2003년에 취득한 임대용 부동산을 2024년에 양도하면서, 양도차익 계산의 취득가액을 장부가액으로 볼지 아니면 매매계약서상 매매대금으로 볼지가 정면으로 다투어진 사건이다. 처분청은 복식부기의무자의 장부와 종합소득세 신고 경력, 금융증빙의 공백을 들어 장부가액을 실지취득가액으로 경정하였다. 조세심판원은 취득 시점의 거래 관행, 문서감정의 추정 취지, 심판관 회의에서 확인한 원본, 과거 분할양도 신고에 대한 시인을 종합하여 쟁점계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 판단하고 부과처분을 취소하였다.

원문 결정요지는 쟁점계약서 작성일을 2003.10.7.로 적고, 판단 본문과 별지는 2003.10.17.로 적는다. 두 날짜는 원문 안에서 충돌하므로 어느 한쪽을 공식 작성일로 고르지 않는다. 금액은 공개 원문이 가린 OOO를 그대로 둔다.

사건 개요

항목내용
사건번호조심2026구1574
세목양도
결정유형취소
결정일2026.08.24
처분청경산세무서장
처분일2025.12.17.
귀속연도2024년
과세 대상2024년 귀속 양도소득세 OOO원
주문경산세무서장이 2025.12.17. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다
심판청구일2026.2.19.
관련 법령 헤더소득세법 제97조
참조결정원문에 없음
따른결정원문에 없음
핵심 쟁점장부상 가액이 아닌 쟁점계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

거래 구조

당초부동산은 2003.12.29. 취득한 대구광역시 북구 OOO 외 2필지 토지 2,294㎡와 지상 건물 2,423.54㎡이다. 이후 일부가 갈라져 나가고, 2024.1.11. 남은 토지와 건물, 증축분이 ㈜A에 양도되었다.

종전소유자 C (대리인 D)
        |
        |  쟁점계약서
        |  결정요지 작성일 2003.10.7. / 판단·별지 작성일 2003.10.17.
        |  매매대금 총 OOO원
        |  계약금 계약 시, 중도금 2003.11.8., 잔금 2003.12.30.까지
        |  중개업자 E 입회
        v
청구인  ---------------- 2003.12.29. 당초부동산 취득
        |                 토지 2,294㎡ + 건물 2,423.54㎡
        |
        |  2009.12.29. 일부 분할양도
        |  2011.4.27. 일부 분할양도
        |    (2011.4.27.분: 쟁점계약서상 매매대금 기준 취득가액 신고, 처분청 시인)
        |
        v
쟁점부동산등 ---------- 2024.1.11. ㈜A에 OOO원 양도
  잔여토지 1,138㎡
  건물 1,965.27㎡
    = 잔여건물 1,684.86㎡ + 증축분 280.41㎡
        |
        |  2024.3.15. 양도소득세 예정신고·납부 (처분청 시인)
        |  신고 취득가액: 쟁점계약서 매매대금에서 분할양도분 차감 (쟁점취득가액 OOO원)
        |
        |  2025.4.8.부터 2025.4.25.까지 부산지방국세청 종합감사
        |  지시: 쟁점계약서 부인, 쟁점장부가액 적용
        |
        v
경산세무서장 ---------- 2025.12.17. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원 경정·고지
        |
        v
조세심판원 ------------ 2026.2.19. 심판청구, 2026.08.24. 취소

원문 사실관계 (라)는 등기부 담보설정 내역을 적으면서, 청구인이 당초부동산과 다른 소유 부동산에 공동담보를 설정하여 2023.12.29. OOO원을 대출받아 잔금을 지급한 것으로 나타난다고 한다. 같은 원문은 취득일을 2003.12.29., 잔금 지급 기한을 2003.12.30.까지로 적는다. 대출일 표기 2023.12.29.와 취득 경위 2003년은 원문 안에서 충돌하므로, 어느 연도를 잔금 대출의 실제 일로 확정하지 않는다.

핵심 쟁점

이 사건의 쟁점은 원문 그대로, 장부상 가액이 아닌 쟁점계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부이다.

다툼의 실익은 양도차익의 분모인 취득가액이다. 청구인은 2024.3.15. 예정신고에서 쟁점계약서 매매대금 OOO원에서 이미 분할 양도한 부분의 가액을 뺀 쟁점취득가액 OOO원을 취득가액으로 삼았다. 처분청은 이를 부인하고, 당초부동산의 장부상가액 OOO원에서 분할 양도분 가액을 뺀 쟁점장부가액 OOO원에 증축비 OOO원과 감가상각비 OOO원을 차가감하는 쪽으로 경정하였다.

따라서 심판원이 계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 인정하면 당초 신고 구조가 유지되고, 장부가액을 실지취득가액으로 보면 취득가액이 낮아져 양도차익과 세액이 커진다. 공개 원문은 각 금액의 숫자를 OOO로 가렸으므로, 세액 차이 폭은 원문 밖 숫자로 메우지 않는다.

부대 쟁점은 다음 네 갈래로 갈린다.

첫째, 쟁점계약서가 2003년 무렵 작성된 원본인지, 계약일 이후 소급 작성된 허위 문서인지이다. 처분청은 감사 과정에서 원본 미제출과 대금증빙 불비를 이유로 소급작성이라고 보았다. 청구인은 원본 제출, 문서감정, 심판관 회의 제시로 사후 문서를 부정하였다.

둘째, 복식부기 장부와 종합소득세 신고에 실린 장부가액이 실지취득가액을 고정하는지이다. 처분청은 장기 기장과 감가상각, 분할양도 전후 종합소득세 신고를 들어 장부가액을 배제할 이유가 없다고 하였다. 청구인은 장부 기재만으로 실지취득가액이 확정되지 않는다고 하였다.

셋째, 2003년 취득 당시 검인계약서와 취득세 과세표준, 장부가액의 관계가 실제 매매대금을 가리키는지이다. 청구인은 검인계약서 관행과 시가표준 대비 근접 금액을 든다. 처분청은 시가표준보다 높은 취득세 신고를 실지거래가액 신고로 보아야 한다고 한다.

넷째, 금융거래로 매매대금 전액이 증명되는지이다. 이 부분은 양측이 같은 자료를 두고 평가를 달리한다. 심판원 결론은 금융증빙 전액 증명을 주문 이유로 내세우지 않았다.

청구인 주장

공개 원문 청구인 주장 (1)의 앞부분은 문장이 이어지지 않은 채 시작된다. 확인되는 범위만 적는다.

청구인은 쟁점장부가액이 검인계약서 금액을 장부에 옮긴 값이라고 한다. 당초부동산 관련 금액 OOO원에서 분할양도분을 빼면 과세표준이 OOO원이 되고, 이 값이 쟁점장부가액 OOO원에 가깝다는 것이다.

당초부동산은 대구광역시 북구 외곽 주택지 OOO 초입 대로변에 있었고, 취득 당시에는 인근 택지개발 호재로 가격이 높았으나 택지개발이 끝난 뒤 중심상권이 택지지구로 옮겨 가격이 정체되었다고 한다. 인터넷 포털 거리뷰를 보면 2008년 10월과 2025년 9월의 상태가 거의 변화가 없다고 한다. 취득연도인 2003년 거리뷰는 없다고 한다.

청구인이 제시한 취득·양도가액 비교(원문 ＜표2＞, 숫자는 공개본에서 가려짐)에 따르면, 기준시가 기준 상승률 99.5%와 청구인 신고(쟁점취득가액) 기준 상승률 70.8%의 차이는 작은 반면, 처분청 결정(쟁점장부가액) 기준 상승률은 179.9%로 현저히 높다고 한다. 청구인은 이 차이를 들어 쟁점장부가액이 실지거래가액을 반영하지 못한 임의의 금액이라고 한다.

처분청이 공동담보 설정이 불필요하였을 것이라고 한 점에 대하여, 청구인은 관할 구청에는 검인계약서 금액으로 신고하였고, 당초부동산에는 이미 채무담보(채권최고액 OOO원)와 임대보증금 OOO원에 대한 근저당권·전세권이 있었으므로 OOO원 대출(채권최고액 OOO원)을 받으려면 공동담보가 필요하였다고 한다.

해명 내용이 바뀌었다는 지적에 대하여, 청구인은 2025.4.16. 처분청이 2025.4.21.까지 쟁점계약서 관련 금융거래내역 등을 해명하라고 한 뒤, 82세의 고령으로 당시 사실을 정확히 기억하지 못하는 상태에서 금융기관을 찾았으나 20여 년 전 거래원장을 보관하지 않아 해명이 어려웠고, 심적 부담이 큰 상태에서 딸 B를 통해 간접적으로 해명자료를 작성하여 미흡하거나 착오 기재가 있었다고 한다. 심판청구 단계에서는 추가 입증자료를 찾아 쟁점계약서상 매매대금 지급을 입증하였다고 한다.

청구인은 쟁점계약서가 소급 작성된 것이 아닌 원본이라고 한다. 2025.4.16. 해명 요구를 받고 원본을 처분청에 제출하였고, 담당공무원이 포렌식 문서 감정 동의를 물어 지체 없이 동의하였으나 실제로 포렌식은 진행되지 않았다고 한다. 감사기간이 끝난 뒤 원본을 돌려받았다고 한다.

처분청이 「공인중개사법」 개정 연혁상 “소속공인중개사” 용어가 취득 당시 법령에 없어 쟁점계약서가 2005.7.29. 개정 이후에 작성된 것이라는 취지로 본 데 대하여, 청구인은 2002.11.21. 건설교통부령 제338호로 개정된 「부동산중개업법 시행규칙」 별지 제15호 서식 [중개대상물 확인·설명서(Ⅰ)] 제3쪽 중하단에 “소속공인중개사” 성명·서명 기재란이 있다고 하여 관련 규정 오인이라고 한다.

청구인은 계약서의 형식, 종이 질감, 변색, 보관 상태, 인영과 필적, 특약사항 등으로 원본임이 육안으로 판별되고, 불복 준비 과정에서 전국 법원에 등록된 감정원 OOO에 감정을 의뢰한 결과 취득시점인 2003년에 작성된 계약서로 감정되었다고 한다. 종전소유자 C를 찾아 쟁점계약서상 매매대금으로 작성된 ‘거래사실 및 대금영수 확인서’도 받았다고 한다. 이 2003년 작성 감정 결과는 청구인 주장이다. 심판원 본문이 채택한 표현은 이와 강도를 달리한다.

청구인은 2003.10.17. 종전소유자와 당초부동산을 OOO원에 매매하기로 하는 쟁점계약서를 작성하였고, 종전소유자 요청에 따라 수표, 현금인출 등 현금성 화폐로 대금의 상당 부분을 지급하였다고 한다. 2000년대 초반은 계좌이체보다 현금(수표) 지급이 더 빈번하였다고 한다. 처분청 자료제출 요구 후 금융기관을 방문하였으나 22년 전 금융거래자료는 확인할 수 없다는 답을 들었다고 한다. 양도소득세 실지거래가액 과세제도 시행(2007.1.1.)과 부동산 실거래가 등기부 기재 제도 시행(2006.6.1.) 이전에 취득하였으므로 현행 규정에 따른 적격증빙을 보관할 의무도 없다고 한다.

지급 증빙으로, 청구인은 총 OOO원을 입증할 메모(OOO원), 계좌입금내역(OOO원), 대금수령영수증(OOO원), 계좌출금내역(OOO원) 등을 제출하였고, 취득 시 승계한 임대보증금 채무(OOO원)와 쟁점계약서 특약의 3층 주택 임대보증금(OOO원)을 합하면 쟁점취득가액 중 OOO원(95.3%)이 증빙으로 확인된다고 한다.

법리로, 거주자의 양도차익 계산에서 양도가액에서 공제할 필요경비는 「소득세법」 제97조 제1항 가목에 따라 실지거래가액을 우선 적용하고, 이후 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차 적용한다고 한다. 청구인은 이를 2007.1.1. 실지거래가액 과세제도 변경 과정에서 개정 전 취득 납세자의 불이익 방지와 과세 편의를 위한 순서로 볼 수 있다고 한다. 장부에 자산가액이 적혀 있어도 그 기재가 실지취득가액을 확정시키지 않고, 신고한 실지거래가액을 부인하고 장부가액을 적용하려면 과세관청이 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는지를 입증하여야 한다고 한다. 이 부분에서 청구인은 대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결, 대법원 2015.10.29. 선고 2015두47379 판결 등을 같은 뜻으로 든다. 원문 [참조결정]과 [따른결정]은 비어 있으므로, 위 판결 번호는 청구인 주장에 등장한 인용일 뿐 이 결정이 채택한 참조결정이 아니다.

청구인은 2011.4.27. 분할 양도 당시에도 쟁점계약서상 실지거래가액 OOO원을 기준으로 취득가액을 신고하였고 당시 관할 세무서장이 이를 정상 인정하였는데, 14년이 지난 뒤 같은 계약서의 거래가액을 실지거래가액이 아니라고 본 처분은 「국세기본법」 제15조의 신의성실원칙에 어긋난다고 한다.

처분청 의견

처분청은 중개대상물확인·설명서(Ⅰ) 서식이 취득 당시 통용 서식이라 하여 쟁점계약서 기재 내용까지 모두 사실로 인정되는 것은 아니라고 한다.

부산지방국세청장의 종합감사에서, 청구인이 신고한 쟁점취득가액이 당시 기준시가나 지방세 시가표준액보다 월등히 높고, 건물 시세도 2000년대 초반 인근 상가 시세와 차이가 크다고 보았다. 2025.4.15. 원본과 대금지급내역을 요청하였는데, 제출된 대금지급증빙은 거래를 명확히 입증하지 못하였고 쟁점계약서 원본은 제출되지 않았다고 한다. 이 전제에서 처분청은 쟁점계약서를 매매계약일 이후 소급 작성되어 사실과 다른 계약서로 보고 쟁점장부가액을 취득가액으로 적용하였다. 원본 제출 여부에 관한 이 서술은 청구인 주장(원본 제출, 이후 반환) 및 심판관 회의에서 나온 조사관 진술과 갈린다. 원문은 양측 진술을 모두 적고, 어느 쪽 진술만으로 원본 수수의 전 과정을 단정하지 않는다.

처분청은 청구인이 건물 잔금을 지급하기 위해 해당 건물과 2000.3.29. 매입한 대구광역시 서구 OOO 소재 건물 343㎡ 및 토지 841㎡에 공동담보를 설정하여 총 OOO원을 대출받은 사실을 든다. 실지거래가액이 청구 주장처럼 OOO원이었다면 당초부동산 단독담보로도 대출이 충분하였을 것이라고 한다.

처분청은 취득세 신고 과세표준과 일치하는 쟁점장부가액이 실지거래가액이 아니고 쟁점계약서상 쟁점취득가액이 실지거래가액이라고 하려면 금융거래내역 등 객관적 증빙으로 입증하여야 하는데 청구인이 입증하지 못하였다고 한다. 고액 현금출금 내역과 종전소유자 및 대리인의 수령확인서는, 그 대금이 실제로 종전소유자에게 전달되었는지를 입증하는 객관적 금융거래증빙으로 볼 수 없다고 한다.

감사 당시 소명과 심판청구 주장의 대금지급내역은 원문 ＜표3＞처럼 서로 다르다고 한다. 표 숫자는 공개본에서 가려져 있다.

처분청은 수표 지급이라면 종전소유자가 배서하여 현금화한 사실이 입증되어야 한다고 한다. 종전소유자 계좌에서 확인되는 입금액은 2003.10.17. 계약금 OOO원, 2003.12.2. 중도금 OOO원, 2003.12.9. OOO원 등 총 OOO원에 불과하다고 한다. 확인되는 지급액은 위 OOO원에 임대보증금 승계액 OOO원, 종전소유자의 축협 대출금 상환액 OOO원, 주택부분 종전소유자 임대보증금 OOO원을 더한 합계 OOO원이며, 쟁점계약서상 매매대금에 미치지 못한다고 한다.

청구인 계좌에서 2003.10.30. OOO원을 출금하여 중도금 OOO원을 지급하였다는 주장에 대하여, 같은 날 다시 OOO원이 같은 계좌로 입금되었으므로 중도금 지급 입증이 되지 않는다고 한다. 2000년대 초반에도 금융계좌 이체는 이미 보편화되어 부동산 거래에서 계좌 이체가 원칙이었는데, OOO원이라는 고액을 현금 출금하여 지급하였다는 것은 일반적인 형태가 아니고 거래내역을 객관적으로 확인할 수도 없다고 한다.

장부가액에 관하여, 처분청은 청구인이 부동산임대사업을 하면서 복식부기의무자로서 성실히 기장해 온 장부에 근거한 값이라고 한다. 매년 임대소득 계산 시 장부상 건물 감가상각비를 필요경비로 신고하였고, 2009.12.29. 대구광역시 북구 OOO 토지 취득, 같은 동 1068-7 및 1068-8 토지 양도, 2011.4.27. 같은 동 1068-1 및 1068-10 토지와 건물 양도 시에도 장부가액을 기준으로 종합소득세를 신고하였으며, 2019년에 세무대리인을 바꾸기 전까지 장부가액을 재무제표에 반영해 왔으므로 허위 작성이라고 볼 수 없고 실질과세원칙상 쟁점장부가액을 배제할 이유도 없다고 한다.

검인계약서 관행 주장에 대하여, 처분청은 관행이 있어도 검인계약서상 매매가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우 특별한 사정이 없으면 당사자 사이 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정하는 것이고, 검인계약서상 매매가액이 당연 부인되는 것은 아니라고 한다. 취득세 부담을 줄이려고 실제 계약서가 아닌 검인계약서를 작성해 신고한 뒤 장부에 적었다면, 취득세 시가표준액(OOO원)보다 OOO원이나 높은 거래가액(OOO원)으로 취득세를 신고할 이유가 없으므로 실지거래가액으로 취득세를 신고하였다고 보아야 한다고 한다.

일반적으로 상가 매입 목적은 양도차익 외에 임대료 수익에도 있는데, 취득 당시 건물 임대수익률이나 장부가액은 인근 유사 상가보다 더 높지 않았다고 한다. 대구광역시에서 오래 임대업을 하며 인근 시세를 잘 아는 청구인이 주변 시세보다 약 OOO원 더 비싸게 상가를 매입하였다는 주장은 신빙성이 떨어진다고 한다. 인근 유사 상가건물은 청구인보다 보유기간이 짧아도 취득가액 대비 양도가액 변동률이 25%부터 150%까지 다양하므로, 처분청 결정 기준 변동률 179.9%만으로 불합리하다고 단정할 수 없다고 한다.

관련 법령

원문 [관련법령] 헤더는 소득세법 제97조이다. 판단 본문의 관련 법률에는 같은 법 제114조와 공인중개법 정의 조항이 더 실려 있다. 아래 인용은 원문 범위의 문언이다.

원문 소득세법 제97조 문언은 다음과 같다.

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

  1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다. 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액
  2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
  3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

구조의 요지는, 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 그 가액이 취득가액이고, 확인할 수 없는 경우에 한정하여 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 순으로 간다는 점이다. 원문 관련 법률 조문은 장부가액을 실지거래가액의 대체 순위로 적지 않는다. 위 인용은 이 결정 원문의 관련 법률 문언이다. 이 사건 적용 당시의 역사 버전과 부칙은 원문에 없고, 여기서 확정하지 않는다.

원문 소득세법 제114조 제6항 문언은 다음과 같다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

이 조항의 요지는, 실지거래가액으로 신고한 가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에 그 확인된 가액으로 경정한다는 점이다. 원문은 제4항 본문과 시행일을 따로 적지 않는다.

원문 공인중개법(2005.7.29. 법률 제7638호로 개정된 것) 제2조 정의 중 관련 부분은 다음과 같다.

  1. “중개업자”라 함은 이 법에 의하여 중개사무소의 개설등록을 한 자를 말한다.
  2. “소속공인중개사”라 함은 중개업자에 소속된 공인중개사(중개업자인 법인의 사원 또는 임원으로서 공인중개사인 자를 포함한다)로서 중개업무를 수행하거나 중개업자의 중개업무를 보조하는 자를 말한다. (신설 2005.7.29.)
  3. “중개보조원”이라 함은 공인중개사가 아닌 자로서 중개업자에 소속되어 중개대상물에 대한 현장안내 및 일반서무 등 중개업자의 중개업무와 관련된 단순한 업무를 보조하는 자를 말한다.

처분청은 이 신설 연혁을 계약서 작성 시기 논거로 삼았고, 청구인은 2002.11.21. 건설교통부령 제338호 「부동산중개업법 시행규칙」 별지 서식을 들어 반박하였다. 심판원 결론 문단은 이 용어 논쟁을 인용하지 않는다.

결론 부분에서 심판원은 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다고만 적는다. 두 조문의 본문은 원문에 없다.

심판원 판단

심판원은 쟁점을 청구주장의 당부로 고정한 뒤, 계약서 내용, 지급 자료, 문서감정, 장부와 취득세, 인근 시세, 과거 분할양도 신고, 심판관 회의 원본 확인을 차례로 적고 마지막에 종합한다.

1. 쟁점계약서의 기재

쟁점계약서는 청구인이 2003.10.17. 당초부동산[대구광역시 북구 OOO 전부]을 종전소유자로부터 양수하는 내용으로, 대리인 D가 작성·날인하고 부동산중개업자 E 입회하에 작성되었다고 한다. 매매대금은 총 OOO원이다. 계약금 OOO원은 계약 시, 중도금 OOO원은 2003.11.8., 잔금은 2003.12.30.까지 지급한다. 3층 주택 부분은 2004년 말까지 OOO원에 종전소유자에게 임대한다는 특약이 확인된다. 별지1 표제는 쟁점계약서(2003.10.17.자)이다. 결정요지의 작성일 2003.10.7.과 이 일자는 병존한다.

별지2로 사업포괄양도양수계약서(2003.11.10.자)가 붙어 있으나, 공개 원문은 내용을 OOO로 가렸다. 가려진 별지 내용을 추측하지 않는다.

2. 대금 지급 자료와 처분청의 반박

청구인은 매매대금 OOO원 중 OOO원의 지급증빙이 확인되고, 포괄승계 임대보증금 OOO원과 3층 주택 임대보증금 OOO원을 더하면 합계 OOO원의 지급 사실이 확인된다고 하며 자료를 제출하였다.

제출 자료에는 2003.10.30.자 중도금 OOO원 영수증, 2003.12.29.자 매매정산금 OOO원 영수증, 종전소유자가 매매대금으로 OOO원(임대보증금 포함)을 영수하였다는 2025.9.23.자 ‘거래사실 및 대금영수 확인서’, 금융거래내역 정리, 수첩 메모, 무통장입금증 및 종전소유자 계좌 입금내역이 포함된다. 표와 별지 숫자는 공개본에서 가려져 있다.

처분청은 2003.10.30. 청구인 계좌에서 OOO원이 출금된 뒤 바로 OOO원이 다시 입금되어 중도금 출금 증빙이 되지 않고, 종전소유자 계좌 입금 확인액은 계약금 OOO원과 중도금 OOO원 등 합계 OOO원이며, 임대보증금 승계액 OOO원, 축협 대출 상환 OOO원, 주택 부분 임대보증금 OOO원을 더해도 합계 OOO원(취득세 신고 시 매매가액 OOO원, 장부가액 OOO원)에 그친다고 하였다.

등기부 담보설정 내역에 관하여 처분청은, 쟁점계약서상 매매대금으로 취득하였다면 단독담보 대출이 가능하였을 것이라고 하였다. 청구인은 취득 당시 이미 채무담보와 임대보증금에 따른 근저당·전세권이 있어 공동담보가 필요하였다고 설명하였다. 이 대목의 대출일 표기는 앞에서 본 것처럼 원문상 2023.12.29.이다.

심판원은 이 지급 공방을 사실관계로 정리하였을 뿐, 결론 문단에서 금융증빙이 매매대금 전액을 채웠다고 단정하지 않는다.

3. 문서감정과 원본 확인

청구인은 쟁점계약서와 두 장의 영수증에 대하여 서울특별시 서초구 소재 OOO에 문서 감정을 의뢰하였다. 2026.1.9.자 감정서는 위 문서들이 2003년경에 작성되었을 가능성이 높은 문서로 추정된다고 한다. 결정요지는 감정 주체를 한울문서감정원으로 적고, 판단 본문은 OOO로 적는다. 두 표기를 한 명칭으로 합치지 않는다.

감정 결과의 강도는 “가능성이 높은 것으로 추정”이다. 청구인 주장의 “2003년에 작성된 계약서로 감정되었다”보다 약하다.

청구인은 2026.6.16. 조세심판관 회의에 출석하여 쟁점계약서 원본, 종전소유자 작성의 2003.10.30.자 및 2003.12.29.자 영수증 원본, 2003년도 사용 수첩 원본을 심판관들에게 제시하였다. 부산지방국세청 감사관실 소속 조사관은 청구인이 감사기간 종료 전에 원본 반환을 요청하여 포렌식을 하지 못하였다고 진술하였다. 청구인은 감사기간 종료 이후 처분청으로부터 원본을 돌려받아 본인 부담으로 문서 감정을 하였다고 답변하였다.

심판원은 이 원본 확인을 두고, 양도소득세 신고를 위해 사후에 임의로 만든 문서라고 보기 어렵다고 하였다. “보기 어렵다”는 조건부 평가이며, 사후 위조가 절대 없다는 단정이 아니다.

4. 장부, 취득세, 인근 거래

청구인 사업장(사업자번호 504-15-57***)의 연도별 표준대차대조표와 표준손익계산서상 장부 계상은 원문 ＜표7＞로 확인된다고만 한다. 표 금액은 가려져 있다.

취득세 시가표준액과 신고 과세표준 비교(＜표8＞)에서, 청구인은 시가표준액(OOO원)보다 OOO원 가량 높은 OOO원으로 취득세 과세표준을 신고하고 장부가액은 약 OOO원으로 계상한 것으로 나타난다. 과세표준의 근거가 되는 검인계약서는 제출되지 않았다.

처분청이 제출한 인근 유사 상가 거래(＜표9＞)에 따르면, 인근 유사 상가는 취득 당시 취득세 과세표준액(OOO원)을 거래가액으로 신고한 것으로 나타난다. 국세청 통합전산망 임대수입 조회 결과, 대구광역시 북구 OOO건물의 임대수입이 가장 높고 쟁점부동산의 임대수입이 가장 낮았다고 한다.

이 비교 자료는 처분청이 시세·수익 측면에서 쟁점계약서 가액을 의심한 근거이다. 심판원 결론은 인근 시세 대비 고가 매입 여부를 주문 이유로 채택하지 않는다.

5. 과거 분할양도 신고

청구인은 2009.12.29. 및 2011.4.27. 당초부동산 중 일부를 분할 양도하였다. 처분청이 제출한 2011.4.27. 양도분 양도소득세 신고 자료에 따르면, 청구인은 쟁점계약서상 매매대금에 근거하여 취득가액을 계산하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고 처분청은 이를 시인한 것으로 나타난다. 2009.12.29. 양도분의 취득가액 신고 세부는 원문에 같은 표로 나와 있지 않다.

6. 종합 결론

처분청 의견은, 청구인이 임대업을 한 복식부기의무자로서 오랜 기간 장부를 기장하고 종합소득세를 신고해 왔으므로 당초부동산 장부상가액(OOO원)에서 분할양도분 가액을 뺀 쟁점장부가액(OOO원)을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 것이다.

심판원은 다음 세 점을 들어 그와 달리 보았다.

첫째, 청구인이 당초부동산을 취득한 시기(2003.12.29.)는 실거래가 등기부 기재 제도(2006.6.1. 시행) 및 양도소득세의 실지거래가액 과세 제도(2007.1.1. 시행)가 시행되기 전이다. 그때는 실제 매매가액보다 낮은 가액으로 검인계약서를 작성하여 취득·등록세를 신고하는 관행이 있었고, 청구인은 취득세 과세표준(OOO원)과 유사한 수준으로 장부가액(약 OOO원)을 계상한 것으로 보인다고 한다. “것으로 보이는” 평가는 장부가액이 검인계약서 금액의 반영이라는 점을 정황으로 본 것이지, 검인계약서 원본이 기록에 남아 있음을 확인한 문장은 아니다. 검인계약서 자체는 제출되지 않았다.

둘째, 감정서(2026.1.9.자)는 쟁점계약서와 2003.10.30.자 중도금 OOO원 영수증, 2003.12.29.자 매매정산금 OOO원 영수증이 기재연도 경에 작성된 문서일 가능성이 높은 것으로 추정된다고 한다. 2026.6.16. 조세심판관 회의에서 원본과 영수증을 확인한바, 양도소득세 신고를 위해 사후에 임의로 만든 문서라고 보기 어렵다고 한다.

셋째, 2009.12.29. 및 2011.4.27. 분할양도 사실이 있고, 처분청이 제출한 2011.4.27. 양도분 신고 자료에 따르면 청구인은 쟁점매매계약서상 매매대금에 근거하여 취득가액을 신고하였으며 처분청은 이를 시인한 것으로 나타난다고 한다.

이 점들에 비추어, 청구인이 제시한 쟁점계약서상 매매대금(OOO원)을 실지거래가액으로 보아 쟁점부동산의 취득가액을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 주문과 같이 결정한다.

심판원이 명시적으로 채택하지 않은 주장도 분명하다. 금융증빙으로 매매대금의 95.3%가 채워졌다는 비율 평가, 「국세기본법」 제15조 신의성실 위반, 인근 시세 대비 고가 여부, 공동담보의 경제성, “소속공인중개사” 용어로 본 서식 연대는 결론 문단에 오르지 않는다. 장부가액이 허위라는 단정도 없다. 장부가액을 실지거래가액으로 쓸 수 없다는 쪽의 결론일 뿐이다.

법리 기준 비교

원문 [참조결정]과 [따른결정]은 비어 있다. 이 결정 밖에서 조심 번호나 판례 번호를 비교 결정으로 만들지 않고, 원문이 실제로 사용한 법리 축만 정리한다.

비교의 첫째 축은 취득가액의 적용 순서이다. 원문 소득세법 제97조 제1항 제1호는 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차 적용한다고 한다. 장부가액은 그 순위에 없다. 처분청은 장부를 실지거래가액의 증거로 보았고, 심판원은 계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 보았다. 장부가 있다는 사실만으로 실지거래가액 확인 불능 상태로 넘어가지 않은 셈이다.

둘째 축은 경정의 전제이다. 원문 제114조 제6항은 실지거래가액 신고가 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 경우 그 확인된 가액으로 경정한다고 한다. 이 사건에서 처분청이 확인하였다고 내세운 가액은 장부가액이다. 심판원은 그 장부가액을 실지거래가액으로 보지 않고, 계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 보았다. 경정 권한 자체를 부정한 문장은 없고, 확인된 실지거래가액이 장부가액이라는 전제를 받아들이지 않은 구조이다.

셋째 축은 장부 기재의 효력이다. 청구인은 장부 기재가 실지취득가액을 확정시키지 않고, 신고 실지거래가액을 부인하려면 과세관청이 장부가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는지를 입증하여야 한다고 주장하였다. 심판원은 그 문장을 결론에 재인용하지 않으면서도, 장기 기장과 종합소득세 신고만으로 장부가액을 취득가액으로 인정하여야 한다는 처분청 의견을 배척하였다. 입증 배분을 일반 법리로 선언하였다기보다, 이 사건 자료의 종합으로 계약서 가액을 택한 형태이다.

넷째 축은 작성 시기와 문서의 신용이다. 처분청은 서식 용어, 원본 미제출, 금융증빙 불비를 들어 소급작성이라고 보았다. 심판원은 감정서의 추정과 원본 실물을 들어 사후 임의 작성 문서로 보기 어렵다고 하였다. 서식 용어 논쟁과 포렌식 미실시는 결론의 주된 이유로 올라가지 않았다. 문서의 연대를 다툴 때 원본 실물과 감정 추정이 금융 공백보다 앞에 놓인 사례로 읽힌다. 다만 감정 결과는 가능성의 추정이고, 원본 확인의 평가도 “보기 어렵다”이다.

다섯째 축은 동일 자산의 이전 신고이다. 2011.4.27. 분할양도에서 같은 계약서 매매대금을 취득가액 계산의 근거로 신고하였고 처분청이 시인한 것으로 나타난 점이 결론에 포함된다. 청구인은 이를 신의성실 위반으로 구성하였으나, 심판원은 신의성실 조문을 결론에 적지 않고, 과거 시인 사실을 실지거래가액 인정 정황으로만 썼다. 과거 신고 시인이 곧바로 후년 경정을 봉쇄하는 기속력으로 선언된 것은 아니다.

여섯째 축은 2006년, 2007년 이전 취득의 증빙 환경이다. 심판원은 실거래가 등기 제도와 실지거래가액 과세 제도 시행 전의 검인계약서 관행을 인정 정황으로 적었다. 청구인이 주장한 “현행 적격증빙 보관 의무가 없다”는 문장은 결론에 재인용되지 않았다. 시행 전 취득이라는 사정은 계약서 가액을 바로 확정하는 규칙이 아니라, 장부가액과 취득세 과세표준이 근접한 이유를 설명하는 배경으로 쓰였다.

실무 시사점

장기 보유 부동산의 양도에서 장부가액과 계약서 가액이 갈리면, 복식부기 이력만으로 장부가액이 실지취득가액이 되는 것은 이 결정의 결론과 맞지 않는다. 동시에 계약서 원본만 내민다고 끝나는 구조도 아니다. 이 사건은 감정 추정, 원본 실물 확인, 과거 같은 계약서에 기초한 양도 신고와 시인이 겹친 뒤에야 계약서상 매매대금이 실지거래가액으로 받아들여졌다.

2006.6.1. 이전, 2007.1.1. 이전 취득분은 검인계약서와 장부가 실제 대금보다 낮게 맞춰졌을 여지가 이 결정에서도 배경으로 인정된다. 그 관행을 주장하려면 취득세 과세표준과 장부가액의 근접, 취득 시점, 이후 분할양도 신고의 일관성이 자료로 남아 있는지가 중요하다. 이 사건에서도 검인계약서 자체는 제출되지 않았고, 심판원은 그 미제출을 이유로 청구를 배척하지는 않았다.

감사 단계의 짧은 해명 기한과 고령 납세자의 기억, 20년 넘은 금융원장 부재는 청구인 주장으로 등장한다. 심판원은 해명 불일치를 결론의 주된 패착으로 보지 않았다. 다만 처분청은 감사 소명과 심판 주장의 지급내역 차이를 신빙성 공격의 핵심으로 삼았다. 초기 해명 문장을 나중에 뒤집으면 그 자체로 패소 이유는 되지 않더라도, 금융흐름 재구성의 부담은 커진다.

문서 포렌식 미실시 경위에 대하여 조사관과 청구인의 설명이 갈린다. 원본을 감사 중에 돌려받은 뒤 납세자 부담으로 감정을 한 경위가 회의에 현출되었다. 원본을 어디에 두었는지, 누가 감정을 하였는지, 감정 결과가 작성 연대의 가능성 추정에 그치는지가 판단문에 남는다. “2003년 작성으로 감정되었다”는 청구인 표현과 “기재연도 경 작성 가능성이 높다”는 감정·판단 표현을 같은 무게로 쓰면 안 된다.

공동담보, 인근 시세, 임대수입 비교, 현금 지급의 이례성은 처분청이 강하게 밀었으나 결론 문단에 채택되지 않았다. 시세 추정이 계약서 부인의 주된 증거가 되지 못한 사례로 볼 여지는 있다. 반대로, 시세 자료가 약하다고 하여 계약서 가액이 언제나 이기는 규칙으로 일반화할 수도 없다.

분할 양도 이력이 있는 토지·건물은 과거 양도소득세 신고의 취득가액 산정 방식이 후년 잔여분 경정의 발목을 잡을 수 있다. 이 결정은 2011.4.27. 신고와 시인을 계약서 가액 인정의 한 정황으로 썼다. 과거 신고가 장부가액 기준 종합소득세와 계약서 기준 양도소득세로 나뉘어 있으면, 그 분기 자체가 다툼의 재료가 된다. 처분청은 종합소득세 쪽 장부 사용을 강조하였고, 심판원은 양도소득세 쪽 과거 시인을 강조하였다.

공개 원문이 가린 금액, 표, 계좌, 감정 기관명(본문)은 추측으로 채우지 않는 편이 맞다. 실무에서 같은 유형을 검토할 때도, 가려진 숫자를 되살린 척하지 말고 남아 있는 날짜, 면적, 절차, 문서 종류, 판단 문장의 강도만 따라가야 한다.

실무 체크리스트

  • 취득일과 양도일, 분할양도일을 한 줄로 배열하고, 실거래가 등기 제도(원문상 2006.6.1. 시행)와 양도소득세 실지거래가액 과세 제도(원문상 2007.1.1. 시행) 전후인지를 먼저 표시한다.
  • 당초 자산과 잔여 자산, 증축분을 면적으로 분리한다. 이 사건은 토지 2,294㎡에서 잔여 1,138㎡, 건물 2,423.54㎡에서 잔여 1,684.86㎡와 증축 280.41㎡가 쟁점부동산등으로 남았다.
  • 양도소득세 신고 취득가액이 계약서 매매대금에서 분할양도분을 뺀 값인지, 장부가액에서 분할양도분을 뺀 값인지, 증축비와 감가상각비를 어떻게 가감하였는지를 신고서와 경정 통지에서 대응시킨다.
  • 계약서 원본, 중도금·잔금 영수증, 수첩 메모, 입금증, 종전소유자 확인서, 문서감정서를 작성일 표기와 함께 목록화한다. 이 사건 결정요지와 본문의 계약서 작성일 충돌(2003.10.7.과 2003.10.17.)은 자료 철에도 그대로 남긴다.
  • 문서감정 문언이 “작성 확정”인지 “가능성 추정”인지를 감정서 문장 그대로 옮긴다. 청구 서면의 강한 표현으로 바꿔 쓰지 않는다.
  • 감사 중 원본 제출·반환·포렌식 동의·실제 감정 실시 여부를 일자와 주체별로 기록한다. 이 사건은 청구인 서술과 조사관 진술이 갈린다.
  • 종전소유자 계좌 입금, 청구인 계좌 출금, 당일 재입금, 임대보증금 승계, 기존 대출 상환을 같은 날짜축에 올린다. 출금 직후 재입금이 있으면 중도금 입증으로 보기 어렵다는 처분청 반박이 이 사건에 있다.
  • 취득세 시가표준액, 취득세 신고 과세표준, 장부가액, 계약서 매매대금 네 값을 나란히 둔다. 검인계약서 원본이 있는지도 별도 칸으로 둔다. 이 사건은 검인계약서가 제출되지 않았다.
  • 같은 자산의 과거 분할양도 양도소득세 신고에서 취득가액을 무엇으로 썼고, 당시 처분청이 시인하였는지를 확인한다. 종합소득세 장부 처리와 양도소득세 취득가액 처리가 다른지도 본다.
  • 공동담보, 기존 근저당·전세권, 임대보증금, 잔금 대출 일자를 등기부와 대조한다. 이 사건 원문은 대출일을 2023.12.29.로 적으면서 취득 경위는 2003년으로 적는다. 충돌은 충돌로 표시한다.
  • 인근 거래 사례와 임대수입 비교는 처분청 의견으로 분리하여 적고, 심판원 결론이 그 비교를 채택하였는지 따로 표시한다.
  • 소득세법 제97조 취득가액 순서와 제114조 제6항 경정 문언을 원문 범위에서만 인용하고, 원문에 없는 시행일·부칙을 보태지 않는다.
  • 공개 결정의 OOO, 가려진 표, 빈 참조결정란을 숫자나 다른 사건번호로 채우지 않는다.

참고 자료

  • 조세심판원 조심2026구1574 (2026.08.24.) 결정: 조심2026구1574 원문
  • 소득세법 제97조 (원문 [관련법령] 헤더 및 관련 법률 인용)
  • 소득세법 제114조 제6항 (원문 관련 법률 인용)
  • 공인중개법(2005.7.29. 법률 제7638호로 개정된 것) 제2조 (원문 관련 법률 인용)
  • 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제3호 (원문 결론 인용, 조문 본문은 원문에 없음)
  • 국세기본법 제15조 (청구인 주장상 인용)
  • 부동산중개업법 시행규칙(2002.11.21. 건설교통부령 제338호로 개정된 것) 별지 제15호 서식 (청구인 주장상 인용)