가공세금계산서 실지거래 여부, 사업 실질의 다층 입증 (조심2025서1484)

사건 개요

거래 구조

청구법인은 2020.12.30. 7개 여행사를 흡수합병하여 지점으로 운영하면서, 국내 면세점과 중국인 구매대행업자(이하 ‘따이공’) 간의 면세점 쇼핑을 알선하고 송객수수료를 지급받는 사업을 영위했다.

거래 구조는 다음과 같다:

면세점 ──(매출세금계산서 발행)──→ 청구법인
                                  │
                            (하도급 계약)
                                  │
                            중위여행사 ──(매입세금계산서 수취)──→ 청구법인
                                  │
                            하위여행사 / 따이공

청구법인은 따이공 모객업무를 중위여행사에 하도급하고, 면세점에 매출세금계산서를 발행하며, 중위여행사로부터 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고를 완료했다.

영등포세무서장 및 남대문세무서장(이하 ‘처분청’)은 세무조사 결과, 청구법인이 발급·수수한 매출·매입세금계산서 전액을 따이공 모객용역과 관련하여 실지 거래 없이 발급·수취한 거짓 세금계산서로 판단하여 2018년 제1기~2023년 제1기 부가가치세를 경정·고지하였다.

핵심 쟁점

이 사건은 세 가지 쟁점으로 구성된다.

첫째, 매출세금계산서의 실지거래 여부: 면세점에 발급한 매출세금계산서가 실지 송객용역의 대가인지, 아니면 면세점이 따이공에게 지급할 페이백 수수료를 단순 전달하는 가공거래인지가 문제된다.

처분청은 “청구법인은 실제 송객 행위를 수행하지 않았고, 면세점으로부터 받는 금액은 따이공에게 지급될 판매장려금(페이백)을 단순히 중개·전달하는 것에 불과하다"고 주장했다.

둘째, 매입세금계산서의 실지거래 여부: 중위여행사로부터 수취한 매입세금계산서가 실지 모객용역의 대가인지, 아니면 부가가치세 부담을 하위여행사에 전가하기 위한 가공거래인지가 문제된다.

처분청은 “중위여행사들은 인적·물적 시설 없이 청구법인과 동일한 IP에서 세금계산서를 발행하는 등 전형적인 가공거래 패턴을 보인다"고 주장했다.

셋째, 선의의 거래당사자 해당 여부: 설령 매입세금계산서가 가공이라 하더라도 청구법인이 선의·무과실인지가 문제된다.

관련 법령

부가가치세법 제39조 제1항 제2호 (공제하지 아니하는 매입세액)

세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

‘사실과 다르게 적힌 경우’에는 실물거래 없이 발급·수취한 가공세금계산서가 포함된다. 가공세금계산서로 판단되면 매입세액 공제가 부인되어 부가가치세 부담이 발생한다.

부가가치세법 제60조 (가산세)

부가가치세법 제11조 (용역의 공급)

용역의 공급은 ‘역무를 제공하는 것’ 또는 ‘시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것’을 말한다. 부가가치세가 다단계 거래세로서 가지는 특성상, 특정 거래가 용역의 공급에 해당하는지는 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다.

대법원 판례법리 — 가공세금계산서 판단 기준

1. 증명책임의 2단계 구조

대법원은 가공세금계산서 여부에 관한 증명책임을 이단계 구조로 정립하고 있다 (대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결 등).

제1단계 (원칙) — 과세관청의 증명책임:

특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다.

제2단계 (예외적 전환) — 납세자의 증명책임:

납세의무자가 신고한 특정 거래에 관한 세금계산서가 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다.

즉, 과세관청이 먼저 가공거래를 “상당한 정도"로 증명해야 하고, 그 후에야 납세자에게 실지거래 증명책임이 넘어간다.

2. 따이공 거래구조에서의 6요소 판단기준

면세점·여행사 다단계 거래구조에서 각 여행사가 조세회피 목적의 가공업체인지 여부는 다음 6가지 요소를 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다 (서울행정법원 2023.8.29. 선고 2023구합65761, 2024.8.23. 선고 2023구합74390 등):

최근 서울행정법원은 이 기준에 따라 따이공 다단계 거래구조에서 중위여행사의 거래를 대부분 가공으로 인정해 왔다 (2022구합68602, 2023구합65761, 2023구합74390 등).

법원은 특히 “정산서·기안서·수수료 이체내역은 수수료 수령·지급 사실을 증명할 뿐, 모객 용역을 실제로 수행했다는 직접 증거가 아니다"라고 판시한 바 있다.

3. 선의의 거래당사자 요건

대법원 2016.11.10. 선고 2016두31920 판결은 세금계산서불성실가산세의 정당한 사유에 대해 엄격한 기준을 제시했다:

세금계산서불성실가산세는 사업자가 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한다는 점에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니한다. 세금계산서불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있는지는, 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 할 것이어서 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는지 여부로 판단하여야 하며, 단지 가공거래라는 점을 알지 못하였다는 사정만으로 쉽게 정당한 사유가 있다고 단정하여서는 아니 된다.

즉, “몰랐다"는 것만으로는 부족하고, 거래처 선정 시 서류 징구, 현장실사, 신용조사 등 적극적 주의의무 이행을 입증해야 한다.

과거 조세심판원 결정례 비교

비교표: 주요 심판례의 판단 흐름

판례 흐름의 변화

2008~2010년대 (전통적 자료상 사안): 전형적인 자료상 패턴이 확인되면 가공거래로 인정. 명의대여, 매입 전무(당면 수입 등), 대금 즉시 현금출금, 금융거래 내역을 위장금융거래로 일축. 선의의 거래당사자 인정 매우 엄격.

2020년대 (따이공·면세점 다단계 구조): 새로운 거래구조 등장. 면세점 그룹번호, 페이백 수수료, 다단계 하도급 등 복잡한 구조. 법원은 “정산서·기안서·수수료 이체내역은 수수료 수령·지급 사실을 증명할 뿐, 모객 용역을 실제로 수행했다는 직접 증거가 아니다"라고 판시. 다만 그룹번호를 통한 면세점 매출 전산기록, 실제 직원 고용 등은 실지거래의 간접 증거로 평가.

이번 결정(조심2025서1484)의 핵심 판단

처분청의 주장 (가공거래를 지지하는 요소)

처분청은 다음 사정들을 근거로 전액 가공거래라고 주장했다:

• 중위여행사 12곳이 총 26회 불복청구를 제기했으나 대부분 청구기각으로 종결
• 청구법인이 직접 가이드나 따이공을 고용한 사실이 없음 (심문조서)
• 따이공 여권번호 등 따이공 정보를 관리한 사실이 없음
• 일부 중·하위여행사가 동일 CPU 고유번호를 사용
• 거래 대가 상당부분이 판매장려금 명목으로 따이공에게 흘러간 정황

심판원의 판단 — 전적 가공거래 인정에 부족

과거 판례가 따이공 거래구조를 대부분 가공으로 인정한 것과 달리, 심판원은 다음의 차별적 사정들을 종합적으로 평가하여 전적 가공거래 인정에 부족함이 있다고 보았다.

청구법인 측 유리 사정 (가공거래 인정을 흔드는 요소)

핵심 재결요지

처분청은 청구법인이 인적·물적 시설 없이 가공세금계산서를 수수하였다고 주장하나, 청구법인의 고유 그룹번호를 통한 면세점 매출 전산자료 및 금융거래 내역이 확인되고, 중위여행사에 선급금을 지원한 사실과 실제 직원을 고용하여 업무를 전담하게 한 정황 등이 확인되므로 이를 전적으로 가공거래라 인정하기에는 부족함.

재조사 명령의 구체적 내용

조세심판원은 다음 사항들을 재조사하도록 명했다:

1. 판매장려금 특정(구분) 여부: 면세점과의 계약 단계에서부터 따이공에게 지급될 판매장려금이 특정(구분)되었는지, 아니면 송객용역에 대해서만 계약이 진행되었는지
2. 직원의 상세 업무내역: 청구법인이 고용한 직원의 실제 업무내역 구체적 확인
3. 매출·매입세금계산서 실지거래 여부: 개별적·구체적 판단
4. 선의의 거래당사자 여부 (위장거래인 경우에 한하여)

이번 결정의 의미와 위치

첫째, “따이공 거래 = 가공"의 관행적 시각에 제동

최근 서울행정법원은 따이공 다단계 거래구조에서 중위여행사의 거래를 대부분 가공으로 인정해 왔다. 그러나 이 결정은 거래구조가 동일하더라도 개별 사안의 구체적 사정에 따라 가공거래가 아닐 수 있음을 명시했다.

둘째, 사업 실질의 다층적 입증 인정

단순히 “정산서만으로는 부족하다"는 기존 태도에서 나아가, 면세점 ERP 데이터, 선급금 지원, 직원 고용, 선급금 반환소송 승소, IP 상이 등 다양한 차원의 증거를 종합적으로 평가했다.

셋째, 과세관청의 입증책임 강조

“전적으로 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명되었다고 인정하기에 부족하다"는 표현은, 대법원 판례상 과세관청의 입증책임 원칙(2008두13446)을 사실상 재확인한 것이다. 과세관청이 “거짓 세금계산서"로 단정짓기 위해서는 청구법인의 반대 증거를 적극적으로 반박해야 한다.

넷째, 재조사 명령의 전략적 의미

“재조사하여 그 결과에 따라 경정하라"는 주문은 청구법인의 전면 승소가 아니다. 처분청이 추가 조사를 통해 부족한 입증을 보완하거나, 청구법인이 추가 자료를 제출할 기회가 부여되는 양면적 성격을 가진다.

실무적 시사점

1. 매출·매입 양쪽 모두 가공 의심된 경우의 대응 전략

따이공 거래구조와 같이 매출(면세점)과 매입(중위여행사) 양쪽 모두 가공 의심을 받는 경우, 체계적인 입증 전략이 필요하다.

매출세금계산서 실지거래 입증

매입세금계산서 실지거래 입증

선의의 거래당사자 주장 (위장거래에 한하여)

매입세금계산서가 위장(명의위장)인 경우, 선의의 거래당사자로서 매입세액공제를 주장할 수 있다. 다만 대법원 판례(2016두31920)상 단순히 가공거래인 줄 몰랐다는 것만으로는 부족하며, 다음의 적극적 주의의무 이행을 입증해야 한다:

• 거래처 선정 시 사업자등록증, 관허 등 서류 징구
• 사업장 직접 방문 현장실사 (실사일자, 내용, 시설 구체적 기록)
• 거래상대방의 신용조사 (법인등기부등본 확인 등)
• 업계 단체(구매대행발전협회 등) 활동을 통한 체납 방지 노력

2. 재조사 단계에서의 전략적 고려

이번 결정이 “재조사"로 나온 점을 감안할 때:

처분청의 추가 조사에 적극 대응: 처분청은 직원 업무내역, 판매장려금 구분 여부, 중위여행사의 실질 등을 추가 조사할 것으로 예상된다. 이에 대비한 구체적 자료 준비가 필요하다.

판매장려금 논점의 중요성: 처분청은 거래 대가의 상당부분이 따이공에게 흘러간 ‘페이백’ 성격이라고 주장하는 반면, 청구법인은 판매장려금이 별도로 구분되지 않았다고 주장한다. 이 논점에서 면세점과의 계약서, 정산서상 수수료율 산정 방식이 핵심 증거가 된다.

대법원 2023두52697 판결의 활용: 청구법인이 인용한 대법원 2023.11.30. 선고 2023두52697 판결은 그룹번호 사용 사실 등을 근거로 매출세금계산서의 적법성을 인정한 판결이다. 다만 이 판결과 동일한 거래구조를 다룬 것인지, 사안이 구체적으로 어떻게 다른지 정밀 비교가 필요하다.

부가가치세법 시행령 제75조 제9호 검토: 거래의 실질이 주선·중개에 해당함에도 다른 거래로 세금계산서를 발급받은 경우, 거래사실이 확인되고 세액을 신고·납부한 경우에는 매입세액 공제가 인정될 수 있다. 따이공 송객 용역의 실질이 주선·중개에 해당하는지 검토할 가치가 있다.

3. 공인회계사 실무 체크리스트

세무조사 대응 및 심판청구 시 점검 사항:

[ ] 매출거래 실재성

• 면세점 ERP 또는 전산 시스템상 그룹번호별 매출 기록 확보
• 면세점과의 계약서(공동마케팅 제휴협약서 등) 구체성 검토
• 수수료 정산서·정산 근거 자료 정비
• 본점·지점 명의 세금계산서 발급 문제 → 사업장 기재착오 가산세(1%) 주장 검토

[ ] 매입거래 실재성

• 중위여행사와의 계약서 구체성 (수수료율, 업무범위, 정산방법 등)
• 선급금 지원 근거자료 (지급요청서, 산정근거, 수령확인서)
• 선급금 반환 청구소송 판결문 (있는 경우)
• 현장실사 기록 (사업장확인서, 실사일자, 인적·물적 시설 내역)
• 세금계산서 발급 IP 주소 상이성 입증자료
• 따이공 정보(여권번호, 가이드 정보 등) 관리·송수신 내역

[ ] 사업 실질 입증

• 직원 고용 사실 및 상세 업무내역 (급여이체내역, 4대보험, 업무일지 등)
• 사업장 운영비용 지출 내역 (임대료, 관리비, 통신비 등)
• 조세회피 목적 부정 정황 (체납 방지 노력, 업계 단체 활동 등)

[ ] 선의·무과실 (위장거래인 경우)

• 거래처 선정 시 서류 징구 내역 (사업자등록증, 관헌, 법인등기부등본)
• 현장실사 수행 기록
• 가공거래 인지 가능성 부정 정황

참고 자료

• 부가가치세법 제11조 (용역의 공급)
• 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 (공제하지 아니하는 매입세액)
• 부가가치세법 제60조 (가산세)
• 부가가치세법 시행령 제75조 (매입세액 공제 예외)
• 대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결 (가공세금계산서 증명책임 원칙)
• 대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결 (증명책임 전환)
• 대법원 2016.11.10. 선고 2016두31920 판결 (세금계산서불성실가산세 정당한 사유)
• 대법원 2023.11.30. 선고 2023두52697 판결 (그룹번호 사용과 매출세금계산서 적법성)
• 서울행정법원 2023.8.29. 선고 2023구합65761 판결 (따이공 거래 6요소)
• 서울행정법원 2024.8.23. 선고 2023구합74390 판결
• 서울행정법원 2024.9.6. 선고 2022구합68602 판결
• 조세심판원 2009.12.14. 결정 조심2008서3494
• 조세심판원 2010.12.13. 결정 조심2010중3447
• 조세심판원 2022.1.24. 결정 조심2021중2148
• 조세심판원 최근 심판결정례

본 글은 2026.06.28 기준 공개된 법령·판례·심판례를 기준으로 작성되었다.