기한 내 과다 신고·납부 뒤 재신고에 부과한 가산세 취소 — 조심2026방0371
조세심판원은 유상증자 변경등기 전에 등록면허세를 신고·납부한 법인이 과세표준 오류를 바로잡기 위해 다시 신고·납부하고 최초 납부액을 환급받았더라도, 신고기한 당시의 성실한 이행과 귀책 여부를 기준으로 보면 가산세를 부과할 수 없다고 판단했다.
법원 판례와 조세심판원 결정례 분석. 총 160건
조세심판원은 유상증자 변경등기 전에 등록면허세를 신고·납부한 법인이 과세표준 오류를 바로잡기 위해 다시 신고·납부하고 최초 납부액을 환급받았더라도, 신고기한 당시의 성실한 이행과 귀책 여부를 기준으로 보면 가산세를 부과할 수 없다고 판단했다.
조세심판원은 토지 매매계약의 하자보장 특약, 매도인의 판결에 따른 정화비 상환, 오염토양 정화공사와 건물 철거·건설폐기물 처리공사의 분리 계약 및 회계처리를 근거로 오염토양 정화비용을 공동주택의 취득세 과세표준에서 제외해야 한다고 판단했다.
조세심판원은 법률비용을 손금에 넣고 매입세액을 공제해 법인세와 부가가치세를 다시 계산하도록 하고 관련 소득금액변동통지는 취소했다. 무형자산 거래에는 이익분할방법을 적용하되 해외법인의 로열티와 주재원 인건비 중 청구법인이 무형자산 창출과 가치 증가에 기여했다고 입증할 수 있는 금액이 있다면 공헌도에 반영해 재조사하도록 했다.
PG 가맹점 매출자료와 정산금 입금은 매출누락의 강한 단서이지만, 일부 정산금이 카드명의자 측에 되돌아간 사실이 확인되고 처분청이 실제 화장품 인도 여부를 조사하지 않았다면 그 자료만으로 재화의 공급이라는 과세요건이 충분히 증명되었다고 보기 어렵다고 판단한 재조사 결정이다.
정유사와 카드사의 제휴에 따른 주유비 청구할인은 판매금액에서 실제 공제된 사실이 확인되면 매출에누리가 될 수 있지만, 매출액의 일정 비율로 추정한 금액만으로 환급액을 확정할 수 없어 실제 할인액과 지급·정산 여부를 재조사하도록 한 결정이다.
조세심판원은 고객에게 실제 적용된 제휴카드 청구할인액이 판매금액에서 공제된 사실이 확인되면 주유소의 매출에누리가 될 수 있다고 보았다. 다만 고객별 실제 할인자료 없이 매출액과 제휴카드 비율로 추정한 금액은 그대로 인정하지 않고 실제 할인액과 지급관계를 재조사하도록 했다.
제휴카드 조건을 충족한 고객의 주유비에서 실제로 차감된 청구할인액은 매출에누리가 될 수 있지만, 제휴카드 비율과 할인율을 가정해 산출한 금액만으로 환급액을 확정할 수 없어 실제 할인액과 지급 여부를 재조사하도록 한 결정이다.
조세심판원이 공시송달이 부적법하다고 판단하고, 그 송달에 의존한 2020년부터 2022년 귀속 종합소득세 부과처분을 각각 취소한 결정이다. 2차 발송지와 청구인의 관련성이 입증되지 않았고, 두 차례 방문은 휴일을 제외한 3일 간격 요건에 미달했으며, 전화·문자로 송달장소를 확인하려 한 증빙도 없었다.
재조사 결정 후 처분청이 선행 심판에서 이미 검토된 자료와 동일한 사정을 반복하며 2019년 제2기 부가가치세 경정청구 거부처분을 유지한 것은 국세기본법 제65조 제6항의 원처분 유지 사유에 해당하지 않고 심판결정의 기속력에 반한다고 본 사례다.
명의대여 약정에 따른 미지급금 지급판결과 메시지·녹취록 때문에 명의자인 청구인이 실사업자가 아니라는 주장에 신빙성이 생겼지만, 사업 수익과 일부 납부세액의 실제 부담자가 확인되지 않아 곧바로 취소하지 않고 실사업자를 재조사하도록 한 결정이다.