[경정] 대표이사의 배우자에게 지급한 인건비 1.2억원의 가공인건비 여부 (조심2026부1724)

대표이사의 배우자에게 지급한 급여라는 사정과 출퇴근 기록이 없다는 사정만으로 인건비 전액을 가공으로 볼 수 있는지가 문제 된 사건이다. 처분청은 고정 좌석, 출퇴근 기록, 업무서류가 확인되지 않고 현장에 있던 다른 회사 직원도 A이 실제로 근무하지 않는다고 답했다는 점을 들었다. 반면 청구법인은 인력 감소로 생긴 업무 공백, A의 등기이사 지위와 실제 업무, 회사 회생 과정의 경제적 기여를 근거로 급여의 손금 산입을 주장했다.

심판원은 청구법인의 인력과 근로소득 지급액이 대체로 계속 줄었고 중도 퇴사자도 많았다는 점, A이 설립 당시부터 이사였다는 점, 조사 당시에도 빈 좌석이 많았다는 점, 다른 직원의 급여와 비교해 A의 보수가 지나치다고 보기 어렵다는 점을 함께 보았다. 그 결과 쟁점인건비 전액을 가공으로 보아 손금불산입한 처분은 잘못이라고 판단했다.

사건 개요

주문

마산세무서장이 2025.12.4. 청구법인에게 한 2023∼2024사업연도 법인세 합계 OOO원이 부과처분은, 청구법인이 2021∼2024사업연도에 A에게 지급한 합계 OOO원의 급여를 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

공개 결정문 주문에는 일부 금액이 OOO로 가려져 있다. 따라서 정확한 총 급여, 사업연도별 급여, 고지세액은 공개 원문만으로 확정할 수 없다. 다만 결정문 제목은 쟁점인건비를 1.2억원으로 표시하고 있고, 주문은 2021사업연도부터 2024사업연도까지 A에게 지급한 급여 전액을 손금에 산입하도록 했다.

사실관계 구조

1996.01.11.  주식회사 B 성립
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      |  청구법인은 A이 1996년 주식회사 B 설립 시기부터 사내이사로 등기됐다고 주장
      v
2009.09.18.  회생계획 인가
      |
      |  A가 물상보증인으로 회생채무 대위변제
      |  2013.09.16. A 소유 아파트 매각대금도 사용
      v
2014.05.12.  회생절차 종결
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      v
2016.12.02.  조직변경으로 청구법인 설립
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      |  C: 지분 70%, 대표이사
      |  A: 지분 20%, C의 배우자, 등기 사내이사
      v
2021∼2024사업연도
      |
      |  청구법인 -> A에게 급여 합계 OOO원 지급
      |  청구법인 -> 해당 급여를 손금에 산입해 신고
      |  직원 수·근로소득 지급액 감소, 중도 퇴사자 발생
      v
2025.08.07.∼2025.09.26.  법인세 통합조사
      |
      |  고정 좌석·출퇴근 기록·업무서류 부재 확인
      |  같은 사무실의 다른 회사 직원 E 진술 확보
      v
조사청  -> 쟁점인건비를 가공인건비로 판단
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      v
2025.12.04.  처분청이 2023·2024사업연도 법인세 경정·고지
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2026.02.27.  심판청구
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      v
2026.08.12.  쟁점인건비 손금 산입에 따른 경정 결정

이 사건의 거래 관계는 단순한 근로계약 여부만으로 설명되지 않는다. A은 대표이사의 배우자이면서 주주이고 등기이사이며, 과거에는 물상보증인으로 회사의 회생채무를 대위변제했다. 그러나 심판원이 최종적으로 손금 산입을 인정한 핵심은 과거의 희생에 대한 보상 자체가 아니었다. 회사의 인력 감소 상황, 비상근 임원의 업무 수행 가능성, 지급 보수의 수준을 종합해 실제 직무집행의 대가로 볼 수 있는지가 판단의 중심이었다.

처분 경위

청구법인은 1996년 성립한 주식회사 B를 2016년 조직변경해 설립된 법인으로, 경상남도 의령군에서 조선기자재 부품 제조업 등을 영위했다. A은 청구법인의 지분 20%를 보유한 주주이자 등기 사내이사였다. 대표이사 C는 지분 70%를 보유한 지배주주이고 A의 배우자였다.

청구법인은 2021사업연도부터 2024사업연도까지 A에게 합계 OOO원의 급여를 지급하고 이를 손금에 산입해 법인세를 신고·납부했다. 부산지방국세청장은 2025년 8월 7일부터 9월 26일까지 법인세 통합조사를 실시했다. 조사청은 A에게 지급한 급여를 실제 근무 없이 지급한 가공인건비로 판단했다. 이 적출과 특수관계인 간 부동산임대용역 무상 제공 등 다른 적출 내용을 청구법인과 처분청에 통지했다.

마산세무서장은 2025년 12월 4일 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원과 2024사업연도 법인세 OOO원, 합계 OOO원을 경정·고지했다. 청구법인은 이에 불복해 2026년 2월 27일 심판청구를 제기했다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 대표이사의 배우자이자 주주·등기이사인 A에게 지급한 급여가 실제 업무 수행의 대가인지, 아니면 업무 수행 없이 지급한 가공인건비인지다.

이를 판단하려면 다음 질문을 나누어 보아야 한다.

1. A이 상근 직원과 같은 고정 좌석이나 출퇴근 기록을 갖추지 않았다는 이유만으로 업무 수행을 부정할 수 있는가.
2. 등기이사인 A이 회사의 의사결정이나 경영 지원 업무를 실제로 수행했는가.
3. 직원 감소와 중도 퇴사로 생긴 업무 공백이 A의 업무 수행 가능성을 뒷받침하는가.
4. 특수관계인에게 지급한 보수 수준이 통상적인 거래 기준을 벗어날 만큼 과다한가.
5. 과세관청이 제시한 현장 상황과 진술이 급여 전액을 가공으로 볼 정도의 증명력을 갖는가.

이 사건은 특수관계라는 신분과 증빙 부족을 출발점으로 삼되, 그것만으로 비용 전액을 부인할 수 있는지는 별도로 판단해야 한다는 점을 보여준다. 비상근 임원 보수는 상근 직원의 출퇴근 형식만으로 판단하기 어렵고, 회사 규모와 인력 구조, 실제 맡을 수밖에 없었던 업무, 보수의 상당성을 함께 보아야 한다.

청구인 주장

1. 등기이사로서의 지위와 직무 수행

청구법인은 A이 1996년 주식회사 B 설립 시기부터 현재까지 사내이사로 등기되어 있었다고 주장했다. A은 금융기관 대출 관련 이사회 결의를 비롯한 회사의 의사결정에 지속적으로 참여했고, 청구법인은 A의 4대 보험료도 계속 납부했다고 설명했다.

청구법인은 법인의 의사결정과 업무집행을 위해 대표이사, 이사, 감사 등 최소한의 임원이 필요하다고 보았다. 임원에게 지급한 보수가 과다하지 않고 부당행위계산 부인 대상도 아니라면 법인의 통상적인 경상비용으로 손금에 들어가야 한다는 논리다. 또한 쟁점인건비가 가공이라는 점은 과세관청이 증명해야 하는데, 처분청은 단편적이고 간접적인 사정만 제시했다고 주장했다.

2. 회생 과정에서의 경제적 기여

A은 청구법인의 물상보증인과 연대보증인 역할을 맡았고, 회생절차 과정에서 10년간 OOO원의 채무를 대위변제했다고 청구법인은 주장했다. 32년간 교직생활을 하며 마련한 개인 소유 아파트를 매각하는 등 경제적 희생도 있었다고 설명했다.

청구법인은 이를 단순한 법적 의무의 이행이 아니라 회사의 존속을 가능하게 한 실질적 투자이자 기여로 평가했다. 따라서 A에게 지급한 급여가 그 기여도에 비추어 과다하지 않다고 주장했다. 다만 이 논리는 실제 직무 수행의 대가인지와 과거의 자금 기여에 대한 보상인지를 구분해야 한다. 심판원의 최종 판단은 대위변제만을 독립적인 손금 인정 사유로 삼지 않고, 실제 업무 수행 가능성과 보수 수준을 중심으로 전개됐다.

3. 인력 감소 이후의 실제 업무

청구법인은 경영 악화로 사무직 인원을 줄였고, 이에 따라 A이 2021년부터 실제로 근무했다고 주장했다. 특히 2023년 하반기 경리직원이 퇴사한 뒤 시설담당자 외에 사무직 사원이 없는 상태가 되어 A이 대표이사와 함께 도장 영업, 부동산 임대 및 시설 관리, 재무관리 등 회사 업무 전반을 맡았다고 설명했다.

A은 주말 등 일정하지 않은 시간에 근무했기 때문에 고정 좌석이 필요하지 않았고, 다른 직원이 없는 시간에는 사장실에서 자료 정리와 회계장부 관리 등을 했다는 것이 청구법인의 설명이다. 등기이사는 일반 직원과 달리 출퇴근 기록을 남기지 않는 경우가 있고, 이사회 참여와 의사결정이 주된 업무라면 일상적인 업무서류가 많지 않을 수도 있다고 주장했다.

같은 사무실을 사용한 주식회사 D의 직원 E가 A이 실제로 근무하지 않는다고 진술한 것에 대해서는, E가 청구법인의 직원이 아니어서 A의 주말 출근과 업무를 알기 어려웠고 조사 현장에서 즉흥적으로 잘못 답변한 것이라고 반박했다.

4. 전액 부인이 어렵다면 최소 보수 인정

청구법인은 쟁점인건비 전액이 인정되지 않더라도 중소기업 비상근 이사의 일반적인 보수 수준 등을 고려해 연 OOO원, 4년간 합계 OOO원은 최소 보수로 인정해야 한다고 예비적으로 주장했다. 공개 원문에서는 이 금액도 OOO로 가려져 있어 구체적인 비교 기준을 확인할 수 없다.

처분청 의견

1. 근무공간과 업무 흔적이 확인되지 않음

처분청은 A이 청구법인에서 실제로 근무하지 않고 급여만 받았다고 보았다. 조사청 담당자가 2025년 8월 7일 세무조사 착수를 위해 현장을 방문했지만, 사무실에는 A의 책상 등 근무공간이 마련되어 있지 않았다고 했다. 사무실 서류와 조사 당시 확보한 전산자료에서도 A의 근무 기록이 확인되지 않았다는 의견이다.

2. 같은 사무실을 사용한 다른 회사 직원의 진술

조사 당시 청구법인과 주식회사 D는 같은 사무실을 사용하고 있었다. 주식회사 D의 품질관리부장 E는 조사 담당자의 질문에 A은 사내이사로 등재만 되어 있을 뿐 실제로 근무하지 않는다는 취지로 답했다. 처분청은 이 진술을 A의 실제 근무를 부정하는 현장 증거로 보았다.

3. 객관적인 근무 증빙의 부재

조사청은 A의 근무 사실을 확인할 증빙을 제출하라고 요구했다. 처분청 의견에 따르면 대표이사 C는 세무대리인 입회 아래 출퇴근기록부, 업무서류 등 객관적인 증빙이 없다는 점을 확인했다. 조사기간과 조사종결 뒤에도 실제 근무를 입증할 자료가 제출되지 않았다고 보았다.

처분청 논리의 중심은 특수관계 자체가 아니라 객관적 업무 흔적의 부재였다. 고정 좌석이 없고, 출퇴근 기록과 업무서류가 없으며, 현장 관계자의 진술도 실제 근무를 부정하므로 급여를 직무집행의 대가로 보기 어렵다는 구조다.

증거와 확인된 사실

1. 법인등기와 지분 관계

등기부등본에 따르면 청구법인은 1996년 1월 11일 성립한 주식회사 B를 2016년 12월 2일 조직변경해 설립됐다. 목적사업은 기계·기계부품·제관·조선기자재 부품 등 제조업, 철강 도장업, 부동산임대업 등이었다. 대표이사 C와 이사 A은 설립 당시부터 임원으로 등기되어 있었다.

A은 청구법인 지분 20%를 가진 주주였고, C는 지분 70%를 보유한 지배주주이자 대표이사였다. A과 C는 배우자 관계였다.

2. 급여 지급과 신고

국세통합전산망 조회자료와 청구법인의 장부에는 청구법인이 2021사업연도부터 2024사업연도까지 A에게 쟁점인건비를 지급하고 이를 손금에 산입해 법인세를 신고한 것으로 나타났다. 사업연도별 세부 금액은 공개 원문의 표가 OOO로 가려져 확인되지 않는다.

3. 회생절차와 대위변제

청구법인은 2009년 9월 18일 법원에서 회생계획 인가결정을 받고 2014년 5월 12일 회생절차 종결 결정을 받았다. 과세전적부심사결정서에는 A이 물상보증인으로서 법원의 허가를 받아 본인 소유 부산광역시 금정구 OOO 소재 부동산을 경매로 매각하고, 2013년 9월 16일 그 대금으로 청구법인의 회생채무 OOO원을 대위변제한 것으로 나타났다.

청구법인은 A이 2010년부터 2020년까지 대위변제한 금액을 합하면 OOO원이라고 주장하며 회생채권 변제계획 총괄표를 제출했다. 이 자료는 A의 경제적 기여를 뒷받침하지만, 급여가 어느 기간의 어떤 업무에 대한 대가인지는 별도 판단이 필요하다.

4. 현장 좌석과 E의 진술

조사청이 세무조사를 시작하며 사무실을 방문했을 때 좌석배치도에는 A의 좌석이 없었다. 같은 사무실에서 근무한 주식회사 D의 품질관리부장 E는 A이 실제로 근무하지 않는 등기이사라는 취지로 진술했다.

다만 심판원은 조사 당시 좌석배치도에서 A의 좌석만 없는 것이 아니라 대부분의 좌석이 비어 있었다는 점도 함께 보았다. 이 사정은 고정 좌석 부재를 곧바로 A만의 미근무 증거로 연결하기 어렵게 만든다.

5. 대표이사 확인서의 날짜 문제

결정문은 청구법인 대표이사 C가 2020년 9월 1일 조사청에 A의 출퇴근기록부와 업무서류 등 객관적인 근무 증빙이 없다는 확인서를 제출했다고 적었다. 그러나 처분개요상 세무조사는 2025년 8월 7일부터 9월 26일까지 실시됐다. 공개 결정문에 적힌 확인서 제출일은 조사 시기보다 앞서므로, 이 날짜의 정확한 관계는 공개 원문만으로 설명되지 않는다.

따라서 확인서 내용은 증거로 제시됐다는 범위에서 다루되, 제출 시점이나 작성 경위를 추정해서는 안 된다. 날짜가 잘못 적힌 것인지, 다른 조사나 절차에서 작성된 것인지도 공개 원문만으로 확정할 수 없다.

6. 의사록

청구법인은 A이 의사결정에 지속적으로 참여했다는 자료로 2025년 11월 17일자 대출 관련 사원총회의사록과 2025년 11월 대출 관련 이사회 의사록을 제출했다. 사원총회의사록에는 출석사원 총수가 4명이라고 기재됐지만 서명은 이사 C와 A만 한 것으로 나타났다.

이 자료는 A이 의사결정에 참여했다는 청구법인의 주장을 뒷받침하는 자료다. 다만 작성 시점이 쟁점 급여 기간 뒤이고 조사 종결 뒤이므로, 2021사업연도부터 2024사업연도까지의 업무 수행을 직접 보여주는 자료인지에는 한계가 있다. 심판원도 최종 판단에서 이 의사록만을 결정적 근거로 들지 않았다.

7. 직원 현황과 급여 비교

근로·사업소득지급명세서에 따르면 청구법인의 직원 수와 근로소득 지급액은 2021사업연도부터 2024사업연도까지 대체로 계속 감소했다. 연도 중 퇴사자도 많았다. 2024사업연도에는 C, A, H 외의 직원이 없었던 것으로 나타났다.

대표이사 C의 연간 급여는 OOO원이었다. G는 2021년 1월 1일부터 2022년 6월 30일까지 근무했고, 2021년 급여는 OOO원이었다. H는 도장사업 담당 이사로 2023년 6월 1일부터 2024년 11월 30일까지 근무하며 총 OOO원의 급여를 받았다. A은 유일한 비상근 임원이었다.

공개 원문의 결정요지는 A의 연간 쟁점인건비를 2,400만원부터 3,600만원 수준으로, 다른 직원의 인건비를 연 5,000만원 수준으로 요약했다. 심판원은 이 비교를 토대로 A의 보수가 정상적인 거래에서 적용될 금액을 넘어 지나치다고 보기 어렵다고 판단했다.

8. 심판관회의 진술

대표이사 C는 2026년 7월 14일 조세심판관회의에 출석했다. C는 회사의 경영 상황이 좋지 않고 직원들이 계속 퇴사해 업무 공백이 생기면 주주이자 이사인 A이 회사 운영을 위해 일할 수밖에 없었다고 진술했다. A이 다른 직원이 없는 시간에 사장실에서 자료 정리와 회계장부 관리 등을 했고, 퇴사자가 늘면서 업무도 늘어 월 급여를 OOO원에서 OOO원까지 점차 인상했다고 설명했다.

관련 법령

법인세법 제19조 손금의 범위

법인세법 제19조는 법인의 순자산을 줄이는 손비를 손금으로 보고, 사업과 관련해 발생하거나 지출된 통상적인 손실 또는 비용이나 수익과 직접 관련된 비용을 손비로 정한다.

인건비가 실제 업무 수행의 대가라면 사업 관련 비용으로 손금에 들어갈 수 있다. 반대로 업무 수행 없이 특수관계인에게 자금을 이전한 것이라면 사업 관련성과 통상성을 인정하기 어렵다.

법인세법 제27조 업무와 관련 없는 비용의 손금불산입

내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

이 사건에서는 A의 급여가 회사 업무와 직접 관련됐는지가 문제 됐다. 친족 관계나 주주 지위는 검토가 필요한 사정이지만, 업무 관련성을 자동으로 부정하는 사정은 아니다.

법인세법 제52조 부당행위계산의 부인

법인세법 제52조는 특수관계인 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄인 경우 관할 세무서장 등이 해당 법인의 소득금액을 다시 계산하도록 하고, 이때 특수관계인이 아닌 자 사이의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 가격을 기준으로 삼도록 정한다.

A은 대표이사 C의 배우자이고 주주이므로 특수관계 거래의 관점이 문제 될 수 있다. 다만 특수관계인이라는 이유만으로 부당행위계산 부인이 바로 적용되는 것은 아니다. 정상적인 거래 기준과 비교해 조세 부담을 부당하게 줄였는지를 살펴야 한다.

법인세법 시행령 제19조 제3호

법인세법 시행령 제19조 제3호는 인건비를 손실 또는 비용에 포함한다.

심판원은 법인의 인건비가 손비에 포함된다는 기본 원칙에서 출발했다. 결국 쟁점은 지급 명칭이 급여인지가 아니라 실제 직무집행의 대가인지였다.

법인세법 시행령 제43조 상여금 등의 손금불산입

법인세법 시행령 제43조 제2항부터 제4항까지는 급여지급기준을 초과한 임원 상여금과 정당한 사유 없이 동일 직위에 있는 지배주주 등이 아닌 임원 또는 직원보다 많이 지급한 보수의 초과액을 손금에서 빼도록 한다. 다만 비상근 임원에게 지급한 보수는 법인세법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 손금에 넣도록 정한다.

이 사건에서 가장 직접적인 기준은 제43조 제4항이다. 비상근 임원이라는 사실 자체는 보수의 손금 산입을 막지 않는다. 부당행위계산 부인에 해당하는지, 즉 실제 직무와 보수의 상당성이 있는지를 추가로 판단해야 한다.

심판원 판단

1단계: 비상근 임원 보수도 원칙적으로 손금 대상이다

심판원은 법인세법 시행령 제19조 제3호와 제43조 제4항을 판단의 출발점으로 삼았다. 법인의 인건비는 손비에 포함되고, 상근이 아닌 임원에게 지급하는 보수도 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인에 해당하지 않는 한 손금에 산입된다.

따라서 비상근이라는 이유, 고정 좌석이 없다는 이유, 일반 직원과 같은 출퇴근 기록이 없다는 이유만으로 보수 전액을 손금불산입할 수는 없다. 임원에게 직무집행의 대가로 지급한 보수라면 회사의 사업 수행을 위한 비용으로 보는 것이 원칙이다.

2단계: 회사의 인력 구조상 A의 업무 수행 가능성이 있었다

A은 청구법인 설립 당시부터 이사로 등기되어 있었다. 직원 현황을 보면 2021사업연도부터 2024사업연도까지 직원 수와 근로소득 지급액이 대체로 계속 감소했고, 연도 중 퇴사자도 많았다. 2024사업연도에는 C, A, H 외의 직원이 없었다.

심판원은 이러한 인력 구조에서 이사이자 주주인 A이 비상근 임원으로서 회사 업무를 수행할 수밖에 없었다는 청구법인의 설명을 불합리하다고 보기 어렵다고 판단했다. 이는 A의 구체적인 모든 업무가 개별 문서로 확인됐다는 판단과는 다르다. 객관적 증빙이 부족하더라도 회사의 실제 인력 상황과 업무 공백을 보면 업무 수행 가능성을 배제하기 어렵다는 판단이다.

3단계: 고정 좌석 부재만으로 미근무를 단정하기 어려웠다

조사청은 A의 고정 좌석이 없다는 점을 중요한 근거로 들었다. 그러나 조사 당시 좌석배치도에는 대부분의 좌석이 비어 있었다. 회사 전체의 인력 감소 상황과 맞물려 보면 A의 좌석이 없다는 한 가지 사정만을 따로 떼어 실제 근무가 없었다고 단정하기 어려웠다.

또한 A은 유일한 비상근 임원이었다. 상근 직원과 같은 방식으로 좌석과 출퇴근을 관리하지 않았다는 사정은 증빙상 약점이지만, 비상근 임원의 직무 형태를 고려하지 않은 채 곧바로 급여 전액을 가공으로 확정하는 근거로는 부족했다.

4단계: 보수 수준이 과다하다고 보기 어려웠다

심판원은 다른 비상근 임원의 급여 수준은 확인되지 않는다고 명시했다. 그럼에도 직원 G와 H 등의 급여가 연 OOO원 이상이었고, 결정요지상 연 5,000만원 수준이었다는 점과 A의 연간 보수가 2,400만원부터 3,600만원 수준이었다는 점을 비교했다.

이 비교에 따르면 A의 급여가 건전한 사회 통념과 상거래 관행, 특수관계인이 아닌 자 사이의 정상 거래에서 적용될 금액을 초과해 지나치다고 보기 어려웠다. 특수관계인 급여에서 실제 업무 여부와 함께 보수의 상당성이 중요하다는 점이 드러난다.

5단계: 처분청 증거만으로 전액 가공을 인정하기 어려웠다

처분청은 고정 좌석 부재, 출퇴근 기록과 업무서류 부재, E의 진술, 대표이사의 확인서를 제시했다. 이러한 자료는 청구법인의 증빙 관리가 약했다는 점을 보여준다. 그러나 심판원은 회사의 축소된 인력 구조, A의 장기간 등기이사 지위, 비상근 임원의 직무 특성, 급여 수준을 함께 보았다.

결국 심판원은 처분청 자료가 의심을 뒷받침할 수는 있어도, 쟁점인건비 전액을 실제 업무와 무관한 가공인건비로 확정하기에는 부족하다고 본 것으로 읽힌다. 처분청이 쟁점인건비를 손금불산입해 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단했다.

판단의 경계

이 결정은 대표이사의 배우자에게 지급한 급여는 증빙이 없어도 모두 손금이 된다는 뜻이 아니다. 이 사건에서는 회사의 직원 수가 실제로 줄었고, 중도 퇴사자가 많았으며, A이 설립 당시부터 등기이사였고, 급여도 다른 직원과 비교해 지나치다고 보기 어려웠다는 여러 사정이 결합됐다.

반대로 회사에 충분한 상근 인력이 있고, 특수관계 임원이 맡았다는 업무가 다른 직원 업무와 겹치며, 급여가 비교 대상보다 높고, 의사결정이나 업무 수행 자료가 전혀 없다면 결론이 달라질 수 있다. 이 사건의 결론을 일반화하기보다 어떤 사실이 전액 가공 판단을 뒤집었는지 보아야 한다.

법리 기준 비교

공개 결정문의 [참조결정]과 [따른결정]에는 사건번호가 기재되어 있지 않다. 따라서 확인되지 않은 다른 결정례나 판례 번호를 붙이지 않고, 이 사건에서 드러난 판단 기준을 비교한다.

비교의 핵심은 증빙의 개수만 세는 것이 아니라 회사의 실제 운영 구조와 지급의 경제적 실질을 맞춰 보는 데 있다. 근태기록이 없다는 사실은 불리하지만, 비상근 임원의 업무가 상근 직원과 같은 형식으로 남지 않을 수 있다는 점도 고려해야 한다. 반대로 비상근이라는 이유로 증빙을 전혀 남기지 않아도 된다는 뜻은 아니다. 업무 수행과 보수 산정의 연결을 사전에 문서화하는 것이 가장 안전하다.

실무 시사점

1. 특수관계인이라는 이유만으로 전액 부인되지는 않는다

대표이사의 배우자, 주주, 등기이사라는 지위는 세무상 검토 강도를 높이는 요소다. 그러나 이 지위만으로 지급 급여가 가공인건비가 되는 것은 아니다. 실제 직무가 있었고 보수가 정상 범위에 있다면 손금 산입 가능성이 있다.

세무조사 대응에서는 가족 관계를 부정하거나 약하게 설명하기보다, 실제 직무와 책임, 업무량, 보수 산정 근거를 객관적으로 보여주는 편이 낫다. 특수관계라는 사실과 실제 비용 여부는 분리해 설명해야 한다.

2. 비상근 임원에게도 직무 기록이 필요하다

이 사건에서 청구법인이 이겼지만 출퇴근 기록, 업무서류, 고정 좌석이 없었던 점은 분명한 위험 요소였다. 결과만 보고 비상근 임원은 근태 자료가 필요 없다고 이해하면 안 된다.

비상근 임원에게는 일반 직원과 똑같은 출퇴근부보다 이사회 의사록, 결재 기록, 거래처 대응 기록, 자금 조달 자료, 임대·시설 관리 기록, 전자우편, 업무 일정, 월별 수행 내역처럼 직무 특성에 맞는 자료가 중요하다. 자료는 조사 시작 뒤 만드는 것이 아니라 업무 수행 때 남겨야 한다.

3. 인력 변화와 업무 공백을 연결해 두어야 한다

이 사건에서 직원 수와 근로소득 지급액의 감소, 중도 퇴사자는 A의 업무 수행 가능성을 뒷받침한 핵심 사정이었다. 인력이 줄었다는 사실만으로는 부족하고, 누가 어떤 공백을 메웠는지까지 연결해야 한다.

퇴사자의 담당 업무, 인수인계 문서, 임원이 새로 맡은 업무, 급여 조정 사유를 같은 시기 자료로 남기면 설명력이 커진다. 급여가 오른 경우에는 업무량 증가나 책임 확대와 연결되는 내부 결의와 산정표가 필요하다.

4. 보수 상당성은 내부 비교와 외부 비교를 함께 준비해야 한다

심판원은 A의 보수를 다른 직원 G와 H 등의 급여와 비교했다. 비상근 임원의 직접 비교 대상이 없더라도 회사 내부의 직급, 책임, 근무 형태, 급여 수준은 중요한 기준이 된다.

가능하다면 비슷한 규모와 업종의 임원 보수 자료, 채용 공고, 외부 용역 견적 등 외부 기준도 함께 확보할 필요가 있다. 다만 직무와 책임이 다른 대상을 단순히 금액만으로 비교하면 설득력이 떨어진다. 비교 대상의 업무 내용과 근무 형태를 함께 적어야 한다.

5. 과거 자금 기여와 현재 급여의 대가 관계를 섞지 않아야 한다

A의 대위변제는 회사에 대한 큰 경제적 기여를 보여준다. 그러나 과거 채무 대위변제에 대한 보상과 2021사업연도부터 2024사업연도까지의 직무집행 대가는 법적 성격이 다를 수 있다.

급여를 지급한다면 현재 수행한 직무와 지급액의 관계를 중심으로 자료를 갖춰야 한다. 과거의 희생이나 출자 기여만으로 현재 급여를 설명하면 업무 대가가 아니라 이익 분여나 다른 보상으로 보일 위험이 있다.

6. 조사 시점의 한 장면이 전체 기간을 대표하지 않도록 해야 한다

조사청은 조사 착수일의 좌석배치도와 현장 진술을 근거로 삼았다. 그러나 쟁점 기간은 4개 사업연도였다. 특정 시점의 사무실 모습이 전체 기간의 실제 업무를 그대로 보여준다고 단정하기 어렵다.

납세자는 기간별 직원 현황, 업무 변화, 임원의 수행 내역을 시간 순서로 제시해야 한다. 과세관청도 한 시점의 현장 확인뿐 아니라 쟁점 기간 전체의 업무 흐름과 급여 지급 구조를 검토할 필요가 있다.

7. 공개 결정문의 날짜 충돌은 그대로 표시해야 한다

결정문은 대표이사 확인서 제출일을 2020년 9월 1일로 적으면서 세무조사 기간은 2025년으로 적었다. 이처럼 원문 내부의 시점이 맞지 않을 때에는 어느 한쪽을 임의로 고치거나 오기로 단정하면 안 된다.

실무 검토에서는 원본 확인서, 조사 복명서, 과세전적부심사결정서 등으로 실제 날짜를 다시 확인해야 한다. 공개 자료만 이용하는 분석에서는 충돌 사실과 확인 한계를 명시하는 것이 안전하다.

실무 체크리스트

임원 선임과 보수 기준

• 정관과 주주총회 또는 이사회 결의에 임원 보수의 근거가 있는가.
• 임원별 직무, 권한, 책임 범위를 문서로 정했는가.
• 상근·비상근 구분과 예상 업무시간을 정리했는가.
• 급여, 상여, 퇴직급여의 지급 기준을 서로 구분했는가.
• 특수관계 임원의 보수가 다른 임직원보다 높은 경우 정당한 이유가 있는가.

실제 업무 수행 자료

• 이사회·사원총회 의사록에 실제 참여와 의사결정 내용이 남아 있는가.
• 결재, 계약 검토, 자금 조달, 거래처 대응 등 업무 흔적이 있는가.
• 전자우편, 일정, 업무보고, 파일 수정 기록 등 시기별 자료가 있는가.
• 비상근 임원의 업무 특성에 맞는 월별 수행 내역을 남겼는가.
• 고정 좌석이나 출퇴근부가 없다면 이를 대신할 객관적 자료가 있는가.

인력과 업무 공백

• 직원 퇴사 전후의 조직도와 담당 업무가 정리되어 있는가.
• 퇴사자의 업무를 누가 인수했는지 확인되는가.
• 임원의 업무가 늘어난 시점과 급여 인상 시점이 맞는가.
• 대표이사나 다른 직원의 업무와 중복되지 않는 역할이 설명되는가.
• 외부 업체 직원이나 거래처가 임원의 실제 역할을 확인할 수 있는가.

보수의 상당성

• 회사 내부의 유사 직무 급여와 비교했는가.
• 같은 업종과 규모의 외부 보수 자료를 확보했는가.
• 업무시간, 책임, 성과, 위험 부담을 보수 산정에 반영했는가.
• 보수 인상 사유를 의사록이나 산정표에 남겼는가.
• 특수관계가 없는 사람에게도 같은 조건으로 지급할 수 있는 수준인가.

세무조사 대응

• 조사 대상 기간 전체의 직원 현황과 급여 자료를 시간 순서로 만들었는가.
• 특정 조사일의 현장 상황과 평소 근무 형태가 다른 이유를 설명할 수 있는가.
• 확인서에 날짜, 대상 기간, 사실 범위가 정확히 적혔는가.
• 제삼자 진술의 관찰 범위와 신뢰도를 검토했는가.
• 실제 업무 여부와 보수 과다 여부를 나누어 반박하고 있는가.
• 공개 결정문의 OOO로 가려진 금액을 추정해 쓰지 않았는가.

참고 자료

• 조세심판원 조심2026부1724 공식 결정문
• 법인세법 제19조, 제27조, 제52조
• 법인세법 시행령 제19조 제3호, 제43조 제2항부터 제4항까지

공개 결정문의 [참조결정]과 [따른결정]에는 별도 사건번호가 없다. 비교 부분은 확인되지 않은 사건번호를 추가하지 않고 이 결정에서 확인되는 법리와 사실 기준만 정리했다.