매도인이 상환한 오염토양 정화비용은 공동주택 취득가격이 아니다 — 조심2025지2568

토지에서 오염토양이 발견돼 정화공사를 해야만 공동주택 신축을 계속할 수 있었다면 그 정화비는 건축물 취득가격에 들어갈까. 조심2025지2568은 공사의 필요성만으로 답하지 않았다. 토지 매매계약에서 누가 비용을 최종 부담하기로 했는지, 법원 판결과 실제 지급으로 그 약정이 실현됐는지, 오염토양 정화공사와 건물 철거·건설폐기물 처리공사가 계약과 장부에서 분리됐는지를 함께 살폈다.

청구법인은 정화비를 공동주택 취득세 과세표준에 넣어 신고했지만, 토지 매도인은 법원 판결에 따라 그에 해당하는 금액을 토지 위탁자에게 지급했다. 조세심판원은 이 비용이 청구법인의 부담으로 귀속되지 않았고 토지의 하자를 복구하는 비용으로서 토지 본래의 가격에 포함된 것으로 보았다. 이에 따라 공동주택 취득비용으로 볼 수 없다며 경정청구 거부처분을 취소했다.

이 결정의 실무 가치는 오염토양 정화비가 언제나 건축물 과세표준에서 빠진다는 데 있지 않다. 비용의 이름보다 계약상 부담주체, 반환의 법적 근거, 실제 자금 흐름, 공사 범위의 구분, 회계처리의 일관성이 결론을 갈랐다는 데 있다.

사건 개요

공개 결정문의 주문은 치환 실패 없이 확인된다. 다만 취득가액, 정화비, 철거·폐기물 처리비, 신고세액, 판결금과 같은 금액은 OOO로 비식별 처리돼 있다. 따라서 제외될 과세표준과 환급세액을 이 글에서 계산할 수는 없다.

당사자 표기도 주의해서 읽어야 한다. 처분개요는 토지를 취득한 주체를 위탁자로 적고, 심리자료 설명 일부는 토지 취득세와 공동주택 취득세 신고 주체를 청구법인으로 적는다. 판결금 지급 부분도 매도인이 위탁자에게 지급했다고 확인한 대목과 청구법인에게 상환했다고 요약한 판단 대목이 함께 있다. 관리형토지신탁 구조에서 위탁자와 수탁자의 법적 지위가 나뉘므로, 공개 결정문의 표현만으로 자금 수령 계좌의 명의까지 단정하지 않는다. 확인되는 핵심은 토지 매매계약상 지위를 승계한 위탁자 측이 정화비를 먼저 지출했고, 매도인이 판결에 따라 그에 해당하는 금액을 실제 지급했다는 사실이다.

거래 구조

2016.5.10.
한국토지주택공사 ── 토지 매매계약 ── 이 건 매수인
      │                         │
      │                         └─ 특약:
      │                            오염토 등 지중폐기물 발견 시
      │                            매수인이 먼저 처리하고
      │                            매도인이 처리비 지급
      │
      ▼
2016.7.27.
매수인의 계약상 지위 일체 ── 권리양도 ── 위탁자
                                      │
                                      ▼
2017.8.7.부터 2017.8.9.까지
위탁자, 토지 취득 및 소유권이전등기
                                      │
                                      ▼
2017.9.19. 오염 발견·신고
2017.11.16. 및 2017.12.27. 정화조치명령
                                      │
                    ┌─────────────────┴─────────────────┐
                    ▼                                   ▼
       BBB·CCC와 오염토양 정화공사          EEE와 건물 철거·건설폐기물 처리
       별도 계약·별도 지급·별도 회계         별도 계약·별도 지급·별도 회계
                    │                                   │
                    │ 정화비 OOO원                      │ 쟁점외비용 OOO원
                    ▼                                   ▼
       위탁자 측이 먼저 비용 지출             공동주택 과세표준에 포함
                    │
                    ▼
2018.4.30.
위탁자 ── 관리형토지신탁 ── 청구법인 수탁자
                    │
                    ▼
2019.11.13. 공동주택 사용승인
2020.1.13. 정화비까지 공동주택 과세표준에 넣어 취득세 신고
                    │
                    ▼
2019.9.5.부터 2023.8.24.까지
위탁자 측, 매도인 상대 소송
1심과 항소심에서 매도인의 정화비 지급 책임 인정
                    │
                    ▼
2021.1.6. 매도인이 판결 직후 OOO원 지급
                    │
                    ▼
2025.1.3. 경정청구 → 2025.2.24. 거부
                    │
                    ▼
2026.6.30. 조세심판원, 거부처분 취소

이 구조에는 서로 다른 두 거래가 겹쳐 있다. 첫째는 오염되지 않은 정상 토지를 전제로 한 토지 매매와 하자보장 약정이다. 둘째는 그 토지 위에 공동주택을 신축해 취득한 거래다. 처분청은 정화 없이는 신축할 수 없었다는 기능적 연결을 강조했다. 심판원은 비용의 최종 귀속과 목적물을 더 중시해 정화비를 토지 하자 복구 영역에 놓았다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 오염토양 정화비용 OOO원이 청구법인이 신축한 공동주택의 사실상 취득가격에 포함되는지다. 이를 판단하려면 다음 질문을 차례로 풀어야 한다.

1. 정화비는 공동주택을 취득하기 위해 지급한 직접비 또는 간접비인가.
2. 공동주택 신축에 사실상 필요했다는 사정만으로 취득가격에 들어가는가.
3. 토지 매매계약의 특약과 판결에 따라 매도인이 상환한 금액을 청구법인의 최종 부담으로 볼 수 있는가.
4. 정화비는 토지 본래의 상태를 회복하는 하자 복구비인가, 공동주택 신축을 위한 부지조성비나 폐기물 처리비인가.
5. 오염토양 정화공사와 건물 철거·건설폐기물 처리공사가 실제 계약, 지급, 장부에서 구분됐는가.

지방세법상 사실상 취득가격은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위해 지급했거나 지급해야 할 비용을 중심으로 정해진다. 따라서 사업에 필요했다는 사실만으로 부족하고, 그 지출이 어떤 과세대상 물건의 가격인지와 납세의무자에게 최종 귀속됐는지를 함께 확인해야 한다.

청구인 주장

1. 최종 부담주체는 토지 매도인이라는 주장

청구법인은 정화비의 종국적 부담주체가 자신이나 위탁자가 아니라 한국토지주택공사라고 주장했다. 토지 매매계약 특약에는 오염토 등 불법 매립 지중폐기물이 발견되면 매수인이 먼저 처리한 뒤 매도인에게 비용을 청구하고, 매도인이 이를 지급한다는 내용이 있었다.

위탁자 측이 정화비를 먼저 낸 것은 공사를 계속하기 위한 선지출일 뿐이었다는 논리다. 이후 법원도 매도인의 지급 책임을 인정했고, 매도인은 1심 판결 직후 OOO원을 실제 지급했다. 따라서 경제적 부담이 매도인에게 돌아간 이상 청구법인이 공동주택 취득을 위해 부담한 원가로 볼 수 없다고 했다.

2. 정화의무는 건축공사와 별개의 토양 보전 의무라는 주장

토양환경보전법은 토지 소유자 또는 점유자가 오염 사실을 발견하면 지체 없이 신고하고, 관할 지방자치단체장의 명령에 따라 정화조치를 하도록 정한다. 청구법인은 이 의무가 건축공사의 존재와 무관하게 발생한다고 보았다. 건물을 짓지 않더라도 오염을 발견하면 정화해야 하므로, 정화비가 공동주택 건설공사 때문에 발생한 비용은 아니라는 주장이다.

토지 매매대금도 오염이 없는 정상 토지를 전제로 정해졌다고 했다. 정화를 통해 토지가 본래 상태를 회복했고, 토지 취득에 관한 취득세는 이미 정상 토지의 매매대금을 기준으로 신고·납부했다는 설명이다.

3. 토지 관련 비용과 건축물 관련 비용은 구분된다는 주장

청구법인은 오염토양 정화공사를 BBB 주식회사와 CCC 주식회사에 맡겼다. 기존 건축물 철거와 건설폐기물 처리는 EEE 주식회사에 따로 맡겼다. 두 공사는 시공사, 계약, 지급, 회계처리가 구분됐다.

철거와 건설폐기물 처리비 OOO원은 쟁점외비용으로 공동주택 취득세 과세표준에 이미 포함했다. 반면 OOO원의 정화비는 토양환경보전법상 정화조치를 위한 비용이었다. 청구법인은 이 구분이 비용의 실질을 보여준다고 주장했다.

4. 판결에 따라 반환된 금액은 과세표준에서 빠져야 한다는 주장

청구법인은 취득세 신고 당시 과세표준에 넣은 금액이 법원 판결이나 그와 같은 효력이 있는 결정에 따라 매도인에게서 반환되고, 판결문과 금융거래로 반환 사실이 확인되면 과세표준에서 제외된다는 기존 결정의 법리를 들었다.

이 사건에서도 매도인이 판결에 따라 정화비 상당액을 지급했으므로, 처음 신고할 때 포함했던 금액을 그대로 공동주택 취득가격으로 남겨둘 수 없다고 보았다. 처분청이 든 건설폐기물 처리비 사건은 오염토양 정화비가 아니고, 토지 취득 뒤 별도 협의로 전매도인과 비용을 정한 사안이라 사실관계가 다르다고 반박했다.

5. 오염토양과 건설폐기물을 같은 것으로 볼 수 없다는 주장

청구법인은 오염토양에 폐비닐, 자갈, 폐플라스틱, 폐철, 폐콘크리트 등이 섞여 있어도 토양환경보전법상 정화절차를 거쳐야 한다고 주장했다. 비용 절감을 이유로 이를 일반 건설폐기물과 같은 방식으로 처리할 수 없다는 설명이다.

결정문에 인용된 대법원 2008도2907 판결도 오염토양은 법에 따른 정화 대상이지 곧바로 투기나 폐기의 대상이 되는 폐기물은 아니라는 취지다. 청구법인은 이를 근거로 토양정화공사와 철거·폐기물 처리공사의 법적 성격이 다르다고 강조했다.

처분청 의견

1. 공동주택 신축에 필수인 비용이라는 의견

처분청은 오염토를 정화하지 않고는 공동주택 신축사업을 진행할 수 없었다는 점을 중시했다. 정화비는 공동주택의 신축과 취득을 위한 필수 불가결한 비용이므로 사실상 취득가격에 포함된다는 입장이다.

지방세법 시행령 제18조 제1항은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위해 거래 상대방이나 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 간접비용을 취득가격에 넣는다. 같은 항은 취득에 필요한 용역 대가인 용역비와 수수료도 간접비용으로 든다. 처분청은 정화공사를 공동주택 취득에 필요한 용역으로 파악했다.

2. 비용 부담주체보다 지출의 필요성이 중요하다는 의견

처분청은 정화비가 실제로 지출됐고, 공동주택을 취득하려면 그 지출이 불가피했다는 사실이 확인되면 부담주체가 누구인지와 관계없이 취득가격에 들어간다고 보았다. 토지 매도인이 나중에 비용을 지급했더라도 취득 당시 이미 성립한 과세표준에는 영향을 주지 않는다는 논리다.

이 견해에 따르면 사후 상환은 청구법인 측과 매도인 사이의 손해배상 또는 비용정산 문제일 뿐, 공동주택 완성에 투입된 원가라는 성격을 바꾸지 않는다.

증거와 사실인정

공개 결정문에는 매매계약 특약, 정화조치명령, 법인장부, 판결의 주요 내용이 표 또는 그림으로 제시됐지만 상당 부분이 OOO로 가려져 있다. 법원 사건번호도 OOO로 비식별 처리됐다. 따라서 사건번호를 추정하거나 판결금의 세부 산식을 만들 수 없다.

증거의 연결은 강하다. 특약이 부담의 법적 근거를 보여주고, 판결이 그 책임을 확인하며, 금융거래가 실제 상환을 증명한다. 별도 도급계약과 장부는 정화비가 건물 철거·건설폐기물 처리비와 섞이지 않았음을 보여준다. 어느 하나만 있었다면 결과가 달라질 수 있다. 예를 들어 특약만 있고 실제 상환이 없거나, 일괄 도급과 통합 장부 때문에 정화비를 분리할 수 없다면 최종 귀속과 비용 성격의 입증력이 약해진다.

관련 법령

지방세법 제10조

취득세의 과세표준은 원칙적으로 취득 당시의 가액으로 한다. 판결문이나 법인장부 등 대통령령으로 정하는 자료에 따라 취득가격이 증명되는 취득은 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다.

이 사건 공동주택의 취득세 신고에 적용된 결정문 수록 법령은 2020.8.12. 법률 제17473호로 개정되기 전의 지방세법이다. 법인장부로 취득가격이 증명되는 법인의 취득에서는 장부에 들어간 모든 지출이 아니라, 과세대상 물건을 취득하기 위해 지급한 가격인지가 문제 된다.

결정문은 토지 지목변경에 관한 지방세법 제10조 제3항도 함께 살폈다. 토지의 지목을 사실상 바꿔 가액이 증가하면 그 증가액이 별도의 취득세 과세표준이 될 수 있다. 이는 정화비가 공동주택 취득가격이 아니라면 아무 과세영역과도 관계없다는 뜻이 아니라, 비용이 귀속될 과세대상과 과세유형을 먼저 구분해야 한다는 점을 보여준다. 다만 이 사건 처분은 공동주택 취득세 과세표준에서 정화비를 뺄 수 있는지가 직접 쟁점이었고, 지목변경 취득세를 새로 부과할 수 있는지는 주문에서 판단하지 않았다.

지방세법 시행령 제17조

토지 지목변경의 과세표준은 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 변경 뒤 가액에서 변경 전 가액을 뺀 금액으로 한다. 판결문 또는 법인장부로 지목변경에 든 비용이 입증되면 그 비용으로 한다.

결정문이 이 조문을 언급한 이유는 정화비가 어느 자산의 가치와 연결되는지 살피기 위해서다. 토지 자체의 상태를 회복하거나 지목변경에 드는 비용과 건축물 신축비는 과세대상이 다를 수 있다. 그러나 심판원은 이 사건에서 정화비를 지목변경 취득세 과세표준으로 확정하지 않았다.

지방세법 시행령 제18조 제1항과 제2항

사실상 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위해 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 법이 정한 간접비용의 합계액으로 한다. 취득에 필요한 용역의 대가인 용역비·수수료와 당사자 약정에 따른 취득자 조건 부담액도 간접비용에 포함된다.

취득하는 물건과 별개의 권리에 관한 보상 성격의 비용, 부가가치세, 그 밖의 일정한 비용은 취득가격에서 제외한다.

처분청은 정화공사를 공동주택 취득에 필요한 용역으로 보았다. 심판원은 해당 물건이라는 연결고리를 더 엄격하게 살폈다. 취득 전에 지급원인이 확정된 비용이라도 취득 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 그 물건 자체의 가격으로 볼 수 없다면 과세표준에 넣을 수 없다는 법리를 적용했다.

토양환경보전법 제2조와 제11조

토양정화란 생물학적 또는 물리적·화학적 처리 등의 방법으로 토양 중 오염물질을 줄이거나 제거하고, 오염물질에 따른 위해를 완화하는 것을 말한다.

토지 소유자 또는 점유자가 소유·점유 중인 토지의 오염 사실을 발견하면 지체 없이 관할 지방자치단체장에게 신고해야 한다. 조사 결과 오염도가 기준을 넘으면 지방자치단체장은 정화책임자에게 정밀조사나 오염토양 정화조치를 명할 수 있다.

이 규정은 정화공사의 공법과 행정상 의무를 정한다. 취득세 과세표준 포함 여부를 직접 정하는 규정은 아니다. 다만 정화가 일반적인 건축 편의를 위한 선택적 공사가 아니라 오염된 토지의 위해를 줄이는 법정 조치라는 점을 보여줘 비용의 목적을 구분하는 데 쓰였다.

토양환경보전법 시행규칙 제18조

정화조치 명령을 이행한 경우 개선명세서나 토양정화검증보고서 등을 붙여 이행보고를 해야 한다. 검증보고서에는 정화방법, 정화과정, 오염도 변화, 환경관리, 정화일지, 반출 및 재사용 내역 등이 포함된다.

실무에서는 이행보고와 검증보고서가 공사의 성격과 범위를 가르는 증거가 된다. 일괄 공사비 안에서 정화비만 분리해야 할 때는 도급계약서와 세금계산서뿐 아니라 정화검증 자료가 필요하다.

건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률 제2조와 건설산업기본법 제2조

건설폐기물은 건설공사로 인해 건설현장에서 발생하는 일정 규모 이상의 폐기물을 말한다. 건설공사는 시설물의 설치·유지·보수, 부지조성, 구조물 설치와 해체 등을 포함한다.

이 사건에서는 건물 철거와 건설폐기물 처리비가 정화비와 별도로 존재했다. 두 법 체계의 정의만으로 취득세 결론이 정해지지는 않지만, 계약 범위와 폐기물 발생 원인을 나눠 기록해야 한다는 근거가 된다.

심판원 판단

1단계: 사실상 취득가격의 기본 범위 확인

심판원은 지방세법 제10조와 같은 법 시행령 제18조를 출발점으로 삼았다. 사실상 취득가격에는 과세대상 물건의 취득시기 이전에 지급원인이 발생하거나 확정된 비용 중 물건 자체의 가격으로 지급됐다고 볼 수 있는 금액과 그에 준하는 취득절차비용이 들어간다.

결정문은 대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결을 같은 뜻의 기준으로 제시했다. 핵심은 지급 시점만이 아니다. 비용이 해당 물건을 취득하기 위한 것인지, 물건 가격이나 이에 준하는 취득절차비용인지가 함께 충족돼야 한다.

2단계: 사후 반환이 객관적으로 확정됐는지 확인

청구법인 측은 정화비를 먼저 지급한 뒤 매도인을 상대로 소송을 제기했다. 서울서부지방법원과 서울고등법원은 매도인의 지급 책임을 인정했다. 매도인은 1심 판결 직후인 2021.1.6. OOO원을 실제 지급했다.

심판원은 취득세 신고 당시 과세표준에 넣은 금액 중 일부가 법원 판결이나 같은 효력의 결정에 따라 매도인 등에게서 반환되고, 판결문과 금융거래로 그 사실이 확인되면 반환액을 과세표준에서 제외한다는 조심2020지1086의 기준을 적용했다. 단순한 사후 합의나 장부상 대체가 아니라 판결과 실제 지급이 함께 확인된 점이 중요했다.

3단계: 매매계약 특약으로 비용의 원인을 판단

토지 매매계약은 오염토 등 불법 매립 지중폐기물이 발견되면 매수인이 먼저 처리하고 매도인이 비용을 지급하도록 정했다. 심판원은 이 특약을 매도인이 토지에 오염 관련 하자가 없음을 보장하기 위해 둔 것으로 보았다.

이에 따라 정화비는 공동주택을 새로 만들기 위한 순수한 건축원가라기보다, 매매 목적물인 토지의 하자를 복구하기 위해 매도인이 부담하기로 한 금액으로 평가됐다. 매수인 측의 선지출은 공사 일정상 먼저 지급한 것이고, 최종 부담은 판결과 지급을 통해 매도인에게 돌아갔다.

4단계: 비용이 어느 과세대상 물건의 가격인지 구분

결정문은 취득 전에 지급원인이 확정된 비용이라도 취득 대상이 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 것이면 해당 과세대상 물건의 취득가격에 넣을 수 없다는 대법원 2011.1.13. 선고 2009두22034 판결의 기준을 들었다.

정화공사가 공동주택 신축에 사실상 필요했다는 점은 부정되지 않았다. 그러나 사업 수행의 필요성과 공동주택 자체 가격에의 귀속은 같은 문제가 아니다. 심판원은 오염 하자가 없는 토지를 넘겨받기 위한 매매대금과 하자 복구 관계를 중심으로 정화비를 토지 본래의 가격에 포함된 것으로 파악했다.

여기서 표현을 정확히 읽어야 한다. 심판원이 정화비를 토지의 추가 취득가격으로 과세하라고 판단한 것은 아니다. 매도인이 부담한 하자 복구비가 공동주택이라는 별도 과세대상 물건의 취득가격은 아니라는 판단이다.

5단계: 정화공사와 철거·폐기물 처리공사의 실제 분리 확인

청구법인 측은 정화공사를 BBB와 CCC에 맡기고, 건물 철거 및 건설폐기물 처리는 EEE에 맡겼다. 계약 상대방과 공사 범위가 달랐고 지급과 회계처리도 나뉘었다. 청구법인은 철거·폐기물 처리비를 쟁점외비용으로 공동주택 과세표준에 포함했다.

이 구분은 정화비 전체를 편의상 토지 비용이라고 이름 붙인 것이 아니라는 점을 뒷받침했다. 심판원은 실제 계약과 장부가 오염토양 정화와 건축 관련 철거·폐기물 처리를 구분하고 있다는 점을 독립된 판단 요소로 제시했다.

6단계: 공동주택 취득가격에서 제외하고 거부처분 취소

심판원은 세 요소를 종합했다. 첫째, 정화비는 판결과 지급으로 매도인에게 최종 귀속됐다. 둘째, 토지 매매계약의 하자보장 특약에 따른 비용으로서 공동주택 자체 가격이라고 보기 어려웠다. 셋째, 정화공사와 철거·건설폐기물 처리공사가 별도로 계약되고 지급 및 회계처리도 구분됐다.

이에 따라 정화비는 청구법인의 부담으로 귀속되지 않았고 토지 본래의 가격에 포함된 것으로 보이므로, 청구법인이 취득한 공동주택의 취득세 과세표준에 포함하기 어렵다고 판단했다. 2025.2.24.자 경정청구 거부처분은 취소됐다.

비교 결정례·판례의 확인 범위와 법리 기준

공개 결정문의 참조결정에는 조심2018서0834, 조심2023서9318, 조심2020지1086, 조심2023지4759, 조심2014지0637이 적혀 있다. 심판원 판단문은 이 가운데 조심2020지1086을 반환금의 과세표준 제외 기준으로 직접 원용했고, 대법원 95누4155와 2009두22034 판결을 취득가격 범위의 법리로 제시했다.

국가법령정보센터 판례정보에서 대법원 95누4155, 2009두22034, 2008도2907의 사건번호, 선고일, 판결요지와 주문을 확인했다. 조심2020지1086은 토지 분양대금 중 반환받은 금액의 취득세 과세표준 포함 여부를 다룬 2021.7.12. 결정으로 확인했다. 조심2014지0637은 공식 전문을 확인했으며, 2014.10.27. 매입 부가가치세와 철거비는 토지 취득가격에서 제외하고 오염토양 정화비는 토지 취득세 과세표준에 포함하는 내용으로 경정하도록 한 결정이다. 나머지 세 심판결정은 이 사건 공개 결정문의 참조결정과 당사자 주장에 적힌 범위까지만 반영했으며, 별도 전문 확인을 거치지 않았다.

법리 기준 1: 필요성보다 귀속 대상이 먼저다

어떤 비용이 사업을 진행하는 데 필수였다는 사실은 취득가격 포함을 뒷받침하는 강한 사정이다. 그러나 그것만으로 충분하지 않다. 지방세법 시행령은 해당 물건을 취득하기 위한 비용을 요구한다. 토지 하자를 복구하는 비용인지, 건축물을 완성하는 비용인지, 취득물건과 별개의 권리에 관한 비용인지가 먼저 구분돼야 한다.

이 사건에서 정화 없이는 공동주택을 지을 수 없었다. 그럼에도 심판원은 매매계약의 하자보장 특약과 최종 비용 부담을 근거로 공동주택 자체의 취득가격이 아니라고 봤다. 필수 불가결성은 중요한 요소지만 독립된 충분조건은 아니라는 뜻이다.

조심2014지0637과의 차이는 여기서 선명해진다. 그 결정에서는 매도인 책임에 속하는 오염원 처리비를 매수인이 토지 매매 약정에 따라 일정 한도까지 부담했고, 그 부담이 토지 취득 전에 확정됐으며 최종 비용도 매수인에게 남았다. 그래서 매입 부가가치세와 철거비는 제외하면서도 오염토양 정화비는 토지 취득세 과세표준에 포함했다.

이번 사건은 반대 구조다. 토지 매매계약의 하자보장 특약이 매도인의 정화비 지급 책임을 정했고, 법원 판결과 실제 상환으로 그 책임이 실현돼 최종 비용이 매도인에게 귀속됐다. 오염토양 정화공사도 공동주택의 철거·건설폐기물 처리공사와 계약, 지급, 회계에서 분리됐다. 무엇보다 조심2014지0637은 토지 취득세 과세표준을 판단했지만 이번 사건의 직접 쟁점은 나중에 신축한 공동주택의 과세표준이다. 두 결정은 정화비라는 이름만으로 결론을 정한 것이 아니라, 과세대상 물건과 취득 전 약정, 최종 부담주체를 달리 확인해 서로 다른 결론에 이르렀다.

법리 기준 2: 사후 반환은 형식보다 확정성과 실제 이행이 중요하다

취득 뒤 돈을 돌려받았다고 해서 모든 경우에 취득가격이 줄어드는 것은 아니다. 이 사건에서는 매도인의 부담을 정한 계약 특약이 있었고, 법원 판결이 책임과 금액을 확인했으며, 금융거래로 지급까지 확인됐다.

따라서 단순한 할인 협의, 관계회사 사이의 장부 대체, 회수되지 않은 손해배상채권과는 구분해야 한다. 반환의 법적 원인과 실제 이행을 함께 입증해야 한다.

법리 기준 3: 같은 현장의 공사비도 쪼개서 봐야 한다

정화공사, 터파기, 기존 건물 철거, 건설폐기물 처리, 토목공사, 지목변경 공사는 같은 현장에서 연속해 진행될 수 있다. 그러나 취득세에서는 비용별 목적물과 발생 원인이 다를 수 있다.

이 사건은 정화공사와 철거·폐기물 처리공사가 다른 시공사와 별도 계약으로 진행됐고 회계처리도 분리됐다. 반대로 일괄도급 하나로 처리하고 공종별 내역이 없다면 유리한 법리를 적용하기 어렵다.

법리 기준 4: 다른 세목의 결정은 비용 성격을 설명할 뿐 결론을 대신하지 않는다

양도소득세 결정에서 정화비가 토지 본래 기능 회복 비용으로 인정됐다는 사정은 비용의 경제적 성격을 이해하는 데 도움이 된다. 하지만 양도소득세의 필요경비와 취득세의 사실상 취득가격은 법적 구조가 다르다.

다른 세목의 결정례는 보조 근거로 쓰고, 취득세에서는 지방세법 제10조와 시행령 제18조에 따라 해당 과세대상 물건과의 관련성, 지급원인, 최종 귀속을 다시 판단해야 한다.

실무 시사점

1. 매매계약 단계에서 토양오염 위험을 비용 부담 조항으로 분리해야 한다

오염 가능성이 있는 토지는 환경조사 조항만으로 부족하다. 오염 발견 시 신고와 정밀조사를 누가 맡는지, 정화공사를 누가 발주하는지, 공사 지연 위험을 누가 부담하는지, 매수인이 먼저 지출하면 어떤 자료로 얼마를 청구하는지, 매도인의 지급 시기를 언제로 할지 정해야 한다.

이 사건에서는 매수인이 먼저 처리하고 매도인이 그 비용을 지급한다는 특약이 있었다. 이 문구가 판결과 상환의 토대가 됐다. 특약이 없다면 민법상 하자 책임이나 토양환경보전법상 정화책임을 별도로 다퉈야 하고, 취득세 경정청구에서도 최종 부담주체 입증이 어려워질 수 있다.

2. 선지출과 최종 부담을 장부에서 구분해야 한다

공사 일정 때문에 매수인이나 사업시행자가 정화비를 먼저 내는 경우가 있다. 이때 비용을 일반 공사원가에 영구 귀속시키면 나중에 매도인에게서 돌려받아도 경정청구 논리가 흐려진다.

선급 성격, 매도인에 대한 미수금 또는 손해배상채권, 소송 진행, 판결금 수령을 일관되게 기록해야 한다. 세무전문가는 취득세 신고 때부터 계약상 구상권과 반환 가능성을 검토해 과세표준 포함 여부와 뒤의 경정청구 자료를 함께 준비해야 한다.

3. 환경정화와 건축 관련 폐기물 처리를 공종별로 나눠야 한다

도급계약서에는 오염토 굴착, 운반, 반입·반출, 정화, 검증, 되메우기와 기존 건물 철거, 폐콘크리트 처리, 일반 토공을 구분해 적는 편이 안전하다. 세금계산서, 기성청구서, 작업일보, 계근표, 정화검증보고서도 같은 구분을 따라야 한다.

이 사건에서 철거·건설폐기물 처리비는 공동주택 과세표준에 남고 정화비만 제외됐다. 정화라는 이름을 붙인 전체 현장비를 한꺼번에 제외한 결정이 아니다.

4. 경정청구는 판결문만이 아니라 실제 지급까지 연결해야 한다

판결이 있어도 돈을 받지 못했거나, 지급액이 어떤 비용에 대응하는지 불명확하면 과세표준 감소를 입증하기 어렵다. 판결 주문, 판결 이유의 손해 항목, 입금 계좌, 지급일, 회계전표를 하나의 표로 맞춰야 한다.

판결금에 원금, 지연손해금, 소송비용이 섞여 있다면 취득세 과세표준에서 뺄 수 있는 원금 부분을 분리해야 한다. 공개 결정문에서는 금액이 OOO로 가려져 있으므로 이 사건의 구체적 배분까지 확인할 수 없다.

5. 공동주택 취득가격 제외와 토지 관련 과세 문제를 섞으면 안 된다

정화비가 공동주택 취득가격에서 빠진다고 해서 모든 지방세 문제가 끝나는 것은 아니다. 토지 취득가격, 지목변경 과세표준, 토지 매매대금 조정, 매도인의 하자보장, 회계상 토지원가 가운데 어디에 연결되는지는 별도 검토가 필요하다.

심판원은 관련 법령으로 지목변경 과세표준 규정을 제시했지만, 주문은 공동주택 취득세 경정청구 거부를 취소했을 뿐이다. 이 결정을 토지 지목변경 취득세까지 비과세한 사례로 넓혀 읽으면 안 된다.

6. 신탁사업에서는 위탁자와 수탁자의 자료를 한 묶음으로 맞춰야 한다

관리형토지신탁에서는 토지 매매계약과 정화비 선지출은 위탁자 측에서, 건축물 취득과 취득세 신고는 수탁자 명의에서 이루어질 수 있다. 경정청구 때는 계약상 지위 승계, 신탁계약, 공사계약, 세금계산서, 지급계좌, 판결금 수령, 장부 반영이 서로 다른 법인에 흩어진다.

공개 결정문에도 신고 주체와 판결금 수령 주체의 표현이 일부 엇갈린다. 실제 사건을 맡을 때는 각 행위의 법적 주체와 회계 주체를 표로 정리해야 한다. 경제적 동일성만 주장해서는 납세의무자에게 비용이 귀속되지 않았다는 점을 충분히 설명하기 어렵다.

7. 신고 단계에서 불확실성을 남길 때는 뒤의 정정 경로를 준비해야 한다

정화비 부담에 관한 소송이 끝나기 전에 건축물이 준공되면 취득세 신고기한이 먼저 온다. 신고 당시 비용을 과세표준에 넣을지 뺄지는 가산세 위험과 증빙 상태를 고려해 판단해야 한다.

일단 포함해 신고한 뒤 판결과 상환이 확정되면 경정청구하는 접근도 가능하지만, 경정청구 기간과 불복기한을 관리해야 한다. 이 사건은 2020.1.13. 신고 뒤 2025.1.3. 경정청구가 제기됐다. 구체적 기한 판단은 각 신고일과 법정신고기한, 당시 적용 법령을 따로 확인해야 한다.

실무 체크리스트

계약과 책임

• 토지 매매계약에 토양오염과 지중폐기물에 관한 진술·보장 조항이 있는가
• 오염 발견 시 조사, 신고, 정화, 검증을 누가 맡는지 정했는가
• 매수인이 먼저 지급할 때 매도인의 상환 범위와 절차가 명확한가
• 계약상 지위가 양도되거나 신탁된 경우 비용 청구권도 적법하게 승계됐는가
• 정화책임과 민사상 최종 비용 부담을 구분했는가

공사와 증빙

• 오염토양 정화공사와 철거·건설폐기물 처리공사를 별도 계약했는가
• 일괄도급이라면 공종별 수량, 단가, 기성, 시공사를 분리할 수 있는가
• 정화조치명령, 정밀조사보고서, 정화계획서, 검증보고서를 보관했는가
• 오염토 반출입 내역, 계근표, 운반전표, 작업일보가 계약금액과 맞는가
• 세금계산서와 금융거래가 공종별 장부 계정과 일치하는가
• 부가가치세가 취득가격에서 별도로 제외됐는가

취득세 과세표준

• 비용이 토지, 지목변경, 건축물 가운데 어느 과세대상에 귀속되는가
• 취득시기 이전에 지급원인이 발생하거나 확정됐는가
• 해당 물건 자체의 가격 또는 취득절차비용으로 볼 수 있는가
• 사업에 필요했다는 사실 외에 목적물과의 직접 연결이 입증되는가
• 납세의무자가 최종 부담한 금액인가
• 매도인 반환액, 보험금, 구상금, 손해배상금이 원가에서 중복되지 않았는가

판결과 반환

• 판결이 확정됐는지와 지급명령의 상대방을 확인했는가
• 판결금 중 정화비 원금, 지연손해금, 소송비용을 나눴는가
• 실제 입금액과 입금일이 금융거래로 확인되는가
• 판결상 권리자, 실제 수령자, 취득세 납세의무자의 관계가 설명되는가
• 반환액을 장부에서 공사원가 차감, 미수금 회수 등 일관된 방식으로 처리했는가

경정청구와 불복

• 신고일, 법정신고기한, 경정청구 기한을 확인했는가
• 당초 신고서와 과세표준 명세에서 정화비 포함액을 특정할 수 있는가
• 경정청구서에 계약, 판결, 금융거래, 회계처리를 하나의 흐름으로 제시했는가
• 철거비 등 과세표준에 남길 비용과 제외를 구하는 비용을 분명히 나눴는가
• 경정청구 거부 뒤 이의신청과 심판청구 기한을 관리했는가
• OOO로 가려진 타 사건 금액을 임의로 추정하지 않았는가

참고 자료

• 조세심판원 조심2025지2568, 2026.6.30., 취득세 등 경정청구 거부처분 취소
• 지방세법 제7조·제10조, 결정문 수록 적용 법령
• 지방세법 시행령 제17조·제18조, 결정문 수록 적용 법령
• 토양환경보전법 제2조·제11조·제15조의2
• 토양환경보전법 시행규칙 제18조
• 건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률 제2조
• 건설산업기본법 제2조
• 대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결, 사실상 취득가격의 범위
• 대법원 2011.1.13. 선고 2009두22034 판결, 취득 대상이 아닌 물건·권리 관련 비용의 제외 기준
• 대법원 2011.5.26. 선고 2008도2907 판결, 오염토양과 폐기물의 구분
• 조세심판원 조심2020지1086, 2021.7.12., 판결 등에 따라 반환된 금액의 과세표준 제외
• 조세심판원 조심2014지0637, 2014.10.27., 매입 부가가치세·철거비 제외 및 취득 전 조건 부담으로 확정된 오염토양 정화비의 토지 취득세 과세표준 포함
• 조세심판원 조심2018서0834, 2018.4.11., 오염토양 정화비와 토지 본래 기능 회복
• 조세심판원 조심2023서9318, 2024.1.10., 오염토양 정화비의 비용 성격
• 조세심판원 조심2023지4759, 2024.11.18., 건설폐기물 처리비 비교
• 조세심판원 공개 결정문: https://www.tt.go.kr/mUser/dem/searchEngineDemViewPopup.do?semok=96&dem_no=224196&menuNm=demList

이 글의 비교 자료 가운데 사건번호와 인용 취지는 조심2025지2568 공개 결정문에 적힌 내용을 기준으로 정리했다. OOO로 비식별 처리된 민사 판결 사건번호와 금액은 복원하거나 추정하지 않았다. 각 사건을 실제 신고나 불복에 적용할 때는 해당 결정문과 판결문 전문, 사건 당시 시행 법령을 다시 확인해야 한다.