[재조사] 배우자가 전부 출자한 법인과의 특수관계 및 냉동보관료 시가 (조심2026소1475)

배우자가 거래 법인의 주식을 전부 보유하고 있다는 사실만으로 개인사업자와 그 법인 사이에 곧바로 세법상 특수관계가 성립하는지가 문제 된 사건이다. 개인사업자는 배우자 소유 법인의 냉동창고를 이용하고 보관료를 필요경비에 넣었다. 처분청은 두 당사자가 특수관계에 있고 보관료가 시가보다 높다고 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용했다.

심판원은 배우자의 법인 지배와 청구인의 법인 지배를 구분했다. 배우자가 주식을 전부 소유했다면 배우자가 법인에 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수 있지만, 그 사실만으로 청구인이 배우자를 통해 법인을 지배한다고 볼 수는 없다고 판단했다. 또한 시가는 특수관계가 없는 당사자 사이의 실제 거래를 우선 기준으로 삼아야 하는데, 처분청의 계산은 그러한 거래를 충분히 확인하지 않은 것으로 보았다. 이에 특수관계와 보관료 시가를 모두 재조사하도록 했다.

사건 개요

주문

기흥세무서장이 2025.12.5. 청구인에게 한 2022년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 청구인과 농업회사법인 A 주식회사 간에 특수관계가 성립하는지 여부 및 청구인이 위 법인에 지급한 보관료의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

공개 결정문에는 처분일이 서로 다르게 적혀 있다. 주문은 2025년 12월 5일로 기재했지만 처분개요는 2026년 12월 5일로 기재했다. 심판청구일이 2026년 2월 11일이므로 처분개요의 날짜는 시간 순서와 맞지 않는다. 다만 공개 원문만으로 어느 기재가 정확한지 확정하거나 오기라고 단정할 수 없어, 사건 개요에서는 주문의 날짜를 따르고 충돌 사실을 함께 밝힌다.

거래 구조

농업회사법인 C 주식회사 등
      |
      | 냉동돈육 등 공급
      v
청구인 개인사업장
식육포장 처리업
      |
      | 자체 냉동보관시설 없음
      | 2022.01.01. 창고 임치 계약
      | 2022.01.03.부터 2022.12.30.까지 478회 입고
      v
농업회사법인 A 주식회사
쟁점법인·냉동창고 운영
      ^
      |
      | 배우자 B: 대표이사·발행주식 전부 소유
      | 청구인: 주주·임원으로 등재되지 않음
      |
      +-------------------------------+

쟁점법인 -> 청구인
2022.09.30. 및 2022.12.31. 세금계산서 발급

청구인 -> 쟁점법인
부가가치세를 포함한 보관료 OOO원을 현금 지급했다고 주장

청구인 -> 종합소득세 신고
보관료 OOO원을 2022년 사업소득 필요경비에 반영

처분청 -> 부당행위계산 부인
특수관계 성립 + 보관료 과다 지급을 전제로 필요경비 재산정

심판원 -> 재조사
청구인의 경영 지배 여부와 비특수관계 거래 기준 시가를 다시 확인

거래 자체와 특수관계는 별개의 판단 대상이다. 청구인이 쟁점법인의 창고를 실제 이용한 사실, 세금계산서를 수취한 사실, 보관료를 비용으로 신고한 사실만으로 청구인이 법인의 경영을 지배했다고 볼 수는 없다. 반대로 특수관계가 성립하지 않는다면 소득세법 제41조를 적용할 출발 요건이 충족되지 않는다. 특수관계가 성립하더라도 보관료가 정상 가격보다 높고 그 결과 조세 부담이 부당하게 줄었는지를 다시 판단해야 한다.

처분 경위

청구인은 경기도 OOO에서 OOO이라는 상호로 식육포장 처리업을 영위했다. 농업회사법인 C 주식회사 등에서 돈육을 공급받아 OOO 등에 판매했으며 자체 냉동보관시설은 없었다. 청구인은 배우자 B이 대표이사인 쟁점법인의 냉동창고에 물품을 보관해 왔다.

청구인과 쟁점법인은 2022년 1월 1일 창고 임치 계약을 맺었다. 청구인은 2022년 과세기간에 쟁점법인에 냉동보관료 OOO원을 지급하고 이를 사업소득 필요경비에 반영해 종합소득세를 신고·납부했다.

처분청은 2025년 8월 26일부터 9월 10일까지 개인통합조사를 실시했다. 조사 결과 청구인과 쟁점법인 사이에 특수관계가 성립하고, 청구인이 쟁점법인에 시가보다 높은 보관료를 지급했다고 판단했다. 처분청은 보관료 시가를 월 OOO원으로 계산하고 필요경비를 다시 산정해 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지했다.

청구인은 2026년 2월 11일 심판청구를 제기했다. 공개 결정문의 주문은 처분일을 2025년 12월 5일로 적고 있으나 처분개요는 2026년 12월 5일로 적고 있어 내부 기재가 일치하지 않는다.

핵심 쟁점

이 사건은 두 쟁점을 순서대로 판단해야 한다.

1. 청구인의 배우자가 쟁점법인의 발행주식을 전부 소유한다는 이유로 청구인이 배우자를 통해 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수 있는가.
2. 특수관계가 성립한다는 전제에서, 처분청이 월 OOO원으로 정한 냉동보관료 시가가 비특수관계 거래 기준에 따라 적정하게 산정됐는가.

첫째 쟁점은 단순한 친족관계가 아니라 개인과 법인 사이의 경영지배관계에 관한 문제다. 배우자 B과 청구인은 친족관계지만, 거래 상대방은 B 개인이 아니라 쟁점법인이다. 따라서 청구인과 법인의 특수관계를 인정하려면 청구인이 직접 또는 배우자를 통해 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다는 요건이 확인돼야 한다.

둘째 쟁점은 비용의 실재만이 아니라 가격의 정상성에 관한 문제다. 창고 용역이 실제 제공됐더라도 특수관계인에게 시가보다 높은 금액을 지급해 개인사업자의 소득을 줄였다면 부당행위계산 부인이 문제 될 수 있다. 그러나 시가와 부인액은 과세관청이 적법한 비교 기준과 자료로 산정해야 한다.

청구인 주장

1. 배우자의 지분 보유만으로 청구인의 지배력을 추정할 수 없다

청구인은 쟁점법인의 주주나 임원이 아니고, 임원 임명이나 사업방침 결정에 관여한 사실도 없다고 주장했다. 배우자 B이 대표이사이자 주식 전부의 소유자라는 사실은 B의 지배력을 보여줄 뿐, 청구인이 B을 통해 쟁점법인을 지배했다는 사실까지 보여주는 것은 아니라는 논리다.

청구인은 B이 엄격한 가부장적 인물이어서 쟁점법인에 관한 간섭이나 조언을 허용하지 않았다고 주장했다. 이 주장은 부부 관계에 관한 청구인의 설명이며 그 자체로 심판원이 확정한 사실은 아니다. 다만 쟁점법인의 주주총회 의사록 등 임원 선임과 사업방침 결정 과정을 확인할 자료가 제출되지 않아 청구인이 실제로 경영 의사결정에 관여했는지를 직접 확인하기 어려웠다.

2. 보관료 시가는 실제 보관물량과 보관기간으로 계산해야 한다

청구인은 보관료의 과다 여부를 판단하려면 보관료와 실제 보관물량을 대응시켜야 한다고 주장했다. 처분청이 2020년부터 2024년까지 매출원가와 재고자산이 비슷하다는 사정을 근거로 월 보관료를 정한 것은 창고 용역의 실제 사용량과 가격을 직접 계산한 방식이 아니라는 것이다.

청구인에 따르면 처분청은 조사대상 과세기간보다 2년 뒤인 2024년 11월 30일자 세금계산서를 토대로 월 보관료 시가를 OOO원으로 적은 확인서를 작성하게 했다. 청구인은 이를 다른 과세기간의 당사자 간 거래에서 값을 끌어온 방식이라고 보았다.

3. 해당 과세기간의 비특수관계 거래 기준이 필요하다

청구인은 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호를 들어, 용역 시가를 계산할 때 해당 사업연도 중 특수관계인이 아닌 자에게 제공한 유사한 용역 거래나 비특수관계 제삼자 사이의 일반 거래 수익률을 사용해야 한다고 주장했다.

또한 부당행위 여부는 행위 당시를 기준으로 판단해야 하는데 처분청은 2020년부터 2024년까지의 거래를 폭넓게 보았고, 특히 2024년 거래를 2022년 시가의 근거로 삼았으므로 기준 시점이 맞지 않는다고 주장했다.

4. 처분청이 부인한 OOO원은 근거가 부족하다

처분청은 청구인이 지급한 보관료 OOO원 가운데 정상 보관료로 본 연 OOO원을 제외한 OOO원을 소득금액에 더했다. 청구인은 월 OOO원이라는 기준 자체가 실제 보관물량, 보관기간, 비특수관계 거래를 반영하지 못했으므로 부인액도 유지될 수 없다고 주장했다.

처분청 의견

1. 배우자를 통한 경영지배관계가 성립한다

처분청은 국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 제1호를 근거로, 개인이 친족을 통해 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하면 그 법인이 특수관계인에 해당한다고 보았다. 배우자 B이 쟁점법인의 지분을 전부 소유하므로 청구인이 B을 통해 법인에 지배적인 영향력을 행사하는 관계라는 의견이다.

2. 전자세금계산서와 업무 자료가 경제적 연결을 보여준다

처분청은 청구인과 쟁점법인이 발행하거나 수취한 전자세금계산서에 같은 이메일 주소가 사용됐고, CPU 고유번호와 저장매체 고유번호도 같다고 주장했다. 조사 당시 청구인의 사무실에서 쟁점법인의 창고수불 내역을 보여줬다는 점도 들었다. 처분청은 이를 청구인이 쟁점법인의 업무를 실제로 수행했다는 정황으로 평가했다.

다만 이러한 정황이 세금계산서 발급이나 자료 관리의 편의를 보여주는지, 청구인이 임원 임면이나 사업방침 결정 등 법인 경영을 지배했다는 사실까지 보여주는지는 별도로 판단해야 한다.

3. 보관료 지급 형태가 통상적인 거래와 다르다

청구인은 2022년 9월 30일자와 12월 31일자 세금계산서를 수취하고 부가가치세를 포함한 OOO원을 필요경비에 넣었다. 처분청은 2020년에는 매월 OOO원을 지급하다가 2021년에는 지급하지 않았고, 2022년부터 2024년까지 지급액도 일정하지 않았다고 지적했다.

쟁점법인은 다른 거래처에는 매달 세금계산서를 발급했지만 청구인에게는 2022년 9월과 12월에만 보관료를 청구했다. 처분청은 계약상 월 단위 정산과 다른 이 거래 형태를 비정상적인 특수관계 거래의 정황으로 보았다.

4. 개인의 고율 소득을 법인의 저율 소득으로 옮겼다

처분청은 청구인이 보관료를 과다 계상해 개인사업자의 매입과 쟁점법인의 매출을 함께 늘렸다고 보았다. 그 결과 40% 세율이 예상되는 청구인의 소득이 10% 세율을 적용받는 쟁점법인으로 이전되어 전체 세 부담이 줄었다는 의견이다.

이 세율과 소득 이전 주장은 처분청 의견이다. 심판원 최종 판단은 40%와 10%의 세율 차이를 별도로 채택하거나 배척하지 않았다. 심판원은 보관료 지급형태나 과다 여부가 거래의 경제적 합리성을 판단하는 근거가 될 수는 있어도, 이를 근거로 청구인의 경영 지배를 단정하기는 어렵다고 보았다.

5. 계약서와 입고자료로 보아 월 OOO원은 합리적이다

청구인이 제출한 2022년 1월 1일자 창고 임치 계약서에는 일일 보관료 OOO원과 입출고비 OOO원을 월 단위로 정산하고 다음 달 5일까지 현금으로 지급하는 내용이 있었다. 처분청은 이 산정 방식이 쟁점법인이 제삼자와 거래할 때 적용하는 방식과 같다고 보았다.

청구인은 지급액의 구체적인 계산 내역 없이 매달 지급했어야 할 보관료를 어림해 정했다고 구두로 소명했다. 처분청은 매달 입출고 수량이 같다는 청구인의 설명과 2021년부터 2024년까지 매출원가와 재고자산이 비슷한 점을 고려해 청구인이 확인서에 적은 월 OOO원을 시가로 인정했다고 설명했다.

처분청은 별도 계산도 제시했다. 계약서상 일일 보관료, 연간 입고 수량 OOO박스, 보관기간 2주, 입고 횟수 478회를 적용하면 연 OOO원이 산출되어 월 OOO원을 기준으로 한 연간 시가 OOO원과 큰 차이가 없다는 의견이다. 다만 실제 보관기간 자료는 없었고 2주는 처분청이 냉동제품이라는 이유로 가정한 기간이었다.

증거와 확인된 사실

1. 쟁점법인의 지분과 임원 구성

쟁점법인은 농업경영 생산성 향상 등을 목적으로 2015년 1월 2일 설립됐다. 등기사항전부증명서상 사내이사는 청구인의 배우자 B 한 명이고 감사는 D이다. 청구인은 쟁점법인의 임원으로 등재되지 않았다.

B이 2023년 3월 21일 화성세무서에 제출한 주식등변동상황명세서에 따르면 쟁점법인의 발행주식 OOO주를 B이 전부 소유했다. 이 자료는 B의 주식 보유와 법인 지배를 보여준다. 청구인이 법인의 경영에 관여했는지는 별도 자료로 확인해야 한다.

2. 경영 의사결정 자료의 부재

쟁점법인의 임원 선임이나 사업방침 결정 과정을 확인할 주주총회 의사록 등은 제시되지 않았다. 따라서 청구인이 임원 임면권을 행사했는지, 사업방침을 결정했는지, 배우자에게 경영 지시를 했는지를 공개 원문만으로 확인할 수 없다.

처분청이 제시한 같은 이메일 주소와 장치 고유번호, 청구인의 사무실에서 확인된 창고수불 내역은 두 사업체의 업무 처리 환경이 연결됐다는 정황이다. 그러나 심판원은 이 자료만으로 청구인이 직접 또는 배우자를 통해 법인의 경영을 지배했다고 단정하지 않았다.

3. 창고 임치 계약

2022년 1월 1일자 계약은 청구인 소유 물품을 쟁점법인의 냉동창고에 맡기는 데 필요한 사항을 정했다. 계약서에는 일일 보관료, 파렛트 기준, 돈육 박스 기준, 입출고비, 월 정산, 다음 달 5일까지 현금 지급 조건이 있었으나 공개 원문의 구체적인 금액과 일부 수량은 OOO로 가려져 있다.

계약서는 거래 조건의 출발점이지만 실제 지급액의 적정성을 곧바로 증명하지는 않는다. 계약식에 실제 입고 수량, 출고 수량, 각 물품의 보관기간을 넣어 계산한 월별 명세가 있어야 계약상 금액과 청구액이 맞는지 확인할 수 있다.

4. 실제 입고 내역과 보관기간

냉동창고 입고내역에 따르면 청구인은 2022년 1월 3일부터 12월 30일까지 478회에 걸쳐 냉동돈육 등 OOO박스를 입고했다. 청구인은 부위에 따라 1개월부터 6개월까지 보관되지만 수요가 많으면 1주일 안에 출고되는 경우도 있다고 설명했다.

입고 횟수와 수량은 확인됐지만 각 입고분의 출고일과 실제 보관일수 자료는 없었다. 처분청은 냉동제품임을 고려해 보관기간을 2주로 가정했다. 실제 보관기간이 1주일부터 6개월까지 달라질 수 있다는 청구인의 설명과 비교하면, 2주 가정이 전체 물량을 대표하는지는 추가 확인이 필요하다.

5. 세금계산서와 지급 주장

쟁점법인은 2022년 9월 30일과 12월 31일 청구인에게 세금계산서를 발급했다. 청구인은 해당 거래대금을 현금으로 지급했다고 주장했다. 공개 원문에서는 세금계산서와 지급액이 OOO로 가려져 있어 구체적인 금액을 확인할 수 없다.

두 세금계산서의 공급자와 공급받는 자 이메일 주소는 같았다. 2024년 11월 30일자 세금계산서와 비교하면 이 주소는 청구인의 이메일 주소와 같은 것으로 나타났다. 이 사실은 발급 업무의 연결성을 보여주지만 경영 지배의 범위와 강도는 별도 증명이 필요하다.

6. 연도별 거래 형태

처분청이 확인한 자료에 따르면 청구인이 쟁점법인에 지급한 보관료 등은 2020년, 2022년, 2023년, 2024년에 서로 달랐고 2021년에는 지급하지 않았다. 쟁점법인은 다른 거래업체에는 매달 세금계산서를 발급했지만 청구인에게는 2022년 9월과 12월에 발급했다.

이 차이는 계약상 월 정산과 실제 청구 방식이 달랐다는 점을 보여준다. 다만 거래 방식이 이례적이라는 사실은 가격의 경제적 합리성을 판단하는 자료일 수 있어도, 청구인의 법인 경영 지배를 자동으로 증명하지는 않는다.

7. 월 OOO원 확인서

청구인은 2025년 9월경 보관료 시가를 월 OOO원으로 적은 확인서를 처분청에 제출했다. 청구인은 처분청이 2024년 11월 30일자 세금계산서를 토대로 확인서를 작성하게 했다고 주장했다. 처분청은 매출원가와 재고자산이 비슷한 점 등을 고려해 청구인이 제시한 값을 인정한 것이라고 설명했다.

확인서는 청구인이 제출한 자료이므로 증거 가치가 있다. 그러나 값의 산출 과정, 확인 당시 설명, 2022년 실제 거래와의 대응 관계를 함께 살펴야 한다. 심판원은 확인서만으로 법령상 시가 기준이 충족됐다고 보지 않았다.

8. 처분청의 계약식 계산

처분청은 계약서의 일일 보관료와 입출고비, 입고 수량, 478회의 입고 횟수, 가정한 2주 보관기간을 사용해 거래가액을 계산했다. 그 결과가 월 OOO원을 연간으로 환산한 값과 큰 차이가 없다고 보았다.

그러나 계산의 핵심 변수인 보관기간은 실제 출고자료가 아니라 가정에 근거했다. 또한 법인세법 시행령 제89조가 우선 요구하는 비특수관계 거래 가격을 직접 적용한 계산인지도 확인되지 않았다. 쟁점법인에 청구인 외 거래처가 있었으므로 그 거래의 품목, 온도, 파렛트 구성, 입출고 조건, 보관기간, 물량 할인 등을 비교할 여지가 있었다.

관련 법령

소득세법 제41조 부당행위계산

소득세법 제41조는 사업소득 등이 있는 거주자의 행위나 계산이 특수관계인과의 거래로 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 줄인 것으로 인정되면, 과세관청이 그 행위나 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있도록 한다.

이 규정을 적용하려면 적어도 다음 요소가 필요하다.

1. 거래 상대방이 법령상 특수관계인이어야 한다.
2. 특수관계인과의 거래가 있어야 한다.
3. 거래로 거주자의 조세 부담이 부당하게 감소해야 한다.
4. 정상 가격과 실제 거래가액의 차이를 적정한 방법으로 산정해야 한다.

이 사건에서는 첫째 요소인 특수관계 성립부터 충분히 확인되지 않았고, 넷째 요소인 정상 보관료 산정도 재검토가 필요하다고 판단됐다.

소득세법 시행령 제98조

소득세법 시행령 제98조 제1항은 소득세법 제41조의 특수관계인을 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항, 제2항, 제3항 제1호에 따른 관계로 정한다.

같은 조 제2항은 특수관계인에게서 자산이나 용역을 높은 가격으로 제공받는 경우, 그 밖에 특수관계 거래로 총수입금액이나 필요경비를 계산할 때 조세 부담을 부당하게 줄인 것으로 인정되는 경우 등을 규정한다. 일정 유형에는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이어야 한다는 기준도 둔다.

같은 조 제3항과 제4항은 시가 산정과 소득금액 계산에 법인세법 시행령 제89조의 관련 규정을 준용하도록 한다.

국세기본법 시행령 제1조의2

국세기본법 시행령 제1조의2는 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계를 구분한다. 배우자는 친족관계에 포함된다. 그러나 이 사건의 거래 상대방은 배우자 개인이 아니라 법인이므로, 청구인과 법인 사이의 경영지배관계를 별도로 보아야 한다.

본인이 개인인 경우, 본인이 직접 또는 친족관계나 경제적 연관관계에 있는 자를 통해 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하면 그 법인은 특수관계인이 된다. 영리법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 것으로 보는 요건에는 법인 발행주식총수나 출자총액의 30% 이상을 출자한 경우와 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 경영에 사실상 영향력을 행사한다고 인정되는 경우가 포함된다.

배우자 B은 쟁점법인의 주식을 전부 보유하므로 B 자신의 지배적 영향력은 인정될 수 있다. 그러나 청구인이 B을 통해 법인을 지배했다고 보려면 청구인의 영향력 전달 관계가 따로 확인돼야 한다는 것이 이 결정의 핵심이다.

법인세법 시행령 제89조

법인세법 시행령 제89조 제1항은 유사한 상황에서 법인이 특수관계인이 아닌 불특정 다수인과 계속 거래한 가격 또는 비특수관계 제삼자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격을 시가로 삼도록 한다.

일반 거래 가격 등을 적용할 수 없는 용역 거래에서는 같은 조 제4항 제2호에 따라 용역 제공 원가와, 해당 사업연도 중 비특수관계인에게 제공한 유사 용역 거래 또는 비특수관계 제삼자 간 일반 용역 거래의 수익률을 이용해 계산한다.

이 사건의 냉동보관료 시가를 판단할 때에는 쟁점법인이 청구인 외 거래처에 실제 적용한 가격이 우선적인 비교 자료가 될 수 있다. 그것이 없거나 비교 가능성이 낮다면 비슷한 냉동축산물 창고 사이의 일반 거래 가격이나 법령상 보충 계산 방식이 검토 대상이 된다.

심판원 판단

1단계: 배우자의 법인 지배와 청구인의 법인 지배는 다르다

배우자 B은 쟁점법인의 주식을 전부 보유했다. 국세기본법 시행령상 출자 기준에 따르면 B이 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수 있다.

그러나 B의 지배력은 곧바로 청구인의 지배력이 되지 않는다. 배우자라는 친족관계는 청구인이 B을 통해 영향력을 행사할 수 있는 관계의 통로가 될 수 있지만, 실제로 그러한 영향력이 행사됐는지는 별도의 문제다. 심판원은 주식 보유 관계만으로 청구인이 배우자를 통해 법인의 경영을 지배했다고 인정하기 어렵다고 보았다.

2단계: 청구인의 지배적 영향력은 과세관청이 따로 증명해야 한다

심판원은 대법원 2024년 7월 25일 선고 2022두63386 판결과 같은 취지로, 청구인이 배우자를 통해 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사했다는 점은 과세관청이 별도로 증명해야 한다고 판단했다.

따라서 재조사에서는 관련 법령이 든 임원 임면권 행사와 사업방침 결정 등 청구인이 경영에 사실상 영향력을 행사했는지를 뒷받침하는 자료를 확인할 필요가 있다.

3단계: 업무 환경의 연결 정황만으로 경영 지배를 단정할 수 없다

처분청은 같은 이메일 주소, CPU 고유번호, 저장매체 고유번호와 청구인 사무실에서 확인한 창고수불 자료를 업무 연결의 근거로 들었다. 다만 공개 결정문의 사실관계 부분에서 직접 확인된 것은 세금계산서의 동일 이메일 주소다. 장치 정보와 창고수불 자료는 처분청 의견으로 제시됐고, 심판원이 이를 독립적으로 확인된 사실로 채택했다고 밝히지는 않았다. 심판원은 보관료 지급형태나 과다 여부가 경제적 합리성을 판단하는 자료일 수 있어도 청구인의 경영 지배를 단정할 근거는 아니라고 보았다.

4단계: 특수관계가 확인돼야 부당행위계산 부인을 적용할 수 있다

소득세법 제41조는 특수관계인과의 거래를 전제로 한다. 청구인과 쟁점법인의 특수관계가 확인되지 않으면 보관료가 높다는 이유만으로 이 규정을 적용할 수 없다.

심판원은 처분청이 청구인의 실제 경영 관여를 재조사하고, 그 결과 특수관계가 성립하는 경우에만 부당행위계산 부인 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단했다. 재조사 결정은 특수관계가 없다고 최종 확정한 것이 아니라, 현재 자료만으로 성립을 단정하기 어렵다는 판단이다.

5단계: 시가의 주장과 증명 책임은 과세관청에 있다

심판원은 대법원 2005년 5월 12일 선고 2003두15287 판결을 참조해, 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가나 적정 임대료를 주장하고 증명할 책임은 과세관청에 있다고 보았다.

납세자가 비용을 신고했다는 이유만으로 납세자가 모든 정상 가격을 먼저 증명해야 하는 구조가 아니다. 과세관청이 실제 거래가액을 부인하려면 법령이 정한 시가 기준과 비교 자료를 제시하고 차액을 계산해야 한다.

6단계: 비특수관계 거래를 우선 확인해야 한다

법인세법 시행령 제89조는 해당 법인과 비특수관계인 사이의 거래나 비특수관계 제삼자 사이의 일반 거래를 우선 기준으로 삼는다. 처분청은 청구인의 여러 해 매출원가와 재고자산, 계약서, 입고 수량, 청구인이 작성한 확인서를 이용했지만 비특수관계 거래를 직접 기준으로 산정한 사정은 나타나지 않았다.

쟁점법인은 청구인 외에도 거래업체가 있었다. 따라서 다른 거래처에 적용한 냉동보관료가 존재하는지, 거래 조건이 비교 가능한지, 조정이 필요한 차이가 무엇인지 먼저 확인할 수 있었다. 심판원은 냉동축산물 보관창고가 제삼자 유사 거래를 찾기 어려울 정도로 희소한 업종으로 보이지도 않는다고 판단했다.

7단계: 실제 보관기간 없는 2주 가정만으로 시가를 확정하기 어렵다

계약서상 보관료가 일수와 물량에 따라 달라진다면 실제 보관기간은 핵심 자료다. 청구인은 제품이 1주일 안에 출고되기도 하고 1개월부터 6개월까지 보관되기도 한다고 설명했다. 처분청은 실제 출고자료가 없는 상태에서 2주를 가정했다.

이 가정 계산이 월 OOO원과 비슷한 결과를 냈더라도, 계산 입력값의 대표성이 확인되지 않으면 정상 가격을 확정하기 어렵다. 실제 입출고 기록을 복원하거나 비교 가능한 제삼자 거래를 확인해 다시 계산해야 한다.

8단계: 두 쟁점을 모두 재조사해야 한다

심판원은 특수관계 성립 여부와 보관료 시가를 모두 재조사하도록 했다. 재조사 결과 청구인이 배우자를 통해 쟁점법인의 경영을 지배하지 않은 것으로 확인되면 소득세법 제41조 적용 전제가 무너질 수 있다.

특수관계가 확인되더라도 실제 지급액과 적정 시가의 차이, 거래의 경제적 합리성, 조세 부담 감소 여부를 다시 판단해야 한다. 주문은 이러한 재조사 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 했다.

판단의 경계

이 결정은 배우자 소유 법인과 거래하면 언제나 특수관계가 없다는 뜻이 아니다. 청구인이 배우자를 통해 임원을 정하거나 사업방침과 자금 운용을 사실상 결정했다는 자료가 있으면 경영지배관계가 인정될 수 있다.

또한 지급한 보관료 전액이 적정하다고 인정한 결정도 아니다. 심판원은 처분청이 정한 월 OOO원의 시가가 법령상 비교 기준과 충분히 연결되지 않았다고 판단했을 뿐이다. 재조사에서 비교 가능한 비특수관계 거래와 실제 보관물량·기간이 확인되면 일부 비용이 다시 부인될 가능성이 있다.

비교 법리

공개 결정문의 [참조결정]과 [따른결정]에는 조세심판원 사건번호가 기재돼 있지 않다. 따라서 별도의 심판례 번호를 추가하지 않는다. 다만 결정문 판단 부분이 명시적으로 든 두 대법원 판결과 이 사건의 관계를 비교할 수 있다.

대법원 2022두63386 판결과의 비교

결정문은 대법원 2024년 7월 25일 선고 2022두63386 판결을 같은 취지의 근거로 들었다. 이 사건이 끌어온 법리는 친족이 법인을 지배한다는 사실만으로 본인이 그 친족을 통해 법인을 지배한다고 자동 추정할 수 없고, 본인의 지배적 영향력은 과세관청이 별도로 증명해야 한다는 것이다.

조심2026소1475에서 배우자 B의 지분율은 전부였지만 청구인은 주주나 임원이 아니었다. 처분청은 같은 이메일 주소와 장치 정보, 청구인 사무실의 창고수불 자료를 들었지만, 공개 결정문의 사실관계 부분에서 직접 확인된 것은 세금계산서의 동일 이메일 주소다. 장치 정보와 창고수불 자료는 처분청 의견으로만 제시됐고 심판원이 이를 독립적으로 확인된 사실로 채택했다고 밝히지 않았다. 따라서 대법원 판결의 증명 기준이 특수관계 재조사의 직접 근거가 됐다.

대법원 2003두15287 판결과의 비교

결정문은 대법원 2005년 5월 12일 선고 2003두15287 판결을 들어 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가 또는 적정 임대료의 주장·증명책임이 과세관청에 있다고 보았다.

조심2026소1475에서 처분청은 여러 해의 매출원가와 재고자산, 2024년 세금계산서를 토대로 작성된 확인서, 계약서와 2주 보관 가정을 사용했다. 그러나 비특수관계 거래 가격을 직접 확인한 사정은 나타나지 않았다. 이 판결의 입증책임 원칙이 보관료 시가 재조사의 근거가 됐다.

법리 기준 비교표

이 사건의 핵심은 가족 거래에 대한 의심을 금지한 것이 아니라, 의심에서 법적 요건으로 넘어가는 증명의 단계를 요구한 데 있다. 배우자의 출자 사실, 거래의 이례성, 세 부담 감소 효과는 조사 단서가 될 수 있다. 그러나 청구인의 경영 지배와 정상 가격은 각각 법령이 요구하는 자료로 증명해야 한다.

실무 시사점

1. 친족관계와 법인 경영지배관계를 분리해야 한다

배우자는 서로 친족관계에 있지만 배우자가 소유한 법인까지 자동으로 상대 배우자의 특수관계인이 되는 것은 아니다. 개인과 법인 사이에는 경영지배관계가 성립하는지 별도 검토가 필요하다.

세무 검토에서는 지분표만 보지 말고 임원 임면, 사업계획 승인, 자금 집행, 거래처 선정, 인사, 회계 접근권, 법인 인감과 인증서 관리가 누구에게 있었는지 확인해야 한다. 명의상 대표와 실제 의사결정자가 다르면 그 사실을 뒷받침하는 자료가 중요하다.

2. 공동 이메일과 장치는 강한 조사 단서가 된다

서로 다른 사업자가 같은 이메일 주소, 컴퓨터, 저장매체를 사용하면 업무와 회계가 실질적으로 분리됐는지 의심받기 쉽다. 이 사건에서는 그러한 정황만으로 경영 지배가 확정되지는 않았지만 재조사 대상이 됐다.

가족 사업체 사이에는 전자세금계산서 계정, 공동인증서, 회계 파일, 인터넷 뱅킹 권한, 재고 시스템 접근권을 사업자별로 분리할 필요가 있다. 한 사람이 단순 입력 업무를 대신한다면 업무위탁 범위와 승인 절차를 문서로 남겨야 한다.

3. 계약서와 실제 정산이 맞아야 한다

계약서가 월별 물량과 보관일수를 기준으로 정산하도록 정했다면 실제 세금계산서도 그 구조와 맞아야 한다. 여러 달의 거래를 특정 두 달에 몰아 청구하거나, 계산 명세 없이 둥근 금액을 지급하면 정상 거래인지 의심받기 쉽다.

월별 입고일, 출고일, 파렛트 수, 박스 수, 온도 조건, 보관일수, 입출고 작업 횟수, 단가, 할인과 할증을 연결한 정산표가 필요하다. 세금계산서 공급시기와 현금 지급일도 계약 조건과 맞춰야 한다.

4. 시가 자료는 거래 당시 확보해야 한다

조사 때 몇 년 뒤의 세금계산서로 과거 시가를 설명하면 시장 조건과 물량 차이를 조정하기 어렵다. 가장 좋은 자료는 같은 과세기간에 같은 창고가 비특수관계 거래처에 적용한 가격이다.

내부 비교가 어렵다면 비슷한 지역, 보관 온도, 품목, 물량, 회전율, 입출고 작업 조건을 가진 제삼자 견적을 확보해야 한다. 계약 당시 견적서와 가격 결정표를 남기면 사후에 시가를 복원하는 부담이 줄어든다.

5. 냉동보관료는 단가만으로 비교하면 안 된다

냉동창고 가격은 보관일수와 물량뿐 아니라 파렛트 구성, 박스 크기, 입출고 빈도, 급속동결 여부, 온도대, 성수기, 최소 보관료, 하역 작업, 재고관리 범위에 따라 달라질 수 있다.

비교 거래를 고를 때는 명목 단가가 같은지만 볼 것이 아니라 용역 조건이 유사한지 확인해야 한다. 조건 차이가 있다면 합리적인 조정 근거를 남겨야 한다.

6. 확인서는 산출 근거와 함께 작성해야 한다

월 OOO원이라는 확인서가 있어도 그 값이 무엇을 기준으로 계산됐는지 불분명하면 시가의 결정적 증거가 되기 어렵다. 확인서에는 대상 기간, 물량, 보관일수, 단가, 비교 거래, 작성 경위와 첨부 자료를 명확히 적어야 한다.

조사 과정에서 확인서를 제출할 때는 문구와 계산표가 실제 자료와 일치하는지 검토해야 한다. 추정값이라면 확정값처럼 적지 말고 추정의 전제와 한계를 표시해야 한다.

7. 세 부담 차이는 경제적 합리성 검토의 시작점이다

개인사업자의 높은 세율 구간에서 가족 법인의 낮은 세율 구간으로 소득이 옮겨지면 과세관청은 거래 가격을 엄격하게 본다. 그러나 세율 차이만으로 부당행위계산 부인이 완성되는 것은 아니다.

실제 용역 필요성, 용역 수행, 가격 산정, 지급, 법인의 수익 인식과 비용 구조가 모두 맞아야 한다. 특히 가족 법인과 반복 거래한다면 독립된 제삼자와 같은 승인과 정산 절차를 적용하는 것이 안전하다.

8. 재조사 결정 뒤에는 두 갈래 자료가 필요하다

재조사에서는 먼저 청구인의 경영 지배 여부를 가를 자료가 필요하다. 주주총회와 이사회 자료, 법인 계좌 승인권, 인사와 계약 결재, 법인 인증서 사용기록, 전자세금계산서 발급 경위가 대상이 될 수 있다.

다음으로 보관료 시가를 가를 자료가 필요하다. 쟁점법인의 다른 거래처별 계약서와 월별 정산서, 동종 냉동창고의 견적, 청구인의 실제 입출고 기록, 보관일수, 현금 지급 증빙을 과세기간별로 맞춰야 한다. 두 쟁점의 자료를 섞지 않고 각각 제시해야 한다.

9. 공개 결정문의 날짜 충돌을 임의로 고치지 않아야 한다

공개 원문은 주문의 처분일을 2025년 12월 5일로, 처분개요의 처분일을 2026년 12월 5일로 적었다. 후자는 심판청구일과 결정일보다 늦어 시간 순서가 맞지 않는다.

실무에서는 납세고지서, 조사결과통지서, 심판청구서 접수일로 정확한 처분일을 확인해야 한다. 공개 자료만으로 분석할 때는 충돌을 드러내고 어느 한쪽을 사실로 임의 확정하지 않는 것이 타당하다.

실무 체크리스트

특수관계와 경영 지배

• 거래 상대방이 배우자 개인인지 배우자 소유 법인인지 구분했는가.
• 개인과 법인 사이의 특수관계 근거 조항을 따로 확인했는가.
• 주주명부와 주식등변동상황명세서가 일치하는가.
• 임원 임면권을 누가 실제로 행사했는지 자료가 있는가.
• 사업방침, 예산, 자금, 인사, 주요 계약의 최종 결정자가 확인되는가.
• 법인 인감, 공동인증서, 인터넷 뱅킹과 세금계산서 권한이 분리돼 있는가.
• 가족이 단순 업무를 대신했다면 위임 범위와 승인 절차가 남아 있는가.
• 같은 이메일·컴퓨터·저장매체를 사용한 이유와 범위를 설명할 수 있는가.

냉동창고 거래의 실재

• 창고 임치 계약의 기간과 실제 이용 기간이 일치하는가.
• 품목별 입고일과 출고일이 연결되는가.
• 파렛트 수와 박스 수의 환산 기준이 일관되는가.
• 각 입고분의 실제 보관일수를 계산할 수 있는가.
• 온도 조건과 작업 범위가 계약서에 적혀 있는가.
• 입출고비, 하역비, 재고관리비가 보관료와 구분돼 있는가.
• 월별 정산표와 세금계산서 공급가액이 일치하는가.
• 현금 지급을 주장한다면 인출과 수령을 확인할 자료가 있는가.

보관료 시가

• 같은 과세기간 쟁점법인의 비특수관계 거래 가격을 확보했는가.
• 비교 거래의 품목, 물량, 보관기간과 온도 조건이 유사한가.
• 거래 조건 차이에 대한 가격 조정 근거가 있는가.
• 내부 비교가 어렵다면 동종 창고의 제삼자 견적을 확보했는가.
• 보충 계산을 쓸 때 실제 원가와 일반 거래 수익률을 확인했는가.
• 다른 과세기간 가격을 쓸 경우 시점 차이를 조정할 근거가 있는가.
• 매출원가와 재고자산 규모가 실제 창고 사용량을 대표하는지 검토했는가.
• 가정한 보관기간이 실제 출고자료로 검증되는가.

계약과 정산

• 계약상 월 정산과 실제 세금계산서 발급 주기가 일치하는가.
• 단가 변경은 변경계약서나 합의서로 남겼는가.
• 계약식에 실제 수량과 일수를 넣은 계산표가 있는가.
• 둥근 금액을 임의로 청구하거나 지급한 내역이 없는가.
• 비특수관계 거래처와 같은 청구·수금 절차를 적용했는가.
• 할인, 미수금, 상계가 있다면 사유와 승인 기록이 있는가.

조사와 불복 대응

• 특수관계 성립과 시가 적정성을 별도 항목으로 대응하는가.
• 과세관청이 주장하는 지배력의 구체적 사실을 확인했는가.
• 시가 비교 대상과 계산 과정을 서면으로 받았는가.
• 확인서의 금액이 어떤 자료에서 나온 것인지 설명할 수 있는가.
• 추정과 확인된 사실을 구분했는가.
• 공개 결정문의 OOO 금액을 임의로 추정하지 않았는가.
• 처분일 등 원문 내부 날짜 충돌을 원자료로 다시 확인했는가.
• 재조사 범위가 주문의 두 쟁점을 모두 포함하는지 확인했는가.

참고 자료

• 조세심판원 조심2026소1475 공식 결정문
• 소득세법 제41조
• 소득세법 시행령 제98조
• 국세기본법 시행령 제1조의2
• 법인세법 시행령 제89조
• 대법원 2024년 7월 25일 선고 2022두63386 판결
• 대법원 2005년 5월 12일 선고 2003두15287 판결

공개 결정문의 [참조결정]과 [따른결정]에는 별도 조세심판원 사건번호가 없다. 비교 부분은 결정문 판단에 명시된 대법원 판결과 이 사건에서 확인되는 법리 기준만 사용했다. 법령의 시행일과 부칙은 공개 원문에 적힌 범위를 넘어 별도로 단정하지 않았다.