[재조사] 의과대학 전임교원의 교육 대가 급여는 주민세 종업원분 면제대상인가 (조심2024지0753)

의과대학 전임교원이 대학병원에서 진료와 학생 교육을 함께 수행할 때 그 보수를 병원의 수익사업 대가로 볼 것인지, 학교의 교육사업 대가로 볼 것인지가 문제 된 사건이다. 조세심판원은 급여 재원이나 진료시간 비중만으로 결론 내리지 않고 임용과 지급의 주체, 교수 직무의 특수성, 임상경험·연구활동·학생 교육의 결합을 함께 살폈다.

결정은 세 문제를 분리한다. 첫째, 의과대학 소속 전임교원에게 학생 교육의 대가로 지급한 보수는 주민세 종업원분 면제대상이라는 법리 판단이다. 둘째, 실제 과세표준에 전공의·간호사·행정직원 등의 급여가 섞였는지는 불분명하다는 사람별 귀속 확인이다. 셋째, 이미 신고한 병원분 급여와 재조사 뒤 제외할 금액을 구분하여 과세표준과 세액을 다시 계산해야 한다는 계산 문제다. 어느 하나로 다른 두 문제를 대신할 수 없다.

심판원이 직접 명한 범위는 전임교원 보수 해당 여부와 주민세 납부 현황 등을 다시 조사하여 교육 대가 보수를 제외하는 것이다. 사람별·월별 급여대장과 신고자료를 맞춰 보는 방식은 이 글이 제안하는 실행 방법이다. 심판원이 대조표의 행과 열, 자료 형식, 중복 점검 절차까지 주문한 것은 아니다.

사건 개요

금액은 공개 원문에서 OOO원으로 비식별 처리되어 있다. 이 글도 이를 그대로 유지한다. 공개 결정문에는 전임교원 현황과 회계·세무 처리에 관한 표의 구체적 값도 ○○○으로 가려져 있으므로, 확인되지 않은 인원별 급여나 세부 금액을 추정하지 않는다.

기간 표기도 서로 맞지 않는다. 처분개요는 급여 지급 기간을 2018년 12월부터 2023년 10월까지라고 적지만, 사실관계에는 쟁점급여 뒤에 2023.11.16.～2023.11.27.이라는 별도 기간이 붙어 있다. 후자의 기간이 급여 지급일, 조사 범위, 처분 관련 기간 가운데 무엇을 뜻하는지와 앞 기간과 어떤 관계인지 공개 원문만으로 확인되지 않는다. 어느 표기가 잘못됐다고 추정하지 않는다.

주문

서울특별시장이 2023.12.23., 2024.1.2. 청구법인에게 한 주민세 등 합계 OOO원의 부과처분은 그 과세표준이 청구법인이 의과대학 소속 전임교원들에게 지급한 보수(본봉, 상여금, 연구비 등)에 해당하는지 여부 등을 재조사하여 이를 제외하는 것으로 하여, 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

주문의 핵심은 부과처분 전부를 곧바로 취소한 것이 아니라는 데 있다. 처분청은 과세표준에 포함된 급여의 실제 귀속자를 다시 확인해야 한다. 그중 의과대학 소속 전임교원에게 지급된 본봉·상여금·연구비 등 교육 대가 보수로 확인되는 금액을 제외하고 과세표준과 세액을 다시 계산해야 한다.

사실관계 구조

학교법인인 청구법인
  │
  ├─ OOO대학교 의과대학 소속 전임교원 임용
  │      ├─ 의과대학 학생 교육·연구
  │      └─ 쟁점병원에서 진료·수술·임상실습 지도
  │
  └─ 부속병원인 OOO병원
         │
         ├─ 병원보직수당·진료 관련 수당
         │      └─ 병원분 계정 처리 → 주민세 신고·납부
         │
         └─ 전임교원 급여 중 나머지 쟁점급여
                └─ 대학분 계정 처리 → 주민세 미신고
                              │
                              ▼
                    처분청이 쟁점급여를 과세표준에 포함
                              │
                              ▼
               심판원: 교육 대가 전임교원 보수는 면제
               다만 다른 종업원 급여 혼입 여부는 재조사

급여와 회계 처리

청구법인은 쟁점병원에 근무하면서 의과대학 학생을 지도하고 진료도 겸하는 전임교원들에게 급여를 지급하였다. 2018년 12월부터 2023년 10월까지 지급한 총급여 가운데 임상진료수당과 보직수당 등 병원분 급여는 주민세 종업원분을 신고·납부하였다. 그 나머지인 대학분 인건비를 쟁점급여로 구분하여 신고·납부하지 않았다.

다만 위 기간은 처분개요의 기재다. 사실관계에는 처분청이 쟁점병원 소속 전임교원의 쟁점급여 뒤에 2023.11.16.～2023.11.27.이라고 적은 대목이 따로 있다. 이 별도 기간의 뜻과 2018년 12월부터 2023년 10월까지라는 지급 기간과의 관계는 공개 원문에서 설명되지 않는다.

원문상 쟁점병원은 임상교원 급여 전액, 병원보직수당, 진료 관련 수당 등을 교원에게 직접 지급하면서 전문의급여 병원분 계정으로 비용 처리하였다. 이 금액은 주민세 종업원분 과세표준에 포함하였다. 반면 쟁점급여는 전문의급여 대학분 계정으로 쟁점병원의 비용에 반영되었다. 쟁점병원이 해당 금액을 OOO대학교에 이체하면 청구법인이 소득세와 사학연금부담금 등 공제액을 뺀 금액을 다시 쟁점병원에 이체하고, 쟁점병원이 공제 후 금액을 전임교원에게 지급한 것으로 나타났다.

이 자금 흐름은 단순히 어느 회계에서 돈이 나왔는지만으로 급여의 법적 성격을 확정하기 어렵다는 점을 보여준다. 실제로 심판원은 급여 재원만을 판단 기준으로 삼지 않았다. 다만 이러한 회계 흐름이 곧 쟁점급여 전액의 수령자가 전임교원이라는 사실까지 입증하는 것은 아니라고 보아 재조사를 명했다.

업무시간과 교육 과정

2018년부터 2023년까지의 진료시간과 강의시간은 당사자가 낸 자료 사이에 차이가 있었다. 청구법인 자료에서는 진료 635,335시간, 강의 264,516시간으로 각각 70.6%와 29.4%였다. 처분청 자료에서는 진료 785,473시간, 강의 179,160시간으로 각각 81.4%와 18.6%였다.

양쪽 수치 모두 진료시간이 강의시간보다 많다는 방향은 같지만, 심판원은 시간 비중만으로 전임교원의 주된 직무를 수익사업이라고 단정하지 않았다. 의과대학 교수의 진료와 수술이 학생의 참관과 수련을 포함하는 교육과정일 수 있고, 임상경험과 연구활동이 분리하기 어려운 직무 특성이 있기 때문이다.

OOO대학교 의과대학 임상실습지침서에 따르면 2018년부터 본과 4학년 임상실습은 쟁점병원이 주로 담당하였다. 3학년은 OOO병원, 1학년과 2학년은 주로 OOO병원이 담당한 것으로 나타났다. 의과대학 학생 60여명 대부분이 쟁점병원과 OOO병원에서 임상실습을 하고, 나머지는 그 밖의 병원에 배정된 것으로 원문에 기재되어 있다.

인사와 조직

청구법인 정관에는 부속병원의 원장과 부원장, 원장의 사무 관장과 소속직원 지휘·감독, 진료부·연구부·진료지원부 등의 주요 보직에 전임교원을 두는 구조가 규정되어 있었다. 처분청은 이를 전임교원이 병원의 수익사업 의사결정에 참여한다는 근거로 제시하였다.

2022년 9월 1일 인사발령 자료에서는 신규임용 교수 29명 중 청구법인 소속으로 20명, 쟁점병원을 포함한 각 부속병원으로 9명이 발령된 것으로 나타났다. 처분청은 병원 발령을 진료행위 수행 목적의 근거로 보았고, 심판원은 청구법인이 전임교원을 의과대학의 정교수·부교수 등으로 임용한 점과 급여 지급 주체라는 점을 함께 보았다.

심판 범위의 정리

처분청은 이 사건 처분과 함께 중앙의료원 소속 전임교원이 아닌 종업원들의 급여 OOO원을 과세표준으로 한 주민세 종업원분 OOO원도 부과하였다. 청구법인은 함께 심판청구를 제기하였으나 2026년 6월 29일 중앙의료원 소속 종업원 부분에 대해서는 신청이유가 부족하다는 취지로 청구변경신청을 하였다.

따라서 이 결정에서 실질적으로 판단한 중심 대상은 의과대학 소속 전임교원의 급여다. 중앙의료원 소속 일반 종업원의 급여가 면제된다는 결론을 이 결정에서 끌어낼 수 없다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 겸직 전임교원의 주된 직무를 어떻게 판정할 것인지다. 관련 시행령은 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우 주된 직무에 따르도록 정한다. 이 사건에서는 다음 세 가지 판단 기준이 맞섰다.

1. 급여 재원과 회계 계정이 어느 사업에 속하는지
2. 진료시간과 강의시간 가운데 어느 쪽의 비중이 큰지
3. 임용·급여 지급 주체와 의과대학 교수 직무의 본질이 무엇인지

처분청은 병원 의료업이 수익사업이고 전임교원의 진료시간 비중이 크므로 쟁점급여도 병원업무의 대가라고 보았다. 청구법인은 급여 재원이 아니라 주된 직무를 보아야 하며, 학생 교육과 연구 및 임상실습 지도가 전임교원 직무의 중심이라고 주장하였다.

심판원은 세 번째 기준에 무게를 두었다. 그러나 법리상 면제대상이라는 판단과 과세표준의 사실상 구성이 확인되었다는 판단은 분리하였다. 전임교원 교육 대가 보수는 면제대상이지만, 쟁점급여 전액이 그 보수라는 사실까지 확정하지는 않았다.

세 번째 줄은 새로운 면제 요건을 뜻하지 않는다. 이미 신고한 금액과 재조사 뒤 제외할 금액을 겹쳐 계산하지 않기 위한 산술·신고 확인이다. 다른 종업원 혼입 문제 역시 전임교원의 교육 대가 보수에 관한 법리를 바꾸는 사유가 아니라, 그 법리를 적용할 실제 금액을 가리는 사실 문제다.

청구인 주장

급여 재원이 아니라 주된 직무를 보아야 한다는 주장

청구법인은 주민세 종업원분 과세 여부를 급여 지급 원천이 아니라 종업원의 주된 직무를 기준으로 판단해야 한다고 주장하였다. 수익사업과 비수익사업을 겸하는 종업원에 대해 급여 재원만을 기준으로 삼으면, 수익사업에서 재원을 마련하는 비영리법인의 종업원은 사실상 면제를 받기 어려워진다는 논리다.

청구법인은 대법원 2010년 4월 15일 선고 2010두573 판결을 근거로 들었다. 다만 이 판결을 인용한 것은 청구법인의 주장에만 머물지 않고 심판원 판단에서도 급여 재원의 발생처만으로 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다는 법리 근거로 사용되었다.

전임교원의 교육·연구 직무가 중심이라는 주장

청구법인은 전임교원의 업무를 진료, 전공의 등 의료종사자 교육, 의과대학 학생 교육, 연구로 나누었다. 전임교원이 진료를 수행하더라도 의과대학 학생에게 임상경험을 전수하는 교육의 일부로 볼 여지가 있고, 전임교원의 주된 직무는 비수익사업인 교육·연구에 있다는 입장이다.

또한 전임교원이 교육사업과 의료업을 겸하므로 급여를 각 사업 부분으로 명확히 나누기 어렵지만, 사립학교 관련 회계 규율상 병원이 부담해야 할 급여를 교비회계에서 집행하기는 어렵다고 주장하였다. 이 때문에 대학이 임상교원에게 지급한 급여는 비수익사업의 대가로 보아야 한다는 논리다.

이 부분은 청구법인의 주장이다. 심판원은 임용과 지급 주체, 다른 단과대학 교원 급여와의 본질적 유사성, 임상과 교육의 관계 등을 판단 근거로 채택하였지만, 청구법인이 말한 모든 회계상 논리를 별도로 확정한 것은 아니다.

처분청 의견

부속병원 주민세 감면이 끝났다는 의견

처분청은 의과대학 부속병원에 대한 주민세 면제가 2014년 12월 31일까지 적용된 뒤 끝났다고 보았다. 2015년 1월 1일부터는 부속병원의 의료업이 수익사업인지와 관계없이 주민세 종업원분과 사업소분 과세대상이 되었다는 입장이다.

처분청은 2014년 12월 31일 법률 제12955호 개정 이유와 행정안전부 자료를 들었다. 또 2023년 3월 14일 행정안전부 회신인 지방세특례제도과-2872호가 의과대학 부속병원의 주민세 종업원분 감면을 규정하고 있지 않다고 답변한 점을 제시하였다.

전임교원의 주된 업무가 진료라는 의견

처분청은 전임교원의 진료시간이 전체 업무시간의 81.4%이고 강의시간은 18.6%라는 자료를 제시하였다. 청구법인 자료에 따르더라도 진료시간이 70.6%로 강의시간보다 많았다. 정관상 전임교원이 병원의 주요 보직을 맡고 있고, 인사발령도 병원 진료를 목적으로 이루어졌다고 보았다.

또한 전공의 수련은 의과대학 학생 교육과 다르며 병원 소속 의사직 직원에 대한 직무교육이라고 주장하였다. 임상경험 축적과 연구도 병원의 경쟁력 확보에 필요한 업무이므로 오직 의과대학 교육으로만 볼 수 없다는 의견이었다.

이는 처분청의 과세 논리다. 심판원은 진료시간 비중과 병원 보직을 확인된 자료로 언급했지만, 이 사정만으로 전임교원의 주된 직무가 수익사업이라고 볼 수 없다고 판단하였다.

확인된 증거와 그 의미

공개 원문은 표 1부터 표 3의 상당 부분을 ○○○으로 가리고 있다. 따라서 개별 전임교원의 이름, 세부 인원, 월별 급여, 직급별 구성, 다른 종업원 급여의 포함액은 확인할 수 없다. 재조사 결과가 공개 원문에 들어 있지도 않으므로 최종 경정세액을 단정할 수 없다.

관련 법령

주민세 종업원분의 과세표준과 세율

결정문에 수록된 「지방세법」 제84조의2의 내용은 다음과 같다.

종업원분의 과세표준은 종업원에게 지급한 그 달의 급여 총액으로 한다.

결정문에 수록된 같은 법 제84조의3 제1항은 종업원분의 표준세율을 종업원 급여총액의 1천분의 5로 정한다. 같은 법 제74조는 종업원분을 사업소 종업원의 급여총액을 과세표준으로 부과하는 주민세로 정의하고, 급여총액을 봉급·임금·상여금과 이에 준하는 급여로 규정한다.

「지방세법 시행령」 제78조의2는 급여총액을 사업주가 종업원에게 지급하는 급여 중 「소득세법」상 근로소득에 해당하는 급여의 총액으로 정한다. 같은 시행령 제78조의3은 계약의 이름이나 형식과 관계없이 해당 사업에 종사하는 사람을 종업원 범위에 포함한다.

학교에 대한 면제와 수익사업 예외

결정문에 수록된 「지방세특례제한법」 제41조 제3항의 요지는 다음과 같다.

학교 등에 대한 주민세 사업소분과 종업원분을 2024년 12월 31일까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분과 종업원분은 면제하지 않는다.

결정문에 수록된 「지방세특례제한법 시행령」 제18조 제4항의 요지는 다음과 같다.

수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세는 면제하지 않는다. 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다.

따라서 학교법인 소속이라는 형식만으로 모든 급여가 면제되는 것도 아니고, 부속병원에서 진료했다는 사실만으로 모든 급여가 과세되는 것도 아니다. 종업원이 교육사업과 의료업을 겸했다면 주된 직무를 판단하고, 실제 과세표준에 어떤 사람의 어떤 급여가 포함되었는지를 확인해야 한다.

수익사업의 범위

결정문은 2021년 12월 28일 법률 제18656호로 개정된 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제2호를 들며 수익사업을 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업으로 연결한다. 「법인세법 시행령」 제3조 제1항 제3호는 「고등교육법」에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업을 수익사업 범위에서 제외하는 취지로 규정한다.

이 사건에서는 의과대학 전임교원이 부속병원에서 수행한 진료·수술·임상실습 지도가 교육과정과 어떤 관계에 있는지가 중요했다. 심판원은 의과대학 학생의 참관과 수련을 수반하는 진료·수술을 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있다고 판단하였다.

심판원 판단의 단계별 분석

1단계: 진료 대가 수당과 쟁점급여를 구분하였다

쟁점병원이 전임교원에게 직접 지급한 진료수당 등은 환자에게 제공한 의료서비스의 대가였다. 쟁점병원도 이를 과세표준에 넣어 주민세를 신고·납부하고 있었다. 심판원은 이미 과세된 병원보직수당·진료 관련 수당과 신고되지 않은 대학분 쟁점급여를 같은 성격으로 한꺼번에 보지 않았다.

이 구분은 면제 법리가 전임교원이 받는 모든 돈에 적용된다는 뜻이 아님을 보여준다. 환자 진료의 대가로 지급된 수당은 기존 신고 대상이고, 학생 교육의 대가로 지급된 보수인지가 쟁점급여 판단의 중심이었다.

2단계: 임용과 급여 지급 주체를 확인하였다

청구법인은 전임교원의 임상경험 등을 고려하여 이들을 의과대학의 정교수·부교수 등으로 임용하였다. 심판원은 청구법인이 임용과 급여 지급의 주체라는 점을 보았다. 또 쟁점급여가 OOO대학교 다른 단과대학 교원에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보았다.

이 판단은 급여가 병원 회계에서 흘러왔다는 사정과 급여의 법적 성격을 분리한다. 자금의 출처나 이체 경로보다 누구를 어떤 지위로 임용했고 어떤 직무의 대가로 급여를 지급했는지가 더 중요하다는 취지다.

3단계: 진료와 임상실습 지도의 결합을 교육과정으로 보았다

의과대학 교수는 부속병원에서 환자를 진료하고 수술하면서 학생이 참관하거나 수련하도록 할 수 있다. 심판원은 이를 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있다고 판단하였다. 따라서 진료시간이 강의시간보다 많다는 통계만으로 진료 전부를 수익사업 직무로 분류하지 않았다.

여기서 강의시간은 교육의 전부와 같지 않다. 강의실 수업 외에 임상실습 지도, 수술 참관, 연구활동과 임상경험의 전수가 교육에 포함될 수 있기 때문이다. 다만 모든 병원 진료가 언제나 교육이라는 일반론을 선언한 것은 아니다. 이 사건 전임교원의 임용·업무·교육과정 자료를 종합한 판단이다.

4단계: 급여 재원의 발생처만으로 과세할 수 없다고 보았다

심판원은 서울고등법원 2009년 12월 8일 선고 2009누12442 판결과 대법원 2010년 4월 15일 선고 2010두573 판결을 들었다. 원문이 제시한 법리는 종업원 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생했는지만으로 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다는 것이다.

따라서 병원이 쟁점급여 상당액을 부담하거나 자금 흐름에 병원이 관여했다는 이유만으로 전임교원의 주된 직무를 의료업이라고 정할 수 없다. 시행령이 요구하는 주된 직무 판단을 별도로 해야 한다.

5단계: 전임교원의 주된 직무가 수익사업이라고 볼 수 없다고 판단하였다

심판원은 전임교원이 의과대학 교수로서 연구하면서 병원에서 진료와 수술을 하는 직무상 특수성을 고려하였다. 임상경험과 연구활동이 분리되기 어렵고, 청구법인이 임용과 급여 지급의 주체라는 사정을 종합하여 전임교원의 주된 직무가 수익사업이라고 볼 수 없다고 판단하였다.

이에 따라 학교법인인 청구법인이 소속 전임교원에게 학생 교육의 대가로 지급한 쟁점급여는 「지방세특례제한법」 제41조 제3항에 따른 주민세 면제대상이라는 법리를 인정하였다.

6단계: 면제 법리와 실제 과세표준 구성을 분리하였다

심판원은 쟁점급여 전액을 바로 과세표준에서 빼지 않았다. 쟁점급여 모두가 전임교원 보수인지, 아니면 병원 전공의·간호사·행정직원 등의 급여가 포함되었는지 불분명하다고 보았기 때문이다.

따라서 심판원이 직접 명한 재조사 범위는 법리의 재검토가 아니라 다음 사실의 확인에 가깝다.

• 쟁점급여가 의과대학 소속 전임교원에게 지급한 본봉·상여금·연구비 등 보수인지 여부
• 쟁점급여에 전공의·간호사·행정직원 등 전임교원이 아닌 종업원의 급여가 포함되었는지 여부
• 청구법인의 주민세 납부 현황이 어떠한지

첫 번째 항목 가운데 전임교원에게 교육의 대가로 지급한 보수로 확인되는 금액은 면제대상으로 과세표준에서 제외한다. 다른 종업원 급여가 실제로 섞였는지는 공개 원문만으로 확정할 수 없다. 주민세 납부 현황 확인은 경정 계산의 바탕이지만, 이미 신고했다는 사실이 교육 대가 보수의 면제 여부를 정하는 별도 법률 요건은 아니다.

월별·개인별 급여대장, 원천징수 자료, 인사 자료와 신고자료의 대조는 재조사를 수행하기 위해 이 글이 제안하는 방법이다. 심판원이 반드시 이 자료들을 쓰거나 사람별·월별 단위로 대조하라고 명한 것은 아니다. 이 방법의 목적은 수령자를 가리고, 급여 항목의 성격을 확인하고, 이미 과세표준에 들어간 병원분 급여가 다시 들어가거나 다시 빠지는 일을 막는 데 있다.

7단계: 서로 맞지 않는 기간 표기를 하나로 합치지 않았다

처분개요는 신고하지 않은 전임교원 급여의 지급 범위를 2018년 12월부터 2023년 10월까지로 적는다. 반면 사실관계는 처분청이 과세표준으로 삼은 쟁점급여 바로 뒤에 2023.11.16.～2023.11.27.이라는 별도 표기를 둔다. 두 번째 표기가 지급일인지, 조사나 자료 작성 기간인지, 다른 절차상 기간인지 원문은 설명하지 않는다.

따라서 판단을 적용할 때 처분개요상 급여 기간을 임의로 2023년 11월 27일까지 늘릴 수 없고, 반대로 별도 표기를 오기라고 지울 수도 없다. 재조사의 실제 자료 범위는 두 표기가 가리키는 대상을 먼저 확인한 뒤 정해야 한다. 이 불명확성은 전임교원 교육 대가 보수의 면제 법리를 흔드는 문제가 아니라, 누구의 어느 달 급여를 경정 계산에 넣을지 정하는 사실·계산 문제다.

법리 기준 비교

원문에서 확인되는 참조결정과 판결만 비교하면 다음과 같다. 이 표는 각 사건의 세부 사실을 새로 확정하는 것이 아니라, 이 사건 결정문이 명시적으로 끌어온 법리와 역할을 정리한 것이다.

이 비교에서 가장 중요한 구분은 부속병원 자체의 일반적인 주민세 면제 여부와 의과대학 전임교원이 교육사업과 의료업을 겸직할 때의 급여 판정은 같은 문제가 아니라는 점이다. 처분청은 부속병원 감면의 종료를 강조했지만, 심판원은 전임교원 급여에 대해서는 겸직자의 주된 직무와 교육 대가 여부를 따로 심사하였다.

참조결정은 이 사건 원문이 전임교원 교육 대가 보수의 면제 법리를 뒷받침하려고 든 같은 취지의 결정이다. 다만 이 사건 원문에 나타난 참조 범위만으로 참조결정의 사실관계와 주문 전체를 다시 구성하지 않는다. 이 사건에서 재조사가 필요했던 직접 이유는 과세표준에 다른 종업원의 급여가 포함되었는지 불분명했기 때문이다. 같은 면제 법리가 쟁점급여 전액의 자동 제외를 뜻하지 않는다는 점은 이 사건 자체의 판단에서 확인된다.

재조사 범위와 실무상 대조 방법

심판원이 명한 재조사 범위와 이 글이 제안하는 자료 대조 방법은 아래처럼 나뉜다.

오른쪽 열은 심판원의 주문을 인용한 것이 아니다. 재조사에서 사람, 월, 급여 항목, 신고액 사이의 연결을 끊김 없이 확인하기 위한 실무 제안이다.

법리상 면제대상으로 정리된 부분

다음 요건을 충족하는 부분은 이 사건 결정에서 면제대상으로 판단되었다.

1. 지급 대상이 청구법인이 임용한 의과대학 소속 전임교원일 것
2. 본봉·상여금·연구비 등 그 전임교원에게 지급한 보수일 것
3. 학생 교육의 대가로 지급한 급여일 것

심판원은 이러한 전임교원 보수를 과세표준에서 제외하도록 주문하였다. 처분청이 재조사 과정에서 진료시간이 많다는 이유만으로 이 법리 판단을 다시 뒤집는 것이 주문 취지라고 보기 어렵다.

이미 진료수당 등 병원분 급여로 신고한 금액과의 구분은 위 면제 법률 요건에 추가되는 요건이 아니다. 이는 재조사 뒤 과세표준과 세액을 계산하면서 같은 급여를 거듭 넣거나 빼지 않기 위한 사실 확인이다.

사실 확인이 필요한 부분

결정문이 직접 재조사를 명한 핵심은 다음과 같다.

1. 쟁점급여가 의과대학 소속 전임교원에게 지급한 보수인지
2. 쟁점급여에 전공의·간호사·행정직원 등 다른 종업원 급여가 포함되었는지
3. 청구법인의 주민세 납부 현황이 어떠한지

월별·개인별 급여대장, 급여 항목별 명세, 원천징수 자료, 인사 자료, 대학분 계정, 주민세 신고자료는 위 세 항목을 재조사할 때 활용할 수 있는 확인 자료다. 다만 확인 순서를 섞지 않는 편이 안전하다. 먼저 사람별로 전임교원과 다른 종업원을 가르고, 다음으로 전임교원 급여 안에서 교육 대가 보수와 이미 신고한 진료 관련 수당을 구분한 뒤, 마지막으로 월별 신고 과세표준을 다시 계산한다.

사람별·월별 대조와 이미 신고한 병원분 수당의 중복 점검은 실무상 정확한 계산을 위해 제안하는 방법이다. 심판원이 그 자료와 대조 방식을 확정 범위로 직접 명한 것은 아니다. 특히 중복 점검은 교육 대가 보수의 면제 법리를 심사하는 단계가 아니라, 같은 금액을 두 번 빼거나 두 번 더하지 않도록 경정세액을 계산하는 마지막 단계다.

특히 전공의·간호사·행정직원 급여가 실제로 포함되었다고 단정해서는 안 된다. 결정문은 포함 여부가 불분명하다고만 판단하였다. 반대로 쟁점급여 전액이 전임교원에게만 지급되었다고 단정해서도 안 된다. 어느 쪽이든 재조사 자료로 확인해야 한다.

기간도 확인 자료를 해석할 때 주의해야 한다. 처분개요의 2018년 12월부터 2023년 10월까지와 사실관계의 2023.11.16.～2023.11.27.은 공개 원문 안에서 함께 나타나지만, 후자의 의미와 두 기간의 관계는 설명되어 있지 않다. 실무 자료를 대조할 때 어느 하나가 잘못됐다고 전제하지 말고 각 기간이 가리키는 대상부터 확인할 필요가 있다.

실무 시사점

급여 재원과 직무의 성격을 분리해야 한다

학교법인과 부속병원 사이의 자금 이체나 병원 회계 계정만으로 종업원분 주민세 결론을 정하기 어렵다. 겸직자가 있다면 임용 주체, 인사발령, 교육과정, 업무 내용, 급여 항목, 지급 주체를 함께 보아 주된 직무를 판단해야 한다.

진료시간 통계만으로 교육 기능을 지우기 어렵다

의과대학 전임교원의 임상 진료는 학생의 참관·수련과 결합될 수 있다. 강의실 강의시간만을 교육시간으로 잡으면 임상실습과 연구지도를 누락할 수 있다. 시간표를 만들 때에는 진료, 학생 임상실습 지도, 전공의 직무교육, 연구, 강의의 범주와 중복 기준을 먼저 정해야 한다.

급여 항목을 사람별로 닫아야 한다

이번 사건이 재조사로 끝난 직접적인 이유는 면제 법리의 불명확성보다 과세표준 구성의 불명확성에 있다. 대학분이라는 계정 이름만으로 충분하지 않다. 심판원이 직접 확인하도록 한 것은 쟁점급여가 전임교원 보수인지, 다른 종업원 급여가 포함되었는지, 주민세 납부 현황이 어떠한지다. 개인별·월별 급여대장과 원천징수 자료, 인사 자료, 주민세 신고자료를 연결하는 것은 이를 확인하기 위한 실무 방법이다.

실무 대조표는 사람 → 소속과 직무 → 지급월 → 급여 항목 → 대학분·병원분 계정 → 주민세 신고 반영액 순서로 이어지게 만드는 편이 낫다. 이 배열은 심판원이 정한 서식이 아니라, 다른 종업원 혼입 여부와 이미 신고한 급여의 중복 반영 여부를 서로 다른 칸에서 확인하기 위한 제안이다.

일반 직원까지 면제 범위를 넓히면 안 된다

이 사건의 면제 판단은 의과대학 소속 전임교원에게 학생 교육의 대가로 지급한 보수에 관한 것이다. 전공의·간호사·행정직원 등의 급여는 실제 포함 여부부터 확인되지 않았고, 이들에게 같은 면제 법리가 적용된다는 판단도 없다. 중앙의료원 소속 일반 종업원 부분은 청구변경신청의 대상이 되었다.

재조사 결정 뒤에는 계산 근거를 남겨야 한다

처분청과 납세자는 실무상 재조사 뒤 제외한 급여와 남긴 급여를 사람별·월별·항목별로 대조할 필요가 있다. 과세표준 경정표에는 원래 과세표준, 전임교원 교육 대가 제외액, 그 밖의 확인된 급여, 이미 신고된 금액, 경정 과세표준과 세액의 연결이 드러나야 한다. 이미 신고된 금액을 따로 표시하는 이유는 면제 요건을 보태기 위해서가 아니라 계산 근거를 밝히고 중복 반영을 막기 위해서다.

또한 자료의 기간을 먼저 맞춰야 한다. 처분개요의 2018년 12월부터 2023년 10월까지는 급여 지급 기간으로 서술되어 있다. 사실관계의 2023.11.16.～2023.11.27.은 쟁점급여 뒤에 붙어 있지만 무엇의 기간인지는 밝혀져 있지 않다. 지급월·신고월·처분 자료의 작성일 가운데 하나라고 추정해 대조표에 넣지 말고, 원자료에서 의미를 확인한 뒤 범위를 정해야 한다. 의미를 확인하지 못하면 두 기간을 따로 적고 미확인 상태를 유지하는 편이 맞다.

실무 체크리스트

인사와 직무

• 전임교원의 임용장과 소속 대학·학과를 확인했는가
• 대학 소속 발령과 병원 소속 발령을 구분했는가
• 직급, 보직, 진료과, 교육 담당 과목을 사람별로 연결했는가
• 학생 강의뿐 아니라 임상실습 지도와 연구지도를 확인했는가
• 전공의 교육과 의과대학 학생 교육을 자료상 구분했는가
• 진료와 교육이 동시에 이루어진 시간의 집계 기준을 정했는가

급여와 회계

• 본봉·상여금·연구비·진료수당·보직수당을 항목별로 나눴는가
• 대학분과 병원분 계정이 개인별 급여대장과 일치하는가
• 청구법인과 병원 사이 이체액이 원천징수 및 공제 자료와 맞는가
• 전임교원이 아닌 전공의·간호사·행정직원 급여가 섞였는지 확인했는가
• 이미 주민세 과세표준에 넣은 진료 관련 수당과 중복되지 않는가
• OOO 처리된 공개 자료만으로 미확인 금액을 추정하지 않았는가

신고와 재조사 대응

• 처분개요상 2018년 12월부터 2023년 10월까지의 월별 주민세 신고자료를 실무상 확인 자료로 확보했는가
• 사실관계의 2023.11.16.～2023.11.27.이 무엇을 뜻하며 앞 지급 기간과 어떤 관계인지 추정 없이 확인했는가
• 처분일별 과세표준과 급여 지급월을 연결했는가
• 원래 과세표준과 재조사 후 제외액을 대조하는 경정표를 만들었는가
• 심판원이 직접 명한 확인 범위와 실무상 활용할 급여대장·원천징수·신고자료 대조 방법을 구분했는가
• 이미 신고된 병원분 급여와의 구분을 면제 요건이 아니라 계산 및 중복 방지 확인으로 처리했는가
• 면제대상 법리와 사실상 급여 구성을 별도 항목으로 소명했는가
• 참조결정과 판결은 실제 원문에서 확인된 범위만 인용했는가
• 재조사 결과가 나오기 전에 최종 환급액이나 경정세액을 단정하지 않았는가

참고 자료

• 조세심판원 조심2024지0753 공식 결정
• 국가법령정보센터 「지방세특례제한법」 제41조
• 국가법령정보센터 「지방세특례제한법 시행령」 제18조
• 「지방세법」 제74조, 제84조의2, 제84조의3, 제84조의4
• 「지방세법 시행령」 제78조의2, 제78조의3, 제85조의2
• 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제2호, 제41조 제3항
• 「지방세특례제한법 시행령」 제18조 제4항
• 「법인세법」 제4조 제3항 및 「법인세법 시행령」 제3조 제1항 제3호
• 조세심판원 조심2024지0292, 이 사건 원문상 참조결정 및 2026년 6월 5일 조세심판관 합동회의 같은 취지
• 서울고등법원 2009년 12월 8일 선고 2009누12442 판결, 이 사건 원문이 인용한 급여 재원 기준 관련 판결
• 대법원 2010년 4월 15일 선고 2010두573 판결, 이 사건 원문이 인용한 같은 취지 판결

이 글은 공개 결정문에 나타난 사실과 판단을 기준으로 작성하였다. OOO와 ○○○으로 가려진 금액·인원·표 내용, 재조사 뒤 확인된 급여 구성과 경정세액은 공개 원문만으로 알 수 없다. 관련 법령의 인용은 결정문 별지에 수록된 조문을 기준으로 하며, 사건 기간 중 모든 개정 이력과 각 월의 적용 조문을 따로 확정한 것은 아니다.