[일부 인용] 휴면법인 인수 중과는 유지하고 중복 계상한 철거비와 PM수수료는 뺀 사건 (조심2024지1897)

법인의 장부에 매출이 적혀 있다는 사실만으로 휴면법인 인수에 따른 취득세 중과를 피할 수 있는 것은 아니다. 이 사건에서 심판원이 최종 판단의 근거로 든 것은 매입매출장의 신빙성, 매출 횟수와 규모, 인수 전후 임원 전부 교체와 본점·상호·목적사업 변경이다.

조세심판원은 이러한 사정을 근거로 쟁점법인이 쟁점기간 동안 사업실적이 있었다고 보기 어렵다고 판단했다. 이에 따라 휴면법인 인수 후 5년 이내 대도시 부동산 취득에 대한 중과는 유지했다. 거래 내용이 기존 목적사업과 맞지 않는다는 지적과 운영비 지출이 부족하다는 지적은 처분청 의견에 나온 것으로, 심판원의 최종 판단 근거와 구분해야 한다.

그러나 과세표준 쟁점은 비용별로 결론이 갈렸다. 기존 건축물의 철거공사비와 석면해체공사비, PM수수료는 제①부동산과 제②건축물의 취득 관련 장부에 중복 반영된 사실이 확인되어 주식회사 A에 대한 과세표준에서 제외되었다. 반면 중개수수료는 법인 장부와 전자세금계산서 사이의 차이를 설명할 객관적 자료가 부족했다. 관리신탁수수료는 두 신고의 금액 차이와 객관적 자료 부족 때문에 동일한 신탁계약에 따른 비용이라고 단정하기 어려워 과세표준에 남았다.

사건 개요

주문과 청구법인별 결과

주문은 다음 범위로 한정된다.

서울특별시 강남구청장 2024.5.2. 청구법인들 중 주식회사 A에게 취득세 등을 부과한 처분은 그 과세표준에서 철거공사 및 석면해체공사비(OOO원)와 PM수수료(OOO원)를 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 사건의 일부 인용을 모든 청구법인에 대한 공통 경정으로 읽어서는 안 된다. 주문상 과세표준 조정의 직접 대상은 주식회사 A에 대한 2024.5.2. 처분뿐이다. 주식회사 D는 함께 심판청구한 청구법인이지만 주문에 D에 대한 경정 내용은 없으므로, D의 청구는 나머지 심판청구에 포함되어 기각된 것으로 읽어야 한다.

거래 구조

B 주식회사 설립
2014.8.13.
건설기계 대여업·철구조물 제작업·흙막이 공사업 등
        │
        │ 2018.2.12.부터 2020.2.11.까지의 사업실적이 쟁점
        ▼
주식회사 C
2020.2.11. B 주식 100% 인수
과점주주가 되고 임원 전부 교체
        │
        ├─ 목적사업과 본점 변경
        │
        ▼
B가 주식회사 A로 상호 변경
2020.5.13.
        │
        ├─ 2020.9.3. 토지와 기존 건축물 취득
        │   제①부동산 취득세 일반세율 신고·납부
        │
        └─ 2020.9.3. 주식회사 D와 관리형토지신탁계약
                    │
                    ├─ 기존 건축물 멸실
                    ├─ 2023.10.30. 제②건축물 신축
                    └─ 2023.11.20. D가 신축 취득세 일반세율 신고·납부

처분청
2024.5.2.
A가 휴면법인을 인수한 뒤 5년 이내 대도시 부동산을 취득했다고 판단
A와 D에게 각각 중과세율로 계산한 취득세 등 부과
        │
        ▼
청구법인들
2024.7.26. 심판청구
        │
        ├─ 휴면법인이 아니라는 주장
        └─ 네 비용이 중복 또는 과다 계상되었다는 주장
                │
                ▼
조세심판원
휴면법인 쟁점 기각
철거·석면해체공사비와 PM수수료만 A의 과세표준에서 제외
중개수수료와 관리신탁수수료는 포함

사실관계

쟁점법인은 2014.8.13. 건설기계 대여업, 철구조물 제작업, 가시설물 제작업, 흙막이 공사업 등을 목적으로 서울특별시 강동구에 설립되었다. 주식회사 C는 2020.2.11. 전 사내이사로부터 쟁점법인의 주식 전부를 인수하여 과점주주가 되었고 같은 날 임원 전부를 교체했다.

인수 당일 쟁점법인의 목적사업은 부동산개발, 분양대행업, 주택건설업 등으로 바뀌었고 본점도 변경되었다. 쟁점법인은 2020.5.13. 주식회사 A로 상호를 바꾸었으며, 2020.11.30. 본점을 서울특별시 강남구로 다시 옮겼다.

A는 2020.9.3. 주택건설사업을 위해 토지와 그 지상 기존 건축물인 제①부동산을 취득했다. 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 일반세율에 따른 취득세 등 OOO원을 신고·납부했다. 같은 날 A는 D와 제①부동산에 관한 관리형토지신탁계약을 체결했다.

수탁자 D는 기존 건축물을 멸실하고 2023.10.30. 토지 위에 제②건축물을 신축했다. D는 2023.11.20. 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 일반세율에 따른 취득세 등 OOO원을 신고·납부했다.

처분청은 A가 휴면법인을 인수한 날부터 5년 이내에 대도시 부동산을 취득했다고 보았다. 신탁법상 수탁자가 취득한 신탁재산도 중과 대상에 포함된다는 전제에서 2024.5.2. A에게 제①취득세 등 OOO원, D에게 제②취득세 등 OOO원을 각각 부과했다.

한편 A는 2024.7.25. 처분청에 제①부동산 취득 당시 과세표준에 제②건축물 신축비용 또는 과다 신고한 비용이 들어갔고, D도 일부 비용을 제②건축물 과세표준에 다시 넣어 신고했다는 이유로 경정을 청구했다. 처분청은 2024.9.20. 쟁점비용 중 OOO원을 중복 납부한 것으로 보아 환급했다. 그러나 2024.5.2. 중과 처분에는 이 경정 결과가 반영되지 않았다.

핵심 쟁점

쟁점 1. 인수 전 사업실적이 있어 휴면법인이 아닌가

휴면법인 인수에 따른 중과 여부는 인수일 이전 2년 이상 사업실적이 없었는지와 인수일 전후 1년 이내 임원의 절반 이상이 교체되었는지를 중심으로 판단한다. 이 사건에서는 2020.2.11. 주식 전부를 인수하면서 임원 전부를 교체한 사실에는 실질적인 다툼이 없었다. 따라서 2018.2.12.부터 2020.2.11.까지 객관적으로 인정할 사업실적이 있었는지가 중심 쟁점이었다.

심판원은 단순히 세무 신고서에 매출액이 적혀 있는지만 보지 않았다. 제출된 매입매출장의 신빙성, 2018년 한 건과 2019년 두 건에 그친 매출 횟수와 규모, 인수 전후 임원·본점·상호·목적사업 변경을 판단 근거로 들었다. 거래 내용이 기존 목적사업과 맞지 않는다는 평가와 통상적인 운영비가 부족하다는 평가는 처분청 의견의 논거이지 심판원의 최종 판단 근거로 적시된 것은 아니다.

쟁점 2. 네 비용 중 무엇을 과세표준에서 빼야 하는가

청구법인들은 이 건 부동산의 과세표준에 총 OOO원의 비용이 중복 또는 과다하게 들어갔다고 주장했다. 비용별 쟁점은 서로 달랐다.

청구인 주장

휴면법인에 해당하지 않는다는 주장

청구법인들은 휴면법인의 범위를 정한 규정이 단순한 예시가 아니라 구체적인 과세요건을 열거한 규정이라고 보았다. 따라서 법인 인수일 이전 2년 동안 사업실적이 있었다면 휴면법인으로 볼 수 없고, 이 요건은 조세 법규의 엄격한 해석 원칙에 따라 판단해야 한다고 주장했다.

청구법인들은 사업실적이 매출만을 뜻하지 않는다고 보았다. 사업 준비, 일반경비 지출, 목적사업의 특성, 수익 발생 여부 등 정상적인 거래와 활동을 객관적 자료로 종합 판단해야 한다는 기존 법리와 결정례를 들었다. 장기간 준비가 필요한 사업이나 일시적으로 부진한 사업은 매출 없이 급여와 임차료 등만 발생할 수 있으므로, 매출 규모만으로 휴면 상태를 단정할 수 없다는 논리다.

구체적으로 쟁점법인은 인수 전 2년 동안 용역을 공급하여 2018년 OOO원, 2019년 OOO원의 매출이 발생했고, 용역을 공급받아 2018년 OOO원, 2019년 OOO원의 매출원가가 발생했다고 주장했다. 2018년 OOO원, 2019년 OOO원의 급여도 지급했다고 했다. 이 거래와 비용은 원천징수이행상황신고서, 법인 결산 자료, 법인세 신고서, 부가가치세 신고서에서 확인되므로 사업실적이 있다는 입장이다.

과세표준을 줄여야 한다는 주장

청구법인들은 휴면법인에 해당한다고 보더라도 과세표준 OOO원에 쟁점비용 OOO원이 중복 또는 과다 반영되었다고 주장했다.

첫째, 철거공사비와 석면해체공사비 OOO원은 기존 건축물 관련 과세표준에 들어간 뒤 제②건축물 신축 과세표준에도 다시 들어갔다고 주장했다.

둘째, 중개수수료는 OOO원이 과세표준에 반영되었으나 실제 지출은 전자세금계산서상 OOO원이므로 차액 OOO원이 과다 계상되었다고 주장했다.

셋째, 관리신탁수수료 총액 OOO원이 제②건축물 신축 과세표준에 들어간 데 더하여 토지 시가표준액 비율로 안분한 OOO원이 제①부동산 과세표준에도 들어갔다고 주장했다.

넷째, PM수수료 전액 OOO원이 제②건축물 과세표준에 포함되었는데 제①부동산 과세표준에도 안분액 OOO원이 포함되어 중복되었다고 주장했다.

처분청 의견

휴면법인에 해당한다는 의견

처분청은 휴면법인 인수 중과 규정이 사업실적 없는 법인의 주식을 인수한 뒤 임원, 상호, 목적사업 등을 바꾸어 사실상 새 법인을 설립하는 것과 같은 효과를 얻으면서 대도시 중과를 피하는 행위를 막기 위한 규정이라고 보았다.

사업실적은 사업 준비, 활동에 따른 비용, 매출 등 정상적인 거래와 활동이 객관적으로 드러나는지를 종합해 판단해야 한다는 점에는 처분청도 같은 틀을 제시했다. 다만 쟁점법인의 2018년 매출은 연간 매출로 보기에는 미미했고 2019년 매출은 1년 동안 두 건뿐이라고 지적했다. 거래 내용도 화장실공사와 난방기기자재 납품 등으로, 당시 주요 목적사업이던 건설기계 대여업, 철구조물 제작업, 가시설물 제작업, 흙막이 공사업의 정상적인 영업활동으로 보기 어렵다고 했다.

비용 측면에서도 2018년에는 감가상각비와 차량운반구 등만 확인되고 임차료 등 법인 유지에 필요한 주요 경상비용과 소속 직원의 통상적인 급여 지급 내역이 부족했다고 보았다. 2019년에는 그와 같은 비용도 없었고 급여 지급액도 연간 OOO원, 월평균 OOO원에 불과해 정상적인 직원 급여로 보기 어렵다고 주장했다.

비용별 과세표준 의견

처분청은 철거공사비와 석면해체공사비 OOO원이 신축 취득 과세표준에도 들어간 사실을 인정하여 과세표준에서 제외해야 한다고 보았다.

중개수수료는 최초 신고 당시 법인 계정별원장에 OOO원으로 적혀 있어 전자세금계산서상 금액과 다르더라도 단순 오류라고 확정할 수 없다고 보았다. 따라서 장부로 입증되는 OOO원을 포함해야 한다는 의견이었다.

처분청은 PM수수료 관련 계약서가 두 취득 신고서에 각각 포함되었고, 계약상 업무 수행 기간이 건축물 완공 때까지로 정해져 있어 신축 사업에 필요한 용역의 대가라고 보았다. 제①부동산과 제②건축물의 과세표준에 중복 반영된 OOO원은 제외해야 한다는 의견이었다.

처분청은 제①부동산 취득 때 전자세금계산서로 관리신탁수수료 지급 사실이 확인되었지만 신탁계약서는 붙지 않았고, 신탁계약서는 제②건축물 취득 신고 자료에서 확인되었다고 보았다. 두 신고의 수수료 금액도 달라 동일한 신탁계약에 따른 비용으로 보기 어렵기 때문에 OOO원을 과세표준에 포함해야 한다고 주장했다.

제출 자료와 증거의 역할

이 사건에서 휴면법인 쟁점의 최종 판단은 매입매출장의 신빙성, 매출 횟수와 규모, 인수 전후 임원·본점·상호·목적사업 변경에 기초했다. 거래 내용과 운영비 부족은 처분청 의견에만 놓아야 한다. 비용 쟁점의 최종 판단은 장부상 중복과 금액, 제②건축물의 간접비용 해당 여부, 앞선 환급 사실, 객관적 자료의 유무에 따라 갈렸다.

관련 법령

아래 내용은 결정문 ＜별지＞에 수록된 지방세법과 지방세법 시행령을 요지와 취지 중심으로 정리한 것이다. 인수일과 각 취득일 당시의 법령 연혁 및 경과조치를 별도로 대조한 내용이 아니므로, 각 기준일에 시행된 조문을 따로 확인했다거나 아래 문구가 당시 법령의 정확한 전문이라고 단정하지 않는다.

지방세법 제10조의 취득세 과세표준

결정문에 적힌 법령에 따르면 취득세 과세표준은 원칙적으로 취득 당시 가액으로 한다. 법인장부 등으로 취득가격이 증명되는 취득은 사실상의 취득가격을 과세표준으로 삼는다.

결정문 수록 조문의 취지: 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득은 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다.

이 사건에서는 법인장부가 과세표준의 출발점이면서 동시에 비용의 중복 여부를 가르는 증거가 되었다. 다만 장부와 전자세금계산서가 다를 때 어느 금액이 실제 비용인지 밝힐 추가 자료가 없으면 장부상 금액을 뒤집기 어려웠다.

지방세법 제13조 제2항 제1호의 대도시 중과

결정문 수록 조문의 취지: 대도시에서 법인을 설립하거나 대통령령으로 정하는 휴면법인을 인수한 뒤 대도시 부동산을 취득하는 경우에는 중과세율을 적용한다. 신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산도 규정의 적용 대상에 포함된다.

이 사건에서 A가 쟁점법인을 인수한 뒤 5년 이내에 제①부동산을 취득했고, D가 신탁재산으로 제②건축물을 취득했다. 휴면법인 인수로 판단되면 두 취득 모두 중과 구조 안에 들어간다.

지방세법 시행령 제18조의 취득가격 범위

결정문 수록 조문의 요지: 취득가격은 취득 시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위해 거래 상대방이나 제삼자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 일정한 간접비용의 합계로 한다. 취득에 필요한 용역의 대가인 용역비·수수료와 법인이 지급한 중개보수 등이 간접비용에 포함된다.

따라서 PM수수료, 중개수수료, 신탁수수료라는 이름만으로 과세표준 포함 여부가 정해지는 것은 아니다. 실제로 어느 취득을 위해 지급했는지, 다른 취득의 과세표준에 이미 반영되었는지, 같은 계약에 따른 같은 비용인지가 중요하다.

지방세법 시행령 제27조의 휴면법인

결정문 수록 조문의 요지: 법인 인수일 이전 2년 이상 사업실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내에 인수법인 임원의 100분의 50 이상을 교체한 법인은 휴면법인에 해당한다. 휴면법인의 인수 시점은 해당 법인에서 최초로 과점주주가 된 때로 본다.

이 사건에서는 임원 전부 교체가 확인되었으므로 사업실적의 유무가 결정적이었다. 심판원이 최종 판단에서 든 사업실적 관련 근거는 매입매출장의 신빙성과 매출 횟수·규모다.

단계별 심판원 판단

1단계. 휴면법인 판단 기간과 요건을 정했다

C가 쟁점법인의 주식 전부를 인수하여 최초 과점주주가 된 2020.2.11.이 인수일이다. 인수일 이전 2년인 2018.2.12.부터 2020.2.11.까지 사업실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내 임원 절반 이상이 교체되면 휴면법인 요건에 해당한다. 임원은 인수 당일 전부 교체되었으므로 남은 판단 대상은 사업실적이었다.

2단계. 제출된 사업실적 자료의 신빙성을 살폈다

청구법인들이 낸 매입매출장에는 같은 법인에 대한 매입과 매출이 동시에 발생하는 내용이 있었다. 심판원은 이 점을 들어 자료의 신빙성이 낮아 보인다고 판단했다.

2018년 매출은 한 건 OOO원, 2019년 매출은 두 건 OOO원에 불과했다. 심판원은 매입매출장의 신빙성과 매출 횟수·규모를 근거로 정상적으로 운영된 법인으로 보기 어렵다고 판단했다. 거래 내용과 운영비 지출 부족은 처분청 의견에서 제시된 논거이므로 심판원의 최종 근거에 포함하지 않는다.

3단계. 인수 전후 법인의 급격한 변화를 함께 고려했다

쟁점법인은 인수일 1년 이내 임원 전부가 교체되었다. 본점과 상호가 바뀌었고 기존 목적사업이 모두 삭제된 뒤 새 목적사업이 추가되었다. 심판원은 이 변경 사실을 최종 판단 근거로 들었다.

그 결과 쟁점기간에 사업실적이 있었다고 볼 수 없다고 판단했다. 휴면법인 인수 후 5년 이내 대도시 부동산 취득으로 보아 중과세율을 적용한 처분에는 잘못이 없다고 결론 내렸다.

4단계. 철거·석면해체공사비의 중복을 확인했다

철거공사비와 석면해체공사비 OOO원은 제①부동산 취득 관련 장부와 제②건축물 신축 관련 장부에 중복 기재되어 있었다. 해당 비용은 제②건축물 취득의 간접비용에 해당하는 것으로 보였다.

처분청도 2024.9.20. 경정 과정에서 이 비용이 중복 신고·납부되었다고 보아 환급했다. 그런데 2024.5.2. 중과 처분에는 그 결과가 반영되지 않았다. 심판원은 A에 대한 과세표준에서 OOO원을 제외해야 한다고 판단했다.

5단계. PM수수료의 중복을 확인하고 간접비용에 해당하는 것으로 보았다

PM수수료 OOO원도 제①부동산과 제②건축물 취득 관련 장부에 중복 기재되어 있었다. 이 비용은 제②건축물의 간접비용에 해당하는 것으로 보였다.

처분청의 2024.9.20. 환급 사실도 중복 납부를 뒷받침했다. 심판원은 장부상 중복, 제②건축물의 간접비용 해당 여부와 앞선 환급 사실을 근거로 A에 대한 과세표준에서 OOO원을 제외했다.

6단계. 중개수수료 차액은 입증 부족으로 남겼다

청구법인들은 전자세금계산서상 금액을 들어 중개수수료 OOO원이 과다 계상되었다고 주장했다. 그러나 제①부동산 취득세 신고 때 제출한 쟁점법인의 계정별원장에는 OOO원이 기재되어 있었다.

계정별원장에는 중개수수료 OOO원이 기재되어 있었고, 청구법인들은 장부상 금액과 다른 금액을 인정할 수 있는 객관적 자료를 제출하지 않았다. 심판원은 장부상 OOO원을 과세표준에 포함한 처분에는 잘못이 없다고 판단했다.

7단계. 관리신탁수수료는 동일한 신탁계약에 따른 비용이라고 단정하기 어려웠다

제①부동산 취득비용에 적힌 관리신탁수수료와 제②건축물 취득 당시 제출된 관리신탁수수료는 금액이 서로 달랐다.

심판원은 두 신고의 금액 차이와 객관적 자료 부족 때문에 두 수수료가 동일한 신탁계약에 따른 비용이라고 단정하기 어렵다고 판단했다. 이에 따라 OOO원을 과세표준에 포함한 처분에는 잘못이 없다고 보았다.

8단계. 주문을 A에 대한 일부 경정으로 한정했다

최종적으로 휴면법인 인수 중과 자체는 유지되었다. 비용 중 철거·석면해체공사비와 PM수수료만 중복 계상으로 인정되었다. 주문은 A에게 한 처분의 과세표준에서 두 비용을 제외하여 과세표준과 세액을 경정하는 내용이다. 중개수수료와 관리신탁수수료에 관한 주장, 휴면법인에 관한 주장과 D의 심판청구는 주문의 나머지 심판청구에 들어가 기각되었다.

원문 참조결정과 법리 비교

결정문 머리말의 [참조결정]에는 일곱 건이 적혀 있다. 이 표시는 참조결정 목록일 뿐, 각 결정의 상세 법리를 심판원이 최종 판단으로 직접 채택했다는 뜻은 아니다. 아래 비교는 대상 원문 본문에서 청구법인 또는 처분청이 실제로 원용한 범위와 그 귀속을 구분해 정리한다.

이 비교는 대상 원문에 수록된 당사자별 인용 범위를 정리한 것이다. 각 참조결정의 공식 전문 주소와 전체 판단 내용을 별도로 확인한 비교가 아니다. 따라서 대상 원문에 나오지 않은 세부 법리나 사실관계를 보충하지 않는다. 이 사건의 PM수수료 결론은 장부상 중복, 제②건축물의 간접비용 해당 여부와 앞선 환급 사실을 근거로 이해해야 한다.

실무 시사점

적은 매출도 사업실적이 될 수 있지만 자료의 신빙성이 먼저다

휴면법인 규정은 매출액 하한을 두지 않는다. 따라서 매출이 적다는 이유만으로 곧바로 사업실적을 부정할 수는 없다. 반대로 신고된 매출이 있다는 이유만으로 곧바로 사업실적이 인정되는 것도 아니다.

이 사건에서 심판원이 직접 든 핵심은 매입매출장의 신빙성과 매출 횟수·규모다. 매출 계약, 작업 내역, 발주서, 거래명세, 자금 입출금 자료는 매입매출장의 신빙성을 설명하는 연결 자료로 준비할 필요가 있다. 목적사업과 거래 내용의 관계, 급여·임차료 등 운영비 지출은 처분청이 제시한 논거에 대응하기 위한 자료로 구분해 준비해야 한다.

법인 인수 전 실사는 세무 신고서보다 넓어야 한다

인수 대상 법인이 계속사업자 등록을 유지하고 세금을 신고했다는 사실만으로는 부족하다. 심판원이 직접 본 매입매출장, 매출 횟수와 규모, 임원·본점·법인명·목적사업 변경을 우선 확인해야 한다. 인력, 사업장, 계약, 자금 흐름과 운영비는 처분청 의견에 대응할 별도 실사 항목으로 구분하는 편이 안전하다.

휴면법인으로 판단되면 인수 후 5년 이내 대도시의 모든 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용 부동산 취득이 중과 문제로 이어질 수 있다. 신탁 구조를 사용하더라도 수탁자의 신탁재산 취득이 규정에서 빠지는 것은 아니다.

개발사업 비용은 취득 대상별 원장을 나누어야 한다

토지와 기존 건축물 취득, 기존 건축물 철거, 새 건축물 신축은 하나의 개발사업 안에서 이어진다. 하지만 취득세 신고에서는 비용이 어느 취득물건의 과세표준에 들어가는지 나누어야 한다.

이 사건에서 신축의 간접비용에 해당하는 것으로 본 철거비와 PM수수료를 토지·기존 건축물 취득 신고와 신축 취득 신고에 모두 넣으면 중복 과세가 생길 수 있다. 계약서 단계에서 비용 귀속 대상을 정하고, 전표와 계정별원장에 취득 대상 식별값을 남기며, 각 신고 전에 이전 신고 반영 내역과 대조하는 절차가 필요하다.

장부와 세금계산서가 다르면 차이를 설명하는 연결 자료가 필요하다

중개수수료 쟁점에서 전자세금계산서 금액만으로 계정별원장 금액을 뒤집지 못했다. 계약 변경, 정산 합의, 수정세금계산서, 실제 지급 내역, 반환 내역 등 차액의 원인을 보여주는 자료가 필요했다.

장부가 과세표준을 증명하는 자료로 제출된 뒤 그 금액을 바꾸려면 차이를 뒷받침할 객관적 자료가 필요하다. 신고 전에 장부, 세금계산서, 계약서, 이체 내역을 맞추고 차이가 있다면 조정 근거를 함께 보관해야 한다.

같은 이름의 수수료가 동일한 계약에 따른 비용인지는 자료로 확인해야 한다

관리신탁수수료는 두 신고의 금액이 서로 달랐고 객관적 자료도 부족했다. 심판원은 이 사정 때문에 동일한 신탁계약에 따른 비용이라고 단정하기 어렵다고 판단했다. 동일 비용의 중복을 주장하려면 계약 당사자, 계약일, 보수 산식, 청구서, 지급일, 세금계산서, 회계 전표가 같은 채무를 가리킨다는 점을 보여야 한다.

수수료 명칭이 같다는 사실은 출발점일 뿐이다. 계약별로 기본보수, 추가보수, 사업 단계별 보수가 나뉠 수 있으므로 계약과 지급의 식별이 중요하다.

실무 체크리스트

휴면법인 인수 전 확인

• 인수 예정일 이전 2년의 월별 매출·매입 내역을 거래처별로 확인했는가
• 매출 계약서, 발주서, 작업 결과, 세금계산서, 입금 내역이 서로 이어지는가
• 매입매출장에 같은 법인에 대한 매입과 매출이 함께 있다면 각 거래의 실재와 구분을 입증할 수 있는가
• 인수일 이전 2년의 매출 횟수와 규모를 연도별로 확인했는가
• 인수 전후 1년 동안 임원 절반 이상이 교체되는지 확인했는가
• 상호, 본점, 법인명, 목적사업의 대폭 변경이 예정되어 있는가
• 인수 후 5년 동안 예정된 대도시 부동산 취득과 신탁재산 취득을 모두 점검했는가
• 처분청 의견에 대응할 별도 항목으로 매입원가·외주비와 거래 내용의 목적사업 관련성을 확인했는가
• 처분청 의견에 대응할 별도 항목으로 급여·임차료 등 운영비 자료를 확인했는가

취득세 과세표준 검토

• 토지·기존 건축물·철거·신축 단계별로 원가 대상을 구분했는가
• 같은 세금계산서나 전표가 두 취득세 신고에 들어가지 않았는가
• 철거비와 석면해체비가 어느 취득의 간접비용인지 계약과 공사 범위로 확인했는가
• PM계약의 업무 범위와 수행 기간이 어느 취득물건을 위한 것인지 분명한가
• 중개수수료의 계약액, 세금계산서, 장부, 지급액이 일치하는가
• 수정 또는 감액이 있었다면 수정세금계산서와 정산 합의를 보관했는가
• 신탁보수가 계약별·단계별로 나뉘는지 확인했는가
• 같은 명칭의 수수료가 동일 계약과 동일 채무에 따른 것인지 식별했는가
• 경정청구나 환급 결과가 뒤이은 중과 처분의 과세표준에 반영되었는가
• 비용 제외 주장을 뒷받침할 계약서, 계정별원장, 전표, 이체 내역을 함께 준비했는가

참고 자료

• 조세심판원 결정문 조심2024지1897
• 국가법령정보센터 지방세법 제10조, 제13조
• 국가법령정보센터 지방세법 시행령 제18조, 제27조
• 원문 참조결정: 조심2019지1647, 조심2021지2943, 조심2021지2364, 조심2010지0592, 조심2016지0401, 조심2022지0645, 조심2017지0864

공개 결정문은 당사자명, 주소, 금액과 일부 표를 OOO 또는 ○○○로 가리고 있다. 따라서 이 글에서도 공개되지 않은 금액을 추정하지 않았고, 비용별 금액과 세액은 원문 표기대로 유지했다.