[취소] 건축비용의 9.62%를 쟁점환지 청산금으로 본 처분 (조심2025지1198)

이 사건 청구법인은 하나의 정비사업 결과물 가운데 쟁점환지는 토지등소유자 지위에서, 체비지는 사업시행자 지위에서 취득했다. 최초 신고는 전체 신축가액인 건축비용 OOO원을 과세표준으로 삼았지만, 불복 과정에서는 두 취득 부분의 근거와 세금 처리가 갈라졌다. 쟁점환지 부분에 과세표준을 남길 수 있는지는 관리처분계획과 관계 법령에 따른 청산금이 실제로 확인되는지에 달려 있었다.

조심2025지1198은 2025.2.10. 재조사 뒤 체비지 관련 취득세 등이 이미 취소된 상태에서, 전체 건축비용 중 쟁점환지 면적 비율 9.62%에 해당하는 금액만 심판 단계에 남은 사건이다. 조세심판원은 관리처분계획의 청산금 추산내역서에 종전토지 등의 평가액, 분양기준가액, 분양가액이 같은 금액으로 적혀 있고 추가로 지급하거나 징수할 청산금도 확인되지 않는다는 점을 보았다. 이 자료와 청구법인의 토지등소유자 지위를 전제로, 처분청이 쟁점환지에 남긴 과세표준을 인정하지 않고 경정청구 거부처분을 취소했다.

공개 결정문은 당사자, 주소, 금액과 고시번호를 OOO로, 공개하지 않은 표 내용을 ○○○로 표시했다. 이 글도 공개 원문의 범위를 넘어 금액이나 당사자를 추정하지 않는다. 특히 쟁점환지와 체비지, 종전가액과 종후가액, 건축비용과 청산금은 서로 다른 개념이므로 구분해서 살펴본다. 또 공개 원문은 청산금 추산내역서의 근거 서식을 관련 법령과 여러 판단 문장에서 별지 제26호로 적었지만, 최종 판단 한 곳에서는 별지 제23호로 적었다. 이 글은 어느 하나를 오기로 단정하지 않고 이 충돌을 함께 밝힌다.

사건 개요

주문

처분청이 2024.9.19. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

이 주문은 경정청구 거부처분을 취소한 것이다. 이의신청과 재조사 과정에서 이미 체비지 부분과 녹색건축 인증 감면이 반영되었고, 심판 단계에서 남은 직접 쟁점은 쟁점환지에 배분한 건축비용을 청산금으로 볼 수 있는지였다.

거래 구조

[2016.1.20. 사업시행인가]
A 주식회사
  ├─ 정비사업 최초 사업시행자
  ├─ 2016.3.21.부터 2016.8.16.까지 사업부지 전부 취득
  └─ 2016.4.27. 관리처분계획인가
          │
          ▼
[2017.3.29. 관리형토지신탁계약]
A 주식회사 ── 사업부지 22필지 신탁·이전 ──▶ 청구법인
          │                                  │
          │                                  └─ 2017.5.17. 사업시행자 변경인가
          │
          └─ 같은 날 신축 예정 건축물과 부속토지 매매계약
                         매수인 C 유한회사
                                  │
                                  └─ 2019.6.27. 주식회사 D에 계약자 지위 양도

[2019.6.3. 준공인가]
전체 건축물 38,250.91㎡
          │
          ├─ 쟁점환지
          │    ├─ 건축물 3,681.60㎡, 전체의 9.62%
          │    ├─ 부속토지 234.42㎡
          │    └─ 토지등소유자 지위의 청구법인에게 귀속
          │
          └─ 체비지
               ├─ 건축물 34,569.31㎡
               ├─ 부속토지 2,201.18㎡
               └─ 사업시행자 지위의 청구법인에게 귀속

[2019.6.26. 관리처분계획 변경인가]
  └─ 분양기준가액 = 분양가액
     추가 지급·징수할 청산추산액 OOO원
          │
          ▼
[2019.7.10. 이전고시]
  ├─ 쟁점환지와 체비지의 소유권 귀속 확정
  └─ 청구법인은 서로 다른 두 지위로 각 부동산 취득
          │
          ▼
[2019.7.24. 취득세 신고·납부]
  └─ 전체 신축가액인 건축비용 OOO원을 과세표준으로 신고
          │
          ▼
[2024.7.22. 경정청구 → 2024.9.19. 거부]
          │
          ▼
[이의신청과 재조사]
  ├─ 체비지 부분 취득세 등 취소
  ├─ 녹색건축 인증 감면 3% 반영
  └─ 쟁점환지: 건축비용 × 9.62%를 과세표준으로 유지
          │
          ▼
[조세심판원]
  └─ 이 사건 관리처분 자료상 건축비용 비율분을 청산금으로 볼 수 없음
     경정청구 거부처분 취소

이 구조에서 가장 중요한 구분은 청구법인이 같은 날 같은 건축물 안에서 두 지위로 부동산을 취득했다는 점이다. 쟁점환지는 토지등소유자 지위에서 관리처분계획에 따라 받은 부분이다. 체비지는 사업시행자 지위에서 받은 부분이다. 이의신청 뒤 재조사에서는 체비지 부분이 이미 취소되었으므로, 심판원은 쟁점환지에 관한 청산금 존재 여부를 판단했다.

정비사업과 관리처분·이전고시 절차

1. 사업시행인가와 토지 취득

A 주식회사는 2016.1.20. 정비사업의 사업시행인가를 받았다. 당시 토지등소유자는 A 주식회사, 주식회사 B, a 등 7인이었다. A 주식회사는 2016.3.21.부터 2016.8.16.까지 다른 소유자 필지와 국유지·공유지를 매매로 취득하여 사업부지 전부를 소유하게 되었다.

원문에 따르면 쟁점 판단과 관련해 청구법인이 내세운 토지 607.1㎡의 승계취득일은 2015.5.22.와 2015.11.6.이다. 이는 2016.1.20. 사업시행인가보다 앞선다. 청구법인은 이 시점을 근거로 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에게 적용되는 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호의 대상이 아니라고 주장했다.

2. 최초 관리처분계획인가

처분청은 2016.4.27. 관리처분계획을 인가했다. 이 계획은 신축 건축물을 토지등소유자 공급분, 보류시설, 일반분양분으로 나누었다. 원문은 최초 계획에서 토지등소유자에게 업무시설 1,766.69㎡와 근린생활시설 1,190.2㎡를 공급하고, 보류시설 350.05㎡와 체비지 건축물 34,928.27㎡를 두는 구조였다고 적고 있다.

관리처분계획은 단순한 공사비 정산표가 아니다. 누구에게 어떤 대지와 건축물을 귀속시킬지, 종전 토지·건축물 가격과 분양받을 대지·건축물의 추산액을 어떻게 잡을지, 그 차이에 따른 청산금을 어떻게 추산할지를 담는 절차 문서다.

3. 신탁과 사업시행자 변경

A 주식회사와 청구법인은 2017.3.29. 사업부지 22필지에 관한 관리형토지신탁계약을 체결했고, 소유권은 청구법인에게 이전되었다. 청구법인은 2017.5.17. 사업시행자를 A 주식회사에서 청구법인으로 바꾸는 사업시행 변경인가를 받았다.

같은 2017.3.29. 청구법인은 C 유한회사에 신축 예정 건축물과 부속토지를 OOO원에 매도하는 계약도 체결했다. C 유한회사는 2019.6.27. 주식회사 D에 계약자 지위를 넘겼고, 청구법인은 2019.8.2. 주식회사 D에 소유권을 이전했다. 이 매매 흐름은 정비사업 결과물의 처분 경위이지만, 심판원이 청산금 존재를 인정한 근거는 아니다.

4. 준공인가와 관리처분계획 변경인가

청구법인은 2019.6.3. 연면적 38,250.91㎡의 건축물에 대해 준공인가를 받았다. 이어 2019.6.26. 관리처분계획 변경인가를 받았다. 변경된 계획은 토지 234.42㎡와 건축물 3,681.60㎡를 쟁점환지로, 토지 2,201.18㎡와 건축물 34,569.31㎡를 체비지로 구분했다.

관리처분계획 변경인가에 포함된 청산액 추산내역이 이 사건의 중심 증거다. 원문은 종전토지 등의 평가액에 비례율 128.84%를 적용한 분양기준가액과 분양가액을 연결해 설명하고, 최종 판단에서는 종전토지 등의 평가액, 분양기준가액, 분양가액이 모두 OOO원이라고 적는다. 추가로 지급하거나 징수하는 청산추산액도 OOO원으로 나타난다고 했다. 실제 숫자가 모두 가려져 있어 독자가 등식을 다시 계산할 수는 없고, 세 값이 같으며 별도 청산금 부담이 확인되지 않는다는 원문의 서술 관계만 확인할 수 있다.

이 값들의 관계는 다음처럼 구분된다.

종전토지 등의 평가액
  └─ 비례율 128.84% 반영 ──▶ 분양기준가액
                                  │
                                  ├─ 분양가액과 비교
                                  │
                                  └─ 이 사건 자료상 같은 금액
                                             │
                                             └─ 추가 징수·지급 청산추산액 없음

전체 건축비용 OOO원
  └─ 처분청이 9.62% 배분 ──▶ 쟁점환지 과세표준으로 남긴 금액 OOO원

앞의 흐름은 청구법인이 제시한 비례율 계산과 인가된 청산금 추산내역을 심판원이 확인한 구조다. 뒤의 흐름은 재조사 뒤 처분청이 사용한 원가 배분 구조다. 심판원은 뒤의 금액을 앞의 청산금과 같은 것으로 인정하지 않았다.

5. 이전고시와 취득

청구법인은 2019.7.10. 이전고시를 했다. 이전고시는 관리처분계획에서 정한 대지와 건축물의 소유권 귀속을 외부에 알리고 정비사업의 권리 변환을 마무리하는 절차다. 이 고시에 따라 청구법인은 토지등소유자 지위에서는 쟁점환지를, 사업시행자 지위에서는 체비지를 취득했다.

도시정비법 제89조의 청산금은 종전 토지·건축물 가격과 분양받은 대지·건축물 가격 사이의 차액이다. 원문 법령은 사업시행자가 이전고시 뒤 그 차액을 분양받은 자에게서 징수하거나 분양받은 자에게 지급한다고 규정한다. 이 사건에서는 전체 건축비용이 지출되었다는 사실과 그 9.62%가 관리처분계획상 청산금인지가 따로 심리되었다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 전체 건축비용 중 쟁점환지의 면적 비율 9.62%에 해당하는 금액을 지방세특례제한법 제74조 제1항의 청산금으로 볼 수 있는지다.

이를 판단하려면 네 가지 질문을 나누어야 한다.

1. 쟁점환지는 토지등소유자가 관리처분계획에 따라 취득한 부동산인가
2. 쟁점환지와 체비지는 각각 어떤 지위에서 취득한 것인가
3. 종전토지 등의 평가액, 분양기준가액, 분양가액 사이에 실제 차이가 있는가
4. 관계 법령과 관리처분계획에 따라 청구법인이 추가로 부담한 청산금이 확인되는가

처분청은 전체 건축비용에 쟁점환지 면적 비율을 곱해 과세표준을 남겼다. 심판원은 이 사건의 관리처분계획과 청산금 추산내역을 기준으로 그 원가 배분액을 도시정비법상 청산금과 같은 금액으로 인정하지 않았다. 이 결론은 해당 문서와 당사자 지위를 전제로 한다.

청구인 주장

원문의 당사자는 청구법인이다. 청구법인의 주장은 크게 주위적 주장과 예비적 계산 주장으로 나뉜다.

1. 종전가액과 종후가액이 같아 추가 청산금이 없다는 주장

청구법인은 분양대상자별 분양기준가액과 실제 분양가액이 OOO원으로 동일하도록 관리처분계획 변경인가를 신청했고, 처분청이 2019.6.26. 이를 인가했다고 주장했다. 단순한 종전·종후 감정평가액만 비교할 것이 아니라, 종전 감정평가액에 정비사업 개발이익을 반영한 분양기준가액과 종후 감정평가액인 분양가액을 비교해야 한다는 논리다.

청구법인이 제시한 계산 구조는 다음과 같다.

• 종전·종후 감정평가액은 각각 OOO원이다.
• 쟁점환지 9.62%에 대응하는 종전·종후 감정평가액도 각각 OOO원이다.
• 총 공사비용을 반영해 계산한 비례율은 128.84%다.
• 쟁점환지에 대응하는 종전 감정평가액에 비례율을 곱한 분양기준가액은 OOO원이다.
• 이 분양기준가액은 쟁점환지의 종후 감정평가액인 분양가액 OOO원과 같다.
• 그러므로 추가로 지급할 청산금이 없다.

여기서 청구법인이 말한 종전가액은 단순 취득원가가 아니다. 관리처분계획에서 종전 토지 등의 평가액에 비례율을 적용해 계산한 분양기준가액을 중심으로 종후 분양가액과 비교하자는 주장이다.

2. 제1호가 적용되고 제2호는 적용되지 않는다는 주장

청구법인은 지방세특례제한법 제74조 제1항 제1호가 관계 법령에 따라 실제 청산금을 부담하는 경우를 다루고, 제2호는 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자를 다룬다고 주장했다.

이 사건 사업시행인가는 2016.1.20.이고, 쟁점과 관련된 토지 607.1㎡의 승계취득일은 2015.5.22.와 2015.11.6.이므로 사업시행인가 이후 승계취득이 아니라는 것이 청구법인의 설명이다. 따라서 토지등소유자인 청구법인에게는 제1호를 적용해 관계 법령상 실제 청산금 부담 여부를 보아야 하고, 실제 부담한 청산금은 없다고 했다.

3. 처분청 방식으로 계산해도 과세표준이 남지 않는다는 예비 주장

청구법인은 제2호와 건축공사비용을 적용하는 처분청 방식을 받아들이더라도 과세표준이 남지 않는다고 예비적으로 주장했다. 건축물 공사비 중 쟁점환지 비율분과 부속토지분 공사비의 합계에서 종전부동산 취득가액을 빼면 결과가 OOO원으로 산출된다는 계산이다.

다만 심판원 최종 판단은 이 예비 계산의 정확한 금액을 채택해 취소한 것이 아니다. 심판원은 청산금 추산내역서에 추가 청산금이 없고, 제2호가 청구법인의 지위에 적용되지 않는다는 점을 중심으로 판단했다.

처분청 의견

처분청은 전체 건축비용 중 쟁점환지 비율 9.62%에 해당하는 OOO원이 취득세 과세대상 청산금이라고 보았다. 또한 그 청산금 산정에는 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호를 적용해야 한다는 의견이었다.

이의신청 뒤 재조사 과정에서 처분청이 취한 계산도 이 입장을 보여준다.

1. 이 건 체비지에 관한 취득세 등 OOO원은 취소했다.
2. 전체 건축비용에서 쟁점환지 면적 비율 9.62%에 해당하는 OOO원을 뽑았다.
3. 이 금액을 쟁점환지 취득가액 합계가 종전부동산 가액 합계를 초과하는 경우에 해당한다고 보았다.
4. 이를 과세표준으로 세액을 산출한 뒤 녹색건축 인증 감면 3%를 적용했다.
5. 그 결과 취득세 등 OOO원을 남겼다.

공개 결정문에는 처분청 의견을 별도의 긴 문단으로 싣지 않았다. 심리 및 판단 부분에 정리된 처분청 의견과 재조사 뒤 실제 계산을 통해 위 입장을 확인할 수 있다. 처분청이 관리처분계획의 청산금 추산내역과 별도로 어떤 자료를 근거로 건축비용 비율분을 법정 청산금으로 보았는지는 공개 원문에서 더 확인되지 않는다.

제출·확인 자료

심판원은 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음 사항을 확인했다.

이 자료 목록에서 심판원 판단을 직접 바꾼 것은 매매계약의 매매대금이나 전체 건축원가 자체가 아니라 관리처분계획과 그에 딸린 청산금 추산내역이다. 건축비용이 실제로 지출되었다는 점은 다툼의 출발점이지만, 그 비용이 곧 청산금이라는 연결은 별도로 증명되어야 했다.

관련 법령

지방세특례제한법 제74조 제1항

결정문은 지방세특례제한법을 2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 이전의 것으로 표기한다. 핵심 구조는 관리처분계획에 따라 취득하는 토지·건축물과 사업시행자가 취득하는 체비지·보류지의 취득세를 면제하되, 일정한 초과 부분에는 취득세를 부과하는 것이다.

이 글은 대상 결정문에 실린 법률 번호와 조문만 정리했다. 별도 공식 연혁을 확인하지 않았으므로 2019.7.10. 당시 정확히 적용되는 법률의 시행시점과 부칙·경과조치를 검증한 것으로 보아서는 안 된다.

요지: 제1호는 환지계획 등에 따른 취득부동산 가액 합계가 종전부동산 가액 합계를 초과하여 도시정비법 등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우, 그 청산금에 상당하는 부동산에 취득세를 부과한다.

요지: 제2호는 환지계획 등에 따른 취득부동산 가액 합계가 종전부동산 가액 합계를 초과하는 경우 그 초과액 상당 부동산에 취득세를 부과하되, 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.

두 호는 모두 종후부동산이 종전부동산보다 가치가 커진 경우를 다루지만 적용 대상과 계산의 출발점이 다르다. 이 사건에서 심판원은 청구법인을 토지등소유자로 보았고, 제2호의 환지 이전 승계취득자에 해당하지 않는다고 판단했다.

지방세특례제한법 시행령 제35조 제2항

결정문에 적힌 시행령은 법 제74조의 초과액을 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에서 환지 이전 부동산의 과세표준, 곧 승계취득 당시 취득세 과세표준을 빼는 방식으로 정한다.

이 규정은 청구법인이 예비 주장에서 언급한 제2호 계산의 근거다. 다만 심판원은 청구법인의 지위가 제2호 대상이 아니라고 보았으므로, 전체 건축비용 중 9.62%를 이 규정의 초과액으로 확정하지 않았다.

도시 및 주거환경정비법 제74조 제1항

요지: 사업시행자는 분양신청 현황을 기초로 관리처분계획을 수립해 인가를 받아야 하고, 그 계획에는 분양대상자별 분양예정 대지 또는 건축물의 추산액과 종전 토지 또는 건축물의 명세·가격 등이 포함된다.

관리처분계획은 종전 권리와 종후 권리의 비교를 제도적으로 확정하는 문서다. 이 사건에서는 변경인가된 관리처분계획과 청산금 추산내역서가 청산금 존재 여부를 가르는 직접 자료가 되었다.

도시 및 주거환경정비법 제89조

요지: 분양받은 자가 종전에 소유한 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있으면, 사업시행자는 이전고시 뒤 그 차액에 상당하는 청산금을 징수하거나 지급한다.

같은 조는 종전·종후 가격을 평가할 때 규모, 위치, 용도, 이용 상황, 정비사업비 등을 참작하도록 한다. 심판원은 이 사건에서 정비사업비가 평가 요소에 들어간다는 사정만으로 전체 건축비용의 9.62%를 청산금으로 확정하지 않았다.

결정문은 도시정비법을 2019.4.23. 법률 제16383호로 개정된 것으로 표기한다. 이 글은 별도 공식 연혁을 확인하지 않았으므로 그 날짜를 시행일로 단정하지 않으며, 2019.7.10. 당시 적용시점과 부칙·경과조치를 따로 검증한 것으로 보아서는 안 된다.

서울특별시 도시 및 주거환경정비 조례 시행규칙 제16조와 별지 제26호 서식

결정문 관련 법령은 분양대상자별 분양예정 대지·건축물의 추산액과 종전 토지·건축물 명세·가격을 별지 제26호 서식에 따르도록 적고 있다. 청구법인 주장과 심판원의 일반 법리 및 구체 판단 앞부분도 제26호를 반복한다. 이 서식은 분양대상자별 청산금 추산내역을 별도 항목으로 두고, 종전토지 등의 평가액, 기준가액, 부담 또는 상환액, 분양가액, 청산금 추산액을 구분한다.

다만 최종 판단 문장 한 곳은 같은 청산금 추산내역서를 별지 제23호 서식이라고 적는다. 대상 원문 안에서 서식 번호가 충돌하므로 어느 하나를 오기로 단정할 수 없다. 이 글에서 제26호를 중심으로 설명하는 것은 원문 다수 표기와 관련 법령 표기가 제26호이기 때문이며, 최종 판단의 제23호 표기도 함께 확인해야 한다.

비례율은 구역 안 분양대상 대지와 건축물 등의 총 추산액에서 총사업비를 뺀 금액을 종전 토지와 건축물의 총 가액으로 나눈 값이다. 이 사건 자료에 적힌 비례율은 128.84%다. 비례율 계산에 총사업비가 들어간다는 사실과 전체 건축비용의 일정 비율이 청산금이라는 주장은 같은 말이 아니다. 비례율은 분양기준가액 산정 과정에 쓰이고, 청산금은 그 기준가액과 분양가액 등의 차이를 토대로 별도 산정된다.

단계별 심판원 판단

1단계: 쟁점환지는 체비지와 다른 지위에서 취득했다

청구법인은 전체 건축물 가운데 쟁점환지인 건축물 3,681.60㎡와 부속토지를 토지등소유자 지위에서 취득했다. 체비지인 건축물 34,569.31㎡와 부속토지는 사업시행자 지위에서 취득했다. 같은 청구법인에게 귀속되었더라도 취득 근거와 지위가 다르므로 하나의 건축비용 계산으로 합쳐 볼 수 없다.

2단계: 토지등소유자의 청산금은 관계 법령과 관리처분 자료에서 확인해야 한다

심판원은 토지등소유자가 환지계획 등으로 취득한 부분의 청산금은 서울특별시 조례 시행규칙상 분양대상자별 청산액 추산내역서에 따라 확인해야 한다고 보았다. 청산추산액이 있는 경우에 그 금액만 취득세 과세표준으로 삼는 것이 타당하다고 했다. 이 대목의 일반 법리는 별지 제26호를 가리킨다.

이 법리의 근거로 심판원은 조심2023지4135, 2024.5.9. 결정과 같은 뜻이라고 명시했다. 따라서 이 사건의 출발점은 공사원가 배분표가 아니라 인가된 관리처분계획과 청산금 추산내역서다.

3단계: 관리처분계획상 추가 청산금이 확인되지 않았다

관리처분계획에 포함된 청산금 추산내역서에는 종전토지 등의 평가액, 분양기준가액, 분양가액이 모두 OOO원으로 나타났다. 추가로 지급하거나 징수할 청산추산액도 OOO원으로 기재되었다. 원문 다수 표기와 관련 법령은 이를 별지 제26호 서식으로 설명하지만, 최종 판단 문장 한 곳은 별지 제23호 서식으로 적는다. 어느 번호가 맞는지는 대상 원문만으로 확정할 수 없지만, 원문은 해당 청산금 추산내역서에서 청구법인이 부담할 청산금이 확인되지 않았다고 판단했다.

공개 원문은 실제 금액을 가렸지만, 세 평가액이 같고 별도 부담액이 없다는 문서상 관계는 드러난다. 심판원은 이 관계를 건축비용 비율 계산보다 우선했다.

4단계: 제2호는 청구법인의 지위에 적용되지 않는다

처분청은 지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호를 적용했다. 그러나 심판원은 이 규정이 환지 이전에 해당 부동산을 승계취득한 자에게 적용되는 규정이고, 청구법인은 토지등소유자이므로 적용 대상이 아닌 것으로 보았다.

심판원은 청구법인의 예비적 음수 계산을 직접 확정하기보다 적용 조항과 당사자 지위가 맞지 않는다는 점을 판단 근거로 삼았다. 따라서 이 결정을 제2호의 구체적 초과액 계산법에 대한 일반적 승인으로 읽어서는 안 된다.

5단계: 이 사건의 건축비용 비율분을 왜 청산금으로 보지 않았나

심판원이 건축비용을 청산금으로 보지 않은 이유는 좁게 세 가지다.

첫째, 법적 성격이 다르다. 건축비용은 전체 건축물을 신축하는 데 든 비용이다. 청산금은 관리처분계획에 따라 종전 권리 가격과 분양받은 종후 권리 가격 사이의 차이를 정산하는 금액이다.

둘째, 이 사건에서 사용된 계산 근거가 달랐다. 처분청은 전체 건축비용에 쟁점환지 면적 비율 9.62%를 곱했다. 반면 관리처분계획과 원문이 인용한 조례 서식은 종전토지 등의 평가액, 비례율을 반영한 기준가액, 분양가액, 부담·상환액을 나누어 청산금을 추산했다. 심판원은 앞의 원가 배분만으로 뒤의 청산금 추산을 대신했다고 보지 않았다.

셋째, 핵심 문서가 반대 사실을 보여줬다. 인가된 관리처분계획의 청산금 추산내역서에서 종전토지 등의 평가액, 분양기준가액, 분양가액이 같았고, 추가 지급·징수할 청산금이 확인되지 않았다. 처분청이 이 문서와 달리 건축비용 비율분을 청산금으로 볼 별도 근거를 제시했다는 내용은 공개 원문에서 확인되지 않는다.

이 판단은 정비사업의 건축비용이 언제나 취득세 과세표준에서 제외된다는 뜻이 아니다. 이 사건에서 토지등소유자가 관리처분계획에 따라 취득한 쟁점환지에 관해, 전체 건축비용 중 면적 비율분을 관계 법령상 청산금으로 바꿔 볼 수 없다는 판단이다.

6단계: 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다

심판원은 청구법인이 쟁점환지를 취득하면서 청산금을 부담하지 않은 것으로 보는 것이 타당하다고 결론 내렸다. 따라서 처분청이 쟁점환지 관련 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단해 거부처분을 취소했다.

종전가액·종후가액·건축비용·청산금의 구분

이 표의 핵심은 비용, 가치, 정산을 분리하는 데 있다. 건축비용은 비용 자료이고, 종전·종후가액은 권리 가치 자료이며, 청산금은 그 가치 차이를 정산하는 결과다. 세 자료가 서로 영향을 줄 수는 있지만 자동으로 같은 금액이 되지는 않는다.

원문 참조결정과 법리 기준 비교

비교 범위는 대상 원문이 직접 보여주는 수준으로 제한해야 한다. 조심2023지4135는 심판원이 제26호 서식의 청산추산액을 과세표준으로 삼는다는 취지에서 원용했다. 조심2017지0032는 청구법인이 제2호 초과액 산정 논리를 뒷받침하려고 원용했다. 두 사건의 별도 안정된 공식 원문 주소를 확인하지 않았으므로 상세 당사자, 절차 경과와 결론을 이 글에서 확정하지 않는다.

결정의 범위와 읽을 때 주의할 점

첫째, 이 결정은 체비지의 과세 여부를 처음부터 다시 판단한 결정이 아니다. 체비지 부분은 이의신청과 재조사 과정에서 이미 취득세 등이 취소되었다. 심판 단계에서 직접 남은 문제는 쟁점환지에 배분한 건축비용이다.

둘째, 녹색건축 인증 감면 3%의 요건을 새로 확정한 결정도 아니다. 이 감면은 재조사 뒤 세액 계산에 반영되었다. 심판원의 취소 논리는 청산금이 없는 쟁점환지에 과세표준을 남긴 것이 잘못이라는 데 있다.

셋째, 정비사업 건축비용 전체가 비과세라는 일반론이 아니다. 토지등소유자가 관리처분계획에 따라 취득한 환지 부분에서 청산금이 확인되지 않았다는 구체적 자료와 청구법인의 지위를 전제로 한 판단이다.

넷째, 청구법인의 예비적 음수 계산이 심판원의 최종 산식으로 채택된 것은 아니다. 심판원은 관리처분계획상 청산금 부재와 제2호 적용 대상이 아니라는 점으로 결론을 냈다.

실무 시사점

1. 신고 당시 하나로 묶은 과세표준을 지위별로 다시 나누어야 한다

한 법인이 정비사업의 토지등소유자이면서 사업시행자일 수 있다. 같은 건축물 안에서도 환지와 체비지의 취득 근거가 다르다. 최초 신고에서 전체 건축비용을 하나의 과세표준으로 신고했더라도, 경정청구 단계에서는 취득 지위, 귀속 유형, 적용 감면 규정을 나누어 검토해야 한다.

2. 청산금은 원가배분표가 아니라 관리처분 문서에서 출발한다

이 사건과 같은 다툼에서는 총공사비, 면적, 회계장부와 함께 관리처분계획 인가서와 변경인가서, 분양대상자별 청산금 추산내역서, 종전·종후 평가서, 비례율 산정표, 이전고시를 한 묶음으로 확인해야 한다. 인가된 청산금 추산내역에 부담액이 없는데 과세관청이 건축비용 배분액을 청산금으로 본다면, 두 금액을 연결한 법적 근거와 계산 자료를 따로 확인해야 한다.

대상 원문처럼 서식 번호가 서로 다르면 번호 하나를 임의로 고쳐 쓰지 말아야 한다. 이 사건에서는 관련 법령과 여러 본문이 별지 제26호를, 최종 판단 한 곳이 별지 제23호를 적는다. 제26호를 기준으로 검토할 때도 원문 다수 표기와 관련 법령 표기에 따른 것임을 기록하고, 제23호 표기와 실제 인가 서식을 원문 문서로 다시 대조해야 한다.

3. 종전가액과 종후가액의 비교 기준을 문서별로 맞춰야 한다

종전 감정평가액, 비례율을 적용한 분양기준가액, 종후 분양가액, 실제 취득가액은 이름과 기능이 다르다. 같은 열에 놓고 비교하려면 기준일, 평가 대상, 포함 비용, 권리 범위가 맞는지 확인해야 한다. 이 사건에서 청구법인은 분양기준가액과 분양가액이 같다는 인가 자료를 제시했고, 심판원도 청산금 추산내역의 동일 금액 관계를 확인했다.

4. 사업시행인가 전후의 승계취득 시점을 따로 관리해야 한다

지방세특례제한법 제74조 제1항 제2호는 사업시행인가 이후 환지 이전 승계취득자라는 대상을 둔다. 부동산 취득일, 사업시행인가일, 환지 또는 이전고시일을 나란히 놓아야 적용 조항을 가를 수 있다. 명칭상 사업시행자나 신탁회사라는 이유만으로 제2호 적용 여부를 정하면 안 된다.

5. 경정청구와 불복 단계마다 남은 쟁점을 다시 고정해야 한다

이 사건은 최초 경정청구에서 환지, 체비지, 녹색건축 인증 감면이 함께 제기되었다. 이의신청과 재조사를 거치며 체비지와 일부 감면은 반영되고 쟁점환지만 남았다. 심판청구서를 작성할 때는 최초 처분 전체가 아니라 재조사 뒤 실제로 남은 과세표준과 세액, 남은 법률 쟁점을 기준으로 구조를 다시 잡아야 한다.

6. 문서가 보여주는 사실과 당사자의 계산 주장을 분리해야 한다

감정평가서와 관리처분계획은 실제 제출·확인 자료다. 반면 건축비용을 적용해도 음수가 된다는 계산은 청구법인의 예비 주장이다. 실무 의견서에서는 확인된 문서 사실, 납세자 계산, 과세관청 계산, 심판원의 채택 이유를 구분해야 설득력이 생긴다.

실무 체크리스트

사업과 권리 구조

• 사업시행인가일과 변경인가일을 확인했는가
• 최초 사업시행자와 변경 사업시행자를 구분했는가
• 토지등소유자 지위와 사업시행자 지위를 구분했는가
• 쟁점환지, 체비지, 보류지의 면적과 귀속 주체를 각각 확인했는가
• 신탁계약이 소유권과 사업시행자 지위에 미친 영향을 확인했는가

관리처분과 이전고시

• 최초 관리처분계획과 변경 관리처분계획을 모두 확보했는가
• 분양대상자별 분양예정 대지·건축물 추산액을 확인했는가
• 종전 토지·건축물 명세와 평가액을 확인했는가
• 분양기준가액과 분양가액의 산정 근거가 일치하는가
• 비례율 산식과 총사업비 반영 범위를 확인했는가
• 분양대상자별 청산금 추산내역서에 징수액 또는 지급액이 있는가
• 대상 결정문과 관련 법령에 적힌 서식 번호가 서로 일치하는가
• 이 사건처럼 별지 제26호와 별지 제23호가 충돌하면 어느 하나를 오기로 단정하지 않고 실제 인가 서식을 대조했는가
• 이전고시일과 이전고시 뒤 청산금 조정·확정 자료를 확인했는가

취득세 적용

• 지방세특례제한법 제74조 제1항 제1호와 제2호 중 어느 규정이 적용되는가
• 적용시점과 부칙·경과조치를 별도 공식 연혁으로 확인했는가, 확인하지 않았다면 그 한계를 밝혔는가
• 승계취득일이 사업시행인가 전인지 후인지 확인했는가
• 종전부동산과 종후부동산의 평가 대상과 범위가 같은가
• 전체 건축비용의 환지 면적 비율분과 관리처분계획상 청산금이 어떤 자료로 연결되는지 확인했는가
• 공사비, 분양가액, 취득가액, 청산금을 각각 별도 열로 관리했는가
• 체비지와 환지의 취득세 감면 판단을 분리했는가
• 다른 감면이 함께 적용될 때 감면 순서와 남은 세액을 확인했는가

증빙과 불복

• 사업시행인가서, 관리처분계획 인가서, 변경인가서, 준공인가서, 이전고시를 확보했는가
• 감정평가서와 비례율 산정표를 확보했는가
• 청산금 추산내역서의 각 열과 최종 징수·지급액을 대조했는가
• 최초 신고 과세표준과 경정청구 과세표준을 지위별로 다시 계산했는가
• 이의신청·재조사 뒤 이미 취소된 부분과 남은 부분을 구분했는가
• 당사자 주장과 심판원이 실제 채택한 판단 근거를 구분했는가
• 공개 자료의 OOO를 임의 금액이나 당사자로 보완하지 않았는가

참고 자료

• 조세심판원 조심2025지1198 결정문
• 지방세특례제한법 제74조: 대상 결정문은 2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 이전의 것으로 표기함
• 지방세특례제한법 시행령 제35조
• 도시 및 주거환경정비법 제74조, 제86조, 제89조: 대상 결정문은 2019.4.23. 법률 제16383호로 개정된 것으로 표기함
• 서울특별시 도시 및 주거환경정비 조례 시행규칙 제16조와 별지 서식: 원문 다수 표기와 관련 법령은 별지 제26호, 최종 판단 한 곳은 별지 제23호로 적어 서로 충돌함
• 조심2023지4135, 2024.5.9. 결정: 대상 결정이 별지 제26호 서식의 청산추산액을 과세표준으로 삼는다는 제한된 취지에서 원용함
• 조심2017지0032, 2017.2.22. 결정: 대상 결정에서 청구법인이 제2호의 초과액 산정 논리를 설명하며 원용함

공식 결정문은 금액과 일부 표를 OOO로 가리고 있다. 따라서 이 글은 공개 원문에서 확인되는 금액의 동일 관계, 면적, 날짜, 절차, 문서 종류와 심판원의 판단만 정리했다. 조심2023지4135와 조심2017지0032는 별도 안정된 공식 원문 주소를 확인하지 않아 대상 원문에 적힌 사건번호, 결정일과 제한된 원용 취지만 남겼다. 또한 별도 공식 법령 연혁을 확인하지 않아 적용시점과 부칙·경과조치를 검증한 것으로 보아서는 안 된다.