매도인이 상환한 오염토양 정화비용은 공동주택 취득가격이 아니다 — 조심2025지2568
조세심판원은 토지 매매계약의 하자보장 특약, 매도인의 판결에 따른 정화비 상환, 오염토양 정화공사와 건물 철거·건설폐기물 처리공사의 분리 계약 및 회계처리를 근거로 오염토양 정화비용을 공동주택의 취득세 과세표준에서 제외해야 한다고 판단했다.
취득세
법원 판례와 조세심판원 결정례 분석. 총 29건
[취소] 수익자 지위를 넘기지 않은 위탁자 변경과 취득세 (조심2026방0444)
부동산 관리신탁에서 위탁자 명의만 청구인으로 바뀌고 수익자 지위와 처분·관리권은 종전 당사자에게 남았다. 심판원은 넓은 시행령 예외를 적용한 것이 아니라, 계약이 신탁의 본질에 맞지 않아 청구인이 신탁법상 유효한 위탁자 지위를 취득했다고 보기 어렵다고 보아 취득세 부과를 취소했다.
공동주택 신축비인가, 단지 밖 기반시설 비용인가: 지역주택조합 취득세 과세표준 재조사 결정 (조심2025지0502)
조세심판원은 지역주택조합의 공동주택 신축비 가운데 단지 밖 도로·공원·유수지 조성비는 취득세 과세표준에서 제외하고, 간선시설 인입·지중화 비용은 외부 시설공사비인지 재조사하도록 했다. 분양가 산정 용역비와 금융비용, 조합운영비는 공동주택 취득을 위한 직·간접 비용으로 보아 포함했다.
특수관계인 매매와 생애최초 주택 취득세 감면, 시가인정액을 다시 본 결정 (조심2025지2487)
특수관계인으로부터 부부가 공동으로 주택을 취득한 사안에서, 조세심판원은 유사부동산 거래사례 중 취득일 전후 가장 가까운 같은 날의 두 거래가액 평균인 12.35억원을 시가인정액으로 보아 과세표준을 경정하도록 했다. 다만 생애최초 주택 취득세 감면은 주택 전체의 취득당시가액을 기준으로 판단하므로 12억원을 초과한 배우자 지분에는 적용되지 않고, 다른 배우자의 감면한도도 지분비율을 반영한 100만원으로 보았다.
용도폐지 정비기반시설이 다시 신설 기반시설로 들어간 경우 취득세 비과세를 인정한 결정 (조심2025지0760)
재개발조합이 부분 준공인가로 무상양여 받은 용도폐지 정비기반시설 중 일부가 곧바로 신설 정비기반시설에 다시 편입된 사안에서, 조세심판원은 조합이 해당 토지를 국가 등에 귀속시키기 위한 일시적 보유자에 가까우므로 지방세법 제9조 제2항의 취득세 비과세 대상이라고 보았다. 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지에 해당하는 부분의 농어촌특별세도 비과세로 판단했다.
[승소] 과세관청 지연으로 과세전적부심사를 생략할 수 없다 (2025두31960)
대법원은 과세예고통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하라는 형식만으로 과세전적부심사를 생략할 수 없다고 보았다. 과세관청이 정당한 사유 없이 과세를 지연해 예외상황을 스스로 만들었다면 귀책사유 없는 부득이한 사정과 시간 부족을 과세관청이 증명해야 한다. 피고 상고가 기각되어 원심의 잔존 처분 취소가 유지됐다.
[승소] 학교용 부동산 취득세 유예기간은 정당한 사유가 사라진 날부터 다시 계산하지 않는다 (2021두58059)
학교법인의 경정거부 취소청구에 관하여 항소심은 일부를 취소하고 일부는 각하하며 나머지는 기각했고, 대법원은 과세관청의 상고를 기각했다. 취득일·등기일부터 지난 3년은 정당한 사유가 사라진 날부터 다시 진행되지 않는다. 다만 확정 여부는 미확인이다(확인일 2026-09-02).
[승소] 과세처분 전 매매계약이 취소되고 등기가 말소되면 취득세 추징 대상이 되지 않는다 (2021두60977)
고용우수기업이 토지를 취득해 감면받은 뒤 매도인 한○○크의 잘못된 안내를 이유로 매매계약을 취소하고 등기를 말소한 사건에서, 법원은 취득행위의 소급적 부존재를 주된 이유로 보고, 가정적으로도 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정해 경정청구거부처분을 취소했다.
[승소] 시행사 운영비는 건축물 취득가격의 간접비용인가, 분양비가 아니라는 사정만으로는 건축비가 되지 않는다 (2021두58530)
관리형 토지신탁으로 건물을 신축한 수탁자에게 과세관청이 시행사 운영비 580,482,045원을 취득가격에 넣어 과세했으나, 법원은 분양비가 아니라는 이유만으로 건축비가 되지는 않으며 간접비용이라는 점은 과세관청이 입증해야 한다며 22,742,950원을 취소했고 대법원은 상고를 기각했다.
[승소] 납세고지서 송달 하자로 취득세 부과가 무효가 된 사건 (2021두41884)
납세고지서를 무인택배보관함에 넣고 공시송달한 사안에서 항소심은 적법한 교부·유치·공시송달이 없어 취득세 부과가 당연무효라고 확인했다. 처분 효력이 처음부터 생기지 않았다는 취지다. 대법원은 피고 상고를 심리불속행으로 기각했다. 다만 확정 여부는 확인되지 않았다(확인일 2026-09-01).