[취소] 실제 거래가액으로 기한후신고한 자경농지 감면 배제 사건 (조심2026소1783)

부동산 매매계약서에 실제와 다른 거래가액을 적으면 양도소득세 비과세와 감면이 제한된다. 그렇다면 지방자치단체에 부동산거래계약을 신고할 때 잘못된 금액을 적었지만, 실제 거래가액이 적힌 정정 계약서를 붙여 양도소득세를 기한후신고하고 이틀 뒤 지방자치단체에 허위신고 사실을 스스로 밝힌 경우에도 감면을 배제해야 할까.

조심2026소1783은 계약서를 처음 작성한 순간만 떼어 보지 않았다. 최초 계약서가 실제와 달랐다는 사실은 인정하면서도, 세금 신고에는 실제 거래가액이 적힌 정정 계약서가 사용됐는지, 그 뒤 조사 전에 지방자치단체에 허위신고 사실을 자진신고했는지, 과세관청의 부과권 행사나 매수인의 장래 취득가액 확인에 지장을 주었는지, 잘못된 계약서를 작성한 경위와 목적은 무엇인지, 처분청이 자경농지 감면의 본래 요건에 이견을 제기했는지를 함께 살폈다.

조세심판원은 청구인이 실제 거래가액으로 양도소득세를 기한후신고했고, 조사 전에 부동산거래계약신고도 자진해서 바로잡았으며, 최초 거래가액의 잘못은 재산을 나누는 과정에서 생긴 단순 착오로 보인다고 판단했다. 처분청은 청구인의 재촌과 자경 등 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않았고, 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 판단했다. 이에 심판원은 자경농지 감면을 배제해 부과한 2022년 귀속 양도소득세 처분을 취소했다.

다만 이 결정은 실제와 다른 계약서를 나중에 고치기만 하면 언제나 감면을 받을 수 있다는 뜻이 아니다. 이 사건에서는 세금 신고 자체가 실제 거래가액으로 이루어졌고, 조사 전에 자진신고가 있었으며, 세수 침해나 장래 취득가액 부풀리기 목적이 확인되지 않았다. 여기에 처분청이 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않았고 심판원이 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 본 사정이 함께 작용했다.

사건 개요

공개 결정문에서 최초 계약서와 정정 계약서의 거래가액, 세액과 가산세는 대부분 OOO로 비식별 처리돼 있다. 결정요지에는 실제 거래가액이 1억원이라고 적혀 있으나, 본문의 계약서와 신고 내역은 OOO로 가려져 있다. 따라서 이 글은 계약서별 구체적 금액 차이를 재구성하거나 감면세액을 계산하지 않는다.

처분청은 처음에 무신고가산세 OOO원과 납부지연가산세 OOO원을 포함해 양도소득세 OOO원을 경정하고 고지했다. 이후 청구인의 요청에 따라 세무사 수수료 OOO원을 필요경비로 인정해 OOO원을 줄였다. 심판원의 취소 대상은 그 뒤 남은 잔존세액 OOO원의 부과처분이다.

거래 구조

2022.8.12.
[청구인] ---------------- 쟁점토지 매매 ----------------> [매수인 A]
    |               쟁점계약서① 거래가액 OOO원                |
    |                    실제 거래가액과 다름                    |
    v                                                          v
2022.9.1. 소유권 이전 + 지방자치단체 부동산거래계약신고
    |
    |  최초 신고필증과 등기 접수 당시 거래가액 OOO원
    v
2024.3.18. 양도소득세 기한후신고
    |
    |-- 쟁점계약서② 첨부
    |-- 실제 거래가액 OOO원을 양도가액으로 신고
    |-- 자경농지 감면 적용
    |-- 산출세액 OOO원 전부 감면, 납부세액 0원
    v
2024.3.20. 지방자치단체에 자진신고
    |
    |-- 최초 거래가액이 실제와 달랐음을 스스로 밝힘
    |-- 조사 시작 전 신고로 과태료 전액 면제
    v
2024.5.8. 지방자치단체가 처분청에 자료 통보
    |
    v
2025.7.10. 처분청
    |
    |-- 최초 허위계약서 작성만으로 감면 배제
    |-- 양도소득세 OOO원 경정 및 고지
    |-- 뒤에 필요경비 인정으로 OOO원 감액
    v
2026.7.9. 조세심판원
    |
    |-- 실제 거래가액 신고와 자진 시정 확인
    |-- 단순 착오, 부과권 행사에 지장 없음
    |-- 처분청은 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견 없음
    |-- 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 부합한다고 판단
    v
잔존세액 OOO원의 부과처분 취소

이 구조에서 지방자치단체에 제출된 첫 계약서와 과세관청에 제출된 세금 신고를 구분해야 한다. 첫 계약서의 거래가액이 실제와 달랐다는 점에는 다툼이 없다. 그러나 청구인은 양도소득세 기한후신고 때 그 계약서를 사용하지 않았다. 실제 거래가액을 적은 쟁점계약서②를 붙였고, 신고서에도 실제 거래가액을 양도가액으로 적었다.

시간 순서도 중요하다. 청구인의 양도소득세 기한후신고는 2024.3.18.이고 지방자치단체 자진신고는 2024.3.20.이다. 지방자치단체의 조사결과 통보는 2024.5.8.이다. 결정문은 청구인이 조사기관의 조사가 시작되기 전에 거래가액 허위신고 사실을 자진신고해 과태료 전액을 면제받았다고 확인했다.

처분 경위

청구인은 2022.8.12. A와 쟁점토지를 매도하는 쟁점계약서①을 작성했다. 계약서에는 거래가액이 OOO원으로 적혔다. 청구인은 2022.9.1. A 앞으로 소유권을 이전하고 같은 날 대구광역시 OOO에 부동산거래계약을 신고했다. 신고필증과 등기사항전부증명서에도 거래가액 OOO원이 나타났다.

그 뒤 청구인은 거래가액을 OOO원으로 정정한 쟁점계약서②를 작성했다. 2024.3.18. 쟁점토지의 양도소득에 대해 자경농지 감면을 적용한 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고서를 냈다. 신고 당시 산출세액 OOO원 전부에 감면을 적용해 납부세액을 0원으로 계산했다.

청구인은 2024.3.20. 최초 부동산거래계약신고의 거래가액이 실제 거래가액이 아니었음을 인정하는 자진신고서를 지방자치단체에 제출했다. 조사 시작 전 자진신고였고, 위반 사실을 입증할 자료를 내며 조사에 협조한 것으로 인정돼 과태료 전액을 면제받았다. 2024.5.10. 발급된 부동산거래계약신고필증에는 거래금액이 OOO원으로 정정돼 있었다.

처분청은 2024.5.8. 지방자치단체로부터 거래가액 허위신고와 자진 수정에 관한 자료를 통보받았다. 이후 최초 계약서에 실제와 다른 거래가액이 적힌 이상 조세특례제한법 제129조에 따라 감면을 적용할 수 없다고 판단했다. 2025.7.10. 청구인에게 무신고가산세와 납부지연가산세를 포함한 양도소득세를 경정하고 고지했다.

청구인은 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기했다. 심판청구에서 다툰 핵심은 자경농지의 재촌과 자경 요건 자체가 아니었다. 실제와 다른 금액을 적은 첫 계약서가 존재하지만 2024.3.18. 정정 계약서를 붙여 실제 거래가액으로 세금을 기한후신고하고 2024.3.20. 지방자치단체에 허위신고 사실을 자진신고한 경우에도 감면 제한 규정을 그대로 적용할 것인지였다.

핵심 쟁점

계약서 작성 사실만으로 감면 제한이 확정되는가

조세특례제한법 제129조 제1항은 부동산 등을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실제 거래가액과 다르게 적으면 소득세법 제91조 제2항에 따라 양도소득세 비과세와 감면을 제한하도록 정한다. 처분청은 이 문언에서 계약서를 처음 작성한 행위만으로 제한 요건이 완성된다고 읽었다.

반면 청구인은 세금 신고에 쓰인 계약서와 신고가액을 중심으로 보아야 한다고 주장했다. 양도소득세 기한후신고 때는 실제 거래가액을 적은 쟁점계약서②를 붙였고, 신고서의 양도가액도 실제와 같았으므로 세금 신고를 허위로 한 사실이 없다는 논리다.

사후 정정과 자진신고가 판단을 바꿀 수 있는가

최초 계약서의 잘못이 존재한다는 사실은 사라지지 않는다. 쟁점은 조사 전에 이루어진 자진신고와 실제 거래가액에 따른 세금 신고가 감면 제한 판단에서 어떤 무게를 갖는지다.

처분청은 지방자치단체의 과태료 면제와 국세의 감면 제한은 서로 다른 제도라고 봤다. 자진신고로 과태료가 면제됐더라도 조세특례제한법상 감면 제한은 별도로 적용해야 한다는 입장이다.

심판원은 제도는 구분하면서도 자진신고의 사실적 의미를 무시하지 않았다. 조사 전에 스스로 잘못을 고쳤고, 그 결과 앞으로 매수인의 취득가액과 과세관청의 확인 기준도 실제 거래가액으로 정리됐다는 점을 과세행정에 미친 영향과 고의성을 판단하는 근거로 삼았다.

자경농지 감면의 목적과 감면 제한 규정을 어떻게 함께 읽을 것인가

자경농지 감면은 장기간 농지 소재지에 거주하며 직접 경작한 농업인의 생활 안정과 농업의 계속성을 보호하려는 제도다. 반면 허위계약서에 대한 감면 제한은 실거래가 과세의 투명성을 높이고 과세를 정상화하려는 제도다.

이 사건에서는 두 목적이 충돌했다. 처분청은 청구인의 재촌과 자경 등 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않았지만 첫 계약서에는 실제와 다른 거래가액이 적혀 있었다. 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 보면서, 실제 거래가액 신고와 자진 시정으로 과세 투명성이 회복됐는지, 최초 잘못이 감면을 전부 배제할 정도의 행위인지를 구체적으로 판단했다.

청구인 주장

양도소득세 신고에는 실제 거래가액을 사용했다

청구인은 2024.3.18. 기한후신고 당시 쟁점토지의 양도가액을 실제 거래가액 OOO원으로 적었다고 주장했다. 신고서에는 같은 거래가액이 적힌 쟁점계약서②를 붙였다. 따라서 매매계약서의 거래가액을 실제와 다르게 적어 양도소득세를 신고한 사실이 없다는 입장이다.

청구인은 조세특례제한법 제129조와 소득세법 제91조 제2항이 세금 신고에서 허위 거래가액을 사용해 비과세나 감면을 받는 경우를 막기 위한 규정이라고 해석했다. 2024.3.18. 실제 거래내용에 맞춘 쟁점계약서②를 붙여 실제 거래가액으로 기한후신고한 자신에게 감면 제한을 적용하는 것은 규정의 취지를 벗어난다고 주장했다. 지방자치단체에 허위신고 사실을 자진신고한 날은 그 이틀 뒤인 2024.3.20.이다.

최초 부동산거래계약신고의 잘못을 스스로 바로잡았다

청구인은 세무대리인의 조언을 받은 뒤 쟁점계약서②를 다시 작성했다. 이어 최초 부동산거래계약신고가 실제와 달랐음을 인정하는 자진신고서를 지방자치단체에 냈다.

청구인은 부동산거래계약을 거짓으로 신고한 데 따른 불이익은 부동산 거래신고 제도에서 다뤄진다고 보았다. 조사 전에 자진해서 바로잡아도 양도소득세 감면까지 배제한다면 잘못을 스스로 신고할 유인이 사라진다고 주장했다. 실제 거래내용대로 세금을 신고해 과세 정상화에 기여한 점도 강조했다.

처분청이 든 종전 결정과 사실관계가 다르다

청구인은 처분청이 제시한 조세심판 결정은 납세자가 양도소득세 신고 때 실제와 다른 거래가액을 사용한 사례라고 주장했다. 자신은 실제와 다른 계약서를 세금 신고에 붙이지 않았으므로 같은 기준을 그대로 적용할 수 없다는 입장이다.

원문의 참조결정란에는 조심2022중7024가 적혀 있고 처분청 의견에도 같은 결정이 언급된다. 공식 원문에서 확인되는 내용은 그 사건의 청구인이 실제와 다른 거래가액을 적은 계약서를 붙여 양도소득세를 신고했고, 청구인 명의로 실제 거래가액을 적용한 수정신고를 한 사실은 확인되지 않았다는 것이다. 지방자치단체에는 매수인이 단독으로 실제 거래가액을 자진신고했으며, 청구인이 매수인을 통해 자진신고했다는 주장도 증빙으로 확인되지 않았다. 심판원은 그 사건에서 자경농지 감면 배제를 유지해 청구를 기각했다.

세법 해석 질의를 했지만 구체적 답을 받지 못했다

청구인은 2025.9.2. 기획재정부에 세법 해석을 신청했다. 질문은 양도소득세 신고 전에 실제와 다르게 적힌 계약서를 실제 거래가액이 적힌 계약서로 고친 경우에도 허위계약서 작성으로 보아 감면을 배제하는지였다.

질의를 넘겨받은 국세청은 2025.9.9. 구체적인 사실관계를 조사해 판단할 사항이므로 회신 대상이 아니라고 통지했다. 따라서 이 질의와 회신은 청구인의 문제 제기 경위를 보여줄 뿐, 이 사건에 적용되는 별도의 유권해석을 제시한 자료는 아니다.

처분청 의견

최초 허위계약서 작성으로 감면 제한 요건이 충족됐다

처분청은 청구인이 쟁점토지를 양도하면서 실제와 다른 거래가액을 적은 계약서를 작성하고 부동산거래계약신고까지 했다는 사실을 강조했다. 조세특례제한법 제129조와 소득세법 제91조는 거래가액을 실제와 다르게 적은 경우 감면을 제한한다고 명시하므로, 나중에 거래가액을 고쳤더라도 감면을 적용할 수 없다는 입장이다.

처분청은 허위계약서를 작성한 경위와 고의성은 제한 여부를 바꾸지 않는다고 보았다. 실제와 다른 계약서를 작성했다는 객관적 사실만으로 자경농지 감면을 배제해야 조세행정의 신뢰성과 형평성을 지킬 수 있다는 논리다.

과태료 면제와 양도소득세 감면은 별개의 문제다

부동산거래계약신고 위반에 따른 과태료는 지방자치단체가 부동산 거래신고 법령에 따라 판단한다. 양도소득세 감면은 과세관청이 소득세법과 조세특례제한법에 따라 판단한다. 처분청은 두 법률관계가 다르므로 자진신고로 과태료가 면제됐다고 해서 감면 제한까지 없어지는 것은 아니라고 주장했다.

처분청은 비과세와 감면은 법이 정한 요건을 충족했을 때 예외적으로 인정되는 특례라고 보았다. 최초 허위계약서를 작성해 감면 요건을 충족하지 못한 이상, 사후 정정과 자진신고만으로 감면을 되살릴 수 없다는 입장이다.

종전 결정의 감면 배제 기준을 따라야 한다

처분청은 조심2022중7024를 근거로 들었다. 공식 원문에서 그 결정은 실제와 다른 거래가액을 적은 계약서로 양도소득세를 신고했고, 납세자 명의의 세금 수정신고가 확인되지 않으며, 지방자치단체 자진신고도 매수인이 단독으로 한 사안에서 자경농지 감면 배제를 유지했다.

그러나 이 사건에서 심판원은 단순히 종전 결론을 반복하지 않았다. 청구인이 세금 신고에 실제 거래가액을 사용했고, 조사 전 자진신고로 지방자치단체 신고를 고쳤으며, 최초 잘못이 단순 착오로 보이고 과세행정에 지장을 주지 않았다는 구체적 차이를 중심으로 판단했다.

사실과 증거

조세심판원은 당사자의 주장만으로 결론을 내리지 않았다. 공개 결정문에서 확인되는 자료와 그 의미는 다음과 같다.

청구인은 주민등록표 초본, 농지원부, 농업 관련 매출내역, 토지대장과 소득금액증명원을 본래 감면 요건에 관한 자료로 제출했다. 처분청은 그 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않았고, 처분 이유는 쟁점계약서①에 실제와 다른 거래가액이 적혔다는 한 가지 제한 사유에 집중됐다.

지방자치단체의 검토보고서는 최초 잘못의 경위를 판단하는 핵심 자료였다. 청구인과 매수인은 사실혼관계였고 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 쟁점토지를 함께 거래하려다가 쟁점토지만 거래하기로 합의했다. 심판원은 이 과정에서 거래가액을 잘못 신고한 것으로 보았다. 이 사실은 청구인의 설명만이 아니라 지방자치단체가 작성해 처분청에 보낸 검토보고서에 담겨 있었다.

관련 법령

조세특례제한법 제69조 제1항

농지 소재지에 거주하는 법정 요건을 갖춘 거주자가 8년 이상 직접 경작한 농지 가운데 정해진 토지를 양도해 생긴 소득에 대해서는 양도소득세 전액을 감면한다. 다만 주거지역 편입이나 환지예정지 지정이 있는 경우에는 정해진 범위의 소득에 한정한다.

이 조항은 자경농지 감면의 본래 요건과 효과를 정한다. 이 사건에서 처분청은 청구인의 재촌과 자경 등 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않았다. 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 보았고, 다툼은 조세특례제한법 제129조가 별도로 감면을 제한하는지에 있었다.

조세특례제한법 시행령 제66조

자경농지 감면을 받을 거주자는 농지가 있는 시, 군, 구나 그와 맞닿은 지역 또는 농지에서 직선거리 30킬로미터 이내의 지역에 8년 이상 거주하면서 경작해야 한다. 직접 경작은 농작물 경작이나 다년생식물 재배에 늘 종사하거나 농작업의 절반 이상을 자기 노동력으로 하는 경우를 말한다.

결정문 별지는 거주지역, 직접 경작과 소득에 따른 경작기간 제외 기준을 함께 싣고 있다. 청구인은 이를 뒷받침하기 위해 주민등록, 농지원부, 농업 관련 매출자료와 소득금액증명원을 냈다.

조세특례제한법 제129조 제1항

소득세법 제94조 제1항 제1호와 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실제 거래가액과 다르게 적은 경우에는 그 자산에 대해 소득세법 제91조 제2항에 따라 조세특례제한법상 양도소득세 비과세와 감면을 제한한다.

이 조항이 사건의 직접 쟁점이다. 문언은 실제와 다른 거래가액을 적은 계약서가 있으면 감면을 제한한다고 정한다. 그러나 이 사건에서는 2024.3.18. 실제 거래내용에 맞춘 쟁점계약서②를 붙여 실제 거래가액으로 세금을 기한후신고했고, 2024.3.20. 지방자치단체에 최초 허위신고 사실을 자진신고했다는 특수한 사정이 있었다.

소득세법 제91조 제2항

토지, 건물과 일정한 부동산 권리를 매매하는 거래당사자가 계약서 거래가액을 실제 거래가액과 다르게 적으면, 비과세 또는 감면 규정을 적용할 때 법이 정한 금액을 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 뺀다.

감면의 경우 빼는 금액은 감면받았거나 받을 세액과 계약서 거래가액과 실제 거래가액의 차액 가운데 적은 금액이다. 따라서 이 규정은 언제나 감면 전부를 없애는 문장만으로 이루어진 것이 아니라 제한액 계산방식까지 두고 있다. 다만 공개 결정문에서는 금액이 OOO로 가려져 있어 이 사건의 제한액을 따로 계산할 수 없다.

부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조, 제28조와 제29조

부동산 매매계약을 체결한 거래당사자는 실제 거래가액 등 법정 사항을 계약 체결일부터 30일 안에 신고관청에 신고해야 한다.

부동산 거래신고를 거짓으로 한 사람에게는 해당 부동산 취득가액의 100분의 10 이하에 해당하는 과태료를 부과한다. 다만 위반 사실을 자진신고한 사람에게는 대통령령이 정하는 바에 따라 과태료를 줄이거나 면제할 수 있다.

이 사건의 부동산거래계약신고와 과태료 문제를 정하는 조항이다. 지방자치단체는 국세 감면 여부를 판단한 것이 아니라 거래신고 위반과 자진신고 요건을 판단했다.

부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령 제21조 제1항 제1호

조사기관의 조사가 시작되기 전에 위반 사실을 처음으로 단독 신고하고, 위반 사실 입증에 필요한 자료를 제공하는 등 조사가 끝날 때까지 성실하게 협조한 사람은 정해진 요건을 모두 충족하면 과태료를 면제받는다.

청구인은 이 요건을 충족해 과태료 전액을 면제받았다. 심판원은 과태료 면제가 곧 국세 감면을 뜻한다고 보지는 않았다. 다만 조사 전 자진신고와 정정의 기회를 두는 제도의 취지를 감면 제한의 구체적 적용에서 함께 고려했다.

국세기본법 제14조 제2항과 제18조 제1항

세법 가운데 과세표준 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 이름이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

세법을 해석하고 적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 해야 한다.

심판원은 최초 계약서의 기재만으로 판단을 끝내지 않고 실제 거래가액에 따른 세금 신고, 자진 정정, 착오의 경위와 과세행정에 미친 영향을 살폈다. 결정문은 기재상 단순 착오만으로 감면을 배제하면 실질과세원칙에 반한다고 보았다.

심판원 판단

1단계: 감면 제한 규정의 문언을 확인했다

심판원은 먼저 소득세법 제91조 제2항과 조세특례제한법 제129조 제1항을 확인했다. 부동산 등의 거래당사자가 매매계약서에 실제와 다른 거래가액을 적으면 비과세와 감면을 제한한다는 문언 자체를 부정하지 않았다.

청구인이 2022.8.12. 작성한 쟁점계약서①에 실제와 다른 거래가액을 적었고, 이를 바탕으로 지방자치단체에 부동산거래계약신고를 했다는 사실도 인정했다. 즉 결정은 최초 계약서가 올바른 계약서였다고 본 것이 아니다.

2단계: 자경농지 감면의 본래 목적과 요건을 살폈다

자경농지 감면은 장기간 농지 소재지에 거주하며 직접 경작한 농업인의 생활 안정과 농업의 계속성을 보호하기 위해 조세부담을 줄이는 제도다. 심판원은 이 입법 목적을 헌법재판소 2003.11.27.자 2003헌바2 결정에 기대어 설명했다.

청구인은 주민등록표 초본, 농지원부, 농업 관련 거래자료, 토지대장과 2010년부터 2022년까지의 소득금액증명원을 냈다. 처분청은 청구인이 자경농지 감면을 받기 위한 본래 요건을 충족한다는 점에는 별다른 이견을 보이지 않았다. 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 판단했다. 감면 배제의 이유는 최초 계약서의 거래가액뿐이었다.

3단계: 세금 신고가 실제 거래가액으로 이루어졌는지 확인했다

청구인은 2024.3.18. 양도소득세 기한후신고 때 쟁점계약서②를 붙였다. 쟁점계약서②에는 실제 거래가액 OOO원이 적혀 있었고, 기한후신고서의 양도가액도 OOO원이었다.

따라서 청구인이 실제와 다른 거래가액을 세금 신고에 사용해 감면세액을 키우거나 양도소득을 줄인 사실은 확인되지 않았다. 심판원은 청구인의 신고가 처분청의 부과권 행사에 지장을 주지 않았다고 판단했다.

이 판단은 잘못된 첫 계약서의 존재를 없애는 것이 아니다. 최초 잘못이 감면 제한 제도의 보호 대상인 과세 투명성과 세수에 실제로 어떤 영향을 주었는지를 가리는 과정이다.

4단계: 최초 거래가액 기재가 단순 착오인지 목적 있는 허위인지 구분했다

지방자치단체가 처분청에 보낸 검토보고서에는 청구인과 매수인의 관계 및 재산분할 과정이 적혀 있었다. 두 사람은 사실혼관계였고, 다른 부동산과 쟁점토지를 함께 거래하려다가 쟁점토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액을 잘못 신고한 것으로 조사됐다.

청구인은 조사 전에 스스로 최초 계약서와 신고가 실제와 다르다고 밝혔다. 심판원은 이 사정을 종합해 청구인이 매수인의 장래 취득가액을 과다하게 계상하도록 돕기 위한 목적이 아니라 단순 착오로 쟁점계약서①을 작성한 것으로 보았다.

따라서 결정은 납세자의 고의가 언제나 감면 제한의 법정 요건이라고 선언한 것이 아니다. 이 사건의 구체적 사실 아래에서 최초 잘못의 성격과 제도에 미친 영향을 판단한 것이다.

5단계: 조사 전 자진신고와 정정의 효과를 살폈다

부동산 거래신고 법령은 조사 시작 전에 위반 사실을 자진신고하고 입증자료를 내며 조사에 협조한 사람에게 과태료를 면제할 수 있도록 한다. 청구인은 실제로 이 절차를 밟아 과태료 전액을 면제받았다.

심판원은 최초 계약서를 잘못 작성했다는 이유만으로 자진 정정 이후에도 감면을 배제하면, 스스로 바로잡을 기회를 둔 제도의 취지가 약해질 수 있다고 보았다. 잘못된 신고를 고쳐 실제 거래가액을 행정자료에 남긴 사람과 끝까지 바로잡지 않은 사람을 아무 차이 없이 다루는 결과도 고려했다.

과태료 면제를 양도소득세 감면의 직접 요건으로 본 것은 아니다. 자진신고의 시기와 완결성이 최초 잘못의 목적, 과세행정에 미친 영향과 실질을 평가하는 자료가 된 것이다.

6단계: 장래 취득가액과 국세행정에 미칠 영향을 확인했다

최초 신고가 그대로 남아 있으면 매수인이 나중에 쟁점토지를 양도할 때 잘못된 취득가액을 사용할 위험이 있다. 과세관청도 취득가액을 확인하는 과정에서 혼선을 겪을 수 있다.

그러나 이 사건에서는 청구인이 부동산거래계약신고를 수정했고, 정정 신고필증에도 실제 거래가액이 반영됐다. 매수인이 앞으로 취득가액을 신고하거나 과세관청이 그 적정성을 확인할 때 기준이 될 금액도 정정된 실제 거래가액이다. 심판원은 결과적으로 국세행정에 지장이나 교란이 있다고 보기 어렵다고 판단했다.

7단계: 실질과 입법 목적을 종합해 처분을 취소했다

처분청은 청구인의 재촌과 자경 등 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않았고, 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 판단했다. 청구인은 세금 신고에 실제 거래가액을 사용했고, 조사 전에 잘못을 자진신고했으며, 부동산거래계약신고도 실제 거래가액으로 고쳤다. 최초 잘못은 재산을 나누는 과정에서 생긴 단순 착오로 보였고, 취득가액 부풀리기나 과세방해 목적이 확인되지 않았다.

심판원은 이런 사정 아래에서 기재상 단순 착오만을 이유로 감면을 배제하는 것은 실질과세원칙에 반하고 자경농지 감면의 입법 목적에도 맞지 않는다고 봤다. 이에 남대구세무서장이 2025.7.10. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원 가운데 잔존세액 OOO원의 부과처분을 취소했다.

검증된 비교 결정과 법리 기준

원문의 참조결정란에는 조심2022중7024가 적혀 있고 따른결정란은 비어 있다. 조세심판원 공식 원문에서 조심2022중7024의 사실과 결론을 확인했다. 두 사건 모두 실제와 다른 거래가액을 적은 계약서와 자경농지 감면이 문제됐지만, 양도소득세 신고와 자진 정정의 주체 및 범위가 달랐다.

두 결정의 차이는 사후에 실제 계약서가 존재했는지만으로 설명되지 않는다. 조심2022중7024에서는 실제와 다른 거래가액을 적은 계약서로 양도소득세를 신고했고 청구인 명의의 실제 거래가액 수정신고는 확인되지 않았으며, 지방자치단체 자진신고의 주체도 매수인이었다. 조심2026소1783에서는 세금 신고 자체가 실제 거래가액으로 이루어졌고, 청구인이 조사 전에 지방자치단체 신고까지 직접 고쳤다.

따라서 비교의 중심은 정정 계약서의 작성 여부가 아니라 실제 거래가액이 양도소득세 신고와 관계기관 자료에 완전히 반영됐는지, 자진 시정의 주체와 시기가 확인되는지, 잘못된 거래가액이 과세행정에 남긴 영향이 해소됐는지에 있다.

문언 중심 기준과 구체적 사실판단의 차이

처분청의 기준은 간명하다. 실제와 다른 거래가액을 적은 계약서를 작성했다면 조세특례제한법 제129조의 문언에 따라 감면을 제한한다. 사후 정정, 자진신고, 과태료 면제와 고의성은 결론에 영향을 주지 않는다.

심판원의 기준은 최초 작성 사실에 더해 세금 신고와 정정의 전 과정을 본다. 이 사건에서는 실제 거래가액으로 세금이 신고됐고, 조사 전에 지방자치단체 신고도 고쳤으며, 단순 착오로 인정할 객관적 조사자료가 있었고, 국세행정의 혼선도 남지 않았다.

따라서 이 결정을 계약서 작성 사실은 중요하지 않다는 뜻으로 읽으면 안 된다. 실제와 다른 계약서는 여전히 감면 제한의 출발점이다. 다만 감면 제한의 목적이 이미 회복됐고 처분청이 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않은 사실관계에서, 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 보고 최초 기재만으로 감면을 배제할 수 있는지를 구체적으로 따졌다.

과태료 면제와 국세 감면의 관계

처분청의 말처럼 두 제도는 근거 법률과 판단기관이 다르다. 조사 전 자진신고로 과태료가 면제됐다는 이유만으로 양도소득세 감면이 자동으로 인정되지는 않는다.

그렇지만 자진신고는 국세 판단과 전혀 무관한 사실도 아니다. 누가 먼저 잘못을 발견했는지, 언제 정정했는지, 실제 거래가액이 행정자료에 반영됐는지, 장래 과세자료가 바로잡혔는지를 보여준다. 이 사건에서 과태료 면제는 감면의 법적 요건이 아니라 완전한 자진 시정이 있었다는 증거로 기능했다.

자경농지 감면 목적과 과세 정상화 목적의 조정

허위계약서 감면 제한의 도입 이유는 실거래가 과세의 투명성을 높이는 데 있다. 자경농지 감면은 장기간 직접 농사를 지은 사람의 생활 안정과 농업의 계속성을 보호한다.

실제 거래가액으로 세금이 신고되고 거래신고도 조사 전에 바로잡혔다면 과세 투명성 침해는 줄어든다. 반면 본래 감면 요건을 충족하는 납세자의 감면을 전부 배제하면 자경농지 제도의 보호 목적은 크게 제한된다. 처분청은 이 사건에서 본래 감면 요건 충족에 별다른 이견을 제기하지 않았고, 심판원은 그 요건을 충족하는 한 감면 적용이 입법 취지에 맞는다고 보아 두 목적을 함께 고려했다.

실무 시사점

1. 계약서별 역할과 제출처를 나눠 확인해야 한다

한 사건에 계약서가 여러 장이면 어느 계약서가 언제 작성돼 어디에 제출됐는지를 먼저 구분해야 한다. 최초 계약서, 정정 계약서, 지방자치단체 신고에 붙인 계약서와 양도소득세 신고에 붙인 계약서를 한 덩어리로 보면 사실관계가 뒤섞인다.

이 사건에서는 쟁점계약서①이 최초 부동산거래계약신고에 사용됐고, 쟁점계약서②가 양도소득세 기한후신고에 사용됐다. 감면 제한 검토표에는 계약서 작성일, 기재금액, 당사자 서명, 중개인 유무, 제출처와 제출일을 각각 적어야 한다.

2. 실제 거래가액의 입증은 계약서 정정만으로 끝나지 않는다

당사자끼리 새 계약서를 작성했다고 해서 그 금액이 바로 실제 거래가액으로 확정되는 것은 아니다. 계좌이체, 잔금 영수증, 등기자료, 부동산거래 신고필증과 자금 흐름이 같은 금액을 가리켜야 한다.

공개 원문만으로는 전체 대금 지급 흐름을 확인할 수 없다. 원문은 금융거래 상세내역이 제출됐는지 또는 비식별 처리됐는지를 밝히지 않는다. 실제 사건을 맡을 때는 정정 계약서뿐 아니라 매매대금 지급과 반환, 다른 부동산 거래와의 관계까지 확인해야 한다.

3. 잘못을 발견하면 조사 전에 신고와 세금 자료를 함께 바로잡아야 한다

자진 시정의 힘은 시기와 범위에서 나온다. 조사기관의 연락을 받은 뒤 해명하는 것보다 조사 전에 먼저 신고하는 편이 유리하다. 지방자치단체 거래신고만 고치고 양도소득세 신고는 그대로 두거나, 세금 신고만 고치고 등기와 거래신고 자료를 남겨두면 정정의 완결성이 약해진다.

잘못을 발견한 즉시 최초 신고관청, 관할 세무서, 등기자료와 계약 당사자의 신고자료가 모두 같은 실제 거래가액을 가리키는지 점검해야 한다. 자진신고서에는 발견 경위, 최초 금액이 잘못된 이유, 실제 거래가액의 입증자료와 세금에 미친 영향을 함께 적는 편이 좋다.

4. 단순 착오는 객관적 자료로 설명해야 한다

단순 착오라는 말만으로 고의성이 사라지지는 않는다. 왜 그런 금액이 적혔는지, 다른 거래와 섞였는지, 계약 당사자의 관계는 무엇인지, 누가 언제 잘못을 발견했는지, 잘못된 금액으로 이익을 얻으려 한 흔적이 없는지를 자료로 보여줘야 한다.

이 사건에서는 지방자치단체의 검토보고서가 재산을 나누는 과정과 거래 대상 변경을 기록했다. 청구인의 사후 진술만이 아니라 제삼의 행정기관이 조사 과정에서 작성한 문서가 단순 착오 판단을 뒷받침했다.

5. 매수인의 장래 취득가액까지 맞춰야 한다

실제보다 높은 금액이 매수인의 취득가액으로 남으면 나중에 매수인이 양도할 때 양도차익이 줄어들 수 있다. 실제보다 낮은 금액이 남아도 과세자료가 왜곡된다. 매도인의 세금만 실제 거래가액으로 신고했다고 끝낼 일이 아니다.

매수인이 취득세 신고와 장래 양도소득세 신고에서 사용할 취득가액, 등기자료와 부동산거래 신고필증도 함께 확인해야 한다. 이 사건에서 심판원은 정정된 실제 거래가액이 앞으로 매수인의 취득가액 확인 기준이 된다는 점을 중요하게 보았다.

6. 자경농지의 본래 요건을 먼저 완성해야 한다

허위계약서 제한을 다투기 전에 재촌, 자경기간, 직접 경작, 농지 요건과 소득 제외기간을 입증해야 한다. 본래 감면 요건이 부족하면 자진 정정에 관한 논쟁까지 갈 필요도 없이 감면이 배제될 수 있다.

청구인은 주민등록표 초본, 농지원부, 거래자별 상품매출 집계와 상세내역, 토지대장과 2010년부터 2022년까지의 소득금액증명원을 냈다. 처분청이 이 부분에 별다른 이견이 없었기 때문에 심판의 초점이 허위계약서 제한으로 좁혀질 수 있었다.

7. 기한후신고라고 해서 실제가액 검증이 약해지는 것은 아니다

이 사건의 신고는 법정기한 안의 신고가 아니라 2024.3.18. 이루어진 기한후신고였다. 그러나 심판원은 신고 형식보다 실제 거래가액을 정확히 적었는지와 부과권 행사에 지장이 있었는지를 봤다.

기한후신고를 할 때는 신고가 늦어진 이유와 함께 실제 거래가액, 취득가액, 필요경비, 감면 요건과 가산세를 모두 검토해야 한다. 처분청이 신고시인 결정을 한 뒤에도 다른 기관 자료를 받아 감면을 다시 검토할 수 있으므로, 최초 제출 단계에서 정정 경위와 증거를 충분히 붙이는 편이 안전하다.

8. 이 결정을 모든 허위계약서 사건에 넓혀 쓰면 안 된다

세금 신고에도 실제와 다른 거래가액을 썼거나, 조사 뒤에 정정했거나, 매수인의 취득가액 부풀리기 목적이 보이거나, 실제 거래가액을 입증하지 못한다면 이 사건과 결론이 달라질 수 있다. 자경농지 감면의 본래 요건이 부족한 경우도 마찬가지다.

불복서에는 조심2026소1783의 결론만 인용하지 말고 사실 대응표를 붙여야 한다. 실제가액 신고, 조사 전 자진신고, 정정 범위, 착오 경위, 세수 영향, 장래 취득가액과 본래 감면 요건을 항목별로 비교해야 한다.

실무 체크리스트

계약서와 실제 거래가액

• 최초 매매계약서와 모든 정정 계약서를 확보했는가.
• 각 계약서의 작성일, 거래가액, 지급 조건과 서명을 확인했는가.
• 공인중개사 참여 여부와 중개대상물 확인자료를 확인했는가.
• 계약금, 중도금과 잔금의 계좌 흐름이 실제 거래가액과 일치하는가.
• 다른 부동산이나 재산 정산과 함께 거래됐다면 금액 배분 근거가 있는가.
• 등기사항전부증명서의 거래가액이 어느 계약서와 연결되는가.
• OOO로 가려진 공개자료를 임의의 금액으로 추정하지 않았는가.

부동산거래계약신고 정정

• 최초 신고필증과 정정 신고필증을 모두 확보했는가.
• 최초 신고의 잘못을 언제, 누가 발견했는가.
• 신고관청이나 국토교통부의 조사 시작 전에 자진신고했는가.
• 최초로 단독 자진신고한 사람인지 확인했는가.
• 위반 사실 입증자료를 내고 조사 종료까지 협조했는가.
• 과태료 감경 또는 면제 결정문과 검토보고서를 확보했는가.
• 정정된 실제 거래가액이 신고필증과 관계기관 자료에 반영됐는가.

양도소득세 신고

• 양도소득세 신고서에 적힌 양도가액이 실제 거래가액과 같은가.
• 신고서에 어느 계약서를 붙였는지 확인했는가.
• 최초 계약서와 정정 계약서의 차이를 신고서에 설명했는가.
• 실제 거래가액을 입증하는 금융자료를 함께 냈는가.
• 기한후신고라면 무신고가산세와 납부지연가산세를 검토했는가.
• 신고시인 뒤에도 관계기관 자료 통보로 재검토될 수 있음을 고려했는가.
• 세무대리 수수료 등 필요경비의 증빙과 귀속이 확인되는가.

자경농지 감면 본래 요건

• 농지 소재지 또는 법정 거리 안의 거주기간을 확인했는가.
• 8년 이상 직접 경작 여부를 연도별로 정리했는가.
• 농지원부, 농업경영체 자료와 농자재 구입자료가 서로 맞는가.
• 농작업의 절반 이상을 자기 노동력으로 했다는 자료가 있는가.
• 토지대장과 실제 이용현황에서 농지 여부가 확인되는가.
• 사업소득금액과 총급여액에 따른 경작기간 제외연도가 있는가.
• 농업 외 사업의 총수입금액 기준을 넘는 과세기간이 있는가.
• 감면 신청서와 감면세액 계산이 신고서에 반영됐는가.

고의성, 과세 영향과 장래 취득가액

• 실제와 다른 금액이 적힌 구체적 경위를 문서로 설명할 수 있는가.
• 단순 착오를 뒷받침하는 제삼자 자료나 행정기관 조사자료가 있는가.
• 잘못된 거래가액으로 매도인의 양도차익이나 감면세액이 달라졌는가.
• 매수인의 취득가액을 높여 줄 목적이나 경제적 이익이 있었는가.
• 매수인의 취득세 신고가 실제 거래가액으로 정정됐는가.
• 장래 양도 때 사용할 취득가액이 실제 거래가액으로 정리됐는가.
• 과세관청의 부과권 행사에 필요한 자료가 빠짐없이 제출됐는가.

불복 대응

• 처분청이 감면을 배제한 정확한 법 조항과 계산을 확인했는가.
• 최초 계약서 작성과 세금 신고를 시간 순서로 구분했는가.
• 조사 전 자진신고라는 점을 접수증과 공문으로 증명했는가.
• 과태료 면제를 국세 감면의 자동 근거로 주장하지 않았는가.
• 자진신고를 착오의 성격과 과세 영향에 관한 증거로 연결했는가.
• 자경농지 감면의 본래 요건을 먼저 입증했는가.
• 비교 결정을 인용한다면 계약서, 세금 신고와 정정 시점의 차이를 검증했는가.
• 처분청 주장, 청구인 주장과 심판원 판단을 섞지 않았는가.

참고 자료

• 조세심판원, 조심2026소1783, 2026.7.9., 2022년 귀속 양도소득세 부과처분 취소
• 조세심판원 공개 결정문: https://www.tt.go.kr/mUser/dem/searchEngineDemViewPopup.do?semok=11&dem_no=224229&menuNm=demList
• 조세심판원 원문 보기: https://www.tt.go.kr/mUser/common/xmlViewer.do?dem_no=224229&mode=popup&highlight=&db=s
• 조세심판원, 조심2022중7024, 2023.2.15., 자경농지 감면 배제 유지
• 조심2022중7024 공개 결정문: https://www.tt.go.kr/mUser/dem/searchEngineDemViewPopup.do?semok=11&dem_no=196482&menuNm=demList
• 조심2022중7024 원문 보기: https://www.tt.go.kr/mUser/common/xmlViewer.do?dem_no=196482&mode=popup&highlight=&db=s
• 국가법령정보센터 소득세법 제91조: https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제91조
• 소득세법 제94조 제1항
• 국가법령정보센터 조세특례제한법 제69조: https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법/제69조
• 국가법령정보센터 조세특례제한법 제129조: https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법/제129조
• 조세특례제한법 시행령 제66조
• 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조, 제6조, 제28조와 제29조
• 국가법령정보센터 부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령 제21조: https://www.law.go.kr/법령/부동산거래신고등에관한법률시행령/제21조
• 국세기본법 제14조, 제18조, 제19조, 제65조와 제80조의2
• 헌법재판소 2003.11.27.자 2003헌바2 결정

원문의 참조결정란에는 조심2022중7024가 기재돼 있고 따른결정란은 비어 있다. 조심2022중7024의 사실관계와 기각 결론은 조세심판원 공식 원문에서 확인했다. 소득세법 제91조, 조세특례제한법 제69조와 제129조, 부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령 제21조의 공개 문언도 국가법령정보센터에서 대조했다. 공개 원문에서 OOO로 처리된 금액, 주소, 표와 그림의 내용은 추정하지 않았다.