도시개발구역 토지 매매대금과 영농상속공제: 필지별 평가와 부부 공동영농의 경계 (조심2025인1653)

사건 개요

이 결정은 상속개시 전 체결된 도시개발구역 토지 매매계약과 영농상속공제가 동시에 문제 된 상속세 사건이다. 피상속인은 생전에 도시개발사업 시행자와 여러 필지의 부동산 매매계약을 체결하고 계약금 일부를 받은 뒤 사망했다. 상속인들은 잔여 매매대금 상당액을 상속재산으로 신고하면서, 피상속인의 배우자가 단독으로 상속받은 농지 지분에 영농상속공제를 적용했다.

처분청은 두 방향에서 신고를 부인했다. 첫째, 매매계약서에는 총액만 표시되어 있더라도 매수인이 실제 지목별 평당단가를 적용해 필지별 가격을 산정한 자료가 있으므로, 쟁점상속농지의 상속재산가액은 그 필지별 산정액을 기준으로 보아야 한다고 했다. 둘째, 피상속인이 2007년경 뇌경색 진단을 받고 장기간 장기요양등급을 받았으며, 공유자와 나누어 경작한 정황이 있으므로 피상속인과 배우자가 상속개시일 전 2년 이상 계속 직접 영농에 종사했다고 보기 어렵다고 했다.

조세심판원의 결론은 일부 인용이다. 상속재산가액 산정 쟁점에서는 처분청 손을 들었다. 반면 영농상속공제 쟁점에서는 청구인 손을 들었다. 주문은 2024.12.12. 고지된 2023.2.17. 상속분 상속세 부과처분 중 쟁점상속농지에 대해 「상속세 및 증여세법」 제18조의3 제1항의 영농상속공제를 적용하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다는 내용이다. 공개 원문은 금액, 주소, 일부 인명과 표 내용을 OOO로 비식별 처리하고 있으므로 이 글에서도 그 범위를 넘어 금액을 보완하지 않는다.

이 사건에서 첫 번째 쟁점은 상속재산 평가의 문제다. 피상속인이 부동산 매매계약을 체결하고 대금 일부만 받은 상태에서 사망하면, 상속인은 계약상 잔금채권만 상속받은 것인지, 부동산 자체를 상속받은 것인지부터 따져야 한다. 심판원은 기존 대법원 판례 법리를 전제로 부동산 자체가 상속재산이 되고, 그 가액은 매매대금에서 피상속인이 이미 받은 계약금 등을 공제한 나머지 가액으로 평가한다고 보았다. 여기서 더 나아가 여러 필지를 한꺼번에 매도한 경우 각 필지별 가액을 어떻게 배분할 것인지가 문제 되었다.

두 번째 쟁점은 영농상속공제의 사실인정 문제다. 이 부분은 단순히 농지대장에 자경으로 기재되어 있는지, 농협 조합원인지에 그치지 않는다. 피상속인과 영농상속인이 상속개시 전 2년 전부터 계속 직접 영농에 종사했는지, 해당 농지가 실제로 영농에 사용되었는지, 질병과 고령에도 불구하고 벼농사를 자기 책임하에 관리·경작했다고 볼 수 있는지, 공유자와의 경작 구분이 영농상속공제를 부정할 정도인지가 함께 문제 되었다.

사실관계 구조도

이 사건의 사실관계는 “매매계약의 평가 구조”와 “농지의 실제 경작 구조”를 분리해서 보아야 한다. 하나는 도시개발사업 시행자에게 8필지를 매도한 계약의 잔여 가치 문제이고, 다른 하나는 배우자가 상속받은 농지가 영농상속재산인지의 문제다.

[상속 전]

피상속인 A
  ├─ 1972.4.12.경부터 쟁점농지 취득·보유
  ├─ 배우자 B와 장기간 농지 인근 거주 및 벼농사 영위 주장
  ├─ 2007.6.경 뇌경색 진단
  ├─ 2010.2.23.~2023.2.17. 장기요양등급 3·4등급 이력
  └─ 2020.12.29. 도시개발사업 시행자 ㈜E와 8필지 매매계약 체결
        ├─ 계약서: 총 매매대금 중심으로 기재
        ├─ 매수인 자료: 실제 지목별 평당단가와 필지별 산정내역 존재
        └─ 피상속인 사망 전 계약금 일부 수령

[상속개시]

2023.2.17. 피상속인 사망
  ├─ 배우자 B: 쟁점상속농지 단독상속
  │     ├─ 쟁점①농지 중 지분 2,154분의 1,465: 3,294㎡
  │     └─ 쟁점②농지 중 지분 2,154분의 1,465: 1,549.2㎡
  │        합계 4,843.2㎡
  └─ 청구인 및 다른 자녀들: 그 밖의 상속재산 상속

[신고]

청구인 측
  ├─ 잔여 매매대금을 8필지 기준시가로 안분
  ├─ 배우자 B가 상속한 쟁점상속농지에 영농상속공제 적용
  └─ 2023.8.31. 상속세 신고·납부

[조사 및 처분]

조사청·처분청
  ├─ 매수인 자료상 필지별 매매가액이 확인된다고 봄
  ├─ 피상속인의 질병, 장기요양등급, 공유자 경작 진술 등을 근거로 자경 부인
  ├─ 영농상속공제 배제
  └─ 2024.12.12. 상속세 결정·고지

[심판원]

조세심판원
  ├─ 쟁점①: 필지별 매매가액 자료가 있으므로 기준시가 안분 주장은 기각
  ├─ 쟁점②: 피상속인·배우자의 재촌 및 직접 영농 사실을 인정
  ├─ 구분소유적 공유관계와 장기간 부부 공동영농의 실질을 고려
  └─ 영농상속공제를 적용하도록 경정 결정

공유 농지 구조도 결론에 큰 영향을 주었다. 원문상 쟁점농지는 경지정리 전에는 ①·②·③·④ 부분으로 나뉘어 있었고, 피상속인 측이 ①·③ 부분을, 공유자가 ②·④ 부분을 소유·경작한 것으로 정리되어 있다. 2015~2016년경 경지정리 후에는 2필지 구조가 되었고, 2017년부터 쟁점①농지와 쟁점②농지로 구분되었다. 처분청은 이때 쟁점②농지를 공유자가 경작했으므로 피상속인이 쟁점②농지를 직접 영농에 사용하지 않았다고 보았다. 그러나 심판원은 당사자 내부에서 특정 부분을 각자 단독소유·경작하기로 한 구분소유적 공유관계가 있었다고 보아, 공부상 공유지분과 실제 경작 필지의 불일치만으로 영농상속공제를 부정하지 않았다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 두 가지다.

첫째, 상속개시 전 체결된 8필지 부동산 매매계약에서 쟁점상속농지의 상속재산가액을 어떻게 배분할 것인지다. 청구인은 매매계약서에 각 필지별 매매대금이 특정되어 있지 않고, 도시개발사업이라는 단일 목적 아래 8필지가 일괄 양도되었으므로 총 매매대금을 기준시가로 안분해야 한다고 주장했다. 반면 처분청은 매수인이 실제 지목별 평당단가를 적용하여 각 필지별 산정액을 만들었고, 그 합계가 계약서상 총 매매대금과 일치하므로 그 개별 산정액을 기준으로 보아야 한다고 했다.

둘째, 피상속인의 배우자가 상속받은 쟁점상속농지가 영농상속공제 대상인지다. 이 쟁점은 다음 하위 질문으로 나뉜다.

1. 피상속인이 상속개시일 2년 전부터 계속하여 직접 영농에 종사했는지
2. 영농상속인인 배우자 B도 상속개시일 전후로 직접 영농에 종사했는지
3. 피상속인의 뇌경색, 장기요양등급, 방문요양 이력이 직접 영농을 부정할 결정적 사정인지
4. 농지대장, 농협 조합원 증명, 농업경영체 등록, 농자재 구매내역, 정미소 이용내역, 농기계 운용자 확인서, 사진 자료 등이 어느 정도의 증명력을 가지는지
5. 경지정리 후 공부상 공유지분과 실제 경작 필지가 어긋난 구조를 영농상속공제 판단에서 어떻게 볼 것인지

결론만 놓고 보면 심판원은 첫 번째 쟁점에서는 처분청의 필지별 평가를 인정했고, 두 번째 쟁점에서는 청구인의 영농상속공제 주장을 인정했다. 따라서 이 사건은 납세자가 전부 이긴 사건이 아니라 “평가 쟁점은 패소, 공제 쟁점은 승소”한 사건이다. 실무상으로도 이 구분이 중요하다. 하나의 상속세 사건 안에서도 증빙이 강한 쟁점과 약한 쟁점은 별도로 판단된다.

처분청 주장

처분청 의견은 크게 두 갈래다. 하나는 상속재산가액 산정에 관한 것이고, 다른 하나는 영농상속공제 요건에 관한 것이다.

1. 쟁점상속농지의 가액은 매수인의 필지별 산정내역으로 보아야 한다

처분청은 쟁점상속농지를 포함한 상속부동산이 OOO 도시개발사업을 위해 매수인에게 매도되었고, 매수인이 지목별 평당기준가를 정해 실제 지목에 따라 매매대금을 산정했다고 보았다. 원문에는 매수인의 상속재산 매매대금 산정내역이 표로 제시되지만, 공개본에서는 세부 금액이 OOO로 처리되어 있다.

처분청이 중시한 부분은 다음과 같다.

• 매수인은 공부상 지목이 아니라 실제 지목을 기준으로 평당단가를 적용했다.
• 그 산정내역의 합계가 매매계약서상 총 매매대금과 일치한다.
• 매수인도 그 산정내역을 바탕으로 매매계약을 진행했다고 진술했다.
• 상속인 측은 세무조사 과정에서 다른 토지의 상속가액을 줄이기 위해 같은 필지별 자료를 제출했고, 처분청은 그 자료를 받아들여 일부 토지의 상속가액을 감액했다.

따라서 처분청은 매매계약서에 각 필지별 금액이 직접 적혀 있지 않다는 이유만으로 기준시가 안분을 적용할 수 없다고 보았다. 일괄계약 형식이 있더라도 실제 필지별 거래가액을 확인할 수 있다면 그 가액을 우선해야 한다는 논리다.

2. 피상속인은 상속개시 전 2년 이상 직접 영농에 종사했다고 보기 어렵다

영농상속공제에 대해서 처분청은 입증책임을 강조했다. 직접 영농에 종사했다는 사실은 공제를 주장하는 상속인이 적극적으로 입증해야 하고, “직접 영농”은 타인에게 위탁하거나 대여하지 않고 자기 책임 아래 관리·경작한 경우여야 한다는 것이다.

처분청은 특히 다음 사정을 들었다.

• 쟁점농지는 공부상 공유지분과 달리 지번 또는 구획별로 임의로 나누어 경작되었다.
• 공유자 진술 등에 따르면 쟁점②농지는 공유자가 경작했고, 피상속인 측은 직접 경작하지 않았다.
• 피상속인은 2007년 6월경 뇌경색 진단을 받았고, 2010.2.23.부터 사망일까지 장기요양등급 3등급 또는 4등급을 받았다.
• 피상속인은 재가급여 대상으로 방문요양 혜택을 받았고, 주거지에서 쟁점상속농지까지 일정 거리가 있어 직접 오가며 농사를 짓기 어려워 보인다.
• 시행령의 질병 요양 기간 간주 규정은 일시적으로 영농을 할 수 없는 예외적인 경우를 위한 것이지, 16년 이상 직접 영농에 종사하지 못한 경우까지 포괄하는 규정은 아니다.

처분청은 조심2021중3003 결정도 근거로 들었다. 그 결정은 상속개시일부터 2년 전부터 질병 요양으로 직접 쟁점농지를 경작하지 않은 경우를 영농상속공제 요건 충족으로 보기 어렵다고 본 사례로 소개되었다.

3. 제출 증빙만으로는 직접 경작을 인정하기 부족하다

처분청은 농지대장, 농협 조합원 증명, 농업경영체 등록확인서가 곧바로 직접 경작을 증명하지는 않는다고 했다. 농지대장은 농지관리와 농업정책 목적의 행정자료이고, 농협 조합원 지위나 농업경영체 등록도 실제 노동 투입과 항상 일치하지 않는다는 취지다.

또한 처분청은 비료·농약 등 농자재 구매내역의 규모와 특정성도 문제 삼았다. 피상속인이 보유한 농지 면적에 비해 구매내역이 적고, 피상속인의 거동이 어려운 시기에도 구매이력이 확인되므로 그 내역이 피상속인의 직접 자경을 증명한다고 보기 어렵다고 했다. 쌀 판매자료나 영농소득 자료도 충분하지 않다는 점이 처분청 의견에 포함되었다.

영농상속인인 배우자 B에 대해서도 처분청은 비슷한 입장을 취했다. 상속개시 전후 모두 비료·농약 구매내역이 충분하지 않고, 영농소득이나 농작물 생산자료 등 객관적 자료가 부족하므로 배우자가 쟁점상속농지를 직접 경작했다고 볼 수 없다는 것이다.

청구인 주장

청구인은 평가 쟁점과 공제 쟁점 모두에서 처분청과 반대되는 사실인정을 주장했다.

1. 8필지는 일괄 양도되었으므로 기준시가 안분이 타당하다

청구인은 피상속인과 매수인 ㈜E의 부동산매매계약서에 8필지의 총 매매대금만 기재되어 있고, 각 필지별 매매대금은 특정되어 있지 않다고 주장했다. 특히 쟁점상속농지 2필지의 매매대금이 얼마인지 계약서 자체로는 구분되지 않는다는 점을 강조했다.

청구인 논리는 다음과 같다.

• 8필지 매매는 OOO 일대 도시개발사업 시행이라는 하나의 사업 목적에서 이루어졌다.
• 당사자는 개별 필지를 각각 별개의 목적물로 거래한 것이 아니라 도시개발사업에 필요한 토지를 일괄 양도하려 했다.
• 개개의 부동산마다 양도대금을 구분할 수 있는 사안에서도 거래 목적상 복수 목적물을 일괄 양도한 것으로 볼 수 있으면 총 매매대금을 기준시가로 안분할 수 있다는 조세심판원 결정례가 있다.
• 청구인이 기준시가 안분 자료를 제출한 것은 개별 매매대금 산정 방식을 몰랐기 때문이지, 매수인의 필지별 총 매매대금 상세내역을 조사청에 제출한 것이 아니다.

청구인은 국심2006전2141 결정을 원용했다. 공개 원문상 이 결정은 일괄 양도 여부가 인정되는 경우 총 매매대금을 기준시가에 따라 안분하는 접근을 뒷받침하는 사례로 소개된다.

2. 구분소유적 공유관계에서는 실제 경작 부분을 보아야 한다

청구인은 처분청이 쟁점①농지는 피상속인이, 쟁점②농지는 공유자가 나누어 농사 지었다고 보더라도 그것만으로 영농상속공제를 부정할 수 없다고 했다. 쟁점농지는 단순한 보통 공유가 아니라 당사자 내부에서 특정 부분을 각자 소유·경작하기로 한 구분소유적 공유관계였다는 것이다.

청구인은 구분소유적 공유관계에 관하여 대법원이 상호 명의신탁 관계를 인정한 법리를 언급했다. 다만 공개 결정문에는 이 구분소유적 공유관계 관련 대법원 사건번호가 별도로 제시되어 있지 않으므로, 이 글에서도 특정 사건번호를 임의로 보완하지 않는다.

청구인 주장의 요지는 쟁점①농지 중 공유자 지분 부분을 피상속인이 경작했다면, 이는 실질적으로 쟁점②농지 중 피상속인 지분 부분에 대응하는 경작으로 볼 수 있다는 것이다. 또한 처분청 의견에 따르더라도 쟁점②농지의 피상속인 지분을 상속재산에서 제외하고 쟁점①농지의 공유자 지분을 상속재산에 포함하는 방식이 되어 면적이 서로 일치하므로 실질적 과세 차이가 없다는 논리도 제시했다.

3. 질병과 장기요양등급만으로 직접 영농을 부정할 수 없다

청구인은 피상속인이 뇌경색 진단을 받았고 장기요양등급 3·4등급을 받은 사실은 인정하되, 그것이 직접 경작 불가능을 의미하지는 않는다고 했다. 노인장기요양등급 3·4등급은 부분적으로 일상생활이 가능한 상태를 포함하고, 의사 소견서에서도 피상속인의 상태가 호전되었다는 내용이 확인된다는 것이다.

또한 쟁점상속농지는 합계 4,843.2㎡의 논이다. 청구인은 벼농사의 기계화율, 농지 규모, 인근 주민의 농기계 활용 가능성을 감안하면 피상속인이 자기 책임하에 경작을 관리하는 것이 충분히 가능했다고 주장했다. 시행령상 상속개시 전 2년간 질병 요양으로 직접 영농에 종사하지 못한 기간을 영농 종사 기간으로 보는 규정도 함께 제시했다.

4. 부부가 장기간 생업으로 영농을 계속했다

청구인은 피상속인이 1972.4.12. 쟁점상속농지를 취득한 뒤 사망할 때까지 농업 외 직업을 가진 적이 없고, 1975년 배우자 B와 혼인한 이후 배우자와 함께 쟁점농지를 경작하며 생계를 유지했다고 주장했다. 피상속인과 배우자가 농지 부근에서 장기간 거주했다는 점도 재촌·자경의 중요한 사정으로 제시했다.

배우자 B 역시 단순한 명의상 상속인이 아니라 피상속인과 함께 영농에 종사한 동업자였다는 것이 청구인 주장이다. 농업경영체 등록확인서, 농지대장, 농자재 구매내역, 정미소 이용자료, 농기계 운용자 확인서, 농작업 사진 등이 이러한 주장을 뒷받침하는 자료로 제출되었다.

관련 법령

공개 결정문이 제시한 관련 법령의 중심은 「상속세 및 증여세법」 제18조의3과 같은 법 시행령 제16조다. 이 사건에는 상속재산 평가 쟁점도 있지만, 원문 법령란은 주로 영농상속공제 요건을 중심으로 정리되어 있다.

1. 상속세 및 증여세법 제18조의3: 영농상속공제

상증세법 제18조의3 제1항은 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 대통령령으로 정하는 영농의 상속에 해당하면 영농상속 재산가액에 상당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제하도록 정한다. 원문 기준 한도는 30억원이다.

같은 조 제2항은 영농상속공제를 받으려는 상속인이 영농상속에 해당함을 증명하기 위한 서류를 상속세 신고 시 제출해야 한다고 정한다. 이는 이 사건에서 입증자료의 중요성과 연결된다. 단순히 “농사를 지었다”는 진술만으로 충분하지 않고, 농지대장, 농업경영체 등록, 농자재 구매, 수확물 처리, 농기계 사용, 사진, 확인서 등 여러 자료를 통해 실제 영농을 설명해야 한다.

같은 조 제4항은 영농상속공제를 받은 상속인이 상속개시일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 영농상속재산을 처분하거나 영농에 종사하지 않게 되면 공제받은 금액을 일정 방식으로 상속세 과세가액에 산입하여 추징하도록 정한다. 따라서 영농상속공제는 신고 시점의 공제로 끝나는 제도가 아니라 사후관리까지 이어지는 제도다.

2. 상증세법 시행령 제16조: 피상속인과 상속인의 요건

시행령 제16조 제1항은 법 제18조의3의 영농을 한국표준산업분류에 따른 농업, 임업 및 어업을 주된 업종으로 영위하는 것으로 정한다.

시행령 제16조 제2항은 피상속인 요건을 정한다. 「소득세법」을 적용받는 영농의 경우 피상속인은 상속개시일 2년 전부터 계속하여 직접 영농에 종사해야 하고, 농지 소재지 시·군·구, 연접 시·군·구 또는 해당 농지 등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주해야 한다. 이 사건에서는 피상속인과 배우자의 재촌 요건은 별도로 다투어지지 않은 사실로 정리되어 있다.

특히 시행령은 상속개시일 2년 전부터 직접 영농에 종사한 경우로서 상속개시일부터 소급하여 2년에 해당하는 날부터 상속개시일까지의 기간 중 질병의 요양으로 직접 영농에 종사하지 못한 기간은 직접 영농에 종사한 기간으로 본다고 정한다. 이 문언이 피상속인의 뇌경색과 장기요양등급 문제에서 핵심적으로 다투어졌다.

시행령 제16조 제3항은 상속인 요건을 정한다. 상속인은 상속개시일 현재 18세 이상이어야 하고, 상속개시일 2년 전부터 계속 직접 영농에 종사해야 하며, 재촌 요건도 충족해야 한다. 배우자 B가 실제로 상속 전부터 영농에 종사했는지가 이 조항과 연결된다.

시행령 제16조 제4항은 “직접 영농에 종사하는 경우”를 정의한다. 소유 농지 등 자산을 이용하여 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나, 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력으로 수행하는 경우가 이에 해당한다. 벼농사에서 농기계를 일부 활용했다고 하여 곧바로 직접 영농이 부정되는 것은 아니지만, 자기 책임하에 관리·경작했다는 사실은 자료로 설명되어야 한다.

시행령 제16조 제5항은 영농상속 재산가액을 정한다. 「소득세법」을 적용받는 영농의 경우 피상속인이 상속개시일 2년 전부터 영농에 사용한 농지 등으로서 요건을 갖춘 상속인이 받거나 받을 상속재산의 가액이 문제 된다. 이 사건에서 쟁점상속농지가 피상속인이 2년 전부터 영농에 사용한 농지인지, 그리고 배우자가 실제 영농상속인인지가 바로 이 부분의 쟁점이다.

3. 상증세법 시행규칙 제6조: 부득이한 사유

시행규칙 제6조는 질병의 요양, 취학상 형편, 병역의무 이행 등으로 가업 또는 영농에 직접 종사할 수 없는 사유를 부득이한 사유로 규정한다. 다만 그 사유가 종료된 후에도 영농에 종사하지 않거나 영농상속받은 재산을 처분하는 경우는 제외된다.

이 규정은 사후관리와도 관련되지만, 이 사건처럼 고령과 질병이 있는 피상속인 또는 영농상속인의 영농 계속 여부를 판단할 때 실무상 함께 검토된다. 중요한 점은 질병이 있으면 무조건 공제가 배제되는 것도 아니고, 질병이 있으면 무조건 영농기간으로 간주되는 것도 아니라는 점이다. 질병의 정도, 기간, 농작업의 성격, 실제 관리·감독 여부, 가족 공동영농 구조가 함께 판단된다.

심판원 판단 단계별 분석

조세심판원 판단은 두 쟁점에서 결론이 갈린다. 평가 쟁점은 처분청 판단을 유지했고, 영농상속공제 쟁점은 처분청 판단을 뒤집었다.

1단계: 매매계약 잔여 가치의 상속재산성 확인

심판원은 먼저 부동산 매도인이 매매대금 일부만 지급받고 사망한 경우의 기본 법리를 확인했다. 이 경우 그 부동산 자체가 상속재산이 되고, 상속인은 그에 대한 상속세를 부담한다. 과세가액은 매매대금에서 피상속인에게 지급된 계약금 등을 공제한 나머지 가액으로 평가한다. 공개 결정문은 대법원 2002.2.26. 선고 2001두5040 판결을 같은 뜻으로 인용한다.

이 법리는 실무상 중요하다. 상속개시 전 매매계약이 있었다고 해서 상속재산이 단순 잔금채권으로 바뀌었다고 쉽게 보아서는 안 된다. 소유권 이전, 대금 지급, 계약 이행 상태에 따라 상속재산의 성격과 평가 방식이 달라질 수 있다. 이 사건에서는 피상속인이 계약금 일부를 받은 뒤 사망했으므로, 잔여 매매대금 상당액을 중심으로 상속재산가액이 문제 되었다.

2단계: 필지별 매매가액 존재 여부 판단

청구인은 총 매매대금을 기준시가로 안분해야 한다고 했지만, 심판원은 받아들이지 않았다. 핵심은 개별 매매가액 자료의 존재다. 매수인은 실제 지목별 평당단가를 적용해 필지별 산정내역을 만들었고, 그 내역은 매매계약서상 총액과 일치했다. 처분청은 이 자료를 상속재산가액 산정에 사용했다.

심판원이 특히 주목한 사정은 청구인 측이 다른 토지의 상속재산가액을 줄이는 과정에서 쟁점상속농지 등의 개별 매매대금 자료를 조사청에 제출한 사실이다. 처분청은 그 자료를 받아들여 쟁점상속농지 외 토지의 상속가액을 감액하는 데 활용했다. 같은 자료가 불리한 필지에서는 부정되고 유리한 필지에서는 인정되는 식의 선택적 접근은 설득력이 약하다.

따라서 심판원은 매매계약서에 필지별 금액이 명시되어 있지 않더라도, 실제 거래 과정에서 필지별 산정액이 확인되고 그 자료가 과세가액 산정에 이미 사용되었다면 기준시가 안분으로 다시 돌아갈 수 없다고 보았다. 이 부분은 청구주장이 기각되었다.

3단계: 재촌 요건은 다툼 없는 전제로 정리

영농상속공제 판단에서 재촌 요건은 큰 다툼이 아니었다. 원문은 피상속인이 1968년부터 쟁점농지가 소재한 자치구 내에 거주했고, 2006년 이후에도 인천광역시 서구의 주소지에서 사망 시까지 거주했다고 정리한다. 배우자 B도 혼인 후 농지 인근에서 거주했고, 2002년 이후 현재까지 인천광역시 서구에 계속 거주한 것으로 설명되어 있다.

심판원은 피상속인과 영농상속인의 재촌 요건이 별도 다툼 없는 사실이라고 보았다. 따라서 본격적인 판단은 “직접 영농”에 집중되었다.

4단계: 질병과 장기요양등급의 의미를 제한적으로 평가

처분청은 피상속인의 뇌경색, 장기요양등급, 방문요양 이력을 강하게 내세웠다. 그러나 심판원은 이 사정만으로 직접 영농을 부정하지 않았다. 청구인이 제출한 의사 소견서에는 피상속인의 상태가 호전되었다는 내용이 있었고, 쟁점상속농지는 면적과 작목 특성상 벼농사의 기계화율을 감안하면 질병이 있더라도 자경이 충분히 가능해 보인다고 보았다.

원문에는 2024년 통계청 자료 기준으로 쟁점상속농지를 자경하는 데 연간 약 41.6시간의 노동력이 소요되고, 생산관리에 필요한 시간은 연간 약 2.2시간으로 조사되었다는 사실관계도 소개되어 있다. 공개 원문상 세부 산식은 제시되어 있지 않지만, 심판원은 농지 규모와 노동 투입량이 직접 영농 가능성을 평가하는 데 의미가 있다고 본 것이다.

이 판단은 질병 요양 기간 간주 규정을 무제한으로 넓힌 것은 아니다. 조심2021중3003처럼 질병 요양으로 실제 경작이 인정되지 않는 사건에서는 공제가 배제될 수 있다. 다만 이 사건에서는 질병이 있었더라도 장기간 영농 이력, 배우자와의 공동영농, 기계화된 벼농사, 의사 소견, 각종 자료가 함께 존재했으므로 처분청의 단정이 지나치다고 본 것으로 이해된다.

5단계: 영농 증빙을 하나의 묶음으로 평가

심판원은 청구인이 제출한 여러 자료를 종합했다. 원문상 언급된 자료는 농지대장, 농협 조합원 증명, 농업경영체 등록확인서, 농자재 구매내역, 정미소 이용내역, 정미소 대표 확인서, 농기계 운용자들의 확인서, 농작업 사진 등이다.

각 자료는 단독으로는 약할 수 있다. 농지대장은 행정상 관리자료일 뿐이고, 농협 조합원 증명은 실제 노동 투입을 직접 보여주지 않는다. 농자재 구매내역도 어느 필지에 사용되었는지 특정되지 않을 수 있다. 정미소 이용내역이나 확인서도 사후 작성자료라는 한계가 있다.

그러나 심판원은 이 자료들이 같은 방향을 가리킨다고 보았다. 피상속인과 배우자가 장기간 농지를 보유하고 농지 인근에 거주했으며, 별다른 직업 없이 농사를 계속해 왔다는 큰 사실관계 위에 위 자료들이 놓였다. 특히 배우자 B에게 복지센터 급여가 일부 있었지만 그 금액은 영농과 병행 가능한 수준으로 보였고, 피상속인과 배우자가 농지 경작에 참여하지 못할 정도의 다른 직업에 종사했다는 사실도 확인되지 않았다.

6단계: 영농상속인의 수술과 사후 영농 계속 여부 판단

처분청은 배우자 B의 영농 계속도 문제 삼았다. 원문에 따르면 배우자 B는 2024.5.21. 무릎관절증 수술로 영농에 종사하지 못하는 상황이라고 진술한 바 있다. 그러나 조세심판관회의에서는 수술 회복기간 약 2개월 동안만 영농에 종사하지 못했을 뿐 계속 영농에 종사했다고 진술했고, 최근 영농 사진자료도 제출했다.

심판원은 이를 받아들였다. 영농상속공제는 상속개시 후 5년 사후관리와도 연결되므로 상속인이 실제로 영농을 계속하는지가 중요하다. 다만 일시적인 수술 회복기간이 있었다고 하여 곧바로 영농 종사 중단으로 단정하지는 않았다. 회복 후 실제 복귀 여부와 계속 관리·경작 사실이 더 중요하다.

7단계: 구분소유적 공유관계에 따른 실제 경작 구조 인정

이 사건의 가장 실무적인 부분은 공유농지 판단이다. 처분청은 쟁점②농지를 공유자가 경작했으므로 피상속인과 배우자가 쟁점상속농지 전체를 영농에 사용했다고 볼 수 없다고 했다. 심판원은 경지정리 전후의 토지 구조와 당사자 합의를 달리 보았다.

심판원은 경지정리 전 피상속인 측과 공유자가 각자 특정 부분을 소유·경작했고, 경지정리 후에도 쟁점①농지는 피상속인 측이, 쟁점②농지는 공유자가 경작하기로 한 사정을 인정했다. 이는 통상적인 공유관계와 달리 내부적으로 각자 특정한 부분을 단독소유하기로 한 구분소유적 공유관계이고, 그 특정 부분 외관과 등기상 공유지분 사이에는 상호 명의신탁적 구조가 있다고 본 것이다.

따라서 피상속인이 공부상 쟁점①·②농지 모두에 공유지분을 가지고 있더라도, 공유자와의 합의에 따라 쟁점①농지에 대한 소유·경작권을 가진 것으로 볼 수 있다. 심판원은 영농상속공제의 취지가 영농의 계속과 농지 보존에 있다는 점까지 고려해, 공부상 지분과 실제 경작 구획의 불일치를 이유로 공제를 배제하는 것은 타당하지 않다고 판단했다.

8단계: 최종 결론

심판원은 피상속인과 배우자가 1972.4.12. 쟁점상속농지 취득 후 부부가 함께 계속 영농에 종사하며 생업을 이어온 것으로 판단했다. 다른 소득이나 직업 없이 아내와 함께 농지를 경작한 경우 전업농부로 볼 수 있다는 조심2012부4537 결정 등도 같은 취지로 언급되었다.

결국 처분청이 쟁점상속농지에 대해 영농상속공제를 배제한 것은 잘못으로 보아, 해당 농지에 상증세법 제18조의3 제1항의 영농상속공제를 적용하도록 경정했다. 다만 쟁점상속농지의 상속재산가액을 총매매대금 기준시가 안분으로 계산해야 한다는 청구는 받아들이지 않았다.

과거 결정례 또는 판례 비교

공개 원문에는 [참조결정]으로 국심2006전2141, 조심2021중3003, 조심2012부4537이 기재되어 있다. 판단 부분에는 대법원 2001두5040 판결과 대법원 2002두844 판결도 언급된다. 이 사건은 이들 선례를 단순히 나열한 것이 아니라, 각 선례가 작동하는 지점을 구분한 결정이다.

1. 대법원 2001두5040: 매도 후 사망한 부동산의 평가

대법원 2002.2.26. 선고 2001두5040 판결은 부동산 매도인이 대금 일부만 지급받고 사망한 경우 그 부동산 자체가 상속재산이 되고, 과세가액은 매매대금에서 이미 지급받은 계약금 등을 공제한 나머지 가액으로 평가한다는 취지로 인용되었다.

이 법리는 이 사건 평가 쟁점의 출발점이다. 피상속인이 도시개발사업 시행자에게 8필지를 매도했더라도 사망 당시 계약 이행이 완료되지 않았다면 상속재산 평가 문제가 남는다. 다만 이 판례가 곧바로 기준시가 안분을 지시하는 것은 아니다. 이 사건에서 심판원은 잔여 매매대금 평가 원칙을 전제로 하되, 필지별 산정내역이 확인되는 경우에는 그 산정내역을 적용할 수 있다고 본 것이다.

2. 국심2006전2141: 일괄양도와 기준시가 안분의 한계

청구인이 원용한 국심2006전2141은 복수 부동산을 일괄 양도한 경우 총 매매대금을 기준시가로 안분하는 접근을 뒷받침하는 결정례로 소개되었다. 공개 원문상 청구인은 개개의 부동산마다 양도대금을 구분할 수 있었던 사안에서도 거래 목적 등 사정에 비추어 일괄 양도라면 기준시가 안분이 정당하다고 보았다고 주장했다.

그러나 이 사건은 그 결정례와 사실관계가 달랐다. 매매계약서에는 총액만 적혀 있었지만, 매수인의 실제 지목별 평당단가 및 필지별 산정내역이 존재했고, 그 합계가 총 매매대금과 일치했다. 더구나 그 자료는 세무조사 과정에서 일부 토지 가액을 감액하는 데 이미 사용되었다. 따라서 일괄양도라는 형식만으로 기준시가 안분을 선택하기는 어려웠다.

실무적으로는 국심2006전2141을 적용하려면 “정말로 개별 가액이 없거나, 개별 가액으로 보기 어려운 형식적 배분에 불과한지”를 입증해야 한다. 반대로 매수인의 내부 산정표, 보상협의 자료, 지목별 단가표, 토지조서, 세무조사 제출자료가 존재하면 기준시가 안분 주장은 약해진다.

3. 조심2021중3003: 질병 요양과 직접 영농 부정 사례

처분청은 조심2021중3003을 원용했다. 공개 원문상 그 결정은 상속개시일부터 2년 전부터 질병 요양으로 직접 쟁점농지를 경작하지 않은 경우를 “상속개시일 2년 전부터 직접 영농에 종사한 경우”로 보기 어렵다고 판단한 사례로 소개된다.

이 사건과의 차이는 사실인정이다. 조심2021중3003은 질병 요양으로 직접 경작이 인정되지 않는 방향의 증거관계였던 반면, 조심2025인1653에서는 의사 소견서상 상태 호전, 소규모 논과 벼농사 기계화, 장기간 부부 공동영농, 농지대장·조합원·농업경영체·농자재·정미소·확인서·사진 자료 등이 함께 존재했다. 따라서 질병이라는 단어 하나만으로 같은 결론을 낼 수 없다.

이 비교는 실무적으로 중요하다. 장기요양등급이 있으면 공제가 항상 배제되는 것도 아니고, 질병 요양 간주 규정이 있으면 공제가 항상 인정되는 것도 아니다. 실제 농작업의 성격, 관리·감독 가능성, 가족 공동영농의 실질, 상속인의 영농 계속 여부가 모두 판단 대상이다.

4. 조심2012부4537: 부부 공동영농과 전업농 판단

심판원은 다른 소득이나 직업 없이 아내와 함께 농지를 경작한 경우 전업농부로 볼 수 있다는 취지로 조심2012부4537을 언급했다. 이 결정례는 이 사건에서 영농상속공제를 인정하는 방향으로 작용했다.

조심2025인1653에서도 피상속인은 농업 외 별다른 직업 없이 장기간 농지를 보유·경작해 온 것으로 설명되었다. 배우자 B도 혼인 후 농지 인근에 거주하며 피상속인과 함께 영농을 해 온 사람으로 인정되었다. 일부 복지센터 급여가 있었지만, 심판원은 그 소득이 영농과 병행 가능한 수준이라고 보았다.

즉 영농상속공제 사건에서 “전업농”은 농업소득 신고액만으로 정해지는 개념이 아니다. 장기간 거주와 농지 보유, 실제 경작, 가족 노동 투입, 생계 구조, 다른 직업의 유무와 강도, 농작업 자료가 종합된다.

5. 대법원 2002두844: 영농상속공제의 제도 취지

대법원 2002.10.11. 선고 2002두844 판결은 영농상속공제의 취지와 관련하여 인용되었다. 원문은 영농상속공제가 영농의 계속을 전제로 일반인보다 추가공제 혜택을 부여함으로써 농민의 경제활동을 지원하고, 영농의 물적 기반이 되는 농지를 보존하려는 데 있다고 정리한다.

이 취지는 공유농지 판단에서 특히 의미가 있었다. 공부상 공유지분과 실제 경작 구획이 맞지 않는다는 형식만으로 장기간 이어진 부부 공동영농과 농지 보존의 실질을 부정하면, 제도 취지와 어긋날 수 있다. 심판원은 구분소유적 공유관계와 장기간 실제 경작을 인정하여 제도 취지에 맞는 결론을 냈다.

실무 시사점

첫째, 상속개시 전 매매계약이 있는 부동산은 계약서만 보지 말고 가격 형성 자료를 모두 확인해야 한다. 도시개발사업, 산업단지, 공익사업 협의매수, 민간 시행자 매수에서는 계약서에 총액만 적혀 있더라도 내부 토지조서, 지목별 단가표, 감정·협의자료, 보상산정표가 존재하는 경우가 많다. 이런 자료가 있으면 필지별 가액이 없다고 주장하기 어렵다.

둘째, 기준시가 안분 주장은 일관성이 중요하다. 같은 필지별 산정자료를 이용해 어떤 토지의 상속가액은 낮추고, 다른 토지의 상속가액은 기준시가 안분으로 다시 낮추려 하면 설득력이 떨어진다. 세무조사 대응 단계에서 제출하는 자료는 특정 쟁점에만 영향을 미치는 것이 아니라 전체 상속재산 평가 논리에 영향을 준다.

셋째, 영농상속공제는 단일 서류로 입증되는 공제가 아니다. 농지대장, 농업경영체 등록확인서, 농협 조합원 증명, 농자재 구매내역, 쌀 판매 또는 자가소비 자료, 정미소 이용내역, 농기계 사용대금 지급자료, 주변 농기계 보유자 확인서, 농작업 사진, 위성사진, 주민 진술, 의료자료가 서로 맞물려야 한다. 각각의 자료는 약할 수 있지만, 동일한 사실관계를 향해 누적되면 증명력이 커진다.

넷째, 고령·질병이 있더라도 영농상속공제가 곧바로 배제되는 것은 아니다. 다만 질병이 있는 사건은 일반 사건보다 더 구체적인 설명이 필요하다. 어느 기간에 어떤 증상이 있었는지, 실제로 어떤 농작업을 직접 수행했는지, 어떤 작업을 농기계 보유자에게 맡겼는지, 본인은 관리·감독과 비용 부담을 어떻게 했는지, 배우자나 가족 노동이 어떻게 투입되었는지를 시간순으로 정리해야 한다.

다섯째, 벼농사처럼 기계화율이 높은 작목에서는 “직접 영농”의 설명 방식이 달라진다. 농기계 작업을 외부에 일부 맡겼다는 사실만으로 직접 영농이 부정되는 것은 아니지만, 상시 종사 또는 농작업의 2분의 1 이상 자기 노동력 수행 요건과 충돌하지 않도록 실제 관리·감독, 물관리, 농자재 구매, 수확·건조·정미, 판매 또는 소비 과정을 구체화해야 한다.

여섯째, 공유농지는 공부상 지분과 실제 경작 구획을 반드시 도면화해야 한다. 경지정리, 환지, 분할, 합병, 구획 변경이 있는 농지는 등기부 지분만으로 실제 경작을 설명하기 어렵다. 이 사건처럼 구분소유적 공유관계가 문제 될 수 있는 경우에는 과거 항공사진, 지적도, 경지정리 전후 도면, 공유자 간 합의서, 실제 경작 위치 표시자료, 농지대장 변동내역을 확보해야 한다.

일곱째, 영농상속인은 상속 후 사후관리까지 염두에 두어야 한다. 이 사건에서도 배우자의 무릎수술과 2024년 이후 영농 계속 여부가 문제 되었다. 일시적 질병이나 수술이 있으면 진단서, 입원·수술·회복기간 자료, 회복 후 영농 복귀 사진, 농작업 비용 지급자료를 남겨야 한다. 5년 내 처분이나 영농 중단은 추징으로 이어질 수 있으므로 사후 자료 관리가 신고자료만큼 중요하다.

실무 체크리스트

1. 상속개시 전 부동산 매매계약 평가 점검

• 피상속인이 사망 전 부동산 매매계약을 체결했는지 확인한다.
• 상속개시일 현재 계약금, 중도금, 잔금 수령 상태와 소유권 이전 여부를 정리한다.
• 계약서상 총액만 있는지, 필지별 금액 또는 별첨 산정표가 있는지 확인한다.
• 매수인의 토지조서, 지목별 단가표, 보상·협의자료, 감정평가자료, 내부 산정내역을 확보한다.
• 필지별 산정내역의 합계가 총 매매대금과 일치하는지 대조한다.
• 세무조사에서 제출한 자료가 다른 필지 평가에도 영향을 주는지 검토한다.
• 기준시가 안분을 주장하려면 개별 가액이 존재하지 않거나 신뢰할 수 없다는 사정을 별도로 정리한다.
• 상속재산 평가 주장을 필지별로 달리할 경우 그 이유와 일관성을 문서화한다.

2. 영농상속공제 기본 요건 점검

• 피상속인이 상속개시일 2년 전부터 계속 직접 영농에 종사했는지 확인한다.
• 상속인이 상속개시일 현재 18세 이상이고 상속개시일 전부터 직접 영농에 종사했는지 확인한다.
• 피상속인과 상속인의 주소지가 농지 소재지, 연접지 또는 직선거리 30킬로미터 이내인지 확인한다.
• 농지가 「농지법」상 농지이고 실제 영농에 사용되었는지 확인한다.
• 영농상속공제 대상 농지를 누가 상속받았는지, 공동상속인지 단독상속인지 정리한다.
• 공제 한도와 사후관리 5년 요건을 함께 검토한다.

3. 직접 영농 입증자료 준비

• 농지대장과 농업경영체 등록확인서를 확보한다.
• 농협 조합원 가입·탈퇴 증명, 농자재 구매내역, 면세유 관련 자료를 확보한다.
• 비료·농약·종자 구매내역이 어느 농지와 관련되는지 설명자료를 만든다.
• 농기계를 직접 보유하지 않는 경우 농기계 보유자, 작업일자, 작업대금, 지급증빙을 확보한다.
• 정미소 이용내역, 수확물 판매내역, 자가소비 내역, 방앗간 확인서 등을 정리한다.
• 농작업 사진은 촬영일자, 장소, 작업내용이 드러나게 보관한다.
• 주변 농민이나 농기계 운용자 확인서는 구체적 작업연도와 작업내용을 포함하도록 받는다.
• 단순 확인서만으로 부족할 수 있으므로 금융증빙, 장부, 사진, 행정자료와 연결한다.

4. 고령·질병이 있는 경우 추가 점검

• 진단명, 진단일, 치료기간, 입원기간, 회복상태를 의료자료로 정리한다.
• 장기요양등급이 있으면 등급별 상태와 실제 일상생활 가능 범위를 설명한다.
• 의사 소견서에 영농 가능성과 일상생활 가능성이 드러나는지 확인한다.
• 질병 기간 중 실제로 수행한 농작업과 타인에게 맡긴 작업을 구분한다.
• 배우자 또는 가족의 공동영농 구조를 구체적으로 정리한다.
• 질병 요양 기간 간주 규정에만 의존하지 말고 실제 관리·감독 자료를 준비한다.

5. 공유농지·경지정리 농지 점검

• 등기부상 공유지분과 실제 경작 구획이 일치하는지 확인한다.
• 경지정리 전후 지번, 면적, 위치, 실제 경작자 변동을 표로 정리한다.
• 구분소유적 공유관계가 있었다면 공유자 간 합의, 진술, 도면, 항공사진을 확보한다.
• 특정 필지만 경작한 경우 그 경작 부분이 자신의 지분 또는 명의신탁적 관계와 어떻게 대응되는지 설명한다.
• 공유자가 경작한 부분과 피상속인 측이 경작한 부분을 색상이나 번호로 표시한 도면을 만든다.
• 상속재산가액 산정과 영농상속공제 대상 면적이 서로 모순되지 않는지 검토한다.

6. 상속 후 사후관리 점검

• 영농상속인이 상속 후 5년간 농지를 처분하지 않고 영농을 계속할 계획인지 확인한다.
• 수술, 질병, 일시적 부재가 있으면 기간과 회복 후 복귀자료를 남긴다.
• 수용·협의매수 등 정당한 사유가 발생하면 관련 법률과 통지서를 보관한다.
• 영농 중단 또는 농지 처분 가능성이 있으면 추징세액과 이자상당액을 사전에 검토한다.
• 매년 농자재 구매, 농작업 사진, 수확물 처리자료를 누적 관리한다.

참고 자료

• 조세심판원, 조심2025인1653, 2026.07.02., 경정 결정.
• 「상속세 및 증여세법」 제18조, 제18조의3, 제67조.
• 「상속세 및 증여세법 시행령」 제16조.
• 「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제6조.
• 대법원 2002.2.26. 선고 2001두5040 판결: 부동산 매도인이 대금 일부만 지급받고 사망한 경우 상속재산 평가에 관한 법리.
• 대법원 2002.10.11. 선고 2002두844 판결: 영농상속공제의 취지에 관한 법리.
• 국심2006전2141, 2007.2.9.: 복수 부동산 일괄양도와 기준시가 안분 논의와 관련하여 청구인이 원용한 결정례.
• 조심2021중3003, 2021.12.14.: 질병 요양으로 직접 경작이 인정되지 않은 영농상속공제 부인 사례로 처분청이 원용한 결정례.
• 조심2012부4537, 2012.12.28.: 다른 직업 없이 배우자와 농지를 경작한 경우 전업농 판단과 관련하여 원문에서 언급된 결정례.
• 공개 결정문상 금액, 주소, 표의 세부 내용은 OOO로 비식별 처리되어 있으므로 이 글은 공개 원문에서 확인되는 범위 안에서만 분석했다.