재조사 결정 후 같은 사실관계로 원처분을 유지하면 기속력 위반이다 (조심2024전2627)

사건 개요

이 사건의 주문은 단순하다. 조세심판원은 서산세무서장이 2021.3.18. 청구인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 경정청구 거부처분을 취소한다고 결정했다. 그러나 결론에 이르는 법리는 단순한 포괄양수도 판단이 아니라, 재조사 결정의 기속력과 국세기본법 제65조 제6항의 원처분 유지 사유가 어디까지 허용되는지를 다룬 절차법적 판단에 가깝다.

청구인은 공동사업자인 A와 함께 2004년부터 서산 소재 상가건물에서 부동산 임대업 및 건물신축판매업을 영위했다. 공동사업 지분은 청구인이 49%, A가 51%였다. 2019.7.17. 청구인 등은 쟁점사업장의 상가건물 1층부터 4층까지 전체 71개 호실 중 이미 분양된 12개 호실을 제외한 잔여 호실 일부, 구체적으로 42개 호실을 주식회사 C에게 양도했다. 계약서상 매매가액은 토지와 건물가액으로 구분되어 있었고, 건물가액에는 부가가치세가 포함된 것으로 표시되어 있었다.

문제는 이 거래를 단순한 부동산 매매로 볼 것인지, 아니면 부가가치세법 제10조 제9항 제2호가 정한 “재화의 공급으로 보지 않는 사업양도”로 볼 것인지였다. 청구인 측은 공동사업자인 A가 청구인 몰래 공급가액을 기재한 매출세금계산서를 발급하고 2019년 제2기 부가가치세 확정신고까지 했다고 주장했다. 이후 청구인은 쟁점부동산의 매매가 부동산 임대업의 포괄양도에 해당하므로 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 2020.11.4. 환급 취지의 경정청구를 했다.

조사청은 2021.3.18. 이를 거부했다. 거부 이유의 핵심은 청구인 등이 부동산매매업자로서 일부 건물을 매매한 것이므로 포괄양수도에 해당하지 않고, 설령 임대용 건물의 양도라는 성격이 있더라도 건물신축판매업에 관한 권리와 의무까지 포괄적으로 승계되어야 사업의 동일성이 유지된다는 것이었다. 청구인은 이에 불복했고, 선행 심판에서 조세심판원은 쟁점부동산의 권리·의무 및 임차인 승계 여부 등을 재조사하라는 결정을 했다.

그런데 처분청은 재조사 결정 이후에도 2024.2.20. 당초 처분을 유지한다고 통지했다. 이번 결정은 바로 그 유지 통지가 적법한 후속처분인지가 중심이다. 심판원은 처분청이 재조사 결정에서 요구한 확인을 실질적으로 수행하지 않고, 선행 심판 당시 이미 존재했던 자료와 동일한 논리를 반복한 것으로 보았다. 따라서 원처분 유지 통지는 재조사 결정의 주문과 그 전제가 된 판단에 반하고, 국세기본법 제65조 제6항이 허용하는 원처분 유지 사유에도 해당하지 않는다고 판단했다.

사실관계 구조도

[청구인 + A 공동사업]
  ├─ 2004.12.13. B 개업
  │    ├─ 업종: 부동산 임대업 + 건물신축판매업
  │    └─ 지분: 청구인 49%, A 51%
  │
  ├─ 2015년경 상가건물 신축 후 일부 분양
  │    ├─ 전체 71개 호실
  │    ├─ 12개 호실 분양
  │    └─ 잔여 59개 호실 중 42개 호실이 쟁점부동산
  │
  ├─ 2018.8.28. D·C와 B 이행계약 체결
  │    ├─ 기존 채무 대위변제·법인 이전·합병·정산금 지급 구상
  │    └─ 청구인은 약정 정산금 중 일부만 지급받았다고 주장
  │
  ├─ 2019.7.17. C와 쟁점매매계약 체결
  │    ├─ 쟁점부동산 42개 호실 양도
  │    ├─ 금융사 상환금, 채무상환금, 임대차보증금, 공과금 등 C 승계 조건
  │    ├─ 기존 임대차계약은 C가 승계한다는 문구 존재
  │    └─ 건물가액에 부가가치세 포함 표시
  │
  ├─ 같은 날 쟁점특약 체결
  │    ├─ D, C, F, A 등이 관련 당사자로 등장
  │    ├─ 매매계약서에 표시되지 않은 B 사업 관련 채무 부담 약정
  │    └─ 체납 건강보험료 등 추가 채무도 C 등 부담 취지
  │
  ├─ 2020.1.19. 2019년 제2기 부가가치세 확정신고
  │    └─ 미납으로 2020년 3월 무납부고지
  │
  ├─ 2020.11.4. 청구인 경정청구
  │    └─ "쟁점부동산 양도는 사업의 포괄양도"라고 주장
  │
  ├─ 2021.3.18. 조사청 경정청구 거부
  │
  ├─ 2023.12.23. 선행 심판 재조사 결정
  │    └─ 권리·의무 및 임차인 승계 여부 등을 재조사하라고 결정
  │
  ├─ 2024.2.20. 조사청 당초 처분 유지 통지
  │
  └─ 2026.6.25. 조심2024전2627 결정
       └─ 원처분 유지가 재조사 결정의 기속력에 반하므로 거부처분 취소

[양수인 C]
  ├─ 영화관 운영업 및 부동산 임대업 관련 법인
  ├─ 2019.8.26. 부동산임대업 추가 등록 사실이 언급됨
  ├─ 쟁점부동산 매수 후 일부 4층 공간에서 키즈카페 인테리어 진행
  └─ 기존 임차인 승계 여부가 포괄양수도 판단의 핵심 사실로 남음

이 구조에서 눈에 띄는 부분은 거래가 한 번의 매매계약으로 끝나지 않았다는 점이다. 2018년 이행계약, 2019년 매매계약, 같은 날의 특약, 임대차승계확인서, 양수인 C의 부가가치세 환급 검토, 공동사업자 사이의 분쟁이 모두 얽혀 있었다. 따라서 과세 여부를 판단하려면 계약서 제목만 볼 것이 아니라 실제로 임대차보증금 반환채무, 금융채무, 공과금, 기존 임대차계약, 임차인과의 영업관계가 누구에게 넘어갔는지를 확인해야 했다.

선행 심판의 재조사 결정도 바로 이 지점을 겨냥했다. 조세심판원은 쟁점부동산의 양도가 사업양도가 아니라고 단정하기 어렵다고 보면서도, 모든 권리·의무 및 임차인 승계 여부가 충분히 확인되지 않았다고 보아 재조사를 명했다. 이 사건에서 처분청이 패소한 이유는 포괄양수도 요건이 최종적으로 모두 인정되었기 때문이 아니라, 재조사 결정이 요구한 확인을 하지 않은 채 같은 결론을 반복했기 때문이다.

핵심 쟁점

이 사건의 쟁점은 결정문상 두 가지로 정리되어 있다.

첫째, 처분청이 재조사 결정에 따른 재조사를 실시하지 않고 당초 처분을 유지한 것이 재조사 결정의 기속력에 반하는지 여부다. 이 쟁점이 실제 결론을 좌우했다. 국세기본법 제65조 제6항은 재조사 결과 일정한 사유가 있으면 원처분을 취소·경정하지 않을 수 있다고 정한다. 그러나 그 조항이 재조사 결정의 주문과 판단 이유를 무시한 채 같은 자료와 같은 논리로 원처분을 반복할 수 있는 권한까지 부여하는지는 별개의 문제다.

둘째, 쟁점부동산의 양도가 부가가치세법상 사업의 포괄적 양도에 해당하는지 여부다. 이 쟁점은 실체법상 핵심이지만, 이번 결정에서는 첫 번째 쟁점에서 청구주장이 받아들여졌기 때문에 별도로 본안 판단을 하지 않았다. 심판원은 쟁점①에서 처분청의 후속처분이 위법하다고 보아 쟁점②는 심리의 실익이 없다고 정리했다.

따라서 이 결정을 읽을 때 가장 경계해야 할 오해는 “심판원이 쟁점부동산 양도를 포괄양수도로 확정했다”는 식의 단정이다. 이번 결정의 직접 결론은 경정청구 거부처분의 취소다. 그 이유는 포괄양수도 실체 판단의 최종 승패가 아니라 재조사 결정의 기속력 위반이다. 다만 선행 재조사 결정의 이유에서 이미 포괄양수도가 아니라고 단정하기 어렵다는 판단 요소가 제시되었고, 이번 결정은 그 판단 요소를 처분청이 다시 무시할 수 없다고 본 점에서 실무상 의미가 크다.

회계·세무 실무에서는 이 차이를 분명히 해야 한다. 포괄양수도 사건에서는 실체 요건과 절차 요건이 동시에 움직인다. 실체 요건은 사업장별 권리·의무의 포괄승계, 사업의 동일성, 경영주체 교체 여부다. 절차 요건은 재조사 결정 후 처분청이 무엇을 조사했고, 어떤 새로운 사실을 확인했으며, 그 결과가 왜 원처분 유지 사유에 해당하는지다. 이번 사건은 두 번째 층위에서 처분청의 설명과 조사가 부족했다고 본 결정이다.

처분청 주장

처분청 의견은 크게 네 갈래로 구성된다.

1. 국세기본법 제65조 제6항에 따라 원처분 유지가 가능하다는 주장

처분청은 재조사 결정이 있었다고 해서 반드시 당초 처분을 취소하거나 경정해야 하는 것은 아니라고 보았다. 2022.12.31. 신설된 국세기본법 제65조 제6항은 재조사 결과 청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등에는 원처분을 취소·경정하지 않을 수 있다고 정한다. 처분청은 이 조항을 근거로, 재조사 후에도 당초 처분을 유지할 수 있다고 주장했다.

특히 처분청은 청구인이 원용한 과거 심판례나 판례는 개정 전 법령 체계에서 문제 된 것이라고 보았다. 즉, 개정 후에는 재조사 결과 원처분 유지가 법문상 명확해졌으므로, 선행 재조사 결정 이후에도 처분청의 판단에 따라 당초 처분을 유지할 수 있다는 논리다.

2. 청구인 등은 부동산매매업자이고 쟁점부동산은 재고자산이라는 주장

처분청은 청구인 등이 단순 임대사업자가 아니라 부동산매매업자라고 보았다. 그 근거로 2015년 분양 호실에 대한 토지 등 매매차익 예정신고, 부동산임대업 외 사업소득으로 종합소득세를 신고한 사실, 쟁점부동산을 재고자산인 완성건물로 관리한 사실, 2019년 종합소득세 신고 시 재고자산 감소로 처리한 사실을 들었다.

처분청의 관점에서는 쟁점부동산의 양도는 부동산임대업이라는 계속 사업의 이전이 아니라, 건물신축판매업자가 보유하던 재고자산을 판매한 거래였다. 미분양 상가를 일정 기간 임대했다고 해서 임대사업 자체를 넘긴 것으로 볼 수 없고, 부동산매매업자가 매도 전까지 임시로 임대한 사정은 사업양도 판단에 결정적 영향을 주지 않는다고 주장했다. 이 대목에서 처분청은 부동산매매업자가 보유 부동산을 임대했다고 하여 매매업자로서의 사업성이 사라지지 않는다는 취지의 대법원 1997.10.24. 선고 97누10192 판결도 언급했다.

3. 양수인 C가 기존 사업을 그대로 승계하지 않았다는 주장

처분청은 쟁점사업장 전체가 아니라 일부 호실만 양도되었다는 점도 문제 삼았다. 쟁점사업장 중 일부 근린생활시설은 청구인 측이 계속 보유했고, 42개 호실만 C에게 이전되었다. 따라서 사업장별 모든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되었다고 보기 어렵다는 취지다.

또한 C는 쟁점부동산 매입 당시부터 일부 4층 공간에서 키즈카페를 운영할 목적으로 인테리어 공사를 진행한 것으로 나타났다. 처분청은 이를 양수인이 양도자의 부동산 임대업 또는 건물신축판매업을 그대로 승계한 것이 아니라, 자기의 서비스업 또는 새로운 영업을 하기 위해 부동산을 취득한 사정으로 보았다. C가 본래 서비스·영화배급업 관련 법인이고, 이후 부동산임대업을 추가했다는 점도 사업 동일성 부인의 근거로 제시했다.

4. 양수인의 매입세액 환급과 계약서상 부가가치세 표시를 근거로 든 주장

처분청은 C가 쟁점부동산 매입과 관련하여 매입세액 공제를 받아 환급을 받은 점을 중시했다. 매매계약서에 건물가액이 부가가치세 포함으로 표시되어 있고, 양수인에게 사업의 포괄양수도에 관한 명시적 의사표시가 확인되지 않는다는 점도 들었다. 처분청은 C에 대한 환급 검토를 다시 보아도 정상 환급이 적정하다고 판단했다고 주장했다.

나아가 청구인과 공동사업자 사이의 분쟁 때문에 양수인의 환급을 부인한다면 양수인이 피해를 보게 되고, 양수인이 불복해 승소할 경우 다시 청구인에게 세액을 추징해야 하는 상황이 생길 수 있다는 점도 언급했다. 이는 실무적으로는 매도인 측의 경정청구와 매수인 측의 매입세액 공제가 서로 연결되어 있음을 보여준다. 다만 심판원은 이러한 사정만으로 재조사 결정에서 요구한 사실 확인을 대체할 수는 없다고 보았다.

청구인 주장

청구인 주장은 절차상 기속력 위반 주장과 실체상 포괄양수도 주장으로 나뉜다.

1. 처분청의 원처분 유지는 재조사 결정의 기속력에 반한다는 주장

청구인은 선행 심판의 재조사 결정이 단순한 권고가 아니라 처분청을 구속하는 결정이라고 보았다. 선행 결정은 쟁점부동산의 권리·의무와 임차인 승계 여부 등을 재조사하라고 명했는데, 처분청은 해당 사항을 구체적으로 확인하지 않고 당초 처분 유지 결정을 했다는 것이다.

청구인은 재조사 결정에 관한 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서와 제81조의 구조, 그리고 대법원 판례를 근거로 들었다. 원문상 청구인은 대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 판결을 들어 재조사 결정의 후속처분 구조를 설명했고, 대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결을 들어 처분청이 재조사 결정의 주문과 그 전제가 된 요건사실의 인정·판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 기속력에 저촉된다고 주장했다.

청구인 입장에서는 선행 결정이 이미 중요한 방향을 제시했다. 양수인 C와 임차인 사이의 임대차계약서에는 C가 임대차계약을 승계하는 것으로 기재되어 있었고, 이는 처분청이 양수인의 환급을 검토할 때 전제한 내용과 맞지 않는 부분이 있었다. 또 C가 일부 공간을 직접 사용하더라도 그것만으로 부동산 임대업의 포괄양도가 배제되는 것은 아니며, 청구인이 약 3년 동안 임대업을 영위했다는 점도 업종 동일성 판단에 의미가 있었다. 청구인은 처분청이 이러한 판단을 무시하고 같은 결론을 반복했다고 보았다.

2. 계약서와 특약상 권리·의무 및 임차인 승계가 확인된다는 주장

청구인은 쟁점매매계약서, 쟁점특약, 임대차계약서, 임대차승계확인서 등을 종합하면 쟁점부동산과 관련한 권리·의무 및 임차인이 모두 C에게 승계되었다고 주장했다. 매매계약서에는 금융사 상환금, 채무상환금, 임대차보증금, 각종 공과금 및 이전 관련 제비용을 양수인이 상환·승계·납부한다는 취지가 기재되어 있었다. 기존 임대차계약도 C가 승계하기로 되어 있었다.

쟁점특약도 청구인에게 유리한 자료로 제시되었다. 특약에는 체납 건강보험료를 포함해 매매계약서와 특약에 표시되지 않은 B 사업 관련 채무가 발생할 경우 D, C, A 등이 법적 책임을 진다는 취지의 내용이 있었다. 청구인은 이를 단순한 부동산 매매대금 정산이 아니라 공동사업 관련 채무와 임대사업 관계를 함께 넘긴 정황으로 보았다.

또한 청구인은 처분문서의 해석 원칙도 들었다. 원문상 청구인은 대법원 2021.4.29. 선고 2021다202309 판결을 참조하면서, 거래당사자가 날인한 매매계약서와 임대차계약서, 특약사항은 특별한 사정이 없는 한 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정해야 한다고 주장했다. 실무적으로도 포괄양수도 사건에서는 계약서 문구와 실제 이행 내역이 서로 맞는지가 핵심이다.

3. 처분청이 새로 확인한 사실이 없다는 추가 항변

청구인은 처분청의 답변서가 선행 심판에서 이미 제시된 주장과 거의 같다고 항변했다. 재조사 결정은 쟁점부동산과 관련한 모든 권리·의무 및 임차인 승계 여부가 구체적으로 확인되지 않았으므로 이를 확인하라는 취지였는데, 처분청 답변서에는 양수인이나 임차인을 상대로 어떤 추가 확인을 했는지가 드러나지 않는다는 것이다.

이 추가 항변은 이번 결정의 결론과 맞닿아 있다. 심판원도 처분청이 제시한 환급 검토서 등 자료가 선행 결정 당시 이미 제출되어 확인된 자료라고 보았다. 또 선행 결정에서 C의 키즈카페 사용 사실이 포괄양수도 배제의 결정적 사유가 아니라고 보았음에도, 처분청이 이를 다시 원처분 유지 근거로 제시한 점을 문제 삼았다.

관련 법령

1. 국세기본법 제65조 제1항 제3호와 제6항

국세기본법 제65조 제1항 제3호는 심사청구가 이유 있다고 인정될 때 처분의 취소·경정 결정 또는 필요한 처분의 결정을 하도록 정한다. 다만 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위해 사실관계 확인 등 추가 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

같은 조 제6항은 이 사건에서 처분청이 핵심 근거로 삼은 조항이다. 이 조항은 재조사 결정에도 불구하고 재조사 결과 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 당초 처분을 취소·경정하지 않을 수 있다고 정한다. 원처분 유지의 문을 열어 둔 조항이지만, 이번 결정은 그 요건이 엄격하게 해석되어야 함을 보여준다.

2. 국세기본법 시행령 제52조의3

국세기본법 시행령 제52조의3은 재조사 결과에 따른 처분 통지와 원처분 유지 사유를 구체화한다. 원문에 따르면 시행령은 원처분을 유지할 수 있는 경우를 두 가지로 든다. 첫째, 청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초 처분을 유지할 필요가 있는 경우다. 둘째, 청구인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우다.

중요한 것은 “재조사 과정에서 확인한 사실관계”라는 문구다. 단순히 과거 자료를 다시 읽고 같은 의견을 냈다는 것만으로는 부족하다. 재조사 결정이 특정 사실의 확인을 요구했다면, 처분청은 그 사실을 확인하기 위해 실제 어떤 조사를 했는지, 누구에게 어떤 자료를 요청했는지, 기존 자료와 다른 사실이 무엇인지 설명할 수 있어야 한다.

3. 부가가치세법 제10조 제9항 제2호

부가가치세법 제10조 제9항 제2호는 “사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것”을 재화의 공급으로 보지 않는다고 정한다. 이 규정의 효과는 면세가 아니라 과세거래에서 제외되는 것에 가깝다. 따라서 세금계산서 발급, 매출 과세표준 포함 여부, 양수인의 매입세액 공제, 대리납부 예외 여부와 직접 연결된다.

이 사건에서 청구인은 쟁점부동산 양도가 부동산 임대업의 사업양도라고 주장했다. 반면 처분청은 청구인 등이 건물신축판매업자이고 쟁점부동산은 재고자산이므로 재화의 공급에 해당한다고 보았다. 실체 판단 자체는 이번 결정에서 생략되었지만, 선행 재조사 결정과 이번 결정의 사실관계 정리는 향후 같은 유형의 사건에서 중요한 검토 항목이 된다.

4. 부가가치세법 시행령 제23조

부가가치세법 시행령 제23조는 사업양도의 의미를 “사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것”으로 정한다. 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우도 사업양도 범위에 포함될 수 있다. 또한 미수금, 미지급금, 해당 사업과 직접 관련이 없는 일부 토지·건물 등 일정 항목을 제외하고 승계해도 포괄승계로 볼 수 있다.

이 규정 때문에 포괄양수도 판단은 단순한 자산 매매와 다르다. 핵심은 사업의 동일성이 유지되면서 경영주체만 바뀌었는지다. 부동산 임대업에서는 임대차계약, 임대보증금 반환채무, 관리비와 공과금, 기존 임차인의 영업 계속 여부, 임대인 지위의 승계가 중요하다. 건물신축판매업이나 부동산매매업의 성격이 섞여 있다면 재고자산 회계처리와 소득세 신고 방식도 함께 보아야 한다.

심판원 판단 단계별 분석

1. 심판결정의 기속력은 주문뿐 아니라 전제가 된 판단에도 미친다

심판원은 먼저 심판청구에 대한 결정이 해당 처분에 관하여 처분청을 기속한다는 법리를 전제했다. 원문상 심판원은 대법원 1983.8.23. 선고 82누302 판결, 대법원 1998.2.27. 선고 96누13972 판결, 대법원 2001.3.23. 선고 99두5238 판결 등을 참조했다. 기속력은 결정 주문의 문구에만 한정되지 않고, 그 주문의 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에도 미친다는 취지다.

이 법리를 재조사 결정에 적용하면, 처분청은 재조사 결정의 주문이 지시한 사항뿐 아니라 그 이유에서 밝힌 판단 방향도 존중해야 한다. 물론 재조사 결과 새로운 사실이 확인되면 원처분 유지가 가능할 수 있다. 그러나 새로운 사실이 아니라 선행 결정 당시 이미 검토된 사실을 다시 내세워 같은 결론을 반복하는 것은 기속력과 충돌한다.

2. 선행 재조사 결정은 확인해야 할 사실을 구체적으로 특정했다

선행 심판의 주문은 C에게 양도한 쟁점부동산의 양도가 해당 부동산의 권리·의무 및 임차인을 승계하였는지 여부 등을 재조사하여, 부가가치세법 제10조 제9항 제2호의 사업양도에 해당하는지에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 내용이었다. 이는 막연히 “다시 검토하라”는 취지가 아니었다.

선행 결정의 이유도 구체적이었다. 첫째, 양수인 C와 임차인 사이의 임대차계약서에는 C가 임대차계약을 모두 승계한다는 취지가 나타나는데, 이는 처분청의 C 환급 검토 당시 설명과 일치하지 않는 부분이 있었다. 둘째, 양수인이 포괄양수한 부동산 일부를 자기 사업에 사용한다고 하여 그 자체로 포괄양수가 배제되는 것은 아니라고 보았다. 셋째, 청구인이 약 3년간 부동산 임대업을 영위했고 양수인과 업종의 동일성이 유지되는 것으로 볼 여지가 있었다. 넷째, 쟁점특약에는 청구인 등의 채무를 C 등 양수인 측이 부담한다는 내용이 있었다.

이러한 이유를 종합하면 선행 재조사 결정의 핵심은 임대차승계확인서, 기존 임차인, 임대차보증금, 금융채무와 공과금, 양수인의 실제 사용 현황을 새롭게 확인하라는 데 있었다. 처분청은 이 항목에 대해 추가 확인 결과를 제시해야 했다.

3. 처분청의 재조사는 선행 결정 당시 자료를 반복한 수준으로 평가되었다

심판원은 처분청이 양수인 C에 대한 환급 검토서 등 관련 자료를 다시 보았다고 하나, 그 자료는 선행 결정 당시 이미 제출되어 확인된 내용이라고 보았다. 선행 결정은 바로 그 환급검토내역과 임대차승계확인서 사이에 배치되는 부분이 있다고 지적했는데, 처분청은 양수인이나 임차인을 상대로 추가 확인을 하지 않은 것으로 보인다고 판단했다.

특히 C의 키즈카페 운영 사실은 처분청이 원처분 유지의 근거로 반복한 대표적 사정이다. 그러나 선행 결정은 이미 양수인이 쟁점부동산 일부를 사용한다고 하여 포괄양수가 곧바로 배제되는 것은 아니라고 보았다. 그럼에도 처분청이 같은 사정을 다시 들어 원처분을 유지했다면, 이는 재조사 결정이 요구한 확인과 다른 방향으로 움직인 것이다.

공인회계사 실무 관점에서 이 부분은 매우 중요하다. 재조사 결정 이후의 과세관청 검토서에는 “새로 확인한 사실”과 “선행 결정 당시 이미 있었던 사실”이 구분되어야 한다. 같은 자료를 재검토했다는 표현만으로는 국세기본법 제65조 제6항의 요건을 충족하기 어렵다. 특히 임차인 승계 여부처럼 제3자 확인이 가능한 사항은 실제 확인 절차가 있었는지가 핵심 증거가 된다.

4. 국세기본법 제65조 제6항은 원처분 유지의 백지위임이 아니다

처분청은 개정 국세기본법 제65조 제6항을 전면에 내세웠지만, 심판원은 이 사건이 그 조항의 원처분 유지 사유에 해당하지 않는다고 보았다. 시행령 제52조의3 제2항은 청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초 처분을 유지할 필요가 있거나, 청구인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우를 예정한다.

그런데 이 사건에서 심판원은 처분청이 확인 가능한 임대차승계 여부 등에 대한 조사도 없이 선행 결정 당시와 동일한 사실관계 아래에서 당초 처분을 유지했다고 평가했다. 그렇다면 “재조사 과정에서 확인한 사실관계가 청구인의 주장과 다르다”고 말하기 어렵다. 확인하지 않은 것을 확인한 것처럼 전제하거나, 이미 지적된 모순을 해소하지 않고 원처분을 유지하는 것은 제65조 제6항의 취지와 맞지 않는다.

결국 이번 결정은 국세기본법 제65조 제6항이 도입된 뒤에도 재조사 결정의 기속력이 사라진 것은 아니라는 점을 분명히 한다. 처분청은 원처분을 유지할 수 있지만, 그 전제는 실질적인 재조사다. 재조사 결정이 지적한 쟁점에 대한 새로운 확인, 기존 자료와 다른 사실관계, 또는 객관적으로 확인 불가능하다는 사유가 제시되어야 한다.

5. 쟁점부동산 양도의 포괄양수도 여부는 본안 판단에서 제외되었다

심판원은 쟁점①을 받아들인 뒤, 쟁점②인 사업의 포괄적 양도 해당 여부는 심리의 실익이 없다고 보아 판단을 생략했다. 이 부분은 실무상 반드시 분리해서 읽어야 한다. 이 결정만으로 청구인의 거래가 최종적으로 사업양도라고 확정된 것은 아니다.

다만 처분청이 다시 후속 절차를 진행한다면, 선행 재조사 결정과 이번 결정에서 지적된 사항을 피할 수 없다. 양수인 C가 기존 임차인을 실제 승계했는지, 임대차보증금 반환채무와 금융채무가 어떻게 정산되었는지, 쟁점특약상 채무 부담이 실제로 이행되었는지, C의 키즈카페 사용이 임대사업의 동일성을 깨뜨릴 정도인지 등을 구체적으로 확인해야 한다. 단순히 부동산매매업자, 재고자산, 키즈카페, 매입세액 환급이라는 표지만 반복하면 다시 같은 문제가 발생할 수 있다.

과거 결정례 또는 판례 비교

이 결정문 상단의 [참조결정] 및 [따른결정]란은 공개 원문상 비어 있다. 따라서 이 사건에 직접 붙은 참조결정이나 따른결정은 공개 원문상 확인되지 않는다. 다만 원문에는 청구인 주장과 심판원 판단에서 여러 대법원 판례와 조세심판원 결정례가 언급되어 있으므로, 그 범위 안에서 비교할 수 있다.

1. 대법원 82누302, 96누13972, 99두5238 판결과의 연결

심판원이 직접 참조한 판례군은 심판결정의 기속력에 관한 기본 법리를 제시한다. 대법원 1983.8.23. 선고 82누302 판결, 대법원 1998.2.27. 선고 96누13972 판결, 대법원 2001.3.23. 선고 99두5238 판결은 심판청구에 대한 결정이 해당 처분에 관해 처분청을 구속한다는 취지로 원문에 인용되어 있다.

이번 결정은 이 일반 법리를 재조사 결정 상황에 적용했다. 선행 재조사 결정이 쟁점부동산의 권리·의무 및 임차인 승계를 확인하라고 한 이상, 처분청은 그 확인을 수행해야 했다. 선행 결정이 판단한 “포괄양도가 아니라고 단정하기 어렵다”는 이유 부분도 무시할 수 없었다. 이는 기속력이 주문의 글자만이 아니라 판단의 실질에도 미친다는 점을 잘 보여준다.

2. 대법원 2015두37549 판결과 재조사 결정의 한계

원문상 청구인은 대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결을 핵심 근거로 제시했다. 청구인 주장에 따르면, 이 판례는 처분청이 재조사 결정의 주문과 그 전제가 된 요건사실의 인정·판단에 반해 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 본다.

이번 심판원 판단은 해당 판례를 결론 부분에서 직접 길게 인용하지는 않았지만, 실질적으로 같은 방향에 서 있다. 처분청이 재조사 결정을 받은 뒤 기존 처분을 유지하려면, 재조사 결정의 취지를 보완하는 후속처분이어야 한다. 선행 결정에서 이미 배척되었거나 의문이 제기된 논리를 새 조사 없이 반복하면, 후속처분이 아니라 사실상 종전 처분의 반복이 된다.

3. 조심 2022인6423 결정과의 비교

원문상 청구인은 조심 2022인6423, 2023.1.4. 결정을 비교 사례로 제시했다. 해당 결정은 청구인 주장에 따르면, 재조사 결정에서 과다 계상된 외상매출금 등을 재조사하라고 했음에도 처분청이 그 취지와 달리 당초 처분을 그대로 유지한 사안에서 기속력 위반을 인정한 사례다.

이번 사건도 구조가 비슷하다. 선행 결정이 특정 사실관계의 확인을 요구했는데, 처분청은 그 확인을 충분히 하지 않고 원처분을 유지했다. 다만 이번 사건에는 국세기본법 제65조 제6항 신설 후의 원처분 유지 규정이 직접 문제 되었다는 차이가 있다. 심판원은 개정 규정이 있더라도, 원처분 유지는 재조사 과정에서 실제 확인한 사실관계가 청구인 주장과 달라진 경우 등으로 제한된다고 보았다.

4. 대법원 97누10192 판결과 실체 쟁점의 남은 문제

처분청은 부동산매매업자가 보유 부동산을 임대했다고 하여 매매업자로서의 사업성이 사라지지 않는다는 취지로 대법원 1997.10.24. 선고 97누10192 판결을 들었다. 이 판례는 실체 쟁점, 즉 쟁점부동산이 임대사업의 양도 대상인지 아니면 건물신축판매업자의 재고자산 판매인지와 관련된다.

이번 결정은 이 실체 쟁점에 대해 최종 판단을 하지 않았다. 따라서 97누10192 판결의 법리가 이 사건에 적용될 여지는 여전히 남아 있다. 다만 그 판례를 적용하더라도, 선행 재조사 결정이 요구한 임대차승계 및 권리·의무 승계 여부 확인을 건너뛸 수는 없다. 절차적으로 적법한 재조사를 한 뒤에야 실체 법리를 적용할 수 있다는 점이 이번 결정의 메시지다.

5. 확인되지 않은 사건번호를 보태지 않는 것이 중요하다

원문에는 청구인이 대법원 2023.8.18. 선고 판결을 언급하면서도 사건번호는 비실명 처리되어 있다. 공개 원문상 사건번호가 확인되지 않는 판례를 외부 글에서 특정 사건번호처럼 단정하는 것은 적절하지 않다. 이 사건의 비교 분석은 공개 원문에서 확인되는 판례번호와 결정번호 범위 안에서 하는 것이 안전하다.

실무 시사점

1. 재조사 결정문은 “다시 검토하라”가 아니라 “특정 사실을 확인하라”는 문서다

재조사 결정이 나오면 실무자는 주문과 이유를 분리해 읽어야 한다. 주문은 재조사의 대상과 후속처분의 방향을 정한다. 이유는 왜 그 사실을 확인해야 하는지, 어떤 기존 판단을 전제로 하는지 보여준다. 이번 사건에서 선행 결정은 쟁점부동산의 권리·의무 및 임차인 승계 여부를 확인하라고 했다. 이는 임대차계약서, 임대차승계확인서, 임차인 진술, 보증금 정산, 채무승계 이행 내역을 확인하라는 의미다.

납세자 입장에서는 재조사 결정 직후 이러한 항목을 표로 만들어 처분청에 제출하는 것이 필요하다. 처분청이 어떤 항목을 확인했는지, 어느 항목은 확인하지 않았는지를 나중에 비교할 수 있어야 한다. 재조사 이후 원처분 유지 통지를 받았다면, 그 통지서가 선행 결정의 각 확인사항에 대해 답하고 있는지를 먼저 보아야 한다.

2. 국세기본법 제65조 제6항은 원처분 유지의 근거이지만 면책 조항은 아니다

개정 국세기본법은 재조사 후 원처분 유지를 명문화했다. 그러나 이번 결정은 그 조항이 과세관청의 자유로운 재판단 권한이 아니라는 점을 보여준다. 원처분 유지를 하려면 청구인의 주장과 다른 사실관계가 재조사 과정에서 확인되어야 하거나, 사실관계를 확인할 수 없다는 점이 객관적으로 설명되어야 한다.

실무적으로 원처분 유지 통지서에는 최소한 다음 내용이 들어 있어야 설득력이 있다. 첫째, 선행 재조사 결정이 요구한 확인사항의 목록이다. 둘째, 각 확인사항별 조사 방법과 상대방이다. 셋째, 확인된 사실과 기존 자료의 차이다. 넷째, 그 차이가 왜 당초 처분 유지 사유에 해당하는지다. 이런 구조가 없으면 원처분 유지 통지는 기속력 위반 공격에 취약하다.

3. 포괄양수도 사건은 매도인과 매수인의 부가가치세 처리가 동시에 문제 된다

이 사건에서는 매도인 측의 경정청구와 매수인 C의 매입세액 환급이 서로 맞물려 있었다. 매도인이 사업양도라고 주장하면 매출세액이 없어지는 방향으로 가고, 매수인이 재화 매입이라고 보면 매입세액 공제를 전제로 한다. 어느 한쪽만 떼어 판단하기 어렵다.

계약 단계에서 포괄양수도 여부가 불명확하면 나중에 양쪽 모두 위험해질 수 있다. 매매계약서에 부가가치세 포함 문구가 들어가 있고 세금계산서가 발급되었는데, 뒤늦게 포괄양수도라고 주장하면 양수인의 매입세액 공제, 수정세금계산서, 대금 정산, 대리납부 여부가 모두 문제가 된다. 반대로 포괄양수도로 처리했는데 실제로는 재고자산 판매라면 매도인의 매출누락과 양수인의 매입세액 문제가 발생한다.

4. 부동산 임대업과 건물신축판매업이 섞인 사업장은 회계처리 설명이 중요하다

처분청은 청구인 등이 쟁점부동산을 재고자산으로 관리했고 부동산임대업 외 사업소득으로 신고했다고 보았다. 이는 포괄양수도 부인 논리에서 매우 강한 자료가 될 수 있다. 반면 청구인은 약 3년간 임대업을 영위했고, 기존 임차인과 임대차관계가 승계되었다고 주장했다.

이처럼 신축판매와 임대가 혼재된 상가 사업에서는 회계처리가 사후 분쟁의 출발점이 된다. 재고자산으로 잡혀 있었는지, 투자부동산 또는 유형자산으로 분류했는지, 임대수익과 분양수익을 어떻게 구분했는지, 종합소득세 신고서상 업종별 수입금액이 어떻게 표시되었는지가 모두 중요하다. 포괄양수도를 주장하려면 회계처리와 세무신고가 임대사업의 계속성을 설명할 수 있어야 한다.

5. 양수인의 일부 자가 사용은 자동 부인 사유가 아니다

선행 결정과 이번 결정에서 반복적으로 등장한 쟁점은 C의 키즈카페 운영이다. 처분청은 이를 포괄양수도 부인의 근거로 보았다. 그러나 선행 결정은 양수인이 포괄양수한 부동산 일부를 자기 사업에 사용한다고 해서 곧바로 사업양도가 배제되는 것은 아니라고 보았다. 부가가치세법 시행령 제23조도 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업을 추가하거나 사업 종류를 변경하는 경우를 일정 범위에서 포괄승계에 포함한다.

물론 자가 사용의 비중과 성격이 중요하다. 양수인이 대부분의 임대사업을 중단하고 자기 영업장으로 전환했다면 사업 동일성이 약해질 수 있다. 반대로 일부 공간만 직접 사용하고 기존 임차인과 임대차관계가 대체로 유지되었다면 결론이 달라질 수 있다. 따라서 실무에서는 “자가 사용 여부”만이 아니라 “기존 임대사업의 규모, 임차인 유지율, 임대수익 계속성, 직접 사용 면적과 목적”을 함께 정리해야 한다.

실무 체크리스트

1. 재조사 결정 직후 확인할 사항

• 재조사 결정의 주문을 그대로 옮겨 적고, 조사 대상 사실을 항목별로 나누었는가
• 결정 이유에서 처분청을 기속하는 판단 요소를 별도로 표시했는가
• “이미 인정된 사실”, “추가 확인이 필요한 사실”, “다툼이 남은 법리”를 구분했는가
• 처분청에 제출할 보완자료 목록을 재조사 항목과 일대일로 연결했는가
• 재조사 과정의 면담일, 담당자, 요청자료, 제출자료, 추가 질문을 기록했는가

2. 원처분 유지 통지를 받은 경우

• 원처분 유지 통지서가 국세기본법 시행령 제52조의3의 어느 사유를 근거로 하는지 확인했는가
• 청구인 주장과 다르게 확인된 사실관계가 구체적으로 적혀 있는가
• “확인할 수 없는 경우”라면 어떤 방법으로 확인을 시도했는지 나타나는가
• 선행 결정 당시 이미 제출된 자료를 단순 재검토한 것인지, 새로운 제3자 확인이나 현장확인이 있었는지 구분했는가
• 선행 결정에서 배척되었거나 의문이 제기된 논리를 다시 반복하고 있지 않은가

3. 부동산 임대업 포괄양수도 입증자료

• 매매계약서에 기존 임대차계약 승계 조항이 명확히 들어 있는가
• 임차인별 임대차승계확인서 또는 임대인 변경 동의서가 있는가
• 임대차보증금 반환채무가 양수인에게 어떻게 이전·정산되었는지 대금정산표로 설명되는가
• 관리비, 공과금, 미수임대료, 선수임대료, 보증금 이자 등 부수 항목이 정리되어 있는가
• 금융채무와 담보권의 이전 또는 상환 내역이 계약서와 금융자료로 확인되는가
• 양도 전후 임차인의 업종, 호실, 임대료, 보증금, 계약기간을 비교한 표가 있는가
• 양수인이 일부 공간을 직접 사용하는 경우 그 면적과 사용 목적, 임대사업 유지 비율을 정리했는가

4. 부동산매매업·건물신축판매업 쟁점 대응자료

• 쟁점부동산이 장부상 재고자산인지 임대사업용 자산인지 확인했는가
• 과거 토지 등 매매차익 예정신고와 종합소득세 신고 내용이 포괄양수도 주장과 충돌하지 않는가
• 미분양 호실의 임대기간, 임대수익 규모, 임대관리 활동을 입증할 수 있는가
• 단순 분양 대기 중 임시 임대인지, 독립된 임대사업으로 전환된 것인지 설명할 자료가 있는가
• 사업자등록 업종, 부가가치세 신고서, 손익계산서, 재무상태표의 표시가 서로 일관되는가

5. 세금계산서와 매입세액 공제 정리

• 매매계약서의 부가가치세 포함 문구와 실제 세금계산서 발급 내역을 확인했는가
• 사업양도라고 볼 경우 발급된 세금계산서의 수정 여부와 대금 정산 방안을 검토했는가
• 양수인의 매입세액 공제 또는 환급 내역을 확인했는가
• 양수인과의 이해관계 충돌을 줄이기 위한 합의서 또는 세무처리 확인서를 작성했는가
• 공동사업자 중 일부가 세금계산서를 발급하거나 신고한 경우 권한과 동의 여부를 확인했는가

참고 자료

• 조세심판원 결정례 조심2024전2627, 2026.06.25, 결정유형 취소
• 조세심판원 결정문: 재조사 결정 이후 처분청이 당초 처분을 그대로 유지한 것이 재조사 결정의 기속력에 위배되는지 여부
• 국세기본법 제65조 제1항 제3호, 제65조 제6항
• 국세기본법 시행령 제52조의3
• 부가가치세법 제10조 제9항 제2호
• 부가가치세법 시행령 제23조
• 대법원 1983.8.23. 선고 82누302 판결
• 대법원 1998.2.27. 선고 96누13972 판결
• 대법원 2001.3.23. 선고 99두5238 판결
• 대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 판결(원문상 청구인 주장에서 재조사 결정 법리로 언급)
• 대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결(원문상 청구인 주장에서 재조사 결정의 기속력 법리로 언급)
• 대법원 1997.10.24. 선고 97누10192 판결(원문상 처분청 의견에서 부동산매매업자의 일시 임대 법리로 언급)
• 조심 2022인6423, 2023.1.4.(원문상 청구인 주장에서 재조사 결정의 기속력 관련 비교 사례로 언급)
• 공개 원문상 [참조결정] 및 [따른결정]란은 공란으로 확인된다.

본 글은 공개된 조세심판원 결정문을 바탕으로 세무 실무 관점에서 재구성한 분석이다. 금액, 인명, 주소 등은 원문 비실명 처리 범위에 맞추어 표시하지 않았다.