[재조사] 순환 자금 흐름만으로 낚시용품 거래 전부를 가공거래로 단정할 수 있는가 (조심2026인1191)

사건 개요

조심2026인1191은 낚시용품 도매업을 하는 신설 법인이 매입처들로부터 낚시용품 등을 매입해 매출처들에 판매했다고 신고한 거래가 실제 재화 공급을 수반했는지가 문제 된 사건이다. 처분청은 거래대금이 관련자 사이를 돌다가 최초 출금처로 되돌아오는 흐름, 청구법인의 빈약한 시설, 대표와 거래처의 겸직 관계, 청구법인 명의 운송증빙의 부족 등을 근거로 쟁점거래 전부를 가공거래로 보았다.

청구법인은 예비창업패키지 선정과 특허출원, 디자인과 시금형 제작, 계약서와 거래명세표, 거래사실확인서, 운송자료, 메신저 대화, 금융자료, 재고 사진을 근거로 실제 사업과 실물거래가 있었다고 주장했다. 대금이 짧은 기간에 연쇄적으로 이동한 것은 외상매입 뒤 매출대금을 받아 매입대금을 지급한 낚시용품 시장의 거래 방식 때문이라고 설명했다.

심판원은 어느 한쪽 설명을 전부 받아들이지 않았다. 순환 자금 흐름과 운송증빙 부족은 상당 부분이 가공거래일 가능성을 뒷받침한다고 보았다. 동시에 청구법인이 사업준비 활동의 외형을 갖추고 여러 거래자료를 제출했으며 거래당사자들이 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부한 사정도 있어, 처분청 자료만으로 거래 전부를 가공거래라고 단정하기 어렵다고 판단했다. 결론은 전부 취소나 전부 유지가 아니라 거래단계별 실물 이동을 확인하는 재조사였다.

공개 원문에는 자본금, 공급가액, 부과세액, 투자금, 수입액 등 주요 금액과 일부 장소가 OOO로 가려져 있다. 원문 표와 그림의 내용도 공개 본문에서는 OOO로 표시된 부분이 많다. 이 글은 공개된 범위를 넘어 금액, 물량, 장소, 자금의 최종 귀속자를 추정하지 않는다.

주문

광명세무서장이 2025.11.16. 청구법인에게 한 2024년 제2기 부가가치세 OOO원, 2025년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2024사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 낚시용품 등을 실제로 매입하여 이를 매출하였는지 여부를 재조사하여, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 주문은 쟁점거래가 모두 실제 거래라고 확정한 것이 아니다. 반대로 가공거래 판단이 모두 잘못되었다고 선언한 것도 아니다. 처분청이 실제 매입과 매출 여부를 더 조사하고, 실물이 확인되는 부분과 확인되지 않는 부분을 나누어 과세표준과 세액을 다시 계산하라는 결정이다.

거래 구조

[쟁점매입처1 A] ─┐
                    ├─ 낚시용품 등 매입 주장 ─> [청구법인]
[쟁점매입처2 C] ─┘                         |
                                              | 매출 주장
                                              v
                                  ┌─ [쟁점매출처1 B]
                                  └─ [쟁점매출처2 D]

청구법인 설명의 주요 물류 흐름
[쟁점매입처2 보관 장소] ── 자가 운송 또는 용달 ──> [쟁점매출처1 지정 장소]

처분청이 확인했다는 주요 자금 흐름
유형 1: [쟁점매입처2] -> [M] -> [쟁점매출처1] -> [청구법인] -> [쟁점매입처2]
유형 2: [F] -> [쟁점매출처1] -> [청구법인] -> [쟁점매입처2] -> [F, OOO]
유형 3: [쟁점매출처1] -> [청구법인] -> [쟁점매입처2] -> [OOO(N)] -> [쟁점매출처1]

심판원이 요구한 재조사
[세금계산서와 자금 흐름]
          +
[거래단계별 발주·출고·운송·인수·재고]
          |
          v
[실물 이동이 확인되는 거래] / [실물 이동이 확인되지 않는 거래]
          |
          v
[정당한 과세표준과 세액 산출]

이 구조에서 자금 흐름과 물류 흐름은 별개의 입증 대상이다. 거래대금이 원래 출금자에게 되돌아온다면 가공거래를 의심할 강한 정황이 된다. 그러나 그 정황만으로 어느 세금계산서의 어느 물량이 실제 이동하지 않았는지까지 자동으로 확정되지는 않는다. 반대로 계약서와 거래명세표가 존재한다고 해서 실물이 실제로 이동했다고 바로 확정되는 것도 아니다.

사건의 시간 흐름

1. E은 2024년 4월부터 쟁점매입처1에서 창업 관련 도움을 받으며 업무를 수행했다고 청구법인은 설명했다.
2. E은 2024.4.29. 예비창업패키지 최종 선발 사업에 선정되었다.
3. 청구법인은 2024.10.8. 자본금 OOO원으로 설립되었다.
4. 청구법인은 2024.10.15. 유상증자를 했다.
5. 청구법인은 2024년 제2기에 쟁점매입처1에서 낚시용품 등을 매입해 쟁점매출처1에 팔았다고 신고했다.
6. 청구법인은 2024년 11월 OOO에 관한 특허를 출원했다.
7. 청구법인은 2025년 제1기에 쟁점매입처1과 쟁점매입처2에서 낚시용품 등을 매입해 쟁점매출처1과 쟁점매출처2에 팔았다고 신고했다.
8. 처분청은 2025.7.31.부터 2025.8.29.까지 집중된 관련자 사이 자금 흐름에서 세 가지 순환 유형을 확인했다고 보았다.
9. 처분청은 2025.9.4.부터 2025.10.24.까지 세목별 조사를 했다.
10. 처분청은 2025.11.16. 쟁점거래 전부를 가공거래로 보아 부가가치세와 법인세를 경정·고지했다.
11. 청구법인은 2025.12.1. 이의신청을 거쳐 2026.1.23. 심판청구를 제기했다.
12. 청구법인과 E은 2026.6.2. 조세범 처벌법 위반 혐의에 대해 증거불충분 불송치 결정을 받은 것으로 원문에 나타난다.
13. 심판원은 2026.8.11. 실제 매입과 매출 여부를 재조사하라고 결정했다.

핵심 쟁점

쟁점 1. 순환 자금 흐름은 거래 전부를 가공으로 볼 충분한 근거인가

처분청이 가장 강하게 든 자료는 세 가지 순환 자금 흐름이다. 청구법인의 계좌에는 매출대금이 들어오기 전 잔액이 거의 없었고, 매출처에서 받은 돈이 매입처로 지급된 뒤 관련자를 거쳐 최초 출금처 또는 거래관계자에게 돌아가는 모습이 나타났다는 것이다. 처분청은 이를 단순한 외상결제가 아니라 실물 없는 세금계산서를 뒷받침하기 위해 돈만 돌린 정황으로 평가했다.

심판원도 이 정황을 가볍게 보지 않았다. 단기간에 집중된 순환 금융거래와 청구법인 명의 운송증빙의 부재가 쟁점거래 상당 부분이 가공일 가능성을 뒷받침한다고 명시했다. 따라서 이 결정은 순환거래 정황의 증명력을 부정한 결정이 아니다.

다만 심판원은 자금 흐름만으로 거래 전부의 물류 부재까지 확정할 수 있는지를 따로 보았다. 처분청이 관련 거래처의 금융 흐름을 확인했더라도 각 거래단계에서 화물차량 운반이 있었는지, 거래상대방이 실제로 물품을 보유하거나 인수했는지에 대한 실질 조사가 충분했는지는 명확하지 않다고 판단했다. 그래서 전부 부인 대신 거래별 재조사를 명했다.

쟁점 2. 청구법인의 사업 실체와 거래능력은 실제 거래를 입증하는가

청구법인은 예비창업패키지 선정, 특허출원, 디자인과 시금형 제작, 투자 유치, 협업기업 관계, 물품공급계약을 들어 실체 있는 신생기업이라고 주장했다. 낚시용품 도매업은 큰 사무실이 필요하지 않고, 행정은 쟁점매입처1 사업장에서, 보관과 출고는 쟁점매입처2 사업장에서 수행했다고 설명했다.

처분청은 이 사정들이 사업준비의 외형일 뿐 쟁점세금계산서에 대응하는 실물거래를 직접 증명하지는 못한다고 반박했다. 등록 사업장은 1.65㎡ 소호사무실이고 대표는 거의 출근하지 않았으며, 세금계산서 발급 장소와 재고 장소가 다른 거래처 사업장이라는 점을 문제 삼았다.

심판원은 사업준비 활동만으로 실물거래를 확정하지 않았다. 다만 예비창업패키지 선정, 특허출원, 디자인과 시금형 제작 등의 외형이 있고 다수의 거래자료가 제출된 이상 사업과 거래의 실체를 전면 부정하기도 어렵다고 보았다. 사업 실체는 실제 거래의 충분조건이 아니라, 전부 가공이라는 판단을 재검토하게 한 보조 정황으로 기능했다.

쟁점 3. 계약서와 재고 사진, 운송자료는 어느 범위까지 실물 이동을 증명하는가

청구법인은 물품공급계약서, 거래명세표, 거래사실확인서, 운송증빙, 메신저 대화, 재고적재 사진 등을 제출했다. 처분청 현지확인 과정에서도 쟁점매입처2 사업장 내 청구법인 재고적재 현황을 담은 그림이 심리자료에 포함되었다.

그러나 운송영수증의 거래상대방이 청구법인이 아닌 쟁점매입처2로 기재되어 있었고, 인수인이 K 또는 쟁점매입처2로 나타났다. 메신저 자료는 조사 때 제출되지 않고 불복 과정에서 제출되었으며, 처분청은 메시지에 표시된 거래상대방과 내용도 문제 삼았다. 계약서가 존재하는 것과 각 세금계산서의 물품이 특정 날짜에 특정 장소로 이동한 것은 같은 사실이 아니다.

재조사에서는 계약서, 거래명세표와 세금계산서를 운송일, 차량, 기사, 출고지, 도착지, 인수자, 품목, 수량, 재고수불부와 일대일로 맞춰야 한다. 심판원이 요구한 것은 자료의 개수보다 거래단계별 객관적 연결이다.

쟁점 4. 세금 신고·납부와 불송치 결정은 실제 거래를 확정하는가

청구법인은 거래당사자들이 거래시점마다 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부했다고 주장했다. 청구법인과 E이 조세범 처벌법 위반 혐의에 관해 증거불충분 불송치 결정을 받은 자료도 심리자료에 포함되었다.

심판원은 거래당사자들이 부가가치세를 신고·납부한 사정이 부가가치세 미납을 전제로 하는 통상의 자료상 구조와 일부 다르다고 보았다. 그러나 신고·납부만으로 실물거래를 확정하지는 않았다. 불송치 결정도 심리자료의 하나로 확인했지만, 그 결론을 그대로 세법상 실물거래 판단으로 옮기지 않았다.

형사절차의 증거불충분과 조세 부과의 사실인정은 판단 목적과 증명 구조가 다르다. 불송치 자료는 가공거래 확정에 신중해야 할 사정이 될 수 있지만 개별 거래의 실물을 대신 증명하지 않는다.

청구인 주장

1. 실체 있는 창업기업으로 거래를 수행할 능력이 있었다

청구법인은 대표 E이 낚시경력과 관련 회사 근무 경험을 갖고 있고, 예비창업패키지에 선정된 뒤 쟁점매입처1 대표 F의 도움을 받아 법인을 설립했다고 주장했다. E이 쟁점매입처1에서 근무한 것은 창업 컨설팅을 받으면서 행정업무를 도운 관계이지, 청구법인이 쟁점매입처1의 도관이었다는 뜻이 아니라고 설명했다.

청구법인은 OOO에 관한 특허를 출원했고, 등록까지 시간이 걸리는 만큼 미등록만으로 기술력을 부정할 수 없다고 주장했다. 처분청이 유사하다고 본 다른 특허와는 목적과 기술구성이 다르다는 입장도 냈다.

2. 자본금과 투자금에는 실제 법률관계가 있었다

청구법인은 설립 자본금이 F에게 빌린 돈이었다가 곧 변제되었지만 그 사실이 법인의 실체를 부정하지 않는다고 주장했다. 설립 뒤 G, H, I에게 합계 OOO원을 투자받았고, 이는 아이템과 기술력에 대한 시장평가에 따른 실질 투자라고 설명했다.

G의 투자금이 관련자를 거쳐 J으로 이동한 흐름에 대해서는 G와 J이 서로 다른 법인이고, 청구법인은 투자금을 물품매입대금으로 사용했을 뿐 그 뒤 거래상대방의 자금 운용은 알 수 없다고 반박했다.

3. 분리된 사무·보관·출고 장소는 도매업 운영 방식이었다

청구법인은 등록 사업장이 소호사무실이었던 것은 초기 자금 부족 때문이라고 주장했다. 행정업무는 업무협력 관계에 있던 쟁점매입처1 사업장에서 처리했고, 재고관리와 출고는 쟁점매입처2 사업장 일부를 무상으로 사용해 수행했다고 설명했다. 도매업에서 사무실, 보관 장소, 세금계산서 발급 장소가 다르다는 이유만으로 도관업체가 되는 것은 아니라고 주장했다.

4. 쟁점매입처2는 제조와 조달 능력이 있었다

청구법인은 쟁점매입처2가 낚시줄 제조시설을 갖고 있었고 웜 제품은 중국 OEM 방식으로 제조·수입했다고 주장했다. 세무조사에서 확인된 수입 외에도 홍콩을 통한 수입과 다른 업체에서 공급받은 낚시용품이 있었으므로, 쟁점매입처2의 매출 증가를 가공거래 결과라고 추정해서는 안 된다고 설명했다.

청구법인은 2024.11.4. 쟁점매입처2와 기술독점계약을 맺고 2025.1.1. 물품공급계약을 체결한 뒤 2025년 1월부터 거래했다고 주장했다.

5. 물품은 실제로 운송되고 인도되었다

청구법인은 쟁점매출처1의 발주를 받은 뒤 쟁점매입처2에서 보관하던 물품을 쟁점매출처1이 지정한 창고로 운송했다고 주장했다. 약 60%는 E이 자가용으로 여러 차례 운송했고 나머지는 용달업체를 이용했다고 설명했다.

운송영수증에 쟁점매입처2가 거래상대방으로 적힌 것은 출발 장소를 용달기사에게 안내하는 과정에서 생긴 착오라고 주장했다. 도착지가 쟁점매출처1의 등기상 장소와 달랐던 것은 쟁점매출처1이 지정한 보관 장소였기 때문이라고 설명했다. 발주와 출고는 위챗 메신저로 협의했고, 휴대전화 분실로 조사 때 내지 못한 대화는 거래상대방의 휴대전화에서 받아 뒤에 제출했다고 주장했다.

6. 짧은 기간에 이어진 대금결제는 외상거래 구조였다

청구법인은 물품공급계약에 따라 매입대금을 외상으로 두었다가 매출대금이 들어오면 바로 지급했다고 주장했다. 낚시용품 성수기의 자금수요와 거래 관행 때문에 2025년 7월과 8월에 대금이 집중적으로 이동했을 뿐이라고 설명했다.

청구법인 계좌에 들어오기 전의 자금이나 청구법인이 매입대금을 보낸 뒤 상대방이 사용한 자금은 청구법인이 알 수 없으므로, 전체 흐름이 되돌아왔다는 이유만으로 청구법인의 거래를 가공으로 볼 수 없다는 입장이다.

7. 지원사업비는 실제 용역에 쓰였다

청구법인은 예비창업패키지 지원금으로 O에게 디자인 제작용역을 맡기고 P를 통해 시금형을 제작했다고 주장했다. 세금계산서와 금융증빙이 있고 금형도 보관 중이므로, O와 P가 돈을 받은 뒤 어떤 거래를 했는지를 이유로 청구법인의 지출 자체를 부인해서는 안 된다고 설명했다.

8. 거래자료와 신고가 거래의 진실성을 뒷받침한다

청구법인은 계약서, 거래명세표, 확인서, 운송자료, 대화내역, 금융자료가 서로 실물거래를 뒷받침하고 거래당사자들이 세금계산서를 발급해 부가가치세를 신고·납부했다고 주장했다. 따라서 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 결론지었다.

처분청 의견

1. 사업준비의 외형은 실물거래의 직접 증거가 아니다

처분청은 설립동기, 특허출원, 예비창업패키지 선정, 지원사업비 사용이 있었다고 해도 쟁점세금계산서에 대응하는 재화가 실제로 공급되었다는 증거는 아니라고 보았다. 오히려 고용주에게 자본금을 빌린 뒤 바로 돌려주고 청구법인에서는 무보수로 일한 사정은 독립 사업자로서 시설과 자금이 부족했다는 정황이라고 주장했다.

2. 청구법인은 독립된 거래당사자로 보기 어렵다

처분청은 등록 사업장이 작은 소호사무실이고 E이 그곳에 거의 출근하지 않았다고 지적했다. E은 쟁점매입처1의 근로자이면서 쟁점매입처2 사업장에서 업무를 했고, 쟁점매입처1 사업장에서 청구법인 세금계산서를 발급했다. 청구법인 명의의 직원, 독립 보관시설, 자체 운송증빙이 부족하므로 고액의 낚시용품 도매거래를 수행한 독립 주체로 보기 어렵다는 입장이다.

3. 투자금과 거래대금에서 순환 흐름이 나타났다

처분청은 G의 투자금이 청구법인과 F을 거쳐 J으로 되돌아가는 형태가 나타났다고 보았다. H과 I의 자금도 청구법인과 F을 거쳐 제3자에게 귀속되었고, 유상증자 가격이 원래 취득단가보다 크게 높았는데 청구법인이 경위를 충분히 설명하지 못했다고 주장했다.

쟁점거래 대금에 관해서는 세 가지 순환 흐름을 제시했다. 처분청은 거래대금이 최초 출금처로 돌아오는 모습이 실물 없는 세금계산서 거래를 보여 주는 가장 강한 정황이라고 평가했다.

4. 쟁점매입처2의 제조와 수입 설명도 충분하지 않다

처분청은 쟁점매입처2의 수입통관금액과 전체 매출 규모가 맞지 않고, 매출과 단기차입금이 빠르게 증가했다고 보았다. 중국 OEM이나 다른 업체 매입이 있었다는 설명만으로 쟁점거래의 물량이 실제 존재했다는 점이 입증되지는 않는다는 입장이다.

5. 운송증빙과 메신저 자료의 신빙성이 낮다

처분청은 조사 때 E이 실제 거래를 확인할 문자나 전자우편이 없다고 진술했다가 불복 과정에서 위챗 캡처를 제출한 점을 문제 삼았다. 메시지 내용이 간단하고 표시된 거래상대방도 청구법인이 아닌 쟁점매입처2로 보인다고 주장했다.

운송영수증의 거래상대방도 청구법인이 아니라 쟁점매입처2로 기재되어 있었다. 물품 도착지는 쟁점매출처1의 사업자등록이나 법인등기상 장소가 아니었다. 처분청은 이런 자료로 청구법인이 매입하고 매출한 물품의 흐름을 확인할 수 없다고 보았다.

6. 지원사업비의 뒤 자금 흐름도 의심스럽다

처분청은 디자인과 금형 제작 명목으로 지급된 돈이 용역회사에 머물지 않고 관련 거래처나 제3자에게 이동한 점을 들었다. 국가지원금 편취 또는 유용 혐의가 있다고 보았고, 이런 흐름은 청구법인이 내세운 사업준비 자료의 증명력을 낮춘다고 주장했다.

7. 정상 신고·납부와 거래확인서는 실제 거래를 확정하지 않는다

처분청은 거래당사자의 부가가치세 신고·납부 여부가 가공거래인지와 별개라고 보았다. 거래상대방들이 서로 조력하거나 협업하는 관계여서 같은 이해관계를 가지므로 이들의 거래사실확인서도 신빙성이 낮다고 주장했다.

증거와 확인된 사실

제출자료가 있다는 사실과 그 자료에 붙인 당사자의 해석은 구분해야 한다. 심판원은 일부 자료의 존재와 외형을 확인했지만, 모든 자료가 개별 실물거래를 입증한다고 확정하지 않았다.

증거를 볼 때 지켜야 할 구분

첫째, 청구법인이 자료를 제출했다는 사실은 심판원이 확인했다. 그러나 계약서와 확인서의 내용이 전부 진실이라고 확정한 것은 아니다.

둘째, 순환 금융거래가 나타난다는 사실은 심판원도 가공 가능성을 뒷받침하는 정황으로 보았다. 그러나 그 흐름만으로 쟁점거래 전부의 실물이 없다고 확정하지 않았다.

셋째, 재고 사진과 현지확인 자료는 물품이 어느 장소에 존재했을 가능성을 보여 준다. 다만 그 물품이 어느 매입세금계산서로 들어와 어느 매출세금계산서로 나갔는지까지 확인하려면 품목별 수불과 운송자료가 필요하다.

넷째, 신고·납부는 심판원이 통상의 자료상 구조와 일부 다른 사정으로 고려했다. 불송치 결정은 심리자료에 포함됐지만, 최종 판단에서 개별 실물거래를 인정하는 근거로 명시되지는 않았다.

관련 법령

결정문 별지는 부가가치세법상 과세대상, 세금계산서, 매입세액 공제와 불공제, 결정과 경정 규정 및 법인세법상 손비 규정을 수록했다. 공개 원문에는 일부 조문의 조 번호와 앞부분이 빠져 있어 아래에서는 원문에서 확인되는 조문만 사건과 연결해 정리한다. 시행일이나 부칙은 원문만으로 단정하지 않는다.

1. 부가가치세법 제32조 요지: 세금계산서 발급

사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 공급하는 사업자와 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일 등 필요한 사항을 적은 세금계산서를 공급받는 자에게 발급해야 한다는 내용이다.

세금계산서는 실제 공급관계를 반영해야 한다. 이 사건에서는 청구법인이 쟁점매입처로부터 실제로 물품을 공급받고 쟁점매출처에 실제로 공급했는지가 세금계산서의 사실 부합 여부를 가른다.

2. 부가가치세법 제38조 요지: 공제하는 매입세액

사업자가 자기 사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액이 된다는 내용이다.

쟁점매입이 실제로 존재하고 청구법인의 사업을 위한 것이어야 매입세액 공제의 출발점이 성립한다. 거래 전부 또는 일부가 실물 없는 거래라면 그 범위의 매입세액 공제가 문제 된다.

3. 부가가치세법 제39조 요지: 공제하지 않는 매입세액

세금계산서를 발급받지 않았거나 세금계산서의 필요적 기재사항 전부 또는 일부가 적히지 않았거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 매입세액은 원칙적으로 공제하지 않는다는 내용이다. 공급가액 일부가 사실과 다르면 실제 공급가액과 사실과 다른 금액의 차액에 해당하는 세액을 대상으로 한다.

이 규정은 재조사 결과와 직접 연결된다. 일부 물품만 실제 공급된 것으로 확인된다면 거래 전부를 한 단위로 처리하기보다 실제 공급가액과 사실과 다른 부분을 나누어 매입세액을 다시 계산해야 한다.

4. 부가가치세법 제57조 요지: 결정과 경정

신고 내용에 오류나 누락이 있거나 세금계산서합계표의 기재사항이 사실과 다른 경우 등에는 관할 세무서장 등이 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사해 결정하거나 경정한다는 내용이다.

처분청은 쟁점세금계산서가 모두 실제 공급과 다르다고 보고 부가가치세를 경정했다. 심판원 주문은 그 경정의 기초 사실을 다시 조사해 실제 거래로 확인되는 부분과 그렇지 않은 부분에 맞게 과세표준과 세액을 다시 정하도록 한다.

5. 법인세법 제19조 요지: 손금의 범위

손비는 법인 사업과 관련해 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다는 내용이다.

쟁점매입이 실제 물품 매입이라면 법인세상 비용과 매출원가의 기초가 될 수 있다. 반대로 실물 없이 세금계산서와 대금 흐름만 만든 것이라면 사업 관련 손비로 인정하기 어렵다. 재조사는 부가가치세뿐 아니라 2024사업연도 법인세 경정에도 영향을 준다.

6. 국세기본법 제65조 제1항 제3호와 제80조의2

결정문은 심판청구에 이유가 있다고 보아 국세기본법 제80조의2와 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정했다고 적었다. 이 사건에서 선택된 구체적 결론은 실제 매입과 매출 여부를 다시 조사한 뒤 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이다.

심판원 판단의 단계별 분석

1단계. 처분청이 제시한 가공거래 정황을 인정했다

심판원은 처분청의 의심을 근거 없다고 보지 않았다. 2025.7.31.부터 2025.8.29.까지 짧은 기간에 관련자 사이 자금이 연쇄적으로 이동했고 일부는 최초 출금처로 되돌아오는 형태를 보였다. 청구법인 명의의 운송증빙도 부족했다.

심판원은 이 사정들이 쟁점거래 상당 부분이 가공거래일 가능성을 뒷받침한다고 판단했다. 따라서 재조사 결정은 납세자의 형식 자료가 있으면 순환 자금 흐름을 무시해도 된다는 뜻이 아니다. 오히려 금융 흐름은 재조사에서도 핵심 자료다.

2단계. 청구법인의 사업준비와 제출자료도 실제 존재하는 정황으로 보았다

청구법인은 예비창업패키지에 선정되었고 특허를 출원했으며 디자인과 시금형 제작용역을 수행했다. 물품공급계약서, 거래명세표, 거래사실확인서, 재고적재 사진 등도 제출했다.

심판원은 이 자료들이 개별 거래의 실물을 바로 확정한다고 보지 않았다. 다만 청구법인의 사업과 쟁점거래의 실체를 전면적으로 부정하기 어렵게 하는 사정으로 평가했다. 처분청이 거래 전부를 하나로 묶어 부인하려면 이 자료들이 왜 어느 거래에도 대응하지 않는지를 더 구체적으로 밝혀야 했다.

3단계. 정상 신고·납부가 통상의 자료상 구조와 다른 점을 고려했다

청구법인과 거래상대방들은 거래시점마다 세금계산서를 발급했고 부가가치세를 신고·납부한 것으로 나타났다. 심판원은 이 사정이 부가가치세 미납을 전제로 하는 통상의 자료상 거래 구조와 일부 다르다고 보았다.

이는 신고·납부가 실제 거래를 확정한다는 뜻이 아니다. 신고가 서로 맞춰져 있어도 실물 없는 거래일 수 있다. 심판원은 이 사정을 통상의 자료상 거래 구조와 일부 다른 보조 정황으로 고려했을 뿐, 거래 전부의 실물 존재를 인정하지 않았다.

4단계. 처분청 자료만으로 거래 전부를 가공이라고 단정하기 어렵다고 보았다

가공 정황과 실제 거래 정황이 함께 존재했다. 심판원은 처분청이 낸 자료만으로 모든 쟁점매입과 쟁점매출을 실물 없는 거래라고 확정하기에는 부족한 측면이 있다고 판단했다.

여기서 판단의 범위를 좁게 읽어야 한다. 심판원은 거래 전부가 실제라고 인정하지 않았다. 상당 부분이 가공일 가능성도 남겨 두었다. 다만 전부 가공이라는 단일 결론을 뒷받침할 거래별 조사가 충분하지 않았다고 본 것이다.

5단계. 금융 흐름 조사와 물류 조사를 구분했다

처분청은 청구법인뿐 아니라 관련 거래처의 금융 흐름을 확인했다. 그러나 심판원은 각 거래단계에서 화물차량을 통한 실물 이동이 있었는지, 각 거래상대방에게 실물거래가 있었는지를 충분히 조사했는지가 명확하지 않다고 판단했다.

금융 흐름은 거래의 경제적 실질을 밝히는 한 축이고, 물류 흐름은 재화 공급의 존재를 밝히는 다른 축이다. 가공거래 판단에서는 두 축이 서로 맞물려야 한다. 돈만 돌고 물품은 움직이지 않았다면 가공 가능성이 높다. 돈이 순환하는 모습이 있어도 특정 물품이 실제로 이동하고 판매되었다면 그 거래의 세법상 처리는 별도로 검토해야 한다.

6단계. 전부 가공과 전부 실물이라는 두 극단을 모두 피했다

심판원은 쟁점거래 전부를 가공거래로 보거나 전부를 실물거래로 보는 방식이 적절하지 않다고 판단했다. 실물 이동이 객관적으로 확인되는 부분과 확인되지 않는 부분을 구분해야 한다고 보았다.

이 부분이 결정의 핵심이다. 거래처별, 세금계산서별, 품목별 또는 운송 건별로 사실이 다를 수 있다. 일부 거래에서만 물류가 확인되거나 한 세금계산서의 공급가액 중 일부 물량만 확인될 가능성도 있다. 재조사는 이런 부분 인정을 가능하게 하는 사실확정 절차다.

7단계. 거래단계별 실물 이동과 거래상대방의 실체를 다시 확인하도록 했다

재조사의 직접 질문은 청구법인이 낚시용품 등을 실제로 매입해 매출했는지다. 이를 확인하려면 쟁점매입처가 어떤 물품을 어디에서 조달했는지, 청구법인이 그 물품을 언제 취득했는지, 어디에 보관했는지, 누가 어떤 차량으로 어느 장소에 운송했는지, 쟁점매출처가 실제로 인수하고 처분했는지를 연결해야 한다.

원문에서 처분청이 충분히 수행했는지 불명확하다고 지적된 부분도 바로 각 거래단계의 화물차량 운반과 거래상대방의 실물거래 여부다. 재조사는 기존 계약서만 다시 받는 절차가 아니라 외부 자료로 물류를 확인하는 절차가 되어야 한다.

8단계. 재조사 결과로 정당한 과세표준과 세액을 계산하도록 했다

실물 이동이 확인되는 부분은 실제 공급으로 볼 여지가 있고, 확인되지 않는 부분은 가공거래 판단이 유지될 수 있다. 이에 따라 매입세액 불공제, 매출 관련 조정, 법인세상 손비와 수익 조정 범위가 달라진다.

주문은 재조사만 명한 것이 아니라 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 했다. 따라서 재조사 보고서에는 거래별 인정 여부뿐 아니라 각 판단이 2024년 제2기 부가가치세, 2025년 제1기 부가가치세, 2024사업연도 법인세에 미치는 계산 결과가 함께 제시되어야 한다.

9단계. 재조사 결정의 법적 효과는 최종 승패와 다르다

청구주장에 이유가 있다고 적혀 있지만, 청구법인의 실물거래 주장을 전부 받아들였다는 뜻은 아니다. 최초의 전부 가공 판단을 그대로 유지하기에는 조사가 부족하므로 다시 조사하라는 의미다.

재조사 결과 일부 또는 전부의 처분이 유지될 수도 있고, 일부가 감액되거나 취소될 수도 있다. 이 결정을 전액 취소나 환급 확정으로 처리해서는 안 된다.

분석 요지. 이 사건은 순환 자금 흐름의 증명력을 낮춘 사건이 아니다. 순환 자금 흐름이 강한 가공 정황이라도 거래 전부를 부인하려면 세금계산서별 물품 조달, 보관, 운송, 인수와 처분을 확인해야 하고, 실제 이동이 확인되는 부분은 따로 계산해야 한다고 본 사건이다.

법리 기준 비교

원문의 참조결정란과 따른결정란은 비어 있고 결정문 본문에도 비교할 별도 결정례나 판례 사건번호가 제시되지 않았다. 따라서 검증되지 않은 사건번호를 추가하지 않고, 이 사건에서 드러난 판단 기준을 서로 비교한다.

1. 형식 서류와 객관 자료의 관계

계약서, 세금계산서, 거래명세표와 확인서는 거래가 있었다는 당사자 설명을 구조화한다. 그러나 관계자들이 공통 이해관계를 갖는다면 서류끼리 맞는 것만으로는 부족하다. 독립된 운송업체 자료, 차량 운행기록, 창고 입출고 기록, 수입신고와 제조기록, 최종 판매자료처럼 당사자가 사후에 맞추기 어려운 외부 자료가 필요하다.

반대로 일부 서류가 조사 뒤 제출되었거나 기재가 불완전하다는 이유만으로 다른 객관 자료까지 모두 배척할 수는 없다. 자료마다 생성 시점, 작성 주체, 원본성, 다른 자료와의 일치 여부를 나누어 평가해야 한다.

2. 자금 순환과 재화 공급의 관계

순환 자금은 거래의 독립성과 경제적 목적을 의심하게 한다. 특히 매출처가 보낸 돈이 매입처와 관련자를 거쳐 매출처로 돌아오면 실제 매출대금인지 의문이 커진다. 하지만 재화 공급은 물건의 이동과 소유권 이전이라는 사실을 따로 갖는다.

따라서 자금 순환이 확인되면 물류조사가 불필요해지는 것이 아니라 오히려 더 중요해진다. 실제 물품이 움직였다면 누가 원가와 재고 위험을 부담했고 누가 판매수익을 얻었는지 살펴야 한다. 물품이 움직이지 않았다면 세금계산서와 자금 흐름이 외형을 만드는 데 쓰였는지 확인해야 한다.

3. 사업 실체와 개별 거래 실체의 관계

법인이 실제 창업활동을 했다는 사실과 쟁점거래가 실제였다는 사실은 다르다. 특허출원과 금형 제작이 진실해도 모든 매입과 매출이 자동으로 진실해지지 않는다. 반대로 사업장이 작고 대표가 겸직했다고 해서 모든 도매거래가 자동으로 가공이 되지는 않는다.

개별 거래 판단은 해당 세금계산서의 품목, 수량, 공급시기, 운송, 인수, 재고 감소와 판매대금에 맞춰야 한다. 사업 실체 자료는 그 판단의 배경 정황이다.

4. 전부 부인과 일부 부인의 관계

부가가치세법 제39조의 원문은 공급가액이 일부 사실과 다르면 실제 공급가액과 사실과 다른 금액의 차액을 구분하는 구조를 담고 있다. 이 사건에서도 일부 물량만 확인된다면 확인된 범위와 그렇지 않은 범위를 나누는 계산이 필요하다.

심판원의 재조사 명령은 바로 이 구분을 요구한다. 거래처 전체나 과세기간 전체를 하나로 묶어 전부 가공 또는 전부 실제라고 판단하기보다, 확인 가능한 가장 작은 거래 단위로 내려가야 한다.

실무 시사점

1. 가공세금계산서 조사에서는 자금표와 물류표를 따로 만든 뒤 연결해야 한다

금융추적표만으로 사건 전체를 설명하면 물품 이동에 빈칸이 남는다. 반대로 물류자료만 모으면 대금의 경제적 귀속을 놓칠 수 있다. 세금계산서 번호를 공통 열쇠로 삼아 자금표와 물류표를 연결하는 방식이 필요하다.

자금표에는 지급일, 지급자, 수취자, 금액, 선행 입금, 후속 출금, 최종 귀속, 계약상 지급기한을 넣는다. 물류표에는 품목, 수량, 출고지, 출고일, 차량과 기사, 도착지, 인수자, 창고 입출고, 이후 판매 또는 사용을 넣는다.

2. 도매업의 직송 구조는 계약과 물류증빙을 더 정교하게 남겨야 한다

물품이 청구법인 사업장을 거치지 않고 매입처 창고에서 매출처 지정 장소로 바로 가는 직송은 거래 자체를 부정하는 사정이 아니다. 다만 청구법인이 재고위험과 대금회수 위험을 부담한 독립 거래당사자였는지 보여 주는 자료가 필요하다.

발주서에는 최종 배송지와 인수자를 적고, 운송장에는 실제 계약당사자와 비용부담자를 구분해 적어야 한다. 창고를 무상 사용한다면 사용구역, 보관 책임, 재고 소유권, 입출고 승인자를 정한 약정과 수불부를 남기는 편이 안전하다.

3. 운송비를 현금으로 지급하거나 거래처가 대신 지급하면 입증력이 크게 약해진다

운송영수증의 거래상대방이 실제 공급 당사자와 다르면 세금계산서와 물류의 연결이 끊긴다. 운송비를 거래처가 대납했다면 대납 약정, 정산서, 계좌 흐름과 회계처리가 필요하다. 자가 운송이라면 차량 운행기록, 통행료, 주유, 위치기록, 출고와 인수 확인을 함께 남겨야 한다.

한 건의 운송자료가 여러 세금계산서 물량을 함께 실었다면 품목과 수량 배분표가 있어야 한다. 사진은 촬영일과 장소, 물품 식별정보가 확인되어야 한다.

4. 조사 뒤 제출되는 메신저 자료는 원본성과 생성 시점을 설명해야 한다

휴대전화를 분실해 거래상대방에게서 대화를 다시 받은 경우라면 그 경위를 확인할 자료가 필요하다. 단순 캡처보다 대화 내보내기 파일, 상대방 기기 원본, 계정정보, 앞뒤 대화, 첨부파일의 원본 속성, 제출 경위 확인서를 함께 보존해야 한다.

메시지에 발주나 출고라는 단어만 있으면 부족하다. 품목, 수량, 날짜, 출고지, 도착지, 인수자와 해당 세금계산서가 연결되어야 한다.

5. 관련자 협업과 독립 거래를 구분할 통제 자료가 필요하다

대표가 매입처 직원이고 세금계산서 발급도 매입처 사업장에서 했다면 독립성이 의심받기 쉽다. 협업관계라면 업무협력약정에 각 법인의 역할, 비용부담, 전산계정, 승인권한, 개인정보와 인증수단 관리, 이해상충 통제를 적어야 한다.

다른 법인의 IP주소에서 세금계산서를 발급할 때에는 누가 어떤 권한으로 접속하고 승인했는지 기록을 남겨야 한다. 공동 업무 공간을 사용하더라도 계정과 장부, 계약 승인, 자금 집행은 법인별로 분리해야 한다.

6. 거래상대방의 조달능력은 총액이 아니라 해당 물량으로 입증해야 한다

수입총액이나 제조시설의 존재만으로 특정 세금계산서 물량이 확보되었다고 볼 수 없다. 수입신고필증, 선하증권, 포장명세서, OEM 발주와 생산기록, 국내 매입자료를 품목코드와 수량으로 연결해야 한다.

여러 공급처의 물품이 섞였다면 기초재고, 기간 매입, 기간 매출, 기말재고가 수량과 금액에서 맞는지 검토해야 한다. 단가가 낮은 상품의 거래액이 크다면 필요한 물량과 보관면적이 현실적인지도 계산해야 한다.

7. 정상 신고·납부만으로 가공 위험이 사라지지 않는다

거래당사자가 모두 신고하고 세금을 냈다는 사실은 중요하지만 충분하지 않다. 신고가 일치해도 금융상 목적, 대출, 투자금 외형, 지원금 사용 등 다른 목적의 순환거래일 수 있다. 거래의 사업 목적, 이윤, 가격 결정, 재고위험과 대손위험을 함께 봐야 한다.

반대로 처분청도 신고·납부 구조가 통상의 자료상과 어떻게 다른지 검토해야 한다. 가공거래라고 본다면 거래 참여자별 이익과 위험, 자금 회수 방식, 세금 부담의 최종 귀속을 설명할 필요가 있다.

8. 재조사 대응은 세금계산서별 인정표로 시작해야 한다

재조사에서는 기존 주장서를 반복하기보다 세금계산서별 결론표를 먼저 만들어야 한다. 각 행에 매입과 매출의 대응관계, 품목, 수량, 계약, 발주, 출고, 운송, 인수, 대금, 재고 변동과 외부 확인자료를 넣는다.

증거가 부족한 거래와 충분한 거래를 나누고, 부족한 거래에는 추가 조회 대상과 보완 계획을 적어야 한다. 일부 거래가 입증되지 않는다고 다른 거래까지 같은 결론으로 묶이지 않도록 거래 단위를 분리하는 것이 중요하다.

9. 재조사 결과의 세액 계산은 세목과 과세기간별로 나눠야 한다

2024년 제2기와 2025년 제1기 부가가치세, 2024사업연도 법인세가 함께 문제 되었다. 거래 인정 여부가 달라지면 과세기간별 매출세액과 매입세액, 법인세상 매출과 원가가 각각 달라진다.

재조사 결과표에는 거래별 사실판단과 함께 세목별 조정 항목을 연결해야 한다. OOO로 가려진 공개 금액을 추정해서는 안 되고 실제 재조사 자료의 원장과 신고서를 기준으로 계산해야 한다.

실무 체크리스트

거래 기본자료

• 쟁점 세금계산서를 공급일자와 거래처별로 전부 나열했는가
• 세금계산서마다 계약서, 발주서, 거래명세표와 인수증을 연결했는가
• 품목명과 규격, 수량, 단가가 자료 사이에서 일치하는가
• 거래처 확인서의 작성일, 작성자와 원본을 확인했는가
• 조사 전 작성 자료와 불복 과정에서 추가된 자료를 구분했는가

물품 조달과 제조

• 쟁점매입처의 기초재고와 기간 매입, 생산, 수입을 확인했는가
• OEM 제품은 발주, 생산, 선적, 통관과 입고를 품목별로 연결했는가
• 국내 매입 물품은 원매입처와 세금계산서, 운송자료가 있는가
• 해당 공급량을 만들거나 조달할 시설과 기간이 현실적인가
• 특허나 기술자료와 실제 판매품의 규격이 연결되는가

보관과 재고

• 청구법인 소유 재고와 거래처 소유 재고를 구분했는가
• 무상 보관 장소의 사용약정과 책임자를 확인했는가
• 창고 입출고 대장과 재고수불부가 날짜와 수량에서 맞는가
• 재고 사진의 촬영일, 장소, 품목과 수량을 확인할 수 있는가
• 반품, 불량, 폐기와 샘플 사용을 별도 기록했는가

운송과 인수

• 운송일, 차량번호, 기사, 출고지와 도착지를 확인했는가
• 운송영수증의 거래상대방이 다른 경우 그 이유와 정산자료가 있는가
• 자가 운송은 운행기록, 통행료, 주유와 위치자료로 보완했는가
• 도착지가 매출처 등록장소와 다르면 지정과 사용 근거가 있는가
• 실제 인수자의 이름, 소속, 연락처와 서명이 확인되는가
• 한 번에 여러 거래 물량을 운송했다면 물량 배분표가 있는가

자금 흐름

• 매출대금 입금 전의 자금 원천을 확인했는가
• 매입대금 출금 뒤 최종 귀속까지 추적했는가
• 최초 출금처로 돌아온 돈의 금액과 걸린 시간을 거래별로 표시했는가
• 외상지급 약정과 실제 지급일이 일치하는가
• 관계자 대여금, 투자금, 매출대금과 매입대금을 섞지 않았는가
• 대금 지급 뒤 되돌려 받은 리베이트나 대여금이 있는지 확인했는가

법인 독립성

• 대표의 다른 법인 근무와 청구법인 업무 시간을 구분했는가
• 세금계산서 발급 계정, 인증수단과 승인자를 법인별로 관리했는가
• 거래처 사업장에서 업무한 이유와 비용부담 약정이 있는가
• 계약 체결, 가격 결정, 발주와 대금지급을 누가 승인했는가
• 재고위험, 대손위험과 하자책임을 누가 실제 부담했는가
• 투자자의 자금 원천과 주식 취득 조건, 최종 귀속을 확인했는가

전자자료와 외부 확인

• 메신저 원본과 계정, 대화 전체 맥락을 보존했는가
• 조사 뒤 제출한 자료의 지연 사유와 취득 경위를 설명할 수 있는가
• 운송업체, 창고관리자와 최종 인수자에게 독립 확인을 했는가
• 사진과 파일의 생성일, 수정일과 원본 속성을 확인했는가
• 거래처가 작성한 확인서 외에 제3자 자료가 있는가

세액과 절차

• 2024년 제2기와 2025년 제1기 거래를 구분했는가
• 부가가치세 매출세액과 매입세액 조정을 각각 계산했는가
• 2024사업연도 법인세의 매출과 원가 조정을 따로 계산했는가
• 실제 확인된 공급가액과 확인되지 않은 공급가액을 나눴는가
• 재조사 결정만으로 전액 취소나 환급이 확정되었다고 처리하지 않았는가
• 재조사 결과 통지와 후속 경정 내용을 원래 처분과 대사했는가

참고 자료

• 조세심판원, 조심2026인1191, 2026.8.11., 재조사. 주문, 처분개요, 양측 주장, 제출자료, 관련 법률과 심판원 판단을 확인한 사건 원문이다.
• 국가법령정보센터, 부가가치세법 제32조·제38조·제39조·제57조. 세금계산서 발급, 매입세액 공제와 불공제, 과세표준과 세액의 결정·경정에 관한 공식 법령 자료다.
• 국가법령정보센터, 법인세법 제19조. 결정문 별지에 수록된 사업 관련 손실 또는 비용의 손금 판단 근거를 확인한 공식 법령 자료다.
• 국세기본법 제65조 제1항 제3호, 제80조의2. 심판원이 주문과 같은 결정을 내린 근거로 표시한 규정이다.

원문의 참조결정란과 따른결정란에는 별도 사건번호가 기재되어 있지 않다. 결정문 본문에도 비교할 판례나 다른 심판결정 번호가 제시되지 않았다. 따라서 이 글은 검증되지 않은 사건번호를 만들지 않고, 원문에서 확인되는 증거평가 기준과 재조사 범위를 비교했다.

글의 범위. 이 글은 공개 결정문을 바탕으로 처분의 경위, 청구법인 주장, 처분청 의견, 확인된 자료와 심판원 판단을 구분해 재구성한 분석이다. 공개 원문에서 OOO로 가려진 금액과 장소, 거래물량, 자금의 최종 귀속은 추정하지 않았다. 재조사 결과에 따라 실제 인정되는 거래 범위와 부가가치세·법인세의 최종 세액은 달라질 수 있다.