성과수수료인가, 자기 사업이익인가: 종전부동산 매각사업 이익의 부가가치세 과세대상 부정 (조심2025중1946)

부가가치세 사건에서 “돈을 받았다”는 사실만으로 과세대상이 바로 성립하지 않는다. 먼저 보아야 할 것은 누가, 누구에게, 무엇을 공급했는지다. 이 사건은 공공기관이 법령에 따라 종전부동산을 매입하고 개발·매각한 뒤 정산이익 중 일부를 성과수수료 명목으로 유보한 구조에서, 그 유보액이 국가에 제공한 용역의 대가인지, 아니면 청구법인의 자체 사업이익 중 국가에 전입하지 않고 남긴 금액인지가 문제 된 사례다.

조세심판원은 처분청의 과세논리를 받아들이지 않았다. 종전부동산 매입·관리·매각 과정에서 청구법인은 자기 명의로 자금을 조달하고 소유권을 이전받았으며, 매입계약과 매각계약 및 도시개발사업 고시에서도 거래 당사자와 시행자로 나타났다. 부가가치세는 최종 손익의 경제적 귀속만이 아니라 공급이라는 거래행위를 중심으로 과세 여부를 판단한다. 이 틀에서 보면, 쟁점이익은 국가가 청구법인에게 지급한 위탁·대행용역의 대가라기보다 청구법인이 자기 명의와 책임으로 수행한 사업의 최종 정산 과정에서 유보한 이익에 가깝다고 보았다.

이 결정의 의미는 단순히 “공공기관 성과수수료는 부가가치세가 없다”는 식으로 일반화할 수 없다는 데 있다. 핵심은 성과수수료라는 명칭이 아니라 거래 구조다. 실제 위탁계약이 있고, 공급의 법률효과가 위탁자에게 직접 귀속되며, 수탁자가 위탁자를 위하여 역무를 제공하고 별도 보수를 받는 구조라면 결론이 달라질 수 있다. 반대로 법령상 정산·전입·보전 장치가 있더라도 외부 거래의 명의와 책임, 소유권 행사, 사업시행 지위가 공공기관에게 놓여 있다면 부가가치세상 용역대가로 단정하기 어렵다.

사건 개요

청구법인은 농어촌 정비사업, 농지은행 사업, 농업기반시설 종합관리 등을 주요 목적사업으로 하는 공공기관이다. 2011.7.1. 혁신도시법 제43조 제3항과 같은 법 시행령 제36조에 따라 수도권에 있는 이전공공기관의 청사와 건축물 및 부지를 매입할 수 있는 매입공공기관으로 지정되었다. 이후 이전공공기관의 종전부동산을 매입하고, 이를 관리·개발한 뒤 매각하는 사업을 수행했다.

청구법인은 쟁점사업에서 발생한 이익 중 혁신도시법령과 정산지침에 따라 청구법인에게 귀속되는 성과수수료를 부가가치세 과세표준에 포함하여 2022년 제2기와 2023년 제2기 부가가치세를 신고·납부했다. 이후 청구법인은 이 금액이 국가의 업무를 대행하거나 위탁받아 수행한 용역의 대가가 아니라 자체 사업에서 발생한 이익 중 일부라고 보아 2024.12.24. 경정청구를 제기했다. 처분청은 2025.4.16. 이를 거부했다. 결정문에는 심판청구일이 2025.3.28.로 기재되어 있으나, 이는 경정청구 거부일보다 앞선 날짜이므로 공개 결정문 기재를 그대로 두고 실무 분석에서는 경정청구 거부처분의 당부에 초점을 둔다.

결정문상 금액, 구체 지구명, 일부 기관명은 “OOO”로 비식별 처리되어 있다. 따라서 이 글은 구체 금액의 크기보다 법적 성격과 거래 구조를 중심으로 분석한다.

거래 구조도

[이전공공기관·국가 측 종전부동산]
  수도권 소재 청사·건축물·부지
        │
        │ ① 혁신도시법상 매입공공기관 지정
        │    - 청구법인: 한국농어촌공사
        │    - 매입가격은 감정평가를 기초로 산정
        ▼
[청구법인]
  자기 명의로 종전부동산 매입
  공사채 발행 등으로 자금 조달
  소유권 이전 및 제세공과금 부담
        │
        │ ② 관리·개발·처분계획 수립·시행
        │    - 활용계획 및 처분계획 관련 국토교통부 협의
        │    - 개발사업비, 인허가, 임대·관리, 매각 절차 진행
        │    - 결정문상 도시개발사업 고시의 시행자도 청구법인
        ▼
[제3자 매수인·분양수요자]
  개발 또는 관리된 부동산 매각
  매각 단계의 부가가치세 신고·납부는 청구법인 명의로 처리
        │
        │ ③ 최종 정산
        │    정산이익 = 매각대금·수익금 - 매입대금·비용 등
        ▼
[정산 결과]
  이익 발생: 성과수수료를 제외한 금액은 혁신도시건설특별회계로 전입
  손실 발생: 일정 요건 아래 특별회계에서 보전
  성과수수료: 정산이익의 일정 비율을 청구법인이 유보
        │
        ▼
[부가가치세 쟁점]
  이 성과수수료가
  A. 국가에 제공한 위탁·대행용역의 대가인지
  B. 청구법인 자체 사업이익의 사후 정산·유보인지

처분청은 위 구조를 국가 정책사업의 위탁·대행으로 보았다. 특별회계 전입·보전, 국토교통부 협의, 정산지침, 성과수수료율 산정 등을 근거로 국가가 실질 사업주체이고 청구법인은 국가 업무를 수행한 기관이라고 보았다. 반면 청구법인은 매입, 개발, 매각이라는 외부 거래 단계에서 자신이 소유권자이자 계약 당사자이고, 국가와 별도 위수탁계약을 체결한 사실도 없으므로 최종 정산 후 남은 성과수수료는 용역대가가 아니라 자기 사업이익의 일부라고 주장했다.

핵심 쟁점

첫째 쟁점은 부가가치세 과세대상은 소득 자체가 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위라는 점을 어떻게 적용할 것인지다. 쟁점이익은 경제적으로 청구법인에게 남은 금액이다. 그러나 부가가치세 과세를 위해서는 단순한 이익 귀속을 넘어, 청구법인이 국가에 어떤 역무를 제공했고 그 대가로 해당 금액을 받았다는 대가관계가 확인되어야 한다.

둘째 쟁점은 혁신도시법상 “전입”, “보전”, “성과수수료”라는 정산 문구가 곧바로 위탁·대행용역을 의미하는지다. 법령은 이익이 발생하면 일부를 특별회계에 전입하고 손실이 발생하면 특별회계에서 보전할 수 있도록 정한다. 처분청은 이 구조를 국가의 책임과 계산으로 수행된 사업이라고 해석했다. 청구법인은 공법상 정산 규율일 뿐, 사법상 위수탁계약이나 부가가치세상 용역공급을 창설하는 규정은 아니라고 보았다.

셋째 쟁점은 거래 단계별 법률관계와 최종 손익 정산 중 어느 요소가 부가가치세 판단에서 더 중요한지다. 매입계약, 매각계약, 세금계산서, 사업시행자 고시, 제3자에 대한 계약상 책임은 청구법인에게 놓여 있었다. 반대로 특별회계 정산, 손실보전, 보고의무는 국가 통제와 공적 성격을 보여 준다. 심판원은 부가가치세 사건에서는 최종 손익 귀속보다 거래행위와 공급주체 판단이 우선한다고 보았다.

넷째 쟁점은 법인세 사건에서 손익 귀속을 다룬 과거 결정례를 부가가치세 사건에 그대로 옮길 수 있는지다. 이 사건의 참조결정인 조심2018광3791은 같은 종전부동산 사업을 둘러싼 법인세 사건으로, 종전부동산 사업 손익의 실질귀속자를 국가로 보아 청구법인에게 불리하게 판단했다. 그러나 이번 사건은 법인세상 손익 귀속이 아니라 부가가치세상 용역의 공급 대가 여부가 쟁점이라는 점에서 심판원은 그대로 원용하기 어렵다고 보았다.

청구인 주장

청구법인 주장의 출발점은 쟁점이익이 “국가가 지급한 용역비”가 아니라 “자기 사업에서 발생한 이익 중 법령에 따라 국가에 전입하지 않고 유보한 부분”이라는 데 있다. 청구법인은 종전부동산을 자기자금으로 매입하고, 소유권 이전을 완료했으며, 취득세 등 제세공과금도 부담했다. 이후 개발·관리 과정에서 인허가와 용역계약, 세금계산서 수수, 부가가치세 신고의 주체도 청구법인이었다고 주장했다.

청구법인은 거래 흐름을 네 단계로 설명했다. 먼저 국가 또는 이전공공기관으로부터 종전부동산을 매입하는 자산 인수 단계가 있다. 다음으로 청구법인이 비용을 투입하여 개발·관리하는 가치 창출 단계가 있다. 이어 개발된 부동산을 제3자에게 매각하여 매각차익을 실현하는 가치 실현 단계가 있다. 마지막으로 혁신도시법령에 따라 전체 이익 중 성과수수료를 제외한 금액을 혁신도시건설특별회계에 전입하는 이익 정산 단계가 있다. 이 마지막 단계에서 청구법인에게 남는 금액이 쟁점이익이다.

이 구조에서 청구법인은 최종 정산은 부가가치세상 새로운 공급거래가 아니라고 보았다. 이미 국가 또는 이전공공기관으로부터 부동산을 매입하는 거래, 개발 관련 용역을 수취하는 거래, 제3자에게 부동산을 매각하는 거래에서 각각 부가가치세 처리가 이루어졌다. 그 후 사업의 최종 손익을 법령상 배분하는 것은 소득의 이전 또는 유보일 뿐, 국가에 대한 새로운 역무 제공이 아니라는 논리다.

또 청구법인은 혁신도시법 제44조 제4항의 문언을 중시했다. 해당 조항은 종전부동산 매입에 따른 이익이나 손실을 회계에 “전입”하거나 회계에서 “보전”할 수 있다고 규정한다. 청구법인은 이익이 처음부터 국가에 원시적으로 귀속된 뒤 국가가 수수료를 지급하는 구조라면 “전입”이라는 표현이 아니라 국가 귀속 또는 지급 구조가 명확히 규정되었어야 한다고 보았다. “전입”은 이미 청구법인에게 귀속된 이익 중 일부를 특별회계로 옮기는 절차에 가깝다는 주장이다.

청구법인은 위수탁계약의 부재도 강조했다. 부가가치세법 제11조의 용역 공급은 계약상 또는 법률상 원인에 따른 역무 제공을 전제로 한다. 청구법인과 국가 사이에는 종전부동산의 양수도와 법령상 정산규율이 있을 뿐, 쟁점사업 전체를 국가가 청구법인에게 맡기고 그 대가를 지급한다는 별도 위수탁계약은 없었다. 따라서 처분청이 용역대가라고 보려면 용역의 구체적 내용, 공급받는 자, 대가 산정 방식, 대가관계가 별도로 입증되어야 한다고 주장했다.

국회의 논의 배경도 청구법인에게 중요한 근거였다. 국회 예산결산특별위원회 검토보고서는 종전부동산 매입기관이 적극적으로 매입에 나서도록 손실은 정부가 보장하되, 개발이익이 발생할 경우 그 일부를 투자기관이 향유할 수 있도록 하는 인센티브가 필요하다는 취지를 담고 있었다. 청구법인은 이후 시행령 개정으로 성과수수료 규정이 마련된 것은 국가 위탁용역 대가를 만들기 위한 것이 아니라, 매입공공기관의 참여를 유도하기 위한 이익 공유 장치라고 보았다.

마지막으로 청구법인은 처분청이 원용한 과거 법인세 결정례가 이 사건에 맞지 않는다고 보았다. 법인세 사건에서는 종전부동산 사업 손익을 어느 사업연도에 누구의 손익으로 볼 것인지가 문제였다. 반면 이 사건은 부가가치세상 청구법인이 국가에 용역을 공급했는지가 문제다. 세목과 과세요건이 다르므로 “대행”이라는 표현이나 손익 귀속 판단을 그대로 가져와 용역 공급 대가로 볼 수는 없다는 취지다.

처분청 주장/의견

처분청은 쟁점사업이 청구법인의 고유목적 사업이라기보다 국가정책 집행을 위한 위탁·대행적 사업이라고 보았다. 혁신도시법은 수도권 과밀 해소와 공공기관 지방이전이라는 공익 목적을 위해 종전부동산 처리체계를 두고 있고, 청구법인은 그 틀에서 매입공공기관으로 지정되었다. 따라서 청구법인의 역할은 독자적 경영판단에 따른 부동산 개발사업자가 아니라 국가정책을 수행하는 공공기관이라는 의견이다.

처분청은 성과수수료의 지급 구조도 위탁성을 보여 준다고 주장했다. 혁신도시법 시행령 제41조와 「종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침」은 정산이익, 성과수수료율, 외부전문기관의 검토, 국토교통부장관의 정산결과 통보 등을 정한다. 처분청은 이처럼 국가가 업무 수행 성과를 검토하고 성과수수료의 지급 여부와 규모가 법령·지침에 따라 정해지는 구조가 일반적인 대행업무 보상과 유사하다고 보았다.

또 처분청은 손실보전과 이익전입의 결합을 중시했다. 쟁점사업에서 손실이 발생하면 특별회계에서 보전되고, 이익이 발생하면 성과수수료를 제외한 금액이 특별회계로 전입된다. 처분청은 이 구조가 쟁점사업의 수익과 위험이 국가에 최종 귀속된다는 점을 보여 준다고 보았다. 청구법인이 공사채 발행 등으로 자금을 조달했더라도 혁신도시법은 매입대금 융자, 자본비용의 정산 반영, 손실보전 등을 두고 있으므로 국가의 실질적 책임과 계산 아래 사업이 이루어진다는 논리다.

처분청은 청구법인 명의의 세금계산서와 계약서가 결정적이지 않다고 보았다. 부가가치세법상 위탁판매나 대리인에 의한 거래에서는 세금계산서 발급 명의와 실질 공급자를 구분하는 규정이 있다. 따라서 외형상 청구법인이 세금계산서를 발급·수취하고 계약 당사자로 나타났다는 사정만으로 실질 공급자 또는 사업주체가 청구법인이라고 단정할 수 없다는 의견이다.

처분청은 과거 조세심판원 결정례도 근거로 들었다. 조심2018광3791은 같은 청구법인의 종전부동산 사업에 관하여 법인세상 손익의 실질귀속자를 국가로 보아 과세처분을 유지한 사건이다. 처분청은 그 결정에서 확인된 별도 회계 관리, 국토교통부 보고, 수익·비용의 자산·부채 처리, 손익 정산 구조가 세목을 불문하고 동일하게 고려되어야 한다고 주장했다.

이 주장은 실무상 충분히 예상 가능한 과세논리다. 공공기관이 법령에 따라 특정 사업을 수행하고, 이익과 손실을 특별회계와 정산하며, 성과수수료를 별도로 남긴다면 과세관청은 이를 위탁·대행수수료로 재구성하려 할 수 있다. 그러나 심판원은 이 논리와 부가가치세 과세요건 사이에 필요한 연결고리가 충분하지 않다고 보았다.

관련 법령

아래 조문은 결정문 별지에 기재된 법령을 중심으로 정리한 것이다. 공개 결정문에 인용된 법령은 과세기간과 결정 당시 법령 체계를 전제로 한 것이므로, 실제 신고·불복에서는 해당 과세기간의 시행 조문과 개정 이력을 별도로 대조해야 한다.

부가가치세법: 과세대상과 용역의 공급

부가가치세법 제4조 제1호
부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세한다.

부가가치세법 제11조 제1항 제1호
용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 역무를 제공하는 것으로 한다.

이 두 조항은 이 사건의 출발점이다. 쟁점이익이 과세대상이 되려면 청구법인이 국가에 용역을 공급했다는 거래가 있어야 한다. 정산 결과 청구법인에게 금액이 남았다는 사실만으로는 부족하다. 역무 제공의 내용, 공급받는 자, 대가관계, 계약상 또는 법률상 원인이 확인되어야 한다.

부가가치세법: 위탁매매와 세금계산서

부가가치세법 제10조 제7항
위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

부가가치세법 제32조 제6항
위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

부가가치세법 시행령 제69조 제1항·제2항 요지
위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하고 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙인다. 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙인다.

처분청은 이 조항들을 근거로 세금계산서 명의와 실질 공급자가 항상 일치하지 않는다고 주장했다. 그러나 심판원은 이 사건에서 단지 세금계산서 명의만 본 것이 아니라, 종전부동산 매입·매각 계약, 소유권 이전, 사업시행자 고시, 국가가 거래 당사자로 참여하지 않은 사정 등을 함께 보았다.

혁신도시법: 특별회계와 종전부동산 매입공공기관

혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제33조 제1항·제2항
공공기관의 지방이전, 혁신도시의 조성 및 발전에 관한 사업을 재정적으로 지원하기 위하여 혁신도시건설특별회계를 설치하고, 회계는 국토교통부장관이 관리·운용한다.

혁신도시법 제34조 제1항 제1호·제5호, 제2항 제5호
회계의 세입에는 국가소유 종전부동산의 매각대금과 제44조 제4항에 따른 이익의 전입금 등이 포함되고, 회계의 세출에는 제44조 제4항에 따른 손실금의 보전 등이 포함된다.

혁신도시법 제43조 제3항
국토교통부장관은 종전부동산 처리계획에 제시된 기한까지 종전부동산이 매각되지 아니하거나 이전공공기관이 원하는 경우 지방자치단체, 대통령령으로 정하는 공공기관 또는 지방공기업으로 하여금 종전부동산을 매입하게 할 수 있다. 이 경우 매입가격은 감정평가법인 등 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균한 금액으로 한다.

혁신도시법 제44조 제1항·제3항·제4항
국가는 매입공공기관 등이 종전부동산을 직접 매입하는 경우 매입대금의 일부를 융자할 수 있다. 매입공공기관은 매입대금 조달을 위하여 채권을 발행할 수 있다. 매입공공기관 또는 지방공기업의 종전부동산 매입에 따른 이익이나 손실은 대통령령으로 정하는 바에 따라 회계에 전입하거나 회계에서 보전할 수 있다.

혁신도시법은 분명 공적 정산 구조를 둔다. 하지만 이 사건에서 중요한 문언은 “전입하거나 보전할 수 있다”는 부분이다. 심판원은 이 문언과 법령 체계만으로 청구법인이 국가에 용역을 공급했다고 보지는 않았다. 오히려 매입공공기관이 직접 매입하고 관리·처분한다는 조문 구조가 청구법인의 거래상 지위를 뒷받침한다고 보았다.

혁신도시법 시행령: 매입공공기관, 관리·처분, 정산손익

혁신도시법 시행령 제36조 제3호
「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사는 종전부동산 매입공공기관에 해당한다.

혁신도시법 시행령 제38조 제1항·제2항·제3항
매입공공기관은 매입한 종전부동산에 대한 관리방안을 수립·시행하고, 효율적인 활용 및 매각을 위하여 처분계획을 수립·시행해야 한다. 처분계획 수립 시에는 미리 국토교통부장관과 협의해야 한다.

혁신도시법 시행령 제41조 제1항 요지
특별회계에 전입하거나 특별회계에서 보전해야 하는 이익이나 손실은 종전부동산의 매각대금 및 매각할 때까지 발생하는 수익금의 합산금액과 종전부동산의 매입대금 및 매각할 때까지 발생하는 비용과 성과수수료의 합산금액의 차액으로 한다.

혁신도시법 시행령 제41조 제3항 요지
비용에는 감정평가·측량 수수료, 제세공과금, 융자금 이자와 채권 지급이자 등 자본비용, 인건비·판매비와 관리비·개발사업비 및 부대비용 등이 포함된다.

혁신도시법 시행령 제41조 제4항 요지
매입공공기관은 매각대금 및 수익금 합산액이 매입대금 및 비용 합산액보다 큰 경우 그 차액의 100분의 10 이하 범위에서 국토교통부장관이 재정경제부장관과 협의하여 정하는 금액을 성과수수료로 할 수 있다.

혁신도시법 시행령 제41조 제6항
매입공공기관은 매년 종전부동산 매입 및 관리 등에 따른 이익 또는 손실 내역서를 작성하여 다음 연도 2월 말까지 국토교통부장관에게 보고해야 한다.

시행령은 처분청과 청구법인 모두에게 중요한 근거를 제공한다. 처분청 입장에서는 정산손익과 성과수수료 산정, 보고의무, 국가 협의가 국가사업성을 보여 준다. 청구법인 입장에서는 매입공공기관이 매입한 부동산을 관리·처분하는 주체이고, 성과수수료는 정산이익 중 일정 부분을 유보하는 장치라는 점이 강조된다. 심판원은 후자의 관점을 부가가치세 과세요건에 더 가깝게 보았다.

종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침

정산지침 제11조 제1항 요지
매입공공기관 등의 정산손익은 활용계획 단위로 최종매각이 완료되는 시점까지 실제 발생한 매각대금·수익금과 매입대금·비용을 기초로 산정하여 혁신도시건설특별회계와 정산한다.

정산지침 제12조 제1항·제2항 요지
성과수수료는 활용계획 단위로 매각이 완료되는 시점까지 발생한 매각대금과 수익금의 합산금액에서 매입대금과 비용의 합산금액을 차감하여 이익이 발생하는 경우 그 정산이익에 성과수수료율을 곱하여 산정한다. 처분유형에 따라 활용계획 수립 후 매각은 3%, 도시·군관리계획 반영 후 매각은 5%, 개발사업 후 매각은 8%로 정한다.

정산지침 제15조 제2항 요지
정산내역 검토 결과 이익이 발생한 경우 매입공공기관 등은 성과수수료를 제외한 이익을 혁신도시건설특별회계에 즉시 전입해야 하고, 손실이 발생한 경우 국토교통부장관은 기획재정부장관과 협의하여 손실보전계획을 수립하고 정산완료일부터 2년 내에 손실을 보전해야 한다.

정산지침은 성과수수료라는 표현을 사용한다. 그러나 명칭이 수수료라고 해서 곧바로 부가가치세상 용역대가가 되는 것은 아니다. 심판원은 성과수수료의 산정방식이 쟁점사업 정산이익의 배분 방식과 결합되어 있다는 점, 국회 논의와 시행령 개정 취지가 매입공공기관의 참여 유도와 인센티브 제공에 있다는 점을 함께 보았다.

심판원 판단 단계별 분석

1. 부가가치세의 과세대상을 “거래”로 먼저 한정했다

심판원은 부가가치세가 재화 또는 용역의 공급이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하는 세목이라는 점을 전면에 놓았다. 부가가치세는 실질적인 소득을 직접 과세하는 세목이 아니라 거래의 외형에 부과되는 거래세 성격을 가진다. 따라서 납세의무자와 과세대상을 판단할 때도 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 최종 귀속보다 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 보아야 한다.

이 전제는 처분청 논리의 약한 지점을 드러낸다. 처분청은 손실보전과 이익전입, 정산지침을 근거로 국가가 최종 위험과 성과를 부담한다고 주장했다. 그러나 부가가치세 사건에서는 “손익이 최종적으로 누구에게 귀속되는가”만으로 부족하다. “청구법인이 국가에게 어떤 역무를 공급했는가”라는 질문에 답해야 한다. 심판원은 처분청이 이 질문에 충분히 답하지 못했다고 본 것이다.

2. 혁신도시법령상 관리·처분 주체가 청구법인이라는 점을 확인했다

심판원은 혁신도시법 시행령 제36조 제3호가 청구법인을 매입공공기관으로 지정하고, 제38조가 매입공공기관이 매입한 종전부동산의 관리방안과 처분계획을 수립·시행하도록 정한다는 점을 보았다. 국토교통부장관과의 협의가 필요하더라도, 법령상 관리·처분 업무를 수행하는 주체는 매입공공기관인 청구법인으로 나타난다.

이 부분은 공법상 감독과 사법상 위탁을 구별하는 데 중요하다. 특정 사업이 법령과 행정계획의 통제를 받는다고 해서 항상 국가의 위탁사업이 되는 것은 아니다. 도시개발, 금융, 에너지, 통신, 환경 등 다양한 규제산업에서도 사업자는 감독과 인허가를 받지만 자기 사업의 거래주체로 남는다. 심판원은 쟁점사업에서도 국토교통부 협의와 보고의무만으로 부가가치세상 국가에 대한 용역공급을 인정하지 않았다.

3. 실제 외부 거래에서 국가가 당사자 또는 계산 주체로 나타나지 않았다

심판원은 청구법인이 공사채 발행 등을 통해 자금을 조달하여 국가에 매입대금을 지급하고 종전부동산 소유권을 이전받은 점을 확인했다. 또 종전부동산 매입 및 매각 과정에서 작성한 매매계약서상 매입계약의 매수인과 매각계약의 매도인은 청구법인으로 나타났고, 수원시 고시상 도시개발사업 시행자도 청구법인으로 기재되어 있었다.

반대로 국가가 종전부동산 매입·개발·매각 등 쟁점사업 과정 전반에서 거래 당사자나 계산 주체로 참여했다는 사실은 확인되지 않았다. 이는 단순한 형식 문제가 아니다. 부가가치세에서 공급주체 판단은 거래상대방에게 누가 재화나 용역을 공급했는지, 계약상 책임을 누가 부담했는지, 세금계산서와 신고가 어떤 구조로 이루어졌는지와 밀접하게 연결된다. 심판원은 이 외부 거래 구조가 청구법인의 독립된 사업 수행을 강하게 뒷받침한다고 보았다.

4. 이미 매입·개발·매각 단계에서 부가가치세 신고·납부가 이루어진 점을 보았다

청구법인은 쟁점사업 수행 과정에서 종전부동산 매입, 개발 관련 용역 수취, 제3자 매각 단계의 부가가치세를 신고·납부했다. 처분청이 쟁점사업 전 과정에서 이러한 청구법인의 신고·납부 방식을 부인한 내역은 확인되지 않았다. 즉 외부 거래 단계에서는 청구법인을 거래주체로 보아 과세관계가 처리되었다.

그렇다면 마지막 정산 단계에서만 갑자기 쟁점사업 전체를 국가사업으로 재구성하고, 청구법인에게 남은 성과수수료를 국가에 대한 용역대가라고 볼 수 있는지가 문제 된다. 심판원은 그렇게 보기 어렵다고 판단했다. 쟁점이익은 청구법인 자체 사업이익 중 국가에 환수되지 않고 청구법인 몫으로 남은 이익에 해당한다고 보았다. 사업이익의 유보와 용역대가는 부가가치세에서 구별되어야 한다.

5. 국회 논의와 시행령 개정 취지를 인센티브로 보았다

심판원은 국회 예산결산특별위원회의 2010회계연도 결산 및 예비비지출승인의 건 검토보고서를 중요하게 보았다. 해당 보고서에는 농어촌공사와 같은 종전부동산 매입기관이 적극적으로 매입에 나서도록 하려면 손실이 발생할 경우 정부가 보전하되, 개발이익이 발생할 경우에도 그 일부를 투자기관이 향유할 수 있도록 하는 인센티브를 제공할 필요가 있다는 취지가 기재되어 있었다.

그 후 2012.12.20. 대통령령 개정으로 이익 발생 시 일부를 성과수수료 명목으로 매입기관이 향유하도록 하는 체계가 마련되었다. 심판원은 이 입법 경위에 비추어 쟁점이익을 국가 사무 위탁·대행의 대가라기보다 종전부동산 매입·개발 등 사업의 원활한 추진을 유도하기 위한 지원 또는 보상, 즉 인센티브로 보았다.

이 판단은 실무상 명칭보다 취지를 보아야 한다는 점을 보여 준다. “성과수수료”라는 용어가 있다고 해서 늘 수수료 매출이 되는 것은 아니다. 산정의 기초가 정산이익이고, 법령상 이익 공유 또는 인센티브 장치로 설계되어 있으며, 별도 용역 공급 내용이 특정되지 않는다면 부가가치세상 용역대가로 연결되기 어렵다.

6. 법인세 참조결정은 세목과 쟁점이 달라 그대로 원용하지 않았다

처분청은 조심2018광3791을 중요한 근거로 제시했다. 그 결정은 같은 청구법인의 종전부동산 사업과 관련하여 법인세상 손익의 실질귀속자가 누구인지가 문제 된 사건이다. 당시 심판원은 종전부동산 사업에서 발생된 수익의 실질적인 귀속자를 국가로 보고, 종전부동산 사업 관련 손익이 청구법인이 아닌 국가에 귀속되는 것으로 보아 법인세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단했다.

하지만 이번 사건의 쟁점은 다르다. 법인세는 익금과 손금, 소득의 귀속을 중심으로 과세표준을 계산한다. 부가가치세는 공급이라는 거래를 과세대상으로 한다. 같은 사실관계라도 법인세상 손익 귀속 판단과 부가가치세상 용역공급 대가 판단은 서로 다른 과세요건을 적용한다. 심판원은 이 차이를 이유로 법인세 결정례를 이번 부가가치세 사건에 그대로 옮기기 어렵다고 판단했다.

7. 결론은 경정청구 거부처분의 취소였다

심판원은 청구법인이 국가로부터 위탁받거나 국가의 업무를 대행하여 쟁점사업을 수행하고 그 대가로 쟁점이익을 수령한 것으로 보기 어렵다고 결론 내렸다. 따라서 쟁점이익을 부가가치세 과세대상 용역대가로 전제하고 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단했다.

이 결론은 공공기관 정산사업에서 부가가치세 과세 여부를 판단할 때, “공공성”, “정산”, “성과수수료”, “손실보전”이라는 단어만으로 용역공급을 인정해서는 안 된다는 메시지를 준다. 공급거래의 실체와 대가관계를 별도로 확인해야 한다.

과거 결정례 또는 판례 비교

비교의 핵심은 세목별 과세요건의 차이다. 법인세는 손익이 누구에게 귀속되는지, 각 사업연도의 익금과 손금으로 인식할 수 있는지를 따진다. 그래서 특별회계 정산, 자산·부채 회계처리, 국가 보고, 성과수수료만 손익에 반영하는 구조가 결정적 의미를 가질 수 있다. 조심2018광3791이 바로 그 흐름에 있는 결정이다.

반면 부가가치세는 거래세다. 국가가 최종적으로 손익을 정산받거나 보전한다고 해서 청구법인이 국가에 용역을 공급했다는 결론이 자동으로 나오지 않는다. 공급거래를 특정해야 한다. 청구법인이 국가에 어떤 역무를 제공했는지, 국가가 그 역무를 공급받은 자인지, 성과수수료가 그 역무의 대가인지, 외부 매입·매각 거래의 법률효과가 국가에게 직접 귀속되는지 등을 따로 보아야 한다.

따라서 이번 결정은 과거 법인세 결정례를 정면으로 폐기한 사건이라기보다, 같은 사실관계라도 부가가치세에서는 다른 질문을 해야 한다고 정리한 사건으로 읽는 것이 정확하다. 조심2018광3791은 “종전부동산 사업 손익의 실질귀속”에 관한 참고자료이고, 조심2025중1946은 “성과수수료 유보액이 국가에 대한 용역대가인지”에 관한 판단이다.

실무 시사점

첫째, 공공기관 정산사업의 부가가치세 판단은 “돈의 최종 귀속”보다 “공급거래의 특정”에서 시작해야 한다. 법령이나 협약에 따라 이익을 특별회계, 기금, 지방자치단체, 주무부처와 정산하더라도, 그 정산금 또는 유보금이 곧바로 용역대가가 되는 것은 아니다. 용역대가라면 공급받는 자, 공급 내용, 대가 산정, 지급 원인이 설명되어야 한다.

둘째, “성과수수료”라는 명칭은 위험 신호이지만 결론은 아니다. 회계와 예산 문서에서 수수료라는 표현이 사용되면 과세관청은 부가가치세 매출로 볼 가능성이 있다. 그러나 그 실질이 정산이익 중 일정 비율의 유보인지, 별도 업무 수행에 대한 보수인지 구별해야 한다. 이 사건처럼 성과수수료가 정산이익에 비율을 곱해 산정되고, 법령 개정 취지가 매입 유도 인센티브라면 용역대가성을 부정할 여지가 커진다.

셋째, 매입·개발·매각 단계의 증빙이 매우 중요하다. 계약서상 매수인·매도인, 등기명의, 취득세와 재산세 부담, 공사채 발행 등 자금조달 주체, 도시개발사업 시행자 고시, 개발 관련 용역계약의 당사자, 제3자 매각계약의 책임 주체, 세금계산서 발급·수취 구조를 일관되게 정리해야 한다. 심판원은 이 사건에서 이러한 외부 거래 증빙을 청구법인에게 유리한 사정으로 보았다.

넷째, 공법상 감독과 위수탁관계를 구별해야 한다. 국토교통부 협의, 정산내역 제출, 외부전문기관 검토, 손실보전계획 등은 국가 통제와 공익성을 보여 준다. 그러나 공법상 통제는 많은 규제사업에서 일반적으로 존재한다. 그것만으로 사법상 위탁 또는 부가가치세상 용역공급이 성립하는 것은 아니다. 위탁·대행을 주장하려면 국가가 본인의 지위에서 외부 거래의 법률효과를 부담한다는 구조가 더 분명해야 한다.

다섯째, 세목별로 과거 불복결과의 의미를 나누어야 한다. 같은 사업이 법인세 사건에서 국가 귀속 손익으로 판단되었다고 하더라도, 부가가치세 사건에서 곧바로 국가에 대한 용역대가가 인정되는 것은 아니다. 반대로 부가가치세에서 용역대가성이 부정되었다고 해서 법인세상 손익 귀속 문제가 자동으로 청구법인에게 유리하게 정리되는 것도 아니다. 세목별 과세요건을 분리해 주장 구조를 설계해야 한다.

여섯째, 경정청구 단계에서는 과거 신고 논리를 설명해야 한다. 청구법인은 당초 쟁점이익을 과세표준에 포함해 신고·납부했다가 환급 경정청구를 했다. 이런 경우 과세관청은 스스로 과세대상으로 신고한 점을 들어 방어할 수 있다. 따라서 경정청구서에는 단순 착오가 아니라 과세요건 부존재, 거래대가성 부재, 관련 법령과 정산구조 해석, 부가가치세 거래세 법리 등을 체계적으로 제시해야 한다.

일곱째, 이번 결정은 민간 개발사업에도 응용 가능성이 있다. 공동사업, 개발이익 정산, 기부채납, 수익배분, 프로젝트 계정 정산 등에서 어느 금액이 용역대가이고 어느 금액이 손익 배분인지가 자주 문제 된다. 공급거래가 특정되지 않는 단순 이익배분이라면 부가가치세 과세대상에서 제외될 수 있지만, 특정 당사자가 다른 당사자에게 개발·관리·분양 대행역무를 제공하고 별도 보수를 받는 구조라면 과세될 수 있다.

실무 체크리스트

납세자와 세무대리인이 먼저 확인할 항목

• 쟁점금액의 명칭이 아니라 산정식과 법적 원인을 확인한다.
• 정산금, 성과수수료, 인센티브, 보상금, 환수금 중 어느 성격에 가까운지 문서별로 구분한다.
• 해당 금액이 특정 역무 제공의 대가인지, 사업 손익의 배분 또는 유보인지 검토한다.
• 공급받는 자가 누구인지 특정한다. 국가, 지방자치단체, 기금, 특별회계, 제3자 중 누구에게 어떤 공급이 있었는지 확인한다.
• 위탁계약서, 대행협약서, 업무범위서, 정산협약서가 있는지 확인한다.
• 위탁계약이 없다면 법률상 원인만으로 용역공급이 성립하는지, 그 법률상 원인이 역무 제공까지 특정하는지 검토한다.
• 매입계약서상 매수인, 매각계약서상 매도인, 등기명의자, 사업시행자, 인허가 명의자를 정리한다.
• 자금조달 주체, 채권 발행 주체, 차입금 이자 부담과 정산 반영 방식을 확인한다.
• 제3자와의 계약에서 하자담보책임, 계약불이행 책임, 민원·소송 대응 주체가 누구인지 확인한다.
• 부가가치세 신고·납부가 각 거래 단계에서 누구 명의로 이루어졌는지 확인한다.
• 과거 법인세, 부가가치세, 지방세 신고와 경정청구 이력을 함께 검토한다.
• 과거 불복결정이 있다면 세목, 쟁점, 판단대상을 구분해 이번 사건에 원용 가능한 범위를 제한한다.

공공기관 정산사업에서 증빙화할 항목

• 법령상 사업 지정 근거와 사업수행 주체를 표시한 조항
• 주무부처 협의 문서와 그 법적 성격, 협의가 사업자의 재량을 완전히 대체하는지 여부
• 이사회 의결, 사업계획, 처분계획, 활용계획, 도시개발 관련 고시
• 매입·개발·관리·매각 단계별 계약서와 거래상대방
• 세금계산서 발급·수취 내역과 부가가치세 신고서
• 정산손익 산정표와 성과수수료 산정표
• 특별회계 전입 또는 손실보전 회계처리 자료
• 국회 검토보고서, 시행령 개정이유, 정책회의 자료 등 제도 도입 취지를 보여 주는 자료
• 외부전문기관 검토보고서와 정산결과 통보서
• 내부 회계처리 기준과 세무조정 내역, 전기와 당기의 처리 일관성

과세관청 주장에 대응할 때의 논리 순서

1. 부가가치세 과세대상은 재화 또는 용역의 공급이라는 점을 먼저 확정한다.
2. 쟁점금액이 지급 또는 유보된 사실과 공급거래 존재는 별개라는 점을 밝힌다.
3. 국가가 공급받은 구체적 역무가 무엇인지 처분청 논리에서 특정되는지 검토한다.
4. 외부 거래의 계약 당사자와 법률효과 귀속자를 계약서·고시·등기로 입증한다.
5. 정산·전입·보전 조항은 손익 배분 장치일 뿐 용역공급을 직접 규정하지 않는다는 점을 설명한다.
6. 성과수수료가 정산이익에서 산정되는 인센티브인지, 업무량 또는 투입원가에 대한 보수인지 비교한다.
7. 과거 결정례가 있으면 세목과 쟁점이 같은지 먼저 나누고, 다른 세목의 판단을 그대로 가져올 수 없다는 점을 제시한다.
8. 최종적으로 쟁점금액이 용역대가가 아니라 자체 사업이익의 유보 또는 손익 배분이라는 결론을 세운다.

참고 자료

• 조세심판원 2026.6.12. 결정, 조심2025중1946: 청구법인이 이전공공기관의 종전부동산 매각사업을 수행함에 따라 발생한 쟁점이익이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부
• 조세심판원 2019.10.21. 결정, 조심2018광3791: 혁신도시특별법에 따라 종전부동산을 양수하여 개발·매각하는 사업과 관련한 법인세상 손익 실질귀속 판단
• 대법원 2017.5.18. 선고 판결: 결정문에서 부가가치세가 거래 외형에 대한 거래세이고 납세의무자 판단도 거래행위를 기준으로 한다는 취지로 인용된 판례. 공개 결정문상 사건번호는 비식별 처리되어 있다.
• 광주지방법원 2020.8.20. 선고 판결: 청구법인이 과거 법인세 사건과 관련하여 제시한 판결로 결정문에 언급되어 있다. 공개 결정문상 사건번호는 비식별 처리되어 있다.
• 부가가치세법 제4조, 제10조, 제11조, 제32조
• 부가가치세법 시행령 제69조
• 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제22조, 제33조, 제34조, 제43조, 제44조
• 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 시행령 제36조, 제37조, 제38조, 제41조
• 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침 제11조, 제12조, 제13조, 제14조, 제15조
• 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제1조, 제10조, 제28조