[재조사] 지분 60% 대표이사라도 실제 경영 지배력을 따져야 한다 (조심2026서0686)

주식 60%를 보유하고 대표이사로 등기된 사람은 외형상 법인을 지배하는 주주로 보이기 쉽다. 그러나 2020년 개정된 「국세기본법」 제39조는 지분 요건뿐 아니라 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는지까지 요구한다. 이 사건에서 조세심판원은 명의와 지분만으로 청구인의 실질적 지배력을 단정하지 않고, 투자자 측이 자금과 회계, 비용 지출, 임원 구성에 미친 영향까지 다시 조사하도록 하였다.

이 결정은 청구인의 제2차 납세의무를 곧바로 취소한 것이 아니다. 청구인이 실제 지배자였다고 단정하기 어렵지만, 제출된 자료만으로 다른 실제 과점주주까지 확정하기도 어렵다고 보아 재조사를 명하였다. 따라서 핵심은 형식적 최대주주가 책임을 면했다는 데 있지 않다. 과세관청이 납세의무 성립일별 주주 현황과 실제 의사결정 구조를 구체적인 자료로 확인해야 한다는 데 있다.

사건 개요

주문

심판원은 처분청이 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 자가 누구인지 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 납부고지세액 등을 경정하도록 주문하였다. 청구인의 제2차 납세의무를 바로 취소한 결정은 아니다.

처분 경위

체납법인은 2025. 7. 1. 기준으로 2023년 제1기 부가가치세 OOO원과 2023년부터 2024년 귀속 원천징수분 사업소득세·근로소득세·퇴직소득세 합계 OOO원을 체납하였다. 처분청 의견 부분에는 부가가치세를 포함한 근로소득세, 사업소득세, 퇴직소득세 등 모두 12건, OOO원을 체납하였다고 기재되어 있다.

처분청은 각 체납액의 납세의무 성립 당시 청구인이 체납법인의 대표이사이면서 발행주식 200,000주 중 120,000주를 보유한 최대주주였다는 점에 주목하였다. 처분청은 청구인이 지분 60%를 보유하고 체납법인을 운영한 과점주주에 해당한다고 보아 2025. 7. 4. 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고, 보유지분율에 따른 체납세액 OOO원을 납부고지하였다.

청구인은 2025. 7. 20. 이의신청을 거쳐 2025. 12. 11. 심판청구를 제기하였다. 심판원은 청구인이 실제 경영 지배자였다고 단정하기 어려운 사정이 있지만 다른 실제 과점주주를 바로 확정하기에도 자료가 충분하지 않다고 보아 재조사 결정을 하였다.

사실관계 구조

+----------------------+
| C의 지시와 승인 주장 |
+----------------------+
           |
           v
+------------------------------+
| B 주식회사인 쟁점법인       |
| 전환사채 인수와 자금 대여    |
| 회계 접근과 비용 승인 관여   |
+------------------------------+
           |
           v
+--------------------------------------+
| 주식회사 A인 체납법인               |
| 청구인 60% / H 20% / I 20%          |
| 청구인은 대표이사이자 등기부상 이사 |
+--------------------------------------+
           |
           v
+-------------------------------------+
| 체납 발생과 제2차 납세의무 지정    |
| 처분청은 청구인의 경영 지배력 인정 |
+-------------------------------------+
           |
           v
+--------------------------------------+
| 청구인은 C와 쟁점법인이 실제 지배자 |
| 였다고 주장                           |
+--------------------------------------+
           |
           v
+-----------------------------------------+
| 심판원은 실제 지배자를 재조사한 뒤 경정 |
+-----------------------------------------+

시간 순서로 본 주요 사실

• 청구인은 헤드헌터의 제안으로 2021. 10. 18. 주식회사 E에 입사하였다고 주장하였다. 등기사항전부증명서에는 2021. 12. 13. 주식회사 E 대표이사로 취임하고 2022. 3. 31. 사임한 것으로 나타났다.
• 청구인 주장에 따르면 C은 2022년 2월경 별도 법인을 만들어 메타버스 플랫폼을 개발하도록 지시하고 체납법인의 상호도 정하였다.
• 청구인 주장 부분에는 2022. 3. 21. 청구인 60%, H 20%, I 20%를 발기인으로 체납법인을 설립하였다고 적혀 있다. 심판원이 확인한 등기사항전부증명서에는 체납법인이 2022. 4. 1. 설립된 것으로 나타난다.
• 2022. 3. 8. 문자메시지에는 전환사채를 활용하여 전환권 행사 뒤 청구인 36%, 쟁점법인과 C 측 관계자 64%가 되는 구조를 구상한 정황이 담겼다.
• 체납법인과 쟁점법인은 2022. 4. 11. 전환사채 인수계약을 체결하였다. 전환권은 실제로 행사되지 않았다.
• 전환사채 계약에 붙은 퇴사제한 및 경업금지 약정서에는 청구인의 퇴사를 일정 기간 제한하고, 위반 시 쟁점법인에 OOO원을 지급하도록 한 내용이 나타났다.
• 쟁점법인은 2022. 9. 6.부터 체납법인에 추가 자금을 공급하였다. 심판원 확인 부분에는 2022. 9. 6.부터 2024. 3. 8.까지 모두 17회에 걸쳐 약 OOO원을 대여한 것으로 기재되어 있다.
• 쟁점법인은 체납법인의 회계프로그램 접근권을 받아 회계 자료를 열람하고, 비용 지출 과정에도 관여한 것으로 나타났다.
• 2022. 10. 31. 이후 쟁점법인의 자금 사정이 나빠지면서 추가 투자 중단과 외부 투자 유치 방침이 전달되었다. 청구인은 여러 투자자 관계자를 만나 외부 투자 유치를 시도하였다고 주장하였다.
• 2023. 1. 6. 이사회 회의록에는 청구인, H, K이 참석한 것으로 나타났다. 청구인은 H과 K이 C 또는 쟁점법인 측 인사여서 자신이 독자적인 결정을 할 수 없었다고 주장하였다.
• 쟁점법인은 2023년 3월 주식회사 L에 체납법인이 발행한 전환사채와 경영권 일체를 양도하는 내용의 양해각서 체결을 추진하였으나 실제 체결에는 이르지 못하였다.
• 청구인은 2023년 10월 이후 급여를 받지 못하였다고 주장하였다. 한편 심판원은 청구인이 2023년에 체납법인에서 OOO원의 급여를 받은 사실도 재조사 필요 사유로 들었다.
• 청구인은 임금 미지급과 관련하여 근로자들과 합의하고 OOO원을 지급하였다고 주장하였다. 심판원은 이 돈을 미지급 급여 채권의 변제가 아니라 청구인에 대한 처벌불원서를 받기 위한 합의금 성격으로 보았다.
• 쟁점법인은 2025. 1. 3. 청구인을 사기 혐의로 고소하였다. 체납법인 직원 P과 O은 2025. 2. 12. 실제 경영자가 쟁점법인과 C이라는 취지의 진정서를 제출하였다.
• OOO경찰서장은 쟁점법인과 청구인의 관계가 고용인과 피고용인의 관계로 보인다는 이유 등을 들어 2025. 5. 3. 불송치 결정을 한 것으로 나타났다.
• 쟁점법인의 파산 신청 뒤 체납법인은 2025. 3. 19. 서울회생법원에서 파산선고 결정을 받았다고 청구인은 주장하였다.

핵심 쟁점

쟁점은 단순히 청구인이 지분 60%를 소유했는지가 아니다. 「국세기본법」 제39조 제2호가 정한 두 요소가 함께 충족되는지가 문제다.

첫째, 납세의무 성립일 현재 청구인과 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식 총수의 50%를 초과하는지 확인해야 한다. 이 사건에서 처분청은 청구인 개인이 60%를 보유한 사실을 근거로 이 요소가 충족되었다고 보았다.

둘째, 그 주주가 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사했는지 확인해야 한다. 이 요소는 등기부, 주주명부, 직함만으로 끝나지 않는다. 자금 조달과 집행을 누가 통제했는지, 임원과 주요 인사를 누가 정했는지, 사업 방향과 투자 유치를 누가 결정했는지, 회계 자료를 누가 실시간으로 관리했는지, 실제 의사결정이 누구의 승인 아래 이루어졌는지를 함께 살펴야 한다.

전환사채도 두 층으로 나누어 볼 필요가 있다. 전환권이 행사되지 않았다면 쟁점법인은 그 전환사채만으로 현재 주주가 되지 않는다. 따라서 전환 뒤 예상 지분율 64%를 실제 주식 소유비율처럼 다룰 수는 없다. 하지만 전환사채 계약, 퇴사제한 약정, 자금 공급, 경영권 양도 추진 자료는 쟁점법인이 체납법인을 어느 정도 통제했는지를 판단하는 간접 자료가 될 수 있다.

청구인 주장

청구인은 체납법인의 실질적 지주회사로 볼 수 있는 쟁점법인과 그 실질대표 C이 경영, 회계, 자금집행, 투자유치, 인사에 지배적인 영향력을 행사했다고 주장하였다. 자신은 C에게 채용된 사람으로서 대표이사라는 직함을 가졌지만 실제 역할은 중간관리자에 가까웠다는 입장이다.

설립과 지분구조가 C의 구상에 따른 것이라는 주장

청구인은 C이 메타버스 플랫폼 사업을 준비하며 자신을 채용했고, 별도 법인 설립과 상호까지 지시했다고 주장하였다. 체납법인의 최초 지분은 청구인 60%, H 20%, I 20%였지만 H은 C의 사실혼 배우자이고 I은 쟁점법인의 비서실장이므로, 청구인을 제외한 주주들도 C 측 인사였다는 주장이다.

또한 설립 전부터 전환사채를 주식으로 전환하면 쟁점법인과 C 측 관계자가 64%, 청구인이 36%를 보유하게 되는 구조가 계획되어 있었다고 주장하였다. 청구인은 이 구조에 의견을 낼 수 없었고, 임원 선임도 C 또는 쟁점법인에 보고하거나 지시받아 처리했다고 밝혔다.

자금과 비용 집행을 쟁점법인이 통제했다는 주장

청구인은 메타버스 플랫폼 개발에 최소 3년의 개발기간과 OOO원의 투자가 필요하다는 조건을 제시했고, C이 이를 받아들여 쟁점법인을 통해 자금을 공급하도록 했다고 주장하였다. 관리자와 개발자를 채용할 때도 C의 승인을 받았다고 밝혔다.

체납법인은 격주로 쟁점법인에 실적, 계획, 사업 현황을 보고했고, 쟁점법인은 회계프로그램 접근권을 요구하여 회계 상황과 자금 사용 내역을 수시로 확인했다고 주장하였다. 휴대전화 구입비 OOO원과 같은 비교적 작은 지출에도 기안서를 제출하고 승인을 받아야 했다는 것이다.

이사회와 경영권이 실질적으로 제한되었다는 주장

청구인은 자신을 제외한 이사진이 C 또는 쟁점법인 측 인사로 구성되어 독자적으로 이사회를 운영할 수 없었다고 주장하였다. 자신이 지분 60%를 보유했더라도 C의 의사에 반하는 결의를 할 수 없었고, 그렇게 하려 했다면 대표이사에서 물러나게 되었을 것이라는 입장이다.

쟁점법인이 2023년 3월 체납법인의 전환사채를 주식회사 L에 매각하려 하면서 양해각서안에 체납법인에 대한 경영권 일체를 양도한다고 적은 점도 들었다. 청구인은 이 문구가 쟁점법인이 실제 경영권을 보유했다는 정황이라고 보았다.

형식적 지위와 실제 역할은 다르다는 주장

청구인은 2023년 10월 이후 급여를 전혀 받지 못했고 배당금도 받은 적이 없다고 주장하였다. 투자 중단 뒤 직접 외부 투자 유치를 시도한 것은 독자적 지배력의 행사가 아니라 체납법인을 살리기 위한 실무 수행이었다는 취지다.

청구인은 과점주주의 제2차 납세의무가 주주 유한책임 원칙의 중대한 예외이므로 요건을 엄격하게 해석해야 한다고 주장하였다. 2020년 개정 뒤에는 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사할 수 있는 지위만이 아니라 법인 경영에 대한 지배적인 영향력 행사가 필요하며, 과세관청이 그 사실을 입증해야 한다는 입장이다.

처분청 의견

처분청은 각 체납액의 납세의무 성립일 현재 청구인이 체납법인의 대표이사이자 지분 60%를 실제 보유한 최대주주였다고 보았다. 전환사채가 주식으로 전환되지 않았으므로 쟁점법인과 C 측 관계자가 64%를 보유한다는 구도는 가정에 불과하다는 입장이다.

처분청은 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다는 요건이 반드시 현실적인 주주권 행사 실적까지 요구하는 것은 아니며, 납세의무 성립일 현재 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 된다는 법리를 제시하였다. 이에 따라 주식 60%를 가진 청구인은 의사결정 과정에 참여하고 상황을 바꿀 수 있는 지위에 있었다고 보았다.

또한 쟁점법인과 C이 경영에 상당한 간섭을 했더라도 청구인은 스스로 이사회 의사결정에 참여하였다. 대표이사로서 다른 임직원보다 높은 급여를 받은 사실도 있으므로, 명의상 대표이사에 불과하다거나 지배적인 영향력을 행사한 적이 없다고 단정할 수 없다는 의견이다.

증거와 확인된 사실

심판원은 한 종류의 자료만으로 판단하지 않았다. 법인 외형을 보여주는 자료와 실제 지배관계를 보여주는 자료를 나누어 살폈다.

이 자료들의 증명력은 같지 않다. 등기부와 주주명부는 형식적 지위와 지분을 직접 보여준다. 반면 문자메시지, 이메일, 경영방침, 직원 진정서는 실제 의사결정 구조를 보여주는 간접 자료다. 미체결 양해각서안이나 전환되지 않은 전환사채는 그 자체로 주주권이나 경영권 이전을 완성하지 않지만, 다른 자료와 결합하면 통제 관계를 추론하는 정황이 될 수 있다.

관련 법령

「국세기본법」 제39조

이 사건 원문에 인용된 조문에 따르면, 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 일정한 출자자가 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.

같은 조 제2호가 정한 과점주주의 핵심 문구는 다음과 같다.

주주 또는 일정한 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들

과점주주의 책임 한도는 법인으로부터 징수하지 못한 금액 전부가 자동으로 되는 것이 아니다. 원문에 인용된 단서에 따르면 부족한 금액을 발행주식 총수 또는 출자총액으로 나눈 뒤, 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액이 한도가 된다.

따라서 적용 순서는 다음과 같이 나뉜다.

1. 법인 재산으로 국세와 강제징수비를 충당해도 부족한지 확인한다.
2. 각 국세의 납세의무 성립일 현재 주주와 특수관계인의 범위를 확정한다.
3. 그 소유주식 합계가 발행주식 총수의 50%를 초과하는지 확인한다.
4. 책임을 묻는 사람이 법인 경영에 지배적인 영향력을 행사했는지 확인한다.
5. 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수를 기준으로 책임 한도를 계산한다.

「국세기본법 시행령」 제20조 제2항

원문에 따르면 시행령 제20조 제2항은 법 제39조 제2호의 특수관계인을 해당 주주 또는 사원과 시행령 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자로 정한다. 이 사건에서는 청구인 개인이 60%를 보유한 것으로 나타나므로, 처분청은 특수관계인의 지분을 더하지 않더라도 50% 초과라는 외형상 요건이 충족된다고 보았다.

심판청구 결정 근거

심판원은 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정하였다. 결정유형은 취소가 아니라 재조사다. 재조사 결과에 따라 납부고지세액 등이 유지되거나 줄어들거나 취소될 수 있으므로 후속 처분을 별도로 확인해야 한다.

법리 기준 비교

이 사건의 [참조결정]과 [따른결정] 항목은 모두 비어 있다. 따라서 별도의 조세심판원 비교 사건번호를 제시할 근거가 없다. 비교는 검증되지 않은 사건번호를 만들지 않고 법리 기준의 차이로 정리한다.

지분 50% 초과는 출발점이지 결론이 아니다. 반대로 외부 투자자가 자금과 업무에 강하게 관여했다는 사실만으로 형식상 최대주주의 지배력이 당연히 부정되는 것도 아니다. 실제 판단은 주요 결정별로 누가 제안하고 승인하고 거부할 수 있었는지를 확인하는 방식으로 이루어져야 한다.

전환사채는 특히 구별이 필요하다. 전환 전에는 채권관계이므로 장래 예상 지분을 현재 지분으로 볼 수 없다. 다만 전환사채 인수계약에 결부된 의무, 투자자의 회계 접근권, 퇴사제한, 경영권 양도 추진이 함께 존재한다면 실제 경영 통제에 관한 정황 자료가 된다. 법적 지분과 사실상 통제는 서로 다른 질문이다.

급여도 마찬가지다. 높은 급여를 받았다는 사실은 대표이사가 실질적으로 근무하고 책임을 부담했다는 방향의 자료가 될 수 있다. 그러나 급여 수령만으로 사업방침, 자금집행, 인사, 투자 중단을 독자적으로 결정했다는 사실까지 입증되지는 않는다. 누가 급여를 정했고 실제로 언제까지 지급했는지, 배당이나 주식 처분이익이 있었는지를 함께 보아야 한다.

심판원 판단

1단계: 과점주주 제도의 예외적 성격을 확인하였다

심판원은 제2차 납세의무가 법인의 재산으로도 조세를 징수할 수 없는 경우 실질적으로 법인 운영을 지배할 수 있는 출자자에게 보충적으로 책임을 지우는 제도라고 보았다. 이는 주주의 유한책임에 대한 중대한 예외이므로 적용 요건을 엄격하게 해석해야 한다는 기준을 제시하였다.

이 기준에 따르면 과세관청은 대표이사 등기와 지분율만 확인하는 데 그쳐서는 안 된다. 개정 조문이 요구하는 경영에 대한 지배적인 영향력이라는 실질 요건을 사실관계에 대입해야 한다.

2단계: 청구인의 외형상 지위는 처분청 의견을 뒷받침한다고 보았다

청구인은 체납세액의 납세의무 성립일 현재 체납법인 지분 60%를 보유한 최대주주이자 대표이사였다. 전환사채의 전환권은 행사되지 않았으므로 쟁점법인이 장래 취득할 수 있었던 지분을 실제 지분으로 볼 수 없다. 청구인이 자신의 지분에 대한 주금을 납입했고 이사회에 참여했으며, 2023년에 OOO원의 급여를 받은 사실도 확인되었다.

이 사정들은 청구인을 단순한 명의대여자라고 바로 보기 어렵게 한다. 심판원이 청구주장을 전부 받아들여 처분을 취소하지 않고 재조사를 명한 이유이기도 하다.

3단계: 실제 경영 통제는 C과 쟁점법인 쪽에 있었을 가능성을 인정하였다

체납법인 설립 당시 청구인 외 주주인 H과 I은 모두 C의 측근으로 보였다. C은 체납법인 설립 전부터 전환사채를 이용해 장래 지분율을 높이는 구조를 구상한 것으로 나타났다. 전환권이 행사되었다면 C과 쟁점법인 측 지분율이 64%에 이르렀을 것으로 보였다.

쟁점법인은 전환사채 인수에 그치지 않고 2022. 9. 6.부터 2024. 3. 8.까지 17회에 걸쳐 약 OOO원을 대여하였다. 또한 체납법인에 경영방침을 전달하고 회계프로그램 접근권을 통해 회계 자료를 열람·관리했으며, 체납법인의 비용 지출도 쟁점법인의 승인을 거친 것으로 나타났다.

이러한 자료는 누가 법인의 존속에 필요한 자금을 통제했고 일상적 비용 집행을 승인했는지에 관한 구체적인 정황이다. 단순한 투자자 보호나 채권 관리의 범위를 넘어 실제 경영 통제로 이어졌는지 추가 확인할 필요가 있다고 본 것이다.

4단계: 경찰 수사 결과와 직원 진술을 보강 자료로 보았다

쟁점법인이 청구인을 사기 혐의로 고소했지만, 직원 P과 O은 C과 쟁점법인이 실제 경영을 주도했다는 진정서를 제출하였다. OOO경찰서장은 조사 결과 쟁점법인과 청구인의 관계가 고용인과 피고용인의 관계로 보인다는 이유 등을 들어 불송치 결정을 한 것으로 나타났다.

형사사건의 불송치 결정이 세법상 과점주주 여부를 직접 확정하는 것은 아니다. 다만 당사자 주장 밖의 자료에서 청구인의 독립적 지배력에 의문을 제기한 사정으로서 다른 증거와 함께 고려되었다.

5단계: 근로자 합의금의 성격을 경영 지배력과 구별하였다

청구인은 개인재산과 빌린 돈으로 근로자들에게 합의금을 지급한 사정을 억울함의 근거로 들었다. 심판원은 제출된 합의서, 처벌불원서, 판결문 등을 토대로 이 금액이 미지급 급여 채권을 대신 변제한 것이 아니라 청구인에 대한 처벌불원서를 받기 위한 합의금 성격이라고 보았다.

따라서 개인 돈을 지급한 사실만으로 청구인이 체납법인의 실질 경영자였다고 볼 수 없고, 반대로 실질 경영자가 아니었다고 확정할 수도 없다. 형사책임을 줄이기 위한 개인적 합의와 법인의 경영 지배력은 서로 다른 판단 대상이다.

6단계: 청구인이 지배자였다고 단정하기 어렵지만 다른 지배자도 확정하기 어렵다고 보았다

심판원은 앞선 사정들을 종합하여 청구인이 경영에 지배적인 영향력을 행사한 과점주주의 요건을 충족한다고 단정하기 어려운 측면이 있다고 판단하였다. 그러나 제시된 자료만으로 체납법인의 실제 과점주주가 누구인지 바로 확인하기도 어렵다고 보았다.

쟁점법인이 청구인을 사기 혐의로 고소한 사실과 청구인이 2023년에 OOO원의 급여를 받은 사실도 남아 있었다. 이 때문에 심판원은 취소 대신 재조사를 선택하였다. 처분청은 실제 경영에 지배적인 영향력을 행사한 자가 누구인지 조사하고, 그 결과에 따라 청구인에 대한 납부고지세액 등을 경정해야 한다.

결정의 의미

이 결정은 지분 60%를 보유한 대표이사도 제2차 납세의무에서 제외된다는 일반 명제를 세운 것이 아니다. 지분율과 직함이 강한 외형 자료이더라도, 다른 사람이 자금과 회계, 비용, 임원, 사업방침을 실질적으로 통제했다는 구체적인 자료가 있다면 경영 지배력을 별도로 확인해야 한다는 결정이다.

또한 재조사 결정의 양면성을 보여준다. 청구인이 처분의 문제점을 드러내는 데는 성공했지만 제2차 납세의무가 최종적으로 사라진 것은 아니다. 재조사에서 청구인의 권한 행사, 급여, 이사회 참여, 주금 납입이 실질 지배력으로 평가되면 처분이 유지될 여지가 있다. 반대로 쟁점법인과 C이 주요 결정을 승인하거나 거부한 사실이 더 구체적으로 확인되면 청구인에 대한 고지는 줄거나 취소될 수 있다.

실무 시사점

납세의무 성립일별로 판단해야 한다

체납세액이 여러 세목과 여러 기간에 걸쳐 있으면 한 시점의 지배구조만으로 모두 판단해서는 안 된다. 각 부가가치세와 원천징수세액의 납세의무 성립일을 구분하고, 그날의 주주명부, 임원, 의결권, 특수관계, 자금 통제 구조를 맞춰야 한다. 이 사건도 12건의 체납액이 문제 되었으므로 납세의무 성립일별 확인이 중요하다.

형식 자료와 운영 자료를 함께 모아야 한다

주주명부, 등기부, 주식등변동상황명세서, 주금 납입 자료는 기본이다. 여기에 이사회와 주주총회 의사록, 전자결재 기록, 계좌 권한, 회계프로그램 접속 기록, 예산 승인선, 임원 선임 지시, 사업계획 승인, 투자 중단 통지까지 함께 보아야 실제 지배구조가 드러난다.

투자자의 간섭과 경영 지배를 구별해야 한다

대규모 투자자는 투자금 보호를 위해 보고를 요구하고 회계 자료를 확인할 수 있다. 이런 감시만으로 곧바로 경영 지배가 인정되는 것은 아니다. 그러나 일상 비용의 사전 승인, 인사 지시, 사업방침 강제, 대표이사 퇴사 제한, 경영권 양도 추진까지 이어지면 단순한 투자자 보호를 넘어섰는지 살펴야 한다.

장래 지분과 현재 지분을 섞지 않아야 한다

전환사채의 전환권이 행사되지 않았다면 장래 예상 지분율은 현재 주식 소유비율이 아니다. 과점주주의 50% 초과 요건은 실제 주식 소유관계로 판단해야 한다. 다만 전환 구조를 누가 설계했고 계약상 어떤 통제권을 가졌는지는 경영 지배력의 간접 자료로 따로 평가할 수 있다.

재조사 대응은 결정 단위로 정리해야 한다

누가 실질 경영자였는지를 추상적으로 주장하는 것만으로 부족하다. 채용, 임원 선임, 급여 결정, 예산 편성, 계좌 이체, 주요 계약, 투자 유치, 비용 집행, 사업 중단과 같은 결정별로 제안자, 승인자, 거부권자, 실행자, 최종 책임자를 표로 정리하는 편이 효과적이다.

실무 체크리스트

처분 검토

• 제2차 납세의무 지정서와 납부고지서의 세목, 귀속, 금액, 납세의무 성립일을 건별로 나누었는가
• 법인 재산으로 체납액을 충당해도 부족한 금액이 얼마인지 확인했는가
• 각 납세의무 성립일 현재 발행주식 총수와 의결권 없는 주식을 확인했는가
• 주주와 특수관계인의 범위 및 지분 합계를 확인했는가
• 책임 한도가 실질적으로 권리를 행사한 주식 수를 기준으로 계산되었는가

형식적 지위 확인

• 법인 등기사항전부증명서의 대표이사와 임원 변동을 확인했는가
• 주주명부와 주식등변동상황명세서를 서로 대조했는가
• 주금 납입자와 자금 출처를 확인했는가
• 명의신탁, 주식양도, 전환권 행사 여부를 확인했는가
• 주주총회와 이사회 의사록에서 실제 참석과 의결 내용을 확인했는가

실제 경영 지배력 확인

• 사업계획과 예산을 누가 제안하고 승인했는가
• 법인 계좌와 인감, 인증서의 실제 통제자는 누구였는가
• 회계프로그램 접근권과 결산 승인권은 누구에게 있었는가
• 비용 금액별 전결선과 최종 거부권자는 누구였는가
• 대표이사와 임원을 누가 추천하고 선임 또는 해임할 수 있었는가
• 직원 채용, 급여, 해고를 누가 결정했는가
• 주요 계약과 투자 유치를 누가 승인했는가
• 자금 공급의 중단 여부를 누가 결정했는가
• 외부에 경영권을 처분하거나 양도하려 한 주체가 누구였는가

증거 정리

• 문자메시지와 이메일은 날짜, 참여자, 앞뒤 문맥이 보이도록 보존했는가
• 전자결재와 회계프로그램 접속 기록을 확보했는가
• 투자계약, 전환사채 계약, 주주간 계약의 원본과 실제 이행을 대조했는가
• 직원 진술은 구체적인 결정 사례와 함께 정리했는가
• 경찰·검찰·법원 자료가 세법상 쟁점과 어떻게 연결되는지 구별했는가
• 미체결 계약안과 실제 체결 계약을 명확히 나누었는가
• 급여, 배당, 대여금, 합의금의 법적 성격을 서로 섞지 않았는가

재조사 대응

• 체납액 12건을 납세의무 성립일별로 다시 배열했는가
• 각 시점의 주주, 임원, 자금 통제자를 한 표에 연결했는가
• 주요 의사결정별 제안자·승인자·거부권자·실행자를 적었는가
• 청구인의 2023년 급여 OOO원의 결정과 지급 경위를 설명할 자료가 있는가
• 쟁점법인의 회계 접근과 비용 승인이 투자자 감시를 넘어선 이유를 구체화했는가
• C, H, I, K, N과 쟁점법인의 관계를 객관 자료로 확인했는가
• 재조사 결과에 따른 후속 경정처분과 불복기한을 별도로 관리하는가

참고 자료

• 조세심판원, 조심2026서0686 결정문: https://www.tt.go.kr/mUser/dem/searchEngineDemViewPopup.do?semok=99&dem_no=224871&menuNm=demList
• 국가법령정보센터, 「국세기본법」 제39조: https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제39조
• 국가법령정보센터, 「국세기본법 시행령」 제20조: https://www.law.go.kr/법령/국세기본법시행령/제20조

이 글은 공개된 결정문에 나타난 사실과 판단을 분석한 것이다. OOO로 가려진 금액과 당사자 정보는 결정문 표기를 그대로 유지하였다.