[경정] 신설 정비기반시설에 두 감면 규정을 함께 적용한 사건 (조심2025지0982)

재개발사업 시행자가 새로 설치한 정비기반시설을 국가나 지방자치단체에 무상귀속하면 취득세가 당연히 비과세된다고 보기 쉽다. 그러나 사업시행자가 용도 폐지된 기존 정비기반시설을 무상으로 넘겨받는 구조라면 결론이 달라진다. 조세심판원은 이 무상양여를 신설 시설 무상귀속의 반대급부로 보아 비과세 주장은 받아들이지 않았다.

그렇다고 과세관청의 처분이 전부 유지된 것은 아니다. 심판원은 신설 정비기반시설이 기부채납용 부동산 감면과 재개발사업 대지 조성용 부동산 감면의 요건을 함께 충족한다고 판단했다. 특히 「지방세특례제한법」 제180조 단서가 제74조와 다른 감면 규정의 중복 적용을 허용한다는 점을 근거로, 최소납부세제가 반영된 85% 감면율을 적용하도록 경정했다.

이 결정의 핵심은 비과세와 감면을 분리하여 검토해야 한다는 데 있다. 비과세가 부인되었다는 이유만으로 감면까지 끝나는 것이 아니며, 여러 감면 규정이 걸리는 경우에는 중복 적용 조항과 최소납부세제까지 이어서 살펴야 한다.

사건 개요

사실관계 구조

청구법인
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  | 재개발사업 시행
  | 신설 정비기반시설 설치
  v
신설 정비기반시설 44,315㎡
  |
  | 준공인가와 관리청 통지에 따라 무상귀속
  v
국가 또는 지방자치단체
  |
  | 용도 폐지 정비기반시설을
  | 신설 시설 설치비용 상당 범위에서 무상양도
  v
청구법인

취득 단계의 세금 처리
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  +--> 제74조 제3항 제1호: 재개발 대지 조성용 부동산 75% 경감 적용
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  +--> 제73조의2 제1항: 반대급부가 있는 기부채납용 부동산 면제 쟁점
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  +--> 제180조 단서: 제74조와 다른 감면 규정의 중복 적용 허용
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  +--> 제177조의2: 면제에 최소납부세제를 적용하여 85% 감면
  v
심판원: 쟁점기반시설에 85% 감면율을 적용하여 경정

청구법인은 2013년 6월 18일 이 건 정비사업의 사업시행계획 인가를 받았다. 당시 국가 등에 귀속할 신설 정비기반시설의 면적은 44,425㎡였다. 처분청이 2017년 2월 24일 관리처분계획을 인가할 때에도 면적은 44,425㎡였다.

그 뒤 토지이용계획 변경에 따라 면적이 조정되었다. 원문에 따르면 2019년 7월 25일에는 44,312㎡, 2020년 5월 28일에는 44,302㎡, 2022년 8월 25일과 2023년 10월 26일에는 44,315㎡로 확인된다. 최종 44,315㎡의 구성은 도로 31,283㎡, 공원 5,649㎡, 녹지 3,813㎡, 공공공지 1,520㎡, 공공청사 2,050㎡다.

청구법인은 사업구역 안의 토지와 건축물을 취득하면서 2019년 9월부터 2022년 2월까지 재개발사업 대지 조성용 부동산에 관한 75% 경감을 적용했다. 이후 신설 정비기반시설 부분은 국가 등에 무상귀속 또는 기부채납될 것이므로 취득세 비과세 대상이라고 보아 경정청구를 했다. 처분청이 이를 거부하면서 비과세 여부와 감면 중복 적용 여부가 심판 대상이 되었다.

핵심 쟁점

쟁점 1. 신설 정비기반시설은 취득세 비과세 대상인가

「지방세법」 제9조 제2항 본문은 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산과 사회기반시설에 취득세를 부과하지 않는다고 정한다. 다만 같은 항 제2호는 국가 등에 귀속하는 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산이나 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우 그 해당 부분을 과세 대상으로 돌린다.

따라서 이 사건에서는 신설 시설이 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되었는지만 볼 수 없다. 청구법인이 용도 폐지 정비기반시설을 무상으로 넘겨받은 것이 신설 시설 무상귀속의 반대급부인지도 함께 판단해야 한다.

쟁점 2. 비과세가 아니라면 두 감면을 함께 적용할 수 있는가

쟁점기반시설에는 이미 재개발사업 대지 조성을 위한 취득에 관한 제74조 제3항 제1호의 75% 경감이 적용되어 있었다. 추가로 구 제73조의2 제1항의 기부채납용 부동산 면제가 적용되는지가 문제였다.

보통 같은 과세대상에 둘 이상의 감면 규정이 적용되면 감면율이 높은 하나만 적용한다. 다만 제180조 단서는 제74조와 다른 감면 규정에 대해 두 감면 규정을 모두 적용할 수 있도록 정한다. 이 예외가 쟁점기반시설에 적용되는지, 적용된다면 세액을 어떤 순서와 비율로 계산할지가 두 번째 쟁점이었다.

청구인 주장

1. 사업시행인가로 귀속 대상이 사실상 확정되었다

청구법인은 2013년 6월 18일 사업시행인가를 받을 때 국가 등에 귀속되거나 기부채납될 신설 정비기반시설의 위치와 면적이 사실상 정해졌다고 주장했다. 사업시행계획서에는 용도 폐지 시설과 새로 설치할 시설의 조서와 도면, 설치비용 계산서 등이 포함되므로 단순한 장래 계획에 그치지 않는다는 논리다.

사업 진행 중 위치나 면적이 일부 조정되었더라도 귀속 의무 자체가 사라진 것은 아니므로, 최종 변경된 면적을 기준으로 비과세를 적용해야 한다고 보았다. 청구법인은 원문에 적힌 참조결정 가운데 사업계획이나 고시 도면으로 기부채납 대상이 특정된 경우, 또는 취득 전부터 국가 귀속이 예정되고 실제 귀속된 경우 비과세를 인정한 판단을 들었다.

2. 용도 폐지 시설의 무상양도는 반대급부가 아니다

청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 신설 시설은 관리청에 무상귀속되고 용도 폐지 시설은 사업시행자에게 무상양도되는 것이 각각 법률에서 정한 효과라고 주장했다. 당사자가 대가를 주고받기로 합의한 쌍무 관계가 아니라 강행 규정에 따라 각각 발생하는 법률효과이므로, 무상양도를 신설 시설 귀속의 반대급부로 볼 수 없다는 입장이다.

또한 사업시행자가 용도 폐지 시설을 별도 대가 없이 승계취득한다는 법리를 근거로, 그 취득이 무상이라면 신설 시설 귀속에 대한 대가관계도 부정되어야 한다고 주장했다. 결국 제9조 제2항 제2호의 과세 전환 사유가 없으므로 본문의 비과세가 유지된다는 논리다.

청구법인은 행정안전부 회신 내용도 제시했다. 원문에 따르면 해당 회신은 무상양여받은 뒤 신설 정비기반시설에 다시 편입되어 국가 등에 귀속되는 토지를 비과세 제외 대상인 해당 부분으로 보는 취지와, 전체 사업부지 중 무상귀속 부지 비율을 이용한 계산 방식을 담고 있다.

3. 비과세가 부인되어도 기부채납용 부동산 감면은 적용된다

청구법인은 예비적으로 구 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항을 적용해야 한다고 주장했다. 이 조항은 국가 등에 귀속하는 반대급부로 국가 소유 부동산 등을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산이나 사회기반시설에 취득세를 면제하는 규정이다.

2018년 12월 24일 개정법의 부칙 제11조는 개정법 시행 전에 무상양여 등을 조건으로 실시계획 인가 등을 받은 뒤 시행 이후 해당 부동산을 취득하는 경우 종전 규정에 따라 면제하도록 정한다. 청구법인은 사업시행계획인가에 따라 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 실시계획 인가가 의제되고, 이 사건에는 종전 면제 규정이 이어진다고 보았다.

다만 2019년 1월 1일 이후 취득분에는 최소납부세제가 적용되므로 면제의 실제 감면율은 85%라는 점도 함께 제시했다.

4. 제74조 감면과 제73조의2 감면은 중복 적용된다

청구법인은 제180조 단서가 제74조와 다른 규정의 중복 적용을 명시적으로 허용한다고 주장했다. 이미 적용된 제74조의 75% 경감과 제73조의2의 면제를 함께 적용해야 하며, 적용 순서에 관해서는 제74조 감면을 먼저 적용하고 남은 과세대상에 제73조의2를 적용하는 방식도 제시했다.

청구법인의 주장은 단순히 감면율을 더해 160%를 공제한다는 표현과, 두 감면을 순차 적용한다는 표현을 함께 담고 있었다. 심판원은 중복 적용 가능성은 받아들였지만 최종 판단에서는 쟁점기반시설에 85% 감면율을 적용하도록 정리했다.

처분청 의견

1. 무상양여는 신설 시설 귀속의 반대급부다

처분청은 신설 정비기반시설이 제9조 제2항 제2호에 해당한다고 보았다. 「도시 및 주거환경정비법」은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용 상당 범위에서 용도 폐지 정비기반시설을 무상으로 양도받도록 정한다. 신설 시설이 없다면 용도 폐지 시설의 무상양여도 발생하지 않고, 양여 범위도 신설 시설 설치비용과 연결되므로 두 급부 사이에 대응 관계가 있다는 논리다.

처분청은 2015년 12월 29일 「지방세법」 개정 취지도 들었다. 국가 소유 재산의 무상양여나 기부채납 대상물의 무상사용권 같은 반대급부가 있는 경우까지 비과세하는 것은 기부채납 비과세의 취지에 맞지 않아 이를 과세 대상으로 전환했다는 것이다.

2. 취득 당시 국가 귀속이 사실상 확정되었다고 보기 어렵다

처분청은 사업시행인가 뒤에도 신설 정비기반시설의 위치와 면적이 여러 차례 바뀌었다는 점을 강조했다. 교통영향평가, 지구단위계획 변경, 선형 변경, 관련 부서 협의 등을 거치며 재정비촉진계획과 사업시행계획이 변경되었고, 한때 44,589㎡로 산정되었다가 최종적으로 44,315㎡로 조정되었다.

또한 최종 귀속 전까지 토지를 제3자에게 처분할 가능성이 남아 있다는 점에서 취득과 등기가 국가 귀속을 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하다고 단정할 수 없다고 보았다. 처분청은 원문에 적힌 대법원 판결과 참조결정을 근거로 비과세 요건이 충족되지 않는다고 주장했다.

3. 제73조의2는 반대급부로 넘겨받는 부동산에만 적용된다

처분청은 구 제73조의2 제1항의 문언을 달리 해석했다. 감면 대상인 “무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산”은 국가 등에 귀속되는 신설 시설이 아니라 반대급부로 사업시행자가 넘겨받는 용도 폐지 시설을 뜻한다고 보았다. 쟁점기반시설은 양여받는 부동산이 아니라 국가 등에 넘기는 부동산이므로 이 감면의 대상이 아니라는 의견이다.

관련 법령

이 사건은 취득 시기별 법령과 경과조치를 함께 읽어야 한다. 아래 내용은 결정문 별지에 실린 사건 적용 법령의 요지를 정리한 것이다.

「지방세법」 제9조 제2항

제9조 제2항의 요지는 다음과 같다. 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산과 일정한 사회기반시설에는 취득세를 부과하지 않는다. 다만 국가 등에 귀속하는 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산이나 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우에는 그 해당 부분에 취득세를 부과한다.

본문은 국가 등에 넘기기 위해 잠정적으로 취득하는 경우를 국가 등의 직접 취득과 비슷하게 취급하는 비과세 규정이다. 제2호는 무상귀속의 외형을 갖추었더라도 경제적 반대급부가 있는 경우 비과세 범위에서 제외한다.

구 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항

구 제73조의2 제1항의 요지는 다음과 같다. 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산과 사회기반시설 중 국가 등에 귀속하는 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에는 취득세를 면제한다.

결정문에 실린 2018년 12월 24일 개정 전 조문은 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제하도록 정하고 있다. 개정법 부칙 제11조는 법 시행 전 일정한 실시계획 인가 등을 받은 사업에 종전 면제 규정을 적용하는 경과조치를 두었다.

이 규정은 제9조 제2항 단서로 비과세에서 빠진 반대급부 있는 귀속 재산을 다시 감면 체계 안에서 다루는 역할을 한다. 이 사건에서는 그 감면 대상이 반대급부로 받은 기존 시설만인지, 국가 등에 귀속하는 신설 시설도 포함하는지가 해석 쟁점이 되었다.

「지방세특례제한법」 제74조 제3항 제1호

제74조 제3항 제1호의 요지는 다음과 같다. 재개발사업 시행자가 재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산에는 취득세의 75%를 경감한다.

결정문은 2020년 1월 15일 개정 전 규정을 사건 적용 조문으로 제시한다. 이 사건 청구법인은 쟁점부동산 취득 때 이미 이 감면을 적용하여 신고했다.

「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항

제177조의2 제1항의 요지는 다음과 같다. 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제되는 경우에도 원칙적으로 85%의 감면율을 적용한다.

명목상 면제 규정이 있어도 최소한의 세부담을 남기는 최소납부세제다. 결정문에 실린 2015년 12월 29일 개정법 부칙 제5조 제2호는 제73조의2 감면에 이 제한을 2019년 1월 1일부터 적용하도록 정한다.

「지방세특례제한법」 제180조

제180조의 요지는 다음과 같다. 동일한 과세대상에 둘 이상의 감면 규정이 적용되면 원칙적으로 감면율이 높은 하나만 적용한다. 다만 제74조와 다른 규정은 두 감면 규정을 모두 적용할 수 있다.

제180조 단서는 이 사건 경정 결론을 여는 직접 근거다. 쟁점기반시설이 제74조와 제73조의2의 요건을 모두 충족한다면 일반적인 중복 감면 배제 원칙에도 불구하고 두 규정을 함께 적용할 수 있다.

「도시 및 주거환경정비법」 제57조와 제97조

사업시행계획인가를 받으면 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제88조에 따른 실시계획 인가 등이 의제된다. 제97조 제2항은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설은 관리할 국가나 지방자치단체에 무상귀속되고, 용도 폐지되는 국가나 지방자치단체 소유 정비기반시설은 새 시설 설치비용 상당 범위에서 사업시행자에게 무상양도된다고 정한다.

제97조 제5항은 준공 전 관리청 통지와 귀속 시점을 규율한다. 정비사업이 준공인가되고 관리청에 준공인가 통지가 이루어진 때 신설 시설은 국가 등에 귀속되고 기존 시설은 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

심판원 판단

1단계. 비과세 규정의 목적을 확인했다

심판원은 제9조 제2항 본문의 비과세 취지를 먼저 확인했다. 국가 등에 귀속할 목적으로 부동산을 취득하는 경우 그 취득은 귀속을 위한 잠정적이고 일시적인 조치이므로, 국가 등이 직접 취득하는 경우와 비슷하게 보아 취득세를 부과하지 않는다는 취지다.

이 목적에 비추어 보면 단순히 최종적으로 국가 등에 넘어간다는 결과만으로 비과세가 확정되지는 않는다. 사업시행자에게 돌아오는 경제적 대가가 있는지까지 살펴야 한다.

2단계. 용도 폐지 시설의 무상양여를 반대급부로 보았다

「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제2항은 사업시행자가 새 시설을 설치해 관리청에 무상귀속함으로써 입는 재산상 손실을 일정 범위에서 보전하기 위해 용도 폐지 시설을 무상양도하도록 한다. 무상양도 범위가 새 시설 설치비용 상당액으로 제한되고, 새 시설 제공이 없다면 기존 시설의 무상양여도 발생하지 않는다.

심판원은 이 연결 관계를 근거로 용도 폐지 시설의 무상양여를 신설 시설 무상귀속의 반대급부로 해석했다. 형식상 각 귀속과 양도가 법률에 따라 무상으로 이루어진다는 점보다 두 재산 이동 사이의 기능적이고 경제적인 대응 관계를 중시한 것이다.

3단계. 쟁점기반시설의 비과세를 부인했다

사업시행계획 인가와 준공인가 등에 따르면 청구법인은 쟁점기반시설을 국가 등에 무상귀속하고, 그에 대응하여 용도 폐지 정비기반시설을 무상으로 양여받았다. 따라서 쟁점기반시설은 제9조 제2항 본문의 비과세 대상이 아니라 같은 항 단서와 제2호에 따라 과세되는 부분이라고 판단했다.

이 판단으로 청구법인의 첫 번째 주장은 기각되었다. 귀속 대상의 위치와 면적이 언제 사실상 확정되었는지에 관한 논쟁보다 반대급부의 존재가 비과세를 막는 결정적인 이유가 되었다.

4단계. 제73조의2 감면 대상을 신설 시설까지 포함하는 것으로 보았다

심판원은 처분청의 좁은 문언 해석을 받아들이지 않았다. 쟁점기반시설은 국가 등이 소유한 부동산이나 사회기반시설을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하여 국가 등에 귀속하는 부동산이나 사회기반시설에 해당한다고 판단했다.

즉 제73조의2는 반대급부로 넘겨받은 용도 폐지 시설만을 가리키는 것이 아니라, 그 무상양여를 조건으로 취득하여 국가 등에 귀속하는 신설 시설에도 적용된다고 본 것이다. 제9조 제2항 제2호가 비과세에서 제외하는 구조와 제73조의2가 감면하는 구조를 서로 대응시켜 해석한 결과다.

5단계. 제74조 감면 요건도 충족한다고 보았다

쟁점기반시설은 재개발사업 시행자가 재개발사업의 대지를 조성하기 위해 취득한 부동산이다. 따라서 이미 신고 때 적용한 제74조 제3항 제1호의 감면 요건도 충족한다.

하나의 토지가 국가 등에 귀속할 신설 정비기반시설이라는 성격과 재개발사업 대지 조성을 위해 취득한 부동산이라는 성격을 동시에 가진다고 본 점이 중요하다. 두 규정은 서로 배척되는 분류가 아니라 같은 과세대상의 서로 다른 정책 목적을 반영한다.

6단계. 제180조 단서에 따라 두 감면의 적용을 허용했다

제180조 본문만 보면 둘 이상의 감면 중 감면율이 높은 하나만 적용해야 한다. 그러나 단서는 제74조와 다른 규정의 두 감면을 모두 적용할 수 있다고 명시한다. 이 사건의 조합은 제74조와 제73조의2이므로 단서의 예외에 들어간다.

따라서 처분청이 제74조 감면만 적용하고 제73조의2 감면을 배제한 처리는 유지될 수 없다고 보았다.

7단계. 최종 감면율을 85%로 판단했다

심판원은 제73조의2 감면이 적용되는 경우를 제177조의2 제1항 본문의 “이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우”로 보았다. 이에 따라 명목상 면제 대신 최소납부세제가 반영된 85% 감면율을 적용하는 것이 타당하다고 판단했다.

주문도 이 결론에 맞추어 쟁점기반시설 44,315㎡에 구 제73조의2 제1항과 제177조의2를 적용하여 세액을 경정하도록 했다. 나머지 심판청구, 곧 제9조 제2항 본문에 따른 비과세 주장은 기각했다.

주문과 결정요지의 연결

주문은 2024년 7월 9일 경정청구 거부처분을 전부 취소하지 않았다. 쟁점기반시설 44,315㎡에 기부채납용 부동산 감면과 최소납부세제를 적용하여 세액을 다시 계산하라고 했고, 비과세를 구한 나머지 청구는 기각했다.

따라서 결정유형이 “경정”이라는 사실을 곧바로 청구법인의 모든 주장이 받아들여졌다는 뜻으로 읽어서는 안 된다. 청구법인은 비과세에서는 졌지만 추가 감면에서는 이겼다. 과세표준 자체를 없앤 것이 아니라 적용 감면율을 바로잡은 결정이다.

법리 기준 비교

원문의 [참조결정]에는 조심2015지1214, 조심2019지2199, 조심2023지4405, 조심2017지0473, 조심2017지0718이 적혀 있고 [따른결정]은 비어 있다. 다만 각 비교 사건의 전체 사실관계와 주문을 이 결정문만으로 모두 검증할 수는 없으므로, 여기서는 사건번호를 늘려 결론을 일반화하지 않고 이 사건에서 드러난 법리 기준을 비교한다.

실무에서 비교 결정을 찾을 때에는 “기부채납이면 비과세”라는 결론 문구만 비교해서는 부족하다. 사업시행자가 국가 등으로부터 무엇을 받았는지, 무상양여 범위가 신설 시설 설치비용과 연동되는지, 귀속과 양여가 같은 사업계획과 준공 절차에서 맞물리는지를 우선 비교해야 한다.

또한 비과세 판단 사례와 감면 중복 적용 사례를 분리해야 한다. 비과세가 인정된 사례는 반대급부가 없거나 귀속 구조가 달랐을 수 있다. 반대로 비과세가 부인된 사례라도 제73조의2, 제74조, 제177조의2, 제180조를 순서대로 검토하면 세액 결론은 달라질 수 있다.

실무 시사점

1. 비과세 신청과 감면 신청을 예비적으로 함께 구성해야 한다

국가 등에 귀속될 재산이라는 이유만으로 제9조 제2항 본문만 주장하면 반대급부가 인정될 때 전체 청구가 막힐 수 있다. 경정청구서에는 비과세 주장을 주위적으로 제시하더라도, 제73조의2 감면과 제74조 감면의 중복 적용을 예비적으로 함께 구성할 필요가 있다.

청구 취지와 계산표도 비과세 시나리오, 제73조의2 단독 적용 시나리오, 제74조와 제73조의2의 중복 적용 시나리오로 나누는 편이 안전하다. 법적 평가가 달라져도 과세관청과 심판기관이 곧바로 대체 세액을 검토할 수 있기 때문이다.

2. 무상귀속 재산과 무상양여 재산을 하나의 대응표로 관리해야 한다

정비사업 자료에서는 신설 시설과 용도 폐지 시설을 별도 목록으로 관리하는 경우가 많다. 취득세 검토에서는 두 목록을 연결해야 한다. 신설 시설별 취득일, 면적, 취득가액, 귀속 예정 관리청, 사업계획상 근거와 함께 용도 폐지 시설의 위치, 면적, 평가액, 양여 시점, 설치비용 한도를 대응시켜야 한다.

이 대응표가 있어야 반대급부에 해당하는 범위와 감면 대상 범위를 구체적으로 계산할 수 있다. 단순히 전체 사업부지 중 무상귀속 면적만 제시하면 과세관청이 요구하는 “그 해당 부분”의 계산을 설명하기 어렵다.

3. 최초 인가부터 최종 준공까지 면적 변경 이력을 보존해야 한다

이 사건에서도 신설 정비기반시설 면적은 44,425㎡에서 44,312㎡, 44,302㎡, 44,315㎡로 변했다. 처분청 의견에 따르면, 청구법인이 2022년 10월 18일 주택도시보증공사에 제출한 토지조서에서는 신설 정비기반시설 면적이 44,589㎡로 산정되었다. 이런 차이는 귀속 대상의 확정성뿐 아니라 경정 대상 면적과 세액 배분에도 영향을 준다.

사업시행계획, 관리처분계획, 재정비촉진계획, 지구단위계획, 교통영향평가, 토지조서, 준공인가 자료를 시점별로 연결하고 변경 사유를 남겨야 한다. 최종 면적만 제출하면 취득 당시의 사실상 확정 여부를 설명하기 어렵고, 최초 면적만 고수하면 실제 귀속 면적과 어긋날 수 있다.

4. 취득일별 적용 법령과 경과조치를 나눠야 한다

이 사건의 취득 기간은 2019년 9월부터 2022년 2월까지다. 같은 사업 안에서도 취득일에 따라 법 조문과 감면율, 최소납부세제 적용 여부가 달라질 수 있다. 사업시행인가일만으로 모든 취득분의 세법 적용을 한꺼번에 정하면 안 된다.

각 필지나 자산별 취득일을 기준으로 당시 제73조의2와 제74조의 문언을 확인하고, 2018년 12월 24일 개정법 부칙 제11조, 2020년 1월 15일 개정법의 적용례와 경과조치, 최소납부세제 적용 시기를 각각 연결해야 한다.

5. 중복 감면은 단순 합산이 아니라 법정 계산 구조로 제시해야 한다

청구법인은 두 감면율을 합한 표현과 순차 적용 표현을 함께 제시했다. 그러나 심판원의 최종 결론은 쟁점기반시설에 85% 감면율을 적용하는 것이었다. 실무 계산서에서는 감면율 숫자를 단순히 더하기보다 어떤 규정을 먼저 적용하고 남은 세액 또는 과세대상에 다음 규정을 어떻게 반영하는지 명확히 보여야 한다.

특히 주문이 요구한 것은 구 제73조의2와 제177조의2를 적용한 세액 경정이다. 제180조 단서가 중복 적용을 허용하더라도 실제 환급액은 각 취득분의 과세표준, 세율, 이미 적용된 감면, 최소납부세제와 납부세액을 넣어 다시 계산해야 확정된다.

6. 비과세 실패를 곧 감면 실패로 처리하면 안 된다

제9조 제2항 제2호는 반대급부가 있는 경우 비과세를 배제한다. 제73조의2는 바로 그런 구조에 놓인 부동산을 감면 대상으로 삼는다. 두 규정은 충돌하는 것이 아니라 과세 단계와 감면 단계를 나누어 작동한다.

따라서 검토 순서는 비과세 여부, 비과세 제외 사유, 개별 감면 요건, 중복 감면 허용 여부, 최소납부세제, 추징 사유 순서가 되어야 한다. 어느 한 단계의 부정적 결론을 뒤 단계에 그대로 전이하면 이 사건과 같은 경정 가능성을 놓치게 된다.

실무 체크리스트

• 정비사업 시행자와 사업 유형이 제74조 적용 대상인지 확인했는가
• 신설 정비기반시설과 용도 폐지 정비기반시설을 별도 목록으로 만들었는가
• 두 시설 사이의 설치비용, 평가액, 면적, 귀속과 양여 관계를 연결했는가
• 사업시행계획인가일과 관리처분계획인가일을 확인했는가
• 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 실시계획 인가 의제 여부를 확인했는가
• 최초 인가부터 준공까지 시설별 위치와 면적의 변경 이력을 정리했는가
• 각 취득분의 취득일, 과세표준, 세율, 신고세액, 납부세액을 구분했는가
• 취득일별 제73조의2와 제74조의 적용 조문을 확인했는가
• 2018년 12월 24일 개정법 부칙 제11조의 경과조치 요건을 검토했는가
• 2020년 1월 15일 개정법의 적용례와 경과조치를 검토했는가
• 2019년 1월 1일 이후 제73조의2 면제에 최소납부세제가 적용되는지 확인했는가
• 제180조 본문이 아니라 단서의 중복 감면 예외에 해당하는지 확인했는가
• 감면율을 단순 합산하지 않고 법정 적용 순서에 따른 계산표를 만들었는가
• 국가 등에 귀속할 것이 취득 당시 사실상 확정되었음을 보여주는 조서와 도면이 있는가
• 제3자 처분 가능성이나 계획 변경 가능성에 대한 반박 자료가 있는가
• 용도 폐지 시설의 무상양여가 반대급부인지에 관한 주위적 주장과 예비적 감면 주장을 나눴는가
• 최종 귀속 면적과 경정청구 대상 면적이 일치하는가
• 준공인가와 관리청 통지 자료를 확보했는가
• 감면 뒤 귀속 조건 불이행이나 매각 등 추징 사유가 없는지 확인했는가
• 경정청구 기한과 불복 기간을 취득분별로 확인했는가

마무리

조심2025지0982는 정비기반시설의 무상귀속을 둘러싼 취득세 검토가 비과세 여부 하나로 끝나지 않는다는 점을 보여준다. 용도 폐지 시설의 무상양여가 신설 시설 귀속의 반대급부라면 제9조 제2항 본문의 비과세는 배제될 수 있다. 그러나 그 구조는 동시에 구 제73조의2의 감면 요건이 될 수 있다.

쟁점기반시설이 재개발 대지 조성용 부동산에도 해당하면 제74조 감면도 함께 검토해야 한다. 제180조 단서가 두 감면의 중복 적용을 열고, 제177조의2가 최종 감면율을 조정한다. 이 사건에서 심판원은 이 연결을 따라 비과세 주장은 기각하면서도 85% 감면율을 적용하도록 경정했다.

실무상 가장 중요한 것은 사업의 법률관계를 세금 항목 하나로 단순화하지 않는 것이다. 무상귀속과 무상양여의 대응 관계, 취득 시기별 법령, 경과조치, 중복 감면과 최소납부세제를 하나의 시간표와 계산표로 묶어야 정확한 경정 가능성을 찾을 수 있다.

참고 자료

• 조세심판원 조심2025지0982 결정문
• 국가법령정보센터, 「지방세법」 제9조
• 국가법령정보센터, 「지방세특례제한법」 제73조의2, 제74조, 제177조의2, 제180조
• 국가법령정보센터, 「도시 및 주거환경정비법」 제57조, 제97조
• 국가법령정보센터, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제88조