비주거용 임대업 코드에도 실질 임대와 개정 적용례로 합산배제를 인정한 조심2026소1726
비주거용 건물 임대업 코드로 등록했더라도 건물의 주택 부분을 실제 임대하고 지방자치단체 임대사업자 등록까지 마쳤다면, 2026년 개정 시행령과 그 적용례에 따라 2021년부터 2024년 종합부동산세 합산배제를 인정해야 한다고 본 취소 결정이다. 사업자등록의 형식, 실제 임대의 실질, 부칙의 적용시점을 함께 판단한 사례다.
종합부동산세
법원 판례와 조세심판원 결정례 분석. 총 9건
[취소] 사권 제한 감면은 배척하고 경제자유구역 종합의료시설용 토지의 분리과세는 인정한 결정 (조심2025서3570)
경제자유구역 안 종합의료시설용 토지는 도시·군계획시설 결정이 확인되지 않아 사권 제한토지 감면 대상은 아니지만, 외국인과 내국인의 정주환경을 위한 공공시설용지로서 주택건설에 필수불가결하게 수반되는 시설용 토지에 해당하므로 분리과세해야 하며, 종합합산을 전제로 한 종합부동산세 등은 취소해야 한다고 본 결정이다.
종부세 학교 부속토지, 별도합산 분류 정정 (조심2026부0166)
국제학교 체육교육용 시설의 부속토지를 종합합산이 아닌 별도합산으로 분류해야 한다고 본 사례. 종부세 합산분류에서 실제 사용 목적의 구체적 입증이 관건.
종부세 합산배제 임대주택, 업종명보다 실제 주택임대 사실을 본 결정 (조심2026전1165)
부동산임대업으로 사업자등록을 한 법인이 실제로 다가구주택을 장기일반민간임대주택으로 임대해 온 경우, 2022~2024년 귀속 종합부동산세 합산배제를 인정한 결정. 다만 2021년은 민간임대사업자 등록이 신고기한 뒤에 이루어져 기각되었다.
[항소심 승소] 재산세 경감비율 부분을 분리과세로 보아 종합부동산세에서 제외한 판결 (2025나209112)
구 지방세법상 재산세 경감비율 부분은 종합합산·별도합산이 아닌 분리과세로 보아 종합부동산세에서 제외해야 하고, 반대 과세는 중대·명백한 하자로 무효라는 제1심을 항소심이 유지했다. 다만 2026년 8월 6일 현재 상고와 형식적 확정 여부는 확인되지 않았다.
[항소심 승소] 철거보상계약은 행정관청이 체결한 계약으로 한정되지 않는다 (2025누10174)
도시개발사업조합이 철거를 전제로 취득한 23호 주택의 건축물 부분이 문제 된 사건이다. 대구고등법원은 철거보상계약의 주체를 행정관청으로 제한할 수 없고 협의취득·수용재결에 따른 손실보상도 포함된다고 보아 제1심을 취소하고 2023년 귀속 종합부동산세·농어촌특별세 처분을 취소했다. 다만 상고·확정 여부는 확인되지 않았다.
[일부승소] 철거 예정 주택의 건물과 부속토지는 종부세에서 다르게 본다 (2024두55235)
대법원은 원고와 과세관청의 상고를 모두 기각해 혼합 결과를 확정했다. 철거보상계약이 체결된 주택의 건물 부분은 재산세 비과세 성격상 주택분 종합부동산세에서 제외되지만, 실제 멸실 전 부속토지는 과세가 유지된다. 근린생활시설 부속 별도합산토지도 합산배제 특례를 받지 못했다.
[승소] 여러 위탁자의 신탁재산을 수탁자 기준으로 합산할 수 있는가 (2021구합5455)
2019년 과세기준일 당시 지역주택조합이 조합원들에게서 신탁받은 부담금으로 취득한 부동산을 조합 명의로 모두 합산해 과세한 사건이다. 법원은 조합을 납세의무자로 보면서도 신탁재산은 위탁자별로 독립하므로 조합원별 과세표준과 세액을 계산해야 한다고 판단했고, 정당세액을 산정할 수 없어 종합부동산세와 농어촌특별세 부과처분 전부를 취소했다.
[일부승소] 소급해 소유권을 잃은 토지의 종부세 경정을 재산세 처분이 막을 수 없다 (2021구합313)
수용재결이 무효로 확정돼 원고가 토지 소유권을 소급해 잃은 사건에서 법원은 재산세와 종합부동산세가 근거 법률·처분권자·절차·불복 경로가 독립한 처분이라고 보았다. 제주지사 상대 소는 피고적격 흠결로 각하했지만, 서귀포시장의 농어촌특별세 경정거부와 제주세무서장의 2016년부터 2018년까지 종합부동산세 경정거부는 취소했다.