[취소] 해외자회사 이익잉여금의 자본전입과 해명자료 요구의 재조사 해당 여부 (조심2025서3948)

사건 개요

이 사건은 해외자회사의 이익잉여금 자본전입이 법인세법상 의제배당에 해당하는지와, 앞선 통합세무조사 뒤 해명자료 제출안내 방식으로 다시 자료를 받은 과정이 금지된 재조사에 해당하는지를 함께 판단한 사건이다.

청구법인은 대부업을 주된 업종으로 영위하고 2022.12.31. 현재 해외 현지법인 A의 지분 40%를 보유했다. A는 2020년부터 2022년까지 세 차례에 걸쳐 이익잉여금 총 USD OOO를 자본에 전입했다. 청구법인은 각 사업연도 법인세 신고에서 별도의 의제배당 세무조정을 하지 않았다.

과세관청은 A의 이익잉여금 자본전입으로 청구법인에게 의제배당이 발생했다고 보아 2020년부터 2022년까지의 법인세 합계 OOO원을 경정·고지했다. 청구법인은 자본확충의 목적상 의제배당으로 볼 수 없고, 적어도 2020사업연도분은 이미 세무조사를 받은 기간을 다시 조사해 과세한 것이므로 위법하다고 다퉜다.

조세심판원은 두 쟁점을 나누어 판단했다. 자본전입 부분에서는 이익잉여금을 자본에 전입해 신주를 발행한 사실이 확인되고 이익분여 목적이 없다는 사정은 법이 정한 예외가 아니라며 청구주장을 받아들이지 않았다. 반면 2020사업연도분은 앞선 통합세무조사 뒤 장기간 여러 차례 질문하고 같은 자료와 추가 작성 자료를 요구한 행위가 실질적인 세무조사에 해당하며 재조사 금지규정을 위반했다고 보아 취소했다. 2021년과 2022년 사업연도분은 기각됐다.

주문

남대문세무서장이 2025.6.9. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

주문은 모든 법인세 부과처분을 취소한 것이 아니다. 2020사업연도분만 취소하고 2021년과 2022년 사업연도분에 관한 청구는 기각했다. 따라서 이 사건을 단순한 의제배당 취소 사례로 읽으면 결론을 거꾸로 이해하게 된다. 의제배당에 관한 청구법인의 본안 주장은 받아들여지지 않았고, 2020사업연도분만 조사 절차의 위법 때문에 취소됐다.

사실관계 구조

[해외자회사와 자본전입]

청구법인
  | 2022.12.31. 현재 지분 40% 보유
  v
해외 현지법인 A
  | 2020년부터 2022년까지 세 차례
  | 이익잉여금 총 USD OOO를 자본에 전입
  v
신주 발행과 자본금 증가
  |
  |-- 청구법인: 현지 자본확충 규제에 따른 조치이며 이익분여 목적이 없다고 주장
  `-- 처분청: 법인세법 제16조의 의제배당 요건에 해당한다고 판단

[조사와 과세 절차]

2022.1.18.부터 2022.4.22.
2016년부터 2020년까지 법인제세 통합세무조사
  |
  | 쟁점자본전입 관련 자료가 제출됐는지를 두고 다툼
  v
2024.6.14. 해명자료 제출안내
  | 2021사업연도 A 자본변동표, 현지 순자산규제 자료,
  | 과세대상 여부에 관한 해명자료 등 제출
  v
2025.5.8. 두 번째 해명자료 제출안내
  | 2020년부터 2022년까지 A 자본금과 주식 총수 변동자료 제출
  v
2025.6.9. 2020년부터 2022년까지 법인세 합계 OOO원 경정·고지
  |
  |-- 2020사업연도분: 재조사 금지 위반 여부가 문제 됨
  `-- 2021년·2022년 사업연도분: 의제배당 본안 판단이 유지됨
  v
조세심판원
  |-- 이익잉여금 자본전입은 의제배당 과세요건에 해당
  |-- 이익분여 목적 부재는 법정 예외가 아님
  |-- 2020사업연도 자료 요구는 실질적인 재조사에 해당
  `-- 2020사업연도분 취소, 나머지 청구 기각

원문 안에서 날짜가 충돌하는 부분

원문 처분개요 다항에는 처분청이 의제배당 신고의 적정 여부에 관해 2026.6.14. 청구법인에게 해명자료 제출안내를 통지했다고 적혀 있다. 그러나 처분일은 2025.6.9.이고, 사실관계와 최종 판단에는 첫 해명자료 제출안내일이 2024.6.14.로 적혀 있다. 2026.6.14.는 처분일보다 뒤이므로 세 날짜를 함께 놓으면 시간순서가 성립하지 않는다. 이 글은 원문의 2026.6.14.를 임의로 고치지 않으며, 사건 흐름과 심판원 판단을 설명할 때는 원문 사실관계와 판단 부분에 반복된 2024.6.14.를 그 출처를 밝혀 사용한다.

원문 사실관계 라항에는 처분청이 2025.4.30. 공문으로 현지 금융기관 순자산규제 규정과 의제배당 규정의 관련성 설명을 요청했다고 적혀 있다. 이어 청구법인이 2024.6.20. 신고 누락 지적에 대응해 자료를 준비하면서 정식 요청 이전인 2024.7.5.부터 작성했고 2024.7.22. 제출한 것으로 확인된다고 적혀 있다. 2025.4.30.을 정식 요청일로 보면 2024년의 준비와 제출이 그보다 앞선 것은 가능하지만, 약 9개월 뒤의 요청에 앞서 어떤 경위로 같은 자료를 작성하고 제출했는지는 공개 원문의 가려진 상세 경위 없이는 확정하기 어렵다. 해당 공문 날짜가 다른 자료 요구를 가리키는지, 날짜 표시에 잘못이 있는지 원문만으로 판단할 수 없다.

또한 청구법인은 처분청이 2024년 6월부터 2025년 5월까지 1년 이상 자료를 요구했다고 주장했고, 심판원은 2024.6.14.부터 2025.5.8.까지를 1년 여라고 표현했다. 달력상 두 날짜 사이가 정확히 1년을 넘는지는 별개지만, 이 글은 심판원의 표현을 약 1년 또는 1년 가까운 기간으로 풀어 쓴다. 원문의 날짜 충돌과 기간 표현은 주문, 쟁점, 관련 법령, 최종 판단을 해석할 때 임의로 하나의 다른 날짜로 통일하지 않는다.

핵심 쟁점

1. 해외자회사의 이익잉여금 자본전입은 왜 의제배당이 되는가

법인세법은 다른 법인의 잉여금을 자본에 전입함으로써 내국법인 주주가 취득하는 주식 등의 가액을 원칙적으로 배당받은 금액으로 본다. 이 사건에서 A가 이익잉여금을 자본에 전입해 신주를 발행했다는 사실 자체는 A의 정관, 이사회 회의록과 처분청 검토보고서 등을 통해 확인됐다.

청구법인은 현지 정부의 자본확충 규제에 따라 자본건전성을 확보하기 위한 조치였고 주주에게 이익을 나누려는 목적이 없었다고 주장했다. 그러나 쟁점은 경제적 목적이 합리적인지가 아니라 자본에 전입한 재원이 무엇이고 법이 정한 예외에 해당하는지였다. 심판원은 이익분여 목적이 없다는 사정을 법인세법 제16조가 정한 예외사유로 보지 않았다.

2. 주식발행초과금의 자본전입에 관한 판결을 이익잉여금에도 넓힐 수 있는가

청구법인은 대법원 1992.2.28. 선고 90누2154 판결을 들며 자본전입을 통해 채권자를 보호하고 신용도를 높이는 정책적 목적을 강조했다. 처분청은 그 판결이 모든 자본전입을 예외로 본 것이 아니라 주식발행초과금의 자본전입에 관한 법정 예외의 취지를 설명한 것이라고 맞섰다.

심판원은 청구법인의 확장 해석을 받아들이지 않았다. 이 사건의 재원은 이익잉여금이고, 법인세법 제16조의 원칙적 의제배당 범위에 들어간다고 판단했다. 기업의 자본건전성 확보 목적이나 현지 규제 대응 목적이 있었다는 사실만으로 재원의 법적 성격이 자본준비금 등으로 바뀌지는 않는다는 결론이다.

3. 해명자료 제출안내가 언제 실질적인 세무조사가 되는가

자료 요구의 이름이 해명자료 제출안내라고 해서 언제나 세무조사가 아닌 것은 아니다. 원문에 제시된 대법원 기준은 조사의 목적과 실시 경위, 질문 대상과 방법 및 내용, 취득 자료, 조사 규모와 기간 등을 종합해 판단한다는 것이다.

처분청은 신고서와 내부자료에서 오류를 발견한 뒤 특정 사실을 확인하고 수정신고 기회를 준 통상적인 신고 검증이라고 주장했다. 사업장을 방문하지 않았고 해명안내문 두 차례와 대리인 통화 서너 차례에 그쳤으며, 청구법인 직원과 직접 통화하지 않았다는 점도 들었다.

반면 청구법인은 이미 2020사업연도를 포함한 통합세무조사가 끝났고 그 조사에서 쟁점자본전입 관련 자료를 제출했는데, 다시 같은 자료와 현지 규제에 관한 추가 설명자료를 장기간 요구했다고 주장했다. 심판원은 형식보다 실제 부담을 살펴 청구법인의 손을 들어줬다.

4. 앞선 세무조사 뒤 같은 세목과 같은 과세기간을 다시 조사할 수 있는가

국세기본법 제81조의4 제2항은 법정 예외가 없으면 같은 세목과 같은 과세기간을 다시 조사할 수 없도록 한다. 이 사건에서는 2020사업연도가 앞선 2016년부터 2020년까지의 통합세무조사 범위에 포함됐다는 점이 중요했다.

처분청은 세무조사를 받은 뒤 과세되지 않았다는 이유만으로 이후 과세가 영구히 금지되는 것은 아니며, 통상적인 신고 검증까지 재조사로 보면 적법한 검증이 위축된다고 주장했다. 이 명제 자체와 이 사건의 구체적 자료 요구가 세무조사인지 여부는 별개의 문제다. 심판원은 이 사건의 장기간 반복된 질문과 자료 요구가 단순 확인의 범위를 넘었다고 봤다.

5. 절차 위법이 어느 사업연도까지 영향을 미치는가

앞선 통합세무조사는 2016년부터 2020년까지를 대상으로 했다. 그래서 주문은 2020사업연도분만 취소하고 2021년과 2022년 사업연도분은 기각했다. 의제배당에 관한 본안 판단은 세 사업연도에 공통되지만, 재조사 금지 위반은 앞선 조사 범위와 겹치는 2020사업연도분에 한정됐다.

청구인 주장

1. 현지 자본확충 규제에 따른 자본전입이라는 주장

청구법인은 A의 이익잉여금 자본전입이 현지 정부의 자본확충 규제를 따르고 자본건전성을 확보하기 위한 조치였다고 주장했다. 주주에게 이익을 나누려는 의도가 없었으므로 의제배당으로 과세하는 것은 부당하다는 입장이다.

이 주장은 자본전입의 사업 목적과 규제 대응 필요성을 중심에 둔다. 다만 해당 목적이 있었다는 점과 법인세법상 의제배당의 요건을 충족하는지는 구분해야 한다. 심판원은 전자는 의제배당의 법정 예외가 아니라는 이유로 이 주장을 받아들이지 않았다.

2. 자본전입 촉진이라는 판례 취지가 적용돼야 한다는 주장

청구법인은 대법원 90누2154 판결이 주식발행초과금 등의 자본전입을 의제배당에서 제외한 취지를 회사채권자 보호, 기업 신용도 향상과 기업경영 합리화를 위한 자본전입 촉진에서 찾았다고 주장했다. 이 사건 자본전입도 자본확충을 위한 것이므로 같은 취지로 의제배당에서 제외해야 한다는 논리다.

그러나 이 주장은 판결이 다룬 재원과 이 사건의 재원이 다르다는 반론에 부딪혔다. 청구법인이 제시한 판결은 원문상 주식발행초과금의 자본전입에 관한 것이고, 이 사건은 이익잉여금의 자본전입이다.

3. 앞선 통합세무조사에서 이미 관련 자료가 검토됐다는 주장

청구법인은 과세관청이 2022.1.18.부터 2022.4.22.까지 2020사업연도를 포함한 통합세무조사를 하면서 쟁점자본전입 관련 자료를 받았다고 주장했다. 다른 A 주주의 의제배당 익금산입 사실과 국세청의 관련 유권해석도 확인할 수 있어 과세쟁점을 인지할 수 있었지만 당시 별도 과세처분을 하지 않았다는 것이다.

청구법인의 주장은 앞선 조사에서 과세쟁점을 실제로 알았거나 알 수 있었다는 데 무게를 둔다. 심판원 최종 판단은 앞선 조사에서 쟁점자본전입에 대한 사실관계 등을 이미 확인하고 과세하지 않았다고 적었다. 다만 공개 원문의 표가 OOO로 가려져 있어 당시 제출된 모든 문서의 구체적 목록과 조사부서의 검토 경과까지 확인되지는 않는다.

4. 뒤이은 자료 요구는 이름만 해명안내인 세무조사라는 주장

청구법인은 첫 해명자료 제출안내가 의제배당 신고 누락을 지적하고 과소신고라면 수정신고하도록 권유했으므로 처음부터 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하려는 목적이었다고 주장했다.

또한 2024년 6월부터 2025년 5월까지 납세자 측과 여러 차례 접촉하면서 사실관계와 과세대상 여부를 묻고 다수의 장부와 서류를 요구했다고 주장했다. 앞선 조사에서 제출한 자료와 같은 자료가 대부분이었고, 현지 규제와 법인세법의 관련성을 설명하는 추가 자료는 작성에 상당한 시간이 드는 자료였다는 취지다.

5. 법정 재조사 사유가 없다는 주장

청구법인은 조세탈루 혐의를 인정할 만한 새로운 명백한 자료가 없으므로 국세기본법과 시행령에서 정한 재조사 예외에 해당하지 않는다고 주장했다. 최초에는 2020년 자료를 요청했다가 청구법인이 중복조사라고 지적하자 구두로 자료 제출 대상연도를 2021년으로 바꿨다는 사정도 들었다.

청구법인은 이미 조사가 끝난 자료와 같은 자료를 신고 검증이라는 이름으로 다시 받아 과세하도록 허용하면 부실조사와 반복조사를 용인하고 납세자의 법적 안정성을 해친다고 주장했다.

처분청 의견

1. 이익잉여금의 자본전입은 명백한 의제배당이라는 의견

처분청은 내국법인의 해외자회사가 이익잉여금을 자본에 전입해 내국법인 주주가 신주를 취득하면 법인세법 제16조 제1항 제2호에 따른 의제배당이라고 봤다. 예외는 법이 정한 자본준비금과 재평가적립금 등의 자본전입에 한정된다는 의견이다.

처분청은 청구법인이 제시한 대법원 판결도 주식발행초과금 자본전입에 한정된 예외 취지를 설명할 뿐이라고 반박했다. 사내 유보이익이 법이 정한 사유로 주주에게 환원되면 현금배당과 비슷한 경제적 이익이므로 과세형평상 배당으로 보는 것이고, 해외자회사의 이익분여 목적은 별도의 과세요건이 아니라는 의견이다.

2. 자료 요구는 통상적인 신고 검증이라는 의견

처분청은 신고서와 내부자료를 기초로 과세 오류를 지적하고 해명의 기회를 준 것이라고 주장했다. 법인세법상 신고서 보정 요구와 신고내용의 오류 또는 누락에 대한 경정 권한에 따라 의제배당 익금산입 누락을 확인하고 소명과 수정신고를 안내했을 뿐이라는 입장이다.

자료 수집 방식도 우편, 전화와 전자우편이었고 사업장을 방문하거나 청구법인 직원에게 직접 연락하지 않았다고 설명했다. 해명안내문은 두 차례, 대리인과 통화는 서너 차례였으므로 상당한 기간 동안 포괄적인 질문검사권을 행사한 세무조사와 다르다고 주장했다.

3. 특정 보관자료 요청만으로 세무조사가 되지 않는다는 의견

처분청은 A의 이익잉여금 자본전입 여부를 확인하기 위해 상법상 보관의무가 있는 특정 자료를 요구한 것이라고 주장했다. 내부자료에 기초해 신고 오류를 지적했으므로 청구법인의 영업의 자유를 침해했다고 볼 수도 없다는 입장이다.

또한 단순한 사실관계 확인으로 충분하고 영업의 자유를 침해하지 않으며 조사권 남용의 우려가 없는 행위는 재조사가 금지되는 세무조사로 볼 수 없다는 결정과 판결의 기준을 제시했다.

4. 앞선 세무조사가 이후의 모든 과세를 막는 것은 아니라는 의견

처분청은 중복세무조사에 따른 부과권 행사가 원칙적으로 제한될 뿐, 세무조사 뒤 과세되지 않았다는 사실만으로 같은 사업연도에 관한 모든 추가 과세가 금지되는 것은 아니라고 주장했다. 통합세무조사 뒤에도 신고 검증은 통상적으로 이루어지며, 해명자료 요구를 모두 세무조사로 보면 적법한 검증이 위축된다는 의견이다.

이 의견은 추가 과세 자체와 추가 확인 과정의 적법성을 구분해야 한다는 점에서 살펴야 한다. 심판원은 추가 과세가 언제나 금지된다고 판단한 것이 아니라, 이 사건에서 실제 이루어진 자료 요구의 기간, 반복성, 자료의 내용과 납세자 부담을 종합해 세무조사에 해당한다고 판단했다.

증거와 확인된 사실

당사자 주장, 처분청 평가와 심판원이 최종 판단에서 확인한 사실을 구분하면 다음과 같다.

이 사건의 증거 구조는 두 갈래다. 첫 번째 갈래는 A의 자본전입 재원과 신주 취득 사실을 확인하는 회사 자료다. 이 자료들은 의제배당 과세요건 판단에 쓰였다. 두 번째 갈래는 앞선 조사 범위, 뒤이은 자료 요구의 기간과 내용, 자료를 만드는 데 든 부담을 확인하는 조사 절차 자료다. 이 자료들은 해명안내가 실질적인 세무조사인지 판단하는 데 쓰였다.

심판원이 이익분여 목적이 없었다는 청구법인의 설명을 사실이 아니라고 단정한 것은 아니다. 그 목적이 의제배당의 법정 예외가 아니라고 판단했다. 반대로 처분청의 모든 해명자료 요청이 세무조사라고 일반화한 것도 아니다. 이 사건의 앞선 조사, 약 1년에 걸친 반복 요구, 같은 자료와 추가 작성 자료, 실제 수인의무를 종합해 결론을 냈다.

관련 법령

1. 법인세법 제16조 제1항 제2호

결정문에 수록된 법령의 요지는 법인의 잉여금 전부 또는 일부를 자본이나 출자에 전입함으로써 내국법인 주주가 취득하는 주식 등의 가액을 배당받은 금액으로 본다는 것이다. 다만 상법상 자본준비금으로서 대통령령이 정하는 금액을 자본에 전입하는 경우 등은 제외된다.

이 사건에서 직접 문제 된 재원은 A의 이익잉여금이다. 심판원은 이익잉여금 자본전입으로 신주가 발행됐다는 사실이 확인되므로 의제배당 과세요건에 해당한다고 판단했다. 자본확충 목적과 이익분여 의도의 부재는 이 조문의 예외로 보지 않았다.

2. 법인세법 제17조 제1항 제1호와 시행령 제12조

결정문은 주식발행액면초과액을 자본거래로 인한 익금불산입 항목으로 규정한 법인세법 제17조와, 자본전입 때 과세하지 않는 잉여금의 범위를 정한 시행령 제12조를 함께 제시했다.

청구법인이 인용한 판결과 처분청 반론의 차이는 자본전입이라는 행위 자체보다 그 재원에 있다. 주식발행초과금 등 법정 자본준비금의 자본전입과 영업 결과 쌓인 이익잉여금의 자본전입을 같은 것으로 볼 수 있는지가 문제였고, 심판원은 둘을 구분했다.

3. 법인세법 시행령 제13조

결정문에 따르면 법인세법 제16조 제1항 제1호부터 제3호까지의 의제배당 시기는 원칙적으로 주주총회, 사원총회 또는 이사회에서 잉여금의 자본전입 등을 결의한 날이다. 이 사건의 공개 원문에서는 개별 자본전입 결의일과 사업연도별 계산 내역이 표에서 OOO로 가려져 있다. 따라서 이 글은 각 사업연도의 의제배당 시기와 금액을 추정하지 않는다.

4. 국세기본법 제14조 제2항

결정문에 수록된 실질과세 규정의 요지는 과세표준 계산에 관한 규정을 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 이름이나 형식과 관계없이 실질 내용에 따라 적용한다는 것이다. 기본통칙도 거래의 실질을 형식 기록이나 거래 명의만이 아니라 상거래 관행, 구체적 증빙, 거래 당시 정황과 사회통념을 고려해 판단하도록 한다.

청구법인은 자본전입의 현지 규제상 목적을 강조했지만, 심판원은 실질을 살피더라도 이익잉여금이 자본에 전입돼 신주가 발행된 사실이 의제배당 요건에 해당한다고 봤다.

5. 국세기본법 제81조의4

제1항은 세무공무원이 적정하고 공평한 과세를 위해 필요한 최소 범위에서 세무조사를 하고 조사권을 다른 목적으로 남용하지 않도록 한다. 제2항은 법정 예외가 없으면 같은 세목과 같은 과세기간을 재조사할 수 없도록 한다.

결정문에 수록된 예외에는 조세탈루 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 둘 이상의 과세기간과 관련된 잘못이 있는 경우, 불복절차의 재조사 결정에 따른 경우, 직무 관련 금품 제공, 부분조사 뒤 포함되지 않은 부분에 대한 조사와 대통령령이 정한 유사 사유 등이 있다.

이 사건에서 심판원은 뒤이은 자료 요구가 실질적인 세무조사라고 본 뒤, 2020사업연도에 관해 법정 재조사 사유가 있다고 인정하지 않았다. 그래서 2020사업연도 법인세 부과처분이 재조사 금지규정을 위반한 조사에 근거한 잘못이 있다고 판단했다.

6. 국세기본법 시행령 제63조의2

결정문에는 재조사가 가능한 대통령령상 사유로 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의자 일제조사, 과세관청 밖 기관이 직무상 작성하거나 취득해 제공한 자료의 처리, 국세환급금 결정을 위한 확인조사, 조세범칙행위 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우가 제시돼 있다.

공개 원문상 처분청은 이 사건이 어느 구체적 예외사유에 해당한다고 인정받지 못했다. 심판원 판단의 핵심은 단순한 신고 검증인지 실질적인 세무조사인지였고, 후자로 본 이상 법정 예외 없는 2020사업연도 재조사는 허용되지 않는다는 것이다.

심판원 판단의 단계별 분석

1단계: 자본전입의 재원과 신주 발행 사실을 확인했다

심판원은 A의 정관과 이사회 회의록, 처분청의 검토보고서에 따라 A가 이익잉여금을 자본에 전입해 신주를 발행한 사실을 확인했다. 구체적인 주식 수와 자본금 변동은 공개 원문 표에서 OOO로 가려졌지만, 이익잉여금의 자본전입과 신주 발행이라는 핵심 사실은 판단에 명시됐다.

2단계: 사업 목적과 법정 예외를 구분했다

청구법인은 현지 자본확충 규제와 자본건전성 확보를 이유로 들었다. 심판원은 그 목적이 있었다고 하더라도 주주에게 이익을 나눌 목적이 없다는 사정은 법인세법 제16조의 의제배당 예외가 아니라고 봤다.

따라서 판단 순서는 목적의 진정성을 평가한 뒤 과세 여부를 정한 것이 아니다. 먼저 이익잉여금 자본전입과 신주 취득이라는 법정 요건을 확인하고, 청구법인이 제시한 목적이 법정 예외에 들어가는지를 살핀 뒤 아니라고 판단했다.

3단계: 의제배당 본안 주장을 배척했다

심판원은 A의 자본전입이 의제배당 과세요건에 해당하고 이익분여 목적의 부재가 예외가 아니라는 이유로 쟁점 1의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단했다. 이 판단은 2020년부터 2022년까지 자본전입의 본안에 공통된다.

다만 2020사업연도분이 최종적으로 취소된 것은 의제배당이 아니라는 이유가 아니다. 뒤에서 판단한 재조사 금지 위반 때문이다. 본안상 납세의무 판단과 조사 절차의 적법성을 분리해야 한다.

4단계: 앞선 통합세무조사의 범위와 뒤이은 자료 요구를 연결했다

심판원은 2022.1.18.부터 2022.4.22.까지 이루어진 통합세무조사가 2020사업연도를 포함한다는 점을 확인했다. 그리고 그 조사에서 쟁점자본전입에 관한 사실관계 등을 이미 확인하고 과세하지 않았다고 봤다.

이후 다른 부서가 청구법인이 2020사업연도에 세무조사를 받은 사실을 모른 채 앞선 조사에서 제출된 것과 같은 자료와 추가 작성에 일정한 시간이 필요한 현지 상황 자료를 요청하고, 그 자료에 근거해 과세했다는 점을 중요하게 봤다.

5단계: 과세관청 내부의 부서 분리나 소통 부족을 납세자에게 돌리지 않았다

원문 판단은 세무조사를 한 부서와 뒤이은 자료 요구를 한 부서가 달랐고, 세무조사 뒤 내부 소통과 납세자 접촉을 통제할 별도 장치가 없어 보였다고 적었다. 뒤의 부서가 앞선 조사 사실을 몰랐다는 사정은 반복조사의 효과를 없애지 못했다.

이 부분은 재조사 금지의 기준이 과세관청 내부 담당자의 주관적 인식에만 달려 있지 않음을 보여준다. 납세자 관점에서 같은 과세기간과 세목에 관한 자료 요구가 다시 이루어지고 실질적인 부담이 발생했는지를 살폈다.

6단계: 자료 요구의 이름보다 기간, 반복성과 부담을 봤다

처분청은 해명자료 제출안내 두 차례와 대리인 통화 서너 차례였고 현장 방문도 없었다고 주장했다. 심판원은 그 형식만으로 단순 확인이라고 보지 않았다. 사실관계와 판단 부분에 적힌 2024.6.14.부터 2025.5.8.까지 여러 차례 질문하고 자료를 요구한 행위, 앞서 낸 것과 같은 자료, 추가 작성에 시간이 필요한 현지 규제 자료를 함께 고려했다.

그 결과 단순한 사실관계 확인이나 통상적으로 따르는 간단한 질문으로 보기 어렵고, 실제 영업의 자유 등을 침해할 정도의 수인의무가 생긴 것으로 판단했다. 여기서 수인의무는 납세자가 조사 요구에 응해 자료를 찾고 만들고 설명해야 하는 실제 부담을 뜻한다.

7단계: 2020사업연도 자료 요구를 실질적인 세무조사로 판단했다

심판원은 이미 끝난 세무조사를 해명자료 제출안내 형식으로 다시 하면 영업의 자유와 법적 안정성을 해칠 우려가 있고 재조사 금지의 취지가 약해질 수 있다고 봤다. 이 사건의 구체적 자료 요구는 통상적인 신고 검증의 한계를 넘어 세무조사에 해당한다고 판단했다.

모든 해명자료 제출안내를 세무조사로 본 것은 아니다. 앞선 조사와 대상의 중복, 기간, 질문의 반복, 자료 범위, 새로 작성해야 하는 자료의 부담이라는 사실 묶음이 결론을 갈랐다.

8단계: 법정 재조사 사유가 확인되지 않아 2020사업연도분을 취소했다

2020사업연도에 대한 뒤이은 확인이 세무조사라면 국세기본법 제81조의4 제2항의 예외가 있어야 한다. 심판원은 공개 원문에 제시된 사정만으로 예외를 인정하지 않고, 재조사 금지규정을 위반해 실시된 조사에 근거한 2020사업연도분 과세에 잘못이 있다고 판단했다.

9단계: 2021년과 2022년 사업연도분은 기각했다

앞선 통합세무조사의 대상은 2016년부터 2020년까지였다. 2021년과 2022년 사업연도는 그 조사 범위와 겹치지 않는다. 의제배당 본안에 관한 청구주장은 이미 배척됐으므로, 2021년과 2022년 사업연도분은 취소할 이유가 남지 않았다.

최종 결론은 다음처럼 정리된다.

1. A의 이익잉여금 자본전입과 신주 발행은 법인세법상 의제배당 과세요건에 해당한다.
2. 현지 자본확충 규제에 따른 목적과 이익분여 목적의 부재는 법이 정한 예외가 아니다.
3. 2020사업연도는 앞선 통합세무조사 대상에 포함됐다.
4. 그 뒤 약 1년에 걸쳐 같은 자료와 추가 작성 자료를 반복 요구한 행위는 단순 확인이 아니라 실질적인 세무조사다.
5. 법정 재조사 사유가 확인되지 않아 2020사업연도분 과세는 취소한다.
6. 2021년과 2022년 사업연도분에 관한 나머지 심판청구는 기각한다.

법리 기준 비교

공개 원문의 참조결정과 따른결정 항목은 비어 있다. 청구법인과 처분청은 대법원 90누2154 판결과 2014두8360 판결을 각각 제시했지만, 이 글은 확인되지 않은 별도의 사건번호를 만들지 않는다. 원문에 나타난 법리 기준과 심판원의 적용 결과를 비교하면 다음과 같다.

두 쟁점을 함께 보면 실체와 절차가 독립적으로 작동한다. 세법상 의제배당 과세요건이 충족되더라도 과세에 이르는 조사가 재조사 금지규정을 위반하면 그 조사에 근거한 처분은 취소될 수 있다. 반대로 한 사업연도분이 절차 위법으로 취소됐다고 해서 같은 거래의 실체 판단까지 납세자에게 유리하게 바뀌는 것은 아니다.

실무 시사점

1. 해외자회사 자본전입은 목적보다 재원을 먼저 확인해야 한다

자본건전성 확보, 금융감독 규제 대응, 채권자 보호와 같은 합리적 사업 목적이 있어도 의제배당 판단은 자본전입의 재원과 법정 예외를 중심으로 이루어진다. 이익잉여금, 주식발행초과금, 감자차익과 그 밖의 자본준비금을 회계 명칭뿐 아니라 현지 회사법과 장부의 발생 원천까지 나누어 확인해야 한다.

2. 무상주 취득이 없다고 단정하기 전에 현지 결의와 주식 변동을 연결해야 한다

해외자회사의 정관, 주주총회 또는 이사회 의사록, 자본금 변동표, 주식 수 변동, 주주별 지분율과 현지 등기자료를 함께 대조해야 한다. 현금이 들어오지 않았다는 이유만으로 배당이 없다고 판단하면 의제배당을 놓칠 수 있다.

3. 사업연도별 의제배당 시기와 환산금액을 따로 계산해야 한다

이 사건 원문은 개별 전입일과 금액을 OOO로 가렸지만, 실제 신고에서는 자본전입 결의일 등 법정 의제배당 시기를 기준으로 사업연도를 나누어야 한다. 외화 금액은 적용 환율, 주식 가액, 지분율과 외국납부세액 또는 수입배당 관련 규정의 적용 가능성을 별도로 검토할 필요가 있다. 이 내용은 이 사건 주문이 직접 확정한 계산 결과가 아니라 일반적인 신고 검토 항목이다.

4. 앞선 세무조사의 범위와 제출자료를 조사 종료 때 확정해 둬야 한다

조사 대상 세목과 사업연도, 조사 통지서, 요구자료 목록, 실제 제출자료, 질문과 답변, 조사 종결 결과를 한 묶음으로 보관해야 한다. 뒤이은 해명자료 요구가 왔을 때 같은 세목과 기간인지, 앞서 낸 자료와 겹치는지를 바로 비교할 수 있어야 한다.

5. 해명자료 제출안내도 실제 부담을 기록해야 한다

공문 제목만으로 세무조사 여부가 정해지지 않는다. 요청 날짜, 요청 횟수, 통화와 전자우편, 자료의 분량, 새로 번역하거나 작성한 설명, 투입 인원과 시간, 사업 운영에 미친 영향을 시간순으로 남겨야 한다. 이 사건에서는 장기간의 반복 요구와 현지 규제 설명자료 작성 부담이 판단 요소가 됐다.

6. 중복조사 이의는 자료 제출 전부터 분명히 남겨야 한다

같은 세목과 같은 과세기간에 관한 요구라면 앞선 조사 사실과 제출자료 목록을 제시하고, 이번 요구의 법적 근거와 재조사 예외사유를 확인할 필요가 있다. 청구법인은 최초 요구가 2020년을 대상으로 했다가 중복조사 의견 뒤 2021년으로 바뀌었다고 주장했다. 이런 변경은 구두 설명에 그치지 않도록 공문이나 전자우편으로 남기는 편이 안전하다.

7. 본안 항변과 절차 항변을 분리해야 한다

이 사건에서 청구법인은 의제배당이 아니라는 본안 주장에서는 졌지만 2020사업연도 재조사 금지 주장에서는 이겼다. 불복서면에서도 자본전입 재원의 법적 성격, 법정 예외, 과세표준 계산이라는 본안 쟁점과 앞선 조사 범위, 뒤이은 자료 요구, 법정 재조사 사유라는 절차 쟁점을 별도 목차와 증거로 구성할 필요가 있다.

8. 과세관청의 부서가 달라도 납세자 기준으로 조사 이력을 관리해야 한다

뒤의 담당 부서가 앞선 조사 사실을 몰랐다는 사정은 납세자에게 반복 자료 제출 의무를 지울 충분한 이유가 되기 어렵다. 납세자도 담당 부서가 바뀔 때마다 과거 조사 통지와 종결 문서, 제출자료 목록을 먼저 제시해 중복 범위를 좁혀야 한다.

9. 날짜가 맞지 않는 결정문은 추정으로 봉합하지 않아야 한다

이 사건 원문에는 2026.6.14.와 2024.6.14., 2025.4.30. 요청과 2024.7.22. 제출의 관계처럼 시간순서가 충돌하거나 불명확한 부분이 있다. 실무에서 이 결정을 인용할 때는 어느 문단의 날짜를 사용했는지 밝히고 원문 오기라고 단정하지 않는 편이 안전하다. 필요한 경우 원 사건의 해명자료 제출안내서와 접수 기록으로 날짜를 다시 확인해야 한다.

실무 체크리스트

해외자회사 자본전입 검토

• 자본전입 재원이 이익잉여금인지 자본준비금인지 원장과 결의서로 확인했는가
• 현지 회계 계정명을 국내 세법상 재원과 같다고 단정하지 않았는가
• 주주총회 또는 이사회 결의일과 효력 발생일을 확인했는가
• 자본전입 전후 주식 수, 자본금, 주주별 지분율을 대조했는가
• 청구법인이 취득한 신주의 가액을 사업연도별로 계산했는가
• 법인세법 제16조의 원칙과 법정 예외를 각각 검토했는가
• 자본확충 목적과 의제배당 예외 요건을 구분했는가
• 현지 규제 원문, 번역문과 적용 대상 금융기관 여부를 확보했는가
• 사업 목적만으로 의제배당이 배제된다고 결론 내리지 않았는가
• 외화 환산, 수입배당 관련 조정과 외국 세금 문제를 별도로 검토했는가

앞선 세무조사 이력 정리

• 조사 대상 세목과 사업연도를 조사 통지서로 확인했는가
• 조사 시작일과 종료일을 확인했는가
• 조사부서와 담당자를 기록했는가
• 요구자료 목록과 실제 제출자료를 구분해 보관했는가
• 쟁점자본전입 자료가 앞선 조사에서 언제 제출됐는지 확인했는가
• 조사 과정의 질문과 답변을 날짜별로 남겼는가
• 조사 종결 때 과세된 항목과 과세되지 않은 항목을 구분했는가
• 같은 쟁점을 인지할 수 있었던 내부 자료와 외부 자료를 나눴는가

뒤이은 해명자료 요구 대응

• 요청 공문의 발송일과 실제 받은 날을 확인했는가
• 요청 세목과 사업연도가 앞선 조사와 겹치는지 확인했는가
• 앞서 제출한 자료와 이번 요구자료를 항목별로 비교했는가
• 새로 작성, 번역 또는 분석해야 하는 자료를 따로 표시했는가
• 전화, 전자우편과 면담의 날짜, 참석자와 질문 내용을 기록했는가
• 자료 요구 횟수와 각 제출일을 시간순으로 정리했는가
• 자료 작성에 투입한 인원과 시간을 근거 자료로 남겼는가
• 단순 사실확인인지 과세요건 전반의 조사인지 질문 내용을 분석했는가
• 수정신고 권유와 과세 예고가 처음부터 포함됐는지 확인했는가
• 사업장 방문이 없다는 이유만으로 세무조사가 아니라고 단정하지 않았는가

재조사 금지 검토

• 같은 세목과 같은 과세기간인지 확인했는가
• 조세탈루 혐의를 인정할 새로운 명백한 자료가 제시됐는가
• 거래상대방 조사 등 법정 예외가 구체적으로 제시됐는가
• 둘 이상의 과세기간에 관련된 잘못이라는 예외의 적용 범위를 검토했는가
• 과세관청 밖 기관이 제공한 자료 처리 등 시행령상 사유가 있는가
• 앞선 조사와 뒤이은 요구의 자료 범위가 실질적으로 같은가
• 뒤이은 확인이 납세자에게 실제 수인의무를 발생시켰는가
• 중복조사 의견과 처분청 답변을 문서로 남겼는가
• 본안상 과세요건과 절차상 위법을 별도의 주장으로 구성했는가
• 사업연도별로 취소 범위가 달라질 수 있음을 반영했는가

원문 인용과 날짜 검증

• 처분개요의 2026.6.14.와 사실관계의 2024.6.14.를 구분했는가
• 2025.4.30. 요청과 2024.7.5. 준비, 2024.7.22. 제출의 관계를 임의로 고치지 않았는가
• 공개 원문에서 OOO로 가려진 금액, 표와 일자를 추정하지 않았는가
• 2020사업연도분 취소와 나머지 기각을 정확히 구분했는가
• 의제배당 본안에서 청구법인이 이겼다고 잘못 표현하지 않았는가
• 당사자 주장을 심판원의 확인 사실로 바꾸지 않았는가

참고 자료

• 조세심판원 결정 원문, 조심2025서3948
• 국가법령정보센터 법인세법 제16조 현행 조문 확인용
• 국가법령정보센터 법인세법 제17조 현행 조문 확인용
• 국가법령정보센터 법인세법 시행령 제12조 현행 조문 확인용
• 국가법령정보센터 법인세법 시행령 제13조 현행 조문 확인용
• 국가법령정보센터 국세기본법 제81조의4 현행 조문 확인용
• 국가법령정보센터 국세기본법 시행령 제63조의2 현행 조문 확인용
• 국가법령정보센터 대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결
• 국가법령정보센터 대법원 1992. 2. 28. 선고 90누2154 판결

위 법령 주소는 현행 조문을 찾기 위한 안정적인 공식 주소다. 이 사건의 각 사업연도에 적용된 조문 문구는 결정문에 수록된 법령을 기준으로 설명했으며, 현행 주소를 과거 시행 문구의 직접 근거로 사용하지 않는다.

이 결정은 해외자회사의 이익잉여금 자본전입에 관한 실체 판단과 앞선 세무조사 뒤 반복된 자료 요구의 절차 판단을 분리한 사례다. 심판원은 이익잉여금 자본전입과 신주 발행을 의제배당으로 보면서도, 2020사업연도에 대해서는 약 1년에 걸친 질문과 같은 자료 및 추가 자료 요구가 실질적인 재조사에 해당한다고 판단했다. 그 결과 2020사업연도 법인세 부과처분만 취소하고 나머지 심판청구는 기각했다.