비주거용 임대업 코드에도 실질 임대와 개정 적용례로 합산배제를 인정한 조심2026소1726

사업자등록증에 적힌 업종코드와 실제 임대 내용이 다를 때 종합부동산세 합산배제를 인정할 수 있는지가 문제 된 사건이다. 청구인은 주택과 근린생활시설이 함께 있는 건물을 임대하면서 부동산 임대를 주업종으로 사업자등록했지만, 그 코드는 비주거용 건물 임대업에 해당했다. 처분청은 과세기준일 현재 주택임대업이 별도 업종으로 등록되지 않았다는 이유로 2021년부터 2024년까지의 합산배제를 부인했다.

조세심판원은 사업자등록의 기재만 보지 않았다. 청구인이 건물의 주택 부분을 실제 임대한 경위, 지방자치단체에 임대사업자로 등록한 사실과 임대차계약을 함께 검토했다. 여기에 2026.2.27. 개정된 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항과 부칙 제2조를 적용했다. 개정 규정이 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우에만 적용되는 것이 아니라 시행 이후 과세표준과 세액을 신고하거나 결정·경정하는 경우에도 적용되기 때문이다. 심판원은 쟁점주택이 합산배제 임대주택에 해당한다고 보고 네 개 연도의 부과처분을 모두 취소했다.

사건 개요

주문

조세심판원의 주문은 다음과 같다.

충주세무서장이 2025.12.1. 청구인에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

공개 결정문에서 네 개 연도의 세액은 모두 OOO로 비식별 처리되어 있다. 따라서 처분 전부가 취소되었다는 점은 확인되지만 취소세액의 합계는 확인할 수 없다.

사실관계 구조

2014.12.15. 쟁점주택 소유권 취득(증여)
        │
        ▼
2017.7.21. 임차인 A와 건물 전체 임대차계약
        │
        ├─ 2017.8.26. 건물 전체 임대 개시
        │
        ├─ 2017.9.12. 지상 2층을 주택에서 일반음식점으로 용도변경
        │
        └─ 2017.10.25. 사업자등록
                 업태·종목: 부동산 임대
                 업종코드: 701201(비주거용 건물 임대업)
        │
        ▼
2021.9.30. OOO군수에게 임대사업자 등록
             장기매입임대주택
        │
        └─ 같은 날 종합부동산세 합산배제 신고
        │
        ▼
2021년부터 2023년까지 쟁점주택 임대수입 신고
        │        부동산임대업(주택임대업 제외)
        │        소득구분코드 30
        ▼
2024.6.8. 임차인 B와 용도별 계약서 작성
        │        계약②: 2층 근린생활시설
        │        계약③: 1층·옥탑1층 주택
        │
        └─ 2024.7.11. 계약③ 주택임대차계약 신고
        │
        ▼
2025.9.30. 주거용 건물 임대업을 부업종으로 추가
             업종코드 701102
        │
        ▼
2025.12.1. 처분청이 2021년부터 2024년 귀속분 경정·고지
        │
        ▼
2026.2.27. 시행령 개정·시행 및 심판청구
        │        주택임대업 사업자등록 → 사업자등록
        │        시행 이후 신고·결정·경정부터 적용
        ▼
2026.8.19. 조세심판원 취소 결정

이 구조에서 중요한 점은 한 건물 안에 주택과 근린생활시설이 함께 있었다는 사실이다. 2017년 최초 계약은 건물 전체를 대상으로 했고, 2024년 계약은 2층 근린생활시설과 1층·옥탑1층 주택을 나누어 작성했다. 최초 사업자등록이 비주거용 건물 임대업 코드였던 이유와 실제 주택임대가 병존할 가능성을 함께 보아야 하는 사건 구조다.

처분 경위

청구인은 2014.12.15. 증여로 쟁점주택의 소유권을 취득했다. 2017.7.21. 임차인 A와 건물 전체에 관한 임대차계약을 체결했고 2017.8.26. 임대를 시작했다. 같은 해 9.12. 지상 2층은 주택에서 제2종근린생활시설인 일반음식점으로 용도변경되었다.

청구인은 2017.10.25. 마포세무서장에게 부동산 임대를 업태와 종목으로 하여 사업자등록했다. 업종코드는 701201로 비주거용 건물 임대업에 해당했다. 이후 2021.9.30. 주소지 관할 지방자치단체장인 OOO군수에게 장기매입임대주택의 임대사업자로 등록했고, 같은 날 처분청에 「종합부동산세법」 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고를 했다.

처분청은 청구인이 주택임대업으로 사업자등록하지 않았다는 점을 문제 삼았다. 쟁점주택이 당시 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항의 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 보아 2025.12.1. 2021년부터 2024년까지의 종합부동산세를 각 경정·고지했다. 청구인은 2026.2.27. 심판청구를 제기했다.

확인된 사실과 증거

1. 건축물대장과 등기사항증명서

건축물대장의 세부 내용은 공개 결정문에서 표 전체가 OOO로 처리되었다. 다만 결정문 본문은 쟁점주택 지상 2층이 2017.9.12. 주택에서 제2종근린생활시설인 일반음식점으로 용도변경되었다고 명시한다. 쟁점주택에 주거용 부분과 비주거용 부분이 함께 있었다는 사실을 뒷받침하는 자료다.

등기사항증명서에는 청구인이 2014.12.15. 증여로 쟁점주택 소유권을 취득한 사실이 나타난다. 취득가액이나 주택별 공시가격 등은 공개된 본문에서 확인되지 않는다.

2. 2017년 전체 임대차계약

청구인은 2017.7.21. 임차인 A와 쟁점주택 전체에 관한 계약①을 체결했다. 청구인이 정리해 제출한 월세계약 내용에 따르면 계약①은 2019년과 2021년에 자동갱신되었고 2023년 하반기에 임대가 종료되었다.

청구인은 2017년에는 건물 전체에 관하여 부동산임대 계약을 맺었기 때문에 별도의 주택임대차계약 신고를 하지 않았다고 설명했다. 2017.8.26. 건물 전체 임대를 개시했다는 점은 심판원의 최종 판단에서도 인정된 사실로 사용되었다.

3. 2024년 용도별 임대차계약

청구인은 2024.6.8. 임차인 B와 계약서를 두 개로 나누어 작성했다. 계약②는 건물 2층에 관한 계약이고 계약③은 1층과 옥탑1층에 관한 계약이다. 두 계약의 특약에는 건축물대장상 1층은 주택, 2층은 근린생활시설이어서 별도 계약서를 작성하지만 임차인이 만기 또는 그 전에 퇴거할 때에는 건물 전체에서 동시에 퇴거한다는 내용이 들어 있었다.

계약③에는 해당 주택이 민간임대주택임을 명시했다. 임대의무기간은 10년, 임대의무기간 개시일은 2021.9.30.로 적혀 있었다. 청구인은 이 주택 부분 계약에 관하여 2024.7.11. 주택임대차계약 신고를 했다.

4. 사업자등록 자료

청구인은 2017.10.25. 최초 사업자등록 당시 주업종을 부동산 임대, 업종코드를 701201로 신고했다. 이 코드는 비주거용 건물 임대업에 해당한다. 업종코드 분류상 첫 네 자리가 7011이면 주거용 건물 임대업, 7012이면 비주거용 건물 임대업으로 나뉜다.

청구인이 주거용 건물 임대업을 사업자등록에 명시한 것은 2025.9.30.이다. 이때 업종코드 701102를 부업종으로 추가했다. 따라서 쟁점 과세연도인 2021년부터 2024년까지 사업자등록증에 주택임대업 업종코드가 별도로 없었다는 사실 자체에는 다툼이 없었다.

5. 지방자치단체 임대사업자 등록

청구인은 2021.9.30. OOO군수에게 임대사업자로 등록했다. 결정문은 이를 장기매입임대주택 등록으로 설명한다. 다만 청구인이 이 등록을 할 때 「소득세법」상 사업자등록을 함께 신청한 사정은 나타나지 않았다.

2019.2.12. 개정된 「소득세법 시행령」 제220조 제3항은 지방자치단체에 임대사업자 등록을 신청하면서 「소득세법」상 사업자등록 신청서를 함께 제출할 수 있게 했다. 공동 신청 제도와 청구인이 함께 신청하지 않았다는 사실은 심리 과정에서 확인된 사실이다. 처분청은 「민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙」 별지 제1호 서식인 임대사업자등록신청서가 주거용 건물 임대업의 업종코드 701101부터 701104를 명시한다는 점을 업종 등록 필요성의 근거로 들었다.

6. 종합소득세 신고서

청구인의 2021년부터 2023년까지 종합소득세 신고서에는 쟁점주택에서 발생한 임대수입이 기록되어 있었다. 각 연도 수입금액은 OOO로 공개되었다. 다만 신고상 소득은 부동산임대업(주택임대업 제외)의 사업소득인 소득구분코드 30으로 분류되었다.

이 자료는 청구인이 임대수입을 부동산임대업(주택임대업 제외)으로 신고했다는 점에서 처분청의 의견에 유리한 확인자료였다. 다만 심판원의 최종 판단은 이 신고자료를 실제 주택임대의 실질을 인정하는 적극적 근거로 명시하지 않았다.

7. 합산배제 신고와 부과 자료

청구인은 지방자치단체 임대사업자 등록일과 같은 2021.9.30. 합산배제 신고를 했다. 처분청의 2025.12.1. 경정·고지 내역은 결정문의 표에서 OOO로 가려졌다. 확인 가능한 범위는 2021년, 2022년, 2023년, 2024년 귀속 종합부동산세를 각각 경정·고지했다는 점이다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 과세기준일 현재 주택임대업 업종코드가 사업자등록에 없었다는 이유만으로 쟁점주택을 합산배제 대상에서 제외할 수 있는지다. 이 질문은 세 갈래로 나뉜다.

1. 비주거용 건물 임대업 코드로 등록했더라도 실제 주택 부분을 임대했다면 주택임대사업을 영위한 것으로 볼 수 있는가.
2. 2026.2.27. 개정된 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항이 2021년부터 2024년까지 이미 성립한 납세의무의 경정에도 적용되는가.
3. 조세감면 요건의 엄격해석과 「국세기본법」 제14조 제2항의 실질과세 원칙을 어떻게 조화할 것인가.

이 사건의 승패를 가른 것은 단순히 실질과세 원칙만이 아니다. 실질적인 주택임대 영위 사실에 더하여 개정 시행령의 부칙이 시행 이후의 신고·결정·경정에 개정 규정을 적용하도록 명시한 점이 결정적이었다.

청구인 주장

1. 경제적 실질에 따라 합산배제를 인정해야 한다

청구인은 「국세기본법」 제14조 제2항을 근거로 들었다. 과세표준의 계산은 거래의 명칭이나 형식이 아니라 실질 내용에 따라야 한다는 주장이다. 청구인은 2017년부터 건물 전체에 관하여 사업자등록을 마치고 임대를 계속했으며, 2021년에는 지방자치단체에 민간임대주택으로 등록해 임대사업자로서의 공적 의무도 이행했다고 보았다.

주택 부분을 실제로 임대했다는 경제적 실질이 분명한데도 사업자등록증의 업종코드가 701201이라는 이유만으로 합산배제를 부인하는 것은 형식에 치우친 해석이라고 주장했다. 주택임대업 코드를 별도로 적지 않은 것은 기존 사업자등록의 내용을 구체화하지 않은 문제일 뿐, 사업자등록이라는 행정적 요건 자체는 이미 충족했다고 보았다.

2. 2026년 시행령 개정은 형식적 요건의 문제를 바로잡은 것이다

청구인은 2026년 시행령 개정의 방향도 자신의 해석을 뒷받침한다고 주장했다. 개정 전에는 합산배제 임대사업자 요건이 주택임대업 사업자등록이었지만, 개정 후에는 사업자등록으로 완화되었다. 이는 실제 주택임대업을 하는 임대사업자가 업종 기재 때문에 합산배제에서 제외되는 문제를 해소하고 기준을 명확히 한 것이라고 보았다.

처음 발표된 개정안은 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것으로 알려졌지만, 청구인은 형식주의적 폐해를 제거하고 실질과세 원칙을 강화하는 개정 취지를 강조했다. 결과적으로 실제 공포된 부칙은 청구인의 사건에 더 직접적인 근거가 되었다. 시행 이후 신고하거나 결정·경정하는 경우부터 개정 규정을 적용한다고 정했기 때문이다.

처분청 의견

1. 주택임대업 업종 등록은 별도로 필요하다

처분청은 쟁점건물이 상가와 주택의 임대소득이 함께 발생하는 과세·면세 겸업 사업장이라서 새로운 사업자등록번호가 필요하지 않더라도, 주택임대업 면세사업에 관한 업종 등록은 필요하다고 보았다.

청구인은 업태를 부동산, 종목을 임대로 하고 비주거용 건물 임대업 코드 701201로 사업자등록했다. 2021년부터 2023년까지 주택 부분의 임대수입도 종합소득세 신고서에서 부동산임대업(주택임대업 제외)으로 신고했다. 처분청은 사업자등록 신청과 세금 신고가 납세자 자신의 책임 아래 이루어지며, 과세기준일 현재 주택임대업이 별도 업종으로 등록되지 않았으므로 청구인을 주택임대사업자로 볼 근거가 없다고 주장했다.

2. 2008년 개정은 형식요건을 의도적으로 명확히 했다

처분청은 2008.2.22. 대통령령 제20625호로 개정된 시행령 제3조 제1항을 강조했다. 이 개정은 합산배제 임대주택의 사업자등록 요건을 단순한 사업자등록에서 주택임대업 사업자등록으로 바꿨다.

처분청이 제시한 개정세법 설명에 따르면, 다른 업종의 사업자등록만으로도 합산배제 요건을 갖춘 것으로 오인할 가능성을 없애기 위해 문언을 명확히 한 것이었다. 지방자치단체 임대사업자 등록신청서도 소득세법상 사업자등록을 함께 신청할 때 주거용 건물 임대업 코드 중 하나를 고르도록 한다. 이런 제도 구조에 비추어 업종코드는 단순한 참고 기재가 아니라 합산배제의 명시적 요건이라는 논리다.

3. 기존 예규는 주택임대업 추가 전 합산배제를 부정한다

처분청은 기준-2022-법무재산-0025, 2022.3.4. 및 서면-2021-법규재산-7744, 2025.3.24.를 제시했다. 처분청이 설명한 예규의 취지는 주택임대업이 아닌 다른 부동산 임대업으로만 사업자등록한 경우 합산배제를 적용할 수 없고, 합산배제 신고기간까지 사업자등록 정정으로 주택임대업을 추가했다면 그 신고기한이 속하는 과세연도부터 합산배제를 적용한다는 것이다.

청구인이 주거용 건물 임대업 코드 701102를 부업종으로 추가한 날은 2025.9.30.이다. 처분청 논리대로라면 그보다 앞선 2021년부터 2024년까지는 주택임대업 등록 요건을 갖추지 못한 셈이다.

4. 발표 당시 개정안은 과거 귀속분에 적용되지 않는다

처분청은 2026.1.16. 발표된 세제개편 후속 시행령 개정안을 근거로, 임대사업자 요건 완화는 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용된다고 주장했다. 따라서 이미 납세의무가 성립한 2021년부터 2024년까지의 종합부동산세에는 개정 규정을 적용할 수 없다는 입장이었다.

하지만 실제로 2026.2.27. 공포·시행된 대통령령 제36132호의 부칙은 발표안과 달랐다. 이 차이가 처분청 주장의 핵심 전제를 무너뜨렸다.

5. 합산배제 요건은 엄격하게 해석해야 한다

처분청은 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결을 들었다. 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장하거나 유추해서는 안 되며, 명백한 특혜규정인 감면요건은 엄격하게 해석해야 한다는 법리다. 이에 따라 주택임대업 업종코드가 없는 청구인에게 합산배제를 인정하는 것은 엄격해석 원칙에 맞지 않는다고 주장했다.

관련 법령

1. 「국세기본법」 제14조 제2항

세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

청구인과 심판원은 사업자등록증의 업종 명칭만이 아니라 실제 주택임대의 내용을 보아야 한다는 근거로 이 조항을 사용했다.

2. 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호

이 조항의 요지는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택 등으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택을 과세표준 합산 대상에 포함하지 않는다는 것이다.

합산배제의 근거 조항이다. 다만 이 사건 원문은 임대기간, 주택 수, 가격, 규모의 세부 요건을 다투지 않고 사업자등록 요건을 중심으로 판단했다.

3. 2026.2.27. 개정 전 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항

이 조항의 요지는 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유한 일정한 주택을 합산배제 임대주택으로 본다는 것이다.

개정 전 문언에는 주택임대업 사업자등록이 명시되어 있었다. 처분청은 이 문구에 따라 업종코드의 형식적 충족이 필요하다고 보았다.

4. 2026.2.27. 개정된 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항

이 조항의 요지는 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유한 일정한 주택을 합산배제 임대주택으로 본다는 것이다.

대통령령 제36132호는 주택임대업 사업자등록을 사업자등록으로 바꾸었다. 조문별 제·개정이유서는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 등록한 임대사업자가 실질적으로 주택임대업을 영위하면 합산배제가 가능하도록 요건을 완화해 국민 주거안정을 지원하려는 것이라고 설명했다.

5. 대통령령 제36132호 부칙 제2조

제3조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준 및 세액을 신고하거나 결정·경정하는 경우부터 적용한다.

이 적용례가 사건 해결의 핵심이다. 처분청의 기존 경정·고지는 시행 전인 2025.12.1. 이루어졌지만, 적용례는 적용 시점을 납세의무 성립일로만 제한하지 않고 시행 이후의 신고·결정·경정으로 정했다. 심판원은 시행 후 청구인의 2021년부터 2024년까지의 세액을 개정 규정에 따라 다시 경정하는 것이 부칙의 문언과 개정 취지에 어긋나지 않는다고 판단했다.

6. 「소득세법」 제168조

새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록해야 한다. 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 소득세법상 등록을 한 것으로 본다.

7. 「소득세법 시행령」 제220조

주택임대사업을 하려는 자가 사업자등록신청서를 제출할 때에는 임대주택명세서를 첨부해야 한다. 지방자치단체에 민간임대주택 임대사업자 등록을 신청하면서 소득세법상 사업자등록신청서를 함께 내면 소득세법상 사업자등록도 신청한 것으로 본다.

심판원 판단

1단계: 실제 임대의 대상을 확인했다

심판원은 청구인이 2017.8.26. 주택과 근린생활시설을 포함한 쟁점건물 전체의 임대를 시작한 사실을 인정했다. 2017년 계약①은 건물 전체에 관한 계약이었고, 2024년 계약②와 계약③은 근린생활시설과 주택 부분을 나누어 작성했다. 특히 계약③은 해당 부분이 민간임대주택이라는 점과 임대의무기간을 명시했다.

따라서 사업자등록 코드가 비주거용 임대업이었다는 사실만으로 실제 임대 대상 전체가 비주거용이었다고 단정할 수 없었다. 건축물대장과 계약서가 한 건물 안의 주거용 부분을 보여주었다.

2단계: 청구인의 사업자 지위와 등록 경위를 평가했다

청구인은 2017.10.25. 부동산 임대업으로 최초 사업자등록을 했다. 2021.9.30.에는 OOO군수에게 임대사업자로 등록했고 같은 날 종합부동산세 합산배제 신고도 했다.

심판원은 실제 임대 개시, 부동산 임대업 사업자등록, 지방자치단체 임대사업자 등록 등을 종합해 청구인이 실질적으로 주택임대사업을 영위해 왔다고 보았다. 종합소득세 신고자료는 사실관계에 기재되었지만 최종 판단에서 이를 적극적 근거로 명시하지 않았다.

3단계: 사업자등록 기재의 법적 성격을 구분했다

심판원은 사업자등록의 목적이 과세관청으로 하여금 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하도록 하는 데 있다고 보았다. 청구인이 주택임대업이 아니라 부동산 임대업으로 사업자등록했다는 것은 등록상 기재의 문제일 뿐, 사업자로서의 지위와 같은 실체적 권리관계를 변동시키는 효력이 있다고 보기 어렵다고 판단했다.

이 판단은 업종 기재가 아무 의미도 없다는 뜻은 아니다. 실제 주택임대 사실, 지방자치단체 임대사업자 등록, 합산배제 신고 같은 객관적 사정이 존재하는데도 업종코드 하나만으로 실체를 부정할 수 없다는 의미다.

4단계: 2026년 개정 시행령의 문언을 확인했다

2026.2.27. 개정 시행령은 합산배제 임대사업자의 요건을 주택임대업 사업자등록에서 단순한 사업자등록으로 완화했다. 개정 이유도 민간임대주택법상 등록 임대사업자가 실질적으로 주택임대업을 영위하면 합산배제가 가능하도록 하는 데 있었다.

청구인은 이미 2017년에 사업자등록을 했고 2021년에는 민간임대사업자로 등록했다. 심판원이 인정한 실제 임대 사실까지 합하면 개정된 요건을 충족하는 방향으로 평가할 수 있었다.

5단계: 발표안과 실제 부칙의 차이를 구분했다

처분청은 2026.1.16. 발표된 시행령 개정안을 들어 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분에만 개정 규정이 적용된다고 주장했다. 그러나 실제로 공포된 대통령령 제36132호 부칙 제2조는 달랐다. 개정 규정은 시행 이후 과세표준과 세액을 신고하거나 결정·경정하는 경우부터 적용한다고 명시했다.

심판원은 실제 공포된 부칙 문언에 따라 판단했다. 이 부칙은 2026.2.27. 이후 처리되는 신고·결정·경정이라면 과거에 납세의무가 성립한 귀속연도에도 완화된 사업자등록 요건을 적용할 수 있게 한다. 따라서 시행 후 2021년부터 2024년까지의 종합부동산세를 개정 규정에 따라 다시 경정하는 것이 명문이나 개정 취지에 어긋나지 않는다고 보았다.

6단계: 합산배제 여부와 처분의 효력을 결론지었다

심판원은 실질적인 주택임대사업 영위, 사업자등록의 제도적 성격, 2026년 개정 규정과 부칙의 적용례를 종합했다. 그 결과 쟁점주택은 합산배제 임대주택에 해당한다고 판단했다.

청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2와 제65조 제1항 제3호에 따라 2021년부터 2024년까지의 각 부과처분을 모두 취소했다. 이 결정은 업종코드에 관한 실질 판단과 개정 규정의 명시적 적용례가 결합된 결과다.

비교 결정례와 법리 기준

원문에 기재된 같은 취지의 결정

원문의 [참조결정]에는 조심2026구0371이 기재되어 있고 [따른결정]은 비어 있다. 또한 이 사건 판단 부분은 사업자등록의 업종 기재가 사업자로서의 지위와 같은 실체상의 권리관계를 변동시키는 효력이 있다고 보기 어렵다는 판단과 관련해 조심2026구0371을 같은 취지의 결정으로 들었다.

이 사건 판단 말미에는 조심2026서1027도 같은 취지의 결정으로 기재되어 있다. 두 결정의 세부 사실관계와 결론은 이 사건 원문만으로 확인되지 않으므로 다음 표는 다른 사건의 비교 결과가 아니라 이 사건에서 대립한 판단 기준만 정리한다.

대법원 엄격해석 법리와의 관계

처분청은 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결을 엄격해석 법리의 근거로 인용했다. 처분청이 제시한 법리는 조세법규를 법문대로 해석하고 합리적 이유 없는 확장해석이나 유추해석을 허용하지 않으며, 명백한 특혜규정인 감면요건을 엄격하게 해석해야 한다는 취지다.

심판원 판단은 처분청이 제시한 일반 법리를 부정한 것이 아니다. 판단 당시 이미 시행된 대통령령 제36132호 부칙이 과거 귀속분에 관한 시행 이후의 경정에도 개정 규정을 적용하도록 명시했다. 따라서 시행 후 완화된 사업자등록 요건에 따라 세액을 다시 경정하는 것은 유추나 확장이 아니라 적용례 문언에 따른 해석이다.

실질과세 원칙도 홀로 작동하지 않았다. 실질만을 이유로 개정 전의 주택임대업 사업자등록 문구를 지운 것이 아니라, 개정 규정과 부칙으로 문언상 장애가 해소된 상태에서 실제 주택임대 여부를 판단했다. 이 순서를 놓치면 이 결정을 업종코드가 언제나 불필요하다고 오해할 수 있다.

이 결정의 의미

1. 발표자료보다 공포된 부칙이 우선한다

처분청은 세제개편 후속 시행령 개정안의 발표 내용을 근거로 과거 귀속분에 적용할 수 없다고 주장했다. 그러나 법적 효력을 가진 것은 최종 공포된 시행령과 부칙이다. 발표안과 실제 부칙의 적용례가 달라질 수 있으므로 불복과 경정 단계에서는 최종 공포문을 다시 확인해야 한다.

2. 적용례의 기준 행위를 구분해야 한다

세법 개정의 적용례는 납세의무 성립일, 거래일, 신고일, 결정일, 경정일 가운데 무엇을 기준으로 삼는지에 따라 결과가 달라진다. 이 사건 부칙은 시행 이후 납세의무가 성립하는 분이라고 정하지 않고 시행 이후 신고하거나 결정·경정하는 경우라고 정했다. 과거 귀속분이더라도 시행 후 경정되는 사건에 적용될 여지가 생긴 이유다.

3. 업종코드 오류는 증거 전체 속에서 평가된다

청구인에게 불리한 자료도 적지 않았다. 최초 사업자등록은 비주거용 건물 임대업 코드였고, 종합소득세 신고도 주택임대업 제외 코드로 이루어졌다. 소득세법상 사업자등록을 지방자치단체 등록과 함께 신청한 사정도 없었다.

그럼에도 건축물의 주택 부분, 임대차계약, 실제 임대 개시와 지속, 지방자치단체 임대사업자 등록, 합산배제 신고가 함께 존재했다. 심판원은 하나의 코드보다 자료 전체가 보여주는 실제 사업을 판단했다. 따라서 같은 결과를 기대하려면 단순한 진술이 아니라 객관적 자료의 연결이 필요하다.

4. 이 결정은 다른 합산배제 요건을 면제하지 않는다

「종합부동산세법」과 시행령은 사업자등록 외에도 임대기간, 주택 수, 가격, 규모 등 여러 요건을 둔다. 이 사건은 공개된 판단 구조상 사업자등록 요건과 개정 적용례가 중심이었다. 다른 사건에서 가격이나 임대기간 요건이 충족되지 않는다면 이 결정만으로 합산배제를 받을 수 없다.

실무 시사점

첫째, 혼합용도 건물은 층별 용도와 계약 대상을 분리해 입증해야 한다. 건축물대장, 임대차계약서, 주택임대차계약 신고자료, 임대료 입금내역을 같은 기간표에 놓으면 실제 주택임대 범위가 분명해진다.

둘째, 사업자등록증의 업태·종목·업종코드와 실제 영업이 다르면 즉시 정정하는 것이 안전하다. 이 사건은 취소되었지만 2025.9.30.까지 주거용 건물 임대업이 추가되지 않았다는 사실 때문에 네 개 연도의 부과와 심판 절차가 발생했다.

셋째, 지방자치단체의 민간임대사업자 등록과 세무서의 사업자등록은 별도 제도임을 유의해야 한다. 함께 신청할 수 있는 절차가 있더라도 자동으로 둘 다 완료되는 것은 아니다. 신청서, 접수증, 등록증, 홈택스 사업자등록 상태를 각각 확인해야 한다.

넷째, 법령 개정이 불복 진행 중에 이루어지면 본문 조항뿐 아니라 부칙의 적용례를 반드시 읽어야 한다. 특히 시행 이후 납세의무가 성립하는 분, 시행 이후 신고하는 분, 시행 이후 결정·경정하는 경우는 서로 다른 기준이다.

다섯째, 실질과세 주장을 할 때에는 불리한 신고자료도 숨기지 말고 설명해야 한다. 이 사건의 종합소득세 신고는 주택임대업 제외 코드였지만, 혼합용도 건물의 계약 구조와 실제 임대 사실을 다른 객관적 자료로 보완했다. 코드가 잘못된 경위와 실제 사업 흐름을 일관된 시간순으로 설명하는 것이 중요하다.

여섯째, 개정 발표자료와 최종 공포문이 다르면 최종 법령을 기준으로 의견서를 다시 작성해야 한다. 이 사건에서는 발표 당시 적용시기와 실제 부칙의 적용시기가 달랐다. 불복서가 발표자료에 맞춰 작성되었더라도 심리 시점의 법령 상태에 맞게 추가 의견과 법령 자료를 제출할 필요가 있다.

실무 체크리스트

• 쟁점 부동산의 건축물대장에서 층별 주택·근린생활시설 용도를 확인했는가
• 용도변경일과 실제 임대 개시일을 대조했는가
• 각 임대차계약의 대상 층, 용도, 임차인, 계약기간을 구분했는가
• 주택 부분 계약에 대한 주택임대차계약 신고자료가 있는가
• 최초 사업자등록일과 당시 업태·종목·업종코드를 확인했는가
• 주거용 건물 임대업 코드를 추가하거나 정정한 날짜를 확인했는가
• 지방자치단체 임대사업자 등록일과 임대의무기간을 확인했는가
• 지방자치단체 등록 때 소득세법상 사업자등록도 함께 신청했는가
• 종합소득세 또는 법인세 신고서의 임대업 소득구분이 실제와 일치하는가
• 부가가치세 신고서에 과세·면세 임대수입이 적절히 구분되었는가
• 종합부동산세 합산배제 신고일과 신고대상 주택을 확인했는가
• 처분 연도별 과세기준일 현재 임대 상태를 확인했는가
• 2026.2.27. 개정 전후 시행령 제3조 제1항 문언을 나란히 비교했는가
• 대통령령 제36132호 부칙 제2조의 적용 기준이 신고·결정·경정임을 확인했는가
• 개정안 발표자료가 아니라 실제 공포된 시행령과 부칙을 기준으로 검토했는가
• 임대기간, 주택 수, 가격, 규모 등 나머지 합산배제 요건을 별도로 점검했는가
• 사업자등록의 형식과 실제 임대의 실질을 연결할 객관적 자료를 준비했는가
• 공개 결정문에서 OOO로 처리된 세액과 표의 값을 추정하지 않았는가

참고 자료

• 조세심판원 조심2026소1726 공식 결정문
• 원문 [참조결정] 및 판단 부분에 같은 취지로 기재된 조심2026구0371
• 원문 판단 부분에 같은 취지로 기재된 조심2026서1027
• 처분청이 엄격해석 법리의 근거로 인용한 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결

이 글은 공개 결정문에서 확인되는 사실과 판단을 바탕으로 정리했다. OOO로 처리된 세액, 임대수입, 건축물대장과 계약 현황의 세부 값은 추정하지 않았다. 사건별 적용 결과는 실제 임대 내용, 지방자치단체 등록, 사업자등록, 합산배제의 다른 요건, 개정 법령의 적용례와 불복 절차의 상태에 따라 달라질 수 있다.