[취소] 시공사 측 공사 중단 뒤 새 도급계약으로 공사를 이어 간 노인복지시설 토지 (조심2026지0645)

사건 개요

노인복지시설을 설치하고 운영하려고 토지를 취득해 취득세를 감면받았지만, 공사가 중단되어 취득일부터 1년 안에 시설을 직접 사용하지 못한 사건이다. 청구인은 시공사 측의 계약 불이행과 사기 행각 때문에 공사가 멈췄다고 주장했다. 감면세액과 가산세를 수정신고하고 납부한 뒤에는 공사 지연에 정당한 사유가 있다며 경정청구를 했다. 처분청은 시공사와의 분쟁은 청구인 측의 주관적이고 내부적인 사정이라며 경정청구를 거부했다.

조세심판원은 경정청구 거부처분을 취소했다. 결론을 가른 것은 시공사 분쟁이라는 이름 자체가 아니다. 청구인이 토지를 취득하기 전부터 사업을 준비하고 곧바로 착공 절차를 밟은 점, 공소장과 판결문에서 시공사 측의 공사 중단 경위가 확인된 점, 청구인이 공사를 특별히 늦추거나 게을리한 사정을 찾기 어려운 점, 새 도급사를 선정해 공사를 다시 진행한 점, 사용승인과 장기요양기관 지정에 이어 실제 노인복지시설을 운영한 점이 함께 고려되었다.

이 결정은 시공사와 분쟁이 생기면 언제나 정당한 사유가 인정된다는 뜻이 아니다. 법에서 정한 유예기간을 지키지 못한 원인과 장애의 정도, 취득 전후의 준비, 중단 기간의 대응, 공사 재개의 연속성, 최종 목적 사용을 사건별로 종합한 판단이다.

주문

경기도 양주시장이 2025.10.23. 청구인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

주문은 경정청구 거부처분을 취소한 것이다. 공개 원문에는 수정신고·납부한 취득세 등의 구체적 금액이 OOO로 가려져 있으므로 취소에 따른 금액 효과를 따로 계산할 수 없다.

사실관계 구조

[시설 설치 계획과 토지 취득 전 준비]

청구인
  ├─ 2021.1.14.경 ㈜A 등과 공사도급계약
  ├─ 2021.5.26. 건축물 착공허가
  └─ 2021.6.11.부터 2021.7.2.까지 쟁점토지 취득
         └─ 무료 노인복지시설 설치·운영 목적 취득세 감면

[착공과 시공사 측 공사 중단]

쟁점토지 취득
  └─ 2021.7.16. 건축물 착공신고
         └─ 시공사 ㈜A 등 공사 진행
                ├─ 2021.1.9.경부터 2022.11.1.경까지
                │  토지매매 및 공사대금 명목 총 13회, 합계 OOO원 입금
                └─ 2022년 6월경 공사비 부족을 이유로 공사 중단

[세금 신고와 불복]

처분청 추징 예정 통보
  └─ 2022.11.4. 청구인 수정신고·납부
         └─ 2025.9.18. 정당한 사유를 들어 경정청구
                └─ 2025.10.23. 처분청 거부
                       └─ 2026.1.20. 심판청구

[새 도급사 선정과 목적 사용]

청구인
  ├─ 청구인 주장: 2024년 5월 공사 재개
  └─ 심판원 확인: 2024년 4월 ㈜E 등과 새 도급계약
         └─ 새 계약 뒤 지체 없이 공사 진행
                ├─ 2025.5.1. 사용승인
                ├─ 2025.5.29. 고유번호증 발급
                ├─ 2025.6.1. 장기요양기관 지정
                └─ 심판 당시 노인복지시설 실제 운영

공개 원문 안에는 일부 날짜 표현이 서로 다르다. 청구인 주장에는 2021.7.28. 착공, 2022년 4월 말경 전면 중단이라고 적혀 있다. 반면 심판원이 확인한 일반건축물대장에는 2021.7.16.이 착공일로 적혀 있고, 심판원은 공소장과 판결문을 함께 언급하며 2022년 6월경 시공사 측이 공사를 중단한 사실을 확인했다. 이 글은 심판원 판단에 나온 2021.7.16.과 2022년 6월경을 구조도의 기준으로 삼되, 청구인 주장의 다른 날짜도 함께 보존한다.

공사 재개에 관한 표현도 출처별로 나뉜다. 청구인은 2024년 5월 공사를 재개했다고 주장했다. 심판원은 2024년 4월 새 도급계약을 체결한 뒤 지체 없이 공사를 진행했다고 확인했다. 두 표현은 서로 다른 자료에 속하므로 공개 원문만으로 실제 공사 재개일을 2024년 4월이나 5월 중 어느 한 달로 확정하지 않는다.

시설 운영 시점도 구분할 필요가 있다. 원문 결정요지는 2025.5.1.부터 노인복지시설을 운영하고 있다고 요약한다. 세부 사실관계에서는 이날을 건축물 사용승인일로 확인하고, 고유번호증과 장기요양기관지정서는 각각 2025.5.29.과 2025.6.1. 발급되었으며 심판 당시 실제 운영 중이라고 적었다. 따라서 2025.5.1.은 확인된 사용승인일이고, 이후 자격 자료와 실제 운영이 이어졌다는 범위에서 이해하는 것이 안전하다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 쟁점토지를 취득한 뒤 1년이 지날 때까지 노인복지시설 용도로 직접 사용하지 못한 데 지방세특례제한법상 정당한 사유가 있었는지다.

쟁점은 다음 질문으로 나뉜다.

1. 청구인이 취득 전후에 시설 설치를 실제로 준비하고 지체 없이 추진했는가.
2. 공사 중단은 청구인이 통제하거나 회피할 수 있는 사정이었는가.
3. 시공사 측 계약 불이행과 형사사건 관련 자료가 공사 중단 경위를 어느 범위까지 뒷받침하는가.
4. 공사가 멈춘 뒤 청구인이 목적 사용을 위해 진지하고 계속적인 노력을 했는가.
5. 새 도급사 선정, 공사 완료, 사용승인, 기관 지정, 실제 운영이 처음의 시설 설치 목적과 이어지는가.
6. 이런 사정을 모두 보아 1년의 직접 사용 유예기간을 넘긴 데 정당한 사유를 인정할 수 있는가.

직접 사용 시점에 관해서 처분청은 건축물을 신축할 목적으로 취득한 토지는 특별한 사정이 없으면 신축 건축물의 사용승인을 받은 때 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장했다. 청구인이 2025.5.1. 사용승인을 받은 이상 1년 안에 직접 사용하지 못한 사실 자체는 다툼의 중심이 아니었다. 실제 다툼은 그 지연에 정당한 사유가 있었는지였다.

청구인 주장

청구인 주장은 다음과 같다.

1. 공사 중단은 통제할 수 없는 외부적 장애였다는 주장

청구인은 주식회사 A, 주식회사 B 등 시공사 측의 부실과 계약 불이행으로 공사가 늦어졌고, 2022년에는 공사가 전면 중단되었다고 주장했다. 시공사 등의 실질 운영자 a가 처음부터 사업 수행 의사나 능력 없이 여러 투자자의 자금을 편취했으며, 단순한 계약 이행 지체나 경영 악화가 아니라 계획적인 사기 범죄의 결과로 공사가 멈췄다는 설명이다.

청구인은 a가 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반 사기 등으로 기소되었고, 서울중앙지방검찰청 OOO호 등의 공소장에 요양원 신축 명목의 자금 편취 사실이 적혀 있다고 주장했다. 다른 피해자들과 제기한 손해배상 소송에서 승소 판결도 받았다고 주장하며 서울중앙지방법원 판결문을 들었다.

다만 공개 원문은 사건번호와 주요 내용을 OOO로 가리고 있다. 또 청구인 주장 부분에는 2024.9.26. 선고 판결이라고 적힌 반면 심판원 판단 부분에는 2025.9.26. 선고 판결이라고 적혀 있다. 공개 원문만으로 어느 날짜가 맞는지 확정할 수 없다. 이 자료들은 시공사 측 사정과 공사 중단 경위를 뒷받침하는 자료로 제출되었고, 심판원은 공사 중단 책임이 청구인에게 있는 것으로 보기 어렵다는 판단의 근거로 삼았다. 그 이상으로 형사책임의 범위나 확정 여부를 넓혀 말할 수는 없다.

2. 공사 재개를 위해 노력했다는 주장

청구인은 공사 중단 뒤에도 시공사 측에 공사 재개를 계속 요구하고 자금 지원 의사를 밝혔다고 주장했다. 공사가 다시 시작되지 않고 이미 지급한 공사대금도 돌려받지 못하자 가족이 거주하던 집을 매각하고 주변에서 자금을 빌려 공사비를 마련했다고 주장했다.

청구인은 다시 피해를 볼 우려 때문에 직접 공사업체를 찾아 계약하고 공사대금을 지급하는 방식으로 2024년 5월 공사를 재개했다고 설명했다. 이를 뒷받침하기 위해 각 공사계약서, 공사대금 지급내역, 부동산 등기사항전부증명서, 자금대여 약정서를 제출했다. 이는 청구인의 주장에 적힌 재개 시점이며, 심판원이 확인한 2024년 4월 새 도급계약 체결 뒤 지체 없는 공사 진행과 구분된다.

가족 주택 매각과 차입은 청구인의 주장과 제출 자료에 나타난 사정이다. 심판원은 등기사항전부증명서상 청구인이 경기도 성남시 분당구 OOO 부동산을 2013.11.4. 취득한 뒤 2024.1.26. OOO원에 양도한 사실과 자금대여 약정서가 제출된 사실을 확인했다. 그러나 공개 원문에는 표의 구체적인 계약 내용과 지급액이 OOO로 가려져 있고, 주택 매각대금이나 차입금이 각 공정에 어떻게 쓰였는지 전체 자금 흐름이 공개되어 있지 않다. 따라서 자금 마련의 모든 경로가 입증되었다거나, 이 노력만으로 정당한 사유가 인정되었다고 확대할 수 없다.

3. 끝내 감면 목적을 실현했다는 주장

청구인은 2024년 5월 공사를 재개해 2025.5.1. 노유자시설을 준공했고 실제로 직접 운영하고 있다고 주장했다. 이는 쟁점토지를 다른 용도로 사용하거나 시세 차익을 얻으려 한 것이 아니라 처음부터 노인복지시설을 운영하려는 의지가 이어졌음을 보여준다는 입장이다. 실제 재개일은 이 주장만으로 확정할 수 없다.

청구인은 고유번호증, 사업자등록증, 장기요양기관지정서, 노인시설설치신고서 등을 근거로 들었다. 심판원은 공개된 판단에서 고유번호증과 장기요양기관지정서, 실제 운영 사실을 확인했다.

처분청 의견

처분청은 경정청구 거부처분이 정당하다고 보았다.

1. 1년 안에 직접 사용하지 않은 사실이 분명하다는 의견

지방세특례제한법 제20조는 일정한 무료 노인복지시설에 사용하려고 취득하는 부동산의 취득세를 면제하고, 같은 법 제178조 제1항 제1호는 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 지날 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 감면 취득세를 추징하도록 정하고 있었다.

처분청은 건축물 신축 목적 토지의 경우 특별한 사정이 없으면 건축물 사용승인을 받은 때 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다는 법리를 들었다. 청구인은 2025.5.1.에야 사용승인을 받았으므로 취득일부터 1년 안에 직접 사용하지 못한 사실이 확인된다는 의견이다.

2. 시공사 분쟁은 내부적 사정이라는 의견

처분청도 정당한 사유를 법령상 금지나 제한 같은 외부적 사유로만 한정하지는 않았다. 목적 업무에 사용하려고 정상적으로 노력했지만 시간 부족으로 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함될 수 있고, 준비기간, 법령상·사실상 장애, 장애의 정도, 진지한 노력, 행정관청의 책임 등을 구체적으로 살펴야 한다는 기준을 제시했다.

그러나 이 사건의 시공사 계약 불이행과 사기 행각에 따른 공사 지연은 청구인 측의 내부적 사정에 불과하고, 행정관청의 책임이나 법령상 제한 등 부득이한 사유로 보기 어렵다고 판단했다. 따라서 1년 안에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유로 볼 사정이 나타나지 않았다는 의견이다.

제출 증거와 확인 범위

당사자의 주장, 제출된 자료, 심판원이 확인한 사실을 섞지 않는 것이 중요하다.

공소장과 판결문이 제출되었다는 사실은 형사사건의 모든 공소사실이 확정되었다는 뜻이 아니다. 심판원은 두 문서를 함께 들어 공사대금 입금, 시공사 측 공사 중단, 공사 중단 책임의 귀속과 청구인의 지연 여부를 판단했다. 공개 원문은 공소장 표제의 2025.6.18.을 보여주지만 가려진 본문을 공개하지 않고, 판결 선고일도 청구인 주장 부분의 2024.9.26.과 심판원 판단 부분의 2025.9.26.이 충돌한다. 따라서 어느 문서가 어떤 사실을 독립적으로 증명하는지 나누거나 어느 선고일을 오기로 단정할 수 없다. 이 글도 그 범위를 넘지 않는다.

관련 법령

지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호

결정문 별지는 직접 사용을 다음과 같이 정리한다.

“직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

이 사건에서는 토지를 취득하고 공사를 시작한 것만으로 노인복지시설 용도의 직접 사용이 완성되었는지가 아니라, 1년 안에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있었는지가 중심이 되었다.

지방세특례제한법 제20조 제1호

결정문은 2021.6.8. 법률 제18209호로 일부 개정된 지방세특례제한법을 관련 법령으로 제시했다.

대통령령으로 정하는 무료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 노인복지시설에 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 노인의 여가선용을 위하여 과세기준일 현재 경로당으로 사용하는 부동산(부대시설을 포함한다)에 대해서는 재산세( 「지방세법」 제112조 에 따른 부과액을 포함한다) 및 같은 법 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.

결정문 별지에는 당시 제20조가 노인복지법 제31조에 따른 노인복지시설 설치·운영 목적 부동산의 지방세 감면을 규정하고, 무료 노인복지시설에 사용하기 위해 취득하는 부동산의 취득세를 면제하는 내용이 실려 있다.

지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호

결정문 별지에 실린 조문 가운데 이 사건 추징 기준에 해당하는 부분의 직접 인용은 다음과 같다.

정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

따라서 1년이 지났다는 사실만으로 추징 결론이 끝나는 구조는 아니다. 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있었는지를 추가로 판단해야 한다.

결정문 별지는 2024.12.31. 개정된 지방세특례제한법 제20조도 함께 싣고 있다. 그 규정은 신축·증축·대수선을 하는 토지에 3년을 두는 내용을 포함한다. 그러나 쟁점토지는 2021년에 취득되었고, 심판원은 이 사건에 1년 유예기간을 전제로 판단했다. 뒤의 3년 문언을 이 사건에 바로 적용한 것이 아니다.

단계별 심판원 판단

1단계: 정당한 사유는 사건별 종합 판단 대상이다

심판원은 정당한 사유를 법령에 따른 금지나 제한처럼 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유에만 한정하지 않았다. 건축공사에 착공하고 공사를 진행하려고 정상적으로 노력했지만 시간 여유가 없어 장기간 공사를 중단한 내부적 사유도 포함될 수 있다고 보았다.

판단 요소로는 공사기간의 장단, 공사를 중단할 수밖에 없었던 법령상·사실상 장애와 그 정도, 납세의무자가 공사를 진행하려고 진지하게 노력했는지가 제시되었다. 핵심은 하나의 표지만으로 결론을 내리는 것이 아니라 구체적 사정을 함께 보는 데 있다.

2단계: 취득 전부터 시설 설치 계획을 실행했다

청구인은 쟁점토지 매매계약 뒤 ㈜A과 노유자시설 공사도급계약을 체결했다. 쟁점토지 취득 전인 2021.5.26. 건축물 착공허가도 받았다. 2021.6.11.부터 2021.7.2.까지 토지를 취득한 뒤에는 2021.7.16. 착공신고를 했다.

심판원은 이 흐름을 근거로 청구인이 노인복지시설 설치·운영을 위해 토지 취득 전부터 업무계획을 세우고, 지체 없이 건축허가와 착공 절차를 진행했다고 보았다. 감면만 받은 뒤 장기간 아무 조치도 하지 않은 사건과 구별되는 첫 번째 사정이다.

3단계: 두 문서를 함께 본 결과 공사 중단 책임을 청구인에게 돌리기 어려웠다

심판원은 청구인이 제출한 서울중앙지방검찰청 OOO호 외 공소장과 서울중앙지방법원 OOO 판결문을 함께 살폈다. 공개 원문의 공소장 표제에는 2025.6.18.이 적혀 있다. 두 자료를 함께 언급한 심판원 판단에 따르면 청구인은 a가 운영하는 ㈜A 등과 2021.1.14.경 공사도급계약을 체결했고, 2021.1.9.경부터 2022.11.1.경까지 총 13회에 걸쳐 토지매매 및 공사대금 명목으로 합계 OOO원을 입금했다. a 측은 2022년 6월경 공사비가 부족하다는 이유로 공사를 중단한 것으로 나타났다. 공개 원문은 이 계약·입금·중단 사실을 두 문서 사이에 따로 배분하지 않는다.

이에 심판원은 공사 중단 책임이 청구인에게 있는 것으로 보이지 않고, 그 과정에서 청구인이 공사를 특별히 늦추거나 게을리한 사유를 찾기 어렵다고 판단했다.

이 부분은 공사 중단을 무조건 외부적 사유로 이름 붙인 결론보다 좁다. 심판원은 두 제출 자료를 묶어 계약, 입금, 중단 경위와 청구인의 지연 정황 부재를 확인한 뒤 이 사건에서 책임 귀속을 판단했다. 공개 원문만으로 공소장과 판결문 중 어느 문서가 각 사실을 독립적으로 증명하는지 나눌 수 없다. 판결 선고일도 청구인 주장 부분의 2024.9.26.과 심판원 판단 부분의 2025.9.26.이 충돌하므로 어느 하나를 오기로 보지 않는다.

4단계: 새 도급계약 뒤 지체 없이 공사를 진행한 것으로 확인됐다

청구인 주장에는 각고의 노력 끝에 2024년 5월 공사를 재개했다고 적혀 있다. 심판원은 청구인이 공사를 계속하기 위해 2024년 4월 새로운 도급사인 ㈜E 등과 새 계약을 체결하고, 새 계약 뒤 지체 없이 노유자시설 건축공사를 진행했다고 확인했다. 앞 문장은 청구인 주장이고 뒤 문장은 심판원 확인이므로, 공개 원문만으로 실제 공사 재개일을 어느 한 달로 확정하지 않는다.

공사 재개가 최초 유예기간보다 훨씬 뒤라는 사실은 그대로 남는다. 다만 심판원은 단순히 최종 준공 여부만 본 것이 아니라, 기존 시공사 측 공사 중단 뒤 새 도급사를 선정하고 실제 공사를 이어 간 흐름을 앞선 준비와 장애 사유에 연결해 평가했다.

5단계: 목적 시설을 완성하고 실제 운영했다

건축물은 2025.5.1. 사용승인을 받았다. 청구인은 D를 상호로 고유번호증을 받고, 처분청으로부터 장기요양기관지정서를 받아 심판 당시 노인복지시설을 실제 운영하고 있었다.

최종 목적 사용은 취득 당시의 감면 목적이 형식적인 계획에 그치지 않았다는 후속 사정으로 작용했다. 그렇다고 유예기간 뒤의 운영만으로 과거의 모든 지연이 정당화된다는 뜻은 아니다. 취득 전 준비, 빠른 착공, 공사 중단 경위, 청구인의 지연 정황 부재, 새 도급사 선정과 공사 재개가 함께 있었기 때문에 실제 운영도 종합 판단의 한 요소가 되었다.

6단계: 이 사건의 구체적 사정을 합쳐 정당한 사유를 인정했다

심판원은 청구인이 건축공사에 착공해 공사를 진행하려고 진지하게 노력했다고 보았다. 그 결과 취득일부터 1년 안에 노인복지시설로 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 판단했다. 처분청의 경정청구 거부처분은 잘못이라고 결론 내렸다.

법리 기준 비교

결정문은 참조결정으로 조심2024지0455를 표시하고, 최종 판단에서도 조심 2024지455, 2025.7.8.을 같은 뜻이라고 적었다. 다만 이 글의 비교는 다른 사건의 세부 사실을 끌어와 결과를 일반화하지 않고, 이 사건 원문에 적힌 법리 기준과 확인 사실이 어떻게 연결되는지를 대조한다.

법리 기준 비교에서 중요한 것은 결과보다 과정의 기록이다. 같은 공사 중단이라도 취득 전 준비, 장애의 원인과 정도, 납세의무자의 책임과 지연 여부, 중단 뒤 대응, 최종 목적 사용이 다르면 결론도 달라질 수 있다. 법령상 제한이 없더라도 사실상 장애와 계속된 목적 사용 노력이 판단 요소가 될 수 있지만, 시공사 분쟁이라는 사정 하나만으로 정당한 사유가 자동 인정되는 것은 아니다.

실무 시사점

1. 유예기간 안의 행동을 시간순으로 남겨야 한다

정당한 사유는 유예기간이 지난 뒤 만든 설명만으로 인정되기 어렵다. 토지 매매계약, 공사도급계약, 건축허가, 착공신고, 공정표, 기성 청구, 공사대금 지급, 현장 사진과 회의 기록을 날짜순으로 남길 필요가 있다. 이 사건에서는 취득 전 착공허가와 취득 직후 착공신고가 초기 실행을 보여주었다.

2. 시공사 귀책은 계약 불이행이라는 이름보다 자료가 중요하다

계약서만으로는 공사 중단 원인과 책임을 충분히 설명하기 어렵다. 공사 중단 통지, 공정률, 기성금 지급, 자금 요구, 내용증명, 현장 인수인계, 수사와 재판 자료 등으로 중단 경위를 입체적으로 보여주어야 한다. 형사 고소를 했다는 사실 자체보다 그 자료에서 실제 공사 중단 원인과 납세의무자의 책임 부재가 확인되는지가 중요하다.

3. 새 도급사 선정까지의 공백을 설명해야 한다

심판원 확인에는 기존 공사 중단이 2022년 6월경, 새 도급사 계약이 2024년 4월로 적혀 있다. 청구인 주장은 2024년 5월 공사를 재개했다고 한다. 새 계약일과 공사 재개일은 같은 사실이 아니며, 공개 원문만으로 실제 재개일을 어느 한 달로 확정할 수 없다. 상당한 공백이 있으므로 그 사이 어떤 회수, 협상, 소송, 자금 조달, 설계 정리, 새 업체 탐색이 있었는지 자료로 연결할 필요가 있다. 공개 원문은 이 기간의 모든 행동을 상세히 보여주지는 않는다. 실무에서는 공백 기간을 월별로 정리하고 각 조치의 증빙을 붙이는 편이 안전하다.

4. 자금 노력은 주장과 확인 사실을 분리해야 한다

가족 주택 매각이나 차입은 진지한 노력의 자료가 될 수 있다. 하지만 자산을 팔고 돈을 빌렸다는 사실만으로 해당 자금이 공사에 사용되었다고 바로 인정되는 것은 아니다. 매각대금과 차입금의 입금 계좌, 공사대금 출금, 세금계산서, 기성 내역을 서로 맞춰야 한다. 이 사건 공개 원문은 금액과 표가 OOO 처리되어 있어 전체 자금 흐름까지 확인할 수 없다.

5. 최종 운영은 강한 후속 자료지만 단독 기준은 아니다

사용승인, 시설 신고, 고유번호증, 장기요양기관 지정, 입소와 운영 자료는 취득 목적이 실제로 이어졌음을 보여준다. 그러나 유예기간이 지난 뒤 시설을 운영했다는 사정만으로 이전 지연의 정당한 사유가 자동으로 생기지는 않는다. 장애가 발생하기 전의 준비, 장애의 불가피성, 중단 뒤의 대응이 함께 설명되어야 한다.

6. 법 개정 내용을 사건 시점에 섞지 않아야 한다

결정문에는 2024.12.31. 개정으로 신축·증축·대수선 토지의 직접 사용 기간을 3년으로 둔 문언도 실려 있다. 그러나 심판원은 2021년 취득한 이 사건을 1년 기준으로 판단했다. 현재 규정이 더 길어진 것처럼 보여도 취득 시점과 적용 법령을 확인하지 않고 과거 사건에 소급해 적용해서는 안 된다.

실무 체크리스트

취득과 감면 신청 단계

• 감면 대상 시설의 법적 유형과 운영 주체를 확인했는가.
• 토지 취득 전 사업계획, 자금계획, 설계, 도급계약, 인허가 준비 자료를 보관했는가.
• 감면 신청서와 고유목적확인서에 적힌 직접 사용 기한과 추징 사유를 따로 일정에 등록했는가.
• 토지별 취득일이 여러 날이면 각 취득일을 기준으로 유예기간을 관리했는가.

공사 진행 단계

• 건축허가, 착공신고, 공정표, 현장 사진, 감리보고서를 날짜순으로 보관했는가.
• 도급계약 금액, 기성률, 세금계산서, 계좌 지급액이 서로 맞는가.
• 시공사의 공사 지연이나 중단 사유를 서면으로 받았는가.
• 공사 중단 시점의 공정률과 현장 상태를 객관적인 자료로 남겼는가.

장애 발생 단계

• 장애가 납세의무자가 통제할 수 없는 사정인지 구체적으로 설명할 수 있는가.
• 계약 불이행 통지, 내용증명, 회의록, 공사 재개 요청, 현장 인수인계 자료가 있는가.
• 민사나 형사 절차 자료가 공사 중단 원인과 책임을 실제로 뒷받침하는가.
• 고소나 소송 제기 사실을 넘어 처분 결과와 확정 범위를 구분했는가.
• 장애 기간 동안 목적 사용을 포기하지 않았음을 보여주는 행동 기록이 있는가.

공사 재개 단계

• 기존 계약을 정리하고 새 도급사를 찾은 과정을 남겼는가.
• 새 계약 체결 전후의 견적, 협상, 자금 조달, 공정표가 이어지는가.
• 새 도급계약일, 주장하는 공사 재개일, 객관적으로 확인되는 실제 작업일을 구분했는가.
• 공백 기간이 길다면 월별 조치와 지연 원인을 설명할 수 있는가.
• 자산 매각대금과 차입금이 실제 공사대금으로 이어진 계좌 흐름이 있는가.
• 새 도급사 계약 뒤 실제 공사가 지체 없이 진행되었는가.

직접 사용과 불복 단계

• 사용승인일과 실제 시설 운영 개시일을 구분했는가.
• 시설 신고, 고유번호증, 사업자등록, 기관 지정, 운영 자료를 확보했는가.
• 수정신고와 납부, 경정청구, 심판청구의 각 기한을 확인했는가.
• 청구인 주장, 처분청 의견, 제출 자료, 확인된 사실을 별도 표로 정리했는가.
• 뒤의 법 개정을 사건 당시 법령으로 오해하지 않았는가.
• 정당한 사유를 한 가지 사정이 아니라 준비, 장애, 노력, 재개, 실제 사용의 전체 흐름으로 설명했는가.

참고 자료

• 조세심판원 조심2026지0645 결정문
• 국가법령정보센터 지방세특례제한법 제20조
• 국가법령정보센터 지방세특례제한법 제178조
• 조심2024지0455, 2025.7.8.: 조심2026지0645 결정문이 같은 뜻으로 표시한 참조결정
• 대법원 2008두3319, 2008.5.29.: 건축물 신축 목적 토지의 직접 사용 시점과 관련해 처분청이 제시한 판결
• 대법원 2001두229, 2002.9.4.: 정당한 사유의 개별 판단 기준과 관련해 처분청이 제시한 판결
• 대법원 2013두18582, 2014.2.13.: 정당한 사유의 종합 판단 기준과 관련해 심판원이 든 판결

공개 결정문은 금액, 주소, 형사사건과 민사사건 번호, 표의 주요 내용을 OOO 또는 ○○○로 가리고 있다. 이 글은 그 비식별 범위를 유지했으며, 공개 원문에서 확인되지 않는 금액과 사건번호를 보완하지 않았다.