경정청구 후 기술심의로 확인된 신성장·원천기술 R&D 세액공제 적용 (조심2025중3689)

사건 개요

이 사건은 OLED 증착장비 제조업을 영위하는 법인이 2019사업연도 법인세 신고 당시 연구·인력개발비를 일반 연구·인력개발비로 보아 8% 공제율을 적용하였다가, 이후 일부 금액이 신성장동력·원천기술 연구개발비에 해당한다며 35% 공제율 적용을 구한 사안이다. 쟁점은 경정청구 당시에는 한국산업기술진흥원(KIAT) 및 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의결과가 없었지만, 심판 진행 중 산업통상자원부장관으로부터 해당 신청내역과 금액이 신성장·원천기술에 해당한다는 통보를 받은 경우 그 결과를 반영할 수 있는지였다.

결정문상 금액은 비식별 처리되어 있다. 따라서 이 글에서는 금액 자체보다 신고·경정청구·기술심의·심판 판단의 시간적 순서와 신성장·원천기술 연구개발비 입증 방식을 중심으로 정리한다.

사실관계 구조

결정문에 나타난 흐름은 다음과 같다.

2019사업연도
  └─ OLED 증착장비 관련 연구개발비 발생
      └─ 법인세 신고 시 일반 연구·인력개발비로 분류, 8% 공제율 적용

2025.3.28.
  └─ 청구법인: 일부 금액이 신성장동력·원천기술 연구개발비라며 경정청구
      └─ 조특법 제10조 제1항 제1호 공제율 35% 적용 요구

2025.5.30.
  └─ 처분청: 경정청구 거부
      └─ 경정청구 당시 기술심의 결과서가 없다는 점을 중시

2025.6.11.
  └─ 청구법인: 신성장·원천기술 인정 신청서 제출
      └─ 신청 금액은 심판에서 주장한 쟁점연구개발비 금액과 동일

2025.12.24.
  └─ 산업통상자원부장관: 심의결과 통보
      └─ 신청내역 및 금액이 신성장·원천기술에 해당한다고 확인

2026.6.2.
  └─ 조세심판원: 경정 결정
      └─ 심의위원회가 인정한 금액은 신성장동력·원천기술 연구개발비 공제 대상

실무적으로 중요한 점은 두 가지다. 첫째, 청구법인은 당초 신고 단계에서 신성장동력·원천기술 공제를 적용하지 않고 일반 연구·인력개발비 공제를 적용한 뒤 사후 재분류를 주장하였다. 둘째, 처분청의 경정청구 처리 시점에는 기술심의 결과가 없었지만, 심판 판단 시점에는 산업통상자원부장관 명의의 심의결과가 존재하였다. 조세심판원은 처분 당시 자료 상태만을 고정적으로 보지 않고, 심판 단계에서 확인된 전문기관 심의결과를 종합하여 판단하였다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 다음과 같다.

경정청구 당시에는 신성장·원천기술 심의결과서가 없었지만, 이후 연구개발세액공제기술심의위원회가 해당 연구개발비를 신성장·원천기술 연구개발비로 인정한 경우, 그 인정 금액에 조특법 제10조 제1항 제1호의 35% 공제율을 적용할 수 있는가?

이 쟁점은 단순히 “심의결과서를 늦게 제출해도 되는가”의 문제에 그치지 않는다. 연구개발 대상이 시행령 별표 7의 대상기술인지, 실제 비용이 그 기술을 얻기 위한 연구개발업무에 지출되었는지, 일반 연구·인력개발비와 구분경리되었는지가 함께 검토되어야 한다. 다만 이 사건에서 처분청의 거부 사유는 주로 “기술 해당성 확인 불가”였고, 심판원은 그 확인 불가 상태가 사후 심의결과로 해소되었다고 보았다.

처분청 주장

처분청 주장은 비교적 명확하다. 청구법인이 경정청구를 제기할 당시에는 신성장·원천기술 해당 여부를 확인할 수 있는 전문기관 심의결과서를 제출하지 않았으므로, 처분청 입장에서는 경정청구를 받아들일 수 없었다는 것이다.

처분청은 청구법인이 주장한 연구과제와 기술이 OLED 증착장비, AMOLED 패널 제조장비, VR·AR·MR용 초고해상도 디스플레이 장비 제조기술 등 전문적인 영역이므로 세무공무원이 장부와 신고서만으로 별표 7 해당 여부를 판정하기 어렵다고 보았다. 또한 국세청의 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인상 신성장·원천기술 해당 여부를 판단하려면 전문기관의 기술심의 결과가 중요한 자료가 되는데, 청구법인은 경정청구 단계에서 이를 제출하지 않았다고 주장하였다.

요컨대 처분청은 신성장·원천기술 R&D 공제는 일반 R&D 공제보다 공제율이 높으므로, 자체 기술설명만으로는 부족하고 객관적 심의자료가 있어야 한다는 입장에 섰다.

청구인 주장

청구법인, 즉 청구인은 쟁점연구개발비가 조특법 시행령 별표 7에서 정한 신성장동력·원천기술 연구개발비에 해당한다고 주장하였다. 그 근거는 크게 두 가지다.

첫째, 청구법인은 처분청의 경정청구 거부 이후 신성장·원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 2025.12.24. 산업통상자원부장관으로부터 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의결과를 통보받았다. 결정문에 따르면, 청구법인이 신청한 내역과 금액은 심판에서 주장한 쟁점연구개발비와 동일한 것으로 확인되었다.

둘째, 청구법인의 연구개발 활동은 OLED 및 초고해상도 디스플레이 장비 제조기술과 관련되어 별표 7의 대상기술에 해당한다고 보았다. 청구법인은 AMOLED 패널을 제조하기 위한 증착장비 제조기술 연구개발을 수행하여 대화면 AMOLED 패널 제조에 사용되는 장비 생산능력을 갖추었고, VR·AR·MR 기기에 사용되는 초고해상도 디스플레이 제조용 증착장비 기술도 개발하였다고 주장하였다. 따라서 일반 연구·인력개발비 공제율 8%가 아니라 신성장동력·원천기술 연구개발비 공제율 35%를 적용해야 한다는 입장이다.

관련 법령

이 사건은 2019사업연도 법인세 신고에 적용되는 조세특례제한법 제10조와 2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조 및 별표 7을 중심으로 판단되었다. 결정문 별지의 조문 중 쟁점 관련 문언은 다음과 같이 정리할 수 있다.

조세특례제한법 제10조 제1항 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 일정 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비, 즉 “신성장동력·원천기술연구개발비”에 대해서는 해당 과세연도 발생액에 기업유형별 비율과 수입금액 대비 연구개발비 비율에 따른 가산율을 더한 비율을 곱하여 세액공제한다.

조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 제1호에 해당하지 않거나 제1호를 선택하지 않은 연구·인력개발비는 “일반연구·인력개발비”로 보아 별도의 일반 공제방식에 따라 세액공제를 적용한다. 이 사건에서 청구법인은 당초 일반 연구·인력개발비 공제율 8%를 적용하였다.

조세특례제한법 제10조 제4항 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력·원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 신성장동력·원천기술연구개발비란 자체 연구개발의 경우 전담 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 대상기술의 연구개발업무에 종사하는 연구원 및 직접 지원 인력의 인건비, 해당 연구개발업무에 사용하는 견본품·부품·원재료 등 구입비 등을 말한다.

조세특례제한법 시행령 제9조 제8항·제9항 신성장동력·원천기술 연구개발비와 일반 연구·인력개발비는 별개의 회계로 구분경리하여야 하며, 연구개발계획서·연구개발보고서·연구노트 등 증거서류를 작성·보관해야 한다.

조세특례제한법 시행령 제9조 제11항·제12항 연구개발 대상 기술이 별표 7에 해당되는지 여부 등을 심의하기 위하여 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관이 공동으로 운영하는 심의위원회를 둘 수 있고, 그 구성 및 운영은 공동부령으로 정한다.

조세특례제한법 시행령 별표 7 중 전자정보·디바이스·고기능 디스플레이 분야 “능동형 유기발광 다이오드(AMOLED) 패널·부품·소재·장비 제조 기술”은 대화면 AMOLED 패널 제조 공정에 사용되는 기술과 AMOLED 패널 제조를 위한 부품·소재·장비 제조기술을 포함한다. “VR·AR·MR용 디스플레이 패널·부품·소재·장비 제조 기술”은 가상현실·증강현실·혼합현실 기기에 사용되는 초고해상도 디스플레이 제조 공정기술과 관련 부품·소재·장비 제조기술을 포함한다.

따라서 공제 적용에는 기술 해당성뿐 아니라 비용 해당성, 구분경리, 증거서류 보관이 모두 필요하다. 다만 이 사건에서 조세심판원은 처분청이 거부한 주된 이유인 기술 해당성 확인 불가가 사후 심의결과로 해소되었다는 점을 중시하였다.

심판원 판단

조세심판원은 청구법인의 주장을 받아들여 경정 결정을 하였다. 판단 단계는 다음과 같다.

1. 당초 신고와 경정청구의 구조 확인

청구법인은 2019사업연도 법인세 신고에서 연구·인력개발비를 일반 연구·인력개발비로 보아 8% 공제율을 적용하였다. 이후 같은 사업연도 연구개발비 중 일부가 신성장동력·원천기술 연구개발비에 해당한다고 보아 2025.3.28. 경정청구를 제기하였다. 심판원은 당초 신고 자체보다 재분류를 주장한 금액이 제1호 공제대상인지 여부를 심리하였다.

2. 처분청 거부 사유의 성격

처분청은 경정청구 당시 심의결과서가 제출되지 않았기 때문에 쟁점연구개발비가 신성장동력·원천기술 연구개발비인지 확인할 수 없다고 보았다. 이는 해당 기술이 명백히 대상기술이 아니라고 판단한 것이 아니라, 확인자료가 부족하다는 이유에 가까웠다.

3. 사후 기술심의 결과의 반영

청구법인은 경정청구일 이후인 2025.6.11. 신성장·원천기술 인정 신청서를 제출하였고, 2025.12.24. 산업통상자원부장관으로부터 신청내역 및 금액이 신성장·원천기술에 해당한다는 심의결과를 통보받았다. 심판원은 이 사실을 핵심 근거로 삼아, 심판 판단 시점에는 더 이상 “확인 불가”라는 이유로 거부처분을 유지하기 어렵다고 보았다.

4. 인정 금액의 범위 제한

주문은 2019사업연도 연구개발비 전체가 아니라, 연구개발세액공제기술심의위원회로부터 신성장·원천기술 연구개발비에 해당하는 것으로 인정받은 금액을 대상으로 한다. 즉 당초 일반 연구·인력개발비로 신고한 금액 전부가 자동으로 35% 공제 대상이 되는 것이 아니라, 심의위원회가 인정한 신청내역과 금액의 범위 안에서 조특법 제10조 제1항 제1호를 적용하라는 취지다.

5. 결론

조세심판원은 처분청이 쟁점연구개발비를 신성장동력·원천기술 연구개발비 세액공제 대상으로 보아 해당 공제율을 적용하고 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단하였다. 이 결정은 경정청구 당시 심의결과서가 없었다는 사정만으로 공제가 영구히 배제되지는 않지만, 심판 단계에서라도 전문기관 심의결과와 금액 대응관계가 객관적으로 확인되어야 한다는 취지로 읽힌다.

과거 결정례 또는 판례 비교

이 사건 결정문 자체의 참조결정란은 공란이다. 다만 조세심판원 공개 결정례 중 유사한 신성장·원천기술 연구개발비 사건과 비교하면 다음과 같다.

조심2023중9800은 경정청구 후 전문기관 심사에서 별표 7 해당성이 확인되었다는 점에서 이 사건과 가깝다. 반면 조심2025중3705는 기술 인정 가능성이 있어도 구분경리와 비용 귀속 자료가 부족하면 재조사가 필요하다는 점을 보여준다. 조심2023서0431은 전문기관의 기술 인정이 있어도 해당 사업연도 법령상 공제 가능한 비용인지가 별도로 검토되어야 함을 보여주는 사례다.

실무 시사점

첫째, 경정청구 당시 심의결과서가 없었다는 사정만으로 최종 공제 적용이 반드시 배제되지는 않는다. 심판 단계에서 전문기관 심의결과가 제출되고, 그 결과가 쟁점연구개발비와 직접 대응된다면 조세심판원은 이를 반영할 수 있다.

둘째, “기술 인정”과 “비용 인정”은 분리해야 한다. 별표 7 해당성이 확인되더라도 해당 비용이 그 기술 연구개발업무에 직접 사용되었는지, 전담부서 인건비·재료비·시제품비 등 법령상 비용항목에 들어가는지, 일반 연구·인력개발비와 구분경리되었는지가 별도로 검토된다.

셋째, 디스플레이 장비 제조기업은 별표 7 문언과 기술설명을 정교하게 연결해야 한다. 이 사건에서 문제 된 별표 7 항목은 패널 자체뿐 아니라 패널 제조를 위한 장비 제조기술도 포함한다. 다만 “OLED 관련 장비”라는 포괄적 설명만으로는 부족하고, 대화면 AMOLED 패널 또는 VR·AR·MR용 초고해상도 디스플레이 제조공정과 어떤 기능적 관련이 있는지 설명해야 한다.

넷째, 경정청구서에는 심의결과가 아직 없더라도 심의 신청 사실, 신청 대상 과제, 접수일, 신청 금액과 경정청구 금액의 대사표를 첨부하는 것이 좋다. 이 사건에서도 심판원은 청구법인이 심의 신청한 금액이 심판에서 주장한 금액과 동일하다는 점을 확인하였다.

다섯째, 귀속연도별 법령 확인이 필요하다. 이 사건 별지에는 2020.2.11. 개정 시행령과 부칙 적용례가 제시되어 있다. 신성장·원천기술 공제는 별표와 비용항목 개정의 영향을 크게 받으므로, 해당 사업연도에 적용되는 조문과 별표를 기준으로 검토해야 한다.

실무 체크리스트

• 당초 신고에서 일반 연구·인력개발비로 분류한 금액과 신성장·원천기술로 재분류할 금액을 과제별로 구분했는가?
• 경정청구 대상 금액이 전문기관 심의 신청 금액과 일치하는가?
• 시행령 별표 7의 세부 기술명과 회사의 연구개발 과제명을 연결했는가?
• 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 등 증거서류를 보관하고 있는가?
• 기업부설연구소 또는 전담부서의 조직도, 연구인력 명단, 직무분장, 투입시간 자료가 준비되어 있는가?
• 인건비가 연구개발업무 종사자 또는 직접 지원 인력의 비용인지 확인했는가?
• 재료비·견본품·부품·원재료 구입비가 신성장·원천기술 연구개발업무에 직접 사용되었음을 입증할 수 있는가?
• 일반 연구·인력개발비와 신성장·원천기술 연구개발비를 별도 계정 또는 보조부로 구분경리했는가?
• 공통비용이 있는 경우 합리적인 안분 기준과 계산근거를 갖추었는가?
• 기업유형, 수입금액 대비 연구개발비 비율, 한도 규정에 따라 35% 공제율 산정근거를 확인했는가?
• 경정청구서에 심의결과서가 없다면 심의 신청 사실과 진행 상황을 명확히 기재했는가?
• 심의결과 수령 후 즉시 처분청 또는 심판 단계에 제출할 수 있도록 금액 대사표를 준비했는가?
• 귀속연도별 조특법·시행령·별표 개정사항과 부칙 적용례를 확인했는가?

참고 자료

• 조세심판원, 조심2025중3689, 2026.6.2., 경정.
• 조세특례제한법 제10조, 연구·인력개발비에 대한 세액공제.
• 조세특례제한법 시행령 제9조 및 별표 7, 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술.
• 조세심판원, 조심2023중9800, 2024.10.8., 취소.
• 조세심판원, 조심2025중3705, 2025.12.10., 재조사.
• 조세심판원, 조심2023서0431, 2023.9.11., 기각.
• 국세청 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인: 결정문상 처분청이 신성장·원천기술 해당 여부 확인자료로 언급한 자료.