종부세 학교 부속토지, 별도합산 분류 정정 (조심2026부0166)

사건 개요

이 사건은 종합부동산세에서 토지의 합산 구분을 어떻게 볼 것인지가 문제 된 결정이다. 청구법인은 제주특별법에 따라 설립된 공기업으로, 국제자유도시 개발사업과 국제학교 유치·지원 업무를 수행하고 있었다. 처분청은 2019년부터 2022년까지의 종합부동산세 정기분을 부과하면서 쟁점토지를 재산세 종합합산과세대상으로 보아 종합부동산세도 종합합산 토지로 과세했다.

청구법인은 쟁점토지 일부가 국제학교의 체육교육용 운동장과 체육시설로 실제 사용되었으므로, 종합합산이 아니라 별도합산과세대상인 건축물 부속토지로 보아야 한다고 주장했다. 조세심판원은 청구법인의 주장을 전부 그대로 받아들인 것은 아니지만, 쟁점토지 일부가 국제학교 건축물의 부속토지로 사용된 사실을 인정할 수 있다고 보았다. 다만 실제 별도합산 면적이 명확하지 않아 처분청이 범위와 면적을 다시 확인해 경정하라는 재조사 결정을 했다.

이 결정의 실무상 의미는 크다. 지방자치단체가 과거 재산세를 종합합산으로 부과했고, 그 재산세 처분 자체를 더 이상 다툴 수 없더라도, 종합부동산세 단계에서 토지의 과세 구분을 다시 다툴 수 있다는 흐름을 보여주기 때문이다. 특히 학교, 병원, 복지시설, 연구시설처럼 넓은 부지를 여러 기능으로 쓰는 법인은 종합부동산세 합산 구분을 매년 점검할 필요가 있다.

사실관계 구조

쟁점은 단순히 “학교 부지가 맞느냐”가 아니었다. 핵심은 쟁점토지 중 어느 부분이 국제학교 건축물과 기능적으로 연결되어 있고, 실제로 체육교육용으로 쓰였는지였다.

청구법인
  │
  ├─ 국제자유도시 개발사업 및 국제학교 유치·지원 업무 수행
  │
  ├─ 쟁점토지 보유
  │    └─ 지목: 학교용지
  │    └─ 전체 면적: 57,750.8㎡
  │    └─ 일부에 다목적 운동장, 축구장, 육상트랙, 테니스장 등 조성
  │
  ├─ 국제학교 A
  │    └─ 체육교육 과정에서 운동장과 체육시설 사용
  │    └─ 수업시간표, 사진, 학사운영 자료 제출
  │
  ├─ 지방자치단체
  │    ├─ 2023년 재산세는 별도합산으로 환급
  │    └─ 2019년부터 2022년 재산세는 고충민원 시정 거부
  │
  └─ 처분청
       ├─ 2019년부터 2022년 종합부동산세를 종합합산 기준으로 부과
       └─ 재산세 과세 구분 변경 통보가 없다는 이유로 경정청구 거부

청구법인은 2018년 12월 쟁점토지 일부에 체육시설과 운동장을 조성했다. 원문에는 축구장, 육상트랙, 테니스장 등이 포함된 다목적 운동장으로 설명되어 있다. 청구법인은 이 시설을 국제학교에 위탁했고, 국제학교는 해당 시설을 체육교육용으로 사용했다.

중요한 사정은 2023년에는 같은 쟁점토지와 관련해 지방자치단체가 재산세를 별도합산 기준으로 환급했고, 처분청도 이에 맞춰 2023년 귀속 종합부동산세를 환급했다는 점이다. 그런데 2019년부터 2022년까지는 지방자치단체가 재산세 과세 구분을 바꾸지 않았고, 처분청은 이 통보가 없다는 이유로 종합부동산세 경정청구를 거부했다. 그래서 이 사건은 “재산세 과세 구분이 바뀌지 않았으면 종합부동산세도 그대로 따라가야 하는가”라는 절차 쟁점과, “쟁점토지가 실제로 건축물 부속토지인가”라는 실체 쟁점이 함께 문제 되었다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 다음 한 문장으로 정리된다.

종합부동산세 정기분 부과 당시 종합합산과세대상으로 분류된 쟁점토지가 국제학교 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상에 해당하므로, 그 분류에 따라 종합부동산세를 환급해야 하는가?

이 쟁점은 실무상 세 가지로 나누어 보아야 한다.

1. 재산세가 종합합산으로 부과된 상태에서도 종합부동산세 단계에서 과세 구분을 다툴 수 있는가.
2. 쟁점토지 중 운동장과 체육시설 부분이 국제학교 건축물의 부속토지에 해당하는가.
3. 별도합산으로 볼 수 있다면 그 면적은 얼마로 보아야 하는가.

첫 번째는 권리구제의 문제다. 재산세는 부과고지 방식이라 납세자가 경정청구로 바로 다투기 어렵다. 그런데 종합부동산세는 별도의 국세이고, 재산세 과세 자료에 기반하더라도 그 자체로 독립된 처분이다. 따라서 재산세 단계에서 바로잡지 못한 합산 구분 오류를 종합부동산세 단계에서 전혀 다툴 수 없다고 보면 납세자 권리구제가 지나치게 좁아진다.

두 번째는 실질 판단이다. 건축물대장이나 지목만으로 끝나는 문제가 아니다. 운동장과 체육시설이 학교 교육과정에 실제로 쓰였는지, 학교 건축물과 기능적으로 연결되어 있는지, 단순한 지역주민 생활체육시설로 독립 사용된 것인지가 중요하다.

세 번째는 재조사 결정을 낳은 부분이다. 조세심판원은 별도합산 가능성을 인정했지만, 청구법인이 제시한 별도합산 면적 자료가 서로 달랐다. 원문에는 2024·2025년도 재산세 부과현황상 별도합산 면적 10,954.69㎡와 조세심판관회의 제출 자료상 10,698㎡가 함께 나온다. 따라서 심판원은 곧바로 세액을 확정하지 않고, 처분청이 실제 사용 면적을 다시 확인하라고 했다.

청구인 주장

청구인 주장의 핵심은 쟁점토지가 국제학교의 교육사업에 직접 사용되는 부속토지라는 것이다. 청구법인은 국제학교가 학생 수와 교육과정 증가로 체육시설이 부족해졌고, 이에 따라 청구법인에게 체육시설 마련을 요청했다고 설명했다. 청구법인은 2018년 12월 쟁점토지 일부에 운동장과 체육시설을 조성했고, 이후 국제학교가 체육수업과 학교 운영에 이를 사용했다는 입장이다.

청구인이 제시한 근거는 다음과 같이 정리된다.

청구법인은 지방자치단체가 2019년부터 2022년까지의 재산세 환급을 거부한 사유도 반박했다. 지방자치단체는 쟁점토지가 지역주민 생활체육 용도도 겸하고 있고, 건축물대장에 국제학교 부속토지로 표기되어 있지 않다는 점을 들었다. 이에 대해 청구법인은 학교 운동장이 수업시간 외 지역주민에게 개방되는 것은 일반 학교에서도 흔히 있는 일이고, 관리·운영·유지보수 의무를 학교 측이 부담한 점은 오히려 학교 교육용 사용을 뒷받침한다고 보았다. 또 건축물 부속토지는 공부상 표기만이 아니라 실제 이용현황에 따라 판단해야 한다고 주장했다.

즉 청구인의 주장은 “재산세 과세자료가 바뀌지 않았으므로 종합부동산세도 바꿀 수 없다”는 형식 논리를 넘어, 실제 사용 자료와 2023년 환급 사례를 근거로 2019년부터 2022년까지의 종합부동산세도 바로잡아야 한다는 구조다.

처분청 의견

처분청 의견은 재산세 과세자료를 중심으로 구성되었다. 종합부동산세의 토지 과세 구분은 종합부동산세법 제11조에 따라 지방세법 제106조의 재산세 과세대상 구분을 전제로 한다. 처분청은 2019년부터 2022년까지 지방자치단체가 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류해 재산세를 부과했고, 그 과세자료가 처분청에 통보되었으므로 이를 근거로 종합부동산세를 부과한 것은 적법하다고 보았다.

처분청의 논리는 다음 순서다.

1. 토지의 종합합산 또는 별도합산 구분은 관할 지방자치단체가 재산세를 부과하면서 공부상 지목과 실제 이용현황에 따라 정한다.
2. 처분청은 지방자치단체가 통보한 재산세 과세자료에 따라 종합부동산세를 부과했다.
3. 2019년부터 2022년까지 쟁점토지가 별도합산과세대상으로 변경·경정되었다는 자료를 지방자치단체로부터 통보받은 적이 없다.
4. 따라서 청구법인의 종합부동산세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

처분청은 쟁점토지가 실제로 국제학교 체육교육용으로 사용되었는지 자체를 깊게 다투기보다, 종합부동산세 실무상 재산세 과세자료에 의존할 수밖에 없다는 점을 강조했다. 그러나 이 논리는 재산세 과세자료가 틀렸을 가능성이 있는 경우에도 종합부동산세 단계에서는 이를 고칠 수 없다는 결론으로 이어질 위험이 있다. 조세심판원은 바로 이 부분을 받아들이지 않았다.

관련 법령

1. 종합부동산세법 제11조

종합부동산세법 제11조는 토지에 대한 종합부동산세를 국내 소재 토지에 대해 지방세법 제106조 제1항 제1호의 종합합산과세대상과 같은 항 제2호의 별도합산과세대상으로 구분해 과세한다고 정한다. 즉 종합부동산세의 토지 구분은 지방세법상 재산세 과세대상 구분을 기본 틀로 삼는다.

2. 종합부동산세법 제14조

원문에 인용된 종합부동산세법 제14조는 토지분 종합합산세액과 별도합산세액의 세율 구조를 다르게 정한다. 종합합산 토지는 과세표준 15억원 이하 1%, 15억원 초과 45억원 이하 구간은 2%, 45억원 초과 구간은 3% 구조다. 별도합산 토지는 200억원 이하 0.5%, 200억원 초과 400억원 이하 구간은 0.6%, 400억원 초과 구간은 0.7% 구조다.

따라서 같은 토지라도 종합합산인지 별도합산인지에 따라 세부담이 크게 달라진다. 이 사건에서 청구법인이 경정청구를 한 이유도 이 차이에 있다.

3. 지방세법 제106조 제1항

지방세법 제106조 제1항은 토지에 대한 재산세 과세대상을 종합합산, 별도합산, 분리과세로 나눈다. 별도합산과세대상은 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지와, 업무 또는 경제활동에 활용되는 일정 토지 등을 포함한다.

이 사건에서는 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목, 즉 건축물 부속토지에 해당하는지가 문제 되었다.

4. 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호

지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호는 공장용 건축물이 아닌 일반 건축물의 부속토지 중 일정 제외 사유에 해당하지 않는 토지를 별도합산과세대상으로 정한다. 다만 무제한으로 인정되는 것이 아니라 건축물 바닥면적 등에 용도지역별 적용배율을 곱해 산정한 면적 범위 안에서 인정된다.

이 때문에 조세심판원은 별도합산 가능성은 인정하면서도 실제 면적 산정은 다시 조사하라고 했다. 학교 운동장으로 쓰였다는 사실만으로 전체 57,750.8㎡가 곧바로 별도합산이 되는 것은 아니다. 건축물 부속토지로 볼 수 있는 범위와 용도지역별 적용배율 등을 확인해야 한다.

심판원 판단

조세심판원의 판단은 네 단계로 정리할 수 있다.

1. 종합부동산세 단계에서 과세 구분 오류를 다툴 수 있다

심판원은 재산세가 부과고지 방식이라 경정청구를 통한 권리구제가 어렵다는 점을 전제로 삼았다. 종합부동산세의 기초가 된 재산세 과세대상 구분이 잘못되었음이 확인된다면, 해당 재산세 부과처분을 더 이상 다툴 수 없는 상황이라도 종합부동산세의 과세 구분은 달리 판단할 수 있다고 보았다.

이 부분은 납세자에게 매우 중요하다. 처분청의 논리를 그대로 받아들이면, 지방자치단체의 재산세 과세자료가 잘못되었더라도 종합부동산세에서는 손을 쓸 수 없게 된다. 심판원은 종합부동산세가 재산세의 부가세가 아니라 별개의 독립한 국세라는 점을 고려해 별도 판단 가능성을 열어두었다.

2. 쟁점토지는 2019년부터 체육교육용으로 사용된 것으로 보인다

심판원은 청구법인이 제출한 자료를 근거로 쟁점토지가 2019년부터 국제학교의 체육교육을 위한 운동장과 체육시설로 사용된 것으로 보인다고 판단했다. 원문에서 심판원이 본 자료는 다음과 같다.

• 서귀포시 관련 공문에 체육시설이 국제학교에 부속된 운동장 내에 있다는 문언이 기재되어 있는 점
• 국제학교 내부자료로 보이는 수업시간표와 사진자료가 있는 점
• 2019년부터 2023년까지 항공사진상 운동장과 체육시설이 조성되어 유지된 점
• 처분청이 이를 배척할 만한 반대 증빙을 제시하지 못한 점

이 판단은 형식보다 실제 사용을 중시한 것이다. 특히 건축물대장에 부속토지로 명시되어 있지 않다는 사정만으로 실제 교육용 사용 사실을 배척하지 않았다.

3. 2023년 재산세·종합부동산세 환급 사실도 중요하다

심판원은 2023년에 지방자치단체가 쟁점토지와 관련해 종합합산으로 구분된 면적을 별도합산으로 재분류해 재산세를 환급했고, 처분청도 이에 따라 2023년 종합부동산세를 감액·환급한 사실을 중요하게 보았다. 같은 토지와 같은 기능의 시설에 대해 2023년에는 별도합산을 인정하면서, 2019년부터 2022년까지는 전부 종합합산으로 볼 충분한 이유가 있는지 의문이 생기기 때문이다.

물론 2023년 환급이 곧바로 과거 연도 전부의 자동 환급을 뜻하지는 않는다. 재산세와 종합부동산세는 매년 과세기준일 현재의 현황을 기준으로 판단해야 한다. 그러나 이 사건에서는 2019년부터 2023년까지 위성사진상 큰 변화가 없고, 학교 사용 자료도 제출되었기 때문에 2023년 환급 사실은 과거 연도 판단에도 상당한 의미를 가진다.

4. 다만 면적은 다시 확인해야 한다

심판원은 청구법인의 주장이 이유 있다고 보면서도 곧바로 전액 환급 결정을 하지 않았다. 청구법인이 쟁점토지 중 국제학교 체육교육용으로 사용된 면적을 처음부터 명확히 제시하지 않았고, 심리 과정에서 제출된 별도합산 면적 자료도 서로 달랐기 때문이다. 원문상 2024·2025년도 재산세 부과현황에는 10,954.69㎡, 조세심판관회의 자료에는 10,698㎡가 적혀 있었다.

따라서 주문은 “쟁점토지 일부가 국제학교 교육용 건축물의 부속토지로 사용된 것으로 보되, 해당 면적을 확인하는 등 별도합산과세대상 토지의 범위·면적 등을 재조사해 과세표준과 세액을 경정하라”는 형태가 되었다.

비교 결정례 및 판례

이 사건은 원문에서 여러 참조결정과 판례를 함께 언급한다. 각 자료의 의미를 분리하면 다음과 같다.

이 비교에서 중요한 점은 “지방자치단체가 종합합산으로 봤다”는 사정이 종합부동산세 사건에서 절대적인 방어 논리가 아니라는 것이다. 종합부동산세는 재산세 과세자료를 바탕으로 산정되지만, 납세자가 실제 사용 자료를 제출해 과세 구분 오류를 입증하면 별도 판단이 가능하다.

다만 이 결정이 모든 학교용지를 별도합산으로 넓게 인정한 것은 아니다. 조세심판원은 실제 사용, 건축물과의 기능적 연관, 면적 산정의 객관성을 요구했다. 그래서 결과도 취소가 아니라 재조사였다.

실무 시사점

1. 종합부동산세 합산 구분은 매년 따로 점검해야 한다

종합부동산세 고지서를 보면 세액 자체에만 집중하기 쉽지만, 토지분 종합부동산세에서는 종합합산과 별도합산 구분이 가장 먼저 확인되어야 한다. 같은 토지라도 구분이 바뀌면 세율 구조가 크게 달라진다.

특히 학교, 병원, 물류센터, 연구소, 공장, 복지시설처럼 넓은 부지를 쓰는 법인은 지방세 담당자가 일부 토지를 일반 토지로 처리했는지, 실제 건축물 부속토지나 업무용 토지로 볼 수 있는 부분이 빠져 있는지 확인해야 한다.

2. 지방세 자료가 틀렸다면 국세 단계에서도 다툴 수 있다

이 결정의 핵심은 재산세 과세자료가 잘못되었을 가능성이 있으면 종합부동산세 단계에서도 이를 다툴 수 있다는 점이다. 물론 가장 좋은 방법은 지방자치단체 단계에서 재산세 과세 구분을 바로잡는 것이다. 그러나 이미 재산세 불복기간이 지났거나 경정청구가 어려운 상황이라도 종합부동산세 경정청구와 심판청구를 검토할 여지가 있다.

실무에서는 지방자치단체와 세무서 양쪽을 동시에 관리해야 한다. 한쪽에서만 인정받고 다른 쪽에서 반영되지 않으면 세액이 완전히 바로잡히지 않는다.

3. 부속토지 주장은 “면적”까지 준비해야 한다

청구법인은 사용 사실을 상당 부분 입증했지만, 면적 자료가 일치하지 않아 재조사 결정을 받았다. 이 지점은 실무상 매우 중요하다. 부속토지라고 주장하려면 단순히 “운동장으로 사용했다”는 설명만으로는 부족하고, 다음 자료가 함께 있어야 한다.

• 지적도와 건축물 배치도
• 실제 사용 구역을 표시한 도면
• 건축물 바닥면적과 용도지역별 적용배율 계산표
• 과세기준일별 사용 현황
• 연도별 항공사진 또는 현장사진
• 재산세 과세대장상 면적과 차이 분석

면적 자료가 약하면 인용 가능성이 있어도 재조사로 남고, 재조사 단계에서 다시 처분청과 다툼이 생길 수 있다.

4. 지역주민 개방은 반드시 불리한 사정이 아니다

지방자치단체는 쟁점토지가 지역주민 생활체육 용도도 겸하고 있다는 점을 들어 부속토지성을 부정했다. 그러나 심판원은 이 사정만으로 학교 교육용 사용을 배척하지 않았다. 학교 운동장이 수업시간 외 지역주민에게 개방되는 것은 일반적으로 볼 수 있는 운영 방식이고, 그것이 본래의 교육용 기능을 부정하는 것은 아니기 때문이다.

다만 지역주민 사용이 주된 사용이고 학교 사용이 부수적이라면 결론은 달라질 수 있다. 따라서 학교나 공공시설은 사용 시간표, 예약 내역, 수업 배정표, 관리규정 등을 통해 주된 사용 목적이 무엇인지 보여주어야 한다.

5. 건축물대장 기재만 믿으면 안 된다

건축물대장에 부속토지로 명시되어 있지 않다는 사정은 처분청과 지방자치단체가 자주 드는 반박이다. 그러나 조세심판원은 부속토지 판단에서 실제 이용현황을 중시했다. 공부상 기재가 유리하면 당연히 좋지만, 불리하거나 불명확하더라도 실제 사용 자료로 다툴 수 있다.

반대로 납세자 입장에서도 공부가 유리하다고 끝난 것은 아니다. 실제 사용이 교육용이나 사업용이 아니라면 별도합산 주장은 약해진다. 결국 서류와 현장이 일치해야 한다.

실무 체크리스트

[ ] 고지서와 과세자료 확인

• 종합부동산세 토지분이 종합합산과 별도합산으로 어떻게 나뉘었는지 확인
• 재산세 과세대장상 토지 구분과 종합부동산세 고지서가 일치하는지 확인
• 과거 5년치 종합부동산세에 같은 오류가 반복되었는지 확인

[ ] 부속토지성 입증

• 건축물과 토지의 위치 관계를 표시한 배치도 확보
• 실제 사용 구역을 표시한 도면 확보
• 수업시간표, 시설 사용 신청서, 사진, 항공사진 확보
• 관리·운영·유지보수 계약서 또는 위탁관리협약서 확보
• 지역주민 개방이 있다면 학교 사용과 지역주민 사용의 시간·비율 구분 자료 확보

[ ] 면적 산정

• 전체 토지 중 부속토지 주장 면적을 별도 산정
• 건축물 바닥면적, 용도지역, 적용배율 계산표 작성
• 재산세 과세대장 면적과 자체 산정 면적 차이를 설명
• 연도별 과세기준일 현재 사용 현황을 분리해 정리

[ ] 불복 전략

• 지방자치단체 재산세 과세 구분 정정 가능성 검토
• 종합부동산세 경정청구 가능 기간 검토
• 지방세와 국세 처분을 각각 어느 절차에서 다툴지 정리
• 2023년 등 다른 연도에서 환급이나 정정 사례가 있는지 확인

[ ] 재조사 대응

• 처분청 현장확인에 대비해 사용 구역을 현장 표시
• 학교 또는 시설 운영자가 실제 사용 사실 확인서를 준비
• 면적 차이가 발생하는 경우 산정 방식별 차이를 표로 설명
• 처분청이 재산세 자료만 이유로 다시 거부하지 못하도록 독립 판단 법리를 제시

참고 자료

관련 법령

• 종합부동산세법 제5조: 주택분과 토지분 종합부동산세의 세액 구조
• 종합부동산세법 제11조: 토지에 대한 종합부동산세 과세방법
• 종합부동산세법 제14조: 토지분 종합합산세액과 별도합산세액의 세율
• 지방세법 제106조 제1항: 토지에 대한 재산세 과세대상 구분
• 지방세법 시행령 제101조: 별도합산과세대상 토지의 범위

관련 결정례 및 판례

이 글은 조세심판원 공개 결정문에 나타난 사실관계와 판단을 기준으로 정리한 것이다. 익명 처리된 금액, 지번, 당사자명은 원문 범위를 넘어 추정하지 않았다.