현금 인출만으로는 CSO 용역을 가공거래로 단정하기 어렵다 (조심2024서5332)

제약 영업대행은 제약회사, 1차 CSO(contract sales organization), 2차·3차 CSO와 병·의원이 연결되는 다단계 구조로 운영될 수 있다. 상위 업체가 실제 병·의원 접촉자를 늘 알고 있지 않고, EDI 자료와 수수료 정산은 여러 단계를 거쳐 올라간다. 이런 구조에서 하위 업체가 받은 돈을 현금으로 인출하고 인적·물적 시설까지 약해 보이면 세무조사는 쉽게 “도관업체를 거친 가공매입”이라는 방향으로 진행된다.

조심2024서5332는 의심스러운 정황이 많다는 사실과 가공거래라는 과세요건이 증명되었다는 결론을 구분한 결정이다. 조사청은 약 5개월간 조세범칙조사와 금융조사를 실시했고, 2차 CSO 아래 단계에서 고액 현금이 인출된 사실도 확인했다. 그러나 조세심판원은 그 현금이 청구법인이나 실경영자에게 돌아왔다는 객관적 연결고리, 2차 CSO가 용역을 하지 않았다는 직접 증거, 청구법인 직원이 문제 기간에 직접 영업했다는 정확한 재직기간 분석이 부족하다고 보았다. 반면 청구법인 측은 2차 CSO 실운영자의 의료·제약업계 경력, 병·의원 관련 자료, 금융흐름, 선행 결정 등을 결합해 실제 용역의 개연성을 높였다.

결론은 부가가치세와 법인세뿐 아니라 실경영자에 대한 상여 소득처분에 따른 소득금액변동통지까지 전부 취소였다. 다만 이 결정을 “현금 반환을 직접 촬영하지 못하면 언제나 납세자가 이긴다”는 식으로 읽어서는 안 된다. 실무상 핵심은 과세관청의 증명 정도와 납세자의 반증 자료를 거래 단계별로 대조하는 데 있다.

사건 개요

결정문 별지에 공개된 처분금액을 합산하면 A에 대한 부가가치세와 법인세는 2,486,640,970원, B에 대한 두 세목은 2,404,586,670원이다. 두 법인의 별지상 부가가치세·법인세 처분금액 합계는 4,891,227,640원이다. 여기에 B에 통지된 상여 소득금액 5,472,585,253원이 별도로 문제 되었다. 소득금액변동통지는 그 자체가 법인세 고지세액과 같은 금액은 아니며, 원천징수와 귀속자의 소득세 문제로 이어지는 별도의 효과를 가진다는 점을 구분해야 한다.

세부적으로 A의 부가가치세는 2018년 제2기와 2019년 제1기, 법인세는 2016～2019사업연도가 대상이었다. B의 부가가치세는 2019년 제1·2기부터 2022년 제1·2기까지, 법인세는 2019～2022사업연도가 대상이었다. B의 소득금액변동통지는 2019～2022년 귀속분이었다. 청구법인들은 2024.04.09. 이의신청을 거쳐 2024.09.13. 심판청구를 제기했다.

처분의 연쇄 효과

이 사건에서 하나의 사실판단은 세 가지 세무효과로 번졌다.

1. 실제 용역이 없다고 보면 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 되어 관련 매입세액이 불공제된다.
2. 실제 비용도 없다고 보면 공급가액 상당액의 손금산입이 부인되어 법인세가 증가한다.
3. 지급액이 사외로 유출되어 실경영자에게 돌아갔다고 보면 상여 소득처분과 소득금액변동통지가 뒤따른다.

이 사건처럼 현금 반환·상여 귀속이 과세 논리로 제시된 경우에는 용역 수행, 대가 산정, 자금 흐름과 귀속 쟁점을 분리해 검토해야 한다. 과세요건에 관한 과세관청의 원칙적 증명책임과 별개로, 납세자도 가능한 범위에서 용역 수행과 대가 산정·자금 흐름을 뒷받침할 반증자료를 준비할 필요가 있다.

거래 구조 및 사실관계 흐름도

[제약회사 T 등]
   │  ① 1차 마케팅 대행계약
   │  ② 품목별 1차 수수료 지급
   ▼
[청구법인 A·B: 1차 CSO]
   │  ③ 2차 CSO에 재위탁
   │  ④ 중간 수수료 마진 약 1～5%를 제외한 대가 지급
   ▼
[2차 CSO C·D·E / 실운영자 G]
   │  ⑤ 병·의원 영업 또는 하위 CSO에 재위탁
   │  ⑥ 일부 자금이 3차 CSO 또는 G 관련인 계좌로 이동
   ▼
[3차 CSO·영업조직] ───────→ [병·의원]
   ▲                               │
   └──── EDI 자료·영업실적 ───────┘

세금계산서 흐름: 3차 CSO → 2차 CSO → 청구법인 → 제약회사
수수료 지급 흐름: 제약회사 → 청구법인 → 2차 CSO → 하위 단계
조사청이 문제 삼은 흐름: 하위 단계 또는 G 관련 계좌 → ATM 현금 인출 → (F에게 반환되었다고 추정)
심판원이 확인한 단절: 현금 인출 이후 청구법인 또는 F에게 귀속되는 객관적 연결자료 부족

결정문이 설명한 정상 정산구조에서는 하위 CSO가 병·의원으로부터 확보한 EDI 자료를 상위 CSO에 제출하고, 사전 약정한 품목별 수수료율에 따라 대가가 아래로 지급된다. 세금계산서는 대가의 흐름과 반대 방향으로 올라간다. 조사청은 EDI 원본을 직접 취득한 자가 실제 용역 수행자라고 전제하고, 2차 CSO가 아니라 청구법인 소속 또는 하부 영업조직이 이를 취득했다고 보았다.

그러나 청구법인들은 자신들이 병·의원을 직접 영업하는 조직이 아니라 정산·관리 기능을 하는 1차 CSO이고, 2차 CSO 실운영자 G가 의료·제약업계의 장기간 네트워크를 이용해 영업했다고 주장했다. 또한 청구법인 직원으로 지목된 일부 인원은 문제 된 EDI를 취득한 시점에는 이미 퇴사해 별도 하위 CSO를 운영하고 있었다고 반박했다. 동일 인물이 과거에는 청구법인 직원이었고 이후에는 독립 CSO 대표였다는 시간축을 무시하면, 독립 후 활동까지 청구법인의 직접 활동으로 잘못 분류할 수 있다는 주장이다.

조사부터 결정까지의 사실관계 흐름

2016년 제2기～2022년 제2기
청구법인들이 2차 CSO 세금계산서를 수취하고 매입세액 공제·손금산입
        ↓
2023.08.17.～2023.12.31.
서울지방국세청 조세범칙조사 및 관련인·계좌 조사
        ↓
2024년 1～2월
부가가치세·법인세 경정고지 및 상여 소득금액변동통지
        ↓
2024.04.09.
이의신청
        ↓
2024.09.13.
심판청구
        ↓
2026.06.24.
조세심판원: 쟁점 용역의 실제 공급이 인정된다고 보아 처분 전부 취소

처분청은 F 등 관련자를 조세범 처벌법 위반 혐의로 고발했고, 처분청 의견 제출 당시 검찰 수사가 진행 중이라고 밝혔다. 그러나 이 결정은 형사사건의 유·무죄를 판단한 것이 아니다. 공개 결정문에는 이후 형사절차의 최종 결과가 적혀 있지 않다. 조세심판에서 과세처분이 취소되었다는 사실만으로 형사절차의 결론까지 단정해서는 안 된다.

핵심 쟁점

1. 2차 CSO가 실제 마케팅대행용역을 공급했는가

쟁점세금계산서가 실제 공급에 대응하려면 C·D·E가 계약상 역할을 수행한 실질 공급자여야 한다. 조사청은 이 회사들이 인력·사무실·하위 영업조직을 제대로 갖추지 못했고 EDI 원본도 취득하지 않았으므로 자금세탁을 위한 도관에 불과하다고 보았다. 반면 청구법인들은 실운영자 G 개인의 장기간 업계 경력과 네트워크, 병·의원 확인자료, 전수조사 자료를 근거로 실제 용역 수행능력과 수행사실을 주장했다.

이 쟁점에서는 “상근 직원 수”만으로 공급능력을 평가할 수 있는지가 중요하다. 관계 형성과 소개, 정산, 하위 영업조직 관리가 핵심인 용역은 제조업과 같은 설비를 필요로 하지 않을 수 있다. 그렇다고 업계 인맥만으로 모든 거래가 실제가 되는 것도 아니다. 공급능력은 계약별 수행내역, 병·의원별 실적, 정산자료와 함께 보아야 한다.

2. 하위 단계에서 인출된 현금이 청구법인 실경영자 F에게 반환되었는가

금융추적 결과 G 관련인 차명계좌나 3차 CSO 법인계좌에서 고액 현금이 인출된 사실 자체는 다툼의 중심에 있었다. 문제는 인출자가 누구인지보다 인출 후 최종 귀속자가 누구인지였다. 처분청은 O의 진술을 통해 G가 현금을 F에게 되돌려주었다고 보았다. 청구법인들은 O가 전달 장면을 본 사람이 아니고 G에게 들었다는 취지로 진술했을 뿐이며, 주기·장소·금액도 특정하지 못했다고 반박했다.

심판원은 현금 인출이라는 비정상 정황과 F에게 반환되었다는 과세요건 사이에 객관적 연결이 부족하다고 판단했다. 현금이 G의 생활반경에 있는 ATM에서 인출되었다는 사정은 G의 지배 가능성을 보여줄 수 있지만, 그 현금이 그 뒤 누구에게 전달되었는지는 별도의 증명 문제다.

3. 청구법인이 실제 영업을 직접 수행했는가

처분청은 제약회사 출신인 M·K·V 등이 EDI 원본을 직접 받아 청구법인에게 제출했으므로 청구법인이 직접 영업했다고 보았다. 청구법인들은 이들이 청구법인에서 퇴사한 뒤 별도 2차 CSO를 설립했고, 결정문상 직접 EDI를 받은 기간도 독립 이후라고 주장했다. 심판원은 재직기간과 독립 후 활동기간을 구분해 청구법인 측 설명에 무게를 두었다.

실무적으로는 사람의 소속을 이름만으로 분류해서는 안 된다. 근로계약 종료일, 법인 설립일, 사업자등록일, 해당 EDI의 발생월, 세금계산서 발급월, 수수료 귀속월을 한 표에 놓고 보아야 한다.

4. 실지 용역 인정이 세목별 처분에 어떤 영향을 미치는가

쟁점 용역이 실제라면 부가가치세법상 사실과 다른 세금계산서라는 전제가 무너지고, 사업 관련 비용이 아니라는 법인세 손금부인 전제도 흔들린다. 지급액이 F에게 되돌아갔다는 사실까지 입증되지 않았다면 상여 소득처분의 사실적 기초도 남기 어렵다. 심판원은 이러한 파생 처분을 따로 일부 유지하지 않고 모두 취소했다.

처분청 주장

처분청 주장은 공급능력, EDI 자료, 자금흐름, 관계인 진술, 정산업체 변경을 결합한 구조였다.

1. 2차 CSO는 도관업체라는 주장

처분청은 2차 CSO들에게 병·의원 영업을 수행할 인적·물적 시설이 없고, 직원이나 외주인력으로 신고된 사람도 실제 근무·용역 사실이 확인되지 않았다고 보았다. D의 세금계산서 발급에 관여한 O가 EDI 원본이 아니라 전달받은 숫자만으로 세금계산서를 발급했다고 진술한 점도 들었다. C·D 등의 매입·매출이 다른 세무조사에서 가공으로 확정되었거나 당사자들이 불복하지 않았다는 사정도 제시했다.

2. EDI 원본 취득자가 실제 공급자라는 주장

정상적인 CSO 구조라면 병·의원에서 EDI 자료를 취득한 하위 조직이 상위 조직에 제출하고 수수료를 청구한다. 처분청은 청구법인의 영업조직이 전국에 산재한 연평균 320여 개 병·의원의 EDI 자료를 직접 취득·제출했다고 보았다. 따라서 2차 CSO 명의로 정산하고 세금계산서를 발급한 것은 실제 수행자와 세금계산서상 공급자가 다른 구조라는 논리였다.

3. 정산업체가 인위적으로 바뀌었다는 주장

특정 병·의원과 영업담당자의 관계는 쉽게 변하지 않는데도 월별 수수료 정산업체가 짧은 기간에 반복 변경된 사실을 조사청은 조작 정황으로 평가했다. 병·의원 원장이 특정 영업담당자에게 계속 EDI를 줬다고 진술한 사례와 정산자료상 CSO 업체가 바뀐 사례를 대조했다.

4. 현금 반환과 공모가 있었다는 주장

자금은 청구법인에서 2차 CSO, 3차 CSO 또는 G 관련인 계좌로 이동한 뒤 현금으로 인출되었다. 조사청은 2022년경 세무조사를 계기로 G 관련인 차명계좌에서 인출하던 방식이 3차 CSO 법인계좌에서 직접 인출하는 방식으로 바뀌었다고 보았다. O가 G로부터 현금을 F에게 전달했다는 말을 들었다고 진술한 점을 근거로, F·G·O·3차 CSO 관계자가 통정해 가공세금계산서를 수수했다고 판단했다.

5. 청구법인 제출 확인서는 신뢰하기 어렵다는 주장

처분청은 불복단계에서 제출된 병·의원 원장 확인서가 사후 작성되었고, 일부 내용은 기존 정산자료와 모순된다고 주장했다. 또한 동일한 2차 CSO를 다룬 선행 심판결정이 일부 메신저 대화나 가족의 근무사실을 잘못 평가했다고 반박했다. 즉 선행 결정만으로 이 사건의 모든 거래가 정상이라고 볼 수 없다는 입장이었다.

처분청 논리의 강점은 개별 정황을 하나의 거래 시나리오로 연결했다는 데 있다. 그러나 그 시나리오의 가장 중요한 마지막 고리, 즉 인출된 현금이 F에게 돌아갔다는 객관 자료가 약했다. 또 “누가 EDI를 받았는가”에 관한 조사도 담당자의 소속 변동 시점을 정확히 분리하지 못했다는 문제가 남았다.

청구인 주장

1. 금융추적에서 대금 반환이 확인되지 않았다는 주장

청구법인들은 세금계산서 수취와 거래대금 계좌이체가 확인되는 반면, 지급액이 F나 F 가족에게 돌아온 거래는 한 건도 확인되지 않았다고 주장했다. 조사청은 F의 가족과 관련자 계좌까지 장기간 조사했지만 G 측 계좌와 G의 생활반경에서 현금이 인출된 사실만 확인했다는 것이다. 청구법인들은 이를 “G가 자금을 집행한 것”과 “F가 자금을 돌려받은 것”을 구별해야 하는 문제로 제시했다.

2. O의 진술은 전문진술에 가깝다는 주장

O는 현금 전달을 직접 본 사람이 아니며 G에게 들었다는 취지로 말했고, 전달 일시·장소·금액도 특정하지 못했다. 반면 거래당사자인 G는 현금을 F에게 전달하지 않았고 자신이 집행했다고 진술·확인했다. 청구법인들은 처분청이 과세에 유리한 진술만 받아들였다고 비판했다.

3. G에게 충분한 영업능력이 있었다는 주장

G는 의학전문 인터넷신문 발행인, 2009년부터 2024년 6월까지 177회 발간된 전문 저널 편집인, 1978년 설립된 관련 단체의 이사로 활동한 것으로 결정문에 나타난다. 청구법인들은 이러한 경력을 통해 G가 제약회사, 보건소, 지역 병·의원에 폭넓은 네트워크를 보유했다고 주장했다. 2차 CSO의 급여 인원이나 사무공간만으로 공급능력을 부정할 수 없다는 논리다.

4. 청구법인 직원의 직접 영업이라는 판단은 시간축 오류라는 주장

M·K·N 등은 G 거래처를 청구법인 직원 자격으로 영업하지 않았다는 확인서를 냈다. 특히 K 등 일부 인원은 청구법인에서 퇴사한 뒤 독립 CSO를 운영했다. 조사청이 병·의원에서 확인한 EDI 전달기간이 독립 후라면, 이를 청구법인의 직접 수행으로 돌릴 수 없다는 주장이다.

5. 동일 공급자를 다룬 선행 결정과 다른 조사결과가 있다는 주장

청구법인들은 동일한 C로부터 같은 유형의 용역을 공급받은 다른 정산대행업체 사건에서 정상거래가 인정되었고, 조세심판원도 2024.08.19. 조심2023구10738에서 C를 실질 공급자로 판단했다고 들었다. 전주세무서가 현장조사를 포함해 C와 다른 1차 CSO 사이 거래를 정상으로 본 사실도 제시했다.

다만 다른 납세자에 대한 조사결과나 심판결정이 이 사건을 법적으로 자동 결정하지는 않는다. 청구법인에게 유리한 비교자료가 되려면 공급자, 수행인력, 병·의원, 기간, 정산방식이 실제로 같다는 점을 함께 보여야 한다.

관련 법령

결정문은 국세기본법 제16조, 부가가치세법 제11조·제32조·제39조, 법인세법 제19조 및 법인세법 시행령 제19조를 제시했다. 아래 설명은 이 사건에서 각 조문이 수행한 기능에 초점을 둔다. 거래기간이 2016～2022년에 걸쳐 있으므로 실제 신고 검토에서는 각 과세기간에 적용되는 당시 조문을 국가법령정보센터의 연혁법령으로 다시 확인해야 한다.

1. 국세기본법 제16조: 근거과세

납세자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있으면 과세표준의 조사·결정은 장부와 관계 증거자료에 따라야 한다. 장부가 사실과 다르거나 누락이 있으면 그 부분을 조사한 사실에 따라 결정할 수 있고, 장부와 다른 결정을 했다면 조사 사실과 결정 근거를 결정서에 적어야 한다.

이 사건에서 근거과세는 단지 “장부가 있으니 납세자가 옳다”는 의미가 아니다. 세금계산서와 계좌이체가 있는 장부상 거래를 부인하려면, 그 외형과 다른 실질을 보여주는 조사자료가 필요하다는 출발점이다. 현금 인출과 관계인 진술은 조사자료가 될 수 있지만, 인출 후 귀속과 진술의 구체성까지 검증되어야 한다.

2. 부가가치세법 제11조: 용역의 공급

용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 역무를 제공하거나 시설물·권리 등 재화를 사용하게 하는 것을 포함한다. CSO 마케팅은 유형물의 인도보다 병·의원 접촉, 정보 전달, 실적 관리, 하위 조직 관리와 정산이라는 활동으로 나타날 수 있다. 따라서 창고나 생산설비가 없다는 사실만으로 공급을 부정하기 어렵고, 계약상 역할이 실제 수행되었는지를 보아야 한다.

3. 부가가치세법 제32조: 세금계산서

사업자가 재화 또는 용역을 공급하면 공급자와 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성일자 등 필요사항을 적은 세금계산서를 발급해야 한다. 이 사건의 핵심은 문서가 발급되었는지가 아니라 세금계산서상 C·D·E가 실제 공급자인지였다.

4. 부가가치세법 제39조 제1항 제2호: 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 불공제

필요적 기재사항이 적히지 않았거나 사실과 다르게 적힌 세금계산서의 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않는다. 실제 용역이 전혀 없는 가공거래라면 당연히 문제가 되고, 용역은 있었지만 공급자 명의가 실제와 다른 경우도 별도 검토가 필요하다.

심판원은 특정 거래가 실질적 용역 없이 명목상 이루어졌다는 이유로 세금계산서를 사실과 다르다고 보는 경우 그 점에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 전제했다. 이 사건에서는 현금이 F에게 돌아왔다는 객관 자료 부족, G의 공급능력, 직원들의 독립 시점, 전수조사 자료가 과세관청의 증명을 흔들었다.

5. 법인세법 제19조 및 같은 법 시행령 제19조: 손금의 범위

법인세법 제19조는 순자산을 감소시키는 손실·비용 중 사업과 관련해 발생하거나 지출된 통상적인 비용 또는 수익과 직접 관련된 비용을 손금으로 본다. 시행령 제19조는 판매수당 등 판매 관련 부대비용을 손비의 예로 들고 있다.

실제 CSO 마케팅용역을 제공받고 그 대가를 지급했다면 제약회사에서 수취하는 수수료 매출과 대응하는 판매 관련 비용으로 볼 여지가 크다. 반대로 용역 없이 세금계산서만 받고 돈이 실경영자에게 환급되었다면 사업 관련 손비가 아니다. 결국 법인세 쟁점도 부가가치세와 마찬가지로 용역 수행과 자금의 최종 귀속에 달려 있었다.

6. 상여 소득처분과의 관계

공개 결정문은 관련 법령 부분에 소득처분 조문을 별도로 싣지 않았으므로 여기서 조문 번호나 적용 문언을 추가로 단정하지 않는다. 다만 사실관계상 처분청은 쟁점 공급대가가 F에게 귀속되었다고 보아 상여 처리했다. 심판원이 용역 공급을 인정하고 현금의 F 귀속도 객관적으로 입증되지 않았다고 보면서 그에 따른 소득금액변동통지도 함께 취소한 구조다.

심판원 판단 단계별 분석

1단계: 과세관청이 먼저 가공거래를 증명해야 한다고 출발했다

심판원은 “실질적인 용역 제공이 없는 명목상 거래”라는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 하려면 과세관청이 그 점을 증명하는 것이 원칙이라고 밝혔다. 이는 납세자가 계약서와 계좌이체만 내면 언제나 충분하다는 뜻은 아니다. 과세관청이 가공 정황을 상당한 정도로 제시하면 자료 접근성이 높은 납세자에게 구체적인 거래 입증이 요구될 수 있다. 다만 이 사건에서는 처분청이 제시한 핵심 정황 자체에 중요한 공백이 있었다.

2단계: 현금 인출과 F에게의 반환을 구분했다

G 관련인 계좌나 3차 CSO 계좌에서 현금이 인출되었다는 사실은 확인되었다. 그러나 O는 전달을 직접 목격하지 않았고 G에게 들은 내용을 말한 것으로 보였다. 전달의 주기, 장소, 금액도 특정되지 않았다. G는 자신이 쟁점금액을 집행했다고 진술하고 같은 취지의 확인서를 냈다.

심판원은 어느 진술이 추상적으로 더 믿을 만한지를 선언하기보다, 금융자료가 어느 지점까지 추적되었는지를 보았다. 계좌에서 현금이 빠져나간 지점과 그 현금이 청구법인 또는 F에게 들어간 지점 사이가 객관 자료로 연결되지 않았다. 가공매입을 통한 비자금 조성이라는 과세 논리에서 가장 중요한 최종 귀속이 증명되지 않았다고 본 것이다.

이 대목의 실무적 의미는 명확하다. 대금 지급 후 상대방이 즉시 현금화했다는 사실은 위험 신호이지만, 그것만으로 지급자가 돈을 반환받았다고 단정할 수는 없다. 인출자 동선, 통화기록, 전달 장소의 영상, 수령자 계좌의 대체 입금, 개인 지출, 장부외 현금 사용처, 직접 목격 진술처럼 후속 연결자료가 필요하다.

3단계: 2차 CSO의 공급능력을 업종 특성에 맞게 평가했다

처분청은 상근 인력과 물적 시설 부족을 강조했다. 심판원은 G가 의학전문 인터넷신문 발행인, 장기간 발간된 전문 저널 편집인, 관련 단체 이사로 활동했고 의료인·제약사와 연결되어 있었다는 자료를 보았다. 이를 통해 병·의원 마케팅을 수행할 능력을 충분히 갖춘 것으로 평가했다.

여기서 “업계 인맥”은 거래 수행사실의 직접 증거라기보다 공급불능이라는 처분청 전제를 반박하는 자료다. G에게 능력이 있다는 사실만으로 매월 모든 병·의원 용역이 증명되는 것은 아니다. 이 결정에서도 공급능력은 선행사건, 병·의원 자료, 전수조사 자료와 결합되어 판단되었다. 실무자는 경력자료만 내는 데 그치지 말고 해당 경력이 개별 거래 실적으로 전환된 흔적까지 보여야 한다.

4단계: 영업담당자의 소속을 거래 발생시점별로 다시 보았다

처분청은 M·K·V가 청구법인 소속 직원으로서 EDI를 직접 받았다고 주장했다. 심판원은 이들이 A에서 퇴사한 뒤 별도 2차 CSO를 설립했고, 직접 EDI를 받은 기간도 독립 이후로 보인다는 점을 확인했다. 동일 인물이 과거에 A 직원이었다는 사실만으로 이후 독립사업자로 한 활동을 A의 활동으로 귀속시키기 어렵다고 본 것이다.

이 판단은 인력 중심 서비스업 조사에서 자주 놓치는 부분을 보여준다. 사람과 거래처가 같아도 법률상·경제상 지위는 시기별로 달라질 수 있다. 지급명세서, 4대보험, 퇴직금, 법인등기, 사업자등록, 하위 CSO 계약서와 월별 EDI를 한 타임라인에 놓아야 한다.

5단계: 같은 공급자를 다룬 선행 결정과 다른 정상거래 판단을 보강자료로 삼았다

심판원은 조심2023구10738(2024.08.19.)에서 동일한 2차 CSO 중 C와 G의 경력 등을 검토해 C를 실질 공급자로 판단한 사실을 들었다. 전주세무서도 현장조사를 거쳐 C가 다른 1차 CSO에 정상적으로 용역을 제공했다고 결정한 사실을 고려했다.

이 자료들은 이 사건에 법적으로 기속되는 판결이 아니라 사실인정의 일관성을 보강하는 자료로 기능했다. 처분청은 선행 결정의 일부 사실인정이 잘못되었다고 반박했지만, 심판원은 현재 사건의 다른 증거들과 함께 볼 때 C의 공급실체를 인정하는 방향으로 평가했다.

6단계: 심판관회의에서 낸 전수조사 자료를 최종 보강자료로 보았다

청구법인들은 심판관회의에 출석해 2차 CSO가 병·의원을 상대로 영업했다는 점을 보여주는 전수조사 자료를 제출했다. 공개 결정문에는 그 표의 상세 항목이 비실명 처리되어 있어 외부 독자가 정확한 병·의원별 내용을 재검증하기는 어렵다. 다만 심판원은 표본 몇 건의 확인서가 아니라 전체 거래처를 대상으로 정리한 자료라는 점을 실제 용역 인정의 보강사유로 명시했다.

실무적으로 “전수조사”는 단순한 확인서 묶음이어서는 안 된다. 병·의원별 담당자, 담당기간, EDI 발생월, 전달경로, 2차 CSO 또는 하위 담당자, 정산금액, 세금계산서, 대금 지급일을 일대일로 연결한 표가 되어야 한다. 서로 모순되는 건은 숨기기보다 변경 사유와 근거를 별도 표시해야 신뢰도가 높다.

7단계: 실지 용역을 인정하고 모든 파생 처분을 취소했다

심판원은 위 사정을 종합해 2차 CSO들이 계약에 따른 마케팅대행용역을 공급한 것으로 보았다. 이에 따라 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 한 부가가치세와 법인세 부과, F 상여로 본 소득금액변동통지를 모두 취소했다.

결정의 논리는 하나의 결정적 증거보다 증거의 누적에 있다. 과세관청 증거에서는 현금 최종 귀속과 직접 영업자의 소속 시점에 공백이 있었고, 납세자 증거에서는 G의 공급능력, 계좌 지급, 직원 독립 시점, 선행 정상거래 판단, 병·의원 전수자료가 서로 보완했다.

과거 결정례 또는 판례 비교

현재 결정문은 참조결정으로 국심2006서3198과 조심2018전0502를 명시했다. 두 결정의 조세심판원 공개 원문을 확인해 비교했다. 또한 현재 결정문이 동일 CSO 관련 선행사건으로 직접 언급한 조심2023구10738은 현재 결정문이 인용한 사실과 판단 범위 안에서만 비교했다. 공개 검색에서 별도 원문 식별정보를 확정하지 못한 세부사항은 확대해 쓰지 않았다.

국심2006서3198과의 비교

국심2006서3198은 모피·피혁의류 거래였다. 과세관청은 매입처가 부분 자료상이고, 청구법인이 이체한 돈이 불과 수분 안에 현금으로 인출된 점을 금융조작 정황으로 보았다. 그러나 심판원은 상품거래약정, 샘플과 작업지시, 검수·납품, 품목별 수불, 백화점·대리점 매출과 금융자료를 종합했다. 매입처가 돈을 청구법인에 되돌려준 사실도 없었다. 그래서 거래상대방이 어려운 자금사정 때문에 입금 직후 인출했다는 사실만으로 전체 거래를 가공으로 볼 수 없다고 판단했다.

현재 사건과 공통점은 “현금화”와 “환류”를 구분했다는 점이다. 차이점은 2006년 결정은 의류라는 유형물의 수불과 후속 매출이 있었지만, 현재 사건은 마케팅이라는 무형용역이어서 공급 흔적이 더 분산된다는 점이다. 따라서 현재 사건에서는 병·의원별 EDI, 담당자와 기간, 정산표 같은 대체 증거가 중요했다.

국심2006서3198의 관련 조문은 당시 부가가치세법 제17조였다. 현행 체계의 조문 번호와 그대로 같다고 보아서는 안 되며, 현재 사건은 부가가치세법 제39조를 중심으로 판단했다.

조심2018전0502와의 비교

조심2018전0502에서 과세관청은 철강재 매입의 일부가 가공이고 차명계좌나 현금으로 반환되었다고 보았다. 핵심 자료는 대표이사가 작성한 확인서였다. 하지만 확인서의 세금계산서 합계와 실제 입금액에 오류가 있었고, 반환받았다고 본 금액에 대한 객관 증빙도 없었다. 반면 매입처별 세금계산서합계표, 계좌이체, 철근 매입·매출 물량, 거래처별 판매내역, 미지급 물품대금에 관한 법원 지급명령이 있었다. 심판원은 신뢰하기 어려운 확인서 하나로 거래를 부인하기 어렵다고 보았다.

현재 사건의 O 진술도 비슷한 검증을 받았다. 직접 목격인지, 전달받은 말인지, 일시·장소·금액이 특정되는지, 금융자료와 일치하는지를 확인해야 했다. 다만 2018년 결정에는 확인서 자체의 수치 오류가 명확했고 유형물의 물량자료가 존재했다. 현재 사건에서는 전문진술의 한계와 현금 귀속의 단절, 무형용역 수행자료가 결합되었다는 차이가 있다.

선행 CSO 결정은 어떻게 써야 하는가

동일 공급자 C와 실운영자 G가 이미 다른 사건에서 실질 공급자로 인정되었다는 점은 강한 보강자료다. 그러나 선행 결정은 거래상대방이 다르면 자동으로 적용되지 않는다. 실무자는 최소한 다음을 비교해야 한다.

• C가 담당한 병·의원과 품목이 같은가
• 문제 된 기간과 실제 담당자의 재직·외주 기간이 겹치는가
• 수수료율과 정산방식이 같은가
• 대금이 이동한 하위 계좌와 현금 인출 패턴이 같은가
• 선행사건에서 인정된 인력·메신저·병·의원 자료가 현재 거래에도 연결되는가

이 요건이 맞지 않으면 “같은 업체가 다른 거래에서 정상으로 인정되었다”는 사실은 제한적인 참고자료에 그친다.

실무 시사점

1. 현금 인출은 강한 위험 신호지만 가공거래의 완결된 증명은 아니다

거래처가 대금을 받은 직후 현금화하면 조사 리스크가 매우 커진다. 특히 차명계좌, 자료상 의심 업체, 반복적인 ATM 인출이 결합되면 정상거래 설명은 어려워진다. 이 사건처럼 지급자에 대한 현금 반환을 과세 논리로 삼는 경우에는 인출 사실과 반환 사실을 구분해 보아야 하고, 반환·귀속이라는 과세요건은 원칙적으로 과세관청이 증명해야 한다. 다만 납세자도 가능한 범위에서 수수료 재지급, 급여, 외주비, 병·의원 영업비 등 거래처의 자금 사용자료를 확보하면 그 과세 논리를 반박하는 데 도움이 된다.

2. 무형용역은 산출물을 거래 건별로 설계해야 한다

CSO 용역은 제품 입고증처럼 단일한 물증이 없을 수 있다. 그래서 계약서, EDI, 담당자 기록, 월별 정산서, 병·의원 확인, 통화·메신저, 방문일지, 하위 업체 세금계산서가 서로 맞물려야 한다. 계약서에 “마케팅 업무 일체”라고만 적으면 조사 때 도움이 적다. 병·의원 개척, 관계 유지, 제품정보 전달, EDI 수집·전달, 하위 조직 관리, 실적 이의처리 등 실제 역할을 구분해야 한다.

3. 공급능력과 실제 공급은 구별해 입증해야 한다

G의 경력과 업계 네트워크는 시설 부족 주장을 반박하는 데 효과적이었다. 하지만 공급능력은 가능성이고 실제 공급은 이행의 문제다. 이력서·협회 직책·언론 경력과 함께 월별 담당 병·의원, 담당자, 수행내역, 정산금액을 제출해야 한다. 능력 자료만으로는 다른 사건에서 결론이 달라질 수 있다.

4. 담당자의 소속 변동을 월 단위로 관리해야 한다

영업직원이 퇴사해 독립 CSO를 만드는 업종에서는 과거 소속만 보고 거래를 귀속시키는 오류가 생긴다. 퇴사일과 새 법인 설립일 사이 공백, 겸업 여부, 기존 거래처 이관 조건, 수수료 귀속 기준을 문서화해야 한다. 같은 사람이 같은 병·의원을 계속 관리하더라도, 어느 시점부터 자기 계산과 책임으로 일했는지가 분명해야 한다.

5. 확인서는 작성자가 아니라 내용의 검증 가능성으로 평가된다

조사 단계 확인서든 불복 단계 확인서든 일시, 장소, 상대방, 금액, 직접 경험 여부가 구체적이어야 한다. “누가 현금을 줬다고 들었다”는 진술은 직접 목격 진술보다 약하다. 반대로 납세자가 사후에 받은 병·의원 확인서도 정산자료와 맞지 않으면 신뢰를 잃는다. 확인서에는 근거가 된 EDI 월, 담당자, 전달방법을 붙여야 한다.

6. 다른 납세자의 정상 판정은 비교표가 있어야 힘을 가진다

같은 공급자에 대한 다른 세무서의 조사 종결이나 심판원 인용결정은 유용하다. 하지만 사건번호만 제출해서는 부족하다. 공급기간, 수행인력, 거래처, 계약서, 자금흐름, 과세관청의 부인사유가 현재 사건과 얼마나 같은지를 표로 만들어야 한다. 반대로 상대 업체가 불복하지 않아 과세가 확정되었다는 사실도 현재 납세자의 거래가 가공이라는 직접 증거는 아니다.

7. 부가가치세·법인세·상여를 별도 방어선으로 나눠야 한다

세금계산서 공급자 문제가 남더라도 비용 자체의 발생이 입증될 수 있고, 비용 부인이 유지되더라도 대표자 귀속이 입증되지 않을 수 있다. 조사 대응서에는 다음 예비 주장을 분리해 두는 것이 안전하다.

• 주위적 주장: 세금계산서상 공급자가 실제 용역을 제공했으므로 매입세액과 손금을 모두 인정해야 한다.
• 예비적 검토: 용역 수행자는 존재하고 비용도 실제 발생했으므로 전액 손금부인은 부당하다.
• 별도 주장: 지급액이 대표자에게 귀속되었다는 증거가 없으므로 상여 소득처분은 유지될 수 없다.

구체적 법적 주장은 사건별 사실과 적용연도 법령을 검토해 구성해야 한다.

실제 대응 중심 실무 체크리스트

A. 계약과 공급자 실체

• 제약회사–1차 CSO–2차 CSO–3차 CSO의 계약서를 단계별로 모두 확보했는가
• 각 계약서에 병·의원 개척, 제품정보 전달, EDI 수집, 정산, 민원처리 등 역할이 구체적으로 구분되어 있는가
• 품목별 수수료율, 중간 마진, 정산 기준일과 환수 조건이 문서화되어 있는가
• 2차 CSO의 사업자등록, 법인등기, 사무실, 연락처, 사용 계좌를 거래 개시 시점 기준으로 확인했는가
• 대표자 또는 실운영자의 제약·의료업계 경력과 병·의원 네트워크를 객관 자료로 보관했는가
• 공급능력 자료와 별도로 개별 병·의원에 실제 용역을 수행한 자료가 있는가

B. 월별 용역 수행과 EDI 연결

• 병·의원별로 월, 품목, EDI 실적, 담당자, 담당 CSO, 정산금액을 한 행으로 정리했는가
• EDI 원본의 최초 수령자, 전달일, 전달수단, 상위 CSO 수령자를 추적할 수 있는가
• 이메일·메신저·파일명·수정일 등 전달 흔적이 원본 자료와 일치하는가
• 정산업체가 바뀐 병·의원은 변경일, 변경 사유, 인수인계자와 승인자를 기록했는가
• 동일 병·의원을 여러 업체가 중복 청구하지 않았는지 전수 대사했는가
• 병·의원 확인서를 받을 때 해당 월, 담당자, EDI 전달방법을 구체적으로 적었는가
• 확인서 내용이 기존 세금계산서·정산표와 모순되지 않는지 제출 전에 대사했는가

C. 인력과 소속기간

• 영업담당자별 입사일·퇴사일·독립사업 개시일·법인 설립일을 월별 타임라인으로 만들었는가
• 근로소득·사업소득 지급명세서, 4대보험, 급여이체, 외주계약이 같은 소속을 가리키는가
• 퇴사자가 기존 거래처를 이어받았다면 거래처 이관합의와 수수료 귀속 기준이 있는가
• 겸업이나 공동영업 기간에는 업무와 수수료 배분근거가 있는가
• 조사청이 “청구법인 직원”이라고 분류한 사람의 문제 거래월 실제 지위를 반박할 자료가 있는가

D. 세금계산서와 정산

• 세금계산서 공급가액이 월별 EDI 실적 × 계약 수수료율과 일치하는가
• 정산서 합계와 전자세금계산서 공급가액, 회계전표, 계좌이체가 일치하는가
• 수정·소급 정산이 있으면 원인, 승인자, 수정세금계산서 발급 여부가 기록되어 있는가
• 숫자만 전달받아 세금계산서를 발급한 것으로 보일 위험이 없도록 기초 EDI와 계산식을 함께 보관했는가
• 1차 CSO의 중간 마진이 계약과 업계 역할에 비추어 설명 가능한가

E. 자금흐름과 반환 의혹

• 청구법인 계좌에서 세금계산서상 공급자 계좌로 지급된 일자·금액을 건별로 대사했는가
• 공급자가 받은 돈이 하위 업체, 직원, 프리랜서에게 지급된 내역을 가능한 범위에서 확보했는가
• 거래처가 입금 직후 현금 인출을 반복한다면 그 사유와 사용처에 대한 설명자료가 있는가
• 청구법인, 대표자, 임직원, 가족 계좌로 동일·유사 금액이 되돌아온 내역이 없는지 선제 검토했는가
• 현금 반환 의혹이 제기되면 인출 일시·ATM 위치·통화·회의·출장 동선을 함께 분석했는가
• 과세관청이 특정한 반환 의심 거래에 대응할 때 확인 가능한 계좌 범위와 기간을 명확히 제시할 수 있는가

F. 진술과 확인서

• 진술자가 직접 본 사실과 제삼자에게 들은 사실을 구분했는가
• 현금 전달 주장에는 일시, 장소, 금액, 포장·운반 방식, 참석자가 특정되어 있는가
• 진술 내용이 계좌·통신·출장 자료와 일치하는가
• 조사 확인서의 숫자, 과세기간, 거래처, 계좌번호를 원자료와 대조했는가
• 잘못된 확인서에는 단순 번복문이 아니라 오류 항목별 원자료와 정정 사유를 붙였는가
• 관계인에게 연락할 때 회유나 진술오염으로 오해받지 않도록 세무·법률대리인과 절차를 정했는가

G. 불복자료 구성

• 과세관청의 주장마다 ‘주장–근거–반증–원자료 위치’를 표로 만들었는가
• 표본 확인서에 그치지 않고 전체 병·의원·전체 거래월을 대상으로 전수표를 작성했는가
• 유리한 거래뿐 아니라 담당자 변경, 누락, 금액 차이 같은 예외 건도 설명했는가
• 동일 공급자의 과거 심판결정·조사결과를 현재 사건과 기간·거래처·인력별로 비교했는가
• 부가가치세 매입세액, 법인세 손금, 상여 귀속을 각각 별도 쟁점으로 구성했는가
• 형사 고발이 병행되면 세무상 진술이 형사절차와 충돌하지 않도록 별도 법률 검토를 받았는가
• 각 과세기간에 적용되는 당시 법령과 신고서·원장을 연도별로 확인했는가

결론

조심2024서5332의 핵심은 “현금 인출이 있었으므로 가공”이라는 단선적 추론을 거부한 데 있다. 이 사건에서 처분청이 제시한 과세 논리를 뒷받침하려면 하위 계좌의 현금 인출뿐 아니라 그 현금이 F에게 반환되었다는 주장, 2차 CSO가 용역을 수행하지 않았다는 주장, EDI 취득자의 문제 기간 소속이 구체적 자료로 서로 연결되어야 했다. 심판원은 이러한 연결이 충분하지 않았다고 보았다.

동시에 납세자가 단지 과세관청의 증명 부족만 기다린 사건도 아니다. G의 업계 경력과 네트워크, 담당자의 독립 시점, 같은 공급자에 관한 선행 판단, 병·의원 전수자료가 함께 제출되었다. 취소 결론은 과세근거의 공백과 납세자 반증의 누적이 만난 결과다.

CSO나 플랫폼, 정산대행, 다단계 외주처럼 실제 수행자가 여러 층에 분산되는 업종은 거래 당시부터 “누가, 언제, 어느 고객에게, 무엇을 했고, 그 대가가 어떻게 계산·지급되었는가”를 월별로 남겨야 한다. 조사 이후 만든 포괄적 확인서보다 평소 축적된 원시 자료 한 건이 더 강할 수 있다.

참고 자료

• 조세심판원 조심2024서5332 결정문, 2026.06.24., 취소
• 조세심판원 조심2018전0502 결정문, 2018.04.16., 취소
• 조세심판원 국심2006서3198 결정문, 2007.12.20., 취소
• 조심2023구10738, 2024.08.19. — 조심2024서5332 결정문이 동일 2차 CSO 관련 선행 결정으로 인용한 범위에서 확인함
• 국가법령정보센터 부가가치세법 제11조
• 국가법령정보센터 부가가치세법 제32조
• 국가법령정보센터 부가가치세법 제39조
• 국가법령정보센터 국세기본법 제16조
• 국가법령정보센터 법인세법 제19조
• 국가법령정보센터 법인세법 시행령 제19조

이 글은 공개된 조세심판원 결정문을 바탕으로 비실명 사실관계를 재구성한 실무 분석이다. 원문에서 OOO 처리된 공급가액, 계약표와 병·의원별 자료는 확인할 수 없으므로 이를 추정하지 않았다. 실제 신고·불복에서는 거래 당시 적용 법령, 원본 계약, EDI, 정산서, 금융자료와 관련 형사절차를 함께 검토해야 한다.