가족법인 15% 주주라도 단순 근로자라면 제2차 납세의무를 물을 수 없다 (조심2026인1375)

사건 개요

이 결정은 가족법인에서 지분을 나누어 보유한 구성원에게 제2차 납세의무를 어디까지 물을 수 있는지를 다룬 사건이다. 청구인은 체납법인 주식 15%를 보유한 것으로 되어 있었고, 나머지 주식은 청구인의 친형과 부친이 보유했다. 지분만 합산하면 가족 전체가 발행주식 전부를 가진 구조다. 처분청은 이 외관을 근거로 청구인을 과점주주로 보아 체납세액 중 청구인 지분율 15%에 해당하는 금액을 납부고지했다.

조세심판원은 결론을 달리 보았다. 가족 지분 합계가 50%를 초과한다는 점은 출발점일 뿐, 이 사건 체납세액은 개정 후 국세기본법 제39조 문언을 전제로 다투어졌으므로 그 사람이 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사했는지가 따로 확인되어야 한다고 보았다. 이 사건에서 청구인은 사원명부·근로계약서·체불임금 등 확인서상 공무업무를 수행한 근로자에 가까웠고, 청구인 명의 OOO은행 계좌에서 쟁점법인 계좌로 입금된 금액이 확인되지 않았으며, 결손금처리계산서와 배당결의 부존재 확인서상 주주 이익 귀속을 뒷받침할 자료도 부족했다. B의 사실확인서도 자필과 인감 날인이 확인되는 자료로 제출되어, 주금 납입·배당 수령·주요 경영 의사결정 관여가 명확히 입증되지 않았다는 이유로 처분이 취소되었다.

쟁점법인은 가족이 주주와 임원으로 구성된 법인이다. 친형 B가 대표이사로 등기되어 있고, 부친 C가 사내이사로 등기되어 있었다. 청구인은 설립 당시 또는 설립 직후부터 주식 15%를 보유한 것으로 되어 있었고, 과거 사내이사로도 등재되어 있었으나 2019.3.30. 사내이사에서 퇴임했다. 등기상 퇴임 사실은 2019.5.15. 반영되었다.

쟁점법인은 2024년 6월 및 7월 근로소득세 원천징수분, 2024년 12월 퇴직소득세 원천징수분, 2024년 제2기 및 2025년 제1기 부가가치세 등을 체납했다. 처분청은 법인의 체납세액을 법인 재산으로 충당하기 어렵다고 보아 청구인을 제2차 납세의무자로 지정했고, 2026.1.19. 청구인 지분율 15% 상당액을 납부고지했다. 청구인은 2026.2.3. 심판청구를 제기했다.

이 사건의 주문은 재조사나 일부 경정이 아니라 취소다. 심판원은 제출된 자료만으로도 청구인을 쟁점법인의 경영을 지배한 과점주주로 보기 어렵다고 판단했다. 금액, 회사명, 계좌표의 세부 내용은 공개 결정문에서 비식별 처리되어 있으므로 이 글에서도 임의로 보완하지 않는다.

거래 구조도 및 사실관계 흐름도

가족법인 사건에서는 지분 구조와 실제 업무 구조를 분리해 보아야 한다. 이 사건도 지분 구조만 보면 가족 전체가 법인을 지배하는 모습이지만, 청구인의 실제 역할은 근로자에 가까웠다는 점이 결론을 갈랐다.

부친 C
  ├─ 쟁점법인 주식 60% 보유
  └─ 사내이사 등기

친형 B
  ├─ 쟁점법인 주식 25% 보유
  ├─ 대표이사 등기
  ├─ 청구인 주장상 실질 운영자
  └─ 청구인이 경영에 관여하지 않았다는 사실확인서 제출

청구인
  ├─ 쟁점법인 주식 15% 보유로 기재
  ├─ 과거 사내이사 등기 이력 존재
  ├─ 2019.3.30. 사내이사 퇴임
  ├─ 2016.6.1.~2024.12.11. 공무업무 담당 근로자라고 주장
  ├─ 사원명부, 근로계약서, 체불임금 등 확인서 제출
  ├─ 결손금처리계산서, 배당결의 부존재 확인서 제출
  ├─ 청구인 명의 OOO은행 계좌거래내역상 쟁점법인 계좌로 입금된 출금액 없음
  ├─ B 사실확인서는 자필 및 인감 날인 확인
  ├─ 배당 수령, 주주총회 의결권 행사, 주금 납입 사실 불명확
  └─ 체납세액 중 15% 상당 제2차 납세의무 고지 대상

처분청
  ├─ C 60% + B 25% + 청구인 15% = 가족 지분 100%에 주목
  ├─ 청구인의 주주 및 과거 사내이사 등재, 장기간 근무 사실을 근거로 삼음
  └─ 청구인이 경영에 관여하지 않았다고 보기 어렵다고 판단

조세심판원
  ├─ 과점주주 요건 중 경영에 대한 지배적 영향력 입증 필요
  ├─ 단순 가족관계와 명의상 지분만으로는 부족
  ├─ 근로자 지위, 체불임금, 계좌거래·배당 부존재 자료, 실제 운영자 확인서 등을 중시
  └─ 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 취소

시간순으로 정리하면 다음과 같다.

공인회계사 실무 관점에서 핵심은 “가족이 100% 보유한 법인”이라는 말이 너무 강한 인상을 준다는 점이다. 가족법인은 실제로 의사결정이 가족 내부에서 이루어지는 경우가 많다. 그러나 세법상 제2차 납세의무는 인상이나 개연성만으로 확장되지 않는다. 이 사건에서는 당사자와 심판원이 개정 후 국세기본법 제39조 문언을 전제로 다투었고, 결국 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력이라는 문언을 별도로 통과해야 한다는 점이 결론을 갈랐다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 다음 한 문장으로 정리된다.

청구인이 쟁점법인 주식 15%를 보유하고 친형 및 부친과 합산한 가족 지분이 50%를 초과한다는 사정만으로, 청구인을 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 과점주주로 보아 제2차 납세의무를 부담시킬 수 있는가.

이 사건은 지분율만 보면 처분청에게 유리하다. 청구인은 15% 주주이고, 친형 B와 부친 C까지 합하면 특수관계인 지분 합계가 100%다. 국세기본법 제39조 제2호의 50% 초과 기준 자체는 외관상 충족된 것으로 보인다. 청구인이 한때 사내이사로 등기되어 있었고, 장기간 쟁점법인에서 일했다는 점도 처분청 주장을 뒷받침하는 사정이다.

그러나 이 사건은 2024년과 2025년에 납세의무가 성립한 원천세와 부가가치세 체납분에 관한 사건이고, 결정문은 2020.12.22. 개정 후 국세기본법 제39조 문언을 전제로 청구인과 처분청 주장을 정리했다. 별도의 부칙 적용일을 이 글에서 단정하기보다, 이 사건에서는 개정 후 문언상 “법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는지”가 실질 쟁점이었다고 보는 편이 정확하다.

따라서 실무상 질문은 네 가지로 좁혀진다.

1. 청구인이 자기 자금으로 주금을 납입하거나 주식을 실제로 취득한 사람인지
2. 청구인이 납세의무 성립일 무렵 임원 임면, 사업방침, 자금 집행, 세무신고, 주요 계약에 영향력을 행사했는지
3. 청구인이 근로자로서 급여를 받은 것인지, 주주 또는 실질 경영자로서 경제적 이익을 취한 것인지
4. 처분청이 가족관계와 주주명부를 넘어 청구인의 지배적 영향력을 적극적으로 입증했는지

조세심판원은 이 네 질문에서 청구인에게 유리한 방향으로 판단했다. 청구인이 주주명부상 주주라는 사실은 인정되지만, 그것만으로 경영 지배력이 추정되지는 않는다는 것이다. 특히 청구인이 제출한 사원명부, 근로계약서, 체불임금 등 확인서가 근로자성을 가리켰고, 결손금처리계산서와 배당결의 부존재 확인서, 청구인 명의 OOO은행 계좌거래내역이 주금 납입 및 주주 이익 귀속 부재 주장과 맞물렸으며, 실제 운영자 B의 자필·인감 날인 사실확인서가 같은 방향을 보강했다는 점이 중요했다.

처분청 주장

처분청의 주장은 전형적인 가족법인 과점주주 책임 논리에 가깝다. 처분청은 청구인이 단순한 외부 근로자가 아니라 가족법인의 주주, 과거 임원, 장기 근무자라는 복합적 지위를 가지고 있었다고 보았다.

첫째, 청구인은 쟁점법인의 주식 15%를 보유한 것으로 되어 있었다. 청구인 단독 지분은 50%를 넘지 않지만, 친형 B 25%, 부친 C 60%를 합하면 특수관계인 지분 합계가 100%다. 처분청은 이 합산 구조를 과점주주 판단의 중요한 출발점으로 삼았다.

둘째, 청구인의 친형 B가 쟁점법인의 대표이사로 법인을 운영했고, 부친 C도 사내이사로 등기되어 있었다. 처분청은 쟁점법인의 중요한 의사결정이 가족 내부에서 이루어졌을 가능성이 상당히 높다고 보았다. 가족 구성원이 대표이사, 사내이사, 주주로 구성된 법인에서 청구인만 경영과 무관했다고 단정하기 어렵다는 취지다.

셋째, 청구인은 주주일 뿐 아니라 사내이사로 등재된 이력도 있었다. 비록 2019년에 퇴임했지만, 설립과 운영 과정에서 일정 기간 임원 지위를 가졌다는 사실은 처분청에게 유리한 외관 자료다. 또한 청구인은 2016년부터 2024년까지 쟁점법인에서 근로소득을 받은 것으로 나타났다. 처분청은 청구인의 수입이 쟁점법인 근로소득에 집중되어 있었다는 점도 쟁점법인과 밀접한 관련성을 보여준다고 보았다.

넷째, 처분청은 기존 판례 흐름을 근거로 들었다. 원문에서 처분청은 대법원 2004.10.14. 선고 2003두8418 판결을 언급하면서, 구체적으로 회사 경영에 관여한 사실이 없다는 사정만으로 과점주주가 아니라고 볼 수 없고, 주식에 관한 권리행사는 반드시 현실적 행사 실적이 있어야 하는 것이 아니라 행사할 수 있는 지위에 있으면 충분하다는 취지의 법리를 제시했다. 또한 대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결을 근거로, 과세관청이 주주명부 등 과점주주로 볼 수 있는 자료를 제출하면 일응 입증이 이루어지고, 형식상 주주에 불과하다는 특별한 사정은 이를 주장하는 사람이 입증해야 한다는 논리를 폈다.

다섯째, 처분청은 청구인이 제출한 자료가 모두 형식적 사실을 보여줄 뿐이라고 보았다. 실제 주식 소유 여부, 주주명의 대여 여부, 실질적 권리 행사 가능성에 대한 구체적 입증이 부족하다는 의견이다. 가족법인에서 장기간 주주와 사내이사로 존재한 이상, B이 대표자로 경영을 총괄했더라도 청구인도 단순 근로자가 아닌 이중적 지위를 가진 사람으로 볼 수 있다는 취지다.

여섯째, 처분청은 급여 지급 내역의 성격도 다투었다. 청구인이 제출한 자료상 송금 일시가 불규칙하고 송금액도 일정하지 않으며 근로소득 원천징수내역과도 맞지 않는 부분이 있어, 지급액이 급여가 아니라 법인 자금 사정에 따라 지급된 다른 성격의 금원일 가능성이 있다고 보았다.

처분청 주장에는 실무상 설득력이 있는 부분이 있다. 가족이 주식 전부를 보유하고, 청구인이 주주이자 과거 임원이었으며, 장기간 같은 법인에서 일했다면 과세관청이 제2차 납세의무를 검토하는 것은 자연스럽다. 다만 이 논리가 최종 결론이 되려면 개정 후 국세기본법 제39조의 “경영에 대한 지배적인 영향력”이라는 문언까지 입증해야 한다. 심판원은 처분청이 이 마지막 관문을 넘지 못했다고 보았다.

청구인 주장

청구인의 주장은 “지분 명의는 있었지만 경영 지배자는 아니었다”는 데 집중되어 있다. 청구인은 자신이 쟁점법인에 주주와 사내이사로 등재되었을 뿐, 설립과 운영에 실질적으로 관여하지 않았다고 주장했다.

첫째, 청구인은 국세기본법 제39조의 개정 취지를 강조했다. 종전 규정은 과점주주 요건을 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자로 보았지만, 2020.12.22. 개정 후에는 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자로 표현이 바뀌었다. 청구인은 이 개정이 과점주주 범위를 종전보다 좁히려는 취지라고 보았다. 따라서 단순한 명의상 지분이나 주주권 행사 가능성만으로는 부족하고, 실제 경영 지배력이 엄격하게 입증되어야 한다는 논리다.

둘째, 청구인은 제2차 납세의무가 주주 유한책임 원칙에 대한 중대한 예외라는 점을 들었다. 원문에서 청구인은 대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결을 인용했다. 이 법리는 제2차 납세의무의 적용 요건을 넓게 추정하기보다 엄격하게 보아야 한다는 방향으로 작동한다.

셋째, 청구인은 자신의 실제 지위가 근로자였다고 주장했다. 청구인은 2016.6.1.부터 2024.12.11.까지 쟁점법인에서 공무업무를 담당했고, 쟁점법인은 청구인에게 급여를 지급하며 근로소득세 원천징수와 4대 보험료 납부 등의 의무를 이행했다고 설명했다. 쟁점법인의 자금 사정이 악화되면서 급여가 비정기적으로 지급되었고, 2024년에 사실상 폐업상태가 되면서 청구인이 퇴사했다는 주장도 덧붙였다.

넷째, 청구인은 미지급 임금과 퇴직급여를 강조했다. 결정문에 따르면 청구인은 2022.5.10.부터 2024.12.11. 퇴사일까지의 급여와 퇴직급여를 지급받지 못했다고 주장하며 체불임금 등 확인서를 제출했다. 사원명부와 근로계약서까지 함께 제출되었다는 점에서, 이는 청구인이 법인의 이익을 가져가는 지배자가 아니라 법인으로부터 임금을 받지 못한 근로자였다는 주장과 연결된다.

다섯째, 청구인은 주주로서 권리를 행사하지 않았다고 주장했다. 자본금 납입, 주주총회 의결권 행사, 이익배당 청구 또는 수령, 회사의 주요 의사결정에 관여한 사실이 없다는 것이다. 청구인은 단지 명의를 빌려주었을 뿐이고, B이 청구인에게 주주나 이사의 권한과 의무를 부여하지 않았다고 설명했다. 이 주장과 관련해 청구인은 결손금처리계산서, 배당결의 부존재 확인서, 본인 명의 OOO은행 예금거래내역서를 냈다. 결정문은 그 예금거래내역서상 청구인 계좌에서 쟁점법인 계좌로 입금된 출금액이 없는 것으로 확인된다고 적고 있다. 이는 청구인이 자기 자금으로 주금을 납입했다거나 배당 등 주주 이익을 실질적으로 누렸다는 추정을 약하게 하는 자료다.

여섯째, 청구인은 실제 운영자인 B의 사실확인서를 제출했다. B는 쟁점법인을 실질적으로 운영한 사람으로서, 청구인이 자신의 지시에 따른 업무를 수행했을 뿐 회사 경영에 관여하지 않았다는 취지의 사실확인서를 냈다. 원문은 이 사실확인서에 자필과 인감 날인 등이 확인된다고 적고 있다. 사실확인서는 언제나 그 자체로 충분한 증거가 되는 것은 아니지만, 근로계약서와 체불임금 확인서, 계좌거래내역, 배당결의 부존재 확인서 등 다른 자료와 결합하면 판단의 방향을 강화할 수 있다.

청구인 주장의 약점도 존재한다. 청구인은 가족법인 주주로 등재되었고, 과거 사내이사였으며, 장기간 법인에서 일했다. 이러한 외관은 제2차 납세의무 사건에서 결코 가볍지 않다. 그러나 심판원은 이 외관보다 근로자성, 경영 관여 부재, 처분청의 적극 입증 부족을 더 중시했다.

관련 법령

이 사건의 중심 조문은 국세기본법 제14조와 제39조다. 결정문은 결론 부분에서 국세기본법 제80조의2와 제65조 제1항 제3호도 언급한다. 실무상으로는 제2차 납세의무를 부과할 때 납세의무 성립일별 적용 법령을 먼저 확인해야 한다.

결정문에서 실무적으로 문제 된 문언은 다음 두 축이다.

명의와 실질이 다르면 사실상 귀속되는 자를 기준으로 세법을 적용한다.

과점주주는 50% 초과 지분 요건뿐 아니라 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자인지가 함께 문제 된다.

위 문구는 조문 전체를 그대로 옮긴 것이 아니라 이 사건 판단에 필요한 핵심만 압축한 것이다.

국세기본법 제14조: 실질과세

국세기본법 제14조 제1항은 과세 대상의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속자를 납세의무자로 보아 세법을 적용한다고 규정한다. 이 조문은 명의상 주주와 실질 경영자가 갈라지는 사건에서 기본 원칙으로 작동한다.

이 사건에서 처분청이 본 명의는 청구인의 15% 지분과 과거 사내이사 이력이다. 청구인이 주장한 실질은 근로자 지위, 주주권 행사 부재, 실제 운영자 B의 존재다. 심판원은 국세기본법 제14조를 독립된 결론 조문으로 장황하게 전개하지는 않았지만, 명의와 실질이 다를 때 과점주주 요건을 어떻게 볼 것인지의 배경 원칙으로 삼았다.

국세기본법 제39조: 출자자의 제2차 납세의무

국세기본법 제39조는 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당해도 부족한 경우, 일정한 출자자가 그 부족액에 대해 제2차 납세의무를 지도록 정한다. 과점주주에 대해서는 책임 한도도 정해져 있어, 부족액 전부가 아니라 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액을 기준으로 계산한다.

이 사건에서 특히 중요한 부분은 제39조 제2호다. 결정문이 제시한 문언을 실무적으로 풀면 다음 요소가 필요하다.

• 납세의무 성립일 현재 주주 또는 일정한 사원과 그 특수관계인이 존재할 것
• 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 발행주식 총수 또는 출자총액의 50%를 초과할 것
• 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들일 것
• 책임 범위는 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액을 기준으로 산정할 것

청구인 사건에서 지분 합계 요건은 처분청에게 유리하다. 청구인, B, C의 지분을 합하면 100%다. 그러나 경영에 대한 지배적인 영향력 요건은 별개다. 이 결정은 가족관계와 지분 합산만으로 청구인 개인의 경영 지배력을 곧바로 인정하지 않았다는 점에서 의미가 있다.

2020.12.22. 개정의 실무적 의미

결정문에는 2020.12.22. 법률 개정으로 과점주주 요건의 표현이 바뀌었다는 청구인 주장이 소개되어 있다. 종전에는 “주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들”이라는 표현이 중심이었으나, 개정 후에는 “그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들”이라는 표현이 들어왔다. 다만 공개 결정문 본문은 부칙 조항이나 적용일을 별도로 인용하지 않고, 청구인 주장과 현행 조문을 바탕으로 이 사건 체납세액에 대한 다툼을 정리한다.

이 사건의 체납세액은 2024년 원천세와 부가가치세, 2025년 제1기 부가가치세 등이다. 이 글에서는 별도로 확인하지 못한 부칙 적용일을 단정하지 않고, “이 사건 체납세액은 개정 후 문언을 전제로 다투어졌다”는 범위에서 의미를 파악한다. 따라서 처분청이 기존 판례의 “주주권 행사 가능성” 논리를 제시하더라도, 심판원은 개정 후 문언에 맞추어 경영 지배력의 실제 존재를 확인해야 했다.

국세기본법 기본통칙 39-0…2

심판원은 판단 부분에서 국세기본법 기본통칙 39-0…2도 언급했다. 공개 결정문상 취지는 과점주주 판단에서 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나, 주주총회에 참석하는 등 경영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요한다는 것이다.

기본통칙은 법률 그 자체는 아니지만, 세무 실무에서 과점주주 판단의 사실인정 방향을 보여주는 자료다. 이 사건에서는 청구인이 주금을 납입했는지, 주주총회에 참석했는지, 배당을 받았는지, 회사 경영에 참여했는지가 명확히 입증되지 않았다는 점이 결정적이었다. 특히 청구인 명의 OOO은행 계좌에서 쟁점법인 계좌로 입금된 금액이 확인되지 않은 점은 주금 납입 또는 법인 자금 투입 주장을 약하게 만들고, 배당결의 부존재 확인서와 결손금처리계산서는 주주 이익 귀속 부재 주장과 연결된다.

국세기본법 제65조 및 제80조의2

결정문 결론은 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다고 정리되어 있다. 제65조 제1항 제3호는 심판청구가 이유 있다고 인정되는 경우 처분의 취소, 경정 또는 필요한 처분을 결정하는 근거로 이해된다. 이 사건에서는 청구주장이 이유 있다고 보아 취소 결정이 내려졌다.

심판원 판단 단계별 분석

조세심판원의 판단은 짧지만 구조는 분명하다. 형식상 가족 지분 구조를 확인한 뒤, 개정 후 과점주주 요건과 입증책임을 기준으로 청구인의 실제 지위를 따졌다.

1단계: 특수관계 지분 합계와 처분의 출발점 확인

심판원은 먼저 처분청의 기본 전제를 확인했다. 청구인과 B, C는 가족관계에 있고, 이들의 쟁점법인 지분 합계는 100%다. B는 대표이사로 법인을 운영했고, C는 사내이사로 등기되어 있었다. 청구인도 15% 지분을 보유한 것으로 되어 있었다. 이 정도 외관이면 처분청이 제2차 납세의무를 검토할 출발점은 있었다.

그러나 출발점과 결론은 다르다. 과점주주 제2차 납세의무는 법인의 체납세액을 주주에게 확장하는 제도이므로, 명의와 가족관계만으로 곧바로 완성되지 않는다. 심판원은 바로 다음 단계에서 입증책임과 실질 지배 여부를 따졌다.

2단계: 경영 지배력 입증책임은 과세관청에 있다는 점 확인

심판원은 과점주주에 해당하기 위한 요건인 “회사의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자”라는 사실은 처분의 적법성에 대한 증명책임을 지는 과세관청이 증명해야 한다고 보았다. 원문은 대법원 2026.3.12. 자 2025두35680 판결을 같은 뜻으로 인용한다.

이 문장은 이 결정의 핵심이다. 처분청은 주주명부와 가족관계 자료를 제시할 수 있다. 그러나 납세자가 근로자성, 주주권 행사 부재, 실제 운영자 존재를 구체적으로 제시하면, 처분청은 다시 청구인의 경영 지배력을 적극적으로 설명해야 한다. 단순히 “가족법인이므로 관여했을 가능성이 높다”는 정도로는 부족하다.

3단계: 가족이 운영한다는 사정만으로 청구인의 경영 관여를 인정하지 않음

심판원은 가족이 쟁점법인을 실질적으로 운영한다는 사정만으로 곧바로 청구인이 경영에 관여했다고 보기는 어렵다고 보았다. 이는 가족법인 사건에서 중요한 문장이다. 가족회사에서는 실제로 가족 구성원 간 의사결정이 비공식적으로 이루어질 수 있지만, 세법상 책임은 각 사람의 지위와 행위에 따라 따져야 한다.

청구인은 15% 주주다. 지분율 자체도 절대적 지배력을 보여주는 수준은 아니다. 물론 특수관계인 지분을 합하면 과점주주 문턱을 넘지만, 이 사건에서 쟁점은 합산 지분이 아니라 청구인 개인이 경영에 지배적 영향력을 행사했는지다. 심판원은 처분청이 이 부분을 충분히 입증하지 못했다고 보았다.

4단계: 주금 납입, 계좌거래, 주주총회 참석, 배당 수령 등 권리 행사 자료 부재

심판원은 청구인이 주금을 납입했다거나 주주총회에 참석했다거나 배당을 수령하는 등 주주로서 권한을 행사한 사실이 명확히 입증되지 않았다고 보았다. 이 부분은 국세기본법 기본통칙 39-0…2의 판단 요소와 연결된다. 원문상 청구인은 본인 명의 OOO은행 계좌에서 쟁점법인과 거래한 예금거래내역서를 제출했고, 그 요약표에는 출금액, 즉 청구인 계좌에서 쟁점법인 계좌로 입금된 금액이 없는 것으로 확인된다고 적혀 있다. 이 자료는 청구인이 자신의 자금으로 주금을 납입했거나 법인 운영자금 투입을 통해 주주권을 실질적으로 행사했다는 처분청의 추정을 약하게 한다.

실무상 주주권 행사 자료는 매우 중요하다. 주금 납입 자료, 주주총회 의사록, 배당 결의 및 배당금 입금, 임원 선임 관여, 법인계좌 접근권, 인감 및 공동인증서 관리, 세무신고 지시 자료가 있으면 경영 지배력을 뒷받침할 수 있다. 반대로 이런 자료가 없고, 결손금처리계산서와 배당결의 부존재 확인서처럼 배당 등 경제적 이익 귀속을 부정하는 자료가 있으며, 계좌거래내역상 청구인 계좌에서 법인 계좌로 들어간 돈도 확인되지 않는다면 명의상 주주라는 외관의 힘은 약해진다.

5단계: 사원명부, 근로계약서와 체불임금 확인서를 근로자성의 핵심 자료로 평가

심판원은 사원명부, 근로계약서와 체불임금 등 확인서에 비추어 청구인을 지배적인 영향력이 없는 단순 근로자로 보았다. 청구인이 쟁점법인에서 공무업무를 담당했고, 급여와 퇴직급여를 받지 못한 근로자라는 구조가 자료로 제시되었기 때문이다.

체불임금 확인서는 단순한 급여자료보다 의미가 크다. 실제 지배주주라면 회사가 어려울 때 급여를 받지 못할 수도 있지만, 임금채권자로서 노동관계 자료가 형성되어 있다는 점은 근로자성을 뒷받침한다. 특히 이 사건처럼 청구인이 회사의 이익을 배당이나 경영자 보수로 가져간 자료가 없는 경우에는 체불임금 자료가 중요한 반대증거가 된다.

6단계: 실제 운영자 B의 사실확인서를 다른 자료와 함께 고려

심판원은 쟁점법인을 실질적으로 운영했다는 B가 청구인이 지시에 따른 업무를 수행했을 뿐 회사 경영에 관여하지 않았다는 사실확인서를 제출한 점도 고려했다. 원문은 해당 사실확인서의 자필과 인감 날인 등이 확인된다고 적고 있다. 사실확인서는 작성자와 이해관계가 있을 수 있어 언제나 결정적 증거가 되는 것은 아니다. 이 사건에서도 B는 청구인의 친형이므로 그 확인서만으로 결론이 나지는 않는다.

다만 자필·인감 날인이 확인되는 사실확인서가 사원명부, 근로계약서, 체불임금 확인서, 계좌거래내역, 결손금처리계산서, 배당결의 부존재 확인서, 주주권 행사 자료 부재와 같은 다른 사정과 같은 방향을 가리키면 증거 묶음의 일부로 기능한다. 심판원은 이 자료들을 종합해 청구인이 경영에 지배적인 영향력을 행사했다고 보기 어렵다고 판단했다.

7단계: 결론은 취소

최종적으로 심판원은 청구인을 쟁점법인에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분에 잘못이 있다고 보았다. 주문은 취소다. 재조사 결정이 아니라 취소 결정이라는 점은, 심판원이 현재 자료 상태에서 처분청의 입증 부족이 명확하다고 보았다는 뜻이다.

이 결정은 명의상 주주에게 언제나 책임이 없다는 취지가 아니다. 오히려 청구인에게 불리한 외관이 상당했다. 가족법인, 15% 주주, 과거 사내이사, 장기간 근무라는 사정이 있었다. 그럼에도 취소된 이유는 이 사건에서 전제로 삼은 국세기본법 제39조 문언상 경영 지배력 입증이 부족했고, 청구인이 근로자성을 뒷받침하는 자료를 일정 수준 이상 제출했기 때문이다.

과거 결정례 또는 판례 비교

이 사건은 기존 판례 흐름과 개정 후 국세기본법 제39조의 접점에 있다. 원문에는 참조결정란이 비어 있지만, 청구인과 처분청이 여러 판례와 심판례를 언급했고, 심판원도 최신 대법원 결정을 근거로 입증책임을 정리했다.

대법원 2004.10.14. 선고 2003두8418 판결 및 대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 흐름과의 차이

처분청이 인용한 기존 대법원 판례 흐름은 과세관청 실무에서 여전히 중요하다. 주주명부와 주식등변동상황명세서에 이름이 올라간 사람이 체납이 발생한 뒤 “나는 명의만 빌려주었다”고 주장하는 경우가 많기 때문이다. 세무서가 모든 명의대여 주장을 그대로 받아들이면 제2차 납세의무 제도는 쉽게 무력화된다.

그러나 이 사건에서 심판원은 그 판례 흐름을 부정하지 않았다. 대신 적용 범위를 조정했다. 주주명부 등 외형 자료는 처분의 출발점이 될 수 있지만, 이 사건처럼 개정 후 문언을 전제로 다투어진 체납세액에서는 경영에 대한 지배적인 영향력 요건을 추가로 확인해야 한다. 청구인이 근로자성 자료, 계좌거래내역, 배당결의 부존재 확인서와 주주권 행사 부재 자료를 제시한 이상, 처분청은 명의자료를 넘어 실제 경영 지배 사실을 더 구체적으로 증명해야 했다.

조심2025인3839와의 비교

원문에서 처분청은 조심2025인3839를 유리한 사례로 언급했다. 공개 결정문에 소개된 범위에서 보면, 그 사건은 가족이 쟁점법인 대표이사를 맡는 등 중요한 의사결정이 가족 내에서 이루어졌을 가능성이 높아 청구인이 경영에 지배적인 영향력을 행사하지 않았다고 보기 어렵다고 본 사례다.

조심2026인1375는 같은 가족법인 맥락이지만 결론이 다르다. 차이는 자료의 밀도와 청구인의 지위다. 이 사건 청구인은 사원명부, 근로계약서와 체불임금 확인서를 제시했고, 결손금처리계산서와 배당결의 부존재 확인서, OOO은행 계좌거래내역으로 주주 이익 귀속 및 주금 납입 부재 주장을 보강했다. 실제 운영자로 지목된 B도 자필·인감 날인이 확인되는 사실확인서로 청구인의 경영 관여 부재를 확인했다. 또한 청구인은 2019년에 이미 사내이사에서 퇴임했고, 쟁점 체납세액은 그보다 한참 뒤인 2024년과 2025년에 발생했다. 가족이라는 사정은 위험 신호이지만, 그 자체가 경영 지배력의 충분한 증거는 아니라는 점이 드러난다.

원문상 참조결정·따른결정란의 한계

원문 [참조결정]과 [따른결정]란은 비어 있다. 따라서 이 글은 별도로 공식 원문을 확인하지 못한 유사 결정례 사건번호를 추가 비교자료로 단정하지 않는다. 비교 범위는 원문에 표시된 대법원 판례, 처분청이 직접 언급한 조심2025인3839, 그리고 조심2026인1375의 증거구조에 한정한다.

이 한계는 오히려 실무적으로 중요하다. 가족법인 과점주주 사건은 사실관계가 조금만 달라도 결론이 달라진다. 따라서 사건번호만 나열하는 방식보다, 이 사건 원문에서 확인되는 자료, 즉 사원명부·근로계약서·체불임금 확인서, 결손금처리계산서·배당결의 부존재 확인서, OOO은행 계좌거래내역, B의 자필·인감 날인 사실확인서가 어떤 판단요소와 연결되는지를 보는 편이 안전하다.

실무적 비교표

비교하면 결론은 분명하다. 과점주주 제2차 납세의무는 명의자료만으로 시작할 수 있지만, 개정 후 문언이 문제 되는 사건에서는 실질 경영 지배 자료로 완성되어야 한다. 특히 가족법인에서는 “가족이니까 알고 있었을 것”이라는 추정보다 “누가 돈을 냈고, 누가 결정했으며, 누가 이익을 가져갔는가”라는 자료가 필요하다. 이 사건의 계좌거래내역과 배당결의 부존재 확인서는 바로 그 질문 중 돈의 흐름과 경제적 이익 귀속 부분을 겨냥한 자료다.

실무 시사점

1. 특수관계 지분 합산은 출발점이지 결론이 아니다

가족 구성원의 지분을 합산해 50%를 넘는지는 과점주주 판단의 첫 단계다. 이 사건에서는 청구인 15%, 친형 25%, 부친 60%로 합산 지분이 100%였으므로 이 단계는 처분청에게 유리했다. 그러나 심판원은 합산 지분만으로 청구인의 제2차 납세의무를 인정하지 않았다.

실무상 가족법인 주주에게는 이 점이 중요하다. 소수 지분이라도 특수관계인 지분과 합산되면 과점주주 검토 대상이 될 수 있다. 반대로 검토 대상이 된다고 해서 곧바로 책임이 확정되는 것은 아니다. 경영 지배력, 주주권 행사, 경제적 이익 귀속, 자금 통제 여부를 따로 보아야 한다.

2. 근로자 지위와 주주 지위가 겹칠 때 자료 정리가 핵심이다

가족법인에서는 주주가 동시에 직원으로 일하는 경우가 많다. 이때 급여를 받았다는 사실은 양면성을 가진다. 처분청은 회사와 밀접한 관계의 증거로 볼 수 있고, 납세자는 실제 근로 제공의 증거로 볼 수 있다. 어느 쪽으로 해석될지는 자료 구성에 달려 있다.

이 사건에서 청구인은 사원명부, 근로계약서, 체불임금 등 확인서를 제출했다. 단순히 “일만 했다”고 말한 것이 아니라, 근로관계의 형식과 임금채권 자료를 제시했다. 공무업무라는 구체 업무 내용도 경영 의사결정과 구분되는 요소로 작동했다.

3. 체불임금 자료는 지배주주성 반박에 강한 보조증거가 될 수 있다

실질 지배주주라면 회사가 어렵더라도 급여를 못 받을 수 있다. 따라서 체불임금 자료 하나만으로 제2차 납세의무가 없어지는 것은 아니다. 그러나 배당, 가지급금, 법인카드 사용, 자금 인출 같은 이익 귀속 자료가 없는 상태에서 체불임금 확인서가 존재하고, 배당결의 부존재 확인서와 결손금처리계산서까지 제시되면 명의상 주주가 오히려 임금채권자였다는 그림이 생긴다.

이 사건에서 심판원은 청구인을 지배적 영향력이 없는 단순 근로자로 보는 근거 중 하나로 체불임금 등 확인서를 들었다. 여기에 청구인 명의 OOO은행 계좌에서 법인 계좌로 입금된 출금액이 없다는 거래내역은 주금 납입이나 법인 자금 투입 주장을 약하게 하고, 배당결의 부존재 확인서는 배당 이익 귀속 부재를 보완한다. 불복 단계에서는 미지급 임금, 퇴직급여, 근로계약, 출퇴근, 업무지시, 원천징수, 4대 보험 자료를 계좌거래 및 배당 관련 자료와 함께 묶어 제출하는 전략이 필요하다.

4. 실제 운영자의 사실확인서는 객관 자료와 결합해야 한다

B의 사실확인서는 청구인에게 유리했다. 원문은 그 사실확인서에 자필과 인감 날인 등이 확인된다고 적었다. 그러나 가족이 작성한 확인서는 이해관계 때문에 증명력이 제한될 수 있다. 실무에서는 확인서만 제출하는 방식이 위험하다. 확인서 내용이 계좌자료, 급여자료, 결재라인, 메신저, 이메일, 주주총회 자료 부재, 배당 부존재와 맞아야 한다.

이 사건에서 사실확인서가 힘을 가진 이유는 다른 자료와 방향이 맞았기 때문이다. 청구인이 단순 근로자였다는 사원명부, 근로계약서와 체불임금 확인서, 주주권 행사 자료 부재, 청구인 명의 OOO은행 계좌거래내역, 배당결의 부존재 확인서가 함께 존재했다. 확인서는 항상 증거 묶음의 일부로 설계해야 한다.

5. 처분청도 개정 후 문언에 맞는 사실조사가 필요하다

처분청 입장에서는 주주명부와 특수관계 지분 합산 자료만으로 처분하면 취소 위험이 있다. 이 사건처럼 개정 후 국세기본법 제39조 문언을 전제로 다투어지는 체납세액에서는 누가 법인 경영에 지배적인 영향력을 행사했는지까지 확인해야 한다.

확인할 자료는 단순하다. 법인계좌 접근권, 인감과 공동인증서 보관자, 홈택스 계정 관리자, 세금계산서 발행 지시자, 매출처 계약 협상자, 직원 채용과 급여 결정권자, 배당과 가지급금 귀속자, 주요 자금 출금 승인자다. 이 자료 없이 가족관계와 지분율만으로 처분하면 이 사건처럼 입증 부족 판단을 받을 수 있다.

6. 사내이사 퇴임 시점과 납세의무 성립일을 반드시 대조해야 한다

청구인은 과거 사내이사였지만 2019년에 퇴임했다. 쟁점 체납세액은 2024년과 2025년에 발생했다. 이 시간 간격은 중요하다. 제2차 납세의무는 체납처분 시점의 인상이 아니라 각 세목의 납세의무 성립일 현재의 지위와 영향력을 기준으로 본다.

실무에서는 법인등기부상 임원 변동일, 주주명부 기준일, 주식등변동상황명세서 제출 내용, 세목별 납세의무 성립일을 하나의 표로 맞추어야 한다. 과거에 임원이었더라도 쟁점 세액 성립일 전에 퇴임했고 실제 경영 관여가 없었다면 중요한 방어 포인트가 된다.

실무 체크리스트

제2차 납세의무자로 지정된 가족법인 주주 또는 임원을 검토할 때는 다음 순서로 사건 파일을 정리해야 한다.

1. 처분과 기준시점 확인

• 납부통지서의 처분일, 납부기한, 세목, 과세기간, 산출근거를 확인했는가
• 체납세액별 납세의무 성립일을 원천세, 부가가치세, 법인세 등 세목별로 분리했는가
• 각 납세의무 성립일에 적용되는 국세기본법 제39조 문언을 확인했는가
• 개정 전후 문언이 문제 된다면 적용 부칙과 납세의무 성립일의 관계를 법령자료로 확인했는가
• 제2차 납세의무 한도 계산에서 지분율과 실질 권리 행사 주식 수가 어떻게 반영되었는가

2. 지분과 특수관계 구조 확인

• 주주명부, 주식등변동상황명세서, 주식양수도계약서를 확보했는가
• 본인 지분율과 특수관계인 지분율을 구분해 정리했는가
• 가족관계증명서 등 특수관계 입증자료를 확인했는가
• 주금 납입일, 납입 계좌, 입금 직전 자금 출처를 추적했는가
• 명의자가 자기 자금으로 출자했는지, 제3자 자금이 명의자를 거쳐 법인에 들어갔는지 확인했는가

3. 임원 및 경영 관여 자료 확인

• 법인등기부상 대표이사, 사내이사, 감사 변동일을 표로 만들었는가
• 청구인이 임원이었다면 실제 결재, 계약, 채용, 급여 결정에 관여했는가
• 주주총회 의사록, 이사회 의사록, 결재 문서에 청구인의 서명 또는 지시가 있는가
• 법인 인감, 통장, 법인카드, 공동인증서, 홈택스 계정을 누가 관리했는가
• 매출처와 매입처가 실질 대표자로 누구를 인식했는지 확인할 자료가 있는가

4. 근로자성 자료 확인

• 근로계약서, 사원명부, 인사카드, 업무분장표를 확보했는가
• 출퇴근 기록, 업무일지, 현장 배치표, 이메일 또는 메신저 지시가 있는가
• 급여대장, 원천징수영수증, 4대 보험 가입내역을 확보했는가
• 급여 지급일과 지급액이 불규칙하다면 그 이유를 설명할 자료가 있는가
• 체불임금 확인서, 퇴직금 산정자료, 노동청 자료가 있는가

5. 경제적 이익과 자금 흐름 확인

• 배당 결의와 배당금 입금 내역이 있는가, 또는 배당결의 부존재 확인서 등 반대자료가 있는가
• 가지급금, 대여금, 법인카드, 차량, 접대비 등 경제적 이익이 명의자에게 귀속되었는가
• 법인계좌에서 청구인 개인계좌로 들어온 금액의 명목과 최종 귀속자를 확인했는가
• 청구인 계좌에서 법인으로 출금된 내역이 있는가
• 급여 외 금원이 있다면 대여금 상환, 비용 정산, 배당, 사외유출 중 무엇인지 구분했는가

6. 실제 운영자와 확인서 관리

• 실제 운영자로 지목되는 사람이 누구인지 특정했는가
• 그 사람이 대표이사, 실무 총괄자, 자금 승인자, 거래처 협상자로 행동한 자료가 있는가
• 사실확인서를 받을 때 작성일, 작성자 신분, 자필 기재, 인감 또는 서명, 첨부 신분자료를 갖추었는가
• 확인서 내용이 계좌자료, 급여자료, 메신저, 계약서와 맞는지 교차 검증했는가
• 가족이 작성한 확인서라면 이해관계에 따른 증명력 한계를 보완할 객관 자료가 있는가

7. 불복서면 작성 포인트

• “명의상 주주가 아니다”라는 결론보다 “경영 지배력 부재”를 중심으로 서술했는가
• 처분청 자료를 지분율 자료, 임원 등기 자료, 실제 경영 자료로 나누어 반박했는가
• 2020.12.22. 개정 전후 법령 차이를 명확히 설명했는가
• 대법원 판례상 입증책임과 엄격해석 법리를 함께 제시했는가
• 재조사보다 취소를 구하려면 처분청의 입증 부족과 청구인 측 반대자료가 충분한지 점검했는가

참고 자료

• 조세심판원 결정례 조심2026인1375, 2026.06.17., 취소 결정.
• 조세심판원 원문: 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분의 당부
• 국세기본법 제14조, 실질과세.
• 국세기본법 제39조, 출자자의 제2차 납세의무.
• 국세기본법 제65조 제1항 제3호 및 제80조의2, 심판청구 결정 관련 규정.
• 국세기본법 기본통칙 39-0…2, 과점주주 판단 관련 통칙.
• 청구인이 원문에서 인용한 판례: 대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결.
• 처분청이 원문에서 인용한 판례: 대법원 2004.10.14. 선고 2003두8418 판결, 대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결.
• 심판원이 원문에서 인용한 판례: 대법원 2026.3.12. 자 2025두35680 판결.
• 처분청이 원문에서 언급한 유사 심판례: 조심2025인3839, 2025.12.9.
• 원문 [참조결정] 및 [따른결정]: 기재 없음.

이 글은 공개된 조세심판원 결정문을 바탕으로 공인회계사 실무 관점에서 재구성한 분석이다. 공개 결정문에서 비식별 처리된 금액, 회사명, 계좌표의 세부 내용은 임의로 추정하지 않았다.