[취소] 사권 제한 감면은 배척하고 경제자유구역 종합의료시설용 토지의 분리과세는 인정한 결정 (조심2025서3570)

경제자유구역 안에서 종합의료시설을 짓도록 용도가 정해진 토지를 종합합산과세대상으로 볼 것인지, 주택건설에 필수불가결하게 수반되는 시설용 토지로 보아 분리과세할 것인지가 문제 된 사건이다. 조세심판원은 쟁점토지가 사권 제한토지 감면 대상이라는 청구법인의 주장은 받아들이지 않았다. 그러나 쟁점토지는 외국인의 정주환경 조성을 위한 공공시설용지이자 기반시설용 토지이므로 경제자유구역개발사업에 제공되는 주택건설용 토지에 해당한다고 보았다. 이에 종합합산과세를 전제로 한 2019년 및 2020년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세 부과처분을 모두 취소하였다.

이 결정의 핵심은 청구법인이 내세운 두 법적 경로 가운데 하나는 배척하고 다른 하나는 받아들였다는 데 있다. 도시·군계획시설로 결정되었다고 확인할 수 없어 사권 제한토지 감면은 인정되지 않았다. 반면 종합의료시설용 토지가 주택건설 자체의 터는 아니더라도 경제자유구역의 정주환경 조성에 필요한 기반시설용 토지라는 점에서 분리과세대상에 포함되었다.

사건 개요

원문의 주문은 다음과 같다.

삼성세무서장이 청구법인에게 한 2024.5.14. 2019년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 부과처분과 2025.5.14. 2020년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

공개 결정문은 처분세액, 고시번호, 일부 지명과 선행 재산세 심판청구 번호 등을 OOO로 가리고 있다. 따라서 이 글도 해당 정보를 복원하거나 추정하지 않는다.

사실관계 구조

인천광역시
  │ 2005.12.27. 매매
  ▼
A 유한회사
  │ 쟁점토지 취득
  │ 인천광역시 OOO 80,719.3㎡
  │ 의료시설용지·공공시설용지
  │
  │ 2016.12.15. 신탁
  ▼
청구법인
  │ 쟁점토지 수탁자
  │
  ├─ 2019년 재산세: 처음에는 종합합산과세대상
  │                    ↓
  │              A의 감면 신청 수용 및 환급
  │
  ├─ 2024.3.14. 연수구청장
  │     도시·군계획시설에 해당하지 않는다고 보아
  │     2019년·2020년 재산세와 지방교육세 부과
  │                    ↓ 자료 통보
  │
  ├─ 삼성세무서장
  │     2024.5.14. 2019년 귀속 종합부동산세 등 경정·고지
  │     2025.5.14. 2020년 귀속 종합부동산세 등 경정·고지
  │
  └─ 청구법인 심판청구
        1안: 사권 제한토지 감면 대상이다
        2안: 경제자유구역사업에 제공되는
             주택건설용 토지이므로 분리과세대상이다
                         ↓
              조세심판원 최종 판단
        1안은 배척, 2안은 인용, 부과처분 취소

이 흐름에서 재산세 감면과 토지의 과세대상 구분은 별개의 판단 경로다. 사권 제한토지 감면이 부정되더라도 곧바로 종합합산과세대상이 되는 것은 아니다. 감면 여부와 별도로 지방세법상 분리과세대상인지 다시 판단해야 한다.

주요 경과

1. A는 2005.12.27. 인천광역시로부터 쟁점토지를 취득하였다.
2. A는 2016.12.15. 청구법인을 수탁자로 하여 쟁점토지를 신탁하였다.
3. 연수구청장은 2019년 재산세를 처음에는 종합합산과세대상으로 구분하였다가 A의 사권 제한토지 감면 신청을 받아들여 이미 낸 재산세를 환급하였다.
4. 연수구청장은 2024.3.14. 쟁점토지가 도시·군계획시설에 해당하지 않는다고 보아 2019년 및 2020년 재산세와 지방교육세를 다시 부과하고 그 자료를 처분청에 통보하였다.
5. 처분청은 통보 자료를 바탕으로 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 2019년 및 2020년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세를 경정·고지하였다.
6. 청구법인은 두 처분에 각각 심판청구를 제기하였다.
7. 별도로 진행된 재산세 심판청구에서는 사권 제한토지 감면은 부정되었지만, 쟁점토지를 분리과세대상으로 보아 재산세 부과처분이 취소되었다.
8. 이 사건에서도 조세심판원은 같은 토지의 성격과 선행 재산세 처리 결과를 살펴 종합부동산세 등 부과처분을 취소하였다.

핵심 쟁점

쟁점은 하나의 처분을 둘러싼 두 갈래 법률문제로 나뉜다.

1. 사권 제한토지 감면을 적용할 수 있는가

「지방세특례제한법」 제84조 제1항의 감면을 받으려면 쟁점토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제7호의 도시·군계획시설이고, 같은 법 제32조에 따라 지형도면이 고시된 뒤 10년 이상 장기간 집행되지 않은 토지 등에 해당해야 한다. 청구법인은 쟁점고시와 관련 도면, 토지이음의 열람 상태 등을 들어 이 요건이 충족되었다고 주장하였다. 심판원은 관련 고시 어디에서도 쟁점토지가 도시계획시설로 결정되었다는 내용이 확인되지 않는다고 보아 이 주장을 받아들이지 않았다.

2. 경제자유구역개발사업에 제공되는 주택건설용 토지인가

「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호는 경제자유구역개발사업시행자가 그 사업에 제공하는 토지 가운데 주택건설용 토지와 산업단지용 토지를 분리과세대상으로 정한다. 문제는 종합의료시설용 토지를 주택건설용 토지에 포함할 수 있는지였다. 심판원은 주택이 직접 들어서는 땅에 한정하지 않고, 주택건설에 필수불가결하게 수반되는 시설용 토지까지 포함하는 기준을 적용하였다.

3. 선행 재산세 처리가 종합부동산세에 어떤 영향을 미치는가

처분청은 종합부동산세가 재산세의 후행세목이므로 재산세 처분이 취소되거나 당연무효로 확인되지 않는 한 종합부동산세 부과는 적법하다는 의견을 냈다. 그러나 심판원 판단 당시에는 선행 재산세 심판결정에 따라 쟁점토지가 분리과세대상으로 판단되었고 연수구청장도 해당 재산세 부과처분을 취소한 상태였다. 종합합산과세를 전제로 한 종합부동산세 처분은 그 토대가 유지될 수 없었다.

세 갈래 판단을 결과와 함께 놓으면 다음과 같다.

따라서 주문상 전부 취소를 사권 제한토지 감면이 인정된 결과로 읽으면 안 된다. 감면 주장은 배척되었고, 분리과세 주장이 받아들여져 종합합산과세의 전제가 사라진 것이 취소의 근거다.

청구인 주장

원문은 당사자를 청구법인으로 적고 있다. 청구법인의 주장은 사권 제한토지 감면과 분리과세라는 두 경로로 구성된다.

1. 사권 제한토지 감면 요건을 충족한다는 주장

청구법인은 종합의료시설이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」상 기반시설에 포함되고, 쟁점고시가 쟁점토지의 위치, 면적, 건폐율, 용적률 및 높이를 구체적으로 정하였으므로 도시·군관리계획으로 결정된 종합의료시설이라고 주장하였다.

또한 쟁점고시가 관계도면의 지면 게재를 생략하면서 인천경제자유구역청에 비치하도록 하였고, Luris 및 토지이음에서 지형도면을 열람할 수 있으므로 지형도면 고시도 적법하게 이루어졌다고 주장하였다. 이 주장의 근거로 원문에는 대법원 2018.3.29. 선고 2017다218246 판결이 제시되어 있다. 이 판결의 법리는 청구법인이 인용한 내용이며, 심판원이 쟁점토지에 관한 도시계획시설 결정을 인정했다는 뜻은 아니다.

청구법인은 이러한 사정을 전제로 쟁점토지에 재산세 토지분 50% 경감과 재산세 도시지역분 면제를 적용해야 하며, 감면을 부인해 종합합산 또는 별도합산 과세면적이 늘어난 것으로 본 종합부동산세 처분도 취소되어야 한다고 주장하였다.

2. 주택건설용 토지로 분리과세해야 한다는 주장

청구법인은 쟁점토지가 경제자유구역 전체 면적의 약 0.2%를 차지하는 공공시설용지이고, 송도국제도시 전체에서 유일한 종합의료시설로 지정된 토지라고 주장하였다. 외국인 투자기업의 경영환경과 외국인의 정주환경을 갖추려면 의료시설이 필요하므로 주택건설에 필수불가결하게 수반되는 시설용 토지라는 논리다.

원문에서 청구법인은 대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결을 들었다. 주택건설용 토지를 주택건설부지 자체에만 한정하지 않고, 주택건설에 필수불가결하게 수반되는 시설용 토지도 포함한다는 취지로 인용하였다. 또한 의정부지방법원 2011.4.26. 선고 2010구합3362 판결을 들어 학교, 공공청사, 문화집회시설 등 공익 목적에 제공되는 체비지와 보류지도 일정한 사정 아래 도시개발사업에 제공하는 주택건설용 토지로 볼 수 있다는 논리를 제시하였다.

청구법인은 다음 사정도 주장 근거로 들었다.

• 경제자유구역 개발계획에는 보건의료시설 설치계획과 외국인의 정주환경 조성계획이 포함된다.
• 인천광역시의 개발계획은 외국인과 내국인의 정주여건 개선을 위해 의료시설을 갖추도록 하였다.
• 쟁점토지는 쟁점고시상 종합의료시설만 건축할 수 있는 공공시설용지다.
• 쟁점토지는 택지 조성원가와 관련 비용을 합한 금액으로 매각해야 하므로 시세차익 등 초과수익을 누릴 여지가 없다는 계약상 제약이 있다.
• 종합합산과세에 따른 보유세 증가는 토지 매각대금을 높여 개발사업의 완공과 정주환경 개선에 악영향을 줄 수 있다.

이 내용은 청구법인의 주장과 제출 논리다. 심판원의 최종 판단은 아래 판단 부분에서 별도로 구분한다.

처분청 의견

처분청은 종합부동산세가 재산세의 후행세목이라는 점을 중심으로 의견을 냈다.

첫째, 「종합부동산세법」은 과세기준일 현재 재산세 납세의무를 바탕으로 종합부동산세 납세의무를 정하고, 재산세의 비과세·면제·경감 규정을 종합부동산세에도 준용한다. 재산세 세액이 바뀌거나 수시부과 사유가 생기면 행정안전부장관이 재산세와 종합부동산세 과세표준 및 세액을 다시 계산해 국세청장에게 통보하는 구조라는 의견이다.

둘째, 이 구조에서는 재산세 과세처분이 종국적으로 취소되거나 당연무효임이 확인되지 않는 한 그 처분을 전제로 한 종합부동산세 부과를 위법하다고 볼 수 없다고 하였다.

셋째, 재산세 토지분의 과세대상 구분이나 과세표준 산정이 먼저 이루어져야 종합부동산세를 줄일 수 있는데, 그런 절차 없이 재산세 부과가 부당하다는 전제에서 종합부동산세 취소를 구하는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하였다.

처분청 의견은 쟁점토지가 실제로 도시계획시설인지, 종합의료시설용 토지가 주택건설에 필수불가결한 시설용 토지인지에 관한 독립된 상세 반박보다는 재산세 처분과 종합부동산세 처분의 선후 관계에 초점을 맞추고 있다.

확인된 증거와 자료

결정문이 사실관계 판단에서 확인한 자료는 다음과 같이 구분할 수 있다.

결정문에 수록된 표 1부터 표 3의 도면과 세부 내용은 공개 원문에서 OO로 표시되어 있다. 따라서 도면의 구체적 좌표, 경계, 고시번호 또는 가려진 면적을 이 글에서 추가로 단정하지 않는다.

관련 법령

종합부동산세법

결정문은 2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 「종합부동산세법」을 제시하였다. 아래는 결정문에 수록된 문언이다.

제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조 에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제6조(비과세 등) ①「지방세특례제한법」 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

이 규정들은 종합부동산세의 토지 구분이 재산세 과세대상 구분과 연결된다는 점을 보여준다.

지방세법과 지방세법 시행령

아래 제106조는 결정문 수록 문언의 일부 발췌이고, 제102조 제7항과 제4호 및 같은 호 다목은 결정문 수록 문언이다.

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. 3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다. 4. 「도시개발법」 제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3 에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다. 다. 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제14조에 따른 준공검사를 받을 때까지

제102조 제7항 본문에 수록된 취득 뒤 5년 경과 미착공 토지 제외 단서는 문언상 제9호와 제11호에 따른 토지만 대상으로 한다. 이 사건에서 문제 된 제4호 토지에 그 단서를 옮겨 적용해서는 안 된다. 다만 제4호 다목이 정한 실시계획 승인 고시일부터 토지 공급 완료 또는 준공검사까지의 기간 범위와 제4호에 실제 적용되는 다른 제외 규정은 따로 확인해야 한다. 이 사건의 최종 판단은 쟁점토지가 그 사업에 제공되는 주택건설용 토지의 범위에 드는지를 중심으로 이루어졌다.

이 글의 제102조 인용과 분석은 공개 결정문에 수록된 문언만을 기준으로 한다. 그 문언이 2019년과 2020년 각 과세연도에 정확히 적용되는 조문인지와 관련 부칙은 이 글에서 별도로 확인하지 않았다.

지방세특례제한법

아래는 결정문에 수록된 문언이다.

제84조(사권 제한토지 등에 대한 감면) ① 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 도시·군계획시설로서 같은 법 제32조에 따라 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기간 미집행된 토지, 지상건축물, 「지방세법」 제104조 제3호에 따른 주택(각각 그 해당 부분으로 한정한다)에 대해서는 2021년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감하고, 「지방세법」 제112조 에 따라 부과되는 세액을 면제한다.

이 감면은 도시·군계획시설 결정과 지형도면 고시라는 전제요건을 요구한다. 심판원은 쟁점고시와 쟁점변경고시 등에서 쟁점토지가 도시계획시설로 결정되었다는 내용을 확인할 수 없다고 판단하였다.

국토의 계획 및 이용에 관한 법률

결정문에 제시된 핵심 정의와 절차는 다음과 같다.

• 제2조 제4호와 제5호는 도시·군관리계획과 지구단위계획의 뜻을 정한다.
• 제2조 제6호는 보건위생시설 등 대통령령으로 정하는 시설을 기반시설로 정한다.
• 제2조 제7호는 기반시설 중 도시·군관리계획으로 결정된 시설을 도시·군계획시설로 정한다.
• 제30조는 도시·군관리계획의 결정과 고시 및 열람 절차를 정한다.
• 제32조는 지형도면의 작성과 고시를 정한다.
• 제43조는 기반시설의 종류, 명칭, 위치, 규모 등을 미리 도시·군관리계획으로 결정하는 원칙을 정한다.
• 제50조는 지구단위계획구역과 지구단위계획을 도시·군관리계획으로 결정하도록 한다.

「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 제2조 제1항 제6호는 종합의료시설을 보건위생시설인 기반시설에 포함한다. 다만 기반시설이라는 점과 도시·군관리계획으로 결정된 도시·군계획시설이라는 점은 같은 개념이 아니다. 이 구분이 감면 주장과 분리과세 주장의 결론을 갈랐다.

경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법

결정문에 따르면 경제자유구역은 개발계획의 확정과 지정, 고시, 실시계획 승인 등의 절차로 조성된다. 실시계획에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제52조에 따라 작성된 지구단위계획이 포함되어야 한다. 이 사건에서는 개발사업 관련 고시와 계획서에 나타난 외국인 투자 촉진, 생활여건 개선, 정주환경 조성 목적이 종합의료시설과 주택건설의 관련성을 판단하는 자료가 되었다.

심판원 판단

심판원의 판단은 감면 여부, 분리과세 여부, 후행 종합부동산세 처분의 순서로 나누어 읽어야 한다.

1단계: 사권 제한토지 감면의 취지와 요건을 확인하였다

심판원은 「지방세특례제한법」 제84조 제1항의 감면이 도시계획시설 지정으로 토지 이용 가능성이 배제되거나 종래 허용된 용도로 사용할 수 없어 현저한 재산상 손실이 생기는 경우, 사회적 제약의 범위를 넘는 수용적 효과를 보상하기 위해 도입되었다고 설명하였다. 이 설명에는 참조결정인 조심2020지1346, 2021.9.27.이 같은 뜻으로 제시되어 있다.

따라서 감면을 받으려면 쟁점토지에 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 도시·군계획시설 결정이 있어야 한다.

2단계: 도시계획시설 결정이 확인되지 않아 감면 주장을 배척하였다

심판원은 쟁점고시, 쟁점변경고시 및 관련 다른 고시 어디에서도 쟁점토지가 도시계획시설로 결정되었다는 내용이 확인되지 않는다고 보았다. 선행 재산세 심판청구에서도 쟁점토지가 사권 제한토지 감면 대상에 해당하지 않는다고 결정한 점을 함께 들었다.

이에 따라 쟁점토지가 사권 제한토지이므로 감면해야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단하였다. 청구법인이 토지이음에서 도면을 열람할 수 있다는 점과 종합의료시설의 위치·면적·건폐율·용적률·높이가 구체적으로 정해졌다는 점을 주장했지만, 심판원은 이를 쟁점토지에 대한 도시계획시설 결정이 확인된 것으로 보지 않았다.

3단계: 감면이 부정되어도 분리과세 여부를 별도로 판단하였다

심판원은 사권 제한토지 감면 주장을 배척한 데서 판단을 끝내지 않았다. 쟁점토지가 경제자유구역개발사업에 제공되는 주택건설용 토지인지 별도로 살폈다.

이는 감면과 과세대상 구분의 법적 기능이 다르기 때문이다. 감면은 일정한 재산세 부담을 줄이는 제도이고, 분리과세는 토지의 성격에 따라 재산세 과세대상 자체를 종합합산, 별도합산 또는 분리과세로 나누는 제도다.

4단계: 종합의료시설이 정주환경 조성에 필요하다고 보았다

심판원은 개발사업 관련 고시가 외국인 투자기업의 경영환경과 생활여건을 개선하여 외국인 투자를 촉진하고 국가경쟁력을 강화하며 국제업무 기능을 높이는 목적을 밝힌 점을 확인하였다. A의 계획서 등에서도 인천광역시 등이 쟁점토지를 외국인과 내국인의 정주여건 개선 목적으로 기재하고 특정 공공시설의 유치 목적을 밝힌 점을 들었다.

이러한 사정에 비추어 외국인의 정주환경을 조성하려면 주택건설과 함께 종합의료시설을 설치할 필요성이 상당해 보인다고 판단하였다. 원문의 표현은 필요성이 확정적으로 증명되었다는 단정이 아니라 “상당해 보이는 점”이다.

5단계: 공공시설용지의 성격을 주택건설과 연결하였다

심판원은 쟁점토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 기반시설이고, 준주거용지나 상업용지가 아닌 공공시설용지에 해당한다고 보았다. 이에 따라 쟁점토지는 주택건설에 필수불가결하게 수반되는 시설용 토지로서 경제자유구역사업에 제공되는 주택건설용 토지에 해당하는 것으로 보았다.

여기서 심판원이 인정한 것은 종합의료시설용 토지가 언제나 분리과세된다는 일반명제가 아니다. 이 사건의 개발 목적, 정주환경 조성 필요성, 기반시설 및 공공시설용지라는 성격, 선행 재산세 심판결정과 실제 취소 처리 등을 함께 고려한 판단이다.

6단계: 선행 재산세 심판결정과 후속 취소 처리를 확인하였다

심판원은 청구법인이 제기한 별도 재산세 심판청구에서 쟁점토지를 분리과세대상으로 결정하였고, 연수구청장이 쟁점토지에 대한 재산세 부과처분을 취소한 점을 들었다.

처분청은 재산세 처분이 먼저 취소되거나 무효로 확인되어야 한다고 주장했지만, 이 사건의 최종 판단 시점에는 쟁점토지의 재산세 과세대상 구분이 분리과세로 정리되고 관련 재산세 부과처분도 취소된 사실이 확인되었다.

7단계: 종합합산과세를 전제로 한 종합부동산세 처분을 취소하였다

심판원은 위 사정들을 종합하여 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 종합부동산세와 농어촌특별세를 부과한 데 잘못이 있다고 판단하였다. 그 결과 2019년 및 2020년 귀속 부과처분을 모두 취소하였다.

최종 판단을 짧게 정리하면 다음과 같다.

• 사권 제한토지 감면: 도시계획시설 결정이 확인되지 않아 받아들이지 않음
• 분리과세: 정주환경에 필요한 공공시설용지로서 주택건설에 필수불가결하게 수반된다고 보아 인정함
• 종합부동산세: 종합합산과세 전제가 잘못되어 취소함

판단 범위: 이 사건에서 확인된 사실에 한정된다

이 결정은 쟁점토지가 종합의료시설용지라는 한 가지 사정만으로 분리과세를 인정한 것이 아니다. 개발사업 관련 고시의 목적, 외국인과 내국인의 정주여건 개선 계획, 종합의료시설 설치 필요성이 상당해 보이는 사정, 기반시설이자 공공시설용지인 토지의 성격, 선행 재산세 심판결정과 실제 취소 처리를 함께 고려하였다.

또한 심판원은 쟁점토지가 도시·군계획시설이 아니라고 일반적으로 확정한 것이 아니라, 공개 결정문에 적힌 쟁점고시·쟁점변경고시와 관련 고시 어디에서도 도시계획시설로 결정되었다는 내용이 확인되지 않는다고 판단하였다. 감면 배척의 근거와 분리과세 인정의 근거를 각각 그 범위 안에서 읽어야 한다.

법리 기준 비교

이 사건 공개 결정문에 인용된 결정과 판결을 그 역할에 따라 구분하면 다음과 같다. 청구법인이 인용한 판결은 청구법인 주장의 근거이고, 참조결정은 심판원이 감면 제도의 취지를 설명하며 직접 든 결정이다.

위 판결의 사건번호, 선고일과 법리는 모두 이 사건 공개 결정문에 인용된 범위에서만 정리하였다. 각 판결의 원문, 주문과 전체 판단은 별도로 확인하지 않았으므로 이 글의 결론으로 확장하지 않는다.

이 비교에서 확인할 수 있는 법리의 경계는 다음과 같다.

첫째, 기반시설이라는 이유만으로 사권 제한토지 감면이 바로 적용되는 것은 아니다. 감면에는 도시·군계획시설로 결정되었다는 점과 지형도면 고시 등 별도의 법정 요건이 필요하다.

둘째, 주택건설용 토지의 범위는 지상에 주택이 직접 건축되는 필지보다 넓을 수 있다. 다만 해당 시설이 개발사업의 목적과 주거·정주 기능에 필수불가결하게 수반되는지, 토지의 공공성 및 용도 제한이 어떤지 등 구체적 사정을 확인해야 한다.

셋째, 같은 토지가 감면 대상은 아니면서 분리과세대상일 수 있다. 두 제도는 요건과 효과가 다르므로 하나의 결론을 다른 제도에 그대로 옮길 수 없다.

넷째, 종합부동산세는 재산세 토지 구분과 연결된다. 재산세 단계에서 토지가 분리과세대상으로 정리되면 종합합산과세를 전제로 한 토지분 종합부동산세도 다시 검토해야 한다.

실무 시사점

1. 감면 주장과 분리과세 주장을 나누어 설계해야 한다

도시계획이나 개발사업의 규제를 받는 토지라고 해서 사권 제한토지 감면과 개발사업용 토지 분리과세가 같은 결론을 내는 것은 아니다. 감면은 도시·군계획시설 결정과 장기 미집행 여부를 중심으로 보고, 분리과세는 개발사업시행자, 사업 제공 여부, 토지 용도, 적용 기간 및 주택건설과의 필수불가결한 관련성을 중심으로 본다.

이 사건처럼 감면 주장이 받아들여지지 않아도 분리과세 주장이 성립할 수 있다. 불복 단계에서는 하나의 주장에만 의존하지 말고 각 제도의 요건별로 사실과 증거를 나누어 제시할 필요가 있다.

2. 고시의 명칭보다 실제 결정 내용과 도면을 확인해야 한다

지구단위계획, 개발계획, 실시계획, 토지이용계획도, 지형도면은 서로 연결되지만 같은 문서는 아니다. 종합의료시설로 표시되었다는 사실과 해당 토지가 도시·군계획시설로 결정되었다는 사실도 구분해야 한다.

고시문에서는 시설의 종류, 명칭, 위치, 규모가 도시·군관리계획으로 결정되었다는 내용이 있는지 확인해야 한다. 도면의 열람 가능성만으로 결정 자체의 존재가 보완된다고 단정해서는 안 된다.

3. 공공시설과 주택건설 사이의 기능적 연결을 자료로 보여야 한다

분리과세를 주장하려면 해당 시설이 단순히 공익적이라는 설명을 넘어 개발사업의 주택건설과 정주환경에 왜 필요한지 보여야 한다. 이 사건에서는 경제자유구역의 목적, 계획인구, 외국인과 내국인의 정주여건, 종합의료시설의 유치 목적, 공공시설용지라는 토지 성격이 함께 고려되었다.

다른 사건에서는 교육시설, 교통시설, 문화시설, 공원 또는 기반시설이 같은 결론을 받는다고 미리 단정할 수 없다. 개발계획에서 해당 시설이 맡는 기능과 주택 공급의 관계를 구체적으로 입증해야 한다.

4. 계획 문서 사이의 불일치를 먼저 정리해야 한다

이 사건 자료에는 실시계획상 공공시설용지와 개발계획상 근린생활시설용지라는 차이가 있었고, 이를 공공시설용지로 일원화할 필요가 있다는 행정기관 회신이 확인되었다. 계획 문서 사이의 불일치는 과세대상 구분과 감면 판단에서 불확실성을 키운다.

과세기준일별로 적용되는 개발계획, 실시계획, 변경고시, 토지이용계획확인서와 지형도면을 시간순으로 정리해야 한다. 현재 조회되는 토지이음 자료만으로 과거 과세기준일의 상태를 대신해서는 안 된다.

5. 재산세 불복과 종합부동산세 불복을 함께 관리해야 한다

종합부동산세 처분이 재산세 과세자료를 바탕으로 이루어진다면 지방자치단체의 재산세 처분과 세무서의 종합부동산세 처분을 따로 놓치지 않아야 한다. 처분일, 불복기한, 심판청구 번호, 결정일, 후속 경정과 환급 여부를 하나의 일정표로 관리할 필요가 있다.

특히 재산세 심판결정 뒤 지방자치단체가 실제로 부과처분을 취소했는지, 그 결과가 국세청 과세자료에 반영되었는지 확인해야 한다. 선행 처분의 결과가 후행세목에 저절로 즉시 반영된다고 가정해서는 안 된다.

6. 조건부 판단의 범위를 넘겨 적용하지 않아야 한다

심판원은 종합의료시설의 설치 필요성이 “상당해 보이는 점”, 쟁점토지가 주택건설용 토지로 “보이는 점” 등을 종합하였다. 따라서 이 결정을 모든 경제자유구역의 의료시설용 토지에 대한 일률적 분리과세 기준으로 확대하기는 어렵다.

사업시행자 지위, 과세기준일 현재 사업 단계, 토지 공급 완료나 준공 여부, 공공시설용지 지정, 개발계획의 정주 목적, 실제 용도 제한이 사건마다 다를 수 있다. 이 요소를 개별적으로 확인해야 한다. 또한 이 글은 결정문 수록 조문의 과세연도별 정확한 적용 여부와 관련 부칙을 별도로 확인하지 않았으므로 실제 사건에서는 이를 따로 검토해야 한다.

실무 체크리스트

과세대상과 기간

• 과세기준일 현재 토지 소유자 또는 신탁 관계상 납세의무자를 확인했는가
• 대상 세목이 재산세, 지방교육세, 종합부동산세, 농어촌특별세 가운데 무엇인지 나누었는가
• 각 과세연도의 처분일과 불복기한을 따로 계산했는가
• 경제자유구역개발사업 실시계획 승인 고시일부터 토지 공급 완료 또는 준공검사까지의 기간 요건과 제4호에 실제 적용되는 제외 규정을 확인했는가
• 결정문 수록 조문을 그대로 적용하지 않고 각 과세연도에 정확히 적용되는 법령과 관련 부칙을 따로 확인했는가
• 과세기준일마다 적용되는 개발계획의 상태를 따로 확인했는가

사업과 토지의 법적 지위

• 토지 소유자 또는 위탁자가 경제자유구역개발사업시행자에 해당하는가
• 쟁점토지가 해당 개발사업에 실제로 제공되는 토지인가
• 개발계획과 실시계획에서 토지 용도가 일치하는가
• 토지가 주택용지, 산업단지용지, 공공시설용지, 근린생활시설용지 가운데 어떻게 표시되어 있는가
• 토지이용계획도와 지형도면에서 시설의 위치와 경계가 확인되는가

사권 제한토지 감면

• 해당 기반시설이 도시·군관리계획으로 도시·군계획시설 결정되었는가
• 결정 고시에서 시설의 종류, 명칭, 위치, 규모를 확인할 수 있는가
• 지형도면이 적법하게 고시되고 열람 가능한 상태였는가
• 지형도면 고시 뒤 10년 이상 장기간 집행되지 않았는가
• 감면 대상 부분과 비대상 부분을 면적별로 구분할 수 있는가

분리과세

• 해당 시설이 주택건설에 필수불가결하게 수반되는 이유를 개발계획으로 설명할 수 있는가
• 계획인구, 정주환경, 공공시설 배치, 주택 공급과의 기능적 연결 자료가 있는가
• 토지의 용도 제한과 다른 용도로 수익을 얻을 가능성을 계약과 고시로 확인했는가
• 제9호와 제11호에만 적용되는 취득 뒤 미착공 제외 단서를 제4호 토지에 잘못 적용하지 않았는가
• 공익성이 있다는 사정만으로 분리과세를 단정하지 않았는가

재산세와 종합부동산세의 연결

• 지방자치단체의 재산세 과세대상 구분 자료를 확보했는가
• 재산세 경정, 취소 또는 환급 결과가 종합부동산세 자료에 반영되었는가
• 재산세 불복과 종합부동산세 불복을 각각 기한 안에 제기했는가
• 선행 재산세 결정의 주문과 실제 후속 처리를 확인했는가
• 종합합산, 별도합산, 분리과세의 구분을 감면 여부와 혼동하지 않았는가

참고 자료

• 조세심판원 조심2025서3570 결정문
• 「종합부동산세법」 제3조, 제6조, 제7조, 제11조
• 「지방세법」 제106조
• 「지방세법 시행령」 제102조
• 「지방세특례제한법」 제84조
• 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조, 제30조, 제32조, 제43조, 제50조, 제88조
• 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 제2조, 제35조
• 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제4조, 제9조
• 조심2020지1346, 2021.9.27. 원문에서 사권 제한토지 감면 취지와 관련한 참조결정으로 확인된다.
• 대법원 2018.3.29. 선고 2017다218246 판결. 이 사건 공개 결정문에서 청구법인이 지형도면 고시 법리의 근거로 인용한 사건이다.
• 대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결. 이 사건 공개 결정문에서 청구법인이 주택건설용 토지의 범위에 관한 근거로 인용한 사건이다.
• 의정부지방법원 2011.4.26. 선고 2010구합3362 판결. 이 사건 공개 결정문에서 청구법인이 공공시설용 체비지와 보류지의 분리과세 근거로 인용한 사건이다.

법령 문구와 판결의 사건번호·선고일·법리는 공개 결정문에 수록된 범위에서 정리하였다. 각 과세연도에 적용되는 법령과 부칙 및 판결 원문은 별도로 확인하지 않았다. OOO로 가려진 고시번호, 선행 재산세 심판청구 번호, 세액과 지명은 공개 원문 상태를 유지하였다.