탈세제보가 비정기 세무조사와 추징에 기여했다면 포상금 지급을 다시 심의해야 한다

탈세제보 포상금 사건에서 제보자가 과세요건을 완성하는 모든 증거와 정확한 탈루세액 계산서를 제출해야 하는지가 문제 되는 경우가 많다. 조세심판원은 조심2026전0861 결정에서 그 기준을 지나치게 높게 잡아서는 안 된다고 보았다. 제보가 비정기 세무조사의 계기가 되었고, 제보자가 제시한 연구개발 전담인력의 실제 업무와 내부자료 소재가 조사와 추징에 일정 부분 기여했다면, 조사 과정에서 과세관청이 추가 자료를 확인했다는 사정만으로 포상금 지급대상에서 곧바로 제외할 수 없다는 취지다.

이 결정은 청구인에게 포상금 액수를 곧바로 확정해 준 결정은 아니다. 처분청이 제보의 실제 기여도를 재조사하고 탈세제보 포상금 지급심의위원회를 다시 개최한 뒤, 그 결과에 따라 포상금을 산정하여 지급하라는 재조사 결정이다. 따라서 실무에서는 제보가 조사 개시와 적출에 어떤 역할을 했는지, 제보자료와 조사로 확보한 자료가 어떻게 연결되는지, 실제 추징 항목 중 어느 부분이 제보에 대응하는지를 단계별로 남기는 일이 중요하다.

사건 개요

주문

대전지방국세청장이 2025.10.13. 청구인에게 한 탈세제보 포상금 지급거부 처분은 청구인의 탈세제보가 피제보자에 대한 탈루세액 추징에 얼마나 기여했는지 등을 재조사하고, 탈세제보 포상금 지급심의위원회를 다시 개최하여 그 결과에 따라 탈세제보 포상금을 산정하여 지급한다.

주문의 핵심은 지급거부 처분을 단순히 취소하는 데 그치지 않고, 제보의 기여도를 다시 확인한 뒤 심의 절차를 재개하도록 한 데 있다. 심판원은 제보자료가 탈루세액 산정에 일정 부분 기여한 자료로 볼 여지가 있으므로 그 기여도를 재조사할 필요가 있다고 판단했다. 공개된 원문만으로는 제보가 실제 추징액의 어느 범위에 얼마나 기여했는지 확인되지 않는다.

사실관계 구조

청구인
  │  2024년 8월경부터 청구외법인 부사장으로 근무
  │
  ├─ 2025.4.22. 탈세제보
  │    ├─ 기업부설연구소 전담요원 분류 조직도
  │    ├─ 부서별 면담·업무분장 내역
  │    ├─ 인별업무성과표와 2021년부터 2024년까지 연구아이템 목록
  │    ├─ 연구노트 작성 교육자료
  │    ├─ 내부 원본자료 출력물·USB 저장파일
  │    └─ 관련 내부자료의 보관 장소와 기기 정보
  │
  ▼
대전지방국세청
  │  추가자료 요청·통화·2025.5.21. 방문 설명
  │
  ├─ 2025.7.17.부터 2025.8.29.까지 비정기 통합조사
  │    └─ 연구·인력개발비 부당공제 내역 등을 확인해
  │       2022사업연도부터 2024사업연도까지 법인세 추징
  │
  ├─ 2025.10.1. 제보를 과세에 활용했으나
  │                 포상금 지급요건은 충족하지 않았다고 통지
  │
  └─ 2025.10.13. ‘중요한 자료’가 아니라는 이유로 지급거부
                        │
                        ▼
                  2025.12.24. 심판청구
                        │
                        ▼
조세심판원
  ├─ 제보가 비정기조사의 계기가 된 것으로 판단
  ├─ 제보자료가 추징에 일정 부분 기여한 자료로 볼 여지 인정
  └─ 기여도 재조사 + 지급심의위원회 재개최 + 결과에 따른 산정·지급

처분 경위

청구인은 2024년 8월경부터 청구외법인의 부사장으로 근무했다. 그는 2025.4.22. 청구외법인이 조세특례제한법 제10조의 연구·인력개발비 세액공제를 부당하게 적용받았다는 내용의 자료를 처분청에 제출했다.

처분청은 최초 제보 후 청구인에게 추가 자료를 요청했고, 여러 차례 통화와 추가 설명이 이어졌다. 청구인은 2025.5.21. 처분청을 방문해 제보 내용을 설명하고 인별업무성과표 등을 제시·분석했다. 이후 처분청은 2025.7.17.부터 2025.8.29.까지 청구외법인에 대한 법인 비정기 통합조사를 실시했다. 조사 결과 연구·인력개발비 부당공제 내역 등을 확인하여 2022사업연도부터 2024사업연도까지의 법인세를 추징했다.

처분청은 2025.10.1. 청구인에게 제보를 과세에 활용했으나 포상금 지급요건을 충족하지 않는다는 처리 결과를 통지했다. 결정문에는 청구인이 2025.10.20. 포상금 지급을 신청했다고 적혀 있으나, 지급거부 처분일은 그보다 앞선 2025.10.13.로 기재되어 있다. 공개 결정문 자체에 이와 같은 날짜의 선후 불일치가 있으므로, 어느 한 날짜를 임의로 고쳐 해석해서는 안 된다. 이 글은 주문과 사건 개요에서 확인되는 지급거부 처분일을 2025.10.13.로 제시하되, 지급신청일 기재와의 불일치를 함께 밝힌다.

처분청은 청구인의 제보가 국세기본법 제84조의2와 같은 법 시행령 제65조의4가 정한 ‘탈루세액 등을 산정하는 데 중요한 자료’에 해당하지 않는다고 보아 지급을 거부했다. 청구인은 2025.12.24. 이에 불복해 심판청구를 제기했다.

결정문에 적힌 제보 이후의 진행은 다음과 같다.

증거

결정문이 확인한 제보자료는 단순한 의혹 제기 한 줄이 아니었다. 심판원은 다음 자료가 제출되었다고 적시했다.

1. 청구외법인의 ATE사업부, MTE사업부, 비전팀, 전장팀, 제어기술팀 소속 임직원 25명이 모두 기업부설연구소 전담요원으로 분류된 조직도
2. 청구인이 2024년 8월 실시한 부서별 면담 결과와 업무분장 내역의 요지
3. 임직원들이 개조 검토·제안, 개발 완료 후 유지보수, 개발과제 발표·배포, 고객 대응 등을 수행한다는 내용
4. 업무를 ‘개발’, ‘연구’, ‘제안’ 등으로 표시한 인별업무성과표
5. 정부과제 또는 판매용 개발제품 아이템과 연계된 내용을 담은 2021년부터 2024년까지의 연구아이템 목록
6. 경영지원팀이 만든 연구노트 작성 교육자료
7. 탈세 관련 내부자료가 보관된 업무 장소, PC, 노트북, 태블릿PC, 하드카피, USB 등의 소재 정보
8. 내부 원본자료 출력문서와 USB 메모리 저장파일
9. 2025.5.21. 방문 설명 자리에서 조사관들과 나눈 대화의 녹취록

이 목록은 서로 다른 증거 역할을 갖는다. 조직도와 업무분장 자료는 전담요원으로 신고된 인력이 실제로 다른 업무를 겸했는지 확인할 단서를 제공한다. 인별업무성과표와 연구아이템 목록은 업무의 성격과 연구개발 활동의 범위를 검토할 출발점이 된다. 연구노트 교육자료는 연구 산출물 작성 경위에 관한 정황자료다. 내부자료의 보관 장소와 기기 정보는 과세관청이 원본자료에 접근할 수 있도록 하는 소재 정보다. 녹취록은 제보 후 추가 설명과 조사관의 대응이 어떻게 진행되었는지를 살필 자료다.

다만 제보자가 이 자료들에 부여한 법적 의미와 심판원이 최종적으로 확인한 사실은 구분해야 한다. 예를 들어 연구노트 교육이 있었다는 사실만으로 과거 연구 산출물이 조작되었다고 확정된 것은 아니다. 해당 주장은 청구인이 제시한 정황 해석이다. 또한 인별업무성과표에 ‘개발’이나 ‘제안’으로 표시되었다는 사실만으로 모든 관련 인건비가 세액공제 대상에서 제외된다고 확정된 것도 아니다. 심판원 결정의 초점은 연구·인력개발비 세액공제의 적법성을 항목별로 확정하는 것이 아니라, 제보자료가 조사와 추징에 기여한 ‘중요한 자료’인지에 있었다.

핵심 쟁점

핵심 쟁점은 청구인이 제출한 자료가 국세기본법 제84조의2가 정한 ‘탈루세액 또는 부당하게 환급·공제받은 세액을 산정하는 데 중요한 자료’에 해당하는지다.

이를 판단하려면 다음 질문을 나누어 보아야 한다.

• 제보가 피제보자와 탈루 혐의의 수법·내용을 어느 정도 구체적으로 특정했는가
• 제보자가 객관적으로 확인할 자료나 그 소재를 제시했는가
• 제보 후 실시된 세무조사와 제보 사이에 시간적·내용적 연결이 있는가
• 실제 조사 결과와 제보 내용이 어느 범위에서 부합했는가
• 과세관청이 추가 조사를 했다는 사실이 제보의 중요성을 부정하는가, 아니면 기여 정도에 영향을 미치는가
• 실제 추징 항목 가운데 제보자료를 활용한 부분은 무엇인가
• 제보의 조사 개시 기여와 추징액 산정 기여를 어떻게 구분해 평가할 것인가

이 사건에서 양측의 가장 큰 차이는 ‘추가 조사’의 의미였다. 청구인은 추가 조사가 제보 내용을 확인하고 보완한 절차이므로 제보의 중요성을 부정하지 않는다고 주장했다. 처분청은 제보자료만으로 공제 대상 여부를 판단할 수 없어 상당한 비용과 노력이 들었으므로 중요한 자료가 아니라고 보았다. 심판원은 추가 조사가 필요했다는 사정만으로 중요성을 부정하지 않고, 제보가 실제 조사와 추징에 얼마나 기여했는지를 다시 확인해야 한다고 판단했다.

청구인 주장

1. 과세요건을 완성하는 모든 증거가 있어야 하는 것은 아니다

청구인은 ‘중요한 자료’가 되기 위해 과세관청이 추가 조사 없이 곧바로 과세할 수 있을 정도의 완성된 증거를 제출해야 하는 것은 아니라고 주장했다. 구체적 거래구조나 탈루 수법을 알리고, 과세관청이 조세탈루 사실을 비교적 쉽게 확인하도록 도왔다면 중요한 자료에 해당할 수 있다는 입장이다.

청구인은 원문에 기재된 참조결정인 조심2016서0180, 조심2017중2802, 조심2020서7433을 들었다. 구체적 장부가 없더라도 거래구조와 직접 경험한 사실관계를 제시해 추징에 도움을 준 경우, 비정기조사의 계기가 되고 제보 내용이 조사 결과와 대체로 부합한 경우에는 중요한 자료가 될 수 있다는 법리로 원용했다. 또한 수원고등법원 2024누15509 판결을 들어, 제보자료만으로 과세요건을 완전하게 입증하지 못하더라도 과세요건 해당 가능성을 합리적으로 인식하게 하고 조사로 확보한 자료가 제보자료와 실질적으로 같거나 이를 보완하는 정도라면 단순한 추측으로 볼 수 없다고 주장했다.

2. 구체적인 탈루 수법과 내부자료의 소재를 제시했다

청구인은 연구개발만 전담하지 않는 직원을 기업부설연구소 전담인력으로 신고하고, 국책사업 관련 연구개발비용을 공제대상에 포함하는 방식으로 부당공제를 받았다고 제보했다. 그는 82명의 임직원 중 46명이 기업부설연구소 산하 사업부·팀에 소속되고, 그중 5개 조직 소속 25명 전원이 전담요원으로 분류된 조직도를 제시했다고 주장했다.

또한 부서별 면담 결과, 업무분장, 인별업무성과표, 연구아이템 목록을 근거로 해당 인력이 연구개발 외에 개조 검토와 제안, 유지보수, 고객 대응, 개발과제 발표·배포 등 여러 업무를 겸했다고 설명했다. 내부자료가 보관된 부사장, 경영지원팀장, 연구소장의 업무 장소와 전자기기·저장매체까지 특정했으므로, 자료 소재에 관한 구체적 정보도 제공했다고 주장했다.

3. 조사 결과는 제보와 연결되어 있다고 보아야 한다

청구인은 처분청이 제보를 과세에 활용했다고 통지하면서도 제보 내용이 조사 결과와 다르다고 명시하지 않았다는 점을 들었다. 피제보자의 과세정보가 공개되지 않아 청구인이 조사 결과를 직접 확인하기 어려운 상황에서, 과세관청이 추가 자료를 확보했다는 사실은 제보와 무관한 별개의 발견이라기보다 제보 내용을 보강한 것으로 보아야 한다는 주장이다.

4. 제보가 비정기조사의 결정적 계기였다

청구인은 2025.4.22. 제보 후 약 3개월 안에 2025.7.17. 비정기조사가 시작되었고, 그 사이 처분청의 추가자료 요청, 여러 차례의 통화, 방문 설명이 있었다는 점을 강조했다. 처분청이 과거 수년간 문제 삼지 않았던 연구·인력개발비 공제를 제보 후 조사했다는 사정을 고려하면 제보가 조사 개시의 결정적 계기였다는 주장이다.

청구인은 과세관청이 추가로 들인 비용과 노력은 제보의 존재 여부를 부정하는 기준이 아니라 포상금 산정 단계에서 기여 정도를 평가할 요소라고 보았다. 제보가 없었다면 조사와 추징이 현실적으로 어려웠고, 제보자료에 나타난 업무 겸직 정황과 자료 소재 정보가 확인 비용을 줄였다는 입장이다.

처분청 의견

1. 제보자료만으로 비공제 업무를 특정할 수 없었다

처분청은 청구인이 제출한 B 면담자료와 2022년 업무성과표만으로는 표시된 업무가 세액공제 대상 연구활동인지 제외되는 활동인지 판단할 수 없었다고 보았다. 개발 의뢰를 받아 납품하는 활동도 자기 비용과 책임으로 상품화 개발을 수행하고 품질보증 책임을 지는 경우 연구개발에 포함될 수 있으므로, ‘개발매출’이나 ‘개발’이라는 표시만으로 공제 대상에서 제외할 수 없다는 입장이다.

처분청은 납품의뢰에 따른 자체기술 상품화 개발과 관련해 재정경제부 조세지출예산과-641, 2006.9.20. 해석사례를 제시했다. 따라서 실제 연구원이 어떤 업무를 어떻게 수행했고 결과물이 무엇인지 확인해야 했으며, 이를 위해 상당한 조사 비용과 노력이 필요했다고 주장했다.

2. 국책사업 관련 비용도 구체적 권리관계를 확인해야 했다

처분청은 국책과제 관련 비용이라는 이유만으로 곧바로 세액공제 대상에서 제외되는 것은 아니라고 보았다. 정부출연금과 자체부담금의 구분, 결과물의 소유권, 정부기관과 법인 사이의 협약 내용 등을 확인해야 공제 가능 여부를 판단할 수 있으므로, 청구인이 제출한 개발제품 내역만으로는 부족하다는 의견이다.

3. 통상적인 조사로 비로소 확인된 사실은 중요한 자료가 아니다

처분청은 국세기본법과 시행령이 요구하는 중요한 자료는 과세관청이 조세탈루 사실을 비교적 쉽게 확인할 수 있는 구체적인 자료여야 한다고 보았다. 단순한 가능성 지적이나 추측성 의혹에 그치고, 통상적인 세무조사를 통해 비로소 탈루 사실이 확인되었다면 제보가 탈루세액 산정에 직접 관련되거나 상당한 기여를 했다고 볼 수 없다는 입장이다.

그 근거로 일부 하급심 판결과 대법원 2013두18568 판결을 들었다. 특히 대법원 판결에 따라 중요한 자료에 해당한다는 점은 이를 주장하는 제보자가 입증해야 한다고 보았다. 원문에는 두 하급심 판결의 사건번호와 처분청이 원용한 일반 법리만 제시되어 있고 개별 사실관계는 확인되지 않으므로 비교표에서는 제외했다.

4. 피제보자의 과세정보는 공개할 수 없다

처분청은 청구인이 조사 결과와 과세처리 자료를 요청했지만, 국세기본법 제81조의13과 공공기관의 정보공개에 관한 법률 제9조 제1항에 따라 개별 납세자의 과세정보를 제3자에게 제공할 수 없다고 밝혔다. 이 때문에 청구인이 제보 내용과 실제 적출 결과를 직접 대조하기 어려운 구조가 형성되었다.

관련 법령

국세기본법 제84조의2

요지: 국세청장은 조세를 탈루한 자에 대한 탈루세액 또는 부당하게 환급·공제받은 세액을 산정하는 데 중요한 자료를 제공한 자에게 법정 한도에서 포상금을 지급할 수 있다.

결정문에 수록된 제84조의2 제2항 제1호는 중요한 자료를 다음과 같은 취지로 세 갈래로 규정한다.

요지:

가. 조세탈루 또는 부당하게 환급·공제받은 내용을 확인할 수 있는 거래처, 거래일 또는 거래기간, 거래품목, 거래수량 및 금액 등 구체적 사실이 기재된 자료 또는 장부

나. 위 자료의 소재를 확인할 수 있는 구체적인 정보

다. 그 밖에 조세탈루 또는 부당하게 환급·공제받은 수법, 내용, 규모 등의 정황으로 보아 중요한 자료로 인정할 만한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료

이 사건에서는 거래금액이 적힌 장부만이 아니라 자료의 소재 정보와 탈루 수법·내용을 보여 주는 내부자료도 법률상 판단 범위에 포함된다는 점이 중요하다.

국세기본법 시행령 제65조의4

결정문에 수록된 시행령 제65조의4 제13항은 법률이 위임한 자료를 회계부정 자료, 부동산투기거래 자료, 공공안전을 위협하는 행위 관련 자료, 그 밖에 탈루 또는 부당 환급·공제의 수법·내용·규모 등 정황상 중요하다고 인정되는 자료로 정한다.

같은 조 제1항은 불복 절차의 종료와 탈루세액 등의 납부 또는 징수 등 포상금 지급요건과 지급률을 규정한다. 다만 이 사건의 직접 쟁점은 구체적인 포상금 액수 계산이 아니라, 청구인의 제보가 애초에 중요한 자료에 해당하는지와 그 기여도를 다시 심의해야 하는지였다.

탈세제보포상금 지급규정 제2조·제3조와 별표 1

결정문에 수록된 국세청훈령은 탈루 혐의자와 탈루 행위를 구체적으로 기재하고 장부·서류 또는 이에 준하는 자료를 제출한 제보 중, 그 내용이 조사 결과 사실로 확인되고 해당 자료를 활용해 탈루세액을 추징한 경우를 중요한 자료로 판단하도록 정한다.

별표 1은 내부문서, 거래장부, 자료 소재 정보, 원시자료, 계약서, 금융거래자료, 공문서와 기타 자료를 예시한다. 특히 자료 보관장소에 관한 구체적인 정보와, 추징에 드는 노력·비용을 현저히 줄였거나 그 자료가 없었다면 추징이 불가능했을 것으로 인정되는 자료가 포함된다. 청구인이 업무 장소와 PC, 노트북, 태블릿PC, 하드카피, USB 등의 소재를 제시한 사실은 이 기준과 직접 맞닿는다.

조세특례제한법과 하위 법령

조세특례제한법 제2조 제1항 제11호는 연구개발을 과학적·기술적 진전 또는 새로운 서비스와 서비스전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동으로 정의한다. 같은 법 제10조는 대통령령이 정하는 연구·인력개발비가 있는 경우 법정 방식에 따라 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 한다.

결정문에 수록된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 일반 관리·지원, 시장조사와 판촉, 일상적 품질시험, 반복적 정보수집, 법률·행정업무, 위탁받아 수행하는 연구활동, 이미 상품화된 소프트웨어의 반복 제작, 동일성을 유지하는 범위의 단순 보완·변형·개선 등을 연구개발에서 제외한다. 같은 영 제9조와 별표 6은 전담부서에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하는 직원 등의 인건비를 공제대상 비용으로 규정하고, 국가 등으로부터 받은 출연금으로 지출한 금액 등을 제외한다.

결정문이 인용한 개정 전 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조는 연구전담요원을 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 않는 사람으로, 연구보조원을 연구보조업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 않는 사람으로 정의한다.

이 규정들은 피제보자의 연구·인력개발비 공제가 적법했는지 살피는 배경 법령이다. 그러나 심판원은 이 사건에서 개별 직원과 비용 항목의 공제 가능 여부를 최종 확정하지 않았다. 포상금 사건의 판단 대상은 제보자료가 조사와 추징에 기여한 중요한 자료인지였다.

심판원 판단

1단계: 중요한 자료의 법적 기준과 입증책임을 확인했다

심판원은 국세기본법 제84조의2에 따라 탈루세액이나 부당하게 환급·공제받은 세액을 산정하는 데 중요한 자료를 제공한 사람에게 포상금을 지급하도록 한 점을 출발점으로 삼았다. 중요한 자료에는 구체적 사실이 적힌 자료·장부뿐 아니라 그 자료의 소재를 확인할 구체적인 정보도 포함된다고 보았다.

동시에 중요한 자료에 해당한다는 점의 입증책임은 이를 주장하는 사람에게 있다고 판시한 대법원 2013두18568 판결의 법리를 확인했다. 즉 제보자는 단순히 조사와 추징이 뒤따랐다는 결과만으로 포상금을 요구할 수 없고, 자신이 제공한 내용과 실제 조사·추징 사이의 연결을 보여야 한다.

2단계: 제보와 비정기조사 사이의 시간적·절차적 연결을 인정했다

청구인의 제보일은 2025.4.22.이고 세무조사 착수일은 2025.7.17.이었다. 그 간격은 약 3개월 미만이었다. 최초 제보 후 처분청이 추가자료를 요청했고, 여러 차례 통화와 방문 설명도 진행되었다. 세무조사는 정기조사가 아니라 비정기조사였다.

심판원은 이 사정들을 종합해 청구인의 제보가 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하게 된 계기가 된 것으로 보았다. 조사 착수와 제보 사이의 가까운 시간 간격만 본 것이 아니라, 중간에 이어진 자료 보완과 설명, 조사 유형을 함께 평가했다.

3단계: 추가 조사가 필요했다는 이유만으로 중요성을 부정하지 않았다

처분청은 제보자료만으로 연구원이 세액공제 대상 업무를 했는지, 국책과제 관련 비용이 공제 대상인지 알 수 없어 상당한 조사 노력이 들었다고 주장했다. 그러나 심판원은 중요한 자료가 되기 위해 추가 세무조사가 전혀 필요하지 않을 정도로 과세요건을 완성해야 하는 것은 아니라고 보았다.

조세탈루 사실을 비교적 쉽게 확인할 정도의 사실관계를 제공했다면 중요한 자료가 될 수 있고, 조사에서 확보한 구체적 증빙이 제보자료와 실질적으로 같거나 이를 보완하는 자료라면 추가 조사 자체가 제보의 중요성을 없애지는 않는다는 판단이다. 이는 ‘추가 확인이 있었는가’보다 ‘추가 확인이 무엇을 출발점으로 이루어졌고 제보가 확인 비용을 얼마나 줄였는가’를 보아야 한다는 의미다.

4단계: 제보자료가 실제 과세처분과 연결된 정황을 확인했다

처분청의 포상금 지급거부 통지서에는 청구인의 제보를 과세자료로 활용했다고 적혀 있었다. 처분청은 청구외법인이 제시한 연구개발 관련 인건비 중 연구개발에 전담하지 않은 인력의 인건비를 부인해 과세처분으로 나아갔다.

이는 청구인이 제시한 핵심 문제 중 하나인 연구전담인력의 업무 겸직 정황과 실제 적출 사유 사이에 내용상 연결이 있음을 보여 준다. 심판원은 이를 근거로 쟁점제보자료가 탈루세액 산정에 일정 부분 기여한 자료로 볼 수 있는 면이 있다고 판단했다.

다만 ‘일정 부분 기여’는 모든 추징액이 제보에 의해 산정되었다는 뜻이 아니다. 공개 결정문에는 전체 추징액, 제보와 직접 대응하는 적출액, 조사 과정에서 별도로 발견된 항목이 기재되어 있지 않다. 이 때문에 기여 범위와 포상금 산정은 재조사의 대상으로 남았다.

5단계: 지급거부를 유지하지 않고 기여도 재조사와 재심의를 명했다

심판원은 제보가 조사에 기여한 정황이 있는데도 이를 중요한 자료가 아니라고 일괄 평가해 지급을 거부한 처분을 그대로 유지하지 않았다. 처분청이 제보자료가 추징에 얼마나 기여했는지 구체적으로 다시 조사하고, 탈세제보 포상금 지급심의위원회를 다시 개최하여 결과에 따라 포상금을 산정·지급하는 것이 타당하다고 판단했다.

이 결론은 중요한 자료 여부를 추상적으로만 판단해서는 안 되고, 실제 조사 흐름과 적출 항목을 대조해 기여도를 구체화해야 한다는 점을 보여 준다. 제보가 조사 개시에는 기여했지만 특정 적출액 산정에는 제한적으로만 쓰였을 수도 있고, 반대로 제보자료와 소재 정보가 핵심 적출을 가능하게 했을 수도 있다. 재조사는 이 차이를 확인하는 절차다.

비교 법리와 결정례

원문의 [참조결정]에는 조심2020서7433, 조심2017중2802, 조심2016서0180이 기재되어 있고 [따른결정]은 비어 있다. 아래 비교는 청구인이나 처분청이 원용한 법리와 심판원이 판단에서 직접 사용한 법리를 구분해 이 사건 원문에서 확인되는 범위만 정리한 것이다.

비교 법리는 다음처럼 정리할 수 있다.

첫째, 제보의 구체성은 문서의 형식이 아니라 내용과 확인 가능성으로 판단한다. 거래일과 금액이 완성된 장부가 가장 강한 자료일 수 있지만, 내부 업무구조, 탈루 수법, 원본자료의 위치를 구체적으로 알려 조사 범위를 좁혔다면 중요한 자료가 될 여지가 있다.

둘째, 조사 개시 기여와 탈루세액 산정 기여는 연결되지만 동일하지 않다. 비정기조사의 계기가 되었다는 사실은 중요한 사정이지만 그것만으로 포상금 전액이 결정되는 것은 아니다. 실제 적출 항목과 제보자료의 대응 관계를 확인해야 한다.

셋째, 추가 조사 여부는 이분법적 기준이 아니다. 모든 제보는 어느 정도 사실 확인을 거친다. 중요한 것은 과세관청이 제보와 무관한 통상 조사로 독립적으로 탈루를 발견했는지, 아니면 제보가 조사 대상·범위·자료 소재를 특정해 확인 비용을 줄였는지다.

넷째, 제보 내용과 조사 결과가 완전히 같아야 하는 것은 아니지만 실질적 관련성은 필요하다. 제보가 말한 탈루 수법과 실제 부인된 항목이 연결되고, 조사로 확보한 자료가 제보를 확인·보완하는 관계라면 기여를 인정할 여지가 커진다. 반대로 제보와 무관한 다른 항목만 적출되었다면 포상금 산정 기초에서 제외될 수 있다.

이 결정의 의미

1. ‘과세에 활용했다’는 통지는 중요한 출발 증거가 된다

처분청이 제보를 과세자료로 활용했다고 스스로 통지한 사실은 제보와 과세 사이의 연결을 보여 주는 핵심 자료가 되었다. 포상금 신청인은 처리결과 통지, 추가자료 요청, 면담 일정, 조사 착수 시점 등 제보가 실제 행정절차에 편입된 흔적을 보존할 필요가 있다.

2. 내부자료의 소재 정보도 독립적인 가치가 있다

국세기본법은 자료 자체뿐 아니라 자료의 소재를 확인할 수 있는 구체적인 정보도 중요한 자료로 규정한다. 이 사건에서 청구인은 단순히 ‘회사에 자료가 있다’고 말한 것이 아니라 관련자의 업무 장소와 PC, 노트북, 태블릿PC, 하드카피, USB 등을 특정했다. 제보자는 확보하지 못한 원본이 있더라도 보관 주체, 위치, 파일 유형, 작성 시기, 접근 경로를 구체적으로 정리할 필요가 있다.

3. 연구·인력개발비 제보는 업무 실질을 보여 주어야 한다

기업부설연구소 등록이나 조직도만으로 실제 연구전담 여부가 확정되지는 않는다. 반대로 직함이나 부서명만으로 겸직을 단정할 수도 없다. 실제 담당 프로젝트, 업무시간 배분, 고객 대응, 유지보수, 생산·판매 지원, 연구 산출물, 인사평가 자료, 과제별 원가와 재원 등을 연결해야 한다.

이 사건에서도 청구인이 제출한 면담자료와 업무성과표의 법적 평가는 다투어졌다. 처분청은 표시만으로 공제 대상 여부를 판단할 수 없다고 했고, 심판원도 피제보자의 공제 적법성을 최종 확정한 것이 아니다. 다만 이러한 자료가 조사 방향을 정하고 실제 비전담 인건비 부인으로 이어진 정황을 포상금 판단에서 무시할 수 없다고 보았다.

4. 재조사 절차의 실무적 의미

원문에는 제보자가 조사 결과와 과세처리 자료를 요청했으나 처분청이 과세정보를 제3자에게 제공할 수 없다고 밝힌 내용이 나온다. 다만 심판원은 이러한 정보 비대칭을 재조사 결정의 근거로 명시하지 않았다. 이 결정에서 실무적으로 추론할 수 있는 점은, 처분청이 제보자료와 조사·추징 사이의 기여 관계를 내부 자료로 다시 확인해야 한다는 것이다.

이 점은 재조사 결정의 실질적 의미를 보여 준다. 처분청은 단순히 기존 결론을 반복할 것이 아니라, 제보 항목별로 조사 착수와 자료 확보, 적출 및 추징에 미친 영향을 다시 대조하고 심의위원회에 제시해야 한다.

실무 시사점

제보자 측

제보서는 탈세 의혹을 서술하는 문서가 아니라 조사 가능한 사실지도를 만드는 문서로 구성할 필요가 있다. 피제보자, 대상 기간, 관련 세목, 탈루 수법, 관련자, 자료명, 자료 위치, 예상 확인 절차를 서로 연결해야 한다. 확보한 자료와 확보하지 못했지만 소재를 아는 자료를 구분하고, 각 자료가 어떤 주장을 뒷받침하는지 적는 방식이 유용하다.

제보 후의 절차도 증거다. 추가자료 요청일, 통화일, 방문일, 제출자료 목록, 담당자에게 설명한 내용, 조사 착수 사실, 처리결과 통지 내용을 시간순으로 남겨야 한다. 나중에 포상금 지급을 다툴 때 제보가 조사 계기가 되었는지와 과세 활용 여부를 보여 주는 자료가 된다.

또한 추정과 직접 경험을 구분해야 한다. 내부 근무자로서 직접 확인한 업무분장, 회의, 문서 위치와 제보자의 법적 평가는 같은 강도의 사실이 아니다. 직접 확인 사실, 문서로 확인한 사실, 합리적 추정, 법적 의견을 나누어 작성하면 제보의 신뢰성과 검증 가능성이 높아진다.

과세관청 측

포상금 지급 여부를 심사할 때 ‘추가 조사가 필요했다’는 문구만으로 중요한 자료를 부정하기 어렵다. 제보 전부터 보유한 정보, 제보로 새롭게 알게 된 정보, 제보 후 확보한 보완자료, 제보와 무관하게 조사에서 발견한 항목을 구분해야 한다.

기여도 판단에는 최소한 다음 대응표가 필요하다.

• 제보 항목
• 제보자가 제출한 자료 또는 소재 정보
• 조사에서 확인한 사실
• 실제 적출 항목
• 추징세액 산정과의 관련성
• 제보가 줄인 조사 범위·기간·비용
• 제보와 무관하게 확보한 독립 자료

지급심의위원회도 추징이 있었다는 사실과 추가 조사가 있었다는 사실 사이에서 결론을 내릴 것이 아니라, 제보가 추징의 어느 단계에 어떤 역할을 했는지를 심의해야 한다. 조사 개시 기여만 있는 경우와 적출세액 산정에 직접 기여한 경우를 구분하되, 전자의 기여를 전혀 없는 것으로 취급해서는 안 된다.

세무대리인과 기업 측

연구·인력개발비 세액공제는 연구소 등록 명칭보다 실제 활동과 비용의 대응이 중요하다. 전담요원이 생산, 판매, 영업, 유지보수, 고객 대응, 일반 관리 업무를 겸하는지, 각 업무의 시간과 산출물을 구분할 수 있는지, 정부출연금과 자체부담금이 분리되어 있는지 확인해야 한다.

조직도, 업무분장표, 인별업무성과표, 연구노트, 프로젝트 목록, 구매요청서와 공동개발과제 자료가 서로 모순되지 않도록 평소 기록을 관리해야 한다. 세액공제 신고 단계에서는 전담인력 명단과 실제 업무, 과제별 재원, 비용 귀속을 교차 검토해야 한다. 조사 후에 사후적으로 문서를 정리하는 방식은 자료의 신뢰성을 떨어뜨릴 수 있다.

실무 체크리스트

탈세제보를 준비할 때

• 피제보자의 정확한 법인명과 관련 조직을 특정했는가
• 대상 세목과 사업연도 또는 거래기간을 구분했는가
• 탈루 또는 부당공제의 수법과 과정을 단계별로 적었는가
• 직접 확인한 사실과 추정·의견을 분리했는가
• 조직도, 업무분장, 장부, 계약서, 원시자료 등 보유 자료를 목록화했는가
• 확보하지 못한 자료의 보관자, 장소, 기기, 파일명 등 소재 정보를 구체화했는가
• 각 자료가 어떤 탈루 사실을 확인하는지 연결했는가
• 제보 당시 제출한 파일과 원본의 동일성을 확인할 수 있게 보존했는가
• 추가자료 제출과 방문 설명의 일시·내용을 기록했는가
• 조사 개시와 처리결과 통지를 보존했는가

포상금 지급 여부를 심사할 때

• 제보 전에 과세관청이 이미 알고 있던 정보와 새로 제공된 정보를 구분했는가
• 제보가 정기조사 또는 비정기조사 개시에 미친 영향을 확인했는가
• 제보자료와 조사에서 확보한 자료의 동일·보완·독립 관계를 구분했는가
• 제보 항목과 실제 적출 항목을 일대일로 대조했는가
• 제보가 조사 대상, 기간, 계정, 인력 또는 자료 위치를 좁혔는지 평가했는가
• 추가 조사가 있었다는 사실만으로 기여를 부정하지 않았는가
• 제보와 무관한 적출액을 포상금 산정에서 분리했는가
• 과세자료 활용 통지와 지급거부 사유가 서로 모순되지 않는지 확인했는가
• 지급심의위원회에 기여도 판단 근거를 구체적으로 제시했는가

연구·인력개발비 세액공제를 점검할 때

• 기업부설연구소 등록 인원과 실제 근무 인원이 일치하는가
• 연구전담요원이 다른 업무를 겸하는지 확인했는가
• 프로젝트별 연구 목적, 기술적 진전, 수행 내용과 산출물이 기록되어 있는가
• 고객 주문형 개발이 단순 제작·개조인지 연구개발인지 구분할 근거가 있는가
• 유지보수, 고객 대응, 생산·판매 지원 업무의 시간과 비용을 분리했는가
• 국가·지방자치단체·공공기관 출연금과 자체부담금을 구분했는가
• 과제 결과물의 소유권과 사용권, 기술료 조건을 확인했는가
• 인건비 명세와 업무성과표, 연구노트, 프로젝트 원가가 서로 대응하는가
• 사후 작성 또는 일괄 작성으로 오해받을 기록상 위험이 없는가
• 공제 제외 활동과 비용을 신고 전에 분리했는가

참고 자료

• 조세심판원 조심2026전0861 공식 결정문
• 국가법령정보센터, 국세기본법
• 국가법령정보센터, 국세기본법 시행령
• 탈세제보포상금 지급규정 제2조·제3조 및 별표 1
• 국가법령정보센터, 조세특례제한법
• 국가법령정보센터, 조세특례제한법 시행령
• 조세특례제한법 시행규칙 제7조
• 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조
• 조심2020서7433, 2021.3.17.
• 조심2017중2802, 2018.3.23.
• 조심2016서0180, 2016.7.3.
• 국가법령정보센터, 대법원 2013두18568 판결, 2014.3.13.
• 수원고등법원 2024누15509, 2025.7.25.