[재조사] 증액경정으로 늘어난 국외원천소득의 외국납부세액 공제한도 (조심2026서0992)

세무조사에서 해외 자회사로부터 받은 사용료의 정상가격이 조정되면 법인세 과세소득만 늘어나는 것이 아니다. 그 사용료가 국외원천소득에 해당한다면 외국납부세액 공제한도의 분자도 달라질 수 있다. 다만 국외원천소득은 총수입 자체가 아니라 대응비용을 뺀 순소득이므로, 늘어난 사용료만 반영하고 관련 비용을 그대로 둘 수는 없다.

조심2026서0992는 이 두 문제를 함께 다룬 결정이다. 첫째, 증액경정 후 제기한 외국납부세액 공제 경정청구에 일반 경정청구기간을 적용할 수 있는지가 문제되었다. 둘째, 상품권과 법인 신용카드 사용액을 국외원천소득 대응비용으로 보아야 하는지가 문제되었다.

심판원은 경정청구를 기간이 지났다는 이유로 배척한 처분청의 의견을 받아들이지 않았다. 그러나 청구법인이 계산한 공제한도를 그대로 인정하지도 않았다. 상품권과 법인 신용카드 사용액의 성격과 국외원천소득 대응 여부를 다시 조사한 뒤 공제한도를 재계산하도록 했다.

사건 개요

결정문 안에는 최초 경정·고지일이 서로 다르게 적힌 부분이 있다. 처분개요에는 처분청이 2024.11.13. 경정·고지했다고 적혀 있으나, 사실관계와 처분청 의견에는 2024.11.29. 경정·고지했다고 적혀 있다. 청구법인이 2024.11.29. 고지세액을 전액 납부했다는 사실은 두 부분에서 확인된다. 이 글은 날짜 차이를 임의로 바로잡지 않고 결정문 기재를 그대로 구분한다.

또한 세무조사와 당초 경정·고지는 2019년부터 2023년까지 사업연도를 대상으로 했지만, 주문상 재조사 대상 경정청구는 2020년부터 2023년까지 사업연도다. 공개 결정문의 표에 있는 금액은 OOO로 가려져 있으므로 세액과 공제한도 증감액은 확인할 수 없다.

거래 구조

청구법인
  │
  ├─ 자동차 사용설명서 등을 제작
  │        └─ A㈜, Z㈜ 등에 국내 납품
  │
  ├─ 인쇄기술 등 무형자산 이전
  │        ├─ 미국 현지법인 B
  │        └─ 멕시코 현지법인 C
  │
  └─ 해외 자회사에서 사용료 수취
           │
           ├─ 최초 신고: 2019년부터 2023년까지 법인세에 포함
           │
           ├─ 세무조사: 정상가격보다 낮게 받았다고 판단
           │             └─ 이전소득금액 OOO원 익금산입
           │
           └─ 후속 경정청구
                 ├─ 늘어난 국외원천소득 반영
                 ├─ 외국납부세액 공제한도 증액 요구
                 └─ 상품권·법인카드 비용의 대응 여부가 남은 쟁점

외국납부세액 공제한도는 국외원천소득의 총액만으로 결정되지 않는다. 결정문이 인용한 법인세법 시행령 제94조 제2항에 따르면 국외원천소득에서 직접비용과 배분비용을 빼야 한다. 따라서 이 사건의 계산 구조는 다음과 같이 정리된다.

해외 자회사 사용료 수입
+ 정상가격 조정으로 늘어난 이전소득금액
- 국외원천소득 직접비용
- 국내외 소득에 공통된 비용 중 국외 배분비용
= 공제한도 계산에 쓰는 국외원천소득

공제한도 계산에 쓰는 국외원천소득이 달라짐
→ 외국납부세액 공제한도 재계산
→ 이월 외국납부세액의 추가 공제 가능액 검토
→ 2020년부터 2023년까지 과세표준과 세액 경정 여부 결정

처분 경위와 확인된 사실

1. 해외 자회사 설립과 사용료 신고

청구법인은 자동차 등 설명·홍보 대상을 직접 촬영하고 분석한 뒤 설명서를 디자인하여 자체 인쇄기술로 자동차 사용설명서 등을 제작했다. 결정문에 따르면 청구법인은 2014.5.14. 자본금 전액을 투자하여 미국 현지법인 B를 설립했다.

멕시코 현지법인 C는 미국 현지법인이 2016.8.5. 자본금 50%를 투자하고, 청구법인이 2021.3.12. 나머지 자본금 50%를 투자한 구조다. 청구법인은 해외 자회사에 인쇄기술 등 무형자산을 이전하고 해외 자회사가 생산한 제품을 A㈜의 해외 현지법인 등에 납품하도록 했다. 해외 자회사에서 받은 사용료는 2019년부터 2023년까지 사업연도 법인세 신고에 포함했다.

2. 세무조사와 이전소득금액 익금산입

서울지방국세청장은 2024.8.1.부터 2024.10.13.까지 2019년부터 2023년까지 사업연도에 대한 법인통합세무조사를 했다. 조사청은 해외 자회사에서 받은 사용료가 정상가격보다 낮다고 보았다.

조사청은 2024.10.29. 정상가격에 따른 과세조정액 OOO원을 이전소득금액으로 보고, 이를 포함한 조사 적출소득 OOO원을 익금산입한다는 세무조사 결과를 통지했다. 청구법인은 2024.11.4. 조기결정을 신청했다. 이후 처분청은 법인세 합계 OOO원을 경정·고지했다.

청구법인은 이전소득금액 증가와 조사 결과에 따른 익금산입 자체에는 불복하지 않았고, 2024.11.29. 고지세액을 전액 납부했다. 따라서 심판의 직접 대상은 정상가격 조정의 적법성이 아니었다.

3. 외국납부세액 공제 경정청구와 각하

청구법인은 2025.9.24. 이전소득금액의 익금산입으로 국외원천소득이 늘었으므로 외국납부세액 공제한도도 늘어나야 한다는 취지의 경정청구를 했다. 주문에 나타난 경정청구 대상은 2020년부터 2023년까지 사업연도 법인세 합계 OOO원이다.

처분청은 이 청구가 국세기본법 제45조의2 제1항 단서의 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준 및 세액에 대한 경정청구에 해당한다고 보았다. 처분청은 3개월의 경정청구기간이 지났다는 이유로 2025.12.24. 경정청구를 각하했다. 청구법인은 2026.1.7. 심판청구를 제기했다.

4. 비용 자료 제출과 남은 확인 사항

처분청은 외국납부세액 공제한도를 계산하려면 국외원천소득 대응비용을 확인해야 한다고 보았다. 이에 여비교통비, 광고선전비, 접대비 계정별 원장, 해외 출장 직원의 보직·업무·출장 사유, 법인 신용카드 사용액의 회계처리·사유·증빙, 상품권 사용액의 회계처리·사용처·사유·증빙 등을 요구했다.

결정문은 청구법인이 별지와 같이 관련 자료를 제출했다고 적고 있다. 다만 처분청은 인적사항이 가려져 있고 사용처가 충분히 드러나지 않아 객관적인 확인이 어렵다고 보았다. 청구법인은 상품권 사용처가 영업기밀이어서 문서 제출이 곤란했으며 세무조사 때 이미 열람이 이루어졌다고 주장했다.

공개 결정문에서 상품권 사용액, 법인 신용카드 사용액, 경정청구세액과 감액 효과는 모두 OOO로 가려져 있다. 제출자료의 항목은 확인되지만 개별 사용처, 상대방, 금액과 증빙의 구체적 내용은 확인되지 않는다. 따라서 공개 원문만으로 특정 비용이 국내 대응비용인지 국외원천소득 직접비용인지 배분비용인지 확정할 수 없다.

핵심 쟁점

이 사건은 절차 쟁점과 계산 쟁점을 분리해야 한다.

첫 번째 쟁점은 외국납부세액 공제한도 증액 청구를 증액경정 자체에 대한 불복으로 볼 것인지다. 증액경정으로 국외원천소득이 늘어난 것이 경정청구의 출발점이지만, 청구법인은 정상가격 조정과 익금산입의 취소를 요구하지 않았다. 당초 신고한 세액 범위에서 외국납부세액을 더 공제해 달라고 했다.

두 번째 쟁점은 공제한도의 실제 금액이다. 이전소득금액이 늘면 국외원천소득이 늘 수 있지만, 법인세법 시행령상 공제한도 계산에 쓰는 국외원천소득은 관련 비용을 뺀 금액이다. 상품권과 법인 신용카드 사용액이 국외 사용료 수입과 어떤 관계에 있는지에 따라 공제한도가 달라진다.

세 번째로 구분할 사항은 손금산입 여부와 국외원천소득 대응비용 여부다. 어떤 지출이 법인세 과세표준 계산에서 손금에 들어간다는 사실만으로 그 전액이 국외원천소득 대응비용이 되는 것은 아니다. 반대로 지출의 사용처와 증빙이 불명확하면 손금 여부와 대응비용 분류를 함께 확인해야 할 수 있다. 이 사건 심판원은 이 구분을 직접 확정하지 않고 재조사를 명했다.

청구인 주장

1. 당초 신고세액 범위의 경정청구에는 5년이 적용된다는 주장

청구법인은 경정청구의 대상이 세무조사로 증액된 이전소득금액이 아니라고 주장했다. 경정청구의 대상은 최초 신고 때 공제한도 초과로 공제받지 못하고 이월된 외국납부세액이며, 증액경정의 적법성을 다투는 것이 아니라는 논리다.

청구법인은 대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결을 들었다. 청구법인이 제시한 법리는 증액경정 후에도 당초 신고한 과세표준과 세액의 범위에서는 일반 경정청구기간에 따라 경정청구할 수 있다는 것이다. 청구법인은 2020년부터 2023년까지 청구세액이 최초 신고세액 범위 안에 있으므로 5년 안의 경정청구가 가능하다고 보았다.

2. 정상가격 조정을 받아들이면서 파생된 공제를 요구한 것이라는 주장

청구법인은 이전소득금액 익금산입과 추징세액을 받아들였다. 그 상태에서 국외원천소득 증가에 따라 함께 달라지는 외국납부세액 공제한도를 조정해 달라고 했다. 증액경정의 위법성을 주장하지 않았으므로 증액경정에 대한 간접 불복으로 볼 수 없다는 입장이다.

청구법인은 이전소득금액을 늘린 처분과 외국납부세액 공제를 반영하지 않은 상태를 구분했다. 과세관청이 이전소득금액을 증액한 행위 자체를 취소해 달라는 것이 아니라, 그 결과 생긴 공제한도 변화를 반영하지 않은 데 대해 경정을 요구한 것이라고 주장했다.

3. 상품권과 법인 신용카드 지출은 국내 비용이라는 주장

청구법인은 상품권이 국내에서 사용되었고 사용료를 지급한 해외 자회사의 거래처와 직접 관계가 없다고 주장했다. 해당 지출은 국내 매출을 위한 비용이므로 국외원천소득 직접비용이 아니며, 국내외 매출 비율 등을 고려해 안분할 배분비용으로 처리할 수 있다는 입장이다.

법인 신용카드 접대비에 대해서도 지출 상대방을 포함한 상세 내역을 소명했으며, 접대 상대방은 이전소득금액과 무관한 거래처라고 주장했다. 자료 제출 뒤 추가 지적이나 보완 요청이 없었으므로 자료가 부족해 경정청구액을 계산할 수 없다는 처분청 의견은 받아들이기 어렵다고 했다.

다만 이는 청구법인의 주장이다. 공개 결정문은 개별 지출 상대방과 사용처를 보여 주지 않으므로, 해당 비용이 국내 매출에만 대응한다는 사실이 심판원에 의해 확정되었다고 볼 수 없다.

처분청 의견

1. 증액경정과 불가분하게 연결된 청구라는 의견

처분청은 외국납부세액 공제한도가 국외원천소득, 총소득과 산출세액을 기초로 계산되므로 세무조사로 늘어난 소득금액과 불가분하게 연결된다고 보았다. 청구법인의 요구는 증액경정으로 증가한 소득을 전제로 공제한도와 이월공제를 다시 계산해 달라는 것이므로, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서의 3개월 제한을 받아야 한다는 입장이다.

처분청은 일반 경정청구기간을 적용하면 증액경정 뒤 5년 동안 공제한도 조정을 요구하여 결과적으로 증액경정세액을 줄일 수 있다고 지적했다. 이는 증액경정에 대한 불복기간을 사실상 늘리고 과세의 확정과 법적 안정성을 해친다는 논리다.

처분청은 서울행정법원 2024.10.29. 선고 2022구합62048 판결을 근거로 들었다. 처분청이 인용한 취지는 당초 신고세액에 대해서는 일반 경정청구기간을 보장하되, 결정이나 경정으로 증가된 세액은 처분의 성격을 가지므로 90일로 제한한다는 것이다. 다만 이 판결은 처분청 의견에 인용된 비교 근거이며, 심판원이 이 사건 판단의 근거로 채택했다고 볼 수는 없다.

2. 청구가 받아들여지면 증액경정세액이 줄어든다는 의견

처분청은 경정청구가 인용되면 세무조사로 증액된 세액 중 경정청구세액 상당액이 줄고 잔존 증액세액만 남는다고 주장했다. 따라서 형식상 공제한도 조정이라도 경제적 효과는 증액경정 일부를 취소하는 것과 같다고 보았다.

이 주장은 경정청구의 계산 효과에 초점을 둔다. 반면 청구법인은 법적 대상이 정상가격 조정인지 외국납부세액 공제인지에 초점을 둔다. 심판원은 결과적으로 법적 대상이 같지 않다는 점을 더 중요하게 보았다.

3. 비용 자료가 부족해 공제한도를 확정할 수 없다는 의견

처분청은 청구법인이 국가별 외국납부세액공제 명세서에 국외원천소득 대응비용을 OOO원으로 적었으나, 실제 대응비용을 확인할 자료가 충분하지 않다고 보았다. 국외 특수관계법인이 A㈜의 해외 거래처로 등록되는 데 청구법인이 기여했으므로 A㈜ 등에 대한 접대비 일부도 국외원천소득에 대응할 수 있다는 입장이다.

상품권 사용처와 법인 신용카드 사용내역이 충분히 확인되지 않으면 우선 손금산입 가능 여부를 판단하기 어렵고, 손금에 해당하더라도 직접비용인지 배분비용인지 검토해야 한다고 했다. 당초 세무조사에서도 외국납부세액 공제한도 증액을 검토했으나 관련 자료가 부족해 반영하지 못했다는 의견을 냈다.

관련 법령

결정문은 국세기본법의 경정청구 규정과 법인세법의 외국납부세액 공제 규정, 법인세법 시행령의 국외원천소득 대응비용 규정을 인용했다.

국세기본법 제45조의2 제1항

과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의 3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

결정문은 경정청구 사유로 신고서의 과세표준과 세액이 세법상 신고해야 할 금액을 초과한 경우, 신고서의 결손금액·세액공제액·환급세액이 세법상 금액에 미치지 못한 경우를 함께 제시했다.

법인세법 제57조 제1항과 제2항

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 외국납부세액의 세액공제방법 또는 손금산입방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다.

외국납부세액의 세액공제방법을 적용할 때에는 공제한도금액 안에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하며, 외국법인세액이 공제한도금액을 초과하는 경우에는 법에서 정한 기간 안에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 사업연도의 공제한도금액 안에서 공제받을 수 있다.

위 인용은 결정문에 실린 제57조 제1항과 제2항의 요지를 정리한 것이다. 이 사건에서 청구법인은 최초 신고 때 공제한도 초과로 공제받지 못한 이월 외국납부세액의 추가 공제를 요구했다.

법인세법 시행령 제94조 제2항

법 제57조제1항이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 하고, 같은 항에 따라 공제한도금액을 계산할 때의 국외원천소득은 그 국외원천소득에서 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 대응하는 다음 각 호의 비용을 뺀 금액으로 한다.

1. 직접비용 : 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련되어 대응되는 비용. 이 경우 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용은 제외한다.

2. 배분비용 : 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 재정경제부령으로 정하는 배분방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용

이 규정 때문에 정상가격 조정으로 사용료 수입이 늘었다는 사실만으로 공제한도가 자동 확정되지는 않는다. 어떤 비용이 늘어난 국외원천소득에 직접 대응하는지, 국내외 소득에 함께 대응하는 공통비용은 어떤 기준으로 배분할지를 함께 계산해야 한다.

심판원 판단

1단계: 증액경정과 경정청구의 법적 대상을 구분했다

처분청의 증액경정은 해외 자회사에서 받은 사용료가 정상가격보다 낮다는 이유로 이전소득금액을 익금에 산입한 처분이다. 반면 청구법인의 경정청구는 외국납부세액 공제한도를 늘려 이월 외국납부세액을 추가로 공제해 달라는 내용이다.

심판원은 두 항목이 어느 정도 관련되어 있다는 점은 인정했다. 그러나 관련되어 있다는 이유만으로 동일한 처분 또는 동일한 다툼이 되는 것은 아니라고 판단했다. 정상가격 조정을 취소해 달라는 청구와 그 조정 결과를 전제로 공제한도를 다시 계산해 달라는 청구는 법적 대상이 다르다고 본 것이다.

2단계: 당초 신고세액 범위의 일반 경정청구 가능성을 인정했다

심판원은 증액경정에 대한 불복기간이 지났다면 경정으로 증가된 과세표준과 세액 자체는 다툴 수 없다고 보았다. 동시에 당초 신고한 과세표준과 세액을 한도로 처분의 취소를 구하는 것은 가능하다고 판단했다.

청구법인이 당초 신고한 과세표준과 세액에 대해 5년 안에 경정청구할 수 있다는 점을 근거로, 경정청구 거부처분에 대한 이 사건 심판청구를 본안 심리대상으로 보았다. 이 판단에서 심판원은 대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결을 같은 취지의 근거로 명시했다.

중요한 한계도 있다. 이 결정이 증액경정 뒤 제기하는 모든 경정청구에 5년이 적용된다고 선언한 것은 아니다. 결정문은 당초 신고한 과세표준과 세액을 한도로 한다는 조건을 붙였다. 증액경정으로 증가된 과세표준과 세액 자체를 줄이는 다툼은 별도로 구분했다.

3단계: 이전소득금액 증가가 국외원천소득에 영향을 준다고 보았다

본안에서 심판원은 처분청의 이전소득금액 증액으로 국외원천소득이 증가한 사실을 확인했다. 따라서 정상가격 조정 결과를 외국납부세액 공제한도 계산에서 전혀 배제할 수는 없다고 보았다.

이 부분은 청구법인에게 유리하다. 과세관청이 국외 사용료 수입을 정상가격으로 늘려 과세소득에 반영했다면, 같은 증가분이 외국납부세액 공제한도 계산에 미치는 영향도 검토해야 한다는 뜻이다. 과세소득 증가만 반영하고 연동되는 공제 요소를 검토하지 않는 처리는 완결된 계산이라고 보기 어렵다.

4단계: 총수입 증가와 순국외원천소득 증가를 동일하게 보지 않았다

심판원은 법인세법 시행령 제94조 제2항을 근거로 국외원천소득에서 대응비용을 빼야 한다고 판단했다. 이전소득금액이 늘었다는 사실은 확인되지만, 그 금액이 공제한도 계산상 국외원천소득에 그대로 더해지는지는 비용 확인 뒤에 결정된다.

청구법인이 제시한 자료만으로는 접대비 지출내역 등 국외원천소득 대응비용의 상세 내용을 처분청이 명확하게 확인하기 어려웠다고 보았다. 일부 자료는 제출되지 않았거나 사용출처가 충분히 확인되지 않는 상태로 판단했다.

따라서 심판원은 청구법인의 계산을 그대로 인용하지 않았다. 상품권과 법인 신용카드 사용액이 국외원천소득에서 차감될 직접비용 또는 배분비용인지 확인하는 절차가 필요하다고 보았다.

5단계: 적극적인 자료 협조를 전제로 재조사를 명했다

심판원은 청구법인이 제시한 상품권 및 법인 신용카드 사용액이 국외원천소득 대응비용인지 청구법인의 적극적인 협조 아래 다시 조사하도록 했다. 재조사 결과에 따라 대응비용을 반영한 외국납부세액 공제한도를 재계산하고 과세표준과 세액을 경정하도록 했다.

이는 공제한도 증액을 확정한 결정이 아니다. 국외원천소득이 늘었다는 점은 인정했지만 비용 차감액이 확정되지 않아 최종 공제한도와 환급 또는 감액 규모는 재조사 결과에 달려 있다. 공개 원문에 금액이 가려져 있어 예상 세액도 계산할 수 없다.

주문이 정한 범위

성동세무서장이 2025.12.24. 청구법인에게 한 2020∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은, 청구법인이 제시한 상품권 및 법인 신용카드 사용내역(＜표3＞)이 국외원천소득에 대응하는 비용인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 외국납부세액 공제한도(국외원천소득에서 차감되는 국외원천소득 대응비용을 반영)를 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

주문은 경정청구 거부처분을 단순 취소하거나 청구법인의 계산액을 그대로 인정하지 않았다. 재조사 대상, 계산 순서와 후속 처리를 구체적으로 정했다.

재조사 대상은 표3의 상품권 및 법인 신용카드 사용내역이다. 판단 기준은 해당 지출이 국외원천소득에 대응하는 비용인지 여부다. 후속 계산은 확인된 대응비용을 국외원천소득에서 차감한 뒤 공제한도를 다시 계산하는 방식이다. 마지막으로 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정해야 한다.

비교 법리

결정문의 [참조결정]과 [따른결정] 항목에는 사건번호가 기재되어 있지 않다. 따라서 별도의 조세심판원 결정례를 이 사건의 선행 또는 후속 결정으로 제시할 근거는 없다.

대법원 2021두39997 판결과의 관계

이 사건 결정문은 쟁점 1 판단에서 대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결을 같은 뜻의 판결로 명시했다. 확인된 판결에서 납세자는 중국 자회사로부터 받은 배당금과 관련한 법인세를 신고한 뒤 과세관청의 증액경정을 받았고, 이후 감액경정청구 거부처분을 다투었다. 대법원은 불복기간이 지난 뒤에도 5년의 경정청구기간 안에서는 경정청구권을 행사할 수 있고, 거부처분 취소소송에서 당초 신고의 과다신고사유와 과세관청의 증액경정사유를 함께 주장할 수 있다고 보았다. 다만 증액경정으로 증가된 과세표준과 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준과 세액을 한도로 한다고 판시했다.

따라서 이 사건 결정문이 받아들인 기준은 다음과 같이 좁게 정리할 수 있다.

조심2026서0992는 이 기준을 외국납부세액 공제한도 조정에 적용했다. 다만 일반 경정청구가 가능하다는 절차 판단과 실제 공제액이 인정된다는 본안 판단은 별개다. 절차 문턱을 넘더라도 대응비용을 입증하지 못하면 원하는 공제액을 받을 수 없다.

처분청이 든 서울행정법원 판결과의 관계

처분청은 서울행정법원 2024.10.29. 선고 2022구합62048 판결을 들었다. 확인된 판결은 온라인 게임 개발과 서비스업을 하는 법인의 법인세 경정거부처분이 문제 된 사건이다. 감액 사유와 증액 사유를 함께 반영한 결과 최종 세액이 신고세액보다 줄었더라도, 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준과 세액에 대한 경정청구 부분에는 90일의 기간이 적용된다고 판단했다. 법원은 취소 청구 일부를 각하하고 나머지를 기각했다.

이 판결은 증액경정으로 증가된 부분을 짧은 기간 제한의 대상으로 본다는 점에서 처분청 논거를 뒷받침한다. 그러나 조심2026서0992에서 심판원은 외국납부세액 추가공제 청구와 이전소득금액 익금산입 처분을 같다고 볼 수 없고, 청구가 당초 신고한 과세표준과 세액의 한도 안에 있다는 점을 들어 본안 심리대상으로 보았다. 두 판단을 비교할 때에는 감액 효과가 있다는 사실만 볼 것이 아니라 청구 대상, 증액경정과의 동일성, 당초 신고세액 한도 준수 여부를 함께 확인해야 한다.

사건번호 없는 법리 기준 비교

이 기준은 구체적인 사건번호를 만들지 않고 이 사건 판단에서 확인되는 구분선을 정리한 것이다. 실제 적용에서는 경정청구서의 청구 취지, 세액 계산서, 당초 신고세액과 경정 후 세액의 관계를 함께 확인해야 한다.

실무 시사점

1. 세무조사 추징액만 계산하면 안 된다

국외 거래에 대한 정상가격 조정은 익금산입과 추징세액뿐 아니라 외국납부세액 공제한도, 이월공제 잔액과 사업연도별 소진 순서에도 영향을 줄 수 있다. 조사 결과를 받으면 적출 항목별로 과세표준 증가와 세액공제 변화를 동시에 계산해야 한다.

이 사건에서 청구법인은 이전소득금액 익금산입에는 불복하지 않았지만 외국납부세액 공제한도 증액을 별도로 청구했다. 정상가격 조정을 받아들이는 경우에도 연동되는 공제항목을 검토할 필요가 있다는 점을 보여 준다.

2. 불복기간과 경정청구기간을 계산 대상별로 나눠야 한다

증액경정 뒤 감액을 구한다고 해서 모두 같은 기간이 적용되는 것은 아니다. 무엇을 취소하거나 고쳐 달라는지, 감액이 당초 신고세액 범위 안인지, 증액경정의 위법성을 주장하는지, 별도의 공제 규정을 적용해 달라는지를 나누어야 한다.

실무에서는 경정청구서에 정상가격 조정 자체를 다투지 않는다는 점만 쓰는 것으로 충분하지 않을 수 있다. 당초 신고 과세표준과 세액, 증액경정 과세표준과 세액, 청구 후 목표 과세표준과 세액을 사업연도별로 대조하여 청구 범위를 수치로 보여 주는 편이 안전하다.

3. 외국납부세액 공제한도의 분자는 순액으로 입증해야 한다

국외원천소득이 늘었다는 자료만으로 공제한도가 확정되지 않는다. 직접비용과 배분비용을 차감한 순국외원천소득을 계산해야 한다. 사용료 수입에 대응하는 인력비, 출장비, 접대비, 광고선전비와 공통관리비의 귀속 기준을 함께 제시해야 한다.

특히 국내 거래처와 해외 자회사 거래가 연결된 사업 구조에서는 국내에서 지출한 비용이라는 이유만으로 국외원천소득과 무관하다고 단정하기 어렵다. 해외 자회사가 국내 완성차 업체의 해외 법인이나 거래망에 들어가는 과정에 기여한 비용인지, 국내 매출 유지 비용인지, 국내외 소득에 공통된 비용인지 기능과 수익 연결 관계를 확인해야 한다.

4. 영업기밀은 미제출 사유가 아니라 제출 방법의 문제다

상품권 수령자나 접대 상대방 정보가 영업기밀이라는 사정은 이해될 수 있다. 그러나 외국납부세액 공제한도는 납세자가 유리한 세액공제를 요구하는 영역이므로 비용의 사용처와 소득 대응 관계를 입증할 자료가 필요하다.

전면 미제출보다는 열람 범위 제한, 인적사항 일부 가림, 고유 식별번호 부여, 원본 대조표 별도 보관, 거래처군별 집계표와 표본 증빙 제출 같은 방법을 검토할 수 있다. 다만 어느 수준의 가림과 대체자료가 충분한지는 조사 범위와 처분청의 확인 필요성에 따라 달라진다.

5. 손금 여부와 대응비용 분류를 별도 표로 관리해야 한다

비용 검토에는 적어도 두 단계가 있다. 첫째, 해당 지출이 법인세 과세표준 계산에서 손금에 들어가는지 확인한다. 둘째, 손금으로 인정된 비용 중 어느 부분이 특정 국외원천소득에 직접 대응하고 어느 부분이 국내외 소득에 공통되는지 분류한다.

상품권과 법인카드 지출은 증빙이 부족하면 첫 단계부터 문제가 될 수 있다. 손금으로 인정되더라도 두 번째 단계에서 국외 직접비용, 공통 배분비용 또는 국내 소득 대응비용으로 나누어야 한다. 한 표에 손금 여부와 소득 대응 구분을 섞으면 계산 근거가 불명확해질 수 있다.

6. 재조사 결정은 최종 세액 확정이 아니다

재조사 결정은 납세자의 주장 전부를 받아들였다는 뜻이 아니다. 이 사건은 심판청구의 적법성을 인정하고 국외원천소득 증가 사실을 확인했지만, 외국납부세액 공제한도와 최종 세액은 확정하지 않았다.

재조사 단계에서는 청구법인의 적극적인 협조가 주문에 명시되어 있다. 기존에 제출하지 않았거나 확인이 어려웠던 상품권과 법인 신용카드 사용내역을 보완하지 못하면 공제한도 증액 폭이 줄거나 원하는 경정이 이루어지지 않을 수 있다.

재조사 대응 자료 구성

재조사에서는 지출 건별 자료를 다음 구조로 묶는 것이 유용하다.

각 지출의 사용처만 제시해서는 충분하지 않을 수 있다. 사용처와 업무 목적, 수익과의 연결 관계, 배분 기준이 하나의 흐름으로 이어져야 한다. 국가별 외국납부세액공제 명세서의 숫자도 이 지출 대장과 맞아야 한다.

실무 체크리스트

• 세무조사 적출 항목이 국내원천소득과 국외원천소득 중 어디에 반영되는지 구분했는가
• 정상가격 조정 전후의 국가별 국외원천소득을 사업연도별로 다시 계산했는가
• 당초 신고세액, 증액경정세액과 경정청구 목표세액을 나란히 대조했는가
• 경정청구로 줄이려는 금액이 당초 신고세액 범위 안인지 수치로 확인했는가
• 증액경정 자체의 위법성과 별도 공제요소의 누락을 주장서에서 구분했는가
• 국세기본법상 일반 경정청구기간과 증액경정 관련 기간을 각각 검토했는가
• 국외원천소득을 총수입이 아니라 대응비용 차감 후 순액으로 계산했는가
• 직접비용과 배분비용의 분류 기준을 문서화했는가
• 국내외 공통비용의 배분 기준과 기초자료를 보관했는가
• 상품권의 구입, 지급, 수령과 업무 목적을 연결하는 대장을 갖추었는가
• 법인 신용카드 사용내역에 상대방, 참석자, 목적과 관련 매출을 표시했는가
• 인적사항을 가린 자료와 원본 사이의 대조 가능성을 확보했는가
• 영업기밀 때문에 전면 미제출하기보다 제한 열람이나 대체자료 제공을 검토했는가
• 손금산입 여부와 국외원천소득 대응 여부를 별도로 검토했는가
• 국가별 외국납부세액공제 명세서와 비용 대장의 합계가 일치하는가
• 이월 외국납부세액의 사업연도별 잔액과 추가 공제 가능액을 추적했는가
• 재조사 결정의 주문 범위와 처분청의 후속 조사 항목을 정확히 대응시켰는가
• 공개 결정문의 OOO 금액을 추정값으로 채우지 않았는가

결정의 범위와 주의할 점

이 결정에서 확정된 핵심은 세 가지다. 외국납부세액 공제 경정청구와 이전소득금액 증액경정이 관련되어 있어도 같은 다툼이라고 단정할 수 없다는 점, 당초 신고한 과세표준과 세액 범위에서는 일반 경정청구 가능성을 인정할 수 있다는 점, 공제한도 계산에서는 국외원천소득 대응비용을 반드시 차감해야 한다는 점이다.

반면 상품권과 법인 신용카드 사용액의 최종 분류, 국외원천소득 대응비용의 금액, 외국납부세액 공제한도의 증액 규모와 최종 경정세액은 확정되지 않았다. 재조사 결과에 따라 달라진다.

결정문의 [관련법령] 머리말에는 별도 사건번호가 없고, [참조결정]과 [따른결정]도 비어 있다. 본문에서 확인되는 판결은 청구법인 주장과 심판원 판단에 등장하는 대법원 2021두39997 판결, 처분청 의견에 등장하는 서울행정법원 2022구합62048 판결이다. 두 판결은 사건번호, 선고일, 주요 사실과 결론을 확인해 위 비교에 반영했다. 다만 조심2026서0992의 결론은 대응비용 재조사이고, 두 판결의 결론을 그대로 옮긴 것이 아니다.

참고 자료

• 조세심판원 공식 원문

• 국세기본법 제45조의2 경정 등의 청구
• 법인세법 제57조 외국 납부 세액공제 등
• 법인세법 시행령 제94조 외국납부세액의 공제
• 대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결: 이 사건 결정문이 쟁점 1 판단에서 같은 뜻으로 명시한 판결
• 서울행정법원 2024.10.29. 선고 2022구합62048 판결: 증액된 과세표준과 세액에 대한 경정청구기간이 문제 된 판결

서울행정법원 2022구합62048 판결의 선고일과 내용은 공개 판례 자료에서 확인되지만, 항소 여부나 확정 여부는 확인되지 않는다. 따라서 이 글은 해당 판결을 확정판결로 다루지 않는다.