유치권 인력 용역 세금계산서, 실제 용역 부재 입증이 부족하면 전액 부인은 어렵다 (조심2025인3091)

사건 개요

이 결정은 건설사가 공사대금을 받지 못해 건물에 유치권을 행사하는 과정에서 외부 업체로부터 인력과 조언을 제공받았다고 주장한 사건이다. 처분청은 계약서, 근무일지, 인력명부가 부족하고 세금계산서 품목도 실제 주장과 맞지 않는다는 이유로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제했다. 조세심판원은 전액 가공으로 단정하기에는 처분청의 입증이 부족하다고 보면서도, 금액이 과다하게 적혔을 가능성은 남아 있으므로 실제 공급받은 인력과 거래대금을 다시 조사하라고 결정했다.

실무적으로 이 사건의 의미는 명확하다. 과세관청이 보기에는 매우 수상한 거래였다. 거래처는 신규 법인이고, 세금계산서 품목은 조경공사였으며, 계약서와 인력명부도 없었다. 반대로 납세자 입장에서는 실제로 건물 점유를 지키기 위한 인력이 현장에 있었고, 현장 사진과 일부 수기 자료, 계좌 송금 내역이 있었다. 따라서 쟁점은 “서류가 완벽한가”가 아니라 “불완전한 자료들을 종합해도 거래 자체가 없었다고까지 볼 수 있는가”였다.

조세심판원은 납세자의 주장을 그대로 전부 받아들인 것은 아니다. 매입세액을 모두 살려 준 것도 아니다. 다만 처분청이 택한 결론, 즉 세금계산서 전체를 가공으로 보고 매입세액 전액을 부인한 처분은 지나치다고 보았다. 그래서 “실제 거래가 있었는지”와 “얼마만큼의 금액이 실제 공급가액인지”를 분리해 접근했다.

사실관계 구조

이 사건의 거래 구조는 일반적인 건설 하도급이나 경비 용역 계약과 다르다. 건설 현장이 이미 준공 단계에 이르렀고, 발주자 측과 공사대금 분쟁이 생긴 뒤, 청구법인이 건물 점유를 유지하기 위해 외부 인력의 도움을 받았다는 구조다.

B(발주자)
  └─ 근린생활시설 신축공사 도급
       ↓
청구법인(건축공사업 법인)
  ├─ 2023년 공사 착공
  ├─ 2024년 9월 준공
  ├─ 공사미수금 및 대여금 미회수
  └─ 쟁점건물 유치권 행사
       ↓
쟁점거래처 및 그 대표자
  ├─ 2024년 9월경부터 11월경까지 유치권 유지 인력 제공 주장
  ├─ 대표자 계좌로 여러 차례 용역비 송금
  └─ 2024.11.30. 쟁점세금계산서 발급
       ↓
처분청
  ├─ 품목: 조경공사 기재
  ├─ 계약서·근무일지·인력명부 부재
  ├─ 신규 법인과 고액 세금계산서 발급 사실 지적
  └─ 매입세액 불공제 및 부가가치세 경정·고지

결정문에서 확인되는 주요 시간 흐름은 다음과 같다.

이 구조에서 가장 눈에 띄는 부분은 세 가지다.

첫째, 실제 현장 상황은 분쟁성 사건이었다. 유치권은 점유가 핵심이므로, 청구법인은 상대방이 언제 진입을 시도할지 모르는 상황에서 즉시 동원 가능한 인력이 필요했다고 주장했다. 이 점은 일반 경비 계약처럼 사전에 월 단가, 투입 인원, 근무표를 안정적으로 정리하기 어려웠다는 청구법인 주장과 연결된다.

둘째, 거래 증빙은 약했다. 계약서가 없고, 대금 청구서도 없으며, 인력명부나 근무일지가 충분하지 않았다. 청구법인이 제출한 자료는 현장 사진, 일부 수기 노트, 계좌 송금 내역, 장부 계상 자료가 중심이었다. 공인회계사 관점에서 보면, 이는 “실거래 입증 자료는 있으나 완결성이 낮은 상태”에 가깝다.

셋째, 금액의 정합성에 문제가 있었다. 결정문은 수기 노트에 적힌 일부 기간의 금액, 쟁점세금계산서의 공급대가, 실제 계좌 지급액 사이에 차이가 있다고 보았다. 그래서 심판원은 거래 전체를 부정하지는 않았지만, 세금계산서에 적힌 공급가액이 실제보다 과다할 수 있다는 여지를 남겼다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 처분청이 쟁점세금계산서를 “재화 또는 용역의 거래 없이 주고받은 세금계산서”로 보아 매입세액을 불공제할 수 있는지다.

부가가치세 실무에서 이 쟁점은 다시 네 갈래로 나뉜다.

1. 거래 자체의 존재 여부
   쟁점거래처 또는 그 대표자가 실제로 유치권 유지에 필요한 인력 용역을 제공했는지 여부다. 거래가 전혀 없다면 가공세금계산서가 되고, 매입세액 공제는 원칙적으로 부인된다.

2. 세금계산서 기재 내용의 오류 수준
   품목란에 조경공사라고 적힌 점이 실제 용역과 다르다. 다만 품목이 잘못 적혔다는 사정만으로 곧바로 필요적 기재사항이 사실과 다르다고 볼 수 있는지가 문제다.

3. 공급시기의 적정성
   용역 제공은 2024년 9월부터 시작되었다고 주장되지만, 쟁점세금계산서는 2024.11.30.에 발급되었다. 처분청은 용역이 계속 진행 중이었으므로 공급시기가 맞지 않는다고 보았고, 청구법인은 대가를 지급한 뒤 발급된 세금계산서이므로 공급시기 특례를 적용할 수 있다고 보았다.

4. 공급가액의 적정성
   실제 인력 투입과 대금 지급이 일부 인정되더라도, 세금계산서 공급가액 전체가 실제 거래금액과 일치하는지는 별개의 문제다. 심판원이 재조사를 명한 이유도 여기에 있다.

따라서 이 사건을 단순히 “납세자 승소”로 읽으면 안 된다. 심판원은 처분청의 전액 부인 논리를 배척했지만, 납세자의 신고 금액 전부가 정당하다고 확정하지 않았다. 실무상 더 정확한 표현은 “가공거래 전액 부인 처분은 입증 부족으로 유지하기 어렵고, 실제 용역 범위와 금액은 재조사해야 한다”이다.

처분청 주장

처분청은 쟁점세금계산서를 정상적인 인력 공급 용역의 세금계산서로 보기 어렵다고 보았다. 결정문에 나타난 처분청 논리는 다음과 같이 정리된다.

1. 거래처의 설립 및 개업 시점과 용역 제공 기간이 맞지 않는다

청구법인은 2024년 9월부터 11월까지 유치권 유지 용역을 제공받았다고 주장했다. 그러나 쟁점거래처는 2024.11.1. 설립되고 2024.11.20. 개업한 신규 법인으로 나타났다. 처분청은 용역 시작 시점에는 법인이 존재하지 않았거나 사업자로 개업하지 않은 상태였으므로, 청구법인이 쟁점거래처와 거래했다는 주장은 성립하기 어렵다고 보았다.

특히 신고 검토 당시 제출된 대금이체 내역 중 최초 지급 시점이 법인 설립 전으로 보인다는 점도 처분청 주장의 중요한 근거였다. 처분청 입장에서는 “뒤늦게 만든 법인 명의로 과거 거래를 맞춘 것 아니냐”는 의심을 할 수밖에 없었다.

2. 세금계산서 품목이 실제 주장과 다르다

청구법인은 유치권 행사에 필요한 인력 용역이라고 주장했다. 그런데 쟁점세금계산서 품목란에는 조경공사로 기재되어 있었다. 처분청은 이 점을 실제 거래 내용과 세금계산서 내용이 맞지 않는 대표적인 사정으로 보았다.

건설 현장 세무조사에서 품목 오류는 자주 발견된다. 하지만 이 사건처럼 거래의 성격 자체가 인력 동원인지, 조경공사인지 달라지는 경우에는 단순 오기라고 주장하기가 쉽지 않다. 처분청은 이 품목 불일치를 가공성 판단의 주요 단서로 삼았다.

3. 계약서, 근무일지, 인력명부 등 기본 자료가 없다

처분청은 유치권 유지 인력 용역이 비정형적이고 분쟁 위험이 높은 거래라는 점을 인정하더라도, 그럴수록 투입 인원과 일자, 단가, 근무 내역을 확인할 수 있는 자료가 필요하다고 보았다. 청구법인은 대금 이체 내역 외에 거래사실을 객관적으로 입증할 자료를 충분히 제출하지 못했다.

처분청이 문제 삼은 자료 공백은 다음과 같다.

• 사전에 작성된 용역 계약서 부재
• 용역비 청구서 또는 정산서 부재
• 투입 인원별 명단 부재
• 일자별 근무일지 부재
• 현장 책임자 확인서 등 구체적 현장 관리 자료 부족

공인회계사 실무에서 보면, 이 정도 자료 공백은 환급 신고 검토나 세무조사에서 매우 큰 위험 신호다. 특히 고액 매입세액 공제를 받는 거래라면 “돈을 보냈다”는 사실만으로는 부족하다는 지적이 나올 가능성이 높다.

4. 공급시기도 맞지 않는다고 보았다

처분청은 청구법인이 2025.6.30.까지도 쟁점거래처로부터 세금계산서를 받은 사정을 들어, 2024.11.30.에는 용역 제공이 완료되었다고 보기 어렵다고 주장했다. 용역 제공이 계속 중이었다면 2024.11.30.을 역무 제공 완료 시점으로 볼 수 없으므로, 쟁점세금계산서는 공급시기에 맞지 않는 사실과 다른 세금계산서라는 취지다.

5. 신규 법인의 고액 단일 거래라는 점도 의심 사유로 보았다

쟁점거래처는 개업 당시 이 사건 관련 세금계산서 외에 다른 매출이 없고, 청구법인 외 거래처도 확인되지 않는 것으로 보였다. 처분청은 쟁점거래처가 청구법인에게 세금계산서를 발급하기 위해 만들어진 법인처럼 보인다고 주장했다.

이 부분은 세무조사에서 자주 등장하는 “거래처 실체성” 쟁점이다. 신규 법인이 고액 세금계산서를 발급했고, 그 전후 거래 이력이 희박하며, 거래 품목과 실제 내용도 맞지 않는다면 과세관청은 가공세금계산서 가능성을 강하게 의심한다.

청구인 주장

청구법인은 쟁점세금계산서의 품목이나 계약서 부재는 설명 가능한 사정이고, 실제로 유치권 유지 용역을 제공받았다고 주장했다.

1. 유치권을 유지하기 위한 현실적 필요가 있었다

청구법인은 종합건설면허를 가진 건설업 법인으로, 쟁점건물 신축공사를 도급받아 준공했으나 공사미수금과 대여금을 회수하지 못했다. 그래서 쟁점건물에 대한 유치권을 행사하고 있었다.

유치권은 점유를 잃으면 실효성이 크게 약해진다. 청구법인은 발주자 측이 언제, 어느 정도 인원으로 강제 진입을 시도할지 알 수 없는 상황에서 현장을 지키기 위한 인력과 조언이 필요했다고 설명했다. 이 때문에 유치권 행사 경험이 있는 쟁점거래처 대표자를 지인 소개로 알게 되었고, 2024년 9월부터 11월까지 인력과 조언을 받았다는 것이다.

2. 계약서를 쓰기 어려운 비정형 거래였다고 설명했다

청구법인은 구두로 1인당 하루 단가를 정해 용역비를 지급하기로 했다고 주장했다. 다만 상대방의 강제 진입 시점과 규모를 미리 알 수 없어 전체 거래금액과 투입 인원을 사전에 확정하기 어려웠고, 현장 상황이 발생할 때마다 필요한 인력과 준비 사항을 정했다고 설명했다.

또한 거래처가 즉시 결제를 요구했고, 결제가 늦어지면 다음 현장 대응 때 인력을 공급받지 못할 수 있어 문서화된 계약서나 청구서가 없어도 대금을 지급할 수밖에 없었다고 주장했다.

이 주장은 세무적으로 완벽한 설명은 아니다. 하지만 분쟁 현장의 긴급 대응 용역이라는 특수성을 고려하면, 계약서가 없다는 이유만으로 거래 자체가 없었다고 단정하기는 어렵다는 방향의 논거로 기능했다.

3. 품목란의 조경공사 기재는 거래처의 오기라고 보았다

청구법인은 쟁점거래의 본질이 조경공사가 아니라 유치권 보호 용역이라고 인정했다. 다만 세금계산서 품목란에 조경공사라고 기재된 것은 거래처가 임의로 잘못 적은 것이고, 청구법인은 당시 유치권 유지가 급해 세금계산서 품목을 세밀하게 확인하지 못했다고 설명했다.

청구법인은 사업자등록증이나 업종 정정 사항까지 공급받는 자가 관여하기는 현실적으로 어렵다고 보았다. 따라서 품목란 오기를 이유로 매입세액을 전부 불공제하는 것은 과도하다고 주장했다.

4. 실제 지급과 현장 자료가 있다고 주장했다

청구법인은 용역비 명목으로 거래처 대표자에게 여러 차례 금액을 송금했다. 원문 결정요지는 거래처 대표자에게 용역비 명목으로 463백만원을 입금한 사실을 중요한 사정으로 들고 있다. 또한 결정문에는 청구법인이 현장 사진, 유치권 행사 현수막과 표지, 현장에 모여 있는 성인 남성들의 사진, 일부 수기 노트 등을 심리자료로 제출한 것으로 나타난다.

청구법인은 이 자료들이 완벽하지는 않더라도, 적어도 실제 유치권 행사와 인력 동원이 있었다는 점을 뒷받침한다고 보았다.

5. 선의의 피해자라는 주장도 했다

청구법인은 자신이 수사권이나 거래처 납세정보를 확인할 권한을 가진 주체가 아니며, 제공받은 용역 대가를 계좌로 지급하고 세금계산서를 수취했으므로 선의의 거래당사자라고 주장했다.

다만 이 사건에서 심판원의 핵심 판단은 선의 여부 자체라기보다, 실제 용역 부재에 대한 처분청의 입증이 충분했는지에 더 가까웠다. 선의 주장은 보조 논리로 이해하는 편이 정확하다.

관련 법령

원문 별지에는 국세기본법, 부가가치세법, 부가가치세법 시행령 조항이 제시되어 있다. 이 사건을 이해하는 데 필요한 포인트만 실무 관점에서 정리하면 다음과 같다.

1. 국세기본법 제14조: 실질과세

국세기본법 제14조는 거래의 명칭이나 형식보다 실질 내용에 따라 세법을 적용한다는 원칙을 둔다. 이 조항은 납세자와 과세관청 양쪽 모두에게 쓰일 수 있다.

• 처분청 입장: 조경공사라는 세금계산서 형식이나 계좌 송금 형식만 볼 것이 아니라, 실제 인력 용역이 있었는지를 봐야 한다.
• 납세자 입장: 품목란의 조경공사라는 형식적 오류보다 유치권 유지 인력 용역이라는 실제 내용을 봐야 한다.

결국 실질과세는 어느 한쪽에게 자동으로 유리한 조항이 아니다. 실제 사실관계와 입증 자료가 어느 방향을 더 강하게 지지하는지가 중요하다.

2. 부가가치세법 제16조: 용역의 공급시기

부가가치세법 제16조 제1항은 용역의 공급시기를 원칙적으로 역무 제공이 완료되는 때로 본다. 처분청은 이 조항을 근거로, 유치권 유지 용역이 계속 중이었다면 2024.11.30.을 공급시기로 보기 어렵다고 보았다.

하지만 계속적 용역이나 비정형 용역에서는 “완료 시점”이 명확하지 않은 경우가 많다. 이때는 다음의 공급시기 특례와 함께 봐야 한다.

3. 부가가치세법 제17조: 공급시기 특례

부가가치세법 제17조 제1항은 공급시기가 되기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 그 받은 대가에 대해 세금계산서를 발급하면, 그 발급 시점을 공급시기로 볼 수 있도록 한다.

심판원은 이 조항을 중요하게 보았다. 결정문상 청구법인은 2024.9.24.부터 2024.11.18.까지 여러 차례 거래처 대표자에게 금액을 송금했고, 그 뒤 2024.11.30. 세금계산서를 발급받았다. 심판원은 이런 흐름을 근거로, 역무 제공이 완전히 끝나지 않았더라도 대가 수령 후 세금계산서 발급에 따른 공급시기 특례를 적용할 수 있다고 보았다.

4. 부가가치세법 제32조: 세금계산서 기재사항

부가가치세법 제32조는 세금계산서 발급과 필수 기재사항을 정한다. 공급하는 사업자의 등록번호와 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일이 핵심이다.

심판원은 품목란이 잘못 적힌 점을 문제 삼으면서도, 품목란 자체가 매입세액 불공제의 직접 기준이 되는 필요적 기재사항은 아니라는 취지로 보았다. 즉, 품목 오기는 가공성 의심 사유가 될 수는 있지만, 그 자체만으로 사실과 다른 세금계산서라고 단정하기는 어렵다는 것이다.

5. 부가가치세법 제39조: 공제하지 않는 매입세액

부가가치세법 제39조는 세금계산서를 받지 않았거나 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 매입세액 공제를 제한한다. 특히 공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액이 문제 된다.

이 사건에서 심판원이 재조사를 명한 이유가 바로 이 지점과 연결된다. 거래 전체가 없었다고 보기는 어렵지만, 실제 공급가액보다 세금계산서 금액이 과다하다면 그 과다 부분의 매입세액은 공제되지 않을 수 있다.

6. 부가가치세법 시행령 제29조: 용역 공급시기 보완 규정

시행령 제29조는 역무 제공 완료 시점이나 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 보기 어려운 경우 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보는 취지의 보완 규정을 둔다. 유치권 유지 인력 용역처럼 기간, 인원, 단가 정산이 명확하지 않은 거래에서는 이 규정을 함께 검토해야 한다.

심판원 판단

조세심판원은 처분청의 의심 사유가 전혀 근거 없다고 본 것은 아니다. 오히려 계약서와 인력명부가 없는 점, 품목이 조경공사로 적힌 점, 금액이 서로 맞지 않는 점은 모두 문제라고 보았다. 다만 그 문제들이 곧바로 “거래 없음”이라는 결론까지 이끌기에는 부족하다고 판단했다.

1. 설립 전 거래 문제는 회사 귀속 가능성을 보았다

처분청은 용역 제공 시작 시점에는 쟁점거래처가 설립되기 전이었다는 점을 강조했다. 심판원은 이 부분에 대해, 회사 설립 과정에서 발기인이나 사원이 한 행위의 권리와 의무가 이후 일정한 절차나 승낙을 통해 설립된 회사로 귀속될 수 있다는 판례 흐름을 언급했다. 공개 원문에는 해당 대법원 판결번호가 비공개 처리되어 있어 이 글에서는 특정 사건번호를 따로 적지 않는다.

심판원은 쟁점세금계산서가 쟁점거래처 명의로 발급되었고, 청구법인이 별다른 이의 없이 이를 수취했으며, 그 이후에도 쟁점거래처로부터 세금계산서를 수취하며 거래가 이어진 사정을 보았다. 그래서 당초 대표자 개인과의 구두 약정에서 발생한 권리와 의무가 법인으로 이전되었거나, 적어도 청구법인의 묵시적 승낙이 있었다고 볼 여지가 있다고 판단했다.

이 판단은 신규 법인 거래에서 중요하다. 법인 설립 전후의 거래가 항상 부인되는 것은 아니다. 다만 그 귀속 관계가 장부, 계약, 세금계산서, 대금 지급 흐름으로 설명되어야 한다.

2. 공급시기 문제는 대가 수령 후 발급 특례로 보았다

심판원은 유치권 유지 인력 용역이 계속 공급되는 성격이어서 2024.11.30. 당시 역무 제공이 완전히 끝났다고 보기 어려운 점은 인정했다. 그러나 부가가치세법 제17조 제1항은 공급시기 전에 대가를 받고 그 대가에 대해 세금계산서를 발급하면 그 발급 시점을 공급시기로 볼 수 있다고 정한다.

결정문에 따르면 청구법인은 2024.9.24.부터 2024.11.18.까지 여러 차례 거래처 대표자 계좌로 금액을 송금했고, 이후 2024.11.30. 세금계산서를 발급받았다. 심판원은 이 사정을 근거로 2024.11.30.을 공급시기로 보는 데 무리가 없다고 판단했다.

실무적으로는 이 부분이 매우 중요하다. 계속 용역이라고 해서 매번 역무 완료 시점만을 기계적으로 따지는 것은 아니다. 선지급 또는 중간 정산이 있고 그 대가에 대해 세금계산서가 발급된 구조라면 공급시기 특례 검토가 필요하다.

3. 품목란 오류만으로 사실과 다른 세금계산서라고 단정하지 않았다

쟁점세금계산서 품목란에는 조경공사라고 적혀 있었다. 하지만 심판원은 품목란이 필요적 기재사항에 해당하지 않는다는 점을 들어, 그 기재가 잘못되었다는 사정만으로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다고 판단했다.

물론 품목 오류가 아무 의미 없다는 뜻은 아니다. 품목 오류는 거래 실체를 의심하게 만드는 강한 단서가 될 수 있다. 그러나 매입세액 불공제는 결국 법이 정한 요건과 실제 사실관계에 따라 판단해야 하므로, 품목 오기 하나만으로 거래 전체를 없었던 것으로 만들 수는 없다는 의미다.

4. 거래 부재 입증책임은 처분청에 있다고 보았다

심판원은 과세요건 사실의 입증책임이 과세관청에 있다는 판례 흐름을 전제로 판단했다. 원문에는 이와 관련한 대법원 판례가 언급되어 있으나 사건번호는 비공개 처리되어 있다.

청구법인의 자료가 충분하지 않다는 점은 분명했다. 근무일지, 인력명부, 계약서가 없었기 때문이다. 그러나 심판원은 “자료가 부족하다”는 것과 “실제 거래가 없었다”는 것은 다르다고 보았다.

청구법인에게는 다음과 같은 실거래 정황이 있었다.

• 쟁점건물 공사미수금이 장부에 계상되어 있었다.
• 미수금 채권을 보전하기 위해 유치권을 행사한 사실이 인정되었다.
• 현장 사진을 통해 인력이 동원된 정황이 확인되었다.
• 일부 수기 노트로 일별 용역 사용 내역이 확인되었다.
• 거래처 대표자 계좌로 용역비 명목의 금액이 여러 차례 송금되었다.

반면 처분청은 이러한 자료와 배치될 만큼 실제 용역이 없었다고 볼 만한 반대 자료를 충분히 제시하지 못한 것으로 판단되었다. 그래서 심판원은 쟁점세금계산서를 전액 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다고 보았다.

5. 다만 공급가액 과다 가능성 때문에 재조사를 명했다

심판원은 청구법인의 손을 들어 주는 데서 멈추지 않았다. 수기 노트에 적힌 일부 기간의 용역대금, 쟁점세금계산서 금액, 실제 계좌 지급액이 서로 일치하지 않는다는 점을 지적했다. 이 차이는 단순한 서류 흠결이 아니라 매입세액 공제 금액에 직접 영향을 미친다.

따라서 심판원은 청구법인이 실제로 공급받은 인력 수, 일자별 투입 내역, 거래대금 등을 재조사해 그 결과에 따라 2024년 제2기 부가가치세를 다시 계산하라고 결정했다.

이 결론은 실무적으로 두 문장으로 정리할 수 있다.

• 실제 용역이 일부 있었는데도 전액 가공으로 보아 매입세액을 모두 부인하는 것은 어렵다.
• 그러나 실제 용역 금액이 세금계산서 금액보다 적다면 과다 기재 부분의 매입세액은 조정될 수 있다.

과거 결정례 또는 판례 비교

원문 결정문의 [참조결정]란에는 별도 결정번호가 기재되어 있지 않다. 또한 본문에서 언급된 대법원 판례들도 공개문상 사건번호가 비공개 처리되어 있다. 따라서 이 글에서는 확인되지 않은 판례번호나 결정번호를 임의로 적지 않는다. 대신 공개 결정문에 나타난 판단 흐름을 기준으로 유사 쟁점과 비교한다.

1. 설립 전 행위와 회사 귀속 문제

판례 흐름상 회사 설립 전 발기인 또는 사원이 한 행위는 원칙적으로 그 개인에게 귀속되지만, 회사 설립 후 권리와 의무가 회사로 이전되는 절차나 당사자의 승낙이 있으면 회사 귀속이 문제 될 수 있다. 이 사건에서 심판원은 쟁점거래처 명의 세금계산서 발급, 청구법인의 수취, 이후 거래 지속이라는 사정을 종합해 묵시적 승낙 또는 법인 귀속 가능성을 보았다.

유사 쟁점과 비교하면, 신규 법인이라는 사실만으로 세금계산서가 곧바로 부인되는 것은 아니다. 다만 거래 시작 전후의 실질 당사자가 누구였는지, 개인 계좌 입금이 법인 거래로 정리된 과정이 무엇인지, 법인의 장부와 신고에 어떻게 반영되었는지가 핵심 자료가 된다.

2. 과세요건 입증책임과 가공세금계산서 판단

판례 흐름상 과세요건 사실은 과세관청이 입증해야 한다. 물론 납세자가 신고한 매입세액 공제를 주장하려면 거래자료를 보관하고 제시해야 하는 실무상 부담이 있다. 그러나 납세자의 자료가 미흡하다는 사정만으로 곧바로 거래 부재가 확정되는 것은 아니다.

이 사건은 이 구분을 잘 보여준다. 청구법인의 자료는 분명 불완전했다. 하지만 유치권 행사 사실, 현장 사진, 일부 수기 자료, 대금 송금 내역이 결합되자, 심판원은 실제 용역이 없었다는 처분청의 입증이 부족하다고 보았다.

3. 품목 오기와 필요적 기재사항 문제

세금계산서 품목란이 실제 거래와 다르면 조사 단계에서 매우 불리하다. 특히 조경공사와 유치권 인력 용역처럼 거래 성격이 다른 경우에는 단순 오기라고 설명하기 어렵다. 그럼에도 유사 쟁점과 비교하면, 품목란은 매입세액 불공제의 직접 기준이 되는 핵심 필요적 기재사항과 구별된다.

따라서 품목 오기는 다음과 같이 다루는 것이 맞다.

• 품목 오기만 있는 경우: 그 자체만으로 불공제하기는 어렵다.
• 품목 오기에 거래처 실체 부재, 대금 환류, 인력 부재 자료가 결합된 경우: 가공세금계산서 판단으로 이어질 수 있다.
• 품목 오기와 금액 불일치가 있는 경우: 거래 전체 부인보다 실제 공급가액 재산정 쟁점으로 갈 수 있다.

4. 재조사 결정의 의미

조세심판원 결정에서 재조사는 납세자에게 유리한 결과이지만, 완전한 취소와는 다르다. 이 사건에서도 심판원은 처분청의 전액 불공제 처분을 그대로 유지하기 어렵다고 보았지만, 청구법인의 신고 금액 전체를 확정적으로 인정하지 않았다.

과거 유사 흐름과 비교하면, 재조사 결정은 보통 다음과 같은 사건에서 나온다.

• 거래 실체를 전부 부정하기에는 납세자 자료가 일부 존재한다.
• 하지만 세금계산서 금액이나 공급 범위를 그대로 인정하기에는 자료가 부족하다.
• 과세관청이 현장 자료, 계좌 자료, 거래처 자료를 추가로 확인할 필요가 있다.

따라서 납세자는 재조사 결정 이후에도 투입 인원, 일자별 단가, 미지급액, 세금계산서 금액 산정 근거를 다시 설명해야 한다. 심판에서 이겼다고 자료 제출 부담이 사라지는 것은 아니다.

실무 체크리스트

유치권, 분쟁 현장 경비, 긴급 인력 동원처럼 비정형 용역을 받는 경우에는 아래 항목을 거래 발생 시점부터 관리해야 한다.

거래 전 또는 최초 투입 시점

• 거래 상대방이 개인인지 법인인지 명확히 확인했는가
• 법인 설립 전 대표자 개인과 약정했다면, 설립 후 권리와 의무가 법인으로 이전되는 자료를 남겼는가
• 구두계약이라도 문자, 메신저, 이메일로 단가와 지급 기준을 남겼는가
• 인력 단가가 일반 경비 용역보다 높다면 그 사유를 문서화했는가
• 세금계산서 품목에 들어갈 표현을 실제 용역 내용과 맞게 정했는가

용역 제공 기간 중

• 일자별 투입 인원과 현장 책임자를 기록했는가
• 현장 사진에 날짜, 장소, 투입 인원의 식별 가능성이 남아 있는가
• 상대방의 강제 진입 시도, 대응 상황, 인력 배치 사유를 사건별로 기록했는가
• 수기 노트를 작성했다면 나중에 정산표로 옮겨 금액 산식과 연결했는가
• 대금 지급 전 청구 내역 또는 정산 내역을 받아 두었는가

대금 지급 및 세금계산서 수취 시점

• 대금 지급 계좌의 예금주와 세금계산서 발급자가 서로 다를 경우 그 이유를 설명할 자료가 있는가
• 대표자 개인 계좌로 지급했다면 법인 수입으로 정리되는 흐름이 확인되는가
• 세금계산서 작성일이 대가 지급일과 공급시기 특례 요건에 맞는가
• 품목란이 실제 용역을 반영하고 있는가
• 공급가액, 부가가치세액, 지급액, 미지급액이 서로 대사되는가

신고 및 조사 대응 단계

• 매입세액 공제를 주장하는 금액과 실제 지급액의 차이를 설명할 수 있는가
• 미지급액이 있다면 지급 예정일, 채무 확인서, 거래처 잔액 확인서가 있는가
• 판매비와 일반관리비 또는 공사원가 중 어느 계정으로 처리했는지 일관성이 있는가
• 거래처의 매출 신고와 청구법인의 매입 신고가 대응되는가
• 재조사 결정이 나올 경우 추가 제출 가능한 자료 목록을 미리 정리했는가

이 체크리스트의 핵심은 “나중에 설명할 수 있는 자료”가 아니라 “그때그때 생성된 자료”다. 세무조사 단계에서 새로 만든 확인서만으로는 설득력이 약하다. 반면 거래 당시 작성된 사진, 메시지, 송금 메모, 일지, 정산표는 서로 맞물릴 때 상당한 입증력을 가진다.

참고 자료

• 조세심판원 결정례 조심2025인3091, 2026.06.04.
• 사건 제목: 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부.
• 결정유형: 재조사.
• 관련 법령: 국세기본법 제14조, 부가가치세법 제16조, 제17조, 제32조, 제39조, 부가가치세법 시행령 제29조.
• 원문 링크: 조세심판원 결정문

이 글은 공개된 조세심판원 결정문을 바탕으로 세무 실무 관점에서 재구성한 분석이다. 원문에서 금액과 일부 사건번호는 비공개 처리되어 있어, 확인되지 않은 판례번호나 결정번호는 임의로 기재하지 않았다.