[결과] 전세계약과 수정 합의, 매매일 가등기, 확정일자가 확인된 전입은 매매 사용수익이 아니다 (조심2025구4126)

사건 개요

조심2025구4126은 전세계약과 장래 매매에 관한 두 차례 합의, 정식 매매계약, 매매예약가등기, 2년 뒤 잔금 지급과 소유권 이전이 이어진 아파트 거래에서 양도시기를 언제로 볼 것인지가 문제 된 사건이다. 처분청은 이 일련의 문서를 하나의 장기할부조건부 매매로 재구성하고, 매수인들이 전입한 2020.12.31.을 사용수익일이자 양도일로 보았다. 그 결과 청구인들의 보유기간이 2년 미만이므로 1세대1주택 비과세 요건을 충족하지 못했다고 판단했다.

조세심판원은 이 사건의 문서와 권리 행사 시점을 함께 보고 달리 판단했다. 2020.8.17. 작성된 문서는 매매계약서가 아니라 전세계약서와 1차 합의서였고, 1차 합의의 일부는 2020.11.8. 2차 합의로 수정되었다. 매수인들은 2020.11.9. 확정일자를 받았으며, 전입 당시에는 소유권이전청구권가등기가 없었다. 매매예약가등기는 정식 매매계약일인 2021.3.17.에 이르러서야 이루어졌다. 심판원은 이 사실관계 아래에서 임대차기간의 사용수익은 전세권에 기초한 것이고, 소유권에 기초한 사용수익은 2023.3.17. 소유권 이전 뒤 시작되었다고 보았다.

공개 원문은 매매금액, 전세보증금, 계약금, 중도금, 잔금, 위약금, 신고세액과 부과세액을 OOO로 가렸다. 이 글도 해당 금액을 추정하지 않는다. 원문 사실관계 표의 상세 내용 역시 ○○○로 공개되어 있어, 계약서와 영수증의 가려진 항목을 복원하거나 지급액을 계산할 수 없다.

남대구세무서장이 2025.8.6. 청구인들 각각에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

거래 구조

[분양권과 소유권]
2018.6.28. B 분양
        │
        ├─ 2020.6.5. 분양권 지분 2분의 1을 A에게 증여
        │
        └─ 2021.3.9. 청구인들 명의 소유권등기 이전

[전세 관계와 장래 매매 합의]
2020.8.17. 청구인들 ── 전세계약 ── C
        │                         │
        ├─ 같은 날 1차 합의      ├─ 2020.11.9. 확정일자
        │  장래 매매 진행         └─ 2020.12.31. 전입
        │  가격·대금구조·위약금
        │
        └─ 2020.11.8. 2차 합의
           가격·위약금 등 일부 수정

[정식 매매와 권리 보전]
2021.3.17. 청구인들 ── 매매계약 ── C·D
        │                         │
        └─────────────────────────┴─ 같은 날 매매예약가등기

[거래 마무리]
2023.3.17. C·D ── 잔금 지급 ──▶ 청구인들
2023.3.17. 청구인들 ── 소유권 이전 ──▶ C·D

[과세 논리의 갈림]
처분청: 2020.12.31. 전입·점유
        = 매수인 지위의 사용수익일
        = 장기할부조건부 거래의 양도일

심판원: 2020.12.31. 이후 점유
        = 전세계약과 전세권에 기초한 사용수익
        ≠ 소유권에 기초한 사용수익
        → 이 사건에서는 2020.12.31.을 양도일로 삼을 수 없음

이 사건 구조에서 가장 중요한 구분은 실제 점유의 시작과 매매에 따른 사용수익의 시작이 같은 개념이 아니라는 점이다. 심판원은 전세계약, 두 합의서의 수정 경과, 전입 당시 가등기 부재, 정식 매매계약일의 가등기, 확정일자를 함께 살펴 2020.12.31.의 점유가 전세권에 기초했다고 판단했다. 결론은 이 사실 묶음에 따른 것이며, 전세 입주일 일반에 관한 단정이 아니다.

사건 대장

원문에는 날짜를 읽을 때 주의할 부분이 있다. 처분청 의견은 청구인들이 분양대금 잔금을 내고 소유권을 취득한 날이자 매수인들이 전입한 날을 2020.12.31.로 적었지만, 처분개요는 청구인들 명의의 소유권등기 이전일을 2021.3.9.로 적었다. 이 글은 두 기재를 합치거나 어느 하나를 추정해 고치지 않는다. 심판원이 취소 판단의 직접 근거로 삼은 것은 전세 관계의 실재, 합의서의 수정 가능성, 가등기 시점, 확정일자, 권리의 성격이다.

핵심 쟁점

1. 전세계약과 두 합의서, 매매계약을 하나의 거래로 볼 수 있는가

처분청은 전세계약 특약, 같은 날 작성된 1차 합의, 2차 합의의 강한 위약금, 매수인과 중개인의 진술 등을 근거로 전세계약이 형식에 불과하다고 보았다. 이에 따르면 계약 전체는 처음부터 2년 보유요건을 채우기 위해 설계한 하나의 매매거래다.

청구인들은 전세계약이 실제로 체결되고 확정일자까지 부여되었으며, 1차 합의는 2차 합의로 가격과 위약금이 바뀐 예비적 문서라고 주장했다. 정식 매매계약과 가등기가 2021.3.17.에 별도로 이루어진 점도 독립된 법률관계라는 근거로 들었다.

심판원은 청구인 쪽의 핵심 사실관계를 받아들였다. 특히 전입 당시 가등기가 없었고, 정식 매매계약일에 이르러서야 가등기가 이루어진 점을 중시했다. 전세계약과 합의서가 있다는 사실 자체보다 각 문서가 만든 권리와 그 권리가 행사된 시점을 나누어 본 것이다.

2. 2020.12.31. 전입을 장기할부조건부 거래의 사용수익일로 볼 수 있는가

처분청은 전세계약 특약상 자유로운 인테리어 권한과 매매 연계 문구, 매수인들의 실거주 목적을 들어 전입일부터 매수인 지위에서 사용수익했다고 보았다. 소득세법 시행규칙상 사용수익일은 반드시 정식 매매계약서에 적혀 있어야 하는 것이 아니며, 양도자의 사용승낙과 실제 통제 가능성을 종합할 수 있다는 의견이었다.

심판원은 이 사건에서 주택을 실제로 사용했다는 사실과 매매에 기초하여 독자적으로 사용수익했다는 법적 평가를 구분했다. 두 합의서가 수정되었고 전입 당시 가등기가 없었으며 매수인들이 확정일자를 받아 임대차기간 동안 점유한 사정을 묶어, 그 점유를 전세권에 기초한 사용수익으로 판단했다. 정식 매매계약일에 가등기가 설정된 경과까지 고려하면 이를 소유권이나 매수인 지위에 기초한 사용수익으로 바꿔 볼 수 없다고 본 것이다.

3. 1세대1주택 비과세 판단의 범위는 어디까지인가

처분청의 과세는 2020.12.31.을 취득일과 양도일로 보아 보유기간 2년 요건을 충족하지 못했다는 전제에 섰다. 심판원은 그 전제, 곧 전입일을 장기할부조건부 거래의 사용수익일로 본 판단이 잘못이라고 보아 부과처분을 취소했다.

이 결정을 모든 전세 후 매매 거래가 1세대1주택 비과세 대상이라는 일반 결론으로 넓혀서는 안 된다. 심판원은 이 사건의 부과처분을 취소했을 뿐, 전세 후 매매 구조에서 비과세가 언제나 인정된다고 선언하지 않았다. 다른 주택 보유 여부, 고가주택 계산, 취득시기, 보유기간, 실제 거주요건 등 다른 비과세 요건을 일반적으로 확정한 결정도 아니다.

4. 예비적 가산세 청구를 판단했는가

심판원은 주위적 쟁점에서 부과처분을 취소했으므로 가산세 감면의 정당한 사유는 심리할 실익이 없다고 보아 판단을 생략했다. 따라서 이 결정에서 가산세 면제에 관한 일반 기준이 새로 확인되었다고 정리하면 안 된다.

청구인 주장

전세계약과 매매계약은 별개의 계약이라는 주장

청구인들은 2년 이상 보유 뒤 주택을 양도하여 비과세 요건을 충족하려 한 행위가 세법상 허용된 선택이라고 주장했다. 2020.8.17. 전세계약을 실제로 체결했고, 당시 급등하던 가격을 조기에 정하기 위해 1차 합의를 작성했을 뿐이라고 설명했다. 이후 시세가 다시 올라 2020.11.8. 매매금액과 위약금을 조정한 2차 합의가 작성되었으므로 두 합의서는 확정적인 매매계약서가 아니라 수정 가능한 예비 문서라는 논리다.

전세계약 특약에 향후 매수 가능성과 인테리어 권한이 적혀 있더라도 이는 임차인의 사용권한을 넓힌 것일 뿐 전세계약의 독립성을 없애지 않는다고 주장했다. 매수인 측이 2020.11.9. 확정일자를 받아 임차인의 권리를 보강했고, 정식 매매계약과 매매예약가등기는 2021.3.17.에 따로 이루어졌다는 점도 들었다.

장기할부조건의 대금 분할 요건을 충족하지 못했다는 주장

청구인들은 매매계약서에 계약금, 중도금, 잔금이 나뉘어 적혀 있지만 실제로는 계약금과 잔금으로 이루어진 거래라고 주장했다. 계약서상 중도금 항목은 매도인의 계약금 해제를 막기 위해 형식적으로 둔 장치였고, 계약일 다음 날 별도 중도금이 지급되지 않았다고 했다. 공인중개사의 확인서와 계약일 당일 이루어진 가등기를 그 근거로 들었다.

이에 따라 계약금을 제외한 양도대금을 2회 이상 나누어 받는 구조가 아니므로 소득세법 시행규칙상 장기할부조건을 충족하지 않는다고 주장했다. 장기할부조건이 아니라면 양도시기는 일반 원칙에 따라 잔금청산일인 2023.3.17.이라는 결론이다.

다만 공개 원문의 영수증과 계약서 상세 표는 ○○○로 가려져 있다. 청구인의 실제 지급구조 주장은 원문에 나타나지만, 공개 자료만으로 계약금과 중도금의 지급 여부를 독립적으로 계산하거나 확인할 수는 없다.

전세권에 따른 사용과 매매에 따른 사용수익은 다르다는 주장

청구인들은 사용수익일은 매매계약 내용의 약정이나 양도자의 사용승낙에 기초해야 한다고 주장했다. 전세계약에 따른 점유는 임차인 지위의 사용수익일 뿐, 이를 장기할부조건부 매매의 사용수익일로 바꿔 볼 수 없다고 했다.

청구인들은 조심2020서8061을 들어 임대차계약과 매매계약의 목적과 법률효과가 다르고, 임차인 지위의 사용수익을 매수인 지위의 사용수익으로 볼 수 없다는 기준을 제시했다. 반대로 국심2004서4728은 실제 임대 사실을 입증할 자료가 없어 장기할부조건 양도로 본 사례라고 소개하면서, 확정일자와 전세계약이 확인되는 이 사건은 다르다고 주장했다.

실질과세와 납세자의 선택권에 관한 주장

청구인들은 전세계약과 매매계약을 각기 독립된 법률행위로 선택할 수 있고, 여러 단계 뒤의 경제적 결과만으로 하나의 거래로 재구성할 수 없다고 주장했다. 대법원 2017두57516을 근거로 납세자가 여러 법률관계 중 하나를 자유롭게 선택할 수 있다는 논리를 폈다.

시세와 세후 수익을 비교한 경제적 설명도 제시했지만 금액은 모두 OOO로 가려져 있다. 따라서 공개 원문만으로 해당 계산의 정확성은 확인할 수 없다. 이 부분은 청구인의 주장이지 심판원이 취소 판단의 독립된 근거로 확정한 사실도 아니다.

가산세에 관한 예비적 주장

청구인들은 설령 장기할부조건부 매매라고 보더라도 복잡한 법령과 해석에 따라 잔금청산일을 양도일로 신고한 데 정당한 사유가 있다고 주장했다. 조심2010서2712를 들어 장기할부조건 거래임을 알지 못하다가 불복 결정에 따라 귀속시기만 바뀐 경우 가산세를 면할 수 있다는 취지의 비교도 제시했다.

심판원은 본세 처분을 취소했으므로 이 예비적 주장 자체를 판단하지 않았다.

처분청 의견

전세계약은 매매의 선행 형식이라는 의견

처분청은 전세계약 특약에 임차인이 추후 매수인과 동일한 지위이고, 임대차계약이 매매거래의 선행계약이며, 등기 이전일까지 임대차기간이 연장된다는 문구가 있다고 보았다. 같은 날 1차 합의서에는 장래 매매 조건, 잔금일, 2년간 전세 후 매수 조건, 세부담 관련 조건까지 담겼으므로 실질은 이미 매매였다는 의견이다.

매수인들이 매수할 집을 찾다가 쟁점아파트를 소개받았고, 청구인 요구로 전세계약 형식을 수용했다는 조사 과정의 진술도 근거로 들었다. 중개인 역시 등기 전이라 매매계약서를 작성할 수 없어 매매를 성사시키려 전세계약서를 형식적으로 작성했다는 취지로 진술했다고 했다. 전세계약 중개보수에 관한 현금영수증이 확인되지 않고 매매 중개보수만 지급되었다는 사정도 제시했다.

두 합의서는 확정적인 매매 약속이라는 의견

처분청은 2차 합의가 1차 합의를 파기한 것이 아니라 기존 내용을 유효하게 둔 보완 확약서라고 보았다. 2차 합의에 앞으로 변심이나 재협상이 없다는 취지와 큰 위약금이 적혀 있으므로, 언제든 수정하거나 파기할 수 있는 예비 문서가 아니라 매매 이행을 확정한 문서라는 의견이다.

처분청은 이런 문서와 거래 과정을 국세기본법 제14조 제3항의 여러 행위를 거쳐 세법상 혜택을 부당하게 받는 경우로 평가했다. 전세계약을 민법상 무효라고 보는 것이 아니라, 세법 적용에서는 매매계약과 연속된 하나의 거래로 보아야 한다는 입장이었다.

장기할부조건과 사용수익일에 관한 의견

처분청은 매매계약서에 계약금, 중도금, 임대보증금 승계, 잔금이 구분되어 있으므로 계약금을 제외한 대금을 2회 이상 나누어 지급하는 요건을 충족했다고 보았다. 청구인들이 제출한 영수증에는 2021.3.12. 계약금, 2021.3.13. 중도금을 수령했다는 내용이 있고, 매수인들도 현금 지급 취지로 진술했다는 점을 들었다. 세무조사 뒤 작성된 공인중개사의 확인서는 믿기 어렵다는 의견이었다.

사용수익일에 관해서는 매매계약서에 날짜가 명시되지 않아도 양도자의 승낙과 실제 사용 가능 상태로 판단할 수 있다고 보았다. 자유로운 인테리어를 허용한 전세계약 특약은 매수인 지위의 사용승낙이고, 전입과 실거주가 이루어진 2020.12.31.부터 실질적인 통제권을 행사했다는 논리다.

따라서 처분청은 2020.12.31. 다음 날부터 최종 잔금 지급기일인 2023.3.17.까지 1년 이상이고, 계약금 외 대금이 중도금과 잔금으로 나뉘었으므로 장기할부조건을 충족한다고 결론 내렸다. 2020.12.31.을 양도일로 보면 보유기간 2년 요건을 충족하지 못하므로 1세대1주택 비과세를 배제해야 한다는 의견이었다.

가산세 감면 사유가 없다는 의견

처분청은 거래 구조가 장기할부조건을 명확히 충족하고, 청구인들이 직접 신고했으며 세무대리인을 거치지 않았다는 점을 들었다. 이는 법령을 몰랐거나 잘못 이해한 것에 불과해 정당한 사유가 될 수 없다는 입장이었다.

관련 법령

원문은 다음 규정을 관련 법령으로 제시한다. 아래 인용은 공개 결정문에 실린 문언을 그대로 옮긴 것이다. 이 글은 별도의 시행본이나 부칙을 확인했다는 전제를 두지 않으며, 공개 결정문에 수록된 조문과 이 사건 판단의 범위 안에서만 법령을 설명한다.

국세기본법 제14조 제2항과 제3항

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

이 규정은 처분청이 전세계약과 두 합의서, 매매계약을 연속된 하나의 거래로 본 근거다. 그러나 거래가 여러 문서로 나뉘었다는 이유만으로 곧바로 하나의 거래가 되는 것은 아니다. 각각의 계약이 실제 권리와 의무를 만들고 그 권리가 행사되었는지, 세법상 혜택을 부당하게 받기 위한 형식에 불과한지를 사실에 따라 가려야 한다.

소득세법 제89조 제1항 제3호 가목

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

원문에 함께 실린 소득세법 제89조 제1항 제3호 본문은 고가주택을 비과세 대상에서 제외한다. 청구인들은 고가주택 비과세 계산을 적용해 신고했다. 이 사건의 직접 쟁점은 고가주택 계산 자체가 아니라 보유기간을 정하는 양도시기다.

소득세법 제95조 제4항과 제98조

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

대금청산일이 원칙이고 시행령이 정한 경우가 예외다. 처분청은 이 사건을 장기할부조건의 예외로 보았고, 청구인들은 예외 요건이 충족되지 않아 잔금청산일이 양도시기라고 다퉜다.

소득세법 시행령 제154조 제1항

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년)이상인 것을 말한다.(단서 생략)

이 사건은 어느 날을 양도일로 잡는지에 따라 보유기간 2년 충족 여부가 달라졌다. 다만 원문은 단서를 생략했으므로 이 인용만으로 모든 주택의 비과세 요건을 판단할 수 없다.

소득세법 시행령 제162조 제1항 제3호

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

소득세법 시행규칙 제78조 제3항

③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 장기할부 조건"이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

두 요건은 함께 읽어야 한다. 먼저 계약금을 제외한 대금을 2회 이상 나누어 받아야 한다. 이어 소유권이전등기 접수일, 인도일, 사용수익일 중 가장 빠른 날의 다음 날부터 최종 할부금 지급기일까지 1년 이상이어야 한다. 이 사건에서 심판원의 취소 판단은 주로 2020.12.31.의 점유를 매매에 따른 사용수익으로 볼 수 있는지에 집중되어 있다.

심판원 판단 단계별 분석

1단계: 처분청의 과세 전제를 확인했다

처분청은 쟁점거래가 장기할부조건부 매매이고, 매수인들이 전입한 2020.12.31.이 사용수익일이라고 보았다. 이 날짜를 양도일로 삼으면 보유기간 2년을 충족하지 못해 1세대1주택 특례를 적용할 수 없다는 논리였다.

2단계: 일시적이거나 제한된 이용과 독자적 사용수익을 구분했다

심판원은 대법원 2015두48266의 법리와 같은 뜻이라고 밝히며 다음 기준을 제시했다.

그러나, 양수인이 양도인으로부터 매매목적물인 자산을 이용 관리할 수 있도록 하는 승낙을 받았다고 하더라도 그것이 그 자산을 잠정적으로 보존․유지․관리하거나 제한적인 목적에서 일시적으로 이용하도록 하는 것에 불과한 경우에는 양수인으로 하여금 그 자산을 독자적으로 사용 수익할 수 있게 한 것이 아니므로 「소득세법 시행규칙」제78조 제3항에서 정한 사용수익일에 해당한다고 할 수 없는바(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결, 같은 뜻임),

이 사건에서는 실제 입주와 인테리어 사정만 떼어 보지 않았다. 전세계약과 수정된 합의서, 가등기 시점, 확정일자를 함께 놓고 그 이용이 매수인으로서 독자적으로 사용수익한 것인지, 전세권자로서 계약에 따라 사용한 것인지 가렸다.

3단계: 1차 합의와 2차 합의를 확정적인 매매계약서로 보지 않았다

2020.8.17.에는 전세계약과 1차 합의가 작성되었고, 정식 매매계약서는 작성되지 않았다. 1차 합의 내용 일부는 2020.11.8. 2차 합의로 바뀌었다. 심판원은 이 수정 경과를 들어 합의서에 확정적인 효력을 가진 매매계약서와 같은 지위를 부여하기 어렵다고 보았다.

이 판단은 합의서에 장래 매매가격과 위약금이 적혔다는 사정만으로 세법상 양도계약이 확정되었다고 단정할 수 없다는 뜻이다. 문서 제목만이 아니라 이후 수정 여부, 정식 계약 체결 시점, 권리 보전 조치가 언제 이루어졌는지를 함께 보았다.

4단계: 전입 당시 가등기가 없었다는 점을 선결정례와 구별했다

처분청은 조심2025구1753과 쟁점이 같다고 주장했다. 심판원은 이 사건에서는 매수인들이 전입할 때 소유권이전청구권가등기 등이 이루어지지 않았다고 지적했다. 1차 합의일, 2차 합의일, 전세계약일이 아니라 정식 매매계약일인 2021.3.17.에 이르러서야 매매예약가등기가 설정되었다.

가등기 시점은 매수인 권리가 언제부터 매매에 기초해 보전되었는지를 보여주는 객관적 정황이다. 심판원은 이를 전세권에 기초한 점유와 소유권 취득을 향한 매수인 지위의 구분선으로 활용했다.

5단계: 확정일자와 임대차기간을 전세권 행사 정황으로 보았다

매수인 측은 2020.11.9. 확정일자를 받았다. 심판원은 이를 전세권에 기초한 권한 행사로 평가했다. 원문은 매수인들이 적어도 2020.12.25.부터 2022.12.24.까지의 임대차기간 동안 온전히 전세권자로서 쟁점아파트를 사용수익했다고 보았다.

여기서 전세권에 기초한 사용수익과 장기할부조건부 매매의 사용수익일을 혼동하면 안 된다. 앞의 사용수익은 전세계약상 점유 권원에 따른 것이다. 뒤의 사용수익일은 시행규칙상 양도시기를 앞당기는 요건으로서 매매에 기초한 독자적 사용수익을 뜻한다. 같은 주택을 같은 사람이 사용했더라도 권원의 성격이 다르면 세법상 평가는 달라질 수 있다.

6단계: 소유권에 기초한 사용수익은 2023.3.17. 시작되었다고 보았다

심판원은 앞서 본 계약과 권리 행사 경과를 토대로 쟁점아파트 소유권이 매수인들 명의로 이전된 2023.3.17.에 비로소 소유권에 기초한 사용수익을 했다고 판단했다. 이에 따라 이 사건의 2020.12.31. 전입을 매매에 따른 사용수익일로 본 처분청의 전제는 무너졌다.

다만 심판원 판단은 장기할부조건의 모든 세부 요건을 일반적으로 부정한 것이 아니다. 청구인들은 대금 분할 횟수도 다퉜지만, 심판원은 취소 결론에서 그 쟁점을 별도로 확정하지 않았다. 결정 이유의 중심은 전세계약을 가장행위로 보기 어렵고 전입 뒤 사용이 전세권에 기초했다는 점이다.

7단계: 1세대1주택 특례 배제 처분을 취소했다

처분청은 쟁점전세계약을 가장행위로 보고 청구인들의 취득일과 양도일을 모두 2020.12.31.로 보았다. 심판원은 이 전제가 잘못되었으므로 1세대1주택 특례를 배제한 양도소득세 부과처분에 잘못이 있다고 판단했다.

결론 범위는 이 부과처분의 취소다. 이 사건이 전세 후 매매의 일반적인 비과세 보장 사례가 되는 것은 아니다. 특히 원문상 1세대1주택 고가주택 비과세 신고의 구체적 계산, 다른 주택 보유 여부, 가려진 금액에 따른 과세표준은 이 결정문만으로 다시 검증할 수 없다.

8단계: 가산세 쟁점은 판단하지 않았다

주위적 청구가 받아들여져 부과처분이 취소되었으므로 예비적 가산세 감면 쟁점은 심리의 실익이 없어 생략되었다. 청구인이 인용한 조심2010서2712의 가산세 기준이 이 사건의 최종 판단으로 채택되었다고 써서는 안 된다.

원문 참조결정에 닫힌 비교

이 비교표는 원문에 적힌 참조결정과 당사자가 원문에서 실제로 언급한 사건만 다룬다. 각 사건의 전체 사실관계나 최종 주문을 원문 밖에서 보충하지 않는다. 특히 당사자가 인용한 법리를 곧바로 심판원의 최종 판단으로 바꾸지 않는다.

사건번호를 만들지 않은 법리 기준 비교

실무 시사점

계약서 이름보다 권리의 실제 작동을 대장으로 남겨야 한다

전세계약서와 매매합의서가 같은 날 작성되면 과세관청은 하나의 거래인지 의심할 수 있다. 이때 문서 제목만으로 별개 거래라고 설명하기 어렵다. 확정일자, 보증금 지급, 임대차기간, 재산세 부담, 가등기 시점, 정식 매매계약일, 잔금일, 소유권 이전일을 하나의 시간표로 맞춰야 한다.

이 사건에서는 전세계약 뒤 합의 내용이 수정되었고, 전입 당시 가등기가 없었으며, 정식 매매계약일에 가등기가 설정되고, 그 전에 전세계약에 기초한 확정일자가 부여된 점이 함께 중요했다. 이 요소 가운데 일부가 다르거나 매수인 지위의 권리행사가 별도로 확인되는 사건에는 이 결론을 그대로 옮길 수 없다.

점유 사실과 점유 권원을 분리해 검토해야 한다

사람이 주택에 실제 살았다는 사실은 점유를 보여준다. 이 사건처럼 전세계약과 장래 매매합의가 함께 있는 거래에서는 그 점유가 전세계약 때문인지, 매매계약에 따른 사용승낙 때문인지 문서와 권리 행사 시점으로 가려야 한다. 확정일자 하나가 결론을 정한 것이 아니라 합의 수정, 가등기 시점, 임대차기간과 함께 전세권에 기초한 점유를 뒷받침했다.

실무 검토표에는 실제 입주일 하나만 적지 말고 입주의 계약상 근거, 사용 범위, 인테리어 권한, 관리비·재산세 부담, 매도인의 통제권, 가등기 또는 담보권, 계약 해제 가능성을 따로 적는 편이 안전하다.

합의서의 수정 이력은 확정성 판단 자료가 된다

1차 합의 뒤 2차 합의로 가격과 위약금이 바뀐 사실은 1차 합의가 정식 매매계약과 같은 확정성을 가졌는지 판단하는 자료가 되었다. 초안, 합의서, 변경합의서, 정식 계약서가 여러 개라면 어떤 조항이 언제 바뀌었고 무엇이 그대로 유지되었는지 대조표를 만들어야 한다.

다만 변경이 있었다는 이유만으로 합의서가 항상 예비 문서가 되는 것은 아니다. 처분청은 2차 합의가 1차 합의를 유효하게 유지한 보완 확약서라고 주장했다. 문언, 위약금 규모, 해제 가능성, 당사자의 실제 행동을 모두 봐야 한다.

대금 분할 쟁점과 사용수익일 쟁점을 따로 검토해야 한다

장기할부조건은 계약금을 제외한 대금의 분할 횟수와 기간 요건을 함께 본다. 이 사건에서 청구인들은 중도금이 형식적이라고 다퉜고 처분청은 계약서와 영수증을 근거로 실제 중도금이라고 맞섰다. 그러나 심판원 취소 판단은 주로 전세권에 기초한 사용과 매매에 기초한 사용수익의 구분에 섰다.

따라서 이 결정을 근거로 계약일과 잔금일 사이가 길기만 하면 장기할부조건이 아니라고 단정하거나, 반대로 중도금 항목이 있으면 언제나 장기할부조건이라고 단정하면 안 된다. 대금 지급 횟수, 각 지급의 실질, 등기·인도·사용수익일, 최종 지급기일을 각각 검토해야 한다.

비과세 결론을 거래 유형 전체로 넓히면 안 된다

이 사건 주문은 특정 청구인들에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분을 각각 취소한 것이다. 전세 후 매매라는 형식 전체에 비과세를 인정한 것이 아니다. 정식 매매 전 전입, 전세계약과 같은 날의 매매합의, 장래 가격 확정 구조는 여전히 사실관계에 따라 하나의 거래로 평가될 수 있다.

실무에서는 양도시기가 정해진 뒤에도 양도일 현재 1세대 1주택인지, 보유기간과 필요한 거주기간을 충족하는지, 고가주택 부분의 계산이 맞는지를 별도로 확인해야 한다.

주위적 청구가 받아들여지면 예비적 쟁점은 판단되지 않을 수 있다

가산세 정당한 사유에 관한 청구인 주장과 비교 결정이 원문에 길게 등장하지만, 심판원은 본세 처분을 취소한 뒤 가산세 쟁점을 생략했다. 사건 분석에서는 주장 분량이 길다는 이유로 이를 확정 법리로 소개하면 안 된다.

실무 체크리스트

거래 전 문서 점검

• 전세계약과 장래 매매합의를 같은 날 작성하는 이유를 객관적으로 남겼는가
• 전세계약의 보증금, 기간, 확정일자, 중개보수 지급이 실제로 이행되었는가
• 매매합의서가 정식 매매계약인지 예비 합의인지 문언상 구분되는가
• 1차 합의와 2차 합의의 변경 조항과 유지 조항을 대조했는가
• 위약금 조항이 실제 해제 가능성과 어떤 관계인지 검토했는가
• 전세계약 특약에 매매의 선행계약, 매수인 지위, 인테리어 권한이 들어간 경우 세무상 영향을 검토했는가

사용수익일 점검

• 실제 전입일과 실제 입주일을 구분했는가
• 점유가 임차인·전세권자 지위인지 매수인 지위인지 확인했는가
• 사용승낙의 근거가 전세계약인지 매매계약인지 확인했는가
• 인테리어 권한이 통상 임차인의 범위인지 독자적 처분에 가까운지 확인했는가
• 소유자가 재산세와 주요 관리책임을 계속 부담했는가
• 확정일자, 전세권 설정, 가등기 등 권리 보전 조치의 날짜를 비교했는가
• 전입 당시 소유권이전청구권가등기 또는 매매예약가등기가 있었는가
• 제한적 이용과 독자적 사용수익을 구분했는가
• 이 결정을 적용할 때 전세계약, 합의서 수정, 가등기 시점, 확정일자라는 이 사건의 사실 묶음이 실제 거래에도 있는지 확인했는가

장기할부조건 점검

• 계약금을 제외한 양도대금을 실제로 2회 이상 나누어 받는가
• 계약서상 중도금과 실제 지급 흐름이 일치하는가
• 현금 지급이면 영수증, 인출내역, 수령자의 확인이 서로 맞는가
• 계약서 작성 뒤 만든 확인서의 작성 시점과 신빙성을 검토했는가
• 소유권이전등기 접수일, 인도일, 사용수익일 가운데 가장 빠른 날을 확인했는가
• 그 다음 날부터 최종 할부금 지급기일까지 1년 이상인지 계산했는가
• 전세보증금 승계가 매매대금에서 어떤 항목으로 처리되는지 계약서와 회계자료가 일치하는가

1세대1주택 점검

• 양도시기를 먼저 확정한 뒤 보유기간을 계산했는가
• 배우자 증여 지분의 취득시기와 보유기간 계산 규정을 검토했는가
• 양도일 현재 세대별 다른 주택 보유 여부를 확인했는가
• 해당 주택과 취득 당시 지역에 필요한 거주요건을 확인했는가
• 고가주택이면 전부 비과세가 아니라 관련 계산 규정을 적용했는가
• 전세 후 매매라는 이유만으로 이 결정을 그대로 적용하지 않았는가

조사와 불복 대응

• 계약서, 합의서, 변경합의서, 영수증 원본을 날짜순으로 정리했는가
• 중개인의 당시 기록과 사후 확인서를 구분했는가
• 전입, 확정일자, 가등기, 소유권 이전 등 공적 기록을 확보했는가
• 청구인 주장, 처분청 의견, 객관적 증빙, 심판원 판단을 별도 표로 나눴는가
• 원문에서 가려진 금액을 추정하지 않았는가
• 주위적 본세 쟁점과 예비적 가산세 쟁점을 나눠 청구했는가

참고 자료

• 조세심판원 조심2025구4126 결정문, 2026.7.16.
• 국세기본법 제14조, 제47조, 제48조
• 소득세법 제88조, 제89조, 제95조, 제98조
• 소득세법 시행령 제154조, 제162조
• 소득세법 시행규칙 제78조
• 대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결. 심판원 판단이 같은 뜻으로 직접 참조했다.
• 조심2025구1753. 처분청이 동일 쟁점의 선결정례로 제시했으나 심판원은 이 사건의 가등기 시점과 확정일자 등 사실관계를 들어 구별했다.
• 조심2020서8061, 국심2004서4728, 국심2001중1090, 조심2010서2712. 원문에서 양측 주장의 비교 근거로 언급되었다.

이 글은 공개 결정문에 나타난 사실과 판단에 닫혀 있다. 계약서와 표의 가려진 내용, OOO로 처리된 금액, 공개되지 않은 당사자 사정은 보충하지 않았다.