[재조사] 수도권 밖 이전 공장의 감면소득, 제품등급 실질과 신제품을 다시 따진 사례 (조심2026광0995)

수도권 공장을 기존 지방 공장 부지로 옮긴 뒤 두 공장의 생산 기능이 섞였다면, 법인세 감면대상소득을 어디까지 인정할지가 문제 된다. 이전 전후의 업종이 같다는 사실만으로 지방 공장의 모든 소득을 감면할 수 있는지, 제품등급별로 수도권 공장의 과거 생산비율만큼만 감면해야 하는지, 이전 뒤 처음 생산한 신제품은 어떻게 나눌지가 핵심이다.

조심2026광0995에서 청구법인은 인천 A공장을 여수 B공장으로 이전·통합한 뒤 신설·증설한 생산라인에서 카본블랙을 생산했다. 처분청은 2020사업연도부터 2024사업연도까지 각 제품등급의 소득 가운데 이전 직전연도인 2017년 A공장 생산비율에 해당하는 금액만 감면대상으로 보았다. 2017년에 A공장 생산량이 없었던 제품등급은 여수 전용 제품인지, 이전 뒤 생긴 신제품인지 구별하지 않고 감면에서 배제했다.

심판원은 쟁점을 네 갈래로 나누었다. 업종이 같으므로 신·증설라인 소득 전부를 감면해야 한다는 주위적 청구, 공동생산 제품도 전액 감면해야 한다는 예비적 청구, 신설라인 소득은 전액 감면해야 한다는 예비적 청구는 받아들이지 않았다. 그러나 2017년 A공장 제품과 실질적으로 같고 명칭·포장·형태만 바뀐 제품등급이 있는지, 공장 이전 뒤 비로소 생산된 신제품이 무엇인지는 다시 조사해야 한다고 보았다. 실질적 동일 제품에는 해당 제품의 2017년 A공장 생산비율을, 신제품에는 2017년 A공장 매출액 비율을 적용해 감면세액을 다시 계산하도록 했다.

이 결정은 단순한 전부 인용이 아니다. 처분청의 제품등급별 접근과 공동생산 제품의 생산량 안분은 유지하면서, 분류 과정에서 빠진 실질적 동일 제품과 신제품을 재조사 대상으로 돌려보낸 일부 재조사 결정이다. 주문이 정한 재조사 범위와 기각 범위를 분리해 읽어야 한다.

사건 개요

주문이 정한 범위

주문은 2020사업연도부터 2024사업연도까지의 법인세 부과처분 전체를 바로 취소하지 않았다. 처분청이 다음 두 묶음을 다시 조사한 뒤 결과에 따라 과세표준과 세액을 고치도록 했다.

1. 2017년 A공장에서 생산하던 제품과 명칭·포장·형태만 바뀌었을 뿐 실질적으로 동일한 제품등급
2. 공장 이전 뒤 비로소 생산된 신제품에 해당하는 제품등급

첫째 묶음은 실질적으로 같은 A공장 생산 제품등급의 2017년 A공장 생산비율 상당액을 감면대상으로 한다. 둘째 묶음은 제품 자체의 2017년 생산량이 없으므로, 해당 제품등급 소득 중 2017년 A공장 매출액이 A·B공장 전체 매출액에서 차지한 비율 상당액을 감면대상으로 한다.

그 밖의 청구는 기각되었다. 따라서 동일 업종 소득 전부 감면, 공동생산 제품등급 소득 전부 감면, 신설라인 소득 전부 감면, 2017년 이전 어느 때든 A공장에서 생산한 이력이 있으면 감면한다는 주장은 최종 판단으로 받아들여지지 않았다.

사실관계 구조

[인천 A공장]
  수도권 과밀억제권역
  1968년부터 카본블랙 생산
        │
        │ 2018.6.30. 가동 중단
        │ 생산 기능을 여수로 이전·통합
        ▼
[여수 B공장]
  1980년부터 기존 생산라인 운영
        │
        ├─ 증설라인 OOO
        │   기존 B공장 라인의 대부분 철거·핵심 설비 교체
        │
        ├─ 신설라인 OOO·OOO·OOO
        │   신규 생산라인 건설
        │
        └─ 기존 B공장 생산라인

이전·통합 뒤의 실제 생산
  신·증설라인 ── 기존 B공장 제품 + 기존 A공장 제품 생산
  기존 B공장 라인 ── 기존 A공장 제품 일부 생산
        │
        ▼
제품등급별 생산 원천이 교차하고 소득이 혼재
        │
        ├─ 처분청: 2017년 제품등급별 A공장 생산비율로 안분
        ├─ 청구법인: 업종 또는 신·증설라인 기준으로 더 넓게 감면
        └─ 심판원: 기본 안분은 유지하되 실질적 동일 제품과 신제품은 재조사

주요 시간 흐름

2017년       이전 직전연도. 제품등급별 A·B공장 생산비율과 공장별 매출액의 기준연도
2018.06.30. A공장 가동 중단
2018.07.30. 결정문상 신·증설라인 건설 완료
2019.10.31. 청구법인이 2018사업연도 법인세 환급 경정청구
2020.01.06. 처분청이 경정청구 인용
이후          감사원이 선행쟁점제품의 감면 배제 등을 지시
2023.02.09. 조심2022광5654 선행결정에서 관련 심판청구 기각
2025.03.06. 법인통합조사 시작
2025.05.20. 법인통합조사 종료
2025.10.17. 2020사업연도부터 2024사업연도까지 법인세 합계 OOO원 경정·고지
2026.01.07. 심판청구
2026.07.22. 일부 재조사, 나머지 기각 결정

제품과 생산 현황

청구법인은 카본블랙을 사용 목적에 따라 고무용과 염색용·특수용으로 나누고, 다시 브랜드, 구슬형 또는 가루형 같은 성상, 착색력, ASTM 분류기준, 고객 요청에 따른 기능과 성능 등에 따라 약 150개 제품등급으로 관리했다. 한국표준산업분류상으로는 이전 전후 모두 기초 무기화학 물질 제조업에 속했고, 세세분류로는 기타 기초 무기화학 물질 제조업에 해당했다.

처분청 자료상 2017년 A공장에서만 생산한 제품등급은 9개, A·B공장이 함께 생산한 제품등급은 22개, B공장에서만 생산한 제품등급은 47개였다. 이전 뒤에는 신·증설라인과 기존라인 사이에 제품등급이 교차 생산되었다. 이 교차 생산 사실 자체에는 양측의 다툼이 없었다.

처분 경위와 제출 자료

1. 앞선 경정청구와 선행결정

청구법인은 2019.10.31. 공장 이전이 구 조세특례제한법 제63조의2의 감면대상에 해당한다며 신·증설라인 소득 전부에 관한 2018사업연도 법인세 환급을 구했다. 처분청은 2020.1.6. 이를 받아들였다.

그 뒤 감사원은 처분청의 경정청구 처리실태를 감사했다. 감사원은 증설라인에서 생산된 선행쟁점제품 3개가 A공장에서는 생산된 적이 없고 공장 이전 전부터 B공장에서만 생산되었다는 이유로 관련 소득을 감면대상에서 빼야 한다는 취지의 처분지시를 했다. 처분청은 2018사업연도 법인세를 다시 고지했고, 청구법인의 심판청구는 조심2022광5654에서 기각되었다. 이후 청구법인은 선행결정에 따라 선행쟁점제품 관련 소득을 감면대상에서 제외해 신고했다.

2. 2025년 조사와 이 사건 처분

광주지방국세청장은 2025.3.6.부터 2025.5.20.까지 2020사업연도부터 2024사업연도까지 법인통합조사를 실시했다. 조사청은 전체 제품등급을 대상으로 각 제품등급 소득 중 2017년 A공장 생산비율 상당액만 감면대상으로 보았다. 2017년 A공장 생산량이 없던 제품등급은 감면대상에서 제외했다. 여수세무서장은 이 결과에 따라 2025.10.17. 법인세 합계 OOO원을 경정·고지했다.

3. 원문에서 확인되는 자료와 증거

공개 원문에서 자료의 제출·징구 경위가 확인되는 범위는 다음과 같다. OOO로 가려진 표와 수치의 내용을 임의로 복원할 수는 없다.

대표이사 확인서에 관하여는 주의할 점이 있다. 원문은 청구법인이 해당 제품등급이 당초 산정 감면세액에 영향을 주지 않고 24개 제원 지표가 영업비밀이라는 이유로 관련 자료를 제출하지 않는다는 취지를 적었다. 이 기록만으로 모든 실질적 동일 제품의 존재나 범위가 확정된 것은 아니다. 심판원이 바로 감면을 인정하지 않고 재조사를 명한 이유도 객관 자료에 따른 개별 확인이 남아 있기 때문이다.

핵심 쟁점

쟁점 1. 업종이 같으면 신·증설라인 소득 전부가 감면대상인가

청구법인은 이전 전후 공장의 한국표준산업분류상 세분류와 세세분류가 모두 같으므로 신·증설라인에서 생긴 소득 전부가 감면대상이라고 주장했다. 처분청은 업종 동일성은 감면을 받을 자격요건일 뿐이고, 실제 감면소득은 법이 정한 “이전한 공장에서 발생하는 소득”으로 한정된다고 맞섰다.

쟁점 2. 공동생산 제품은 전액 감면인가, 2017년 생산비율로 안분하는가

A공장과 B공장이 2017년에 함께 생산한 제품등급에는 두 공장의 생산기능에서 비롯된 소득이 섞여 있었다. 청구법인은 A공장 생산 이력이 있는 제품은 전액 감면하고 B공장 전용 제품만 빼야 한다고 주장했다. 처분청은 기존 B공장 귀속분까지 감면되는 것을 막으려면 2017년 A공장 생산비율로 나누어야 한다고 보았다.

쟁점 3. 신설라인 소득은 전부 감면할 수 있는가

청구법인은 기존 라인을 철거하거나 빈 부지에 새로 지은 OOO·OOO·OOO라인은 A공장을 이전한 라인이므로 전부 감면해야 한다고 주장했다. 처분청은 신설라인에서도 기존 B공장 제품이 생산되고 기존라인에서도 A공장 제품이 생산되므로, 신설이라는 외형보다 실제 제품 생산 원천을 보아야 한다고 했다.

쟁점 4. 2017년 A공장 생산량이 없는 제품을 어떻게 다룰 것인가

이 쟁점은 다시 세 갈래다.

1. 과거에는 A공장에서 생산했으나 2017년에만 생산하지 않은 제품
2. A공장 제품과 명칭·포장·형태만 바뀐 실질적 동일 제품
3. 공장 이전 뒤 비로소 생산한 신제품

심판원은 첫째 주장은 받아들이지 않았고, 둘째와 셋째는 제품등급별 재조사가 필요하다고 판단했다.

청구인 주장

1. 감면 범위는 제품등급이 아니라 동일 업종을 기준으로 정해야 한다

청구법인은 구 조세특례제한법 제63조의2가 이전 전후 공장의 업종 동일성을 한국표준산업분류상 세분류로 판단하도록 했다고 보았다. A공장과 B공장은 이전 전후 모두 카본블랙 제조업을 영위했고 세분류와 세세분류도 같으므로, 이전한 신·증설라인에서 발생한 소득 전부가 감면대상이라는 주장이다.

제품등급은 법정 분류가 아니라 청구법인의 생산·판매 관리용 이름이라는 점도 강조했다. 브랜드, 성상, 고객 요구 기능 등에 따라 이름을 달리했을 뿐 모두 카본블랙이므로, 제품등급 동일성을 감면 기준으로 삼는 것은 법 문언을 지나치게 좁히는 해석이라고 주장했다. 감면요건은 “업종”으로 규정하면서 추징요건은 “같은 제품”으로 달리 쓴 법 구조도 근거로 들었다.

2. 제품등급 기준을 쓰더라도 B공장 전용 제품만 감면에서 빼야 한다

청구법인은 조심2022광5654 선행결정이 기존 B공장에서만 생산된 선행쟁점제품 3개의 소득을 감면에서 제외했을 뿐이라고 해석했다. 따라서 A공장에서도 생산한 적이 있는 공동생산 제품은 전액 감면하고, 오직 B공장에서만 생산된 제품의 소득만 배제해야 선행결정에 맞는다고 주장했다.

2017년 생산비율도 일반적인 생산구조를 나타내지 못한다고 했다. 카본블랙은 고객 주문과 시장 수요에 따라 해마다 생산 품목과 공장이 달라질 수 있고, 2017년에 B공장에서만 생산했어도 다른 해에는 A공장에서 생산한 사례가 있다는 것이다. 생산량과 소득은 제품별 매출과 원가에 따라 달라지므로 이전 전 생산량 비중과 이후 감면소득 비율이 같아야 한다는 전제도 부당하다고 주장했다.

3. 안분하더라도 증설라인에만 적용해야 한다

청구법인은 기존 B공장 부분과 A공장 이전 부분이 함께 있는 증설라인 OOO에는 안분 문제가 생길 수 있다고 보았다. 반면 기존 노후라인을 철거한 뒤 새로 설치하거나 빈 부지에 만든 OOO·OOO·OOO라인은 A공장을 이전한 신설라인이므로 그 소득 전부를 감면해야 한다고 주장했다.

라인별 구분경리도 근거로 들었다. 감면대상사업인 신·증설라인과 기존사업인 기존라인의 손익이 구분된다면 B공장 전체를 제품등급별로 다시 나눌 이유가 없다는 것이다. 처분청이 든 수원지방법원 판결도 이전공장 소득과 기존공장 소득을 직접 구분할 수 없을 때 안분을 허용한 사안일 뿐, 라인별 소득이 구분되는 이 사건과 다르다고 주장했다.

4. 실질적 동일 제품과 신제품은 감면해야 한다

청구법인은 A공장 제품에 분쇄공정을 더해 구슬형을 가루형으로 바꾸거나, 고객 요청에 따라 일부 규격과 성능을 바꾸거나, 이름만 바꾼 제품은 실질적으로 같은 제품이라고 주장했다. 단순한 물리적 변화나 명칭 변경 때문에 감면을 배제할 수 없다는 입장이다.

또한 2017년에만 우연히 A공장 생산량이 없었으나 그 전후에 A공장에서 생산한 제품도 감면해야 한다고 주장했다. 고객 수요에 따라 생산 시기와 장소가 달라지는 사업 특성상 2017년 한 해만 보는 것은 불합리하다는 것이다.

공장 이전 뒤 같은 업종 안에서 개발한 신제품도 감면대상이라고 주장했다. 지방 이전 뒤 투자와 제품개발로 추가 소득을 얻는 것은 지역균형발전이라는 제도 취지에 맞고, 2010.10.29.자 OOO 예규도 동일 세분류의 신제품 생산 신규라인 소득을 감면대상으로 해석했다는 논리다. 공개 원문은 해당 예규 번호를 OOO로 가렸으므로 정확한 번호를 확인할 수 없다.

처분청 의견

1. 업종 동일성은 자격요건이고 감면소득은 이전공장 귀속분에 한정된다

처분청은 법이 “공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득”을 감면한다고 정했으므로, 감면대상은 폐쇄된 A공장의 생산기능에서 비롯된 소득에 한정된다고 보았다. 업종 동일성은 감면제도 진입요건일 뿐 같은 업종의 모든 소득을 감면하는 근거가 아니라는 의견이다.

카본블랙 안에서도 용도, 물성, 공정이 다른 제품이 존재하고, 같은 산업 세세분류에는 카본블랙과 성질이 전혀 다른 여러 제조업이 함께 포함된다는 점을 들었다. 따라서 산업분류만으로 실제 감면소득의 원천을 가릴 수 없고 제품등급별로 A공장 귀속분을 찾아야 한다고 보았다.

2. 공동생산 제품의 소득은 생산비율로 나누어야 한다

처분청은 공동생산 제품등급 소득에는 A공장 귀속분과 기존 B공장 귀속분이 섞여 있다고 보았다. A공장 생산 이력이 있다는 이유만으로 전액 감면하면 기존 B공장 라인에서 생긴 소득까지 감면되는 결과가 된다. 이에 따라 이전 직전연도인 2017년 제품등급별 A공장 생산량 비율을 객관적 안분 기준으로 삼았다는 의견이다.

처분청은 수원지방법원 2018.2.7. 선고 OOO 판결도 이전공장 소득과 기존공장 소득이 섞인 경우 이전 직전 사업연도의 매출액 비율 등 합리적 기준에 따른 안분을 인정했다고 제시했다. 원문 결정요지에는 사건번호가 2017구합66726으로 적혀 있으나 본문은 OOO로 가려져 있다. 이 글은 원문상 표기를 함께 보존하며, 판결 전문의 범위와 확정 경과를 별도로 단정하지 않는다.

3. 신설라인도 두 공장의 기능을 함께 수행한다

처분청은 신설라인에서 기존 B공장 제품이 생산되고, 기존라인에서 기존 A공장 제품이 생산된 실제 운영상황을 강조했다. 라인을 새로 지었다는 외형만으로 신설라인 전체를 A공장과 동일시할 수 없고, 라인별 구분경리는 이미 정해진 감면사업과 비감면사업의 손익을 나누는 절차일 뿐 감면 범위를 새로 만드는 기준이 아니라는 의견이다.

조심2022광5654도 신설라인의 모든 제품을 감면대상으로 확정한 결정이 아니라고 보았다. 당시 감사원 지적과 심판 대상은 선행쟁점제품에 한정되었으므로, 다른 신설라인 제품의 감면 여부까지 판단한 것으로 확대할 수 없다는 입장이다.

4. 이름·형태·규격이 다른 제품과 신제품을 바로 감면할 수 없다

처분청은 청구법인이 든 제품 사례가 단순 명칭 변경이 아니라 형태나 규격이 바뀐 별도 제품이라고 보았다. 수백 개 제품등급을 별도로 관리한 사실 자체가 거래상 구별되는 제품이라는 징표이고, 심판 단계에서 새로 제시된 자료는 별도 검토가 필요하다는 의견이다.

2017년 이전 생산 이력을 선택적으로 적용하는 것도 객관성과 일관성이 없다고 했다. 특히 청구법인이 예로 든 제품 중 OOO는 선행결정에서 이미 B공장 전용 선행쟁점제품으로 판단된 제품이어서 다시 감면대상에 넣을 수 없다고 보았다. 신제품에 관한 OOO 예규도 일반적인 공장이전 사안이므로 A공장과 B공장을 통합 운영한 이 사건에 그대로 적용할 수 없다는 의견이다.

관련 법령

아래 문구는 이 사건 결정문의 별지에 실린 조문 가운데 판단에 직접 연결된 부분이다. 이 글은 결정문이 제시한 법령 표기와 개정 전 문언을 기준으로 정리하며, 각 사업연도별 시행 시점이나 부칙의 적용관계까지 별도로 단정하지 않는다.

1. 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제1호

지방이전법인은 일정한 소득에 대하여 법인세를 감면받으며, 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득을 감면대상으로 한다.

위 인용은 결정문 수록 조문의 요지다. 심판원은 “그 공장에서 발생하는 소득”을 감면 범위의 핵심 문언으로 보았다. 이전 전후 업종이 같다는 사실만으로 기존 B공장 귀속 소득까지 모두 감면되는 것은 아니라고 판단했다.

2. 구 조세특례제한법 제63조의2 제10항

제63조의2의 감면을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전 공장과 이전 후 공장에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.

이 조항은 업종 동일성 요건을 둔다. 심판원은 이를 감면제도를 적용받기 위한 요건으로 보았지만, 그 요건을 충족한 업종의 모든 소득이 곧바로 이전공장 소득이 되는 것은 아니라고 구분했다.

3. 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제16항

법 제63조의2 제10항에서 대통령령으로 정하는 분류란 한국표준산업분류상의 세분류를 말한다.

A공장과 B공장의 카본블랙 제조업은 세분류상 같았다. 그러나 심판원은 이 사실이 감면 자격요건 충족을 뒷받침할 뿐, 제품별 소득 원천을 가리는 작업을 없애지는 않는다고 판단했다.

4. 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항 제3호와 시행령 제60조의2 제12항 제3호

감면받은 지방이전법인이 수도권에 이전공장 생산제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우에는 일정 범위의 감면세액을 납부하여야 한다.

청구법인은 감면요건의 “업종”과 추징요건의 “같은 제품”을 구별해야 한다고 주장했다. 심판원은 최종 판단에서 이 주장을 독립된 이유로 받아들여 전부 감면을 인정하지 않았다. 감면대상소득의 발생 원천은 제2항 제1호에 따라 이전된 공장인지 따로 판단해야 한다고 보았다.

5. 구 조세특례제한법 제143조 제1항

내국인이 감면대상사업과 그 밖의 사업을 함께 영위하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

청구법인은 라인별 구분경리를 근거로 신설라인 소득 전부 감면을 주장했다. 처분청은 구분경리가 감면소득의 실체적 범위를 창설하지 않는다고 반박했다. 심판원은 라인별 경리보다 실제 교차 생산과 소득 원천의 혼재를 중시했다.

6. 조세특례제한법 기본통칙 63-60…2

결정문은 공장 이전 뒤 한국표준산업분류상 세분류가 다른 새로운 업종을 추가하면 그 추가 업종 소득에는 감면을 적용하지 않는다는 기본통칙을 실었다. 청구법인은 반대로 같은 세분류 안의 소득은 감면해야 한다는 근거로 들었다. 그러나 심판원은 같은 업종이라는 사실과 그 소득이 이전된 공장에서 발생했다는 사실을 별개의 판단 단계로 보았다.

심판원 판단 단계별 분석

1단계. 업종 동일성만으로 신·증설라인 소득 전부를 감면할 수 없다고 판단했다

심판원은 먼저 감면요건과 감면대상소득의 범위를 분리했다. 조세특례제한법 제63조의2는 수도권 과밀억제권역의 공장시설 전부를 수도권 밖으로 이전한 법인에 감면을 허용한다. 동시에 감면소득을 “이전한 공장에서 발생하는 소득”으로 한정한다. 업종 동일성은 감면을 적용받기 위한 요건이지만, 같은 업종에서 발생한 소득 전부가 이전공장 소득이 되는 것은 아니라는 논리다.

조세감면 규정을 엄격하게 해석해야 한다는 원칙도 적용했다. 선행결정 조심2022광5654가 세분류상 같은 업종에 속하는 선행쟁점제품의 감면 배제를 유지했고, 청구법인도 그 뒤 해당 소득을 감면에서 제외해 신고한 사실을 들었다. 이에 따라 쟁점 1의 주위적 청구는 받아들이지 않았다.

이 판단의 범위는 분명하다. 심판원은 업종 동일성이 필요 없다고 한 것이 아니다. 업종 동일성은 필요한 요건이지만 그것만으로 충분하지 않고, 개별 소득이 이전공장의 생산기능에 귀속되는지를 더 보아야 한다고 판단했다.

2단계. 공동생산 제품의 2017년 생산비율 안분은 합리적이라고 판단했다

A공장과 B공장이 함께 생산하던 제품등급에는 이전 뒤에도 A공장 귀속분과 기존 B공장 귀속분이 섞여 있었다. 심판원은 해당 제품이 A공장에서 생산된 이력이 있다는 이유만으로 소득 전부를 감면하면, 이전 대상이 아니었던 기존 B공장 생산분까지 감면된다고 보았다.

직접 구분이 어려운 혼재 소득을 이전 직전연도인 2017년 제품등급별 A공장 생산량 비율로 나누는 방식은 합리적 산정방법으로 인정했다. 결정문은 이전공장 소득과 기존공장 소득이 혼재된 경우 이전 직전 사업연도 매출액 비율 등으로 안분하는 방식을 인정한 수원지방법원 판결의 취지도 근거로 들었다.

따라서 공동생산 제품등급 소득을 안분 없이 전액 감면해야 한다는 쟁점 2의 주장은 기각되었다. 다만 이 결론은 실질적으로 동일한 제품의 제품등급 분류가 정확하다는 전제에서 작동한다. 명칭만 달라 별도 제품으로 분류된 경우는 뒤의 재조사 범위에 들어간다.

3단계. 신설라인도 실제 생산기능이 섞여 있어 전액 감면할 수 없다고 판단했다

심판원은 라인의 물리적 신설 여부보다 실제 생산을 보았다. 신설라인에서 기존 B공장 제품이 생산되고 기존 B공장 라인에서는 기존 A공장 제품이 생산되는 교차 생산 사실에 양측의 다툼이 없었다. 생산팀 직원 진술도 신설라인이 기존 B공장 제품과 A공장 특수용 제품을 함께 생산할 수 있게 되었다는 취지였다.

이런 상황에서 신설라인이라는 외형이나 라인별 구분경리만으로 그 라인 소득 전부를 이전공장 소득으로 볼 수 없다고 판단했다. 신설라인도 A공장 기능과 기존 B공장 기능을 함께 수행한다고 보아 제품등급별 안분방식을 동일하게 적용한 처분에 잘못이 없다고 했다.

이에 따라 안분 대상을 증설라인 OOO로만 제한하고 OOO·OOO·OOO 신설라인 소득 전부를 감면해 달라는 쟁점 3의 주장은 받아들이지 않았다.

4단계. 2017년 이전의 생산 이력만으로 감면 범위를 넓히는 주장은 기각했다

청구법인은 2017년에는 A공장 생산량이 없었지만 그 전후에 A공장에서 생산한 제품이 있다고 주장했다. 심판원은 어느 과거 시점의 생산 이력을 기준으로 할지 객관적이고 일관된 기준을 만들기 어렵다고 보았다. 2017년 이전 생산 이력만으로 감면하면, 반대로 2017년에만 생산되고 그 전에는 생산되지 않은 제품을 어떻게 다룰지도 문제가 된다고 지적했다.

청구법인이 예로 든 OOO 가운데 하나는 조심2022광5654에서 이미 B공장에서만 생산된 선행쟁점제품으로 보아 감면 배제가 확정된 제품이었다. 심판원은 선행결정의 기속력에 비추어 이를 다시 감면대상에 넣을 수 없다고 보았다. 이 부분 쟁점 4 주장은 기각되었다.

5단계. 명칭·포장·형태만 바뀐 실질적 동일 제품은 재조사하도록 했다

심판원은 제품등급 이름이 다르다는 이유만으로 모두 별도 제품이라고 단정하지 않았다. 2017년 A공장 제품과 명칭·포장·형태만 다르고 실질적으로 같은 제품임이 객관 자료로 확인된다면, 제품등급 명칭 차이만으로 소득을 감면에서 뺄 수 없다고 보았다.

다만 심판원이 곧바로 어느 제품이 같은지 확정한 것은 아니다. 요오드흡착량, 질소흡착 비표면적 등 24개 제원 지표와 제품등급 변경관리 내역을 통해 개별 제품등급별로 확인해야 한다고 판단했다. 대표이사 확인서에는 제원 수치가 모두 같은데도 명칭이 다른 제품등급이 일부 존재한다는 취지가 있었지만, 관련 자료가 제출되지 않은 부분도 기록되어 있었다.

따라서 처분청이 감면에서 제외한 제품 가운데 2017년 A공장 제품과 실질적으로 같고 명칭·포장·형태만 바뀐 것이 있는지 재조사하도록 했다. 동일성이 확인되면 해당 제품등급 소득 전부가 감면되는 것이 아니라, 실질적으로 같은 기존 제품의 2017년 A공장 생산비율 상당액만 감면한다.

6단계. 공장 이전 뒤 비로소 생산된 신제품도 재조사하도록 했다

심판원은 신제품을 기존 B공장 전용 제품과 똑같이 취급하지 않았다. 지방이전법인이 공장 이전 뒤 같은 업종 안에서 이전 전 공장이 생산하지 않던 신제품을 생산해 추가 소득을 얻는 것은 수도권 기능의 지방 분산과 지역균형발전이라는 제도 취지에 맞는다고 보았다. 과세관청도 같은 세분류의 신제품 생산 신규라인 소득을 감면대상으로 해석한 자료가 있다는 점을 들었다.

그러나 신제품은 2017년 제품별 생산량 자체가 없으므로 기존 제품의 생산량 비율을 적용할 수 없다. 별도의 소득 구분 규정도 없었다. 심판원은 신제품 소득을 2017년 공장별 매출액 비율로 나누는 것이 합리적이라고 판단했다. 즉 2017년 A공장 매출액을 A·B공장 전체 매출액으로 나눈 비율만큼을 감면대상으로 삼는다.

처분청은 공장 이전 뒤 생산한 제품등급 가운데 실제 신제품 범위를 개별적으로 다시 조사해야 한다. 이 결정 역시 모든 이전 후 제품을 신제품으로 인정한 것이 아니다.

7단계. 재조사와 기각 범위를 최종적으로 분리했다

최종 결과는 다음과 같다.

재조사 결과에 따라 세액이 줄어들 수 있지만, 결정 시점에 구체적인 경정세액이 확정된 것은 아니다. 공개 원문의 세액과 주요 수치는 OOO로 가려져 있다.

비교 결정례와 법리 기준

1. 참조결정 조심2022광5654의 역할

이 사건 원문의 참조결정란에는 조심2022광5654가 명시되어 있다. 같은 청구법인의 2018사업연도 법인세와 관련해, A공장에서 생산된 적 없이 기존 B공장에서만 생산되던 선행쟁점제품 3개의 소득을 감면에서 제외한 처분을 유지한 결정이다.

조심2026광0995는 선행결정을 두 방향으로 사용했다. 첫째, 같은 산업 세분류에 속한다는 이유만으로 모든 카본블랙 소득을 감면할 수 없다는 근거로 삼았다. 둘째, 선행결정이 다룬 제품과 범위를 넘어 신설라인의 모든 다른 제품까지 이미 감면대상으로 확정했다고 볼 수는 없다고 했다. 선행결정의 제품등급별 접근은 이어받되, 실질적 동일 제품과 신제품에 관한 사실확인은 이번 재조사에서 보완하도록 한 것이다.

2. 수원지방법원 2018.2.7. 선고 판결의 역할

원문 결정요지에는 수원지방법원 2017구합66726, 2018.2.7. 선고가 적혀 있다. 본문에서는 사건번호가 OOO로 가려져 있다. 이 판결은 수도권 A공장을 기존 수도권 밖 B공장으로 이전·통합해 이전공장 소득과 기존공장 소득이 혼재된 경우, 이전 직전 사업연도의 매출액 비율 등 객관적이고 합리적인 기준으로 감면소득을 안분할 수 있다는 법리의 근거로 쓰였다.

심판원은 공동생산 제품의 2017년 생산량 비율 안분과 신제품의 2017년 공장별 매출액 비율 안분을 설명할 때 이 취지를 적용했다. 다만 이 글은 원문에 나타난 역할만 정리한다. 판결 전문에서 다룬 모든 사실, 상급심 경과, 확정 범위를 별도로 확인하지 않은 채 넓혀 말하지 않는다.

3. 사건번호를 추가하지 않은 법리 기준 비교

이 비교가 보여주는 핵심은 감면 여부와 감면 비율을 나누어야 한다는 점이다. 실질적 동일 제품 또는 신제품이라는 이유로 재조사 대상에 들어가더라도 소득 전액이 감면되는 것은 아니다. 어떤 안분 기준을 적용할지가 다음 단계다.

실무 시사점

1. 업종 동일성 자료만으로는 감면소득 입증이 끝나지 않는다

수도권 밖 공장이전 감면을 검토할 때 한국표준산업분류 확인서는 출발점일 뿐이다. 이전 전후 업종이 같더라도 기존 지방공장이 함께 운영되거나 통합되었다면, 소득이 이전공장과 기존공장 중 어디에서 발생했는지를 별도로 입증해야 한다.

실무자는 감면요건 검토표와 감면소득 산정표를 분리해야 한다. 앞의 표에는 공장 보유기간, 이전 시점, 업종 동일성 등을 담고, 뒤의 표에는 제품, 라인, 생산량, 매출액, 원가, 공장별 기여와 안분 기준을 담는 방식이 적절하다.

2. 라인별 구분경리만으로는 실제 생산 원천의 혼재를 해결하지 못한다

장부상 신설라인과 기존라인의 손익을 나누었더라도 실제로 제품이 교차 생산되면 라인 명칭과 소득 원천이 일치하지 않을 수 있다. 이 사건에서 심판원은 신설라인이 기존 B공장 제품도 생산한다는 점을 중시했다.

생산지시서, 작업일보, 배치기록, 설비별 가동시간, 원재료 투입, 완제품 입고, 제품별 원가명세를 연결해야 한다. 구분경리 계정만 있고 생산 이력이 연결되지 않으면, 조사 단계에서 과거 생산량 또는 매출액 비율에 따른 추산을 피하기 어렵다.

3. 제품등급 변경관리는 세무 증거가 된다

이름 변경, 포장 변경, 구슬형에서 가루형으로의 형태 변경, 규격 개선이 새 제품인지 같은 제품인지가 감면 범위를 좌우했다. 제품등급 변경관리대장에는 변경 전후 이름뿐 아니라 변경 사유, 제조공정, 핵심 물성, 용도, 고객 요구, 단가, 원가, 품질승인 자료를 함께 남겨야 한다.

특히 24개 제원 지표처럼 객관적으로 비교할 수 있는 수치가 있다면 변경 전후 대조표를 유지해야 한다. 영업비밀이라는 이유로 조사 단계에서 자료를 전혀 내지 않으면 실질적 동일성을 입증하기 어렵다. 비밀유지와 제출 범위를 조정하더라도 판단자가 동일성을 확인할 수 있는 구조는 마련해야 한다.

4. 신제품은 별도 목록과 개발 이력을 갖춰야 한다

이 사건은 신제품 소득의 감면 가능성을 열어 두었지만, 무엇이 신제품인지는 재조사 대상으로 남겼다. 단순 명칭 변경 제품을 신제품이라고 하거나 기존 B공장 제품을 신제품으로 분류하면 신뢰를 잃는다.

신제품 목록에는 최초 개발일, 시제품 생산일, 양산일, 최초 매출일, 이전 전 양 공장의 생산 여부, 연구개발 과제, 설비 투자와의 연계, 기존 제품과의 물성 차이를 기록해야 한다. 2017년 제품별 생산량이 없으므로 공장별 매출액 비율을 적용할 수 있도록 기준연도 매출자료도 보존해야 한다.

5. 선행결정의 사실 범위와 법리 범위를 나누어야 한다

조심2022광5654는 기존 B공장 전용 선행쟁점제품의 감면 배제를 유지했다. 그렇다고 신설라인의 모든 다른 제품이 감면된다고 확정한 것도 아니고, 모든 제품이 감면에서 배제된다고 확정한 것도 아니다.

같은 납세자와 같은 공장에 관한 선행결정이 있으면 주문, 심판 대상 사업연도, 대상 제품, 인정 사실, 판단 기준을 표로 나누어야 한다. 선행결정의 법리는 이어질 수 있지만 심판하지 않은 제품과 기간까지 사실판단이 확장되는 것은 아니다.

6. 재조사 결정 뒤에는 세액보다 분류표가 먼저다

재조사 결정은 환급세액을 확정한 결정이 아니다. 처분청이 실질적 동일 제품과 신제품의 범위를 다시 정하고, 각각 다른 안분 비율을 적용해야 최종 경정세액이 나온다.

납세자는 재조사 초기에 전체 제품등급 대장을 세 묶음으로 정리하는 것이 좋다. 기존 공동생산 제품, 명칭·포장·형태만 바뀐 실질적 동일 제품, 공장 이전 뒤 비로소 생산된 신제품이다. 여기에 기존 B공장 전용 제품과 선행결정 대상 제품을 별도 잠금 항목으로 두면 중복 주장이나 누락을 줄일 수 있다.

실무 체크리스트

공장 이전과 감면요건

• 수도권 공장의 가동 중단일과 지방 공장의 사업개시일을 증빙한다.
• 이전 전후 공장시설의 목록, 장부가액, 설치 위치, 설비 이동과 신규투자 내역을 구분한다.
• 이전 전후 업종을 한국표준산업분류상 세분류 기준으로 확인한다.
• 기존 지방공장이 이미 있었는지, 이전공장과 통합 운영되는지 표시한다.
• 적용 사업연도별 법령 문언과 적용 시점을 별도로 확인하고 부칙을 추정하지 않는다.

제품등급과 생산 이력

• 전체 제품등급의 생성일, 폐기일, 명칭 변경일을 관리한다.
• 제품별로 이전 전 A공장 생산량, B공장 생산량, 공동생산 여부를 정리한다.
• 이전 뒤 라인별·공장별 제품 생산량과 생산지시 자료를 연결한다.
• 브랜드, 성상, ASTM 기준, 주요 물성, 고객 요청 기능을 구조화한다.
• 제품등급 변경 전후 24개 제원 지표와 공정 차이를 대조한다.
• 이름만 다른 제품, 포장만 다른 제품, 형태만 다른 제품, 규격이 바뀐 제품을 구분한다.

실질적 동일 제품 재조사

• 2017년 A공장 제품과 비교할 기준 제품등급을 정확히 짝짓는다.
• 명칭·포장·형태 외에 제조공정과 핵심 물성이 같은지 확인한다.
• 제품등급 변경관리 내역, 품질승인서, 시험성적서, 고객 승인자료를 확보한다.
• 영업비밀 자료의 제출 범위와 비밀보호 방안을 미리 마련한다.
• 동일성이 확인되면 기준 제품의 2017년 A공장 생산비율을 검산한다.
• 실질적 동일성 확인과 감면 비율 계산을 한 단계로 섞지 않는다.

신제품 재조사

• 공장 이전 전 A공장과 B공장 모두에서 생산되지 않았는지 확인한다.
• 최초 개발, 시제품, 양산, 판매 시점을 문서로 연결한다.
• 기존 제품의 단순 변경인지 독립된 신제품인지 설명한다.
• 신·증설라인 투자와 신제품 생산의 관계를 확인한다.
• 2017년 A공장 매출액과 A·B공장 전체 매출액을 같은 기준으로 대조한다.
• 신제품 소득에 적용할 매출액 비율의 분자와 분모가 같은 기간과 회계기준인지 검산한다.

안분과 구분경리

• 제품별 매출액, 직접원가, 공통원가 배부 기준을 일관되게 유지한다.
• 생산량 비율을 쓰는 제품과 매출액 비율을 쓰는 신제품을 구분한다.
• 라인별 손익과 제품등급별 손익이 서로 대사되는지 확인한다.
• 기존 B공장 전용 제품 소득이 감면소득에 섞이지 않았는지 확인한다.
• 선행결정 대상 제품을 다시 감면대상에 넣지 않았는지 점검한다.
• 안분 비율의 기준연도와 자료 원천을 산정서에 명시한다.

불복과 재조사 대응

• 쟁점별로 주위적 청구와 예비적 청구를 분리한다.
• 주문상 재조사 범위와 기각 범위를 제품 목록에 표시한다.
• 재조사 결정이 곧 전액 취소나 환급 확정을 뜻하지 않음을 내부 보고에 밝힌다.
• 선행결정 조심2022광5654의 대상 제품과 판단 범위를 별도 표로 관리한다.
• 공개 원문의 OOO 수치나 제품명을 추정해 문서에 채우지 않는다.
• 재조사 결과 통지와 경정세액 계산서를 받은 뒤 주문 이행 여부를 다시 검토한다.

참고 자료

• 조세심판원 조심2026광0995 결정 원문, 2026.7.22., 법인세, 재조사.
• 조세심판원 조심2022광5654, 2023.2.9. 결정. 이 사건 원문의 참조결정이며, 기존 B공장 전용 선행쟁점제품 관련 소득의 감면 배제를 유지한 역할로 인용되었다.
• 구 조세특례제한법 제63조의2, 법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면.
• 구 조세특례제한법 제143조, 구분경리.
• 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2, 지방이전법인의 법인세 감면 관련 규정.
• 조세특례제한법 기본통칙 63-60…2, 공장 이전 뒤 추가 업종에서 발생한 소득의 세액감면 적용 여부.
• 수원지방법원 2018.2.7. 선고 판결. 원문 결정요지에는 2017구합66726으로 표시되고 본문에는 OOO로 가려져 있으며, 혼재 소득을 이전 직전 사업연도 매출액 비율 등으로 안분하는 법리의 근거로 인용되었다.
• 2010.10.29.자 과세관청 예규. 결정문은 번호를 OOO로 가렸으며, 같은 산업 세분류 안의 신제품 생산 신규라인 소득에 관한 해석 자료로 언급되었다.