[취소] 등기 전 배타적 이용이 시작된 부동산의 공급시기 (조심2026부1569)

부동산의 부가가치세 공급시기는 언제나 잔금청산일이나 소유권이전등기일로 정해지는가. 이 사건에서 잔금청산일, 소유권이전등기일과 세금계산서 발행일은 2020.7.29.이었다. 처분청 의견에 따르면 매매계약서상 인도일과 근저당권설정일도 같은 날이었다. 청구인도 당초 이날을 공급시기로 삼아 2020년 제2기 부가가치세를 신고했다.

그러나 매수인 측의 실제 행위는 등기보다 앞섰다. 매수인 측은 2020.6.15. 쟁점건물에 관한 액화석유가스 특정사용시설 완성검사증명서를 발급받았고, 2020년 6월경 식당 영업을 위한 배수공사와 내부 인테리어 공사를 진행했다. 2020.6.26. 매매계약을 체결해 임차인의 지위에서 매수인의 지위로 바뀌었으며, 2020.6.30.에도 인테리어 공사대금을 지급했다. 2020.7.10.에는 쟁점건물 소재지를 영업장으로 하는 영업신고증까지 발급받았다.

조세심판원은 이 행위들을 종합해 청구인이 늦어도 2020.6.26. 매매계약 체결 무렵 매수인으로 하여금 사실상 소유자로서 쟁점부동산을 배타적으로 이용할 수 있도록 점유를 이전했다고 판단했다. 공급시기는 소유권이전등기일이 아니라 2020년 제1기에 속했다. 그 결과 원칙적인 5년의 부과제척기간은 2025.7.25. 만료되었고, 2025.12.4.과 2025.12.5. 이루어진 2020년 제2기 부가가치세 부과처분은 취소되었다.

이 결정의 핵심은 단순히 등기 전 공사가 있었다는 데 있지 않다. 공급받는 사람이 사실상 소유자로서 부동산을 배타적으로 이용할 수 있도록 점유가 넘어갔는지를 실제 행위의 묶음으로 판단했다는 데 있다. 반대로 토지와 건물의 가액 구분이 적정한지는 공급시기 쟁점이 받아들여져 심리의 실익이 없다는 이유로 판단되지 않았다.

사건 개요

주문은 다음과 같다.

주문: 부산강서세무서장이 2025.12.4. 및 2025.12.5. 청구인에게 한 2020년 제2기 부가가치세 OOO원 및 OOO원(납부지연가산세)의 각 부과처분은 이를 취소한다.

공개 원문은 매매대금, 임대보증금, 건물 공급가액, 기준시가 안분가액, 세액을 OOO로 가리고 있다. 원문 표도 ○○○로 표시되어 세부 금액을 확인할 수 없다. 따라서 이 글은 공개 원문에서 확인되지 않는 금액을 추정하지 않는다.

사실관계 구조

2016.6.28. 청구인이 부산도시공사에서 쟁점토지 분양
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2020.1.6. 쟁점토지 취득
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쟁점건물 신축
  ├─ 2020.5.13. 사용승인
  └─ 2020.6.12. 소유권보존등기
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  ▼
임대차 단계
  ├─ 2019.11.27. 임대보증금 일부 수령
  ├─ 2020.5.22. 임대보증금 일부 수령
  └─ 임차인 A에게 쟁점부동산을 임대하기로 함
  │
  ▼
매수인 측의 등기 전 이용과 영업 준비
  ├─ 2020.6.15. 액화석유가스 특정사용시설 완성검사증명서 발급
  ├─ 2020년 6월경 식당 배수공사·내부 인테리어 공사 진행
  ├─ 2020.6.26. 매매계약 체결, 임차인에서 매수인으로 지위 전환
  ├─ 2020.6.29. 토지·건물 가액을 나누어 재계약
  ├─ 기존 임대차 파기와 임대보증금의 계약금 상계
  ├─ 2020.6.30. 인테리어 공사대금 지급
  └─ 2020.7.10. 쟁점건물 소재지 영업신고증 발급
  │
  ▼
2020.7.29.
  ├─ 잔금청산
  ├─ 처분청 의견에 따르면 근저당권 설정
  ├─ 소유권이전등기
  └─ 세금계산서·계산서 발행
  │
  ▼
2021.1.18. 청구인이 2020년 제2기 부가가치세 신고
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  ▼
처분청의 기준시가 안분
  ├─ 신고한 건물가액과 기준시가 안분가액이 100분의 30 이상 차이 난다고 판단
  └─ 2025.12.4. 및 2025.12.5. 부가가치세와 납부지연가산세 경정·고지
  │
  ▼
2026.2.19. 심판청구
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  ▼
조세심판원
  ├─ 늦어도 2020.6.26. 사실상 소유자로서 배타적 이용이 가능했다고 판단
  ├─ 공급시기는 2020년 제1기에 속한다고 판단
  ├─ 원칙적인 5년의 부과제척기간은 2025.7.25. 만료되었다고 판단
  ├─ 2020년 제2기를 전제로 한 처분 취소
  └─ 토지·건물 안분 쟁점은 심리 실익이 없어 판단 생략

사실관계의 흐름에는 세 층위가 있다. 첫째는 계약과 등기다. 2020.6.26. 최초 매매계약이 체결되었고, 2020.6.29. 토지와 건물 가액을 구분한 재계약이 이루어졌다. 잔금청산과 이전등기는 2020.7.29. 이루어졌다.

둘째는 현실의 이용이다. 매수인 측은 등기 전에 가스시설 완성검사를 받고 식당 운영에 필요한 공사를 진행했으며 공사대금을 지급하고 영업신고증을 발급받았다. 심판원은 이 일련의 행위를 매수인이 단순한 임차인으로 공간을 쓰는 단계를 넘어 사실상 소유자의 지위에서 부동산을 이용했다는 근거로 보았다.

셋째는 신고와 과세다. 청구인은 등기일을 기준으로 2020년 제2기 부가가치세를 신고했다. 처분청은 같은 과세기간을 전제로 건물 공급가액을 기준시가에 따라 다시 안분해 세액을 고지했다. 그러나 심판원은 공급시기 자체가 2020년 제1기라고 판단했다. 과세기간이 바뀌면서 이미 부과제척기간이 지난 거래가 되었고, 공급가액 안분의 적정성을 더 판단할 필요가 없어졌다.

핵심 쟁점

1. 부동산이 이용가능하게 된 때는 언제인가

부가가치세법 제15조 제1항 제2호는 재화의 이동이 필요하지 않은 경우 재화가 이용가능하게 되는 때를 공급시기로 정한다. 부동산은 물리적으로 옮겨 인도하는 재화가 아니므로, 누가 언제 현실적으로 이용할 수 있게 되었는지가 중심이 된다.

원칙적인 기준은 명도받기로 한 때다. 이 사건의 매매계약서상 인도일은 2020.7.29.이었고, 잔금청산과 이전등기도 같은 날 이루어졌다. 형식 자료만 보면 2020년 제2기라는 처분청 의견에 힘이 실린다.

다만 등기나 잔금청산 전이라도 거래상대방에게 점유가 넘어가 사실상 소유자로서 부동산을 배타적으로 이용하고 처분할 수 있게 되었다면 실제 점유 이전 시점이 공급시기가 될 수 있다. 따라서 이 사건의 첫 번째 쟁점은 2020.6.26. 무렵 매수인 측의 점유가 단순한 임차인의 사용인지, 매수인의 지위에서 하는 배타적 이용인지였다.

2. 등기 전 공사와 영업 준비가 배타적 이용을 뒷받침하는가

등기 전 공사만으로 공급시기가 당겨지는 것은 아니다. 임차인도 임대인의 허락을 받아 내부공사를 할 수 있기 때문이다. 이 사건에서는 매수인 측이 공사를 했다는 한 가지 사실 외에 가스시설 완성검사, 매매계약 체결, 임대차 파기와 보증금의 계약금 상계, 인테리어 공사대금 지급, 영업신고증 발급이 이어졌다.

심판원은 매수인 측이 2020.6.26. 매매계약을 체결함으로써 임차인에서 매수인으로 지위가 바뀌었다고 보았다. 그리고 그 전후의 공사와 영업 준비가 청구인의 동의 아래 계속되었다는 점을 결합했다. 즉 공사 하나가 아니라 계약상 지위의 전환과 실제 이용 행위의 연속성이 배타적 이용 판단을 뒷받침했다.

3. 당초 신고와 다른 공급시기를 주장할 수 있는가

청구인은 2020.7.29. 세금계산서를 발행하고 2020년 제2기 부가가치세를 신고했다. 토지 등 매매차익 예정신고에도 양도일을 2020.7.29.로 기재했다. 처분청은 청구인이 신고·납부한 뒤 공급시기를 2020년 제1기로 소급해 주장하는 것은 이치에 맞지 않고 세수 일실을 초래할 수 있다고 보았다.

심판원은 당초 신고 내용 자체를 공급시기의 결정적 근거로 삼지 않았다. 법에서 정한 공급시기는 당사자가 세금계산서에 적은 날짜나 신고한 과세기간만으로 확정되는 것이 아니라 실제 이용가능 시기에 따라 판단해야 한다고 본 결과다. 다만 이 결정은 당초 신고와 다른 주장이 언제나 받아들여진다는 뜻이 아니다. 이 사건에서는 신고와 다른 실제 점유 이전을 뒷받침하는 여러 객관적 사정이 있었다.

4. 공급시기 변경이 부과제척기간에 미친 영향은 무엇인가

공급시기가 2020.7.29.이면 거래는 2020년 제2기에 속한다. 반면 공급시기가 2020.6.26.이면 2020년 제1기에 속한다. 과세기간의 차이는 단순한 신고 시기 문제가 아니라 부과제척기간의 기산일과 만료일을 바꾼다.

심판원은 청구인이 2020년 제1기 부가가치세 확정신고를 한 사실을 확인했다. 따라서 무신고에 적용되는 7년의 제척기간을 적용하지 않았다. 부정한 행위로 세액을 포탈했다고 볼 사정도 나타나지 않아 10년의 제척기간도 적용하지 않았다. 원칙적인 5년이 적용되었고, 2020년 제1기 확정신고기한 다음 날인 2020.7.26.부터 계산한 제척기간은 2025.7.25. 만료되었다.

5. 토지와 건물의 가액 안분은 적정했는가

처분청은 청구인이 구분한 건물 실지거래가액이 기준시가로 안분한 건물가액과 100분의 30 이상 차이가 난다고 보았다. 이에 부가가치세법 제29조 제9항 제2호와 같은 법 시행령 제64조에 따라 건물 공급가액을 안분해 과세했다.

청구인은 신축과 리모델링에 든 비용, 토지 분양가액, 감정평가가액 등을 근거로 신고가액이 실지거래가액이고 조세회피 목적도 없다고 주장했다. 처분청은 법문이 정한 100분의 30 이상 차이 요건이 충족되면 안분 규정을 적용해야 하며, 청구인이 든 감정평가가액도 법령상 인정되는 기간과 조건을 충족하지 못한다고 맞섰다.

그러나 심판원은 이 쟁점을 판단하지 않았다. 공급시기 쟁점만으로 처분을 취소할 수 있어 안분 쟁점을 심리할 실익이 없다고 보았다. 따라서 이 결정에서 청구인이 구분한 토지·건물 가액이 적정하다고 인정되었다거나, 조세회피 목적이 없으면 100분의 30 차이 규정을 적용하지 않아도 된다는 결론을 끌어내면 안 된다.

청구인 주장

1. 공급시기는 2020.6.26.이라는 주장

청구인은 쟁점부동산의 임대차계약이 파기되고 매수인들이 실제로 이용할 수 있게 된 2020.6.26.이 공급시기라고 주장했다. 부동산의 공급시기는 원칙적으로 소유권이전등기일이지만, 등기 전에 실제 양도해 사용·수익하게 했다면 실제 사용·수익이 가능한 날을 기준으로 해야 한다는 부가가치세법 집행기준을 근거로 들었다.

청구인에 따르면 자신은 쟁점건물 리모델링 공사를 2020.5.22.부터 2020.5.27.까지 실시했고, 임차인은 2020년 6월부터 식당 운영에 필요한 바닥 배수공사, 주방 인테리어와 전기공사 등을 진행했다. 매수인들은 금융기관 대출을 통해 쟁점부동산을 취득하기로 정한 뒤 2020.6.26. 토지와 건물 가액을 나누지 않은 매매계약서를 작성했고, 2020.6.29. 토지와 건물 가액을 구분해 다시 작성했다.

청구인은 2020.6.29. 기존 임대차계약을 파기하고 이미 받은 임대보증금 OOO원을 매매계약금과 상계하기로 했다고 주장했다. 매수인들이 잔금을 지급하기 전에도 청구인의 허락 아래 배수공사와 내부 인테리어 공사를 계속했고, 2020.6.30. 마무리 공사를 한 뒤 시공업자들에게 공사대금을 지급했다고 설명했다. 소유자인 청구인의 동의가 없었다면 매수인들이 이런 공사를 할 수 없었을 것이라는 주장이다.

매수인 측이 2020.6.15. 액화석유가스 특정사용시설 완성검사증명서를 발급받고, 2020.7.10. 쟁점건물 소재지를 영업장으로 하는 영업신고증을 발급받아 2020.7.10.을 개업일자로 음식점을 운영한 사실도 들었다. 이런 자료는 2020.7.29. 이전부터 음식점 영업을 위한 내부공사와 준비가 진행되었음을 보여준다고 주장했다.

매매계약에는 부동산 사용시점에 관한 별도 특약이 없었다. 청구인은 이런 경우 실제 사용·수익한 날을 찾아야 하며, 매수인들이 2020.6.26.부터 식당 영업에 필요한 공사를 진행하며 쟁점건물을 이용했으므로 그날을 공급시기로 보아야 한다고 주장했다.

2. 신고한 건물가액은 실지거래가액이라는 주장

청구인은 토지와 건물의 가액이 분명하고 쟁점건물을 신축한 뒤 곧바로 양도했으므로, 자산별 가액을 자의적으로 나누어 조세를 피하려는 목적이 없었다고 주장했다. 부가가치세법 제29조 제9항의 개정 이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지라는 점에 비추어 기준시가로 단순 안분한 처분은 부당하다는 논리다.

청구인은 쟁점건물 신축 거래에 관해 정상적으로 세금계산서를 발급받아 신고했고, 건물 신축가액과 리모델링 공사비, 건축설계비 등 부대비용을 합친 금액을 실제 취득금액으로 제시했다. 2020년 제1기 확정 부가가치세 신고 때 매입세금계산서에 따라 환급받은 사실도 들었다. 이를 근거로 매수인들에게 발행한 건물 매출세금계산서상 공급가액이 실지거래가액이라고 주장했다.

또한 쟁점토지는 부산도시공사에서 분양받았고 쟁점건물은 신축 직후 양도되었는데도 기준시가 안분 결과가 실제 분양가와 건축비에서 크게 벗어난다고 지적했다. 금융기관 대출을 위해 이루어진 토지와 건물의 감정평가가액에 리모델링 공사비를 더한 값으로 안분하면 처분청의 기준시가 안분과 다른 결과가 나온다고 주장했다.

이는 모두 청구인의 주장이다. 심판원은 공급시기 쟁점을 받아들여 처분을 취소했으므로, 신고가액의 적정성에 관한 이 주장을 별도로 인정하거나 배척하지 않았다.

처분청 의견

1. 공급시기는 2020.7.29.이라는 의견

처분청은 부동산 인도일, 잔금지급일, 근저당권설정일, 소유권이전등기일과 세금계산서 발행일이 모두 2020.7.29.로 일치하고, 매매계약서에 사용·수익에 관한 별도 특약도 없으므로 이날을 공급시기로 보아야 한다고 주장했다.

부동산이 이용가능하게 되는 때는 원칙적으로 부동산을 명도받기로 한 때이고, 2020.6.29.자 매매계약서 제2조에 적힌 인도일은 2020.7.29.이라는 의견이다. 따라서 계약서상 인도일에 앞서 매수인에게 배타적인 점유가 넘어갔다고 보기 어렵다고 했다.

처분청은 리모델링 공사 시기에 관한 자료가 일치하지 않는 점도 지적했다. 청구인이 제시한 공사계약서상 기간은 2020.6.20.부터 2020.7.10.까지였지만, 작업일보에는 2020.5.22.부터 2020.5.27.까지로 적혀 있었다. 공사계약서에는 공사비를 공사 완료 후 지급하는 것으로 적혀 있고 실제 지급일은 2020.7.8.이므로, 2020.6.26. 소유권이 매수인에게 이전되었다고 볼 수 없다고 했다.

음식점을 영위한 임차인이 쟁점부동산으로 이전한 시점이 2021.6.8.이라는 점도 들었다. 매수인 측의 공사 시점과 실제 음식점 이전 시점 사이에 차이가 크고, 청구인의 동의가 매수인에게 배타적 이용을 허락한 것이라고 볼 객관적 근거도 없다는 의견이다.

처분청 의견에 따르면 매수인들은 2020.7.29. 근저당권을 설정하고 매매대금 대부분을 지급했으며, 청구인도 같은 날 이전등기와 세금계산서 발행을 마쳤다. 처분청은 이 사정들을 종합하면 매수인이 현실적으로 이용할 수 있게 된 날은 2020.7.29.이라고 보았다.

청구인이 2020년 제2기 거래로 신고·납부한 뒤 공급시기를 2020년 제1기로 바꾸어 주장하는 것은 이치에 맞지 않고, 2020.6.26.을 공급시기로 보면 2020년 제1기 부가가치세의 제척기간이 지나 세수 일실이 생길 수 있다는 의견도 냈다.

2. 기준시가 안분은 법문에 따른 것이라는 의견

처분청은 청구인이 구분한 토지와 건물 가액이 기준시가에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호와 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분한 금액을 공급가액으로 해야 한다고 주장했다.

청구인이 제시한 2020.5.14. 건물 감정평가액은 리모델링 공사 전의 가액이라 공사비가 반영되지 않았고, 2019.10.7. 토지 감정평가액은 처분청이 전제로 삼은 2020.7.29. 공급시기를 기준으로 하면 전전 과세기간의 평가액이어서 시행령이 정한 범위에 들지 않는다고 보았다.

또한 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 줄이거나 넓혀 해석할 수 없다고 주장했다. 법에서 정한 차이 요건이 충족된 이상 청구인에게 조세회피 목적이 없다는 사정만으로 안분 규정의 적용을 배제할 수 없다는 의견이다.

이 안분 관련 의견 역시 심판원의 최종 판단이 아니다. 심판원은 안분 규정의 적용 여부를 판단하지 않았다.

증거와 확인된 사실

원문은 청구인과 처분청이 제시한 심리자료를 토대로 다음 사실을 확인했다고 적고 있다. 다만 공개 원문의 표 내용은 ○○○로 가려져 있어 표 안의 세부 항목과 금액은 확인할 수 없다.

1. 부동산 취득과 신축 자료

• 청구인은 2016.6.28. 부산도시공사에서 쟁점토지를 분양받았다.
• 2020.1.6. 쟁점토지를 취득했다.
• 쟁점토지 위에 근린생활시설 건물을 신축해 2020.5.13. 사용승인을 받았다.
• 2020.6.12. 쟁점건물의 소유권보존등기를 마쳤다.
• 구체적인 취득·신축 경과는 원문 표2에 정리되어 있으나 공개 원문에는 ○○○로 표시되어 있다.

2. 임대차와 매매계약 자료

• 청구인은 임차인 A에게 쟁점부동산을 임대하기로 했다.
• 2019.11.27.과 2020.5.22. 임대보증금 OOO원과 OOO원을 받아 합계 OOO원을 수령했다.
• 임차인 A와 그 동생 B가 매수 의사를 표시했다.
• 2020.6.26. 토지와 건물의 가액을 나누지 않고 매매대금 OOO원으로 하는 매매계약을 체결했다.
• 2020.6.29. 기존 계약을 취소하고 토지 OOO원, 건물 OOO원과 별도 부가가치세로 가액을 나누어 재계약했다.
• 매매계약서에는 기존 임대차계약을 파기하고 임대보증금 OOO원을 계약금과 상계한다는 특약이 있었다.
• 사용·수익 시점을 따로 정한 특약은 없었다.
• 매매계약과 소유권 이전의 구체적인 경위는 원문 표3에 정리되어 있으나 공개 원문에는 ○○○로 표시되어 있다.

3. 공사와 영업 준비 자료

• 매수인 측은 2020.6.15. 한국가스안전공사에서 쟁점건물에 관한 액화석유가스 특정사용시설 완성검사증명서를 발급받았다.
• 2020년 6월경 쟁점건물에서 식당 운영을 위한 배수공사와 내부 인테리어 공사 등을 진행했다.
• 2020.6.30.에도 인테리어 공사대금을 지급한 사실이 확인되었다.
• 2020.7.10. 쟁점건물 소재지를 영업장으로 하는 영업신고증을 발급받았다.
• 매수인 측 공사와 영업 관련 경과는 원문 표4에 정리되어 있으나 공개 원문에는 ○○○로 표시되어 있다.

4. 리모델링 공사 시기 자료의 차이

청구인은 자신의 리모델링 공사가 2020.5.22.부터 2020.5.27.까지 이루어졌다고 주장했다. 반면 공사계약서에는 공사기간이 2020.6.20.부터 2020.7.10.까지로 적혀 있었다. 리모델링 공사업체가 발급한 세금계산서상 거래일은 2020.6.30.이었다.

이 세 자료는 서로 다른 날짜를 가리킨다. 심판원은 리모델링 공사의 정확한 시작일 하나를 확정해 결론을 내린 것이 아니라, 매수인 측의 가스시설 검사, 2020년 6월경 공사, 매매계약에 따른 지위 전환, 2020.6.30. 공사대금 지급과 2020.7.10. 영업신고를 묶어 판단했다.

5. 계좌출금 자료와 처분청의 반론

청구인은 매수인들이 등기 전에 내부공사를 했다는 증거로 매수인들의 계좌출금내역이 확인되는 폰뱅킹 화면을 제출했다. 처분청은 매입세금계산서상 금액이 일치하지 않는다는 등의 이유로 그 출금이 쟁점건물 내부공사와 관련된 것이라고 단정하기 어렵다고 주장했다.

공개 원문은 처분청의 세부 검토 결과를 담은 표5를 ○○○로 표시한다. 따라서 어떤 지급 항목에서 얼마의 차이가 났는지는 확인할 수 없다. 다만 심판원은 2020.6.30.에도 인테리어 공사대금이 지급된 사실 자체를 최종 판단의 한 근거로 들었다.

6. 잔금, 등기, 세금계산서와 신고 자료

• 2020.7.29. 잔금이 청산되고 소유권이전등기가 이루어졌다.
• 처분청 의견에 따르면 같은 날 근저당권도 설정되었다.
• 청구인은 2020.7.29. 매수인에게 세금계산서와 계산서를 발행했다.
• 2021.1.18. 2020년 제2기 부가가치세를 신고했다.
• 2020.9.30. 토지 등 매매차익 예정신고를 하면서 양도일을 2020.7.29.로 적었다.
• 신고가액과 안분가액의 구체적인 내용은 원문 표6에 정리되어 있으나 공개 원문에는 ○○○로 표시되어 있다.

잔금청산, 소유권이전등기, 세금계산서 발행과 신고 자료는 처분청 의견을 뒷받침하는 형식적 지표다. 근저당권 설정은 처분청 의견에만 나타나며, 심판원이 확인하거나 최종 판단의 근거로 삼은 사실로 볼 수 없다. 심판원은 등기 전 매수인 측의 실제 점유와 이용 행위를 근거로 공급시기를 판단했다.

관련 법령

1. 부가가치세법 제15조 제1항 제2호

원문에 실린 문언은 다음과 같다.

부가가치세법 제15조 제1항: 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제2호: 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때

이 사건에서 쟁점부동산은 이동이 필요한 재화가 아니므로, 공급시기는 매수인이 이용가능하게 된 때를 기준으로 정한다. 문제는 이용가능이라는 법률상 기준을 등기, 계약상 인도일, 현실의 점유와 사용 가운데 무엇으로 확인할지다.

2. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호

원문에 실린 문언은 다음과 같다.

부가가치세법 제29조 제9항: 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

제2호: 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

이 규정은 처분청이 건물 공급가액을 다시 계산한 근거다. 다만 심판원은 이 규정이 이 사건에 어떻게 적용되는지 판단하지 않았다.

3. 부가가치세법 시행령 제64조 제1항

원문에 실린 제1항과 제1호·제2호의 문언은 다음과 같다.

부가가치세법 시행령 제64조 제1항: 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

제1호: 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

제2호: 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

위 인용은 공개 결정문 별지에 실린 문언을 그대로 옮긴 것이다. 이 조항의 실체 판단은 이 사건에서 이루어지지 않았다.

4. 부가가치세법 집행기준 15-28-3

원문에는 다음 기준이 실려 있다.

부가가치세법 집행기준 15-28-3 제1항: 부동산을 양도하는 경우의 공급시기는 해당 부동산이 이용가능하게 되는 때이며, 이용가능하게 되는 때란 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하지만, 당사자간 특약에 따라 소유권이전등기일 전에 실제 양도하여 사용·수익하거나 잔금 미지급 등으로 소유권이전등기일 이후에도 사용·수익할 수 없는 사실이 객관적으로 확인되는 때에는 실제로 사용·수익이 가능한 날을 말한다.

청구인은 이 기준을 직접 원용했다. 심판원 판단은 등기 전이라도 사실상 소유자로서 배타적 이용이 가능하도록 점유가 이전되었다면 그때가 공급시기가 된다는 법리를 제시했다.

5. 국세기본법 제26조의2

심판원은 공급시기를 2020년 제1기로 본 뒤 부과제척기간을 판단했다. 결정문에 따르면 국세기본법 제26조의2 제1항은 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 5년으로 정하고, 같은 조 제2항은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우 7년, 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우 10년을 적용하도록 정한다.

이 사건에서는 청구인이 2020년 제1기 부가가치세 확정신고를 한 사실이 확인되어 무신고가 아니었다. 부정행위도 확인되지 않았다. 이에 원칙적인 5년이 적용되었다.

6. 국세기본법 제80조의2와 제65조 제1항 제3호

심판원은 청구주장이 이유 있다고 보아 국세기본법 제80조의2와 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정했다. 이 조항들은 심판청구에 대한 결정과 인용 결정의 근거로 제시되었다.

심판원 판단 단계별 분석

1단계. 법률상 출발점은 이용가능 시기다

심판원은 부가가치세법 제15조 제1항 제2호에서 출발했다. 이동이 필요하지 않은 재화는 재화가 이용가능하게 되는 때가 공급시기다. 부동산의 경우 원칙적으로 명도받기로 한 때가 실제 이용가능 시기가 된다.

이 원칙만 보면 매매계약서상 인도일인 2020.7.29.이 기준이 될 수 있다. 그날 잔금청산과 이전등기가 이루어졌고 세금계산서도 발행되었기 때문이다. 근저당권 설정은 처분청 주장에만 나타나는 사정이므로 이 판단 단계의 근거에서 제외한다.

2단계. 등기와 잔금 전에도 공급시기가 성립할 수 있다는 예외 기준을 세웠다

심판원은 매매대금 청산이나 이전등기 전이라도 거래상대방이 사실상 소유자로서 부동산을 배타적으로 이용하고 처분할 수 있도록 점유를 이전받았다면 그때가 공급시기라고 보았다.

여기서 기준은 단순한 출입이나 제한된 사용이 아니다. 사실상 소유자의 지위, 배타적 이용과 처분 가능성, 점유 이전이 함께 요구된다. 등기 전 점유가 임대차에 따른 것인지 매매에 따른 것인지도 구분해야 한다.

3단계. 매수인 측의 등기 전 행위를 시간 순서로 확인했다

심판원은 다음 행위를 확인했다.

1. 매수인 측은 2020.6.15. 한국가스안전공사에서 쟁점건물에 관한 액화석유가스 특정사용시설 완성검사증명서를 발급받았다.
2. 2020년 6월경 식당 운영을 위한 배수공사와 내부 인테리어 공사를 진행했다.
3. 2020.6.26. 매매계약을 체결했다.
4. 매매계약으로 임차인의 지위에서 매수인의 지위로 바뀌어 쟁점부동산을 점유하고 사용한 것으로 보았다.
5. 2020.6.30.에도 인테리어 공사대금을 지급한 사실을 확인했다.
6. 2020.7.10. 쟁점건물 소재지를 영업장으로 하는 영업신고증을 발급받았다.

각 사실은 서로 다른 기능을 한다. 가스시설 검사와 공사대금 지급은 실제 영업 준비와 비용 부담을 보여준다. 매매계약은 점유의 법적·경제적 성격이 임차에서 매수로 바뀌는 분기점이다. 영업신고증은 등기 전부터 해당 장소를 영업장으로 구체화했다는 사정을 보탠다.

4단계. 청구인의 동의 없이는 하기 어려운 행위라는 점을 고려했다

심판원은 쟁점건물 소유자인 청구인의 동의가 없었다면 매수인이 잔금청산 전에 공사와 영업 준비를 하기 어려웠을 것으로 보았다. 이는 청구인이 매수인 측의 이용을 사실상 허용했다는 판단을 뒷받침했다.

다만 이 문장을 모든 공사에 일반화하면 안 된다. 임차인도 임대인의 동의 아래 공사할 수 있기 때문이다. 이 사건에서는 매수인 측이 이미 매매계약을 체결해 임차인에서 매수인으로 지위가 바뀌었고, 공사·검사·대금지급·영업신고가 이어졌다는 전체 사정 속에서 청구인의 동의가 평가되었다.

5단계. 늦어도 2020.6.26. 점유가 사실상 이전되었다고 판단했다

심판원은 위 사정을 종합해 청구인이 늦어도 2020.6.26. 매매계약 체결 무렵 매수인으로 하여금 사실상 소유자로서 쟁점부동산을 배타적으로 이용할 수 있도록 점유를 이전했다고 판단했다.

결정문은 가스시설 완성검사가 2020.6.15. 이루어졌다는 사실도 인정했지만 공급시기를 2020.6.15.로 정하지 않았다. 당시 매수인 측은 아직 임차인 지위에 있었을 수 있기 때문이다. 심판원은 매매계약 체결로 지위가 전환된 2020.6.26.을 늦어도 공급이 이루어진 시점으로 잡았다.

6단계. 공급 과세기간을 2020년 제1기로 바꾸었다

2020.6.26.은 2020년 제1기에 속한다. 따라서 2020.7.29.을 기준으로 2020년 제2기 거래라고 본 청구인의 당초 신고와 처분청 과세의 전제가 무너졌다.

심판원은 당초 세금계산서 발행일과 신고 과세기간보다 실제 이용가능 시기를 우선했다. 이 판단은 세금계산서 날짜를 사후에 임의로 바꿀 수 있다는 뜻이 아니라, 법정 공급시기를 객관적 사실에 따라 찾아야 한다는 뜻이다.

7단계. 무신고와 부정행위가 없다고 보아 5년의 제척기간을 적용했다

심판원은 청구인이 2020년 제1기 부가가치세 확정신고를 한 사실을 확인했다. 쟁점부동산 매출을 그 신고에 넣지 않았더라도 해당 과세기간 자체에 관한 확정신고서를 제출했으므로 무신고에 해당한다고 보지 않았다.

달리 청구인이 부정한 행위로 부가가치세를 포탈했다고 볼 사정도 나타나지 않았다. 이에 무신고 7년이나 부정행위 10년이 아니라 원칙적인 5년의 부과제척기간을 적용했다.

8단계. 2025.7.25. 제척기간 만료를 계산했다

2020년 제1기 부가가치세의 확정신고기한은 2020.7.25.이었다. 심판원은 쟁점 거래의 부과제척기간 기산일을 그 다음 날인 2020.7.26.으로 보았다. 5년이 지난 2025.7.25. 제척기간이 만료되었다.

처분은 2025.12.4.과 2025.12.5. 이루어졌다. 따라서 공급시기가 2020년 제1기라면 이미 부과제척기간이 지난 뒤였다. 심판원은 2020년 제2기를 전제로 한 처분에 잘못이 있다고 판단하고 각 부과처분을 취소했다.

9단계. 공급가액 안분 쟁점은 판단하지 않았다

첫 번째 쟁점이 받아들여져 처분 전체가 취소되므로, 심판원은 청구인이 구분한 건물가액을 인정할지 기준시가로 안분할지 더 판단할 실익이 없다고 보았다.

따라서 이 사건의 결론은 다음과 같이 좁게 읽어야 한다.

• 심판원은 등기 전 실제 점유와 이용 자료를 근거로 공급시기를 2020년 제1기로 판단했다.
• 그 과세기간에 원칙적인 5년의 부과제척기간을 적용해 처분을 취소했다.
• 청구인이 신고한 건물가액이 실지거래가액으로 타당하다고 판단하지 않았다.
• 조세회피 목적이 없으면 부가가치세법 제29조 제9항 제2호를 적용하지 않아도 된다고 판단하지 않았다.
• 청구인이 제시한 감정평가가액이 시행령상 유효하다고 판단하지 않았다.

법리 기준 비교

원문에는 참조결정과 따른결정이 기재되어 있지 않다. 검증되지 않은 다른 사건번호를 덧붙이지 않고, 이 사건을 읽을 때 필요한 법리 기준만 비교한다.

이 비교에서 중요한 것은 어느 한 날짜만 보는 것이 아니라는 점이다. 등기일, 잔금일, 인도일, 세금계산서 발행일은 강한 형식 자료지만 절대적인 기준은 아니다. 반대로 등기 전 공사나 출입이 있다는 사실만으로 공급시기가 앞당겨지는 것도 아니다. 계약상 지위, 점유 이전, 배타적 이용, 본래의 경제적 목적에 따른 사용, 비용 부담과 영업 준비가 같은 방향을 가리키는지 살펴야 한다.

또한 공급시기와 공급가액은 다른 쟁점이다. 공급시기가 먼저 결정되어 과세 자체가 제척기간을 넘겼다면 공급가액 안분을 판단할 필요가 사라질 수 있다. 하지만 다른 사건에서 제척기간 문제가 없다면 토지와 건물의 실지거래가액 구분, 기준시가와의 차이, 감정평가가액의 인정 기간을 별도로 검토해야 한다.

실무 시사점

1. 부동산 공급시기는 등기자료만으로 닫히지 않는다

부동산 양도 자료를 검토할 때 잔금청산일과 이전등기일을 먼저 보는 것은 맞다. 다만 등기 전 사용이 시작되었다면 실제 이용가능 시기를 별도로 확인해야 한다. 특히 매수인이 자신의 사업을 위해 시설검사, 공사, 인허가, 영업신고를 진행했다면 공급시기가 앞당겨질 가능성을 검토할 필요가 있다.

2. 임대차에서 매매로 지위가 바뀐 날짜가 중요하다

이 사건의 매수인 측은 처음부터 매수인만은 아니었다. 임차인 A와 그 동생 B가 매수 의사를 표시했고, 2020.6.26. 매매계약을 체결하면서 임차인에서 매수인으로 지위가 바뀌었다. 같은 공간에서 같은 공사를 하더라도 임차인의 공사인지 사실상 소유자인 매수인의 공사인지에 따라 의미가 달라진다.

계약이 전환될 때에는 기존 임대차의 종료일, 보증금의 계약금 상계일, 열쇠와 출입권한의 이전, 시설 관리 책임, 공사 승인과 비용 부담을 문서로 남겨야 한다.

3. 실제 이용을 보여주는 자료는 서로 연결되어야 한다

이 사건에서는 가스시설 완성검사증명서, 배수·인테리어 공사, 매매계약, 공사대금 지급과 영업신고증이 시간 순서로 이어졌다. 하나의 자료만으로 배타적 이용을 단정한 것이 아니다.

등기 전 공급시기를 주장해야 하는 경우 다음 자료를 한 묶음으로 정리하는 것이 좋다.

• 열쇠와 출입권한을 넘긴 기록
• 기존 임대차 종료와 매매계약 전환 자료
• 매수인 명의의 공사계약서, 작업일보, 세금계산서와 계좌이체 내역
• 전기·가스·수도 사용 명의와 사용량
• 시설검사와 영업허가·신고 자료
• 보험 가입, 시설 관리와 위험 부담의 이전 자료
• 매도인의 동의 범위와 매수인의 배타적 사용을 보여주는 서면

자료의 날짜가 서로 충돌하면 신빙성이 떨어질 수 있다. 이 사건에서도 공사계약서, 작업일보, 세금계산서의 날짜가 일치하지 않았다. 다른 자료가 충분해 청구인의 주장이 받아들여졌지만, 계약서와 실제 작업 기록을 일치시켜 두는 것이 안전하다.

4. 세금계산서 발행일과 신고 과세기간을 계약 단계에서 맞춰야 한다

청구인은 2020.7.29. 세금계산서를 발행하고 2020년 제2기로 신고했지만, 심판원은 실제 공급시기를 2020.6.26.으로 판단했다. 공급시기 검토가 늦어지면 세금계산서 작성일, 매출 신고, 매입세액 공제와 가산세 문제가 함께 생길 수 있다.

등기 전에 매수인이 점유하고 공사나 영업을 시작하도록 허용한다면 계약을 체결하기 전에 부가가치세 공급시기를 검토해야 한다. 단순히 등기 예정일에 맞춰 세금계산서를 발행하면 실제 공급시기와 어긋날 수 있다.

5. 공급시기는 부과제척기간까지 바꾼다

공급시기가 2020년 제2기에서 제1기로 바뀌면서 제척기간 만료일도 달라졌다. 이 사건은 공급시기 쟁점이 과세기간 구분을 넘어 처분권의 존속 여부를 결정할 수 있음을 보여준다.

과세자료를 검토할 때에는 다음 순서가 효율적이다.

1. 실제 공급시기를 확정한다.
2. 해당 공급이 속하는 과세기간을 정한다.
3. 해당 과세기간의 법정신고기한과 실제 신고 여부를 확인한다.
4. 무신고나 부정행위 적용 사유가 있는지 구분한다.
5. 적용되는 제척기간과 기산일, 만료일을 계산한다.
6. 과세처분일이 제척기간 안에 있는지 확인한다.

6. 무신고 7년과 부정행위 10년은 자동 적용되지 않는다

심판원은 쟁점 매출이 2020년 제1기 신고에 반영되지 않았다는 이유만으로 무신고 7년을 적용하지 않았다. 청구인이 해당 과세기간의 확정신고서를 제출한 사실이 있었기 때문이다. 부정행위로 세액을 포탈했다고 볼 사정도 나타나지 않아 10년도 적용하지 않았다.

다만 이 결론을 모든 누락 신고에 그대로 적용할 수는 없다. 실제로 과세표준신고서가 제출되었는지, 부정행위가 있었는지는 사건별 자료로 확인해야 한다.

7. 안분 쟁점은 미판단이라는 한계를 지켜야 한다

청구인은 건물 신축비와 리모델링 비용, 감정평가액 등을 근거로 신고한 건물가액이 실지거래가액이라고 주장했다. 그러나 심판원은 이 주장을 판단하지 않았다. 실무에서 이 결정을 토지·건물 가액의 임의 구분이나 감정평가액 인정의 근거로 인용해서는 안 된다.

토지와 건물을 함께 공급할 때에는 계약서의 가액 구분만으로 끝내지 말고, 법정 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 나는지 먼저 계산해야 한다. 감정평가가액을 쓰려면 시행령이 정한 평가기간에 드는지도 확인해야 한다.

실무 체크리스트

계약 전

• 매수인이 등기 전에 출입하거나 공사·영업 준비를 시작하는지 확인한다.
• 기존 임대차가 있다면 종료일과 매매계약 전환일을 구분한다.
• 임대보증금을 매매계약금과 상계하는 날짜와 금액을 계약서에 적는다.
• 등기 전 사용을 허용한다면 사용 범위, 배타성, 관리 책임과 위험 부담을 문서화한다.
• 열쇠와 출입권한을 넘기는 날짜를 기록한다.
• 공급시기와 세금계산서 발행일이 일치하는지 검토한다.

공사와 영업 준비 단계

• 공사계약서, 작업일보, 세금계산서와 대금 지급일이 서로 맞는지 확인한다.
• 공사 발주자와 실제 비용 부담자가 누구인지 확인한다.
• 전기·가스·수도 신청자와 사용 개시일을 확인한다.
• 시설검사증명서, 영업허가·신고증의 신청인과 발급일을 보관한다.
• 매도인의 공사 동의가 단순 임대차상 동의인지 사실상 점유 이전인지 구분할 자료를 남긴다.
• 매수인이 제3자의 출입을 배제하고 시설을 관리할 권한을 가졌는지 확인한다.

세금계산서와 신고 단계

• 잔금일과 등기일만 기계적으로 공급시기로 잡지 않는다.
• 부가가치세법상 이용가능 시기를 별도로 검토한다.
• 계약상 인도일과 실제 점유 이전일이 다르면 그 이유와 증거를 정리한다.
• 토지와 건물의 가액을 나눴다면 법정 안분가액과의 차이를 계산한다.
• 감정평가가액을 사용할 경우 법령이 정한 평가기간을 확인한다.
• 매출 세금계산서와 매수인의 매입세액 공제 과세기간이 서로 일치하는지 확인한다.

세무조사와 불복 단계

• 계약서, 등기부와 세금계산서 같은 형식 자료를 먼저 시간 순서로 정리한다.
• 등기 전 실제 이용을 보여주는 시설검사, 공사, 지급, 인허가 자료를 같은 시간축에 놓는다.
• 당초 신고와 다른 공급시기를 주장한다면 불일치 이유를 객관적 자료로 설명한다.
• 공사 자료의 날짜와 금액이 충돌하는 부분을 숨기지 말고 원인을 확인한다.
• 해당 과세기간의 확정신고서 제출 여부를 확인한다.
• 원칙 5년, 무신고 7년, 부정행위 10년 가운데 어떤 제척기간이 적용되는지 구분한다.
• 법정신고기한 다음 날부터 처분일까지 날짜를 계산한다.
• 공급시기 쟁점과 공급가액 안분 쟁점을 분리해 주장한다.
• 심판원이 판단하지 않은 안분 쟁점을 인용 결정으로 오해하지 않는다.

참고 자료

• 조세심판원 조심2026부1569 결정 원문
• 부가가치세법 제15조 제1항 제2호, 재화의 공급시기
• 부가가치세법 제29조 제9항 제2호, 토지와 건물을 함께 공급하는 경우의 공급가액
• 부가가치세법 시행령 제64조 제1항, 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 안분계산
• 국세기본법 제26조의2, 국세의 부과제척기간
• 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호, 심판청구 결정 근거
• 부가가치세법 집행기준 15-28-3, 부동산 양도의 공급시기

이 글은 공개 결정문에서 확인되는 사실과 판단을 기준으로 정리했다. 원문에 참조결정과 따른결정이 기재되어 있지 않아 별도의 사건번호를 제시하지 않았다. 공개 원문에서 OOO 또는 ○○○로 가려진 금액과 표 내용은 추정하지 않았다.