자 또는 사용권 부여 거래가 이루어진 점도 처분청이 중시한 사정이다.

2. 특허법인 평가액은 합리적인 정상가격이다

처분청은 특허법인 A가 기술성, 권리성, 시장성, 사업성을 분석하고 로열티 공제법을 이용해 평가액을 산정했다고 보았다. 평가보고서에는 기술적 특징, 적용 대상, 시장 전망, 기술 수명, 과거와 미래 시장자료 등이 포함되어 있었고, 평가를 담당한 변리사도 평가액을 부풀리라는 요청을 받은 사실이 없다고 확인했다.

처분청은 청구법인이 D에 쟁점특허권을 양도하기 전에 이미 높은 평가액을 받아 보았고, 이후 D와 E, E와 B 사이에서도 높은 금액의 후속 거래가 이루어졌으므로 청구법인이 D에게 낮은 가격으로 양도한 것은 독립기업 사이에서 보기 어려운 거래라고 주장했다.

3. 선급금은 B에 대한 운영자금 대여다

처분청은 청구법인이 2023년 4월 I에게 배터리 판권 및 공급계약을 양도했으므로, 그 뒤 B로부터 직접 배터리를 구매할 필요가 없었다고 보았다. 그런데도 청구법인이 2023년 5월과 6월 B에 거액의 선급금을 지급했고, 실제 물품을 공급받은 자료가 없으므로 이는 선급금이 아니라 운영자금 대여라고 판단했다.

처분청은 국외 특수관계인과의 사실상 금전대차거래에는 정상가격에 따른 이자 과세가 적용된다고 보았다. 업무무관 여부나 조세부담 감소 의도가 별도로 인정되어야 하는 것이 아니라, 실질이 대여금이면 정상이자를 익금산입해야 한다는 입장이다.

4. 선이자는 채권자불분명 사채이자다

처분청은 원금 입금 계좌주나 이자 수령 계좌주가 확인된다는 사정만으로 실제 채권자가 확정되는 것은 아니라고 보았다. 금전소비대차계약서 등 구체적 증빙이 없고, 청구법인 스스로도 F와 G를 상대로 민사소송을 제기한 상태라면 실제 채권자와 거래내용은 아직 다투어지고 있다는 것이다.

관련 법령

아래 법령은 결정문 별지에 실린 조문을 중심으로, 이 사건 판단에 직접 필요한 부분만 정리한 것이다.

1. 국제조세조정에 관한 법률 제5조: 정상가격 산출방법

정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성, 기능, 경제환경 등 거래조건을 고려하여 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다.
비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 이익분할방법, 거래순이익률방법 등을 적용하고, 그 밖의 합리적인 방법은 앞의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

이 조문은 정상가격 산출에서 방법 선택의 순서를 정한다. 특히 무형자산 거래에서도 아무 평가방법이나 선택할 수 있는 것이 아니라, 비교가능성, 자료의 확보 가능성, 거래의 성격에 맞는 방법을 먼저 검토해야 한다.

2. 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제5조: 방법 선택과 비교가능성

정상가격을 산출할 때에는 특수관계가 있는 자 사이의 국제거래와 특수관계가 없는 자 사이의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것, 자료의 확보와 이용 가능성이 높을 것, 경제 여건과 경영 환경에 관한 가정이 현실에 부합할 것, 자료 또는 가정의 결함이 산출가격에 미치는 영향이 적을 것 등을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택해야 한다.

이 사건에서 파산 매각 가격을 비교가능 제3자 가격으로 볼 수 있는지, 특허법인 평가액을 그 밖의 합리적인 방법으로 볼 수 있는지가 모두 이 조문과 연결된다. 비교가능성이 있으면 차이를 합리적으로 조정해야 하고, 조정이 어렵다면 그 가격을 그대로 정상가격으로 삼기 어렵다.

3. 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조의3: 무형자산 거래의 정상가격

특허권 등 무형자산 거래에 대한 정상가격을 산출할 때에는 무형자산으로 기대되는 추가 수입 또는 절감 비용의 크기, 권리행사 제한 여부, 다른 사람에게 이전하거나 재사용을 허락할 수 있는지 여부를 고려해야 한다.
무형자산 거래의 정상가격 산출방법은 비교가능 제3자 가격방법 또는 이익분할방법을 우선적으로 적용한다.
그 밖의 합리적인 방법을 적용할 때에는 해당 무형자산의 사용으로 창출할 수 있는 미래 현금흐름 예상액을 현재가치로 할인하는 방법에 따르고, 미래 현금흐름 예상액, 성장률, 할인율, 내용연수, 잔존가치, 조세부담 등 제반 요소가 객관적이고 합리적인 방법으로 수집 또는 산출되어야 한다.

이 조문이 이번 결정의 중심이다. 조세심판원은 미래 현금흐름 할인 방식이 장래 사업전망과 예상매출액에 크게 좌우되는 방법이므로, 그 전제가 맞는지 엄격하게 보아야 한다고 판단했다.

4. 가치측정이 어려운 무형자산 규정

가치측정이 어려운 무형자산에 대해 사후에 평가된 거래가격과 당초 거래가격의 차이가 당초 거래가격의 20퍼센트를 초과하는 등 현저한 차이가 나는 경우, 과세당국은 해당 거래가격이 합리적이지 않은 것으로 추정하고 실제 발생한 경제적 편익 등 사후에 변경된 거래 상황과 경제 여건을 바탕으로 정상가격을 다시 산출할 수 있다.

청구법인은 쟁점특허권이 가치측정이 어려운 무형자산에 해당하고, 사후 평가액이 0원으로 나왔으므로 쟁점평가액을 정상가격으로 삼을 수 없다고 주장했다. 다만 심판원은 이 규정만으로 곧바로 청구법인 주장 전부를 받아들인 것이 아니라, 미래 현금흐름 산정근거와 사업 실현 가능성에 대한 재조사가 필요하다고 결론냈다.

5. 국제조세조정에 관한 법률 제7조 및 시행령 제11조: 금전대차거래

과세당국은 거주자와 국외특수관계인 간 국제거래의 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우 정상가격을 기준으로 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있다.
금전대차거래의 정상이자율을 산출할 때에는 채무액, 만기, 보증 여부, 채무자의 신용 정도 등을 고려한다. 사실상의 금전대차거래도 포함된다.

쟁점선급금이 실제 물품 구매 선급금이면 정상이자 과세의 출발점이 약해진다. 반대로 실질이 운영자금 대여라면 국외 특수관계인에 대한 정상이자 과세가 문제 된다.

6. 법인세법 제28조 및 시행령 제57조: 채권자불분명 사채이자

내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 채권자가 불분명한 사채의 이자는 손금에 산입하지 아니한다.
채권자가 불분명한 사채의 이자는 채권자의 주소 및 성명을 확인할 수 없는 차입금, 채권자의 능력 및 자산상태로 보아 금전을 대여한 것으로 인정할 수 없는 차입금, 채권자와의 금전거래 사실 및 거래내용이 불분명한 차입금의 이자를 포함한다.

이 조문은 단순히 이름과 주소 일부가 보이면 충분하다는 취지가 아니다. 실제 돈을 빌려준 사람이 누구인지, 그 사람이 빌려줄 능력이 있었는지, 원금과 이자의 지급 경로가 계약내용과 맞는지까지 확인되어야 한다.

심판원 판단 단계별 분석

1. 정상가격 과세의 증명책임은 과세관청에 있다

조세심판원은 먼저 대법원 2025.2.20. 선고 2024두56436 판결을 인용했다. 그 취지는 과세관청이 국외 특수관계자와의 거래에 대해 정상가격을 기준으로 과세하려면, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 비교되는 상황의 차이를 합리적으로 조정해야 하며, 그렇게 산출된 정상가격이 적법하다는 점을 과세관청이 증명해야 한다는 것이다.

이 원칙은 이번 사건의 결론을 좌우했다. 청구법인이 제시한 경매가격이 곧바로 정상가격이라고 확정된 것은 아니다. 그러나 처분청이 특허법인 평가액을 정상가격으로 삼으려면, 그 평가액이 정상가격으로 쓸 만큼 객관적이고 합리적이라는 점을 처분청이 설명하고 입증해야 한다.

2. 미래 현금흐름 할인 방식은 전제사실 검토가 핵심이다

특허법인 A는 로열티 공제법을 이용해 쟁점특허권의 가치를 평가했다. 이런 방식은 장래 매출, 로열티율, 성장률, 할인율, 기술수명 같은 입력값에 따라 결과가 크게 달라진다. 조세심판원은 미래 현금흐름 할인 방식이 사후 사업환경과 시장상황 변화에 따라 평가결과가 달라질 가능성이 크므로, 그 전제사실과 미래 현금흐름 산정의 합리성을 엄격히 보아야 한다고 판단했다.

결정문에 따르면 평가보고서의 예상매출액은 청구법인이 제시한 자료를 기초로 산정된 것으로 보인다. 보고서에는 새로운 사실이 발견되거나 회사가 제시한 자료가 기술의 실질을 반영하지 못하면 평가결과가 달라질 수 있다는 취지도 기재되어 있었다. 이는 평가보고서 자체가 절대적인 시장가격이라는 뜻이 아니라, 입력자료와 가정이 맞을 때 의미가 있다는 뜻이다.

3. 처분청은 사업계획과 경제적 편익 가능성을 충분히 확인하지 못했다

조세심판원은 처분청이 특허법인 A의 산정 과정에 특별한 오류가 없다는 점만으로 쟁점평가액을 정상가격으로 인정한 것으로 보인다고 평가했다. 그러나 이 사건에서 더 중요한 것은 산식의 오류가 아니라 산식에 들어간 예상매출액과 사업계획의 현실성이다.

쟁점특허권은 삼원계 배터리 사업을 전제로 평가된 것으로 보인다. 그런데 실제 중국 시장에서는 리튬인산철 배터리가 주력이 되었고, 쟁점특허권을 활용한 사업의 실현 가능성이 현저히 낮아졌다. 또한 쟁점특허권 대부분이 등록료 불납 또는 존속기간 만료로 소멸되었다. 이런 사정은 평가 당시 예상매출액과 실제 사업 전개 사이에 큰 간극이 있었음을 보여준다.

처분청은 세무조사 과정에서 청구법인이 쟁점특허권을 활용해 실제 사업을 했는지, 관련 매출이 발생했는지, 당초 예상매출액과 미래 현금흐름이 사후적으로 얼마나 타당했는지 확인할 수 있었다. 그럼에도 이 부분을 충분히 조사하지 않았다고 보아, 심판원은 처분청이 정상가격 산정의 입증책임을 다했다고 보기 어렵다고 판단했다.

4. 결론은 취소가 아니라 재조사다

조세심판원은 특허권 과세를 곧바로 취소하지 않았다. 주문은 “특허법인 A에서 작성한 기술가치 평가보고서상 예상매출액에 대한 산정근거와 적정성을 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라”는 내용이다.

이 결론의 의미는 분명하다. 파산 매각 가격이 곧 정상가격이라고 확정된 것도 아니고, 특허법인 평가액이 완전히 배척된 것도 아니다. 다만 현 상태에서 처분청이 제시한 평가액만으로는 정상가격 과세를 유지하기 부족하므로, 예상매출액, 사업계획, 실제 매출, 특허권 활용 여부, 특허권 소멸 사유 등을 다시 확인하라는 것이다.

5. 선급금은 단순 대여금으로 단정하기 어렵다

쟁점선급금에 대해서도 심판원은 처분청 판단을 그대로 유지하지 않았다. 청구법인이 선급금을 지급할 당시 배터리 관련 판권을 보유하고 있었던 것으로 보이고, 배터리 공급사업의 특성상 원재료 확보, 생산, 선적에 상당한 기간이 걸린다는 청구법인의 설명도 어느 정도 신빙성이 있다고 보았다.

또한 B의 경영악화와 생산차질로 선급금 반환청구 소송이 진행 중이라는 점도 고려했다. 실제 물품거래가 전혀 없는 단순 대여금이라면 선급금 반환소송이나 공급자료의 의미가 달라질 수 있지만, 결정문상 청구법인은 일부 물품을 납품받아 거래한 사실이 있다고 주장했다. 따라서 심판원은 청구법인으로부터 실제 공급받은 물품 내역과 판매 자료를 제출받아 재조사하라고 결정했다.

6. 선이자 부분은 청구법인의 입증이 부족했다

선이자 쟁점에서는 결론이 달랐다. 심판원은 원금이 F 명의로 입금되고 일부 이자가 G에게 송금되었다는 사정만으로 실제 채권자가 특정되었다고 보기 어렵다고 판단했다. 금전소비대차계약서처럼 차입조건, 이자율, 상환기일, 실제 채권자와 수령자를 연결하는 핵심 증빙이 부족했다.

또 청구법인과 청구법인이 실제 채권자라고 주장하는 자들 사이에 민사소송이 진행 중인 점도 중요했다. 소송이 진행 중이라는 것은 권리관계가 아직 확정되지 않았다는 뜻이다. 따라서 이 부분은 채권자불분명 사채이자로 보아 손금불산입한 처분에 잘못이 없다고 판단했다.

과거 결정례 또는 판례 비교

이번 결정은 기존 결정례를 단순히 “해외 자회사 지원은 괜찮다”는 방향으로 확장하지 않았다. 오히려 거래별 입증자료를 요구한다. 특허권은 예상매출액과 평가 전제를, 선급금은 실제 물품 공급과 판매자료를, 선이자는 실제 채권자와 계약관계를 각각 따로 보았다.

실무 시사점

1. 무형자산 평가보고서는 정상가격의 출발점일 뿐이다

무형자산 거래에서 외부 전문가의 평가보고서는 중요한 자료다. 그러나 보고서가 있다는 사실만으로 정상가격이 완성되지는 않는다. 특히 로열티 공제법이나 미래 현금흐름 할인 방식은 예상매출액, 시장점유율, 기술수명, 할인율 등 가정에 크게 좌우된다. 세무조사에서 평가보고서를 정상가격으로 쓰려면, 그 가정이 독립기업 사이에서도 받아들여질 만큼 객관적이었는지 설명되어야 한다.

납세자 입장에서도 평가보고서를 의뢰할 때 “세무조사 때 필요할 수도 있다”는 생각으로 입력자료를 관리해야 한다. 사업계획서, 시장조사 자료, 고객 발주 가능성, 기술 적용 가능성, 특허권의 국가별 효력 범위, 실제 매출 발생 여부가 모두 나중에 정상가격 입증자료가 된다.

2. 공개 매각 가격도 자동으로 정상가격이 되지는 않는다

대법원 2009두15357 판결의 취지상 국내 제3자 거래도 비교가능 거래가 될 수 있다. 하지만 “될 수 있다”와 “언제나 된다”는 다르다. 파산 매각, 경매, 강제 환가 절차에서는 거래 목적, 매도자의 협상력, 유찰 횟수, 입찰 참여자 수, 권리 이전 조건, 매각 대상 자산의 범위가 가격에 영향을 줄 수 있다.

따라서 공개 매각 가격을 비교가능 제3자 가격으로 주장하려면 다음 자료가 필요하다. 매각공고, 입찰조건, 감정 또는 최저입찰가 산정자료, 유찰 경과, 참여자 현황, 낙찰 후 권리이전등록 자료, 양도거래와의 차이 조정표, 특허권 27종과 25종의 차이 분석이 있어야 한다.

3. 사후 자료는 조심해서 사용해야 한다

이번 결정에서 사후적으로 쟁점특허권 사업이 실현되지 않았고 평가액이 0원으로 나왔다는 사정은 평가 전제의 타당성을 흔드는 자료로 작용했다. 그러나 사후 결과만으로 당초 거래가격이 항상 잘못되었다고 볼 수는 없다. 거래 당시 합리적으로 예측할 수 없었던 사정인지, 거래 당시에도 이미 불확실성이 컸던 사정인지가 구분되어야 한다.

실무상 사후 자료는 “당시 평가 가정이 얼마나 현실적이었는지 검증하는 보조자료”로 쓰는 것이 안전하다. 사후 실패만을 근거로 당초 평가를 모두 부정하려 하면, 반대로 과세관청이 성공한 사업의 사후 성과를 들어 더 높은 정상가격을 주장하는 논리도 가능해진다.

4. 국외 관계법인 선급금은 물류 증빙이 핵심이다

선급금이 물품 구매대금으로 인정되려면 계약서만으로 부족하다. 원재료 구매 요청, 생산계획, 발주서, 인보이스, 선적서류, 통관자료, 입고자료, 판매자료, 대금정산표가 이어져야 한다. 특히 같은 그룹 안에서 선급금이 오가고, 상대방이 자금난을 겪고 있다면 과세관청은 이를 운영자금 대여로 볼 가능성이 높다.

이번 사건에서 심판원은 청구법인의 사업상 필요성을 어느 정도 인정하면서도 바로 취소하지 않고 실제 공급받은 물품 내역과 판매 자료를 재조사하도록 했다. 이는 선급금 사안에서 마지막 결론은 결국 물류와 판매 증빙이 결정한다는 뜻이다.

5. 사채 차입은 실제 채권자 입증을 처음부터 준비해야 한다

채권자불분명 사채이자 규정은 생각보다 넓게 작동한다. 차입금이 특정 계좌에서 들어왔고 이자가 특정 계좌로 나갔다는 정도로는 부족할 수 있다. 실제 채권자, 자금 원천, 계약서, 이자율, 상환기일, 담보, 알선자 역할, 수표 인출 후 최종 수령자까지 설명되어야 한다.

특히 선이자를 수표로 인출해 제3자를 통해 전달하는 구조는 조사에서 매우 불리하다. 실제 대주가 누구인지, 왜 계좌 이체가 아니라 수표 전달이 필요했는지, 수령확인서와 금융자료가 있는지 입증하지 못하면 손금불산입과 대표자 상여처분 위험이 함께 발생할 수 있다.

실무 체크리스트

1. 특허권·기술자산을 국외 특수관계자에게 이전할 때

• 이전 대상 특허권 목록, 등록번호, 존속기간, 국가별 효력 범위를 정리했는가?
• 이전 대상이 취득 당시 자산 전체와 다르면 제외된 권리의 가치와 이유를 설명할 수 있는가?
• 비교가능 제3자 거래를 주장하려면 매각공고, 입찰내역, 유찰 경과, 낙찰허가, 권리이전등록 자료를 확보했는가?
• 국내거래와 국제거래의 차이, 파산 매각과 일반 매매의 차이, 권리행사 제한 여부를 조정표로 설명했는가?
• 외부 평가보고서의 목적, 평가기준일, 사용방법, 입력자료의 출처, 책임 제한 문구를 확인했는가?
• 예상매출액 산정근거가 독립적인 시장자료인지, 회사 내부 사업계획인지 구분했는가?
• 평가 당시 사업계획과 실제 사업 진행 상황을 추적할 수 있는 내부 의사결정 자료를 보관했는가?
• 사후 매출, 라이선스 수익, 특허권 소멸 여부, 사업 철수 사유를 정상가격 문서에 업데이트했는가?

2. 국외 관계법인 선급금 관리

• 선급금 지급 전 제품판매협약, 개별 주문서, 납기, 단가, 수량, 품질조건을 명확히 작성했는가?
• 선급금이 필요한 이유를 원재료 구매기간, 생산기간, 선적기간으로 설명할 수 있는가?
• 선급금 지급 후 원재료 구매, 생산, 출고, 선적, 통관, 입고 자료가 연결되는가?
• 일부 납품이 있었다면 수량, 품목, 단가, 판매처, 매출세금계산서 또는 수출자료를 대사했는가?
• 선급금 반환소송이 있는 경우 소장, 계약해지 사유, 미납품 내역, 회수 가능성 자료를 보관했는가?
• 같은 기간 다른 자회사나 관계회사에 판권을 양도했다면, 선급금 지급 권한이 누구에게 남아 있었는지 계약서로 정리했는가?
• 회계상 선급금, 대여금, 미수금, 대손충당금 분류가 실제 계약내용과 일치하는가?

3. 사채 차입과 이자 지급

• 금전소비대차계약서에 실제 채권자, 차입금액, 이자율, 선이자 여부, 상환기일, 담보 조건을 기재했는가?
• 원금 입금자와 실제 채권자가 다르면 그 관계를 입증할 위임장 또는 약정서가 있는가?
• 이자 수령자와 실제 채권자가 다르면 수령 권한을 입증할 자료가 있는가?
• 수표 인출 방식으로 지급했다면 수표번호, 배서내역, 최종 수령확인서를 확보했는가?
• 채권자의 주소와 성명뿐 아니라 자금 대여 능력과 자금 원천을 확인했는가?
• 민사소송 진행 중인 채권은 후속 판결에 따라 경정청구 가능성을 별도로 관리하고 있는가?

참고 자료

• 조세심판원, 조심2025서3181, 2026.06.01, 재조사.
• 조세심판원 결정문 원문: https://www.tt.go.kr/mUser/dem/searchEngineDemViewPopup.do?semok=20&dem_no=223736&menuNm=demList
• 국제조세조정에 관한 법률 제5조, 제7조.
• 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조, 제5조, 제6조의3, 제11조.
• 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 제2조, 제3조.
• 법인세법 제28조, 법인세법 시행령 제57조.
• 대법원 2025.2.20. 선고 2024두56436 판결: 정상가격 산출방법 선택과 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에 있다는 취지.
• 대법원 2011.10.13. 선고 2009두15357 판결: 국내 제3자 거래도 차이 조정이 가능하면 비교가능 제3자 가격방법의 비교대상거래가 될 수 있다는 취지.
• 조심2017서4241, 2018.10.24: 해외 현지법인 선급금이 의류 임가공과 관련한 정상 영업활동이면 업무무관가지급금으로 단정하기 어렵다고 본 결정.
• 국심2007서4134, 2009.11.9: 해외 현지법인 생산 중단 후 투자자금 회수 목적의 대여금 및 담보제공 외화예금을 업무무관가지급금으로 보기 어렵다고 본 결정.
• 조심2008서0664, 2009.04.08: 해외 현지법인 운영자금 지원이 원재료 확보와 해외 판매를 위한 것이라면 업무관련성이 인정될 수 있다고 본 결정.
• 조심2017구2602, 2018.01.19: 국외 특수관계법인의 사실상 폐업과 회수불능 사정이 확인된 경우 정상이자 익금산입 처분을 취소한 결정.